The Mode of Action of Recombinant Mycobacterium tuberculosis Shikimate Kinase: Kinetics and Thermodynamics Analyses

Tuberculosis remains as one of the main cause of mortality worldwide due to a single infectious agent, Mycobacterium tuberculosis. The aroK-encoded M. tuberculosis Shikimate Kinase (MtSK), shown to be essential for survival of bacilli, catalyzes the phosphoryl transfer from ATP to the carbon-3 hydroxyl group of shikimate (SKH), yielding shikimate-3-phosphate and ADP. Here we present purification to homogeneity, and oligomeric state determination of recombinant MtSK. Biochemical and biophysical data suggest that the chemical reaction catalyzed by monomeric MtSK follows a rapid-equilibrium random order of substrate binding, and ordered product release. Isothermal titration calorimetry (ITC) for binding of ligands to MtSK provided thermodynamic signatures of non-covalent interactions to each process. A comparison of steady-state kinetics parameters and equilibrium dissociation constant value determined by ITC showed that ATP binding does not increase the affinity of MtSK for SKH. We suggest that MtSK would more appropriately be described as an aroL-encoded type II shikimate kinase. Our manuscript also gives thermodynamic description of SKH binding to MtSK and data for the number of protons exchanged during this bimolecular interaction. The negative value for the change in constant pressure heat capacity (ΔCp) and molecular homology model building suggest a pronounced contribution of desolvation of non-polar groups upon binary complex formation. Thermodynamic parameters were deconvoluted into hydrophobic and vibrational contributions upon MtSK:SKH binary complex formation. Data for the number of protons exchanged during this bimolecular interaction are interpreted in light of a structural model to try to propose the likely amino acid side chains that are the proton donors to bulk solvent following MtSK:SKH complex formation. © 2013 Rosado et al.

Irregular satellites of Jupiter: Three-dimensional study of binary-asteroid captures

Among the hidden pieces of the giant puzzle, which is our Solar system, the origins of irregularsatellites of the giant planets stand to be explained, while the origins of regular satellites arewell explained by the in situ formation model through matter accretion. Once they are notlocally formed, the most acceptable theory predicts that they had been formed elsewhere andbecame captured later, most likely during the last stage of planet formation. However, underthe restricted three-body problem theory, captures are temporary and there is still no assistedcapture mechanism which is well established. In a previous work, we showed that the capturemechanism of a binary asteroid under the co-planar four-body scenario yielded permanentcaptured objects with an orbital shape which is very similar to those of the actual progradeirregular Jovian satellites. By extending our previous study to a 3D case, here we demonstratethat the capture mechanism of a binary asteroid can produce permanent captures of objects byitself which have very similar orbits to irregular Jovian satellites. Some of the captured objectswithout aid of gas drag or other mechanisms present a triplet: semi-major axis, eccentricityand inclination, which is comparable to the already known irregular Jovian objects. © 2013 The Authors Published by Oxford University Press on behalf of the Royal Astronomical Society.

BCS: A Binary Cuckoo Search algorithm for feature selection

Feature selection has been actively pursued in the last years, since to find the most discriminative set of features can enhance the recognition rates and also to make feature extraction faster. In this paper, the propose a new feature selection called Binary Cuckoo Search, which is based on the behavior of cuckoo birds. The experiments were carried out in the context of theft detection in power distribution systems in two datasets obtained from a Brazilian electrical power company, and have demonstrated the robustness of the proposed technique against with several others nature-inspired optimization techniques. © 2013 IEEE.

Integrated quality assessment of sediments from harbour areas in Santos-São Vicente Estuarine System, Southern Brazil

Santos-São Vicente Estuarine System is a highly populated coastal zone in Brazil and where it is located the major port of Latin America. Historically, port activities, industrial and domestic effluents discharges have constituted the main sources of contaminants to estuarine system. This study aimed to assess the recent status of sediment quality from 5 zones of Port of Santos by applying a lines-of-evidence approach through integrating results of: (1) acute toxicity of whole sediment and chronic toxicity of liquid phases; (2) grain size, organic matter, organic carbon, nitrogen, phosphorus, trace metals, polycyclic aromatic hydrocarbons, linear alkylbenzenes and butyltins; (3) benthic community descriptors. Results revealed a gradient of increasing contamination for metals and organic compounds, alongside with their geochemical carriers. Sediment liquid phases were more toxic compared to whole sediment. Low number of species and individuals indicated the impoverishment of benthic community. The use of site-specific sediment quality guidelines was more appropriate to predict sediment toxicity. The integration of results through Sediment Quality Triad approach and principal component analysis allowed observing the effects of natural stressors and dredging on sediment quality and benthic distribution. Even with recent governmental efforts to control, pollution is still relevant in Port of Santos and a threat to local ecosystems. © 2013 Elsevier Ltd.

Modelo de programação matemática para controle do crescimento da vegetação sob redes de distribuição de energia elétrica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Status of implementation of the System of National Accounts (SNA) 1993 in selected Caribbean countries

Includes bibliography

O sistema agroindustrial do leite na região de Presidente Prudente-SP

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

How do driver compensation schemes affect bus system performance?: a comparison between fixed wage and "guerra por el boleto" in Santiago, Chile.

Two systems of bus driver compensation exist in Santiago, Chile. The majority of drivers are paid per passenger transported, which leads to drivers trying to maximize the number of passengers each one conveys. Some of these effects are beneficial, such as a more active effort to minimize the problem of bus bunching, while others, such as aggressive driving, can be harmful. Drivers are said to "race" and the term "War for the Fare" is commonly used. Drivers also pay freelance workers called "sapos" to provide spacing information. Similar phenomena occur in other Latin American capitals.The other system, a fixed wage, is used by 2 companies holding recently awarded concessions for routes feeding metro stations.This paper discusses, quantitatively and qualitatively, the effects of these two compensation systems on accidents, quality of service, attitudes of both users and drivers, and average waiting times for passengers.

Exotic Bose-Einstein condensates: binary mixtures and dipolar gases

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização genética de avestruzes (Struthio camelus) usando marcadores RAPD

O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de populações de avestruzes (Struthio camelus) por meio de marcadores RAPD (Polimorfismos de DNA amplificado ao acaso). Foram coletadas 121 amostras de indivíduos procedentes dos estados do Pará, Maranhão, Tocantins e Minas Gerais. O DNA genômico foi extraído a partir de sangue total. A triagem de iniciadores permitiu a seleção de 15 entre os 60 analisados que foram amplificados pelo método PCR. Os produtos da PCR foram visualizados em gel de agarose 1,5% e foi gerada uma matriz binária para os fragmentos amplificados com presença (1) e ausência (0) de banda. Para a verificação do número ótimo de bandas polimórficas foi realizada a análise de bootstrap por meio do software GQMOL. Para a análise dos dados foi utilizado o programa NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis Sistem), versão 2.02. A similaridade entre as amostras foi analisada através do coeficiente de Jaccard. Foi gerada uma matriz de distância cofenética, usando o módulo Sahncof, do programa NTSYS 2.2. Para realização da estruturação gênica o procedimento empregado foi a análise de variância molecular (AMOVA), processada no software Arlequin 2.0 (Schneider et al., 2000). Os 15 iniciadores geraram um total de 109 bandas polimórficas. A análise de bootstrap mostrou que a partir de 100 bandas o trabalho já se torna mais confiável, uma vez que a magnitude da correlação foi bem próxima do valor máximo (r=0,99), como também a soma de quadrados dos desvios (SQd) atingiu valor baixo 1,25 e o valor do estresse (E) foi de 0,05. Na análise entre pares de grupos, foi verificado que a maior e menor similaridade estão em torno, respectivamente, de 0,86 e 0,00. No que diz respeito à distribuição de freqüência das similaridades obtidas entre os 5.644 pares formados na matriz genética, pode-se verificar que 32,69 % dos pares ficaram incluídos nas classes com similaridades variando de 0,01 a 0,10. Nota-se que a maior porcentagem (85,59%) dos pares ficou distribuídos nas três primeiras classes das extremidades e que a minoria deles (14,41%) apresentou similaridades variando de 0,21 a 1,00. O teste de Mantel mostrou correlação de 0,81 e o dendrograma gerou 67 grupos delimitados pela Sm que foi de 0,49. A maior similaridade foi de 0,86 e a menor de 0,06. Os dados relativos à análise de variância molecular mostraram que a porcentagem de variação genética entre procedências foi baixa e significativa (24,03%, p < 0,0001), evidenciando que grande parte da variação encontra-se dentro das populações (75,97 %). Os marcadores RAPD foram eficientes na caracterização da similaridade genética.

High pressure vapor-liquid equilibria of palm fatty acids distillates-carbon dioxide system

Equilíbrio líquido-vapor do sistema destilado ácido do óleo de palma-dióxido de carbono a alta pressão. Foi investigado experimentalmente o equilíbrio líquido-vapor para o sistema Destilado Ácido de Óleo de Palma (PFAD)/Dióxido de Carbono, nas temperaturas de 333, 353 e 373 K e pressões de 20, 23, 26 e 29 MPa, usando-se o método estático. Os dados experimentais do sistema pseudo-binário PFAD/CO₂ foram correlacionados com a equação de estado de Redlich-Kwong do pacote computacional ASPEN. O modelo reproduz bem os resultados experimentais. A seletividade obtida indica que o CO₂ supercrítico é um solvente razoável para a separação em coluna multi-estágio e contínua, do ácido graxo saturado (ácido palmítico) daqueles insaturados (ácido oleico e ácido linoleico) contidos no PFAD.

Uso de árvore de decisão para avaliação da segurança estática em tempo real de sistemas elétricos de potência

As técnicas utilizadas para avaliação da segurança estática em sistemas elétricos de potência dependem da execução de grande número de casos de fluxo de carga para diversas topologias e condições operacionais do sistema. Em ambientes de operação de tempo real, esta prática é de difícil realização, principalmente em sistemas de grande porte onde a execução de todos os casos de fluxo de carga que são necessários, exige elevado tempo e esforço computacional mesmo para os recursos atuais disponíveis. Técnicas de mineração de dados como árvore de decisão estão sendo utilizadas nos últimos anos e tem alcançado bons resultados nas aplicações de avaliação da segurança estática e dinâmica de sistemas elétricos de potência. Este trabalho apresenta uma metodologia para avaliação da segurança estática em tempo real de sistemas elétricos de potência utilizando árvore de decisão, onde a partir de simulações off-line de fluxo de carga, executadas via software Anarede (CEPEL), foi gerada uma extensa base de dados rotulada relacionada ao estado do sistema, para diversas condições operacionais. Esta base de dados foi utilizada para indução das árvores de decisão, fornecendo um modelo de predição rápida e precisa que classifica o estado do sistema (seguro ou inseguro) para aplicação em tempo real. Esta metodologia reduz o uso de computadores no ambiente on-line, uma vez que o processamento das árvores de decisão exigem apenas a verificação de algumas instruções lógicas do tipo if-then, de um número reduzido de testes numéricos nos nós binários para definição do valor do atributo que satisfaz as regras, pois estes testes são realizados em quantidade igual ao número de níveis hierárquicos da árvore de decisão, o que normalmente é reduzido. Com este processamento computacional simples, a tarefa de avaliação da segurança estática poderá ser executada em uma fração do tempo necessário para a realização pelos métodos tradicionais mais rápidos. Para validação da metodologia, foi realizado um estudo de caso baseado em um sistema elétrico real, onde para cada contingência classificada como inseguro, uma ação de controle corretivo é executada, a partir da informação da árvore de decisão sobre o atributo crítico que mais afeta a segurança. Os resultados mostraram ser a metodologia uma importante ferramenta para avaliação da segurança estática em tempo real para uso em um centro de operação do sistema.

Luminescência e aspectos estruturais de difenilfosfinatos de alguns íons lantanídeos

Pós-graduação em Química - IQ

A simple and rapid screening method for sulfonamides in honey using a flow injection system coupled to a liquid waveguide capillary cell

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

First results from an airborne GPS radio occultation system for atmospheric profiling

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)