Sexage et phylogénie, à partir des gènes CHD (-Z et -W) et COX-1, des oiseaux de proie du Québec et de perroquets d’attrait vétérinaire

Connaître le sexe d’un oiseau est important pour divers domaines notamment pour les vétérinaires, les écologistes ainsi que pour les éleveurs d’oiseaux qui veulent former des couples qui serviront à la reproduction. Plusieurs espèces d’oiseaux, juvéniles et adultes, n’ont pas de dimorphisme sexuel. L’utilisation de l’ADN est une façon rapide de déterminer le sexe à partir d’un échantillon de sang, de muscle, de plumes ou de fèces. Par contre, la méthode devrait être validée pour chaque espèce et idéalement, standardisée. Le premier objectif de cette étude est de développer une méthode de sexage par séquençage des oiseaux à partir des séquences du gène CHD, en utilisant les oiseaux de proie et les perroquets vus en clinique au Québec. Un deuxième objectif est de faire l’identification de l’espèce à sexer, à partir du gène mitochondrial COX-1 et aussi à partir des séquences CHD-Z et CHD-W, utilisés pour le sexage. Un troisième objectif est d’évaluer les séquences sorties (CHD-Z, CHD-W et COX-1) en vue d’une étude phylogénique. Une extraction d’ADN a été effectuée chez 27 espèces de perroquets, 34 espèces d’oiseaux de proie, une corneille (Corvus brachyrhynchos) et un poulet (Gallus gallus). Une amplification par PCR a été exécutée pour les exons partiels 23 et 24 du gène CHD. Le séquençage de cet amplicon permettait de savoir s’il s’agissait d’un mâle (séquence simple CHD-Z) ou d’une femelle (séquences CHD-Z et CHD-W qui se chevauchent). Afin d’avoir des séquences CHD-W distinctes, un sous-clonage a été fait chez les femelles de chaque espèce. De cette manière, les séquences partielles du gène CHD, Z et W, ont été trouvées pour les espèces échantillonnées. Une étude phylogénique a été effectuée avec les séquences de COX-1, CHD-Z et CHD-W grâce au site « Clustal-Omega ». La méthode de sexage des oiseaux par séquençage du gène CHD est standard et efficace. Le gène COX-1 permet une meilleure identification des espèces parentes et le gène CHD-Z est le plus utile pour étudier la phylogénie profonde.

(Table 1) Age determination and isotopic signature of last glacial Patagonian caly/silt

Ice cores provide a record of changes in dust flux to Antarctica, which is thought to reflect changes in atmospheric circulation and environmental conditions in dust source areas (Forster et al., 2007; Diekmann et al. 2000, doi:10.1016/S0031-0182(00)00138-3; Winckler et al., 2008, doi:10.1126/science.1150595; Reader et al., 1999, doi:10.1029/1999JD900033; Mahowald et al., 1999, doi:10.1029/1999JD900084; Petit et al., 1999, doi:10.1038/20859; 1990, doi:10.1038/343056a0 Delmonte et al., 2009, doi:10.1029/2008GL033382; Lambert et al., 2008, doi:10.1038/nature06763). Isotopic tracers suggest that South America is the dominant source of the dust (Grousset et al., 1992, doi:10.1016/0012-821X(92)90177-W; Basile et al., 1997, doi:10.1016/S0012-821X(96)00255-5; Gaiero et al., 2007, doi:10.1016/j.chemgeo.2006.11.003), but it is unclear what led to the variable deposition of dust at concentrations 20-50 times higher than present in glacial-aged ice (Petit et al., 1990, doi:10.1038/343056a0; Lambert et al., 2008, doi:10.1038/nature06763). Here we characterize the age and composition of Patagonian glacial outwash sediments, to assess the relationship between the Antarctic dust record from Dome C (refs Lambert et al., 2008, doi:10.1038/nature06763; Wolff et al., 2006, doi:10.1038/nature04614) and Patagonian glacial fluctuations (Sugden et al., 2005; McCulloch et al., 2005, doi:10.1111/j.0435-3676.2005.00260.x; Kaplan et al., 2008, doi:10.1016/j.quascirev.2007.09.013) for the past 80,000 years. We show that dust peaks in Antarctica coincide with periods in Patagonia when rivers of glacial meltwater deposited sediment directly onto easily mobilized outwash plains. No dust peaks were noted when the glaciers instead terminated directly into pro-glacial lakes. We thus propose that the variable sediment supply resulting from Patagonian glacial fluctuations may have acted as an on/off switch for Antarctic dust deposition. At the last glacial termination, Patagonian glaciers quickly retreated into lakes, which may help explain why the deglacial decline in Antarctic dust concentrations preceded the main phase of warming, sea-level rise and reduction in Southern Hemisphere sea-ice extent (Wolff et al., 2006, doi:10.1038/nature04614).