Quantitative proteomics methods for the analysis of histone post-translational modifications

Les histones sont des protéines nucléaires hautement conservées chez les cellules des eucaryotes. Elles permettent d’organiser et de compacter l’ADN sous la forme de nucléosomes, ceux-ci representant les sous unités de base de la chromatine. Les histones peuvent être modifiées par de nombreuses modifications post-traductionnelles (PTMs) telles que l’acétylation, la méthylation et la phosphorylation. Ces modifications jouent un rôle essentiel dans la réplication de l’ADN, la transcription et l’assemblage de la chromatine. L’abondance de ces modifications peut varier de facon significative lors du developpement des maladies incluant plusieurs types de cancer. Par exemple, la perte totale de la triméthylation sur H4K20 ainsi que l’acétylation sur H4K16 sont des marqueurs tumoraux spécifiques a certains types de cancer chez l’humain. Par conséquent, l’étude de ces modifications et des événements determinant la dynamique des leurs changements d’abondance sont des atouts importants pour mieux comprendre les fonctions cellulaires et moléculaires lors du développement de la maladie. De manière générale, les modifications des histones sont étudiées par des approches biochimiques telles que les immuno-buvardage de type Western ou les méthodes d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP). Cependant, ces approches présentent plusieurs inconvénients telles que le manque de spécificité ou la disponibilité des anticorps, leur coût ou encore la difficulté de les produire et de les valider. Au cours des dernières décennies, la spectrométrie de masse (MS) s’est avérée être une méthode performante pour la caractérisation et la quantification des modifications d’histones. La MS offre de nombreux avantages par rapport aux techniques traditionnelles. Entre autre, elle permet d’effectuer des analyses reproductibles, spécifiques et facilite l’etude d’un large spectre de PTMs en une seule analyse. Dans cette thèse, nous présenterons le développement et l’application de nouveaux outils analytiques pour l’identification et à la quantification des PTMs modifiant les histones. Dans un premier temps, une méthode a été développée pour mesurer les changements d’acétylation spécifiques à certains sites des histones. Cette méthode combine l’analyse des histones intactes et les méthodes de séquençage peptidique afin de déterminer les changements d’acétylation suite à la réaction in vitro par l’histone acétyltransférase (HAT) de levure Rtt109 en présence de ses chaperonnes (Asf1 ou Vps75). Dans un second temps, nous avons développé une méthode d’analyse des peptides isomériques des histones. Cette méthode combine la LC-MS/MS à haute résolution et un nouvel outil informatique appelé Iso-PeptidAce qui permet de déconvoluer les spectres mixtes de peptides isomériques. Nous avons évalué Iso-PeptidAce avec un mélange de peptides synthétiques isomériques. Nous avons également validé les performances de cette approche avec des histones isolées de cellules humaines érythroleucémiques (K562) traitées avec des inhibiteurs d’histones désacétylases (HDACi) utilisés en clinique, et des histones de Saccharomyces cerevisiae liées au facteur d’assemblage de la chromatine (CAF-1) purifiées par chromatographie d’affinité. Enfin, en utilisant la méthode présentée précédemment, nous avons fait une analyse approfondie de la spécificité de plusieurs HATs et HDACs chez Schizosaccharomyces pombe. Nous avons donc déterminé les niveaux d’acétylation d’histones purifiées à partir de cellules contrôles ou de souches mutantes auxquelles il manque une HAT ou HDAC. Notre analyse nous a permis de valider plusieurs cibles connues des HATs et HDACs et d’en identifier de nouvelles. Nos données ont également permis de définir le rôle des différentes HATs et HDACs dans le maintien de l’équilibre d’acétylation des histones. Dans l’ensemble, nous anticipons que les méthodes décrites dans cette thèse permettront de résoudre certains défis rencontrés dans l’étude de la chromatine. De plus, ces données apportent de nouvelles connaissances pour l’élaboration d’études génétiques et biochimiques utilisant S. pombe.

Quantitative and Qualitative Studies on the Bacteriology of frozen Fishes and Prawns

The thesis is mainly concerned with the study of the bacteriology of freezing of mackerel(Rastrelliger kanaggrta)and prawn (Metgpggaeus ddbsoni) The thesis in four sections describes the salient features of the observations and inferences on the bacteriology of freezing of fishes and prawns. This includes the evaluation of methodology for the optimum recovery of bacteria, bacteriology of the newly caught fish and prawn, the effect of freezing temperatures on the survival of selected species of isolates from fish and prawn and the bacteriology of freezing, frozen storage and thawing of prawn/fish emphasizing the effect contributed by each.

Der Einfluss von Neuropeptid Y auf die Glukoseaufnahme im dorsalen Tectum opticum während visueller Stimulation der Unke Bombina orientalis: Quantitative Analyse mit Hilfe der 14C-2-Desoxiglukose-Technik

(1) Neuropeptid Y (NPY), einer der häufigsten peptidergen Neurotransmitter im zentralen und peripheren Nervensystem der Säuger, ist an der Steuerung zahlreicher physiologischer Prozesse beteiligt. Auch Amphibien weisen eine verstärkte NPY-Immunreaktivität im Zentralnervensystem auf. Im Hinblick auf bereits gewonnene Erkenntnisse sollte in der vorliegenden Arbeit eine Modulierbarkeit retino-tectaler Aktivität durch Neuropeptid Y an der chinesischen Rotbauchunke (Bombina orientalis) überprüft und erstmals mit Hilfe der 14[C]-2-Desoxiglukose-Methode (14C-2DG) (Sokoloff et al. 1977) quantitativ analysiert werden. Als Vergleichstier diente die Agakröte (Bufo marinus). Zur Darstellung eines möglichen Effektes auf das Tectum opticum wurde NPY lokal auf die tectale Oberfläche visuell stimulierter Rotbauchunken appliziert. Mit Hilfe der 14C-2DG-Methode und den daraus autoradiographisch ermittelten Daten konnten die zerebralen Aktivitäten visualisiert, quantitativ ausgewertet und miteinander verglichen werden. In einer weiteren Versuchsreihe wurde hinterfragt, welche inhibitorische Wirkung NPY entwickeln kann, wenn zuvor der retinale Input pharmakologisch durch systemische Gabe von Apomorphin (APO) signifikant erhöht wurde. (2) Die 14C-2DG-Methode erlaubt einen Blick in die funktionale Aktivität des Gehirns und ermöglicht es, regional ablaufende physiologische und biochemische Energiestoffwechselprozesse innerhalb des Gehirns quantitativ zu erfassen. Mit Hilfe der 14C-2DG-Methode werden die neuromodulatorischen Wirkungen von NPY kartiert und analysiert. (3) Versuchstiergruppe 1 – Bombina orientalis – unbehandelt Zur Beurteilung pharmakologischer Effekte durch NPY bzw. APO auf den Hirnmetabolismus war es zunächst erforderlich, die Gehirnaktivitäten pharmakologisch unbeeinflusster Tiere nach visueller Reizgabe zu untersuchen. Im Bereich des medialen Mesencephalon wurden die tectalen 14C-2DG-Konzentrationen über zehn Messreihen pro Einzeltier sowohl an der rechten als auch an der linken tectalen Hälfte auf Höhe des ventrolateralen Tectum opticum ermittelt. Beim rechts-links Vergleich zeigen sich gleich verteilte Strahlungsintensitäten. Basierend auf dieser Aussage konnte NPY unilateral auf die tectale Oberfläche aufgebracht und auf seine Wirkung geprüft werden. (4) Versuchstiergruppe 2 – Bombina orientalis – NPY-Applikation Der unilaterale Einsatz von NPY auf die tectale Oberfläche des Versuchstieres bewirkt, dass die unter dem Einfluss von NPY stehende tectale Hälfte, im Gegensatz zur unbehandelten tectalen Hälfte, einen deutlich niedrigeren 14C-2DG-Gebrauch aufweist. Besonders in den oberen Schichten des Tectum opticum (Layer 9) zeigt die 14C-2DG-Methode qualitativ und quantitativ auswertbare Aktivitätsminderungen an. (5) Verhalten unter NPY: Durchschnittlich nach 10 min Versuchsdauer zeigt Bombina orientalis eine deutliche Abnahme in der Beutefangaktivität, die sich gegen Ende der Versuchszeit noch weiter reduziert. (6) Versuchstiergruppe 3 – Bombina orientalis – APO-Applikation Systemisch verabreichtes APO führt bei Bombina orientalis zu einer Verstärkung des retinalen Ausganges in die retino-tectalen Projektionsfelder. Die neuronalen Aktivitäten im Tectum opticum erhöhen sich unter dem Einfluss von APO im Durchschnitt um 40% im Vergleich zu APO-unbehandelten Tieren. (7) Verhalten unter APO: Bombina orientalis zeigt nach systemischer Applikation von APO keine verstärkten stereotypen Schnappreaktionen. Die Tiere reagieren ausschließlich mit Akinese, d.h. einem Ausfall gerichteter Lokomotionen und Orientierungsbewegungen. (8) Versuchstiergruppe 4 – Bombina orientalis – APO/NPY-Applikation Die durch systemisch verabreichtes APO erhöhten retino-tectalen Aktivitäten im Tectum opticum werden unter dem unilateralen Einsatz von NPY deutlich abgeschwächt. Eindeutig niedrigere 14C-2DG-Aufnahmen sind in den oberen Schichten des Tectum opticum messbar, was die starke Wirkung von NPY quantitativ belegt. (9) Versuchstiergruppe 2 – Bufo marinus – NPY-Applikation Der unilaterale Einsatz von NPY auf die tectale Oberfläche von Bufo marinus zeigt ebenfalls, dass die unter dem Einfluss von NPY stehende tectale Hälfte, im Gegensatz zur unbehandelten tectalen Hälfte, einen deutlich niedrigeren 14C-2DG-Gebrauch aufweist. Bufo marinus zeigt aber aufgrund erweiterter Versuchsbedingungen (On-Off-Beleuchtungswechsel) anders verteilte Strahlungsintensitäten über dem Tectum-Querschnitt als Bombina orientalis. Stärkere [14C]-Akkumulationen zeigen sich in den tieferen zentralen Schichten des Tectum opticum. (10) Versuchstiergruppe 4 – Bufo marinus – APO/NPY-Applikation Auch die durch systemisch verabreichtes APO erhöhten retino-tectalen Aktivitäten im Tectum opticum von Bufo marinus werden unter dem unilateralen Einsatz von NPY deutlich abgeschwächt. (11) Die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit leisten einen Beitrag zum Einfluss von NPY auf den retino-tectalen Informationstransfer bei Anuren im Sinne einer praetecto-tectalen inhibitorischen Modulation. Im Einklang mit früheren neuroanatomischen, immuncytochemischen und elektro-physiologischen Befunden liefern diese Ergebnisse erstmals ein biochemisches Korrelat auf der Basis des tectalen Energiestoffwechsels. (12) Es ist hervorzuheben, dass NPY-vermittelte inhibitorische Modulationen visuellen Informationstransfers in der vorliegenden Arbeit an Bombina orientalis nachgewiesen wurden, die phylogenetisch zu den ältesten Anuren (Anamnioten) gehört. Vergleichbares ist an verschiedenen Amnioten – einschließlich Primaten – beschrieben worden, was darauf hinweist, dass solche NPY-vermittelten Prozesse sich innerhalb der Tetrapoden relativ früh herausgebildet haben und in der Evolution konserviert worden sind.

Qualitative und quantitative Schwingungsmessung und -analyse mittels Digital-Shearografie

Speckle Pattern Shearing Interferometrie (Shearografie) ist eine speckle-interferometrische Messmethode und zeichnet sich durch die ganzflächige, berührungslose Arbeitsweise, hohe räumliche Auflösung und hohe Messempfindlichkeit aus. Diese Dissertation beinhaltet die neue bzw. weitere Entwicklung der Shearografie zur qualitativen Schwingungsbeobachtung und zur quantitativen Schwingungsmessung. Für die qualitative Schwingungsbeobachtung in Echtzeit werden die Optimierung des Zeitmittelungsverfahrens und die neue entwickelte Online-Charakterisierung von Streifenmustern mit statistischen Verfahren vorgestellt. Auf dieser Basis können sowohl eine genaue Fehlstellen-Detektion bei der zerstörungsfreien Materialprüfung als auch eine präzise Resonanzuntersuchung zeitsparend und vollautomatisch durchgeführt werden. Für die quantitative Schwingungsmessung wird eine sog. dynamische Phasenschiebe-Technik neu entwickelt, welche durch die Einführung eines synchron zum Objekt schwingenden Referenzspiegels realisiert wird. Mit dieser Technik ermöglicht das Zeitmittelungsverfahren die Amplituden und Phasen einer Objektschwingung quantitativ zu ermitteln. Auch eine Weiterentwicklung des stroboskopischen Verfahrens in Kombination mit zeitlicher Phasenverschiebung wird in der Arbeit präsentiert, womit der gesamte Prozess der Schwingungsmessung und -rekonstruktion beschleunigt und automatisch durchgeführt wird. Zur Bestimmung des Verschiebungsfeldes aus den gemessenen Amplituden und Phasen des Verformungsgradienten stellt diese Arbeit auch eine Weiterentwicklung des Summationsverfahrens vor. Das Verfahren zeichnet sich dadurch aus, dass die Genauigkeit des ermittelten Verschiebungsfelds unabhängig von der Sheargröße ist und gleichzeitig das praktische Problem - Unstetigkeit - gelöst wird. Eine quantitative Messung erfordert eine genaue Kalibrierung der gesamten Messkette. Ein auf dem Least-Square-Verfahren basierendes Kalibrierverfahren wird in der Arbeit zur Kalibrierung der statischen und dynamischen Phasenverschiebung vorgestellt. Auch die Ermittelung der Sheargröße mit Hilfe der 1D- bzw. 2D-Kreuz-Korrelation wird präsentiert. Zum Schluss wurde die gesamte Entwicklung durch eine Vergleichsmessung mit einem handelsüblichen Scanning-Laser-Doppler-Vibrometer experimentell verifiziert.

Technisch quantitative Investmentstrategien

Spätestens seit der Formulierung der modernen Portfoliotheorie durch Harry Markowitz (1952) wird den aktiven Portfoliomanagementstrategien besondere Aufmerksamkeit in Wissenschaft und Anlagepraxis gewidmet. Diese Arbeit ist im Schnittstellenbereich zwischen neoklassischer Kapitalmarkttheorie und technischer Analyse angesiedelt. Es wird untersucht, inwieweit eine passive Buy&Hold-Strategie, die als einzige im Einklang mit der Effizienzmarkthypothese nach Fama (1970) steht, durch Verwendung von aktiven Strategien geschlagen werden kann. Der Autor präsentiert einen Wavelet-basierten Ansatz für die Analyse der Finanzzeitreihen. Die Wavelet-Transformation wird als ein mathematisches Datenaufbereitungstool herangezogen und ermöglicht eine Multiskalendarstellung einer Datenreihe, durch das Aufspalten dieser in eine Approximationszeitreihe und eine Detailszeitreihe, ohne dass dadurch Informationen verloren gehen. Diese Arbeit beschränkt sich auf die Verwendung der Daubechies Wavelets. Die Multiskalendarstellung dient als Grundlage für die Entwicklung von zwei technischen Indikatoren. Der Wavelet Stochastik Indikator greift auf die Idee des bekannten Stochastik-Indikators zurück und verwendet nicht mehr die Kurszeitreihe, sondern die Approximationszeitreihe als Input. Eine auf diesem Indikator basierende Investmentstrategie wird umfangreicher Sensitivitätsanalyse unterworfen, die aufzeigt, dass eine Buy&Hold-Strategie durchaus outperformt werden kann. Die Idee des Momentum-Indikators wird durch den Wavelet Momentum Indikator aufgegriffen, welcher die Detailszeitreihen als Input heranzieht. Im Rahmen der Sensitivitätsanalyse einer Wavelet Momentum Strategie wird jedoch die Buy&Hold -Strategie nicht immer geschlagen. Ein Wavelet-basiertes Prognosemodell verwendet ähnlich wie die technischen Indikatoren die Multiskalendarstellung. Die Approximationszeitreihen werden dabei durch das Polynom 2. Grades und die Detailszeitreihen durch die Verwendung der Sinusregression extrapoliert. Die anschließende Aggregation der extrapolierten Zeitreihen führt zu prognostizierten Wertpapierkursen. Kombinierte Handelsstrategien zeigen auf, wie Wavelet Stochastik Indikator, Wavelet Momentum Indikator und das Wavelet-basierte Prognosemodell miteinander verknüpft werden können. Durch die Verknüpfung einzelner Strategien gelingt es, die Buy&Hold-Strategie zu schlagen. Der letzte Abschnitt der Arbeit beschäftigt sich mit der Modellierung von Handelssystem-portfolios. Angestrebt wird eine gleichzeitige Diversifikation zwischen Anlagen und Strategien, die einer ständigen Optimierung unterworfen wird. Dieses Verfahren wird als ein systematischer, an bestimmte Optimierungskriterien gebundener Investmentprozess verstanden, mit welchem es gelingt, eine passive Buy&Hold-Strategie zu outperformen. Die Arbeit stellt eine systematische Verknüpfung zwischen der diskreten Wavelet Transformation und technisch quantitativen Investmentstrategien her. Es werden auch die Problemfelder der durchaus viel versprechenden Verwendung der Wavelet Transformation im Rahmen der technischen Analyse beleuchtet.

Reciprocal and wage labour in rural Ecuador. A quantitative analysis

This paper analyses the determinants for rural Ecuadorian households to participate in community works, to exchange labour, and to use paid labour. The results show that participation in community work is more common among indigenous peoples who are more committed with community and live in areas with relatively high population densities. Exchange labour agreements are more common among indigenous households settled in areas where industrial agriculture has not penetrated yet. Instead, paid labour is used by small and educated households which have access to credit.

Eine quantitative Analyse des Extraktivismus in Lateinamerika

Unter dem Schlagwort “(Neo-)Extraktivismus” ist in den vergangenen Jahren eine rege Debatte über die Wirtschafts- und Sozialpolitik der neuen progressiven Regierungen in Lateinamerika entstanden. Kern des Konzepts ist die Kritik an einer hauptsächlich auf Rohstoffausbeutung basierenden Wachstums- und Entwicklungsstrategie, die, so die Vertreter der Debatte, für weite Teile der Region Lateinamerikas und der Karibik (nach wie vor) als vorherrschend betrachtet werden kann. Die geführte Auseinandersetzung basiert jedoch bis dato auf einer schmalen empirischen Grundlage. Der Gegenstand des Working Papers ist die Frage nach der quantitativen Dimension des (Neo-)Extraktivismus in Lateinamerika. Das Paper greift hierzu zentrale Annahmen der Debatte auf und unterzieht sie einer systematischen Analyse. Diese umfasst eine Länderauswahl von fünfzehn Staaten bestehend aus Ländern der Andengemeinschaft, des Cono Sur-Raums und Mittelamerikas. Die zentrale These des Working Papers lautet, dass auf dem Subkontinent nicht von einem einheitlichen Extraktivismus gesprochen werden kann, da sich unterschiedliche Ausprägungen des Phänomens belegen lassen.

A Theory of Quantitative Inference Applied to a Mechanical Design Compiler

This thesis presents the ideas underlying a computer program that takes as input a schematic of a mechanical or hydraulic power transmission system, plus specifications and a utility function, and returns catalog numbers from predefined catalogs for the optimal selection of components implementing the design. Unlike programs for designing single components or systems, the program provides the designer with a high level "language" in which to compose new designs. It then performs some of the detailed design process. The process of "compilation" is based on a formalization of quantitative inferences about hierarchically organized sets of artifacts and operating conditions. This allows the design compilation without the exhaustive enumeration of alternatives.

Skill shortages en Asturias : desajuste de cualificaciones y propuestas de acción.

1) Analizar las destrezas necesarias y comprobar si éstas forman parte del inventario regional de cualificaciones. 2) Informar de las necesidades cambiantes de destrezas promoviendo un acercamiento entre oferta y demanda. 3) Difundir información acerca de la situación actual de otras regiones europeas y de las técnicas de análisis e intervención que utilizan. 4) Obtener información acerca del grado de conocimiento e imagen que los jóvenes tienen de estos sectores y ocupaciones. 12 expertos en Economía regional. 69 empresas y 24 centros de formación referidos a los sectores y ocupaciones objeto de estudio: sector Construcción, Metal, Turismo y Químico, ocupación soldador, mantenimiento, y agente de desarrollo local. 8 aulas de octavo de EGB de Gijón, Oviedo, cuencas mineras y zona rural. El modelo teórico seguido es la 'Typology of skill shortages' de Van der Vendel en el que aparecen seis tipos de problemas o discrepancias entre demanda y oferta: desequilibrios absolutos y relativos, problemas de ruptura o desfases, distribución, utilización y contenido. Se miden diversos factores de las ocupaciones y los sectores. Entrevista semi-estructurada. 4 cuestionarios 'ad hoc' para estudiar: sectores, ocupaciones, centros de formación y organizaciones de desarrollo regional. Análisis de contenido mediante categorización y análisis de frecuencia. Análisis de sectores y ocupaciones: 1) todos estos sectores han sufrido importantes cambios en las dos últimas décadas debido al impacto de las nuevas tecnologías; 2) todos adolecen de importantes y claros desequilibrios en el mercado de cualificaciones afectándoles negativamente la desaparición del antiguo sistema de aprendices; 3) todos encuentran problemas a la hora de cubrir vacantes de las ocupaciones tradicionales; 4) frente al sector de la Construcción y del Metal que en los últimos años ha sufrido una mayor especialización en su mano de obra, los sectores Turismo y Químico cuentan con un nivel muy alto de polivalencia. Estudio en EGB: 1) un porcentaje elevado manifiesta su intención de continuar estudios de BUP; 2) existe un amplio desconocimiento del mundo industrial; 3) los sectores estudiados les atraen poco; 4) el sexo y los factores socioeconómicos influyen en sus preferencias vocacionales. Se reafirma la hipótesis de que los desequilibrios apuntados tienen un origen social claro. Para solucionar éstos, se apuntan una serie de pautas de acción como: reformar la formación profesional, realizar una selección coherente y estricta del alumnado de FP, llevar a cabo un plan de marketing que recupere la imagen y valoración social de la FP, incrementar el impacto de la figura del orientador, etc.

COMP6049 Quantitative analysis

notes for class discussion and exercise

Study skill levels podcast

A short podcast for students decribing academic writing levels.

LV CHEN's (25076027)research skill presentation slides

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