Understanding Subsystems in Biology through Dimensionality Reduction, Graph Partitioning and Analytical Modeling

Biological systems exhibit rich and complex behavior through the orchestrated interplay of a large array of components. It is hypothesized that separable subsystems with some degree of functional autonomy exist; deciphering their independent behavior and functionality would greatly facilitate understanding the system as a whole. Discovering and analyzing such subsystems are hence pivotal problems in the quest to gain a quantitative understanding of complex biological systems. In this work, using approaches from machine learning, physics and graph theory, methods for the identification and analysis of such subsystems were developed. A novel methodology, based on a recent machine learning algorithm known as non-negative matrix factorization (NMF), was developed to discover such subsystems in a set of large-scale gene expression data. This set of subsystems was then used to predict functional relationships between genes, and this approach was shown to score significantly higher than conventional methods when benchmarking them against existing databases. Moreover, a mathematical treatment was developed to treat simple network subsystems based only on their topology (independent of particular parameter values). Application to a problem of experimental interest demonstrated the need for extentions to the conventional model to fully explain the experimental data. Finally, the notion of a subsystem was evaluated from a topological perspective. A number of different protein networks were examined to analyze their topological properties with respect to separability, seeking to find separable subsystems. These networks were shown to exhibit separability in a nonintuitive fashion, while the separable subsystems were of strong biological significance. It was demonstrated that the separability property found was not due to incomplete or biased data, but is likely to reflect biological structure.

Output from the 1998 Product Development Value Stream Workshop: A Framework for Understanding Information Flow in the Product Development Process

The descriptions below and the attached diagrams are outputs of the 1998 LAI Product Development Focus Team workshop on the Value Chain in Product Development. A working group at that workshop was asked to model the product development process: in terms of the phases of product development and their interfaces, boundaries and outputs. Their work has proven to be generally useful to LAI researchers and industry members, and so is formalized here.

La adolescencia: retos para la investigación y para la sociedad europea de cara al sigol XXI

A lo largo de la última década, la adolescencia ha sido un tema de discusión política en distintos espacios europeos al más alto nivel. En una sociedad aceleradamente cambiante se percibe que la adecuada socialización de las generaciones más jóvenes constituye un reto socio-histórico que nos afecta a todos. Los cambios en que estamos sumergidos son tan plurales (demográficos, sociales, tecnológicos, económicos, políticos, etc.) que generan un amplísimo frente de nuevos dilemas éticos. La opinión de los ciudadanos de la Unión Europea se muestra preocupada por nuevos valores y destaca la preferencia por la responsabilidad en coherencia con dicha situación cambiante. Todo este macrocontexto psicosocial viene planteando nuevos retos teóricos y de investigación a la comunidad científica. De hecho las ciencias humanas y sociales han empezado a desarrollar nuevas líneas de investigación para comprender mejor las nuevas relaciones entre adultos y adolescentes y las nuevas culturas que emergen entre estos últimos, impulsadas por nuevas aspiraciones sociales compartidas por grupos más o menos amplios de la población joven. El desarrollo de técnicas e instrumentos que nos permitan comprender mejor la perspectiva del adolescente se hace más evidente si analizamos su relación con las nuevas tecnologías de la información y la comunicación. Dichas tecnologías comportan nuevos riesgos, pero también nuevas oportunidades, entre las que destaca la posibilidad de establecer nuevas formas de relación. La motivación que muestran los más jóvenes por las nuevas tecnologías constituye un gran reto a los investigadores aplicados para sugerir formas de maximizar las potencialidades latentes

Evolutionary psychology and evolutionary developmental psychology : Understanding the evolution of human behavior and development

Resumen tomado de la publicaci??n

La actualidad y los retos de la RSE. Un modelo familiar de responsabilidad social empresarial

El presente texto comienza con la definición y explicación de algunos de los conceptos básicos de mayor importancia para la familiarización con el presente trabajo. A continuación construimos tres pilares fundamentales que soportan la idea de una actuación moralmente responsable. Empezamos con el reconocimiento de aportes éticos y filosóficos desde el siglo XVI hasta nuestros días. Seguidamente, examinamos el componente económico y el aspecto ético, en donde encontramos evidencia de la falta de compromiso moral de los actores económicos y hallamos evidencia que soporta al nuevo orden económico mundial. Por último, evaluamos el comportamiento que se debería seguir en el ámbito empresarial. Analizamos la conducta que debería guiar el camino empresarial; se debe buscar un punto medio en donde se es socialmente responsable y se logra incrementar los beneficios financieros. Tras apoyarnos sobre estos tres pilares llegamos al diseño de un modelo de responsabilidad social en el que las empresas deben ser vistas como una familia económica. Con esto intentamos hacer énfasis en la redefinición del contrato social, en el que las empresas vean a los stakeholders y al medio ambiente de la misma forma en que un padre responsable ve a sus hijos y a su familia. Quisimos hacer ver, inicialmente, un panorama extenso acerca del punto crítico en el que nos encontramos hoy buscando una concienciación general para el entendimiento que el bienestar social y ambiental favorece a todos, pues mejora la calidad de vida a nivel mundial y aumente el desempeño empresarial a lo largo del planeta.

Understanding research: The HCIU Shoes exercise

An exercise for students and tutors to explore the basic questions about research design and method Professor Debra Humphris

Professional, Legal and ethical issues - indicative topic list

indicative list of topic areas for professional, legal and ethical issues modules clustered into broad themes. Document is to be consulted in conjunction with other slides and notes for the module.

Educating an iPod generation: undergraduate attitudes, experiences and understanding of vodcast and podcast use

ognyline) There is an increasing pressure on university staff to provide ever more information and resources to students. This study investigated student opinions on (audio) podcasts and (video) vodcasts and how well they met requirements and aided learning processes. Two experiments within the Aston University looked at student opinion on, and usage of, podcasts and vodcasts for a selection of their psychology lectures.

Academic Integrity in an Ethical Context: INFO2009 Week 2

Reminder of ECS academic integrity tutorial, scenarios for small group discussion on 1) academic integrity 2) integrity in the workplace. Students are invited to draw parallels between these two aspects.

Beep Teaching Resources. Case studies around ethical dilemmas

Case Studies whether hypothetical or real are a tried and tested way of stimulating discussion around ethical dilemmas.

Neuromarketing : una forma de romper los paradigmas del marketing convencional

Actualmente las empresas se enfrentan a un entorno cambiante donde la competencia es cada vez mayor y el gran desafío es lograr la fidelización de los clientes, debido a esto, es necesario buscar métodos que permitan conocer más a fondo sus necesidades, gustos y percepciones. Este trabajo de investigación le permitirá al lector conocer acerca del surgimiento, desarrollo y aplicación del Neuromarketing, como respuesta a las necesidades competitivas de las empresas en un mercado globalizado. En este mismo sentido, el lector podrá comprender: los factores determinantes al momento de comprar, las técnicas que emplea el Neuromarketing para conocer y entender a los clientes, así como los experimentos y los casos reales en los cuales se han utilizado estas técnicas para fidelizar a los compradores con un determinado producto o marca.

Open Access to Research: A Broad Take On Understanding policy, preparing for the future

Looking at the Wider Picture of Open Access and other Open Agendas affecting Universities