Screening for biological activities with application in aquaculture in halophytes from the Algarve coastline

Infectious diseases often hamper the production of aquatic organisms in aquaculture systems, causing economical losses, environmental problems and consumer safety issues. The conventional way aquaculture producers had to control pathogens was by means of synthetic antibiotics and chemicals. This procedure had consequences in the emergence of more resilient pathogens, drug contamination of seafood products and local ecosystems. To avoid the repercussions of antibiotic use, vaccination has greatly replaced human drugs in western fish farms. However there is still massive unregulated antibiotic use in third world fish farms, so less expensive therapeutic alternatives for drugs are desperately needed. An alternative way to achieve disease control in aquaculture is by using natural bioactive organic compounds with antibiotic, antioxidant and/or immunostimulant properties. Such diverse biomolecules occur in bacteria, algae, fungi, higher plants and other organisms. Fatty acids, nucleotides, monosaccharides, polysaccharides, peptides, polyphenols and terpenoids, are examples of these substances. One promising source of bioactive compounds are salt tolerant plants. Halophytes have more molecular resources and defence mechanisms, when compared with other tracheophytes, to deal with the oxidative stresses of their habitat. Many halophytes have been used as a traditional food and medical supply, especially by African and Asian cultures. This scientific work evaluated the antibiotic, antioxidant, immunostimulant and metal chelating properties of Atriplex halimus L., Arthrocnemum macrostachyum Moric., Carpobrotus edulis L., Juncus acutus L. and Plantago coronopus L., from the Algarve coast. The antibiotic properties were tested against Listonella anguillarum, Photobacterium damselae piscicida and Vibrio fischeri. The immunostimulant properties were tested with cytochrome c and Griess assays on Sparus aurata head-kidney phagocytes. J. acutus ether extract inhibited the growth of P. damselae piscicida. A. macrostachyum, A. halimus, C. edulis, Juncus acutus and P. coronopus displayed antioxidant, copper chelating and iron chelating properties. These plants show potential as sources of bioactive compounds with application in aquaculture and in other fields.

Sustained drug use changes following hepatitis C screening and counseling among recently infected persons who inject drugs: a longitudinal study

BACKGROUND: Notification of hepatitis C virus (HCV) positive status is known to have short-term impacts on subsequent alcohol, drug use and injection behaviors among persons who inject drugs (PWID). It remains to be established whether post-screening behavioral changes extend over time for PWID and whether screening test notification has behavioral impacts among HCV-negative PWID. This study sought to longitudinally assess substance use and injection behaviors after HCV status notification among HCV seroconverters and HCV-negative PWID. METHODS: Initially HCV-seronegative PWID (n = 208) were followed prospectively between 2004 and 2011 in Montreal, Canada. Semi-annual screening visits included blood sampling and an interview-administered questionnaire assessing substance use and injection behaviors. Multivariable generalized estimating equation analyses were conducted to assess substance use and behavior changes over time and compare changes between HCV seroconverters and HCV-seronegative participants while adjusting for baseline characteristics. RESULTS: Of the 208 participants (83% male; mean age, 34.7 years, mean follow-up time, 39 months), 69 (33.2%) seroconverted to HCV. A linear decrease in syringe sharing behavior was observed over time after HCV and status notification, whereas a 10% decrease for each additional 3 months of follow-up was observed for injection cocaine and heroin use among HCV seroconverters but not among HCV-seronegative PWID (P < .05). No significant changes were observed in alcohol use. CONCLUSIONS: Our results indicate that notification of HCV-positive status is associated with reduced injection drug use among seroconverters. Among PWID deemed seronegative after screening, there is no sustained trend for change in risk behavior.

Structural proteins of enveloped virus : from biochemistry to molecular medicine : a focus on dengue virus

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas (Bioquímica Médica), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2016

Relatório de estágio em nutrição em pediatria

Relatório de estágio de mestrado, Nutrição Clínica, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2014

New insights into host-parasite ubiquitin proteome dynamics in P. falciparum infected red blood cells using a TUBEs-MS approach

Malaria, caused by Plasmodium falciparum (P. falciparum), ranks as one of the most baleful infectious diseases worldwide. New antimalarial treatments are needed to face existing or emerging drug resistant strains. Protein degradation appears to play a significant role during the asexual intraerythrocytic developmental cycle (IDC) of P. falciparum. Inhibition of the ubiquitin proteasome system (UPS), a major intracellular proteolytic pathway, effectively reduces infection and parasite replication. P. falciparum and erythrocyte UPS coexist during IDC but the nature of their relationship is largely unknown. We used an approach based on Tandem Ubiquitin-Binding Entities (TUBEs) and 1D gel electrophoresis followed by mass spectrometry to identify major components of the TUBEs-associated ubiquitin proteome of both host and parasite during ring, trophozoite and schizont stages. Ring-exported protein (REX1), a P. falciparum protein located in Maurer's clefts and important for parasite nutrient import, was found to reach a maximum level of ubiquitylation in trophozoites stage. The Homo sapiens (H. sapiens) TUBEs associated ubiquitin proteome decreased during the infection, whereas the equivalent P. falciparum TUBEs-associated ubiquitin proteome counterpart increased. Major cellular processes such as DNA repair, replication, stress response, vesicular transport and catabolic events appear to be regulated by ubiquitylation along the IDC P. falciparum infection.

Accessing Planktothrix species diversity and associated toxins using quantitative real-time PCR in natural waters

Tese de Doutoramento em Biologia apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, 2015.

Mutilations Due to Medical Disorders in Children

Soft-tissue and bone necrosis, although rare in childhood, occasionally occur in the course of infectious diseases, either viral or bacterial, and seem to be the result of hypoperfusion on a background of disseminated intravascular coagulation. Treatment consists in correction of septic shock and control of necrosis. Necrosis, once started, shows extraordinarily rapid evolution, leading to soft-tissue and bone destruction and resulting in anatomic, functional, psychological, and social handicaps. Ten mutilated children were treated from January 1986 to January 1999 in Hospital de Dona Estefaˆ nia, Lisbon, Portugal. One was recovering from hemolytic-uremic syndrome with a severe combined immunodeficiency, another malnourished, anemic child had malaria, and three had chicken pox (in one case complicated by meningococcal septicemia). There were three cases of meningococcal and two of pyocyanic septicemia (one in a burned child and one in a patient with infectious mononucleosis). The lower limbs (knee,leg, foot) were involved in five cases, the face (ear, nose, lip) in four, the perineum in three, the pelvis (inguinal region, iliac crest) in two, the axilla in one, and the upper limb (radius, hand) in two. Primary prevention is based on early recognition of risk factors and timely correction. Secondary prevention consists of immediate etiologic and thrombolytic treatment to restrict the area of necrosis. Tertiary prevention relies on adequate rehabilitation with physiotherapy and secondary operations to obtain the best possible functional and esthetic result.

Fatores que influenciam a adesão à terapêutica antirretroviral : a perceção dos enfermeiros de um serviço de infeciologia

RESUMO - A investigação no âmbito da infeção por VIH/SIDA tem tido avanços notáveis, nomeadamente no que se refere à evolução da terapêutica antirretroviral, sendo atualmente o único meio de controlar a doença. Nesta área, a compreensão da problemática da adesão torna-se importante para as instituições e para os profissionais de saúde, quer pelas taxas de morbilidade e mortalidade associadas à doença, quer pelos problemas de saúde pública e pelos gastos financeiros das organizações de saúde. A adesão ao regime terapêutico é um conceito que engloba tanto o cumprimento da prescrição medicamentosa, como dos comportamentos promotores de saúde. O presente estudo teve como objetivo identificar como os enfermeiros, a desempenhar funções num serviço de infeciologia, percecionam a adesão à terapêutica antirretroviral, por indivíduos portadores de VIH/SIDA. Participaram neste estudo nove enfermeiras a desempenhar funções no serviço de Medicina 1/Infeciologia/HDI do Hospital Fernando Fonseca, EPE, que reuniam os critérios definidos. Como metodologia para a identificação da perceção dos enfermeiros realizou-se um estudo qualitativo e utilizou-se uma entrevista semi-estruturada. Da análise das entrevistas, resultaram diferentes áreas temáticas. Os resultados obtidos evidenciam a importância atribuída à adesão à terapêutica antirretroviral e demostram que o acompanhamento dos doentes pelos profissionais e instituições de saúde permite o desenvolvimento de estratégias promotoras de adesão. Verifica-se que é ainda necessário percorrer um longo caminho, de forma a se obterem resultados ótimos de adesão. Contudo, os resultados obtidos no presente estudo são um incentivo para o desenvolvimento de estratégias de adesão e para a melhoria da gestão da qualidade.

Infeção por Mycobacterium Tuberculosis em profissionais de saúde : metodologia de avaliação do risco e sua aplicação num hospital central

RESUMO - A Tuberculose surge, de acordo com o último relatório da Organização Mundial da Saúde, como a segunda principal causa de morte em todo o mundo, de entre as doenças infeciosas. Em 2012, 1.3 milhões de pessoas morreram devido a esta patologia e surgiram 8.6 milhões de novos casos. De entre os grupos de risco de infeção, surgem os profissionais de saúde. A dificuldade no diagnóstico da Tuberculose, o contacto próximo com os pacientes, as medidas de controlo de infeção por vezes inadequadas são algumas das razões que explicam o risco mais elevado de contrair Tuberculose no local de trabalho. Esta Dissertação de Mestrado pretende estabelecer uma nova classificação de risco de infeção por M. tuberculosis em estabelecimentos de saúde, com vista a promover a saúde destes profissionais, inovadora nos critérios de avaliação das medidas de controlo de infeção e de análise dos casos de exposição não protegida a Tuberculose ativa. Esta metodologia de avaliação foi o resultado de uma revisão bibliográfica sobre a temática, tendo sido aplicada num hospital para verificar a sua adequabilidade e mais-valia.

A infecção por Helicobacter pylori em populações de Angola

RESUMO: A infecção por H. pylori, enquadra-se nas doenças infecciosas gastroduodenais e estima-se que mais de 50% da população mundial esteja infectada. A história natural da infecção por H. pylori, sofre interferências relacionadas com a genética do hospedeiro, a estirpe e as características da toxicidade da bactéria. Associam-se a estes factores, o tempo de exposição à infecção, assim como as condições sociais e higiéno-sanitárias. Paralelamente, o H. pylori é considerado o principal agente patogénico das doenças gastroduodenais. Este estudo teve como objectivo principal caracterizar a infecção por H. pylori em populações de Angola e sua avaliação como problema de Saúde Pública. Trata-se de um estudo prospectivo dirigido a dois grupos populacionais, um constituído por indivíduos aparentemente saudáveis, sem queixas gástricas específicas, em ambiente de comunidade, Grupo I, e outro, Grupo II, constituído por doentes que acorreram ao serviço de Gastrenterologia do Hospital Militar Principal de Luanda (HMP). No que diz respeito ao estudo na comunidade a pesquisa de H. pylori foi realizada pelo método ELISA de pesquisa de antigénios nas fezes. Por sua vez, a nível hospitalar, os métodos de diagnóstico da infecção por H. pylori foram: a endoscopia digestiva alta para a colheita de biópsias da mucosa gástrica destinadas ao exame anatomopatológico, ao exame citobacteriológico e aos métodos moleculares. Como método não invasivos foi utilizado o teste respiratório com ureia marcada. Grupo I: o diagnóstico da infecção por H. pylori, realizado pela pesquisa de antigénios deste microrganismo nas fezes, revelou uma frequência de 69,6% na população em estudo. Considerando em cada região, verificou-se que a região do Sambizanga possuía o valor mais elevado de frequência, 81,2%, seguida do Dinge com 79,5%, estatisticamente significativas (p 0,001). A avaliação da distribuição da frequência da infecção por grupo etário, revelou que os indivíduos com idade inferior a 15 anos, possuíam uma frequência de infecção de 63,5% e sendo de 76% nos indivíduos com idade superior a 15 anos. Este estudo permitiu concluir que a frequência da infecção por H. pylori nas regiões estudadas, é de 70% à excepção do Capulo, zona litoral em que não obstante as precárias condições de saneamento, a frequência da infecção por H. pylori é baixa. Grupo II: dos 309 doentes avaliados, verificou-se que 22 (7%), apresentavam uma mucosa normal e 287 (93%) uma mucosa alterada. A avaliação histológica das biópsias do antro, em 270 amostras de acordo com o Sistema de Sidney, em 235 (87,0%), revelou a presença de gastrite, 13 (4,8%) a presença de úlcera e em 9 (3,3%), uma lesão tumoral. A avaliação histológica da actividade nas 226 amostras do antro gástrico, verificou-se que 129 (57%) possuíam actividade e 97 (43%) não possuíam. O estudo das 255 biópsias do corpo, revelou em 212 (83,1%), a presença de lesões de gastrite, em 7 (2,7%), observaram-se lesões tumorais e 2 (0.8%) apresentaram úlcera. Dos 263 doentes avaliados histologicamente para pesquisa do H. pylori, 148 (58,2%) revelaram a presença positiva desta bactéria e 106 (41,7%) foram negativas. No que diz respeito à susceptibilidade aos macrólidos, do universo de 158 doentes com H. pylori positivo, 125 (79,1%) doentes apresentaram estirpes sensíveis aos macrólidos e 33 (20,9%) estirpes resistentes. Em relação aos factores de virulência, na avaliação conjunta dos dois factores de virulência estudados (cagA e vacA), em relação ao tipo de lesões encontradas na mucosa gástrica, verificou-se que dos 11 doentes com úlcera, 7 (63,6%), apresentavam uma estirpe cagA negativa, sendo 6 vacA s1 (85,7%), uma s2 e 4 (36,3%) com uma estirpe cagA positiva e vacA s1. Por sua vez dos 2 doentes com tumor, ambas as estirpes eram cagA negativas, sendo uma vacA s1 e outra vacA s2. Em relação aos factores de virulência nos doentes aos quais se diagnosticou úlcera e tumor apresentavam estirpe cagA negativa, vacAs1. Em relação ás lesões gástricas inflamatórias, os doentes com gastrite apresentavam cagA positivo. Do presente trabalho, em atenção aos resultados obtidos no que concerne a prevalência em populações sem queixas gastrenterológicas, recomenda-se que o mesmo se possa vir a replicar numa abrangência maior, realizando-se, por exemplo, estudos comparativos de prevalência entre as populações residentes no litoral (beira-mar) e as do interior. Pelas características genotípicas de H. pylori, em correspondência com as lesões encontradas, após novos estudos mais abrangentes, recomenda-se a avaliação de uma terapêutica mais acessível para o doente e que seja de maior eficácia. Face à escassez de médicos especialistas em gastrenterologia em Angola e de meios de diagnóstico, recomenda-se um estudo mais alargado da eficácia do seguimento do doente dispéptico, conforme protocolo avaliado pelo Colégio da Especialidade de Gastrenterologia da Ordem dos Médicos de Angola e já em prática em algumas instituições de saúde.--------------------------- ABSTRACT: H.pylori infection, is part of the gastroduodenal infectious diseases and it is estimated that over 50% of the world population is infected. The natural history of H.pylori infection, is influenced by host genetic, strain type, of bacterial virulence factors, time of exposure to the infection, as well as social and hygienic-sanitary conditions. In parallel, H.pylori is considered the main pathogen of gastroduodenal diseases. This study's main objective was to characterize H.pylori infection in populations of Angola and its evaluation as a public health problem. This is a prospective study conducted in two population groups, one in community environment composed by healthy individuals without specific gastric complaints - Group I, and Group II consisting of patients who went to the Gastroenterology Service of the Hospital Military of Luanda (HMP). As regards to the study in the community detection of H.pylori was carried out by antigen search in faeces using ELISA method. At hospital level H.pylori infection diagnostic methods were: upper gastrointestinal endoscopy to obtain gastric mucosal biopsies for histology, culture and molecular methods. As a non-invasive breath test with labelled urea was used. Group I: the diagnosis of H.pylori infection, by antigens detection in faeces, revealed a frequency of 69.6% in the study population. Whereas in each region, it was found that the Sambizanga region had the highest frequency of positive cases, 81.2% , followed by Dinge with 79.5%, Funda with 78.7 and Capulo with 39.8% being differences statistically significant (p=0.001). The evaluation of the distribution of the infection frequency by age group, revealed that individuals younger than 15 years had a frequency of 63.5% and in individuals older than 15 years, 76%. This study showed that the frequency of H.pylori infection in the regions studied was 70% exception due to Capulo, a coastal zone where despite the poor sanitation conditions; the frequency of H.pylori infection is lower. Group II: from the 309 patients evaluated, it was found that 22 (7%) had a normal mucosa and 287 (93%) a modified mucosa. Histological evaluation of antrum biopsies in 270 samples according to the Sydney System revealed the presence of gastritis in 235 (87.0%), the presence of ulcers in 13 (4.8%) and a tumour in 9 (3 3%). Histological assessment of activity in the gastric antrum of 226 samples, revealed that 129 (57%) had activity and 97 (43%) did not. The evaluation of the 255 corpus biopsies showed in 212 (83.1%), the presence of lesions of gastritis, in 7 (2.7%) tumour lesions and in 2 (0.8%) an ulcer. Of the 263 patients histological evaluated for H.pylori, 148 (58.2%) revealed the presence of this bacteria and 106 (41.7%) were negative. As regards susceptibility to macrolides from the universe of 158 patients with H.pylori, 125 (79.1%) patients had macrolides susceptible strains and 33 (20.9%) resistant strains. Regarding virulence factors (vacA and cagA), it was found that from the 11 patients with ulcers, 7 (63.6%), had a cagA negative strain, being 6 vacA s1, (85.7%) one vacA s2 and 4 (36.3%) with a cagA positive strain vacA s1. Concerning the 2 patients with tumour, both strains were cagA negative, one vacA s1 and other vacA s2. Patients with ulcer and tumour had cagA negative strains vacAs1. From this work, considering the prevalence of H.pylori obtained in health population, it is recommended that the same study should be performed in larger scale to confirm these results. The results of H.pylori genotyping suggest that more comprehensive studies are needed. Given the reduce number gastroenterology specialist in Angola and the lack of diagnostics methods, we recommend a larger study of the effectiveness of follow-up the patient dyspeptic, according to the protocol assessed by the College of Gastroenterology Specialty of the Order of Doctors and Angola already in place in some health institutions.

Impacto da crise no volume e perfil de internamento de doentes com VIH-SIDA em Portugal Continental : análise temporal 2001-2012

RESUMO - Contexto: O início da crise económica em Portugal no ano de 2009 colocou o país numa grave recessão económica aliada a diversas medidas de austeridade. Como consequência assistiu-se, ao nível nacional, uma diminuição do PIB, aumento do desemprego e assim como uma série de restrições orçamentais em várias áreas, nomeadamente a da saúde. Apesar de existir inúmeros estudos que avaliaram o impacto das recessões económicas na saúde os resultados são controversos e não existe um consenso quanto a esta associação. No que se refere às doenças infeciosas o número de estudos é bastante mais reduzido. O objetivo deste estudo foi o de analisar o impacto da crise atual no volume e perfil de internamento de doentes com VIH/SIDA, de forma a complementar a escassa evidência existente neste domínio. Metodologia: Foram analisados 53,296 episódios de internamento nos hospitais do SNS entre o ano de 2001 e 2012, cujo diagnóstico principal é a infeção pelo VIH/SIDA. Considerou-se o ano de 2009 como o ano inicial da crise. Através de regressões multivariadas avaliou-se o impacto da crise no volume de doentes internados, duração de internamento, número de co-morbilidades, risco de ser admitido via urgência e risco de mortalidade no internamento. Adicionalmente repetiu-se a análise por região NUTS II de Portugal Continental (Norte, Alentejo, LVT, Centro e Algarve). Resultados: A crise não teve impacto no volume de doentes internados. No entanto, após o ano de 2009, registou-se uma diminuição de 5.6% na duração de internamento; um aumento de 1.6% no número de co-morbilidades; um aumento de 11.1% no risco de ser admitido via urgência e um aumento de 8.6% do risco de mortalidade no internamento. As análises por região permitiram verificar que as regiões mais afetadas pela crise foram a região LVT e a região Norte. Conclusão: A crise em Portugal não teve impacto na incidência de internamentos por VIH/SIDA. Porém o aumento do número de co-morbilidades, do risco de ser admitido via urgência e do risco de mortalidade no internamento parece refletir um agravamento da severidade dos casos após o ano de 2009. Adicionalmente a diminuição da duração de internamento com o efeito da crise poderá refletir tanto aumento da eficiência dos cuidados prestados ou ao contrário, uma diminuição da sua qualidade.

Long-Term Trends of HIV Type 1 Drug Resistance Prevalence among Antiretroviral Treatment-Experienced Patients in Switzerland.

Background. Accurate quantification of the prevalence of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) drug resistance in patients who are receiving antiretroviral therapy (ART) is difficult, and results from previous studies vary. We attempted to assess the prevalence and dynamics of resistance in a highly representative patient cohort from Switzerland. Methods. On the basis of genotypic resistance test results and clinical data, we grouped patients according to their risk of harboring resistant viruses. Estimates of resistance prevalence were calculated on the basis of either the proportion of individuals with a virologic failure or confirmed drug resistance (lower estimate) or the frequency-weighted average of risk group-specific probabilities for the presence of drug resistance mutations (upper estimate). Results. Lower and upper estimates of drug resistance prevalence in 8064 ART-exposed patients were 50% and 57% in 1999 and 37% and 45% in 2007, respectively. This decrease was driven by 2 mechanisms: loss to follow-up or death of high-risk patients exposed to mono- or dual-nucleoside reverse-transcriptase inhibitor therapy (lower estimates range from 72% to 75%) and continued enrollment of low-risk patients who were taking combination ART containing boosted protease inhibitors or nonnucleoside reverse-transcriptase inhibitors as first-line therapy (lower estimates range from 7% to 12%). A subset of 4184 participants (52%) had 1 study visit per year during 2002-2007. In this subset, lower and upper estimates increased from 45% to 49% and from 52% to 55%, respectively. Yearly increases in prevalence were becoming smaller in later years. Conclusions. Contrary to earlier predictions, in situations of free access to drugs, close monitoring, and rapid introduction of new potent therapies, the emergence of drug-resistant viruses can be minimized at the population level. Moreover, this study demonstrates the necessity of interpreting time trends in the context of evolving cohort populations.

The impact of penicillinase on cefamandole treatment and prophylaxis of experimental endocarditis due to methicillin-resistant Staphylococcus aureus.

Beta-lactams active against methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) must resist penicillinase hydrolysis and bind penicillin-binding protein 2A (PBP 2A). Cefamandole might share these properties. When tested against 2 isogenic pairs of MRSA that produced or did not produce penicillinase, MICs of cefamandole (8-32 mg/L) were not affected by penicillinase, and cefamandole had a > or =40 times greater PBP 2A affinity than did methicillin. In rats, constant serum levels of 100 mg/L cefamandole successfully treated experimental endocarditis due to penicillinase-negative isolates but failed against penicillinase-producing organisms. This suggested that penicillinase produced in infected vegetations might hydrolyze the drug. Indeed, cefamandole was slowly degraded by penicillinase in vitro. Moreover, its efficacy was restored by combination with sulbactam in vivo. Cefamandole also uniformly prevented MRSA endocarditis in prophylaxis experiments, a setting in which bacteria were not yet clustered in the vegetations. Thus, while cefamandole treatment was limited by penicillinase, the drug was still successful for prophylaxis of experimental MRSA endocarditis.