918 resultados para Supervised classifiers


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Background: Around 10-15% of patients with locally advanced rectal cancer (LARC) undergo a pathologically complete response (TRG4) to neoadjuvant chemoradiotherapy; the rest of patients exhibit a spectrum of tumour regression (TRG1-3). Understanding therapy-related genomic alterations may help us to identify underlying biology or novel targets associated with response that could increase the efficacy of therapy in patients that do not benefit from the current standard of care.
Methods: 48 FFPE rectal cancer biopsies and matched resections were analysed using the WG-DASL HumanHT-12_v4 Beadchip array on the illumina iScan. Bioinformatic analysis was conducted in Partek genomics suite and R studio. Limma and glmnet packages were used to identify genes differentially expressed between tumour regression grades. Validation of microarray results will be carried out using IHC, RNAscope and RT-PCR.
Results: Immune response genes were observed from supervised analysis of the biopsies which may have predictive value. Differential gene expression from the resections as well as pre and post therapy analysis revealed induction of genes in a tumour regression dependent manner. Pathway mapping and Gene Ontology analysis of these genes suggested antigen processing and natural killer mediated cytotoxicity respectively. The natural killer-like gene signature was switched off in non-responders and on in the responders. IHC has confirmed the presence of Natural killer cells through CD56+ staining.
Conclusion: Identification of NK cell genes and CD56+ cells in patients responding to neoadjuvant chemoradiotherapy warrants further investigation into their association with tumour regression grade in LARC. NK cells are known to lyse malignant cells and determining whether their presence is a cause or consequence of response is crucial. Interrogation of the cytokines upregulated in our NK-like signature will help guide future in vitro models.

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Application of sensor-based technology within activity monitoring systems is becoming a popular technique within the smart environment paradigm. Nevertheless, the use of such an approach generates complex constructs of data, which subsequently requires the use of intricate activity recognition techniques to automatically infer the underlying activity. This paper explores a cluster-based ensemble method as a new solution for the purposes of activity recognition within smart environments. With this approach activities are modelled as collections of clusters built on different subsets of features. A classification process is performed by assigning a new instance to its closest cluster from each collection. Two different sensor data representations have been investigated, namely numeric and binary. Following the evaluation of the proposed methodology it has been demonstrated that the cluster-based ensemble method can be successfully applied as a viable option for activity recognition. Results following exposure to data collected from a range of activities indicated that the ensemble method had the ability to perform with accuracies of 94.2% and 97.5% for numeric and binary data, respectively. These results outperformed a range of single classifiers considered as benchmarks.

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This work presents a new general purpose classifier named Averaged Extended Tree Augmented Naive Bayes (AETAN), which is based on combining the advantageous characteristics of Extended Tree Augmented Naive Bayes (ETAN) and Averaged One-Dependence Estimator (AODE) classifiers. We describe the main properties of the approach and algorithms for learning it, along with an analysis of its computational time complexity. Empirical results with numerous data sets indicate that the new approach is superior to ETAN and AODE in terms of both zero-one classification accuracy and log loss. It also compares favourably against weighted AODE and hidden Naive Bayes. The learning phase of the new approach is slower than that of its competitors, while the time complexity for the testing phase is similar. Such characteristics suggest that the new classifier is ideal in scenarios where online learning is not required.

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Infection is a leading cause of neonatal morbidity and mortality worldwide. Premature neonates are particularly susceptible to infection because of physiologic immaturity, comorbidity, and extraneous medical interventions. Additionally premature infants are at higher risk of progression to sepsis or severe sepsis, adverse outcomes, and antimicrobial toxicity. Currently initial diagnosis is based upon clinical suspicion accompanied by nonspecific clinical signs and is confirmed upon positive microbiologic culture results several days after institution of empiric therapy. There exists a significant need for rapid, objective, in vitro tests for diagnosis of infection in neonates who are experiencing clinical instability. We used immunoassays multiplexed on microarrays to identify differentially expressed serum proteins in clinically infected and non-infected neonates. Immunoassay arrays were effective for measurement of more than 100 cytokines in small volumes of serum available from neonates. Our analyses revealed significant alterations in levels of eight serum proteins in infected neonates that are associated with inflammation, coagulation, and fibrinolysis. Specifically P- and E-selectins, interleukin 2 soluble receptor alpha, interleukin 18, neutrophil elastase, urokinase plasminogen activator and its cognate receptor, and C-reactive protein were observed at statistically significant increased levels. Multivariate classifiers based on combinations of serum analytes exhibited better diagnostic specificity and sensitivity than single analytes. Multiplexed immunoassays of serum cytokines may have clinical utility as an adjunct for rapid diagnosis of infection and differentiation of etiologic agent in neonates with clinical decompensation.

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Recently there has been an increasing interest in the development of new methods using Pareto optimality to deal with multi-objective criteria (for example, accuracy and architectural complexity). Once one has learned a model based on their devised method, the problem is then how to compare it with the state of art. In machine learning, algorithms are typically evaluated by comparing their performance on different data sets by means of statistical tests. Unfortunately, the standard tests used for this purpose are not able to jointly consider performance measures. The aim of this paper is to resolve this issue by developing statistical procedures that are able to account for multiple competing measures at the same time. In particular, we develop two tests: a frequentist procedure based on the generalized likelihood-ratio test and a Bayesian procedure based on a multinomial-Dirichlet conjugate model. We further extend them by discovering conditional independences among measures to reduce the number of parameter of such models, as usually the number of studied cases is very reduced in such comparisons. Real data from a comparison among general purpose classifiers is used to show a practical application of our tests.

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Purpose:
A number of independent gene expression profiling studies have identified transcriptional subtypes in colorectal cancer (CRC) with potential diagnostic utility, culminating in publication of a CRC Consensus Molecular Subtype classification. The worst prognostic subtype has been defined by genes associated with stem-like biology. Recently, it has been shown that the majority of genes associated with this poor prognostic group are stromal-derived. We investigated the potential for tumor misclassification into multiple diagnostic subgroups based on tumoral region sampled.

Experimental Design:
We performed multi-region tissue RNA extraction/transcriptomic analysis using Colorectal Specific Arrays on invasive front, central tumor and lymph node regions selected from tissue samples from 25 CRC patients.

Results:
We identified a consensus 30 gene list which represents the intratumoral heterogeneity within a cohort of primary CRC tumors. Using a series of online datasets, we showed that this gene list displays prognostic potential (HR=2.914 (CI 0.9286-9.162) in stage II/III CRC patients, but in addition we demonstrated that these genes are stromal derived, challenging the assumption that poor prognosis tumors with stem-like biology have undergone a widespread Epithelial Mesenchymal Transition (EMT). Most importantly, we showed that patients can be simultaneously classified into multiple diagnostically relevant subgroups based purely on the tumoral region analysed.

Conclusions:
Gene expression profiles derived from the non-malignant stromal region can influence assignment of CRC transcriptional subtypes, questioning the current molecular classification dogma and highlighting the need to consider pathology sampling region and degree of stromal infiltration when employing transcription-based classifiers to underpin clinical decision-making in CRC.

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Relatório de Estágio apresentado à Escola Superior de Educação de Santarém para obtenção do Grau de Mestre em Ensino do 1.º e do 2.º Ciclo do Ensino Básico.Orientador:Professor Doutor Bento Cavadas

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Current scientific evidence supports the recommendation to initiate or continue the practice of physical exercise in healthy pregnant women. Group exercise programs have positive effects in improving health and well-being, as well as social support. In order to understand the scientific evidence in this field, and the outcomes in maternal health, it has generated wide interest in exploring the studies carried out with more relevant group exercise programs. The aim of this systematic review was to evaluate the available evidence on the effectiveness of group exercise programs in improving women’s and newborns health outcomes during pregnancy. Three databases were used to conduct literature searches and strict inclusion and exclusion criteria were employed. Seventeen studies were selected for analysis. All studies were randomized control trials conducted with pregnant women that evaluated the effect of group exercise programs on the health outcomes of mother and newborn. Most studies followed a supervised structured exercise program including a main aerobic part, resistance training, pelvic floor training and stretching and relaxation sections. The significant effects of the programs are related with improved maternal perception of health status, lower maternal weight gain, improved levels of maternal glucose tolerance, improved aerobic fitness and muscular strength, lower frequency of urinary incontinence, improved sick leave due to lumbopelvic pain, fewer cesarean and instrumental deliveries, higher newborn Apgar score and faster postpartum recovery. Exercise and health professionals should advise pregnant women that aerobic group exercise during pregnancy improves a wide range of health outcomes for the women and newborn

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Relatório de estágio apresentado para obtenção do grau de Mestre na especialidade profissional de educação pré-escolar

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Relatório de estágio para a obtenção do grau de Mestre em educação pré-escolar e em ensino do 1.º ciclo do ensino básico

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Relatório de estágio, apresentado para a obtenção do grau de Mestre na área de educação de infância e ensino do 1º ciclo do ensino básico

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Relatório de estágio apresentado para obtenção do grau de Mestre em educação pré-escolar e ensino do 1º ciclo do ensino básico

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Contributos de diferentes áreas disciplinares têm vindo a questionar as imagens que construímos histórica e socialmente de criança e infância, não sendo a educação de infância alheia a essa construção. A imagem da criança competente, reafirmada e fortalecida na sua dimensão social, desafia as pedagogias da infância a constituírem-se com a participação das próprias crianças. Este desafio questiona o conhecimento, as crenças dos profissionais, o modo de se pensarem enquanto educadores de infância e, sobretudo, exige uma atitude investigativa que sustente uma prática inclusiva de crianças e infâncias diferentes. Este trabalho partiu da possibilidade do educador-investigador-com crianças para o desenvolvimento de uma experiência na formação inicial de educadores de infância. Assumindo um referencial possível para o desenvolvimento de pedagogias participadas pelas crianças, inspirado em diferentes abordagens de investigação com crianças, foi lançado aos alunos no estágio pedagógico supervisionado e aos seus educadores cooperantes um desafio de investigação-acção-formação. Tendo como referência em investigação o “paradigma do pensamento do professor” constituiu-se um corpus de análise de abordagem qualitativa a partir de um inquérito para identificação de concepções prévias dos alunos, da documentação do processo de investigação-acção-formação presente nos portefólios dos alunos e da avaliação do projecto pelos participantes (alunos e educadoras cooperantes) com base numa entrevista. A partir do processo analítico e da sua interpretação discutem-se potencialidades e limitações quanto à possibilidade do educador-investigador-com-crianças.

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Este ensino clínico permitiu-nos prestar cuidados de enfermagem especializados a 16 homens com esquizofrenia em processo de reabilitação psicossocial. Na sua maioria são: adultos, solteiros, da região sul de Portugal, com uma média de 9 anos de escolaridade, com história de consumo de substâncias (álcool, tabaco, haxixe, cocaína, heroína e anfetaminas), institucionalizados na Casa de Saúde do Telhal (CST) há mais de 11 anos. Todos apresentam diagnósticos de enfermagem das várias dimensões do adoecer, com exceção da dimensão comportamental excitatória, sendo os de maior prevalência: “Conhecimento sobre Processo de doença/Cuidados na doença/Tratamento, Não Demonstrado”; Cognição, Comprometida”; “Processo Social, Alterado”; “Autoestima, Diminuída”. Foram desenvolvidos 4 programas de intervenção: consulta de enfermagem de saúde mental e psiquiatria (CESMP); atelier de estimulação cognitiva (AEC); programa de desenvolvimento de competência intrapessoais, interpessoais e profissionais (PDCIIP); programa de psicoeducação (SABER+). A satisfação global com os programas foi superior a 7 (numa escala de 1 a 10) e os resultados que foram percebidos pela maioria dos reabilitandos situaram-se acima das suas expectativas iniciais. De uma forma geral, todos registaram ganhos: no desempenho cognitivo (em particular os que beneficiaram do AEC); na adaptação psicossocial – nomeadamente ao nível do insight; os reabilitandos que beneficiaram do programa SABER+ melhoraram ainda os comportamentos demonstrados de aceitação do estado de saúde; no bem-estar psicológico – nomeadamente ao nível da autoestima (sobretudo os que beneficiaram da CESMP e/ou do PDCIIP), dos afetos positivos e dos comportamentos de motivação; nos vários domínios da qualidade de vida (QdV) medidos pelo WHOQOL-Bref em particular o domínio ambiental; todos elevaram o seu nível de conhecimentos nos 3 eixos em que que se estruturou o programa de psicoeducação (processo da doença, cuidados na doença, tratamento da doença); na adesão à medicação, sobretudo os que integraram o programa de psicoeducação, contudo todos tendem a necessitar de ajuda parcial para conseguir demonstrar conhecimento no cumprimento do esquema terapêutico e estão envolvidos em treinos supervisionados de preparação e autoadministração; ABSTRACT: This clinical training allowed us to provide skilled nursing care to 16 men with schizophrenia in a psychosocial rehabilitation setting. Most of these individuals are: adults, singles, from the southern region of Portugal, with an average of 9 years of schooling, with a history of substance abuse (alcohol, tobacco, cannabis, cocaine, heroin and amphetamines), institutionalized in Casa de Saúde do Telhal (CST) for over 11 years. We find nursing diagnoses from all of the disease dimensions with the exception of excitatory behavioral dimension, being the most prevalent: "knowledge about disease process / care / treatment, not stated"; cognition, impaired", "social process, impaired”, “self-esteem, decreased". We developed 4 intervention programs: psychiatry and mental health nursing consultation (CESMP); atelier of cognitive stimulation (AEC); intrapersonal, interpersonal and professional competences training (PDCIIP); psychoeducation (SABER+). The overall satisfaction with the programs was above 7 (on a scale of 1 to 10) and the results noticed by most patients were above their initial expectations. All registered nursing results were: in cognitive performance (particularly those who benefited from the AEC); in psychosocial adaptation - especially in terms of insight; patients who benefited from the SABER+ program demonstrated improved further acceptance of their health condition, psychological well-being, particularly in terms of self-esteem (especially those who benefited from the CESMP and/or the PDCIIP), positive affects and motivation; in the different domains of quality of life (QoL) measured by WHOQOL-Bref in particular the environmental domain; every patients raised their level of knowledge in the 3 axes in which the psychoeducational program (SABER+) was structured (disease process, care and treatment); in medication adherence, especially those who benefited of the psychoeducational program, however all the patients tend to need partial help to demonstrate knowledge in meeting the therapeutic regimen and are involved in supervised training programs for preparation and self administration.

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Este trabalho põe em evidência o valor formativo da prática profissional supervisionada e da escrita reflexiva com feedback co-construtivo sobre a praxis enquanto eixos estruturantes da construção de competências profissionais na formação inicial de professores do 1.º ciclo do ensino básico. Integrada no paradigma da complexidade e assumindo, do ponto de vista teórico-epistemológico, o diálogo entre o paradigma construtivista da complexidade (Lerbet 1986, 2004; Morin, 1994, s.d.; Le Moigne, 2002, 2003a), o paradigma da complexificação e da epistemologia da escuta/controvérsia (Correia, 2001), o experiencialismo crítico (Alarcão, 2001b) e o construtivismo/socioconstrutivismo (Piaget, 1975; Perret-Clermont, 1978; Morgado, 1988), a investigação que desenvolvemos teve como objectivo central saber como e em que condições, num contexto de formação reflexiva (Schön, 1983, 1992; Zeichner, 1993; Alarcão, 1996b, 2001c; Marcelo, 1999; Sá-Chaves, 2002; Alarcão e Tavares, 2003; Perrenoud, 2004) e, simultaneamente, de investigação (Moreira e Alarcão, 1997; Elliot, 1997; Alarcão, 2001a, 2001b; Moreira, 2001; Esteves, 2002; Estrela, 2003), se opera a construção da profissionalidade e da identidade social docente (Perrenoud, 1995, 2001b; Le Boterf, 1999; DeSeCo, 2002), ou seja, compreender a forma como se estabelecem e evoluem as dimensões que caracterizam o conhecimento profissional e os factores (activadores e inibidores) de desenvolvimento nele envolvidos. Para atingir este objectivo, propusemo-nos desenhar e realizar uma investigação centrada numa metodologia de formação – investigação-acção (Bataille, 1981; Pourtois, 1981; Morin, 1985; Moreira, 2001), de orientação reflexiva, focada no desenvolvimento pessoal e profissional dos alunos do 4.º ano do curso de formação de professores do 1.º CEB, da Escola Superior de Educação de Coimbra. Adoptou-se, por isso, uma dupla modelização para a investigação: o estudo de caso (para a investigação) e a investigação-acção (para a formação). O pólo técnico da investigação (Bruyne, Herman e Schoutheete, 1991) configurou, assim, como modo de investigação, o estudo de caso (multicaso) e as entrevistas, os interrogatórios clínicos (realizados no âmbito da pós-observação da componente de formação Estágio), a escrita regular de narrativas autobiográficas centrada nas trajectórias de formação (de processo e de síntese), a observação de aulas, entre outros, como instrumentos de recolha de dados que pareceram adequados à metodologia essencialmente qualitativa que elegemos. Os mesmos instrumentos, articulada e conjuntamente com outros adoptados no âmbito do desenvolvimento da unidade curricular Observação e Intervenção Educativa IV - Seminário de Análise e Reflexão Práticas, assumiram também funções formativas, ou seja, constituíram, pela análise dos dados que possibilitaram, ferramentas importantes de auto, hetero e co-formação e, concomitantemente, de investigação. A triangulação dos dados provenientes destas múltiplas fontes de informação assegurou o contraditório na gestão dos dados garantindo, deste modo, a validade das conclusões da investigação. Os dados da observação/supervisão das práticas pedagógicas e respectiva análise permitiu-nos: 1) identificar o estabelecimento e a evolução de configurações de relação entre a aprendizagem de competências básicas para o desempenho docente no 1.º CEB e certos aspectos explícitos do contexto de formação inicial tais como a iniciação à prática profissional supervisionada e a escrita reflexiva com feedback co-construtivo; 2) perspectivar, no contexto da iniciação à prática profissional supervisionada, a existência de um espaço de intervenção comum co-concebido, co-planificado, co-desenvolvido e coavaliado pelas instituições formadora e cooperantes em torno de um projecto de formação onde o diálogo prática-teoria-prática emerge como central na construção da complexa rede de competências profissionais que hoje se reclamam na formação inicial de professores; 3) conceber o professor como um profissional crítico-reflexivo e a reflexão e a investigação partilhada como dispositivos centrais de auto-avaliação e auto-regulação do desempenho profissional e do desenvolvimento ao longo da vida; 4) percepcionar a formação inicial do professor de 1.º CEB como o início do processo de vinculação/socialização à profissão. Estas conclusões podem, a nosso ver, contribuir, no quadro de uma colaboração interinstitucional co-formadora, que do ponto de vista das políticas de formação de professores se impõe redefinir, para o reconhecimento e valorização da importância dos contextos de prática supervisionada e da escrita autobiográfica com feedback co-construtivo no desenvolvimento profissional e identitário na formação inicial de educadores/professores e, simultaneamente, sustentar, ancorada numa nova ética de investigação, a teoria da formação na perspectiva da epistemologia do sujeito aprendente.