“Reconstruction of Gene Regulatory Network from Expression Profile of Plasma RNA Data of Colorectal Cancer Patients using Soft Computing Techniques”

Microarray data analysis is one of data mining tool which is used to extract meaningful information hidden in biological data. One of the major focuses on microarray data analysis is the reconstruction of gene regulatory network that may be used to provide a broader understanding on the functioning of complex cellular systems. Since cancer is a genetic disease arising from the abnormal gene function, the identification of cancerous genes and the regulatory pathways they control will provide a better platform for understanding the tumor formation and development. The major focus of this thesis is to understand the regulation of genes responsible for the development of cancer, particularly colorectal cancer by analyzing the microarray expression data. In this thesis, four computational algorithms namely fuzzy logic algorithm, modified genetic algorithm, dynamic neural fuzzy network and Takagi Sugeno Kang-type recurrent neural fuzzy network are used to extract cancer specific gene regulatory network from plasma RNA dataset of colorectal cancer patients. Plasma RNA is highly attractive for cancer analysis since it requires a collection of small amount of blood and it can be obtained at any time in repetitive fashion allowing the analysis of disease progression and treatment response.

Smallholder group certification in Uganda - Analysis of internal control systems in two organic export companies

The organic agricultural sector of Uganda is among the most developed in Africa in terms of its professional institutional network and high growth rates of number of certified farmers and land area. Smallholder farmers are certified organic through contract production for export companies using a group certification scheme (internal control system - ICS). The ICS is a viable and well-accepted tool to certify small-scale producers in developing countries all over the world. Difficulties in certification are still stated to be among the main constraints for Uganda’s organic sector development. Therefore, this paper reports a qualitative case study comprising 34 expert interviews in two organic fresh-produce export companies in central Uganda, aiming to explore the challenges which underlie organic certification with ICS. The study shows that farmers cannot be labelled as ‘organic by default’ but deliberately engage in organic production as a marketing strategy. The small quantities purchased by the organic companies lead to a difficult marketing situation for the farmers, causing production and infiltration risks on the farm level. These risks require increased control that challenges the companies organizationally. The risks and control needs are a reason to involve farmers in ICS procedures and innovatively adapt the ICS by means of a bypass around formal perspective restrictions. The paper discusses different perspectives on risks, risk control and certification.

Internal Camera Calibration Using Rotation and Geometric Shapes

This paper describes a simple method for internal camera calibration for computer vision. This method is based on tracking image features through a sequence of images while the camera undergoes pure rotation. The location of the features relative to the camera or to each other need not be known and therefore this method can be used both for laboratory calibration and for self calibration in autonomous robots working in unstructured environments. A second method of calibration is also presented. This method uses simple geometric objects such as spheres and straight lines to The camera parameters. Calibration is performed using both methods and the results compared.

A Statistical Image-Based Shape Model for Visual Hull Reconstruction and 3D Structure Inference

We present a statistical image-based shape + structure model for Bayesian visual hull reconstruction and 3D structure inference. The 3D shape of a class of objects is represented by sets of contours from silhouette views simultaneously observed from multiple calibrated cameras. Bayesian reconstructions of new shapes are then estimated using a prior density constructed with a mixture model and probabilistic principal components analysis. We show how the use of a class-specific prior in a visual hull reconstruction can reduce the effect of segmentation errors from the silhouette extraction process. The proposed method is applied to a data set of pedestrian images, and improvements in the approximate 3D models under various noise conditions are shown. We further augment the shape model to incorporate structural features of interest; unknown structural parameters for a novel set of contours are then inferred via the Bayesian reconstruction process. Model matching and parameter inference are done entirely in the image domain and require no explicit 3D construction. Our shape model enables accurate estimation of structure despite segmentation errors or missing views in the input silhouettes, and works even with only a single input view. Using a data set of thousands of pedestrian images generated from a synthetic model, we can accurately infer the 3D locations of 19 joints on the body based on observed silhouette contours from real images.

On Degeneracy of Linear Reconstruction from Three Views: Linear Line Complex and Applications

This paper investigates the linear degeneracies of projective structure estimation from point and line features across three views. We show that the rank of the linear system of equations for recovering the trilinear tensor of three views reduces to 23 (instead of 26) in the case when the scene is a Linear Line Complex (set of lines in space intersecting at a common line) and is 21 when the scene is planar. The LLC situation is only linearly degenerate, and we show that one can obtain a unique solution when the admissibility constraints of the tensor are accounted for. The line configuration described by an LLC, rather than being some obscure case, is in fact quite typical. It includes, as a particular example, the case of a camera moving down a hallway in an office environment or down an urban street. Furthermore, an LLC situation may occur as an artifact such as in direct estimation from spatio-temporal derivatives of image brightness. Therefore, an investigation into degeneracies and their remedy is important also in practice.

Sparse Correlation Kernel Analysis and Reconstruction

This paper presents a new paradigm for signal reconstruction and superresolution, Correlation Kernel Analysis (CKA), that is based on the selection of a sparse set of bases from a large dictionary of class- specific basis functions. The basis functions that we use are the correlation functions of the class of signals we are analyzing. To choose the appropriate features from this large dictionary, we use Support Vector Machine (SVM) regression and compare this to traditional Principal Component Analysis (PCA) for the tasks of signal reconstruction, superresolution, and compression. The testbed we use in this paper is a set of images of pedestrians. This paper also presents results of experiments in which we use a dictionary of multiscale basis functions and then use Basis Pursuit De-Noising to obtain a sparse, multiscale approximation of a signal. The results are analyzed and we conclude that 1) when used with a sparse representation technique, the correlation function is an effective kernel for image reconstruction and superresolution, 2) for image compression, PCA and SVM have different tradeoffs, depending on the particular metric that is used to evaluate the results, 3) in sparse representation techniques, L_1 is not a good proxy for the true measure of sparsity, L_0, and 4) the L_epsilon norm may be a better error metric for image reconstruction and compression than the L_2 norm, though the exact psychophysical metric should take into account high order structure in images.

Relative Contributions of Internal and External Features to Face Recognition

The central challenge in face recognition lies in understanding the role different facial features play in our judgments of identity. Notable in this regard are the relative contributions of the internal (eyes, nose and mouth) and external (hair and jaw-line) features. Past studies that have investigated this issue have typically used high-resolution images or good-quality line drawings as facial stimuli. The results obtained are therefore most relevant for understanding the identification of faces at close range. However, given that real-world viewing conditions are rarely optimal, it is also important to know how image degradations, such as loss of resolution caused by large viewing distances, influence our ability to use internal and external features. Here, we report experiments designed to address this issue. Our data characterize how the relative contributions of internal and external features change as a function of image resolution. While we replicated results of previous studies that have shown internal features of familiar faces to be more useful for recognition than external features at high resolution, we found that the two feature sets reverse in importance as resolution decreases. These results suggest that the visual system uses a highly non-linear cue-fusion strategy in combining internal and external features along the dimension of image resolution and that the configural cues that relate the two feature sets play an important role in judgments of facial identity.

Monocular-based 3-D seafloor reconstruction and ortho-mosaicing by piecewise planar representation

Photo-mosaicing techniques have become popular for seafloor mapping in various marine science applications. However, the common methods cannot accurately map regions with high relief and topographical variations. Ortho-mosaicing borrowed from photogrammetry is an alternative technique that enables taking into account the 3-D shape of the terrain. A serious bottleneck is the volume of elevation information that needs to be estimated from the video data, fused, and processed for the generation of a composite ortho-photo that covers a relatively large seafloor area. We present a framework that combines the advantages of dense depth-map and 3-D feature estimation techniques based on visual motion cues. The main goal is to identify and reconstruct certain key terrain feature points that adequately represent the surface with minimal complexity in the form of piecewise planar patches. The proposed implementation utilizes local depth maps for feature selection, while tracking over several views enables 3-D reconstruction by bundle adjustment. Experimental results with synthetic and real data validate the effectiveness of the proposed approach

Factors associated to avascular necrosis of the femoral head and non-union in patients younger than 65 years old with displaced femoral neck fractures treated with reduction and internal fixation.

Pocos estudios han evaluado el tratamiento de las fracturas desplazadas de cuello femoral en pacientes menores de 65 años de edad, y no han sido claramente definidos los factores de riesgo para necrosis avascular o no-unión dentro de este rango de edad. Para determinar los factores asociados a la necrosis avascular de la cabeza femoral (AVN) y no-unión en pacientes menores de 65 años de edad con fracturas desplazadas del cuello femoral tratados con reducción y fijación interna, se realizó un estudio retrospectivo de 29 fracturas desplazadas del cuello femoral en 29 pacientes consecutivos tratados en una sola institución. La influencia de la edad, la energía del trauma, tipo de reducción, y el tiempo entre la fractura y el tratamiento en desarrollo de la AVN y no-unión fueron evaluados. Los pacientes que desarrollaron NAV fueron significativamente mayores y sufrieron un trauma de más baja energía que en los casos sin AVN. Ninguna variable fue asociada con la no-unión. La regresión logística determinó que sólo la edad se asoció de forma independiente a NAV. La edad es un buen predictor para el desarrollo de NAV, con un C-estadístico de 0.861, y un mejor corte-determinado en 53,5 años. Conclusión: Los pacientes de entre 53,5 y 65 años presentan un riesgo más alto de NAV. La artroplastia primaria se debe considerar en este subgrupo.

Análisis del accionar del ELN y las FARC-EP contra la industria petrolera y su incidencia en el régimen de regalías y el desarrollo social en el departamento de Arauca, 1998-2006

El desarrollo social de un departamento está determinado por factores tanto internos como externos. Sin embargo, la existencia de recursos no renovables con gran valor, en algunos casos representan el núcleo de grandes problemas sociales en estos departamentos.

Análisis de la incidencia de la Teoría de la Identidad Colectiva en la posición de la Liga Árabe frente al reconocimiento de Somalilandia como Estado independiente

Esta Monografía se centra en mostrar cómo el intento por conservar la identidad colectiva de la Liga de los Estados Árabes impide ceder ante el deseo de Somalilandia de ser reconocida como Estado independiente.

Análisis de las relaciones bilaterales entre Pakistán y Estados Unidos en materia de seguridad (Periodo 2007 - 2010)

Después de los ataques del 11 de septiembre de 2001, Pakistán se ha convertido en uno de los principales aliados de Estados Unidos para combatir las fuerzas terroristas de Al-Qaeda y los talibán en el centro y sur de Asia. La alianza bilateral no ha manifestado resultados determinantes para aliviar los problemas de seguridad en Pakistán, por el contrario, la yihad islámica se ha fortalecido en su población y los ataques terroristas que atentan contra la población civil y el aparato estatal se vuelven cada vez mas frecuentes, en razón de lo anterior, los grupos insurgentes en Pakistán han fortalecido su capacidad operativa y expandido su escenario de influencia.

Internal Displacement, the Guiding Principles on Internal Displacement, the Principles Normative Status, and the Need for their Effective Domestic Implementation in Colombia.

El artículo analiza el fenómeno del desplazamiento forzado alrededor del mundo, así como la génesis del mandato de las Naciones Unidas para luchar contra este problema. Examina las conclusiones clave del estudio de la ONU que encontró que las normas existentes del derecho internacional tienen varios vacíos y zonas grises relativos a las necesidades de los desplazados internos. También analiza los orígenes y el contenido de los principios guía del desplazamiento interno, así como el estatus normativo de los mismos. Así mismo, sugiere que, a pesar de no ser vinculante para los Estados, estos principios guía se convirtieron en la expresión más autorizada de los estándares mínimos aplicables a los desplazados internos como consecuencia de la práctica estatal, es decir, que la mayoría de estos principios se volverán costumbre internacional. El artículo también señala la necesidad de que haya una implementación efectiva en el derecho interno de estos principios guía; examina cómo las autoridades gubernamentales, la Corte Constitucional y la sociedad civil en Colombia, así como las entidades intergubernamentales, respondieron a la crisis del desplazamiento interno en el país. Observando el marco legal colombiano en desplazamiento interno, el artículo concluye que el Estado no ha tomado las medidas necesarias requeridas para prevenir futuros desplazamientos o para asegurar una protección y asistencia efectivas para resolver las necesidades de los desplazados internos.

Uso de la matriz extracelular como material para ingeniería de tejidos

Introducción: La evaluación de injertos vasculares de submucosa de intestino delgado para la regeneración de vasos sanguíneos ha producido una permeabilidad variable (0-100%) que ha sido concurrente con la variabilidad en las técnicas de fabricación. Metodología: Investigamos los efectos de fabricación en permeabilidad y regeneración en un diseño experimental de 22factorial que combino: 1) preservación (P) o remoción (R) de la capa estratum compactum del intestino, y 2) deshidratada (D) o hidratada (H), dentro de cuatro grupos de estudio (PD, RD, PH, RH). Los injertos fueron implantados en las Arterias Carótidas de porcinos (ID 4.5mm, N=4, 7d). Permeabilidad, trombogenicidad, reacción inflamatoria, vascularización, infiltración de fibroblastos, perfil de polarización de macrófagos y fuerza tensil biaxial fueron evaluadas. Resultados: Todos los injertos PD permanecieron permeables (4/4), pero tuvieron escasa vascularización e infiltración de fibroblastos. El grupo RD permaneció permeable (4/4), presentó una extensa vascularización e infiltración de fibroblastos, y el mayor número del fenotipo de macrófagos (M2) asociado a regeneración. El grupo RH presentó menor permeabilidad (3/4), una extensa vascularización e infiltración de fibroblastos, y un perfil dominante de M2. El grupo PH presentó el menor grado de permeabilidad, y a pesar de mayor infiltración celular que PD, exhibió un fenotipo de macrófagos dominante adverso. La elasticidad de los injertos R evolucionó de una manera similar a las Carótidas nativas (particularmente RD, mientras que los injertos P mantuvieron su rigidez inicial. Discusión: Concluimos que los parámetros de fabricación afectan drásticamente los resultados, siendo los injertos RD los que arrojaron mejores resultados.

¿La tomografía de codo cambia la conducta tomada previamente con radiografía en fracturas de cúpula radial? un estudio de concordancia

Las fracturas de la cúpula radial corresponden a un tercio de todas las fracturas del codo en adultos (1), por lo que se toman radiografías o tomografías, sin embargo no existe literatura que soporte la realización de la tomografía como estudio complementario, por lo que preguntamos ¿La tomografía de codo cambia la conducta tomada previamente con radiografía en fracturas de cúpula radial? Se propone un estudio de concordancia, donde se evalúan las radiografías y tomografías por parte de dos cirujanos de codo, de pacientes con diagnóstico de fractura de cúpula radial valorados en urgencias de dos hospitales de tercer nivel de Bogotá desde enero 2011 a enero 2013. Se revisaron 116 historias, 99 cumplieron los criterios, las radiografías fueron revisadas por dos ortopedistas de codo quienes realizaron clasificación de Mason obteniendo un κ 1 (p˂ 0,00), propuesta de tratamiento postradiografía κ 0,934 (p˂ 0,000 IC95% 0.85, 1). Tratamiento post-tomografía de codo κ 0.949 (p˂ 0,00 IC95% 0.867,1). Concordancia intra-ortopedista de la conducta pre y post-tomografía hay cambio en la conducta del ortopedista 1 en 32.6% (κ 0.674 p˂ 0,00 IC95% 0.52, 0.818) y del ortopedista 2 en 36% (κ 0.64 p˂ 0,00 IC95% 0.452, 0.792). Se dividieron los pacientes en Mason I, II, III con concordancia considerable en los pacientes Mason I y III, mientras que en Mason II fue una concordancia aceptable lo que significa que el uso de tomografía de codo cambia la conducta en general pero sobretodo en pacientes clasificados Masson II.