Hepatitis C virus variants resistant to macrocyclic NS3-4A inhibitors subvert IFN-β induction by efficient MAVS cleavage.

BACKGROUND & AIMS: The hepatitis C virus (HCV) NS3-4A protease is essential for the HCV life cycle and a prime target of antiviral treatment strategies. Protease inhibitors, however, are limited by emergence of resistance-associated amino acid variants (RAVs). The capacity to cleave and inactivate mitochondrial antiviral-signaling protein (MAVS) in the RIG-I-signaling pathway is a cardinal feature of NS3-4A, by which HCV blocks induction of interferon-(IFN)-β, thereby promoting viral persistence. Here, we aimed to investigate the impact of NS3-4A RAVs on MAVS cleavage. METHODS: The impact of NS3-4A RAVs on MAVS cleavage was assessed using immunoblot analyses, luciferase reporter assays and molecular dynamics simulations to study the underlying molecular principles. IFN-β was quantified in serum from patients with different NS3-4A RAVs. RESULTS: We show that macrocyclic NS3-4A RAVS with substitutions at residue D168 of the protease result in an increased capacity of NS3-4A to cleave MAVS and suppress IFN-β induction compared with a comprehensive panel of RAVs and wild type HCV. Mechanistically, we show the reconstitution of a tight network of electrostatic interactions between protease and the peptide substrate that allows much stronger binding of MAVS to D168 RAVs than to the wild-type protease. Accordingly, we could show IFN-β serum levels to be lower in patients with treatment failure due to the selection of D168 variants compared to R155 RAVs. CONCLUSIONS: Our data constitutes a proof of concept that the selection of RAVs against specific classes of direct antivirals can lead to the predominance of viral variants with possibly adverse pathogenic characteristics.

Modelo para una autoevaluación modular en una institución educativa (BADI)

Una eficaz acción educativa obliga necesariamente a plantearse en profundidad la autoevaluación como modelo de cambio y la participación de todos los estamentos de la comunidad educativa. Un mayor o menor grado de participación viene a ser un indicador que nos permite valorar cualquier propuesta de «calidad», «reforma» o «innovación». El modelo B.A.D.I. yen especial su instrumento modular, responde a las exigencias particulares de reflexión, análisis y toma de decisiones que se realiza en cada centro para responder adecuadamente a cualquier planteamiento innovador. Los principios fundamentales de este modelo se resumen en: A. Es un modelo de concepción organicista, estamental, con definición ideológica. B. Responde a un enfoque fundamentalmente rogeriano. C. Participa de los enfoques social, abierto, dinámico, cultural y positivo. Comparte la teoría moderna de la organización y sus indicadores se agrupan en cuatro fases: Criterial, presupuestaria, metodológica e informativa. D. Se identifica con los modelos centrados en la evaluación de cambio, de forma especial con la autoevaluación. La flexibilidad que caracteriza al modelo viene dado por el instrumento modular de área o de criterio, como resultado de la participación y el consenso de todos los estamentos de la institución educativa.

An efficient solver for weighted Max-SAT

We present a new branch and bound algorithm for weighted Max-SAT, called Lazy which incorporates original data structures and inference rules, as well as a lower bound of better quality. We provide experimental evidence that our solver is very competitive and outperforms some of the best performing Max-SAT and weighted Max-SAT solvers on a wide range of instances.

Ranking Regional Innovation Policies: DEA-based Benchmarking in an European Setting

Seudullinen innovaatio on monimutkainen ilmiö, joka usein sijaitsee paikallisten toimijoiden keskinäisen vuorovaikutuksen kentässä. Täten sitä on perinteisesti pidetty vaikeasti mitattavana ilmiönä. Työssä sovellettiin Data Envelopment Analysis menetelmää, joka on osoittautunut aiemmin menestyksekkääksi tapauksissa, joissa mitattavien syötteiden ja tuotteiden väliset suhteet eivät ole olleet ilmeisiä. Työssä luotiin konseptuaalinen malli seudullisen innovaation syötteistä ja tuotteista, jonka perusteella valittiin 12 tilastollisen muuttujan mittaristo. Käyttäen Eurostat:ia datalähteenä, lähdedata kahdeksaan muuttujsta saatiin seudullisella tasolla, sekä mittaristoa täydennettiin yhdellä kansallisella muuttujalla. Arviointi suoritettiin lopulta 45 eurooppalaiselle seudulle. Tutkimuksen painopiste oli arvioida DEA-menetelmän soveltuvuutta innovaatiojärjestelmän mittaamiseen, sillä menetelmää ei ole aiemmin sovellettu vastaavassa tapauksessa. Ensimmäiset tulokset osoittivat ylipäätään liiallisen korkeita tehokkuuslukuja. Korjaustoimenpiteitä erottelutarkkuuden parantamiseksi esiteltiin ja sovellettiin, jonka jälkeen saatiin realistisempia tuloksia ja ranking-lista arvioitavista seuduista. DEA-menetelmän todettiin olevan tehokas ja kiinnostava työkalu arviointikäytäntöjen ja innovaatiopolitiikan kehittämiseen, sikäli kun datan saatavuusongelmat saadaan ratkaistua sekä itse mallia tarkennettua.

Factors Affecting Innovation Adoption in Organizations: The Case of Corporate Website Adoption

Diplomityössä tutkittiin innovaatioiden omaksumista organisaatioissa, ja tarkoituksena oli selvittää tekijät, jotka vaikuttivat omaksumisajankohtaan sekä luokitella yritykset omaksujaryhmiin. Työn empiirinen osuus tarkasteli yritysten internet-kotisivujen omaksumista. Tutkimuksen empiirinen aineisto kerättiin postikyselyn avulla, ja vastausprosentti kyselyssä oli melko hyvä (60%). Aikaisempien tutkimusten pohjalta muodostettiin eri tekijöille mittarit, jotka analyysien perusteella olivat erittäin luotettavia. Regressioanalyysia sovellettiin, kun pyrittiin selvittämään omaksumisajankohtaan vaikuttavia tekijöitä, ja klusterianalyysiä käytettiin apuna omaksujaluokkien muodostamisessa. Omaksujaluokkien väliset erot selvitettiin varianssianalyyseillä. Tutkimuksessa löydettiin kolme omaksumisajankohtaan vaikuttavaa tekijää: (1) innovaation koettu suhteellinen hyöty, (2) yritysjohdon sitoutuminen omaksumisprosessiin, sekä (3) yrityksen strategisten partnereiden määrä. Yritykset luokiteltiin neljään omaksujaluokkaan (innovaattorit, aikaiset omaksujat, aikainen enemmistö ja myöhäinen enemmistö) innovatiivisuuden perusteella. Innovatiivisuutta mitattiin kolmella indikaattorilla, jotka olivat: (1) ajankohta, jolloin yritys tuli tietoiseksi internet-sivuista, (2) ajankohta, jolloin tehtiin omaksumispäätös sekä (3) aika, joka kului internet-sivujen käyttöönottoon. Omaksujaluokkien välillä tunnistettiin lukuisia eroja eri ominaisuuksien suhteen.

ZnO nanorods for efficient third harmonic UV generation.

ZnO nanorods grown by both high temperature vapour phase transport and low temperature chemical bath deposition are very promising sources for UV third harmonic generation. Material grown by both methods show comparable efficiencies, in both cases an order of magnitude higher than surface third harmonic generation at the quartz-air interface of a bare quartz substrate. This result is in stark contrast to the linear optical properties of ZnO nanorods grown by these two methods, which show vastly different PL efficiencies. The third harmonic generated signal is analysed using intensity dependent measurements and interferometric frequency resolved optical gating, allowing extraction of the laser pulse parameters. The comparable levels of efficiency of ZnO grown by these very different methods as sources for third harmonic UV generation provides a broad suite of possible growth methods to suit various substrates, coverage and scalability requirements. Potential application areas range from interferometric frequency resolved optical gating characterization of few cycle fs pulses to single cell UV irradiation for biophysical studies.

Cost efficient extractive removal of birch pulp

Tämän diplomityön tarkoituksena oli selvittää kustannustehokkaita keinoja uuteaineiden vähentämiseksi koivusulfaattimassasta. Uuteaineet voivat aiheuttaa ongelmia muodostaessaan saostumia prosessilaitteisiin. Saostumat aiheuttavat tukkeumia ja mittaushäiriöitä, mutta irrotessaan ne myös huonontavat sellun laatua. Lopputuotteeseen joutuessaan ne voivat lisäksi aiheuttaa haju- ja makuhaittoja, joilla on erityistä merkitystä esimerkiksi valmistettaessa elintarvikekartonkeja. Tämä työ tehtiin Stora Enson sellutehtaalla, Enocell Oy:llä, Uimaharjussa. Teoriaosassa käsiteltiin uuteaineiden koostumusta ja niiden aiheuttamia ongelmia sellu– ja paperitehtaissa. Lisäksi koottiin aikaisempien tehdaskokeiden fysikaalisia ja kemiallisia keinoja vähentää koivu-uutetta. Tarkastelualueina olivat puunkäsittely, keitto, pesemö ja valkaisu. Kokeellisessa osassa suoritettiin esikokeita laboratorio- ja tehdasmittakaavassa, jotta saavutettaisiin käytännöllistä tietoa itse lopuksi tehtävää tehdasmittakaavan koetta varten. Laboratoriokokeissa tutkittiin mm. keiton kappaluvun, lisäaineiden ja hartsisaippuan vaikutusta koivu-uutteeseen. Lisäksi suoritettiin myös happo- (A) ja peretikkahappovaiheen (Paa) laboratoriokokeet. Tehdasmittakaavassa tarkasteltiin mm. keiton kappaluvun, pesemön lämpötilan, A-vaiheen, valkaisun peroksidi- ja Paa-vaiheen vaikutusta koivu-uutteeseen. Uutteenpoistotehokkuutta eri menetelmien välillä vertailtiin niin määrällisesti kuin rahallisesti. Uutteenpoistotehokkuudella mitattuna vertailuvaihe oli tehokkain pesemön loppuvaiheessa ja valkaisun alkuvaiheessa. Pesemön loppuvaiheessa uutteenpoistoreduktiot olivat noin 30 % ja valkaisun alkuvaiheessa 40 %. Peroksidivaihe oli tehokkain käytettynä valkaisun loppuvaiheessa noin 40 % reduktiolla. Kustannustehokkuudella mitattuna tehokkaimmaksi osoittautui A-vaihe yhdessä peroksidivaiheen kanssa. Säästöt vertailujaksoon verrattuna olivat noin 0.3 €/ADt. Lisäksi kyseinen yhdistelmä osoittautui hyväksi keinoksi säilyttää uutetaso alle maksimirajan kuitulinja 2:lla, kun kuitulinjalla 1 tuotettiin samanaikaisesti armeeraussellua.

Respecting the deal: Economically sustainable management of open innovation among co-opeting companies

Platforms like eBay allow product seekers and providers to meet and exchange goods. On eBay, consumers can return a product if it does not correspond to expectations; eBay is the third-party firm in charge of assuring that the agreement among seekers and providers will be respected. Who provides the same service for what concerns open innovation, where specifications might not fully defined? This paper describes the business model of an organizational structure to support the elicitation and respect of agreements among agents, who have conflicting interests but that gain from cooperating together. Extending previous studies, our business model takes into account the economic dimensions concerning the needs of knowledge share and mutual control to allow a third-party to sustainably reinforce trust among untrusted partners and to lower their overall relational risk.

Integrating Group Support Systems to innovation process of a forest company

The objective of this study was to analyze the effects of Group Support Systems (GSS) to overall efficiency of innovation process. Overall efficiency was found to be a sum of meeting efficiency, product effectiveness, and learning efficiency. These components were studied in various working situations common in early stages of innovation process. In the empirical part of this study, the suitability of GSS at the forest company was assessed. The basics for this study were idea generation meetings held at LUT and results from the surveys done after the sessions. This data combined with the interviews and theoretical background was used to analyze suitability of this technology to organizational culture at the company. The results of this study are divided to theory and case level. On theory level GSS was found to be a potentially valuable tool for innovation managers, especially at the first stages of the process. On case level, GSS was found to be a suitable tool at Stora Enso for further utilization. A five step implementation proposal was built to illustrate what would be the next stages of GSS implementation, if technology was chosen for further implementation.