Structural Annotation of Mycobacterium tuberculosis Proteome

Of the similar to 4000 ORFs identified through the genome sequence of Mycobacterium tuberculosis (TB) H37Rv, experimentally determined structures are available for 312. Since knowledge of protein structures is essential to obtain a high-resolution understanding of the underlying biology, we seek to obtain a structural annotation for the genome, using computational methods. Structural models were obtained and validated for similar to 2877 ORFs, covering similar to 70% of the genome. Functional annotation of each protein was based on fold-based functional assignments and a novel binding site based ligand association. New algorithms for binding site detection and genome scale binding site comparison at the structural level, recently reported from the laboratory, were utilized. Besides these, the annotation covers detection of various sequence and sub-structural motifs and quaternary structure predictions based on the corresponding templates. The study provides an opportunity to obtain a global perspective of the fold distribution in the genome. The annotation indicates that cellular metabolism can be achieved with only 219 folds. New insights about the folds that predominate in the genome, as well as the fold-combinations that make up multi-domain proteins are also obtained. 1728 binding pockets have been associated with ligands through binding site identification and sub-structure similarity analyses. The resource (http://proline.physics.iisc.ernet.in/Tbstructuralannotation), being one of the first to be based on structure-derived functional annotations at a genome scale, is expected to be useful for better understanding of TB and for application in drug discovery. The reported annotation pipeline is fairly generic and can be applied to other genomes as well.

Lipopeptides from the Banyan Endophyte, Bacillus subtilis K1: Mass Spectrometric Characterization of a Library of Fengycins

Mass spectrometric analysis of a banyan endophyte, Bacillus subtilis K1, extract showing broad spectrum antifungal activity revealed a complex mixture of lipopeptides, iturins, surfactins, and fengycins. Fractionation by reversed-phase high performance liquid chromatography (HPLC) facilitated a detailed analysis of fengycin microheterogeneity. Matrix assisted laser desorption ionization (MALDI) and electrospray ionization (ESI) mass spectrometric studies permitted the identification of several new fengycin variants. Four major sites of heterogeneity are identified: (1) N-terminus beta-hydroxy fatty acid moiety, where chain length variation and the presence of unsaturation occur, (2) position 6 (Ala/Val/Ile/Leu), (3) position 10 (Val/Ile) within the macrocyclic ring, and (4) Gln to Glu replacement at position 8, resulting in fengycin variants that differ in mass by 1 Da. Diagnostic fragment ions provide a quick method for localizing the sites of variation in the macrocycle or the linear segment. Subsequent establishment of the sequences is achieved by MS/MS analysis of linear fengycin species produced by hydrolysis of the macrocyclic lactone. Unsaturation in the fatty acid chain and the presence of linear precursors in the B. subtilis K1 extract are also established by mass spectrometry. The anomalous distribution of intensities within isotopic multiplets is a diagnostic for Gln/Glu replacements. High resolution mass spectrometry facilitates the identification of fengycin species differing by 1 Da by localizing the variable position (Gln(8)/Glu(8)) in the fengycin variants.

Use of polydispersity index as control parameter to study melting/freezing of Lennard-Jones system: Comparison among predictions of bifurcation theory with Lindemann criterion, inherent structure analysis and Hansen-Verlet rule

Using polydispersity index as an additional order parameter we investigate freezing/melting transition of Lennard-Jones polydisperse systems (with Gaussian polydispersity in size), especially to gain insight into the origin of the terminal polydispersity. The average inherent structure (IS) energy and root mean square displacement (RMSD) of the solid before melting both exhibit quite similar polydispersity dependence including a discontinuity at solid-liquid transition point. Lindemann ratio, obtained from RMSD, is found to be dependent on temperature. At a given number density, there exists a value of polydispersity index (delta (P)) above which no crystalline solid is stable. This transition value of polydispersity(termed as transition polydispersity, delta (P) ) is found to depend strongly on temperature, a feature missed in hard sphere model systems. Additionally, for a particular temperature when number density is increased, delta (P) shifts to higher values. This temperature and number density dependent value of delta (P) saturates surprisingly to a value which is found to be nearly the same for all temperatures, known as terminal polydispersity (delta (TP)). This value (delta (TP) similar to 0.11) is in excellent agreement with the experimental value of 0.12, but differs from hard sphere transition where this limiting value is only 0.048. Terminal polydispersity (delta (TP)) thus has a quasiuniversal character. Interestingly, the bifurcation diagram obtained from non-linear integral equation theories of freezing seems to provide an explanation of the existence of unique terminal polydispersity in polydisperse systems. Global bond orientational order parameter is calculated to obtain further insights into mechanism for melting.

风沙两相流中的跃移运动

从单个跃移沙粒在气流中的运动方程出发导出了风沙两相流中沙粒相速度分布函数的Ｂoltzmann方程；并以此将单相颗粒流理论中的广义平衡方程推广到气固两相流的情形。提出用Grad方法将粒子相速度分布函数展成无穷级数，并引入Gauss分布取代单相颗粒流中传统的Maxwell分布。在保留到3次项的情况下，建立了气体－颗粒两相湍流边界层三阶矩封闭理论的动力学方程组。并在风洞频闪摄影实验的基础上，对理论进行简化，得到便于工程应用的简化方程。

Efecto de labranza y métodos de control de malezas sobre la dinámica de las malezas y el crecimiento y rendimiento del frijol común (Phaseolus vulgaris L.)

En el ciclo de postrera 1997, en la estación experimental La Compañía, ubicada en el municipio de San Marcos, Carazo, se realizó el presente ensayo con el propósito de evaluar la influencia de tres sistemas de labranza y tres métodos de control de malezas, sobre la dinámica de las malezas, crecimiento y rendimiento del cultivo de frijol común (Phaseolus vulgaris L.). Los tratamientos en estudio fueron arreglados en bloques completos al azar, en un diseño de parcela dividida, con cuatro repeticiones. Los factores en estudio fueron A: Sistemas de Labranza (cero, mínima y convencional) y B: métodos de control de maleza (cultural, mecánico y químico). Los datos obtenidos fueron sometidos al análisis de varianza y separación de medias a través de la prueba de rangos múltiples de DUNCAN, al 5%. Las especies encontradas en el experimento fueron en total veinte, 9 especies pertenecientes clase monocotiledóneas y 11 especies de la clase dicotiledóneas. Los resultados obtenidos, muestran que labranza cero y control químico y mecánico presentaron los mejores resultados en cuanto a abundancia y cobertura. En cuanto a peso seco de malezas las mayores reducciones se dieron en labranza convencional y en control mecánico de malezas En cuanto a la altura de frijol común, los mayores promedios se presentaron en labranza mínima (53.6 cm) y control cultural (58.6 cm). Labranza mínima presentó los mejores resultados en rendimiento con 1 255.4 kg/ha. No existieron diferencias significativas en los tres sistemas de labranza en cuanto a la mayoría de los componentes del rendimiento. En cuanto a los controles de malezas, la mayor parte de los componentes evaluados en el cultivo de frijol presentaron diferencias estadísticas significativas, a excepción del número de granos por vaina. El control mecánico presentó los mejores resultados en los componentes número de vainas por plantas (7.4) y rendimientos (1 4 33.4 kg/ha.). El mejor rendimiento de grano se obtuvo en labranza mínima y en control mecánico de malezas. El mejor comportamiento desde el punto de vista económico se obtuvo en labranza mínima y control mecánico de malezas, éste tratamiento ofrece los mayores beneficios netos (C$ 8 889.4/ha.).

Torrejón y Velasco en el Archivo de La Plata : estudio y transcripción del villancico: “Ah del invencible muro”

Resumen: Se presenta aquí un panorama general de las obras conservadas en el Archivo de la Biblioteca Nacional de Bolivia con especial énfasis en aquellas pertenecientes a Tomás de Torrejón y Velasco. El estudio se centra luego en la transcripción y análisis del villancico Ah del invencible muro.

Ovinos y caprinos

El presente dossier ha sido elaborado como texto básico para la Asignatura OVINOS Y CAPRINOS que se imparte en el octavo semestre (sistema de bloques) y quinto semestre (sistema de créditos) de la carrera Ingeniería en Zootecnia, el cual pretende ser un auxiliar de manejo e información sobre la oveja tropical, que día a día, en Nicaragua, ha causando bastante interés entre muchos criadores de ganado y productores agropecuarios, en general. Los aspectos que se abordan son: Generalidades, Razas, Manejo, Instalaciones, Planeación, Proyección y Control del Hato, entre otros. Para la elaboración de este texto he tomado como referencia, bibliografía especializada que ha servido de consulta, enseñanza y aprendizaje a docentes y estudiantes de las Ciencias Agrarias, así como también mi experiencia acumulada en 15 años de trabajar con las especies animales aquí estudiadas. La explotación de estas especies menores puede ser una actividad económica muy productiva y rentable, requiere de que los profesionales pecuarios y los ganaderos, además de ser observadores, detallistas, pacientes, constantes e incansables trabajadores tengan elementos técnicos y tecnológicos que les facilite la toma de decisiones y un manejo óptimo de los animales en cuestión. Espero que este texto se convierta en fuente de lectura, consulta, análisis, principalmente de estudio, y en punto de comparación con el trabajo cotidiano y práctico, que te motive a leer y consultar otras fuentes, como Internet, con el fin de enriquecer aún más tus conocimientos y formarte tus propios criterios. Ojalá que este material pueda ser enriquecido por los comentarios y sugerencias que querrás hacer al momento de su uso y agradezco de antemano las críticas y comentarios que podrás hacer con relación al presente documento. Estimado estudiante y amigo, confío en poder satisfacer tus expectativas y espero estar muy pronto con vos, para aclarar las dudas e inquietudes que se te presenten.

2007 : um ano de lutas e renovação : relatório

Relatório de atividades de 2007, da Comissão de Direitos Humanos e Minorias da Câmara dos Deputados.

CMP润滑方程的Chebyshev加速超松弛法求解

化学机械抛光（chemicalmechanicalpolishing，CMP）是一项融合了化学分解和机械力学的工艺技术，其中包含了流体动力润滑的作用．文中通过分析流场效应，建立了Sum在化学机械抛光实验基础上获得的润滑（Reynolds）方程，利用Chebyshev加速超松弛技术对润滑方程进行求解，得到了新的抛光液压力分布模型，给出了一些新的载荷及转矩在不同参数下的变化情况．

El proceso contra Jato Tello (Vitoria 1485): ¿Error judicial o empleo de la justicia penal en la política antijudía?

[ES]El objeto de este artículo es saber hasta qué punto pudo emplearse la justicia penal como un instrumento más de la política de carácter antijudío desarrollada por las autoridades cristianas de la España medieval a finales del siglo XV, concretamente en los momentos previos a la expulsión. Para indagar sobre esta cuestión se tendrá presente el proceso penal por blasfemia al que fue sometido el judío de Vitoria (Álava) Jato Tello.

La consommation du vin en Grèce ancienne: idéalisation et réalité

Forma parte del dossier "Penser les banquets grec et romain, Entre représentations et pratiques". Actes de la table ronde Le banquet dans l'Antiquité 6 janvier 2007, Institut national d'histoire de l'art - Paris. Coordinado por Robin Nadeau

Spawn production in hapas

(4 pp.)

Os ultimos fins do homem, salvaçam, e condenaçam eterna : tratado espiritual, dividido em dous livros : no primeiro se trata da singular providencia de Deos na salvação das almas; no segundo das causas geraes da perdição das almas, ou estradas commuas do reyno da morte : escrito, e dedicado à soberana Rainha dos Anjos, Maria Santissima senhora nossa : pelo Padre Manoel Bernardes da Congregação do Oratorio de Lisboa

Manuel Bernardes nasceu em 1644, em Lisboa, onde viveu e morreu em 1710. Estudou Filosofia e Direito Canônico na Universidade de Coimbra e seguiu, posteriormente, o curso de Teologia ordenando-se sacerdote. De acordo com a Advertência contida na obra, o Padre Manuel Bernardes pretendia acrescentar mais algumas causas da perdição das almas, o que não chegou a fazer, impedido por outras ocupações. Não obstante esta falta, pareceu-lhe conveniente publicá-la para não tirar dos fiéis a oportunidade de aprender lição tão útil e saudável. A primeira edição, ‘rara’ e muito apreciada foi impressa em Lisboa na Oficina de Joseph Antonio da Sylva, em 1728

Chronica do muito alto, e muito esclarecido principe D. Affonso III., Quinto Rei de Portugal

Trata-se de uma "esplêndida edição, adornada de escudos alegóricos com armas reais portuguesas no centro -- que encabeçam as dedicatórias--, de artísticas letras iniciais, vinhetas, cabeções e florões decorativs, tudo aberto em chapa de madeira. Os frontispícios das crônicas são impressos em linhas alternadas, em preto e vermelho, e ornados de escudos das armas de Portugal", conforme esclarece o Catálogo da Livraria do Conde Ameal.

Memória sobre a qualidade, e sobre o emprego dos adubos, ou estrumes

Traduzida de Ordem Superior.