Measurement of prompt J/psi and beauty hadron production cross sections at mid-rapidity in pp collisions at root s=7 TeV

The ALICE experiment at the LHC has studied J/psi production at mid-rapidity in pp collisions at root s = 7 TeV through its electron pair decay on a data sample corresponding to an integrated luminosity L-int = 5.6 nb(-1). The fraction of J/psi from the decay of long-lived beauty hadrons was determined for J/psi candidates with transverse momentum p(t) > 1,3 GeV/c and rapidity vertical bar y vertical bar < 0.9. The cross section for prompt J/psi mesons, i.e. directly produced J/psi and prompt decays of heavier charmonium states such as the psi(2S) and chi(c) resonances, is sigma(prompt J/psi) (p(t) > 1.3 GeV/c, vertical bar y vertical bar < 0.9) = 8.3 +/- 0.8(stat.) +/- 1.1 (syst.)(-1.4)(+1.5) (syst. pol.) mu b. The cross section for the production of b-hadrons decaying to J/psi with p(t) > 1.3 GeV/c and vertical bar y vertical bar < 0.9 is a sigma(J/psi <- hB) (p(t) > 1.3 GeV/c, vertical bar y vertical bar < 0.9) = 1.46 +/- 0.38 (stat.)(-0.32)(+0.26) (syst.) mu b. The results are compared to QCD model predictions. The shape of the p(t) and y distributions of b-quarks predicted by perturbative QCD model calculations are used to extrapolate the measured cross section to derive the b (b) over bar pair total cross section and d sigma/dy at mid-rapidity.

Phylogenetic analysis of complete genome sequences of hepatitis B virus from an Afro-Colombian community: presence of HBV F3/A1 recombinant strain

Background: Hepatitis B virus (HBV) infection is one of the most prevalent viral infections in humans and represents a serious public health problem. In Colombia, our group reported recently the presence of subgenotypes F3, A2 and genotype G in Bogota. The aim of this study was to characterize the HBV genotypes circulating in Quibdo, the largest Afro-descendant community in Colombia. Sixty HBsAg-positive samples were studied. A fragment of 1306 bp (S/POL) was amplified by nested PCR. Positive samples to S/POL fragment were submitted to PCR amplification of the HBV complete genome. Findings: The distribution of HBV genotypes was: A1 (52.17%), E (39.13%), D3 (4.3%) and F3/A1 (4.3%). An HBV recombinant strain subgenotype F3/A1 was found for the first time. Conclusions: This study is the first analysis of complete HBV genome sequences from Afro-Colombian population. It was found an important presence of HBV/A1 and HBV/E genotypes. A new recombinant strain of HBV genotype F3/A1 was reported in this population. This fact may be correlated with the introduction of these genotypes in the times of slavery.

Competitive artistic gymnastics and coaches' philosophy

The current study is a piece from the original project entitled "Diagnosis of the Artistic Gymnastics Development Program in Brazil". Among others issues, the coaching philosophy of coaches who are developing gymnasts that may be representative of the national team was a matter of analysis. We interviewed 46 coaches from 29 sports institutions in Brazil. As data collection we used a semi-structured interview and for data treatment we adopted the content analysis method of Bardin (2010). We have found out that there is an inconsistent philosophical basis, and in many institutions this has been mixed up with the objectives of the training program or just doesn't exist. This fact needs consideration and criticism, but we know that the coaching philosophy is not developed during the coaching education courses.

Mutation Spectrum in the Large GTPase Dynamin 2, and Genotype-Phenotype Correlation in Autosomal Dominant Centronuclear Myopathy

Centronuclear myopathy (CNM) is a genetically heterogeneous disorder associated with general skeletal muscle weakness, type I fiber predominance and atrophy, and abnormally centralized nuclei. Autosomal dominant CNM is due to mutations in the large GTPase dynamin 2 (DNM2), a mechanochemical enzyme regulating cytoskeleton and membrane trafficking in cells. To date, 40 families with CNM-related DNM2 mutations have been described, and here we report 60 additional families encompassing a broad genotypic and phenotypic spectrum. In total, 18 different mutations are reported in 100 families and our cohort harbors nine known and four new mutations, including the first splice-site mutation. Genotype-phenotype correlation hypotheses are drawn from the published and new data, and allow an efficient screening strategy for molecular diagnosis. In addition to CNM, dissimilar DNM2 mutations are associated with Charcot-Marie-Tooth (CMT) peripheral neuropathy (CMTD1B and CMT2M), suggesting a tissue-specific impact of the mutations. In this study, we discuss the possible clinical overlap of CNM and CMT, and the biological significance of the respective mutations based on the known functions of dynamin 2 and its protein structure. Defects in membrane trafficking due to DNM2 mutations potentially represent a common pathological mechanism in CNM and CMT. Hum Mutat 33: 949-959, 2012. (C) 2012 Wiley Periodicals, Inc.

Bioprocess and biotecnology: effect of xylanase from Aspergillus niger and Aspergillus flavus on pulp biobleaching and enzyme production using agroindustrial residues as substract

This study compares two xylanases produced by filamentous fungi such as A. niger and A. flavus using agroindustrial residues as substract and evaluated the effect of these enzymes on cellulose pulp biobleaching process. Wheat bran was the best carbon source for xylanase production by A. niger and A. flavus. The production of xylanase was 18 and 21% higher on wheat bran when we compare the xylanase production with xylan. At 50°C, the xylanase of A. niger retained over 85% activity with 2 h of incubation, and A. flavus had a half-life of more than 75 minutes. At 55°C, the xylanase produced by A. niger showed more stable than from A. flavus showing a half-life of more than 45 minutes. The xylanase activity of A. niger and A. flavus were somehow protected in the presence of glycerol 5% when compared to the control (without additives). On the biobleaching assay it was observed that the xylanase from A. flavus was more effective in comparison to A. niger. The kappa efficiency corresponded to 36.32 and 25.93, respectively. That is important to emphasize that the cellulase activity was either analyzed and significant levels were not detected, which explain why the viscosity was not significantly modified.

Long noncoding intronic RNAs are differentially expressed in primary and metastatic pancreatic cancer

Abstract Background Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is known by its aggressiveness and lack of effective therapeutic options. Thus, improvement in current knowledge of molecular changes associated with pancreatic cancer is urgently needed to explore novel venues of diagnostics and treatment of this dismal disease. While there is mounting evidence that long noncoding RNAs (lncRNAs) transcribed from intronic and intergenic regions of the human genome may play different roles in the regulation of gene expression in normal and cancer cells, their expression pattern and biological relevance in pancreatic cancer is currently unknown. In the present work we investigated the relative abundance of a collection of lncRNAs in patients' pancreatic tissue samples aiming at identifying gene expression profiles correlated to pancreatic cancer and metastasis. Methods Custom 3,355-element spotted cDNA microarray interrogating protein-coding genes and putative lncRNA were used to obtain expression profiles from 38 clinical samples of tumor and non-tumor pancreatic tissues. Bioinformatics analyses were performed to characterize structure and conservation of lncRNAs expressed in pancreatic tissues, as well as to identify expression signatures correlated to tissue histology. Strand-specific reverse transcription followed by PCR and qRT-PCR were employed to determine strandedness of lncRNAs and to validate microarray results, respectively. Results We show that subsets of intronic/intergenic lncRNAs are expressed across tumor and non-tumor pancreatic tissue samples. Enrichment of promoter-associated chromatin marks and over-representation of conserved DNA elements and stable secondary structure predictions suggest that these transcripts are generated from independent transcriptional units and that at least a fraction is under evolutionary selection, and thus potentially functional. Statistically significant expression signatures comprising protein-coding mRNAs and lncRNAs that correlate to PDAC or to pancreatic cancer metastasis were identified. Interestingly, loci harboring intronic lncRNAs differentially expressed in PDAC metastases were enriched in genes associated to the MAPK pathway. Orientation-specific RT-PCR documented that intronic transcripts are expressed in sense, antisense or both orientations relative to protein-coding mRNAs. Differential expression of a subset of intronic lncRNAs (PPP3CB, MAP3K14 and DAPK1 loci) in metastatic samples was confirmed by Real-Time PCR. Conclusion Our findings reveal sets of intronic lncRNAs expressed in pancreatic tissues whose abundance is correlated to PDAC or metastasis, thus pointing to the potential relevance of this class of transcripts in biological processes related to malignant transformation and metastasis in pancreatic cancer.

Detection of Hepatitis B virus subgenotype A1 in a Quilombo community from Maranhão, Brazil

Abstract Background The Brazilian population is mainly descendant from European colonizers, Africans and Native Americans. Some Afro-descendants lived in small isolated communities since the slavery period. The epidemiological status of HBV infection in Quilombos communities from northeast of Brazil remains unknown. The aim of this study was to characterize the HBV genotypes circulating inside a Quilombo isolated community from Maranhão State, Brazil. Methods Seventy-two samples from Frechal Quilombo community at Maranhão were collected. All serum samples were screened by enzyme-linked immunosorbent assays for the presence of hepatitis B surface antigen (HBsAg). HBsAg positive samples were submitted to DNA extraction and a fragment of 1306 bp partially comprising HBsAg and polymerase coding regions (S/POL) was amplified by nested PCR and its nucleotide sequence was determined. Viral isolates were genotyped by phylogenetic analysis using reference sequences from each genotype obtained from GenBank (n = 320). Sequences were aligned using Muscle software and edited in the SE-AL software. Bayesian phylogenetic analyses were conducted using Markov Chain Monte Carlo (MCMC) method to obtain the MCC tree using BEAST v.1.5.3. Results Of the 72 individuals, 9 (12.5%) were HBsAg-positive and 4 of them were successfully sequenced for the 1306 bp fragment. All these samples were genotype A1 and grouped together with other sequences reported from Brazil. Conclusions The present study represents the first report on the HBV genotypes characterization of this community in the Maranhão state in Brazil where a high HBsAg frequency was found. In this study, we reported a high frequency of HBV infection and the exclusive presence of subgenotype A1 in an Afro-descendent community in the Maranhão State, Brazil.

Functional capacity and assistance from the caregiver during daily activities in Brazilian children with cerebral palsy

Abstract Background Cerebral Palsy (CP) presents changes in posture and movement as a core characteristic, which requires multiprofessional clinical treatments during children’s habilitation or rehabilitation. Besides clinical treatment, it is fundamental that professionals use evaluation systems to quantify the difficulties presented to the individual and their families in their daily lives. We aimed to investigate the functional capacity of individuals with CP and the amount of assistance required by the caregiver in day-to-day activities. Methods Twenty patients with CP, six-year-old on average, were evaluated. The Pediatric Evaluation Inventory of Incapacities was used (PEDI - Pediatric Evaluation Disability Inventory), a system adapted for Brazil that evaluates child's dysfunction in three 3 dimensions: self-care, mobility and social function. To compare the three areas, repeated measures analysis of variance (ANOVA) were used. Results We found the following results regarding the functional capacity of children: self-care, 27.4%, ±17.5; mobility, 25.8%, ±33.3 and social function, 36.3%, ±27.7. The results of the demand of aid from the caregiver according to each dimension were: self-care, 9.7%, ±19.9; mobility, 14.1%, ± 20.9 and social function, 19.8%, ±26.1. Conclusion We indicated that there was no difference between the performance of the subjects in areas of self-care, mobility and social function considering the functional skills and assistance required by the caregiver.

Ammonia losses estimated by an open collector from urea applied to sugarcane straw

The quantification of ammonia (NH3) losses from sugarcane straw fertilized with urea can be performed with collectors that recover the NH3 in acid-treated absorbers. Thus, the use of an open NH3 collector with a polytetrafluoroethylene (PTFE)-wrapped absorber is an interesting option since its cost is low, handling easy and microclimatic conditions irrelevant. The aim of this study was to evaluate the efficiency of an open collector for quantifying NH3-N volatilized from urea applied over the sugarcane straw. The experiment was carried out in a sugarcane field located near Piracicaba, São Paulo, Brazil. The NH3-N losses were estimated using a semi-open static collector calibrated with 15N (reference method) and an open collector with an absorber wrapped in PTFE film. Urea was applied to the soil surface in treatments corresponding to rates of 50, 100, 150 and 200 kg ha-1 N. Applying urea-N fertilizer on sugarcane straw resulted in losses NH3-N up to 24 % of the applied rate. The amount of volatile NH3-N measured in the open and the semi-open static collector did not differ. The effectiveness of the collection system varied non-linearly, with an average value of 58.4 % for the range of 100 to 200 kg ha-1 of urea-N. The open collector showed significant potential for use; however, further research is needed to verify the suitability of the proposed method.

Eficiência agronômica de adubos nitrogenados em soqueira de cana-de-açúcar colhida sem queima

O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência agronômica das fontes nitrogenadas ureia (U), nitrato de amônio (NA), sulfato de amônio (SA) e cloreto de amônio (CA) em soqueira de cana-de-açúcar colhida sem queima, bem como determinar o efeito residual dessas fontes sobre a produtividade da cultura no ano agrícola subsequente. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, com quatro repetições. Os tratamentos consistiram da aplicação de 120 kg ha-1 de N a um Latossolo Vermelho distrófico, coberto por palhada resultante da colheita sem queima da primeira soqueira. Incluiu-se um tratamento de controle sem adição de N fertilizante. Para avaliar o efeito residual dos adubos nitrogenados, aplicaram-se 450 kg ha-1 do formulado 20-5-19 após o corte da cana-soca. A maior produção de colmos e de açúcar na safra 2006/2007 foi obtida com a fonte SA. Na safra 2007/2008, não foi verificado efeito residual da adubação nitrogenada e houve queda de produtividade do tratamento CA em comparação ao controle. A fonte CA, à dose de 120 kg ha-1 de N em adubação de soqueira de segundo corte, é agronomicamente tão eficiente quanto as demais fontes de N utilizadas, mas tem menor eficiência no ano agrícola subsequente.

Implementação das unidades de conservação do corredor central da Mata Atlântica no estado da Bahia: desafios e limites

No Brasil, as Unidades de Conservação (UCs) são consideradas o pilar central para o desenvolvimento de estratégias nacionais de conservação da biodiversidade. Dentro dessa perspectiva, foram estudadas trinta unidades de conservação pertencentes ao Corredor Central da Mata Atlântica no Estado da Bahia, com o objetivo de identificar e analisar seu atual nível de implementação. Foi utilizada, com as devidas adaptações, a metodologia de Lemos de Sá e Ferreira (2000), a qual consiste na aplicação de uma escala de padrão, onde a variação de análise do nível de implementação obedece a um intervalo entre 0 a 5 pontos. Após obter os dados do nível de implementação foi utilizado o método de agregação de Ward para auxiliar a visualização das unidades de conservação estudadas quanto à dissimilaridade entre elas. Utilizou-se a classificação internacional proposta pela IUCN (International Union for Conservation of Nature) para que as UCs sejam comparáveis com trabalhos realizados em outros países. As UCs avaliadas estão nos grupos Ia, II, V e VI da IUCN. Conforme os resultados, 50% das unidades de conservação analisadas encontram-se razoavelmente implementadas, 40% insuficientemente implementadas, 6,7% apresentam-se como "parques de papel" e apenas 3,3% podem ser classificadas como satisfatoriamente implementadas. Essas áreas enfrentam problemas em sua regularização fundiária; apresentam deficiência em infraestrutura, recursos humanos e financeiros. Diante dos resultados, fica evidente a recorrência do fato de que as unidades de conservação em estudo necessitam ser efetivamente implementadas. Para que isso ocorra, as políticas ambientais devem ser voltadas para ações com objetivos de consolidar essa estratégia de conservação.

Análise invasiva e não invasiva do fuso meiótico de oócitos humanos obtidos de ciclos estimulados: dados preliminares

OBJETIVOS: Avaliar a concordância entre as técnicas de microscopia de polarização e microscopia confocal na avaliação do fuso meiótico de oócitos humanos maturados in vivo. MÉTODOS: Estudo prospectivo que avaliou oócitos com o primeiro corpúsculo polar extruído obtidos de mulheres inférteis submetidas à estimulação ovariana para realização de injeção intracitoplasmática de espermatozoide. Os oócitos com o primeiro corpúsculo polar extruído foram avaliados por meio da microscopia de polarização e, imediatamente após, foram fixados e corados para avaliação dos microtúbulos e cromatina pela microscopia confocal de alto desempenho. Foram comparadas as técnicas de microscopia de polarização e confocal, de acordo com a visualização ou não do fuso meiótico pela microscopia de polarização e a presença ou não de anomalias meióticas à análise pela microscopia confocal. Foram calculados os intervalos de confiança, o índice de Kappa e a concordância entre as metodologias, considerando a análise da microscopia de imunofluorescência como padrão-ouro para avaliação de normalidade do fuso e distribuição cromossômica oocitária. RESULTADOS: Observou-se que 72,7% dos oócitos em metáfase II com fuso celular não visível à polarização apresentaram anormalidades meióticas à análise confocal e que 55,6% dos oócitos em metáfase II com fuso celular visível à polarização apresentaram-se como oócitos anormais à análise confocal. Somente 44,4% dos oócitos com fuso celular visível à polarização apresentaram-se como normais à análise confocal. A concordância entre os métodos foi de 51,1% (Kappa: 0,11; IC95% -0,0958 - 0,319). CONCLUSÕES: A baixa concordância entre a microscopia de polarização e a confocal na avaliação do fuso meiótico oocitário sugere que a visualização do fuso meiótico de oócitos humanos em metáfase II pela microscopia de polarização tem limitado o valor preditivo de normalidade meiótica oocitária.

Segurança da intervenção fisioterápica precoce após o infarto agudo do miocárdio

INTRODUÇÃO: A fisioterapia na fase I da reabilitação cardiovascular (FTCV) pode ser iniciada de 12 a 24 horas após o infarto agudo do miocárdio (IAM), no entanto, é comum o repouso prolongado no leito em razão do receio de instabilização do paciente. OBJETIVOS: Avaliar as respostas autonômicas e hemodinâmicas de pacientes pós-IAM submetidos ao primeiro dia de protocolo de FTCV fase I, bem como sua segurança. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram estudados 51 pacientes com primeiro IAM não complicado, 55 ± 11 anos, 76% homens. Foram submetidos ao primeiro dia do protocolo de FTCV fase I, em média 24 horas pós-IAM. A frequência cardíaca (FC) instantânea e os intervalos R-R do ECG foram captados pelo monitor de FC (Polar®S810i) e a pressão arterial (PA) aferida pelo método auscultatório. A variabilidade da FC foi analisada nos domínios do tempo (RMSSD e RMSM dos iR-R em ms) e da frequência. A densidade espectral de potência foi expressa em unidades absolutas (ms²/Hz) e normalizada (un) para as bandas de baixa (BF) e alta frequência (AF) e pela razão BF/AF. RESULTADOS: O índice RMSSD, a AF e a AFun apresentaram redução na execução dos exercícios em relação ao repouso pré e pós-exercício (p < 0,05), a BFun e a razão BF/AF aumentaram (p < 0,05). A FC e a PA sistólica apresentaram aumento durante a execução dos exercícios em relação ao repouso (p < 0,05). Não foi observado qualquer sinal e/ou sintoma de intolerância ao esforço. CONCLUSÕES: O exercício realizado foi eficaz, pois promoveu alterações hemodinâmicas e na modulação autonômica nesses pacientes, sem ocasionar qualquer intercorrência clínica.

Efeitos de diferentes padrões respiratórios no desempenho e na organização temporal das braçadas do nado "Crawl"

O objetivo deste estudo foi investigar os efeitos de diferentes padrões respiratórios no desempenho e na organização temporal das braçadas do nado "Crawl" de atletas de elite. Vinte e um jovens atletas do gênero masculino participaram de forma voluntária do estudo. Eles foram filmados nadando 25 m do nado "Crawl", em velocidade máxima, em quatro condições de respiração: inspiração para o lado preferido (LP); para o lado não preferido (LNP); bilateral (B); e, sem respiração (S). Duas filmadoras digitais (60 fps) captaram as imagens que foram analisadas através do "software" Kinovea 0.8.7 nos 10 metros centrais do percurso. Para análise foram consideradas medidas de desempenho e de organização temporal das braçadas. Os resultados permitiram concluir que o padrão respiratório afeta o desempenho de atletas jovens de elite. Mostraram que, em termos de velocidade, tempo, frequência e comprimento de braçada, é mais vantajosa a condição de nadar "Crawl" em apneia (S) que em qualquer das condições com inspiração (B, LP e LNP). Portanto, o padrão preferido de respiração, não necessariamente, corresponde ao mais eficiente em termos do desempenho. Assim, professores e técnicos de Natação deveriam incentivar a prática e o emprego do padrão em apneia como estratégia tática para nadadores velocistas. Em relação à braçada, os resultados mostraram que diante da modificação do padrão respiratório, nadadores peritos jovens mantêm a estrutura temporal das braçadas direita e esquerda (aspectos invariantes da braçada) bem como a coordenação entre os braços inalterada enquanto efetuam ajustes na fase aérea da braçada (aspectos variantes). Assim sendo, atletas jovens de elite apresentam braçada com relativa autonomia frente ao componente respiração e nadam efetuando ajustes considerando a economia de recursos.

Variabilidade na coordenação motora: uma abordagem centrada no delineamento gemelar

O propósito deste estudo foi estimar a contribuição dos fatores genéticos e ambientais na variabilidade do desempenho interindividual na coordenação motora. A amostra foi constituída por 64 pares de gêmeos portugueses, com idades entre cinco e 14 anos. Avaliou-se o desempenho da coordenação através das quatro provas da bateria KTK: equilíbrio à retaguarda (ER); saltos monopedais (SM); transposição lateral (TL); saltos laterais (SL). Calculou-se o coeficiente de correlação intraclasse (t), sendo estimada a contribuição dos fatores genéticos (a²), ambientais comuns (c²) e únicos (e²). Os resultados mostram valores de t mais elevados entre gêmeos monozigóticos, sugerindo presença de fatores genéticos. Entretanto, estimativas de a² foram baixas, variando entre 15% (TL) e 41% (SM), enquanto para c² situaram-se entre 46% (SL) e 58% (TL), e para e² entre 11% (SM) e 28% (TL). Conclui-se que fatores ambientais são responsáveis pela maior parcela de influência na variabilidade do desempenho na coordenação motora.