Pesquisa de genes de metalo-beta-lactamases em pseudomonas aeruginosa isoladas em três hospitais universitários de Porto Alegre

Objetivos: Padronizar uma técnica molecular, Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para detectar os genes blaSPM-1 , blaVIM-2 e blaIMP-1 que conferem a Pseudomonas aeruginosa resistência a carbapenêmicos (imipenem e meropenem) através da produção das metalo-β-lactamases (MBL) SPM-1, VIM-2 e IMP-1. Comparar os resultados obtidos com a técnica de PCR com os obtidos através de uma técnica fenotípica para detecção desse mecanismo enzimático de resistência. Descrever a prevalência dos genes de MBL. Metodologia: Utilizando 48 amostras clínicas de P. aeruginosa resistentes a ceftazidima e/ou imipenem sendo 37 caracterizadas como produtoras de MBL através de uma técnica fenotípica (aproximação de disco) e 11 como não produtoras pela mesma técnica. Esses isolados foram testados com três primers específicos para os seguintes genes: blaSPM-1 , blaVIM-2 e blaIMP-1 Resultados e Discussão: Dos 37 isolados produtores de metalo-β-lactamase, 29 tiveram resultado positivo na PCR sendo 27 positivos para o gene blaSPM-1 e 2 positivos para o gene blaIMP-1 . Em nenhum isolado foi detectado o gene blaVIM-2 .Oito isolados caracterizados como produtores de MBL não tiveram nenhum produto amplificado com os três pares de primers. Os 11 isolados caracterizados como não produtores de MBL não tiveram produto amplificado. Assim, a sensibilidade da técnica molecular foi de 78,40% e a especificidade 100,0% considerando a técnica fenotípica de aproximação de disco como padrão ouro Conclusões: Foi possível a padronização da técnica de PCR para a detecção dos genes blaSPM-1 , blaVIM-2 e blaIMP-1 bem como foi possível a comparação entre a técnica de PCR e a técnica fenotípica, sendo que a metodologia molecular apresentou 100% de especificidade e 78,40% de sensibilidade. O gene de MBL mais prevalente foi blaSPM-1 encontrado em 27/29 amostras de P. aeruginosa resistentes ao imipenem. O gene blaIMP-1 foi detectado em apenas 2/29 amostras de P. aeruginosa resistentes ao imipenem. O gene blaVIM-2 e não foi detectado nas amostras de P.aeruginosa analisadas neste estudo.

Caracterização parcial de um fragmento e detecção por RT-PCR de Rice Stripe Necrosis Virus

O enrolamento do arroz é uma doença viral emergente no Brasil causada pelo Rice stripe necrosis virus (RSNV) que é transmitido pelo protozoário Polymyxa graminis. RSNV é um membro do gênero Benyvirus com genoma dividido em 4 RNAs de fita simples no sentido positivo (ssRNA +). Em função da falta de conhecimento sobre a seqüência de nucleotídeos do seu genoma, a detecção de RSNV através de métodos moleculares não é utilizada. O objetivo deste trabalho foi identificar seqüências do genoma de RSNV que possibilitassem sua detecção em plantas de arroz através da técnica de transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase (RT-PCR). As seqüências do genoma foram identificadas a partir de clones de uma biblioteca de cDNAs obtidos de uma amostra do vírus parcialmente purificado. Os clones que hibridizaram com sondas sintetizadas a partir de RNA de plantas infectadas com RSNV foram seqüenciados e comparados às seqüências do GenBank. Um fragmento de 957 nt da extremidade 3’ da fita de um dos 4 RNAs genômicos de RSNV foi obtido. A análise da seqüência nucleotídeos desse fragmento não revelou qualquer similaridade com seqüências conhecidas, tampouco indicou uma possível função. Um par de oligonucleotídeos iniciadores foi desenhado a partir de um clone que potencialmente contém uma seqüência de RSNV. A especificidade e a sensibilidade da RT-PCR utilizando esse par de oligonucleotídeos iniciadores, bem como sua eficiência na detecção do vírus em diferentes partes da planta de arroz, foram avaliadas. Os resultados indicam que a RT-PCR é específica para RSNV e pode detectar o vírus em tecido oriundo das raízes, do colo e de folhas com distorção. Comparada ao diagnóstico da doença através da observação de sintomas e de estruturas do vetor, a RT-PCR é uma ferramenta confiável para a diagnose do enrolamento do arroz.

Análise de vacinas contra o sorotipo 3 do vírus da doença de marek por PCR em tempo real e cultivo celular.

A doença de Marek (MD), causada por um alfaherpesvírus, é uma enfermidade linfoproliferativa que acomete principalmente galinhas. Como não existe tratamento, a melhor forma de prevenção e controle da MD é através do uso de vacinas atenuadas, que vêm sendo usadas desde 1970. Este trabalho descreve a análise de vacinas vivas congeladas contra o sorotipo 3 do vírus da doença de Marek (herpesvírus de peru – HVT) por PCR em tempo real (qPCR) e por cultivo em células de embrião de galinha. Foram avaliadas três vacinas (cepa FC126) provenientes de distintos fabricantes. As análises da homogeneidade inter e intra-lote apresentaram, respectivamente, média ± desvio padrão de 2,6 ± 1,7%, 2,1 ± 1,1% e 1,2 ± 0,1% e média ± desvio padrão de 1,5 ± 0,1%, 1,2 ± 0,8% e 1,0 ± 0,3% para A, B e C, respectivamente. A qPCR subestimou os títulos das vacinas concentradas 4x e superestimou os títulos das vacinas diluídas 8x, enquanto o cultivo celular superestimou os títulos das vacinas concentradas. As vacinas apresentaram quantidades diferentes de células/dose e unidade formadoras de placa/dose. Conseqüentemente, a relação PFU/célula também foi diferente, o que demonstra a necessidade de construção de curvas diferentes, para cada fabricante, para a titulação por qPCR.

Titulação de vacinas contra o sorotipo 3 do vírus da doença de marek por pcr em tempo real

A Doença de Marek é uma enfermidade linfoproliferativa das aves, causada por um alfaherpesvírus e caracterizada pela infiltração de células em nervos periféricos, gônadas, íris, vísceras, músculos e pele. Desde 1970, vacinas atenuadas têm sido utilizadas como ferramenta principal no controle da doença. Esse trabalho descreve a implantação da Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (qPCR) para a titulação de vacinas contra o vírus da doença de Marek do sorotipo 3, herpesvírus dos perus (HVT). A qPCR foi comparada com a técnica tradicional de titulação, baseada no cultivo celular de fibroblastos de embrião de galinha. Foram avaliadas três vacinas vivas (congeladas, cepa FC126) provenientes de distintos fabricantes. A técnica molecular apresentou alta correlação entre os valores de threshold cycle (CT) e respectivas diluições das vacinas (R2 = 0,99), indicando que, dentro desta faixa linear testada (102 a 104 PFU/dose), a qPCR foi capaz de quantificar as vacinas disponíveis no mercado. A reprodutibilidade da titulação em cultivo celular e qPCR foi avaliada pela realização dos testes em três dias distintos a partir de ampolas de um mesmo lote da vacina. Os títulos obtidos por ambos os métodos demonstraram alta reprodutibilidade e coerência com o fornecido pelo fabricante. Caracterizou-se também a proporção de vírus livres e associados às células, onde foi observado que, pelo menos, 90% dos vírus encontravamse na forma associada. Este trabalho indicou que a qPCR é reprodutível, rápida e menos trabalhosa do que a titulação em cultivo celular tradicionalmente utilizada.

Plant or fungal sequences? An alternative optimized PCR protocol to avoid ITS (nrDNA) misamplification

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Serological investigation and PCR in detection of pathogenic leptospires in snakes

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Identification of new isolates of Bacillus thuringiensis using rep-PCR products and delta-endotoxin electron microscopy

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterização molecular de isolados de Flavobacterium columnare de tilapia do nilo e piracanjuba por meio de RAPD-PCR

Flavobacterium columnare is a cosmopolite bacteria and it is one of the main problem in Brazilian aquaculture, causing high mortalities index and economic damage. The main factors that contribute to columnaris disease are inadequate water quality, excess handling, high density of fish and temperature variations. For a successful epidemiological study and disease control, it is essential to differentiate the F. columnare from other yellow pigmentation bacteria. The present study used molecular techniques to characterize, by RAPD-PCR, two strains of F. columnare isolated from Oreochromis niloticus and Brycon orbignyanus. Data were analyzed as binary (0 and 1) and a genetic similarity matrix was generated by Jaccard's coefficient. Cluster analysis was performed by the neighbor joining method. The RAPD-PCR technique confirmed to be a usefull tool to obtain genetic profiles from F. columnare isolates based on the oligonucleotides used and to verify genetic similarity.

Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Comparative validation using quantitative real-time PCR (qPCR) and conventional PCR of bovine semen centrifuged in continuous density gradient

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Molecular characterization of group A bovine rotavirus in southeastern and central-western Brazil, 2009-2010

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Infectious bronchitis virus: detection and vaccine Strain differentiation by semi-nested RT-PCR

A semi-nested reverse transcription-polymerase chain reaction (Semi-N-RT-PCR) was developed and used to detect the S glycoprotein gene of infectious bronchitis virus (IBV) strains and to discriminate H120 vaccine strain from other strains. Viral RNA was extracted from the allantoic fluid of chicken embryos and from tissues of chickens experimentally infected with different strains of IBV. Amplification and identification of the viral RNA was performed using two sets of primers complementary to a region of the S glycoprotein gene in the Semi-N-RT-PCR assay. The pair of primers used in the first PCR consisted of universal oligonucleotides flanking a more variable region of S1-S2 gene. The second primer pair was used in the Semi-N-RT-PCR and was comprised of one of the primers from the first universal pair together with either another universal internal oligolucleotide or a oligonucleotide sequence specific for the H120 strain of IBV. The universal primers detected all reference IBV strains and field isolates tested herein. The Semi-N-RT-PCR had high sensitivity and specificity, and was able to differentiate the H120 vaccine strain from other reference IBV strains; including M41 strain. All tissue samples collected from chickens experimentally infected with H120 or M41 strains were positive in the semi-nested RT-PCR using universal primers, while only the H120-infected tissue samples were amplified by the set of primers containing the H120-oligonucleotide. In conclusion, the ability of Semi-N-RT-PCR to detect distinct IBV strains and preliminarily discriminate the vaccine strain (H120) closes a diagnostic gap and offers the opportunity to use comprehensive PCR procedures for the IBV diagnosis.

In vitro culture, PCR , and nested PCR for the detection of Theileria equi in horses submitted to exercise

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Virulence properties and antimicrobial susceptibility of Shiga toxin-producing Escherichia coli strains isolated from healthy cattle from Parana State, Brazil

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Detection of bovine herpesvirus 5 (BoHV-5) in formalin-fixed, paraffin-embedded bovine brain by nested PCR in Colombian cattle

Fifteen cases of viral meningoencephalitis in Colombian cattle were tested by nested PCR analysis for the detection of bovine herpesvirus 5 (BoHV-5). All fatal cases had shown severe neurological signs and had occurred following natural outbreaks of the disease. The neurological infection was histologically characterized by mild to moderate inflammatory changes in the brain and cerebellum, including meningitis, mononuclear perivascular cuffing, gliosis, haemorrhage, and the presence of Gitter cells (macrophages) accompanying large areas of malacia. No intranuclear inclusion bodies were seen in any of the cases. Results from BoHV-5 molecular extraction analyses showed there were five positive cases thus confirming the presence of the virus in Colombia.