Maintenance of polymorphism : a theoretical approach using multilocus systems

Résumé La thématique de cette thèse peut être résumée par le célèbre paradoxe de biologie évolutive sur le maintien du polymorphisme face à la sélection et par l'équation du changement de fréquence gamétique au cours du temps dû, à la sélection. La fréquence d'un gamète xi à la génération (t + 1) est: !!!Equation tronquée!!! Cette équation est utilisée pour générer des données utlisée tout au long de ce travail pour 2, 3 et 4 locus dialléliques. Le potentiel de l'avantage de l'hétérozygote pour le maintien du polymorphisme est le sujet de la première partie. La définition commune de l'avantage de l'hétérozygote n'etant applicable qu'a un locus ayant 2 allèles, cet avantage est redéfini pour un système multilocus sur les bases de précédentes études. En utilisant 5 définitions différentes de l'avantage de l'hétérozygote, je montre que cet avantage ne peut être un mécanisme général dans le maintien du polymorphisme sous sélection. L'étude de l'influence de locus non-détectés sur les processus évolutifs, seconde partie de cette thèse, est motivée par les travaux moléculaires ayant pour but de découvrir le nombre de locus codant pour un trait. La plupart de ces études sous-estiment le nombre de locus. Je montre que des locus non-détectés augmentent la probabilité d'observer du polymorphisme sous sélection. De plus, les conclusions sur les facteurs de maintien du polymorphisme peuvent être trompeuses si tous les locus ne sont pas détectés. Dans la troisième partie, je m'intéresse à la valeur attendue de variance additive après un goulot d'étranglement pour des traits sélectionés. Une études précédente montre que le niveau de variance additive après goulot d'étranglement augmente avec le nombre de loci. Je montre que le niveau de variance additive après un goulot d'étranglement augmente (comparé à des traits neutres), mais indépendamment du nombre de loci. Par contre, le taux de recombinaison a une forte influence, entre autre en regénérant les gamètes disparus suite au goulot d'étranglement. La dernière partie de ce travail de thèse décrit un programme pour le logiciel de statistique R. Ce programme permet d'itérer l'équation ci-dessus en variant les paramètres de sélection, recombinaison et de taille de populations pour 2, 3 et 4 locus dialléliques. Cette thèse montre qu'utiliser un système multilocus permet d'obtenir des résultats non-conformes à ceux issus de systèmes rnonolocus (la référence en génétique des populations). Ce programme ouvre donc d'intéressantes perspectives en génétique des populations. Abstract The subject of this PhD thesis can be summarized by one famous paradox of evolu-tionary biology: the maintenance of polymorphism in the face of selection, and one classical equation of theoretical population genetics: the changes in gametic frequencies due to selection and recombination. The frequency of gamete xi at generation (t + 1) is given by: !!! Truncated equation!!! This equation is used to generate data on selection at two, three, and four diallelic loci for the different parts of this work. The first part focuses on the potential of heterozygote advantage to maintain genetic polymorphism. Results of previous studies are used to (re)define heterozygote advantage for multilocus systems, since the classical definition is for one diallelic locus. I use 5 different definitions of heterozygote advantage. And for these five definitions, I show that heterozygote advantage is not a general mechanism for the maintenance of polymorphism. The study of the influence of undetected loci on evolutionary processes (second part of this work) is motivated by molecular works which aim at discovering the loci coding for a trait. For most of these works, some coding loci remains undetected. I show that undetected loci increases the probability of maintaining polymorphism under selection. In addition, conclusions about the factor that maintain polymorphism can be misleading if not all loci are considered. This is, therefore, only when all loci are detected that exact conclusions on the level of maintained polymorphism or on the factor(s) that maintain(s) polymorphism could be drawn. In the third part, the focus is on the expected release of additive genetic variance after bottleneck for selected traits. A previous study shows that the expected release of additive variance increases with an increase in the number of loci. I show that the expected release of additive variance after bottleneck increases for selected traits (compared with neutral), but this increase is not a function of the number of loci, but function of the recombination rate. Finally, the last part of this PhD thesis is a description of a package for the statistical software R that implements the Equation given above. It allows to generate data for different scenario regarding selection, recombination, and population size. This package opens perspectives for the theoretical population genetics that mainly focuses on one locus, while this work shows that increasing the number of loci leads not necessarily to straightforward results.

Uncovering the genetic basis of adaptive change: on the intersection of landscape genomics and theoretical population genetics

A workshop recently held at the Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL, Switzerland) was dedicated to understanding the genetic basis of adaptive change, taking stock of the different approaches developed in theoretical population genetics and landscape genomics and bringing together knowledge accumulated in both research fields. Indeed, an important challenge in theoretical population genetics is to incorporate effects of demographic history and population structure. But important design problems (e.g. focus on populations as units, focus on hard selective sweeps, no hypothesis-based framework in the design of the statistical tests) reduce their capability of detecting adaptive genetic variation. In parallel, landscape genomics offers a solution to several of these problems and provides a number of advantages (e.g. fast computation, landscape heterogeneity integration). But the approach makes several implicit assumptions that should be carefully considered (e.g. selection has had enough time to create a functional relationship between the allele distribution and the environmental variable, or this functional relationship is assumed to be constant). To address the respective strengths and weaknesses mentioned above, the workshop brought together a panel of experts from both disciplines to present their work and discuss the relevance of combining these approaches, possibly resulting in a joint software solution in the future.

Postmortem chemistry update part II.

As a continuation of "Postmortem Chemistry Update Part I," Part II deals with molecules linked to liver and cardiac functions, alcohol intake and alcohol misuse, myocardial ischemia, inflammation, sepsis, anaphylaxis, and hormonal disturbances. A very important array of new material concerning these situations had appeared in the forensic literature over the last two decades. Some molecules, such as procalcitonin and C-reactive protein, are currently researched in cases of suspected sepsis and inflammation, whereas many other analytes are not integrated into routine casework. As in part I, a literature review concerning a large panel of molecules of forensic interest is presented, as well as the results of our own observations, where possible.

Validation des SCORES cliniques: notions théoriques et pratiques de base. [Validation of clinical scores: theoretical and practical basic notions].

Chaque jour, le médecin utilise dans sa pratique des scores cliniques. Ces scores sont souvent des aides à la décision médicale. Les étapes de validation des scores cliniques sont par contre souvent méconnues du médecin. Cette revue rappelle les bases théoriques de la validation d'un score clinique et propose des exercices pratiques. [Abstract] Physicians are using clinical scores on a regular basis. These scores are generally helpful in making medical decisions. However, the process of validation of clinical scores is often unknown to the physicians. This paper reviews the theory of validation of clinical scores and proposes practical exercises.

Cancer chronotherapeutics: experimental, theoretical, and clinical aspects.

The circadian timing system controls cell cycle, apoptosis, drug bioactivation, and transport and detoxification mechanisms in healthy tissues. As a consequence, the tolerability of cancer chemotherapy varies up to several folds as a function of circadian timing of drug administration in experimental models. Best antitumor efficacy of single-agent or combination chemotherapy usually corresponds to the delivery of anticancer drugs near their respective times of best tolerability. Mathematical models reveal that such coincidence between chronotolerance and chronoefficacy is best explained by differences in the circadian and cell cycle dynamics of host and cancer cells, especially with regard circadian entrainment and cell cycle variability. In the clinic, a large improvement in tolerability was shown in international randomized trials where cancer patients received the same sinusoidal chronotherapy schedule over 24h as compared to constant-rate infusion or wrongly timed chronotherapy. However, sex, genetic background, and lifestyle were found to influence optimal chronotherapy scheduling. These findings support systems biology approaches to cancer chronotherapeutics. They involve the systematic experimental mapping and modeling of chronopharmacology pathways in synchronized cell cultures and their adjustment to mouse models of both sexes and distinct genetic background, as recently shown for irinotecan. Model-based personalized circadian drug delivery aims at jointly improving tolerability and efficacy of anticancer drugs based on the circadian timing system of individual patients, using dedicated circadian biomarker and drug delivery technologies.

Trace element chemistry and U-Pb dating of zircons from oceanic gabbros and their relationship with whole rock composition (Lanzo, Italian Alps)

The U-Pb ages and the trace element content of zircon U-Pb along with major and trace element whole rock data on gabbroic dikes from the Lanzo lherzolitic massif, N-Italy, have been determined to constrain crustal accretion in ocean-continent transition zones. Three Fe-Ti gabbros were dated from the central and the southern part of the massif providing middle Jurassic ages of 161 +/- 2, 158 +/- 2 and 163 +/- 1 Ma, which argue for magmatic activity over few millions of years. Zircon crystals are characterized by high but variable Th/U ratios, rare earth element patterns enriched in heavy rare earths, pronounced positive Ce and negative Eu-anomalies consistent with crystallization after substantial plagioclase fractionation. The zircon trace element composition coupled with whole rock chemistry was used to reconstruct the crystallization history of the gabbros. A number of gabbros crystallized in situ, and zircon precipitated from trapped, intercumulus liquid, while other gabbros represent residual liquids that were extracted from a cumulus pile and crystallized along syn-magmatic shear zones. We propose a model in which the emplacement mechanism of gabbroic rocks in ocean-continent transition zones evolves from in situ crystallization to stratified crystallization with efficient extraction of residual liquid along syn-magmatic shear zones. Such an evolution of the crystallization history is probably related to the thermal evolution of the underlying mantle lithosphere.

The environmental effectiviness of alternative agri-environmental policy reforms : theoretical and empirical analysis

Selostus: Maatalouden ympäristöpolitiikan reformien tehokkuus ravinnepäästöjen vähentämisessä - teoreettinen ja empiirinen analyysi

Quantum transport phenomena and shallow impurity states in CdSb

This work is dedicated to investigation of the energy spectrum of one of the most anisotropic narrow-gap semiconductors, CdSb. At the beginning of the present studies even the model of its energy band structure was not clear. Measurements of galvanomagnetic effects in wide temperature range (1.6 - 300 K) and in magnetic fields up to 30 T were chosen for clarifying of the energy spectrum in the intentionally undoped CdSb single crystals and doped with shallow impurities (In, Ag). Detection of the Shubnikov - de Haas oscillations allowed estimating the fundamental energy spectrum parameters. The shapes of the Fermi surfaces of electrons (sphere) and holes (ellipsoid), the number of the equivalent extremums for valence band (2) and their positions in the Brillouin zone were determined for the first time in this work. Also anisotropy coefficients, components of the tensor of effective masses of carriers, effective masses of density of states, nonparabolicity of the conduction and valence bands, g-factor and its anisotropy for n- and p-CdSb were estimated for the first time during these studies. All the results obtained are compared with the cyclotron resonance data and the corresponding theoretical calculations for p-CdSb. This is basic information for the analyses of the complex transport properties of CdSb and for working out the energy spectrum model of the shallow energy levels of defects and impurities in this semiconductor. It was found out existence of different mechanisms of hopping conductivity in the presence of metal - insulator transition induced by magnetic field in n- and p-CdSb. Quite unusual feature opened in CdSb is that different types of hopping conductivity may take place in the same crystal depending on temperature, magnetic field or even orientation of crystal in magnetic field. Transport properties of undoped p-CdSb samples show that the anisotropy of the resistivity in weak and strong magnetic fields is determined completely by the anisotropy of the effective mass of the holes. Temperature and magnetic field dependence of the Hall coefficient and magnetoresistance is attributed to presence of two groups of holes with different concentrations and mobilities. The analysis demonstrates that below Tcr ~ 20 K and down to ~ 6 - 7 K the low-mobile carriers are itinerant holes with energy E2 ≈ 6 meV. The high-mobile carriers, at all temperatures T < Tcr, are holes activated thermally from a deeper acceptor band to itinerant states of a shallower acceptor band with energy E1 ≈ 3 meV. Analysis of temperature dependences of mobilities confirms the existence of the heavy-hole band or a non-equivalent maximum and two equivalent maxima of the light-hole valence band. Galvanomagnetic effects in n-CdSb reveal the existence of two groups of carriers. These are the electrons of a single minimum in isotropic conduction band and the itinerant electrons of the narrow impurity band, having at low temperatures the energies above the bottom of the conduction band. It is found that above this impurity band exists second impurity band of only localized states and the energy of both impurity bands depend on temperature so that they sink into the band gap when temperature is increased. The bands are splitted by the spin, and in strong magnetic fields the energy difference between them decreases and redistribution of the electrons between the two impurity bands takes place. Mobility of the conduction band carriers demonstrates that scattering in n-CdSb at low temperatures is strongly anisotropic. This is because of domination from scattering on the neutral impurity centers and increasing of the contribution to mobility from scattering by acoustic phonons when temperature increases. Metallic conductivity in zero or weak magnetic field is changed to activated conductivity with increasing of magnetic field. This exhibits a metal-insulator transition (MIT) induced by the magnetic field due to shift of the Fermi level from the interval of extended states to that of the localized states of the electron spectrum near the edge of the conduction band. The Mott variablerange hopping conductivity is observed in the low- and high-field intervals on the insulating side of the MIT. The results yield information about the density of states, the localization radius of the resonant impurity band with completely localized states and about the donor band. In high magnetic fields this band is separated from the conduction band and lies below the resonant impurity bands.

Jäähdytykseen ja täyssuolanpoistoon perustuva lauhteen puhdistus soodakattilalaitoksella

Tämän diplomityön oleellisempana tavoitteena oli tutkia ioninvaihtohartsien pitkäaikaista toiminnallista lämpötilakestävyyttä kirjallisuustutkimuksin ja kuormituskokein. Lisaksi työssä optimoitiin taloudellisesti ja teknisesti paras kytkentävaihtoehto soodakattilan lauhteenpuhdistuslaitokselle. Tässä diplomityössä selvitettiin myös soodakattilan ulospuhallusveden sisältämien veden jälkiannostelukemikaalien ja epäpuhtauksien vaikutusta ioninvaihtohartsien vanhenemiseen.; Ioninvaihtohartsien lämpötilakestävyyteen liittyvät koeajot suoritettiin Stora Enso Laminating Papers Oy Kotkan tehtaalla. Koeajoja varten oli erikseen suunniteltu koeajolaitteisto, jossa lauhdenäytettä puhdistettiin patruunasuotimella ja sekavaihtimella. Sekavaihtimessa käytettiin vahvoja anioni- ja kationihartseja. Koeajoja oli yhteensä neljäkappaletta ja niissä tutkittiin hartsien lämpötilakestävyyttä ja anionihartsin silikaatti-vuodon riippuvuutta lämpötilasta. Lämpötilakestävyyskoeajoissa käytetyt hartsit lähetettiin Rohm and Haasille analysoitavaksi. Lopulta koeajojen tuloksia verrattiin kirjallisuudessa esitettyihin aikaisempiin tutkimuksiin. Lauhteenpuhdistuslaitoksen kytkentävaihtoehtojen optimoinnissa käytettiin apuna Kotkan ja UPM-Kymmene Oyj Pietarsaaren tehtaiden kokemuksia. Kytkentävaihtoehtojen energiataseet laskettiin kuudelle eri laitokselle, joiden syöttöveden virtaukset olivat 37 -180 kg/s. Lisaksi selvitettiin kytkentävaihtoehtojen investointikustannukset ja kertakäyttöhartsien vuotuiset kustannukset laitokselle, jossa syöttöveden virtaus oli 67 kg/s. Ulospuhalluksen talteenottojärjestelmän energiataseet laskettiin kuudelle eri laitokselle, joiden syöttöveden virtaukset olivat 37 - 180 kg/s. Laskelmien lähtökohtana käytettiin kunkin soodakattilan ulospuhallusveden määriä, jotka selvitettiin tehdasvierailujen yhteydessä. Ulospuhallusveden epäpuhtauksien ja jälkiannostelukemikaalien pitoisuudet arvioitiin kattilaveden perusteella. Aikaisempien kokemusten perusteella arvioitiin, että ulospuhallusvesi johdettaisiin lisäveden valmistukseen ennen suolanpoistosarjoja. loninvaihtohartsien kuormituskokeiden ja kirjallisuustutkimusten perusteella oli selkeästi nähtävissä, että etenkin anionihartsin kapasiteetti heikkeni nopeasti lämpötilan ollessa yli 60 °C. Kationihartsin suolanpoistolle kriittinen lämpötilaraja on 100 °C.Lisäksi yli 60 °C:ssa anionihartsi ei pysty poistamaan silikaattia lauhteesta. Seuraavaksi on esitelty lauhteenpuhdistuslaitoksen optimikytkentävaihtoehdot sekä vanhoille että uusille laitoksille. Vanhalle laitokselle, jossa lauhteet on puhdistettu aikaisemmin mekaanisella suotimella ja lisäveden puhdistuksessa on käytetty sekavaihdinta, paras kytkentävaihto on erilliset sekavaihtimet lauhteelle ja lisävedelle. Uudelle ja vanhalle laitokselle, jossa lauhteet on puhdistettu aikaisemmin mekaanisella suotimella ja lisäveden puhdistuksessa ei ole käytetty sekavaihdinta, paras kytkentävaihto on yhteiset sekavaihtimet lauhteelle ja lisävedelle. Lauhteen puhdistuksessa käytetyt sekavaihtimen toimintalämpötila on 45 °C molemmissa kytkentävaihtoehdoissa. Kertakäyttöhartsien käyttö osoittautui suuressa mittakaavassa kannattamattomaksi. Tämä asia tarvinnee kuitenkin jatkotutkimuksia. Ulospuhallusveden talteenotolla saadaan energiasäästöä 6-53 k¤/a riippuenlaitoksesta. Etenkin soodakattilalaitoksissa, joissa soodakattila ja vedenkäsittelylaitos sijaitsevat lähellä toisiaan, kannattaa ulospuhallusvesi johtaa lisäveden valmistukseen. Jos edellä mainittujen laitosten etäisyydet kasvavat, saattavat ulospuhallusjärjestelmän investointi-kustannukset nousta kohtuuttoman suureksi. Tämä työ osoitti myös, että ulospuhallusveden epäpuhtauksilla ei ole merkittävää vaikutusta kemiallisesti puhdistetun veden laatuun ennen suolanpoistolaitosta ja ioninvaihtohartsien vanhenemiseen.

Clinical chemistry variables in normal elderly and healthy ambulatory populations: comparison with reference values.

Laboratory values of the most commonly assayed clinical chemistry variables were determined in selected elderly and healthy ambulatory populations. The upper and lower limits (2.5 and 97.5 fractiles) were compared with the adult reference values in use in university hospitals of Switzerland. The results suggest that conventional adult reference values can be used for most variables in the elderly and that these values are also useful in an ambulatory population.

Tuloksellisen suhteen muodostaminen ulkoistavan yrityksen ja palveluntarjoajan välillä

Ulkoistaminen on strateginen työkalu, jonka avulla tehostetaan ja parannetaan toimintaa. Sen avulla pystytään keskittymään omaan ydintoimintaan. Ulkoistamiseen liittyy hyötyjen lisäksi myös riskejä, joita on ennakoitava ja mietittävä etukäteen ennen ulkoistamista. Ulkoistamispäätöstä on katsottava strategisesta näkökulmasta ja sitä, millainen suhde toimittajan kanssahalutaan luoda. Hyvän ulkoistamissuhteen muodostamiseen tarvitaan ensin selvittää syy ulkoistamiselle. Tutkielmassa tarkasteltiin kuinka solmitaan tuloksellinen suhde ulkoistavan yrityksen ja palveluntarjoajan välille teoreettisella tarkastelulla. Teoreettinen viitekehys rakentui ulkoistamisprosessin eri vaiheisiin liittyvien teorioiden tarkastelulla, joiden avulla haettiin vastausta tutkimusongelmaan ja tuomalla esiin asioita, joilla on suuri merkitys suhteen onnistumisen kannalta. Tutkimuksen mukaan ulkoistaminen on suunniteltava ja tehtävä huolellisesti. Ulkoistamisprosessin avulla pystytään projekti jakamaan viiteen vaiheeseen ja jokainen vaihe on tärkeä suhteen onnistumisen kannalta. Sopimuksen allekirjoittamisen jälkeen, on suhdetta johdettava ja hallittava koko ajan. Johtamistapavaatii uudistumista, sillä toimittajan kanssa muodostettu suhde eroaa sisäisen henkilökunnan johtamisesta. Onnistuakseen suhde vaatii sen syvyyden, laajuuden, toimintatapojen ja kommunikoinnin määrittämisen. Hyvä suhde perustuu luottamukseen, avoimuuteen, tasapuolisuuteen, kemiaan ja kommunikointiin osapuolten kesken