Complementarity of conventional and molecular methods in the assessment of fungal contamination caused by Aspergillus fumigatus complex in one Portuguese composting plant

The handling of waste and compost that occurs frequently in composting plants (compost turning, shredding, and screening) has been shown to be responsible for the release of dust and air borne microorganisms and their compounds in the air. Thermophilic fungi, such as A. fumigatus, have been reported and this kind of contamination in composting facilities has been associated with increased respiratory symptoms among compost workers. This study intended to characterize fungal contamination in a totally indoor composting plant located in Portugal. Besides conventional methods, molecular biology was also applied to overcome eventual limitations.

Dimensionamento de estacas baseado nos princípios da dinâmica de cravação do SPT

Este trabalho insere-se no domínio da calibração energética dos equipamentos SPT, dando seguimento ao disposto na norma EN ISO 22476-3, de aplicação obrigatória em Portugal. Para tal foi utilizada uma vara instrumentada, cuja instrumentação consiste em strain-gauges e acelerómetros piezoeléctricos. Esta instrumentação encontra-se fixa a um trecho de vara com comprimento de 60 cm e para a aquisição dos dados foi utilizado o sistema SPT Analyzer® comercializado pela firma PDI. O sistema permite registar os dados provenientes da instrumentação: sinais de um par de strain-gauges, transformados em registos de força (F1 e F2) e sinais de um par de acelerómetros, convertidos em registos de velocidade (V1 e V2) ao longo do tempo. O equipamento permite a avaliação, em tempo real, da qualidade dos registos e da energia máxima transmitida à vara em cada golpe e o conhecimento do deslocamento vertical do trem de varas ocorrido em cada golpe do martelo. Por outro lado, baseando-se no tema acima referido, pretende-se ainda desenvolver esforços no sentido de melhorar o novo método interpretativo dos resultados dos ensaios SPT e sua aplicação ao dimensionamento de estacas, dado que a previsão da capacidade de carga de estacas constitui um dos desafios da engenharia de fundações por requerer a estimativa de propriedades do solo, alterações pela execução da fundação e conhecimento do mecanismo de interacção solo-estaca. Este novo procedimento baseia-se nos princípios da dinâmica, rompendo com as metodologias até aqui consagradas, de natureza essencialmente empírica. A nova forma de interpretar os ensaios SPT, consubstanciada nos princípios de conservação de energia na cravação do amostrador SPT, irá permitir converter analiticamente o valor Nspt numa força dinâmica de reacção à penetração. A decomposição desta força dinâmica permite efectuar análises comparativas entre as resistências unitárias mobilizadas no amostrador SPT (modelo) e as mobilizadas na estaca (protótipo).

Análise dinâmica de mercados financeiros

Na sociedade actual, é cada vez mais difícil desassociar o ambiente financeiro do ambiente social, tendo o primeiro influência directa ou indirecta em praticamente todos os aspectos da sociedade. A esta influência está associada a vasta quantidade de informação e serviços financeiros que possibilitam uma melhor compreensão do ambiente socioeconómico actual, permitindo também o estudo das evoluções e das dinâmicas dos mercados financeiros. Este trabalho refere-se ao estudo e comparação de algumas ferramentas disponíveis para a análise dinâmica e tentativa de previsão de alguns índices de bolsa escolhidos. Tais métodos a estudar são modelos clássicos como o Autoregressivo, Média Móvel e o Modelo Misto apresentado por Box e Jenkins. São também propostos dois métodos que tentam distanciar-se dos métodos tradicionais por apenas considerarem para a sua previsão os momentos semelhantes ao momento actual que se tenta prever, ao invés de considerar todo o espectro dos dados disponíveis, tal como os métodos clássicos referidos anteriormente.

Development of triplet repeat primed PCR (TP-PCR) technique as a support of molecular test in Machado-Joseph disease

Dissertação de Mestrado, Ciências Biomédicas, 3 de Fevereiro de 2016, Universidade dos Açores.

Host-symbiont interactions in the deep-sea vent mussel Bathymodiolus azoricus : a molecular approach

Tese de Doutoramento, Ciências do Mar, especialidade de Biologia Marinha, 19 de Dezembro de 2015, Universidade dos Açores.

Molecular screening of 246 Portuguese Aspergillus isolates among different clinical and environmental sources

Clinical and environmental samples from Portugal were screened for the presence of Aspergillus and the distributions of the species complexes were determined in order to understand how their distributions differ based on their source. Fifty-seven Aspergillus isolates from clinical samples were collected from 10 health institutions. Six species complexes were detected by internal transcribed spacer sequencing; Fumigati, Flavi, and Nigri were found most frequently (50.9%, 21.0%, and 15.8%, respectively). β-tubulin and calmodulin sequencing resulted in seven cryptic species (A. awamorii, A. brasiliensis, A. fructus, A. lentulus, A. sydowii, A. tubingensis, Emericella echinulata) being identified among the 57 isolates. Thirty-nine isolates of Aspergillus were recovered from beach sand and poultry farms, 31 from swine farms, and 80 from hospital environments, for a total 189 isolates. Eleven species complexes were found in these 189 isolates, and those belonging to the Versicolores species complex were found most frequently (23.8%). There was a significant association between the different environmental sources and distribution of the species complexes; the hospital environment had greater variability of species complexes than other environmental locations. A high prevalence of cryptic species within the Circumdati complex was detected in several environments; from the isolates analyzed, at least four cryptic species were identified, most of them growing at 37ºC. Because Aspergillus species complexes have different susceptibilities to antifungals, knowing the species-complex epidemiology for each setting, as well as the identification of cryptic species among the collected clinical isolates, is important. This may allow preventive and corrective measures to be taken, which may result in decreased exposure to those organisms and a better prognosis.

Comparação da fixação em formalina e em fixador molecular e sua influência em técnicas histoquímicas em tecido hepático

A Formalina 10% Tamponada (FNT 10%) é considerada o fixador de eleição nos Laboratórios de Anatomia Patológica. Contudo, a exposição a esta substância acarreta riscos para a saúde dos técnicos. A International Agency for Research on Cancer (IARC) classificou-a como cancerígeno humano e estudos relevam uma correlação positiva entre a exposição a formaldeído e o desenvolvimento de leucemia e leucemia mielóide. Torna-se relevante alterar o processo de fixação substituindo a FNT 10% por outros fixadores melhorando estas questões. Como tal, desenvolveram-se fixadores à base de outros compostos químicos que não formaldeído, como o Fixador Molecular Universal (UMFIX) que tem como base metanol e polietilenoglicol e que é usualmente utilizado com um processador rápido de micro-ondas. Pretende-se comparar as diferenças entre a fixação por FNT 10% e a fixação por UMFIX, em tecido hepático processado em processador rápido de micro-ondas, para as colorações de Hematoxilina-Eosina (H&E), Tricrómio de Gomori, Reticulina e PAS, através da qualidade final das lâminas testadas. A coloração de H&E foi a única que apresentou diferenças estatisticamente significativas entre os dois fixadores (p=0,032; α<0,05; Mann-Whitney). O UMFIX apresenta-se como um substituto da FNT 10% para o processamento rápido em micro-ondas, pois além de apresentar lâminas com uma qualidade final semelhante ou superior às da FNT 10%, ultrapassa os riscos referidos.

Novel potentiometric sensors of molecular imprinted polymers for specific binding of chlormequat

Molecularly imprinted polymers (MIP) were used as potentiometric sensors for the selective recognition and determination of chlormequat (CMQ). They were produced after radical polymerization of 4-vinyl pyridine (4-VP) or methacrylic acid (MAA) monomers in the presence of a cross-linker. CMQwas used as template. Similar nonimprinted (NI) polymers (NIP) were produced by removing the template from reaction media. The effect of kind and amount of MIP or NIP sensors on the potentiometric behavior was investigated. Main analytical features were evaluated in steady and flow modes of operation. The sensor MIP/4-VP exhibited the best performance, presenting fast near-Nernstian response for CMQover the concentration range 6.2×10-6 – 1.0×10-2 mol L-1 with detection limits of 4.1×10-6 mol L-1. The sensor was independent from the pH of test solutions in the range 5 – 10. Potentiometric selectivity coefficients of the proposed sensors were evaluated over several inorganic and organic cations. Results pointed out a good selectivity to CMQ. The sensor was applied to the potentiometric determination of CMQin commercial phytopharmaceuticals and spiked water samples. Recoveries ranged 96 to 108.5%.

Molecular epidemiology of Aspergillus collected from cystic fibrosis patients

Background - Aspergillus respiratory infection is a common complication in cystic fibrosis (CF) and is associated with loss of pulmonary function and allergic disease. Methods - Fifty-three Aspergillus isolates recovered from CF patients were identified to species by Internal Transcribed Spacer Region (ITS), β-tubulin, and calmodulin sequencing. Results - Three species complexes (Terrei, Nigri, and Fumigati) were found. Identification to species level gave a single Aspergillus terreus sensu stricto, one Aspergillus niger sensu stricto and 51 Aspergillus fumigatus sensu stricto isolates. No cryptic species were found. Conclusions - To our knowledge, this is the first prospective study of Aspergillus species in CF using molecular methods. The paucity of non-A. fumigatus and of cryptic species of A. fumigatus suggests a special association of A. fumigatus sensu stricto with CF airways, indicating it likely displays unique characteristics making it suitable for chronic residence in that milieu. These findings could refine an epidemiologic and therapeutic approach geared to this pathogen.

Regionalização e dinâmica política do federalismo sanitário brasileiro

Examinaram-se implicações da estrutura federativa brasileira no processo de regionalização de ações e serviços de saúde do Sistema Único de Saúde, considerando que o planejamento regional de saúde no Brasil deve realizar-se no contexto das relações intergovernamentais que expressam o federalismo cooperativo no âmbito sanitário. A análise foi baseada numa abordagem diacrônica do federalismo sanitário brasileiro, reconhecendo dois períodos de desenvolvimento, a descentralização e a regionalização. Explorou-se o planejamento regional do Sistema Único de Saúde à luz do referencial teórico do federalismo. Conclui-se que há necessidade de relativa centralização desse processo no nível das Comissões Intergestores Bipartite, para o exercício da coordenação federativa, e que é imprescindível formalizar espaços de dissenso nos Colegiados de Gestão Regional e nas próprias Comissões Intergestores, para efetivar a construção política consensual na regionalização da saúde.

Potential pathogenic fungi assessment through molecular biology in cork industry

Portugal has been the world leader in the cork sector in terms of exports, employing ten thousands of workers. In this working activity, the permanent contact with cork may lead to the exposure to fungi, raising concerns as potential occupational hazards in cork industry. The application of molecular tools is crucial in this setting, since fungal species with faster growth rates may hide other species with clinical relevance, such as species belonging to P. glabrum and A. fumigatus complexes. A study was developed aiming at assessing fungal contamination due to Aspergillus fumigatus complex and Penicillium glabrum complex by molecular methods in three cork industries in the outskirt of Lisbon city.

Caracterização molecular da resistência a antimicrobianos em Escherichia coli produtoras de β-lactamases de espectro alargado isoladas em cães e estudo da partilha de clones bacterianos entre animais de companhia e coabitantes humanos

A pressão seletiva originada pelo uso excessivo de antimicrobianos na medicina humana e veterinária tem contribuído para a emergência de estirpes bacterianas multirresistentes, sendo os estudos mais escassos relativamente à sua presença nos animais de companhia. Porque os animais e os seus proprietários partilham o mesmo espaço habitacional, apresentando comportamentos de contacto próximo, existe uma hipótese elevada de transferência microbiana inter-espécie. Ante esta possibilidade é importante escrutinar o papel dos animais de companhia enquanto reservatórios de estirpes e de genes de resistência, bem como a sua envolvência na disseminação de estirpes bacterianas multirresistentes. Importa também, investigar o papel das superfícies e objetos domésticos partilhados por ambos, como potenciadores deste fenómeno. O objetivo deste trabalho foi, identificar o filogrupo e fazer a caracterização molecular dos genes que conferem resistência aos β-lactâmicos e às quinolonas, em quarenta isolados de Escherichia coli produtoras de β-lactamases de espectro alargado (ESBL), obtidas em zaragatoas fecais de cães consultados no Hospital Veterinário do ICBAS-UP. Complementarmente pretendeu-se inferir sobre a partilha de clones de Escherichia coli e Enterococcus spp. com elevadas resistências, em cinco agregados familiares (humanos e seus animais de companhia) assim como avaliar a potencial disseminação de estirpes multirresistentes no ambiente doméstico. Previamente foram recolhidas zaragatoas de fezes, pelo e mucosa oral dos animais e em alguns casos, dos seus proprietários, e ainda do ambiente doméstico. As zaragatoas foram processadas e as estirpes isoladas com base em meios seletivos. Foram realizados testes de suscetibilidade antimicrobiana de modo a estabelecer o fenótipo de resistência de cada isolado. O DNA foi extraído por varias metodologias e técnicas de PCR foram utilizadas para caracterização de filogrupos (Escherichia coli) e identificação da espécie (Enterococcus spp.). A avaliação da proximidade filogenética entre isolados foi efetuada por ERIC PCR e PFGE. No conjunto de quarenta isolados produtores de ESBL e/ou resistentes a quinolonas verificou-se que 47,5% pertenciam ao filogrupo A, havendo uma menor prevalência do filogrupo D (25,0%), B1 (17,5%), e B2 (10,0%).A frequência de resistência nestes isolados é factualmente elevada, sendo reveladora de uma elevada pressão seletiva. Com exceção de dois isolados, os fenótipos foram justificados pela presença de β-lactamases. A frequência da presença de genes foi: 47% blaTEM, 34% blaSHV, 24% blaOXA , 18% blaCTX-M-15, 8% blaCTX-M-2, 3% blaCTX-M-9. Nos isolados resistentes às quinolonas verificou-se maioritariamente a presença de mutações nos genes cromossomais gyrA e parC, e em alguns casos a presença de um determinante de resistência mediado por plasmídeo – qnrS. Nos cinco “agregados familiares” (humanos e animais) estudados foi observada uma partilha frequente de clones de E. coli e Enterococcus faecalis com múltiplas resistências, isolados em fezes e mucosa oral de cães e gatos e fezes e mãos dos respetivos proprietários, evidenciando-se assim uma possível transferência direta entre coabitantes (agregados A, C, D, E). Ficou também comprovado com percentagens de similaridade genotípica superiores a 94% que essa disseminação também ocorre para o ambiente doméstico, envolvendo objetos dos animais e de uso comum (agregados A, E). Os resultados obtidos reforçam a necessidade de um uso prudente dos antimicrobianos, pois elevados padrões de resistências terão um impacto não só na qualidade de vida dos animais mas também na saúde humana. Adicionalmente importa sensibilizar os proprietários para a necessidade de uma maior vigilância relativamente às formas de interação com os animais, bem como para a adoção de medidas higiénicas cautelares após essa mesma interação.

A dinâmica inovativa do subsistema de base mecânica, eletrônica e de materiais

O subsistema de base mecânica, eletrônica e de materiais, um dos subsistemas do complexo produtivo da saúde, reúne diferentes atividades, usualmente agregadas na designada indústria de equipamentos e materiais médico-hospitalares e odontológicos, uma área estratégica para a saúde por representar uma fonte contínua de mudanças nas práticas assistenciais. Além de exercer influência na prestação de serviços de saúde, possui potencial de promover o adensamento do sistema nacional de inovação e de ampliar a competitividade da indústria como um todo, dado que articula tecnologias portadoras de futuro. Apesar do crescimento significativo dessa indústria no Brasil nos últimos anos, esses equipamentos e materiais têm apresentado um crescente déficit na balança comercial. Essa incompatibilidade entre as necessidades nacionais de saúde e a base produtiva e inovativa da indústria aponta fragilidades estruturais do subsistema. Utilizando o arcabouço da economia política, o objetivo do artigo foi discutir o desenvolvimento dessa indústria no Brasil e seus desafios.

O papel dos hospitais na dinâmica de inovação em saúde

O artigo analisa o papel dos serviços hospitalares na dinâmica de inovação em saúde, considerando-os como força motriz do processo de inovação no Complexo Econômico-Industrial da Saúde. Além disso, enfatiza-se a potencialidade desses serviços em articular virtuosamente as dimensões socioeconômicas do desenvolvimento. Utilizando-se do arcabouço da economia política da saúde, propõem-se aportes para o desenvolvimento de uma base analítica e de novos modelos de análise estratégica das condições institucionais, tecnológicas e de gestão hospitalar, bem como de suas inter-relações no complexo produtivo da saúde. O artigo objetiva, dessa forma, aprofundar a compreensão sobre a dinâmica de inovação a partir dessas organizações.

A dinâmica inovativa para a reestruturação dos serviços de saúde

Desafios postos pelas mudanças demográficas e epidemiológicas e pela necessidade de redução dos custos têm exigido a reestruturação dos serviços de saúde. Nesse processo, as inovações em saúde aparecem como importantes protagonistas, uma vez que as tecnologias podem desempenhar papel fundamental tanto no que tange à expansão do acesso quanto à adequação do sistema às necessidades da população. Entretanto, a geração de inovação em saúde não se pauta exclusivamente por demandas e condicionantes sanitários; ao contrário, frequentemente reflete uma trajetória de desenvolvimento e pode ser cativa de interesses de grupos restritos da sociedade. Essas questões precisam ser consideradas tanto na análise da complexidade das dimensões da saúde quanto na investigação da potencialidade e dos desafios para o estabelecimento de uma dinâmica inovativa virtuosa para a reestruturação dos serviços em saúde.