Iron acquisition with the natural siderophore enantiomers pyochelin and enantio-pyochelin in Pseudomonas species.

The bacterial siderophore pyochelin is composed of salicylate and two cysteine-derived heterocycles, the second of which is modified by reduction and N-methylation during biosynthesis. In Pseudomonas aeruginosa, the first cysteine residue is converted to its D-isoform during thiazoline ring formation, whereas the second cysteine remains in its L-configuration. Stereochemistry is opposite in the Pseudomonas fluorescens siderophore enantio-pyochelin, in which the first ring originates from L-cysteine and the second ring from D-cysteine. Both siderophores promote growth of the producer organism during iron limitation and induce the expression of their biosynthesis genes by activating the transcriptional AraC-type regulator PchR. However, neither siderophore is functional as an iron carrier or as a transcriptional inducer in the other species, demonstrating that both processes are highly stereospecific. Stereospecificity of pyochelin/enantio-pyochelin-mediated iron uptake is ensured at two levels: (i) by the outer membrane siderophore receptors and (ii) by the cytosolic PchR regulators.

Field Testing of Integral Abutments, Interim Report, HR-399, 1998

Integral abutment bridges are constructed without an expansion joint in the superstructure of the bridge; therefore, the bridge girders, deck, abutment diaphragms, and abutments are monolithically constructed. The abutment piles in an integral abutment bridge are vertically orientated, and they are embedded into the pile cap. When this type of a bridge experiences thermal expansion or contraction, horizontal displacements are induced at the top of the abutment piles. The flexibility of the abutment piles eliminates the need to provide an expansion joint at the inside face to the abutments: Integral abutment bridge construction has been used in Iowa and other states for many years. This research is evaluating the performance of integral abutment bridges by investigating thermally induced displacements, strains, and temperatures in two Iowa bridges. Each bridge has a skewed alignment, contains five prestressed concrete girders that support a 30-ft wide roadway for three spans, and involves a water crossing. The bridges will be monitored for about two years. For each bridge, an instrumentation package includes measurement devices and hardware and software support systems. The measurement devices are displacement transducers, strain gages, and thermocouples. The hardware and software systems include a data-logger; multiplexers; directline telephone service and computer terminal modem; direct-line electrical power; lap-top computer; and an assortment of computer programs for monitoring, transmitting, and management of the data. Instrumentation has been installed on a bridge located in Guthrie County, and similar instrumentation is currently being installed on a bridge located in Story County. Preliminary test results for the bridge located in Guthrie County have revealed that temperature changes of the bridge deck and girders induce both longitudinal and transverse displacements of the abutments and significant flexural strains in the abutment piles. For an average temperature range of 73° F for the superstructure concrete in the bridge located in Guthrie County, the change in the bridge length was about 1 118 in. and the maximum, strong-axis, flexural-strain range for one of the abutment piles was about 400 micro-strains, which corresponds to a stress range of about 11,600 psi.

Demonstration and Field Evaluation of Alternative Portland Cement Concrete Pavement Reinforcement Materials, Construction Report, HR-1069, 1998

The function of dowel bars is the transfer of a load across the transverse joint from one pavement slab to the adjoining slab. In the past, these transfer mechanisms have been made of steel. However, pavement damage such as loss of bonding, deterioration, hollowing, cracking and spalling start to occur when the dowels begin to corrode. A significant amount of research has been done to evaluate alternative types of materials for use in the reinforcement of concrete pavements. Initial findings have indicated that stainless steel and fiber composite materials possess properties, such as flexural strength and corrosion resistance, that are equivalent to the Department of Transportation specifications for standard steel, 1 1/2 inch diameter dowel bars. Several factors affect the load transfer of dowels; these include diameter, alignment, grouting, bonding, spacing, corrosion resistance, joint spacing, slab thickness and dowel embedment length. This research is directed at the analysis of load transfer based on material type and dowel spacing. Specifically, this research is directed at analyzing the load transfer characteristics of: (a) 8-inch verses 12-inch spacing, and (b) alternative dowel material compared to epoxy coated steel dowels, will also be analyzed. This report documents the installation of the test sections, placed in 1997. Dowel material type and location are identified. Construction observations and limitations with each dowel material are shown.

Odorant binding proteins of the red imported fire ant, Solenopsis invicta: an example of the problems facing the analysis of widely divergent proteins.

We describe the odorant binding proteins (OBPs) of the red imported fire ant, Solenopsis invicta, obtained from analyses of an EST library and separate 454 sequencing runs of two normalized cDNA libraries. We identified a total of 18 putative functional OBPs in this ant. A third of the fire ant OBPs are orthologs to honey bee OBPs. Another third of the OBPs belong to a lineage-specific expansion, which is a common feature of insect OBP evolution. Like other OBPs, the different fire ant OBPs share little sequence similarity (∼ 20%), rendering evolutionary analyses difficult. We discuss the resulting problems with sequence alignment, phylogenetic analysis, and tests of selection. As previously suggested, our results underscore the importance for careful exploration of the sensitivity to the effects of alignment methods for data comprising widely divergent sequences.

Contamination of genomic databases by HIV-1 and its possible consequences. A study in Bioinformatics.

Peer-reviewed

Loss of egg yolk genes in mammals and the origin of lactation and placentation

Embryonic development in nonmammalian vertebrates depends entirely on nutritional reserves that are predominantly derived from vitellogenin proteins and stored in egg yolk. Mammals have evolved new resources, such as lactation and placentation, to nourish their developing and early offspring. However, the evolutionary timing and molecular events associated with this major phenotypic transition are not known. By means of sensitive comparative genomics analyses and evolutionary simulations, we here show that the three ancestral vitellogenin-encoding genes were progressively lost during mammalian evolution (until around 30-70 million years ago, Mya) in all but the egg-laying monotremes, which have retained a functional vitellogenin gene. Our analyses also provide evidence that the major milk resource genes, caseins, which have similar functional properties as vitellogenins, appeared in the common mammalian ancestor approximately 200-310 Mya. Together, our data are compatible with the hypothesis that the emergence of lactation in the common mammalian ancestor and the development of placentation in eutherian and marsupial mammals allowed for the gradual loss of yolk-dependent nourishment during mammalian evolution

RDM1, a novel RNA recognition motif (RRM)-containing protein involved in the cell response to cisplatin in vertebrates.

A variety of cellular proteins has the ability to recognize DNA lesions induced by the anti-cancer drug cisplatin, with diverse consequences on their repair and on the therapeutic effectiveness of this drug. We report a novel gene involved in the cell response to cisplatin in vertebrates. The RDM1 gene (for RAD52 Motif 1) was identified while searching databases for sequences showing similarities to RAD52, a protein involved in homologous recombination and DNA double-strand break repair. Ablation of RDM1 in the chicken B cell line DT40 led to a more than 3-fold increase in sensitivity to cisplatin. However, RDM1-/- cells were not hypersensitive to DNA damages caused by ionizing radiation, UV irradiation, or the alkylating agent methylmethane sulfonate. The RDM1 protein displays a nucleic acid binding domain of the RNA recognition motif (RRM) type. By using gel-shift assays and electron microscopy, we show that purified, recombinant chicken RDM1 protein interacts with single-stranded DNA as well as double-stranded DNA, on which it assembles filament-like structures. Notably, RDM1 recognizes DNA distortions induced by cisplatin-DNA adducts in vitro. Finally, human RDM1 transcripts are abundant in the testis, suggesting a possible role during spermatogenesis.

Managing Subsidiary Integration During Corporate Expansion in Russia

Kansallisten rajojen yli laajentuvat yritykset kohtaavat kasvavia paineita yhtenäistää eri yksiköiden toimintatapoja, prosesseja ja järjestelmiä. Hyvin toteutettuna organisaation sisäinen integrointi voi johtaa tytäryritysten tuottavuuden parantumiseen ja strategisiin mittakaavaetuihin, kun taas huonosti toteutettuna integrointi voi johtaa lisääntyviin konflikteihin ja emoyhtiön kontrollin katoamiseen. Integroinnin kannalta Venäjälle perustettavat tytäryritykset asettavat suuria haasteita. Kasvava ja kehittyvä kansantalous on jatkuvassa muutoksessa kohti edistyneempiä ja tuottavampia toimintamalleja, mutta toisaalta yritystoiminnantaustalla vaikuttaa edelleenkin Neuvostoajan perinnöt, jotka muokkaavat yritysten johtamisrakenteita ja prosesseja. Nämä taustavaikuttajat vaikeuttavat kansainvälisen yrityksen yhtenäistämistä, mutta toisaalta tarjoavat suuria mahdollisuuksia yrityksille, jotka oppivat elämään Venäjän markkinoiden ehdoilla. Tämä tutkimus käyttää apunaan konstruktiivista tutkimustyötä ratkoakseenYIT:n Venäjälle perustettavien yritysten integrointiin liittyviä ongelmia ja mahdollisuuksia. Työn lopputuloksena syntyy oppimiseen pohjautuva integraatiostrategia ja tätä strategiaa tukeva integroinnin johtamisjärjestelmä.

Auditory-somatosensory multisensory interactions in humans: dissociating detection and spatial discrimination.

Simple reaction times (RTs) to auditory-somatosensory (AS) multisensory stimuli are facilitated over their unisensory counterparts both when stimuli are delivered to the same location and when separated. In two experiments we addressed the possibility that top-down and/or task-related influences can dynamically impact the spatial representations mediating these effects and the extent to which multisensory facilitation will be observed. Participants performed a simple detection task in response to auditory, somatosensory, or simultaneous AS stimuli that in turn were either spatially aligned or misaligned by lateralizing the stimuli. Additionally, we also informed the participants that they would be retrogradely queried (one-third of trials) regarding the side where a given stimulus in a given sensory modality was presented. In this way, we sought to have participants attending to all possible spatial locations and sensory modalities, while nonetheless having them perform a simple detection task. Experiment 1 provided no cues prior to stimulus delivery. Experiment 2 included spatially uninformative cues (50% of trials). In both experiments, multisensory conditions significantly facilitated detection RTs with no evidence for differences according to spatial alignment (though general benefits of cuing were observed in Experiment 2). Facilitated detection occurs even when attending to spatial information. Performance with probes, quantified using sensitivity (d'), was impaired following multisensory trials in general and significantly more so following misaligned multisensory trials. This indicates that spatial information is not available, despite being task-relevant. The collective results support a model wherein early AS interactions may result in a loss of spatial acuity for unisensory information.

Characterization of Fas (Apo-1, CD95)-Fas ligand interaction.

The death-inducing receptor Fas is activated when cross-linked by the type II membrane protein Fas ligand (FasL). When human soluble FasL (sFasL, containing the extracellular portion) was expressed in human embryo kidney 293 cells, the three N-linked glycans of each FasL monomer were found to be essential for efficient secretion. Based on the structure of the closely related lymphotoxin alpha-tumor necrosis factor receptor I complex, a molecular model of the FasL homotrimer bound to three Fas molecules was generated using knowledge-based protein modeling methods. Point mutations of amino acid residues predicted to affect the receptor-ligand interaction were introduced at three sites. The F275L mutant, mimicking the loss of function murine gld mutation, exhibited a high propensity for aggregation and was unable to bind to Fas. Mutants P206R, P206D, and P206F displayed reduced cytotoxicity toward Fas-positive cells with a concomitant decrease in the binding affinity for the recombinant Fas-immunoglobulin Fc fusion proteins. Although the cytotoxic activity of mutant Y218D was unaltered, mutant Y218R was inactive, correlating with the prediction that Tyr-218 of FasL interacts with a cluster of three basic amino acid side chains of Fas. Interestingly, mutant Y218F could induce apoptosis in murine, but not human cells.

Tukki- ja parruoptimoinnintoimivuuden kehittäminen

Diplomityön tutkimusfunktio käsittelee toimeksiantajan, Stora Enso Timber Oy Ltd Kotkan sahan, sahalinjan optimointikokonaisuuden relevanttia ongelmakenttää. Tutkimuksen alussa profiloivan sahalinjan tukinpyörityksen, pelkan sivuttaissiirron tai sivulautaoptimoinnin toimivuudesta ei ollut varmuutta. Työn painopistealue on sivulautaoptimointi, jonka toimivuus tutkimuksen alussa on hyvin kyseenalaista tuotantoajossa. Työn tavoitteet kiteytyvät paremman raaka-aineen käyttösuhteen saavuttamiselle, jolloin pitkän aikajänteen kannattavuus on realistisempaa saavuttaa. Kotkan sahalinjan optimointijärjestelmässä on kokonaisuudessaan saavutettu tuotantoajoon hyväksyttävä taso. Tukinpyörityksen tarkkuudessa saavutettiin asetettu tavoite, eli 90 % pyöritystuloksista menee virheikkunaan ± 10° , sekä virheen keskiarvon itseisarvo jasen ympärillä olevan hajonnan summa on maksimissaan 10° . Pelkan sivuttaissiirto todettiin tutkimuksessa sekundääriseksi optimointijärjestelmäksi. Ohjaus perustuu tukkimittarin mittaamaan dataan, jolloin tukinpyörityksen hajonta aiheuttaa epätarkkuutta pelkan suuntauksessa. Pelkan sivuttaisiirron käyttäminen vaatii lisämittauksia, jolloin voidaan varmistua pelkan suuntauksen optimoinnin toimivuudesta. Sivulautaoptimoinnin toimivuuden kehittämisessä saavutettiin se taso, missä todellista kehitystyötä voidaan tehdä. Koeajoissa ja optimointiohjelman tarkastamisessa havaittiin periaatteellisia virheitä, jotka korjattiin. Toimivan sivulautaoptimoinnin myötä on mahdollista hallita paremmin tuotannonohjaus, jolloin tuotanto voidaan etenkin sivulautojen osalta kohdentaa paremmin vastaamaan kysyntää sekä asete-erän hyvää käyttösuhdetta. Raaka-aineen käyttösuhde on parantunut. Yksittäisten asetevertailujen sekä esimerkkilaskelmien perusteella tuottopotentiaali tukinpyörityksen ja sivulautaoptimoinnin osalta on 0,6...1,5 MEUR Välillinen tuottopotentiaali on suurempi, koska tuotantoprosessi sahauksen osalta on erittäin joustava markkinoiden tarpeen muutoksille. Sahalinjalla on mahdollista tuottaa helposti laajalla tukkisumalla laajaa tuotematriisia, jossa sivulautaoptimoinnilla on avainrooli. Tuotannonsuunnittelufunktiota tulee kehittää vastaamaan mahdollisuuksiin,joita sivulautaoptimointi tarjoaa. Tuotematriisi ja sitä vastaavat asetteet lankeavalla tukkisumalla tulee rakentaa uudestaan niiltä osin, joihin sivulautaoptimointi antaa variaatiomahdollisuuksia.

Aligning Technology Innovation Processes for Possible Collaboration

Diplomityön tavoitteena on innovaatioprosessien selventäminen ja yhteensovittaminen radikaalien teknologia innovaatioiden osalta. Prosessien yhteensovittamisen edellytyksenä on teknologia innovaation radikaalisuuden ymmärtäminen. Kohteena on alkuvaiheen innovaatioprosessi jonka aikana virallinen yhteistyö ei vielä ole mandollista. Kehitetyn mallinavulla voidaan arvioida yrityksen kokemaa radikaalisuutta innovaatioprosessin alkuvaiheessa. On tärkeää ymmärtää miten vuorovaikutuksessa olevat yritykset kokevat innovaation radikaalisuuden prosessin alkuvaiheessa. Prosessien eroavaisuudet voidaan sanoa riippuvan yritysten näkökulmasta, koska niiden toiminnot määrittyvät koetun radikaalisuuden mukaan.Yhtäläisenä koettu radikaalisuus luo pohjan avoimelle vuorovaikutukselle ja antaa viitteitä syvemmästä yhteistyöstä tulevaisuudessa. Vertikaalisti sijoittuneiden yritysten prosessien esitetty yhteensovitus perustuu molemminpuoliseen radikaalisuuteen ja sisäisen hyväksynnän vastaavuuteen. Tällöin osapuolet ovat mukana samalla sitoumuksella prosessin jatkumisen ollessa epävarma.

SC-paperirullien vanaisuuden syntymekanismien selvittäminen

Myllykoski Paper Oy:n PK6:n kapeiden asiakasrullien vanoittuminen on aiheuttanut tuotannonmenetyksiä. Tämän työn tavoitteena oli pyrkiä selvittämään SC-paperirullissa esiintyvän vanaisuuden syntymekanismeja ja sitä, kuinka pituusleikkurilla voitaisiin vähentää vanan muodostumista asiakasrulliin. Työn kirjallisuusosassa selvitettiin rullaustapahtumaa pituusleikkurilla, paperin rullautuvuuteen vaikuttavia tekijöitä ja SC-paperille soveltuvia pituusleikkurityyppejä. Tässäyhteydessä syvennyttiin vanan syntymekanismeihin ja vanan syntymisen mahdollisiin ehkäisymenetelmiin. Vanan muodostumiseen vaikuttavat rainassa olevat jyrkät muutokset mm. neliömassa- ja paksuuspoikkiprofiileissa sekä pituusleikkurin rullausasemien linjauksen virheellisyys. Työn kokeellinen osa jakautui kahteen osaan.Esikokeissa tilastoitiin vanarullien muodostuminen eri pituusleikkurin rullausasemien, rullausposition ja käytetyn superkalanterin mukaan. Vanarullien paperista tutkittiin poikkisuuntaisia profiileja vanan syntysyiden löytämiseksi. Vanarullat olivat pääasiassa rainan reunoista leikattuja ja esikokeiden aikana suurin osan vanarullista muodostui superkalanteri II:n tambuureista. Koeajossa tutkittiin pituusleikkurin ajoparametrien ja rullausposition vaikutusta vanan muodostumiseen kapeassa rainan reunaosasta leikattavassa rullassa. Paperissa olevan profiilivian aiheuttamaa vanaa ei pystytty poistamaan ajoparametrimuutoksilla poistamaan koeajossa. Pituusleikkurin rullausasemien ja telojen linjaus sekä liikkuvien osien välysten poistaminen vähensi vanan muodostumista. Paperin neliömassa- ja paksuusprofiileissa kapealla alueella tapahtuvat jyrkät muutokset lisäsivät merkittävästi vanan muodostumista. Paperin profiilien hallinnalla ja pituusleikkurin kuluvien osien ennakoivalla huollolla voidaan vähentää vanan muodostumista asiakasrulliin.