Fusarium wilt incidence and common bean yield according to the preceding crop and the soil tillage system

The objective of this work was to evaluate the effects of preceding crops and tillage systems on the incidence of Fusarium wilt (Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli) and common bean (Phaseolus vulgaris) yield. The cultivar BRS Valente was cultivated under center‑pivot irrigation in the winter seasons of 2003, 2004 and 2005, after several preceding crops established in the summer seasons. Preceding crops included the legumes Cajanus cajan (pigeon pea), Stylosanthes guianensis, and Crotalaria spectabilis; the grasses Pennisetum glaucum (millet), Sorghum bicolor (forage sorghum), Panicum maximum, and Urochloa brizantha; and a consortium of maize (Zea mays) and U. brizantha (Santa Fé system). Experiments followed a strip‑plot design, with four replicates. Fusarium wilt incidence was higher in the no‑tillage system. Higher disease incidences corresponded to lower bean yields in 2003 and 2004. Previous summer cropping with U. brizantha, U. brizantha + maize consortium, and millet showed the lowest disease incidence. Therefore, the choice of preceding crops must be taken into account for managing Fusarium wilt on irrigated common bean crops in the Brazilian Cerrado.

Multilocus phylogeography of the common lizard Zootoca vivipara at the Ibero-Pyrenean suture zone reveals lowland barriers and high-elevation introgression.

BACKGROUND: The geographic distribution of evolutionary lineages and the patterns of gene flow upon secondary contact provide insight into the process of divergence and speciation. We explore the evolutionary history of the common lizard Zootoca vivipara (= Lacerta vivipara) in the Iberian Peninsula and test the role of the Pyrenees and the Cantabrian Mountains in restricting gene flow and driving lineage isolation and divergence. We also assess patterns of introgression among lineages upon secondary contact, and test for the role of high-elevation trans-mountain colonisations in explaining spatial patterns of genetic diversity. We use mtDNA sequence data and genome-wide AFLP loci to reconstruct phylogenetic relationships among lineages, and measure genetic structure RESULTS: The main genetic split in mtDNA corresponds generally to the French and Spanish sides of the Pyrenees as previously reported, in contrast to genome-wide AFLP data, which show a major division between NW Spain and the rest. Both types of markers support the existence of four distinct and geographically congruent genetic groups, which are consistent with major topographic barriers. Both datasets reveal the presence of three independent contact zones between lineages in the Pyrenean region, one in the Basque lowlands, one in the low-elevation mountains of the western Pyrenees, and one in the French side of the central Pyrenees. The latter shows genetic evidence of a recent, high-altitude trans-Pyrenean incursion from Spain into France. CONCLUSIONS: The distribution and age of major lineages is consistent with a Pleistocene origin and a role for both the Pyrenees and the Cantabrian Mountains in driving isolation and differentiation of Z. vivipara lineages at large geographic scales. However, mountain ranges are not always effective barriers to dispersal, and have not prevented a recent high-elevation trans-Pyrenean incursion that has led to asymmetrical introgression among divergent lineages. Cytonuclear discordance in patterns of genetic structure and introgression at contact zones suggests selection may be involved at various scales. Suture zones are important areas for the study of lineage formation and speciation, and our results show that biogeographic barriers can yield markedly different phylogeographic patterns in different vertebrate and invertebrate taxa.

Nitrogen fluxes from irrigated common‑bean as affected by mulching and mineral fertilization

The objective of this work was to measure the fluxes of N2O‑N and NH3‑N throughout the growing season of irrigated common‑bean (Phaseolus vulgaris), as affected by mulching and mineral fertilization. Fluxes of N2O‑N and NH3‑N were evaluated in areas with or without Congo signal grass mulching (Urochloa ruziziensis) or mineral fertilization. Fluxes of N were also measured in a native Cerrado area, which served as reference. Total N2O‑N and NH3‑N emissions were positively related to the increasing concentrations of moisture, ammonium, and nitrate in the crop system, within 0.5 m soil depth. Carbon content in the substrate and microbial biomass within 0.1 m soil depth were favoured by Congo signal grass and related to higher emissions of N2O‑N, regardless of N fertilization. Emission factors (N losses from the applied mineral nitrogen) for N2O‑N (0.01-0.02%) and NH3‑N (0.3-0.6%) were lower than the default value recognized by the Intergovernmental Panel on Climate Change. Mulch of Congo signal grass benefits N2O‑N emission regardless of N fertilization.

Sharing Open Source License and Copyright Data with SPDX

Organizations across the globe are creating and distributing products that include open source software. To ensure compliance with the open source licenses, each company needs to evaluate exactly what open source licenses and copyrights are included - resulting in duplicated effort and redundancy. This talk will provide an overview of a new Software Package Data Exchange (SPDX) specification. This specification will provide a common format to share information about the open source licenses and copyrights that are included in any software package, with the goal of saving time and improving data accuracy. This talk will review the progress of the initiative; discuss the benefits to organizations using open source and share information on how you can contribute.

Eugenol as an anesthetic for juvenile common snook

The objective of this work was to evaluate the efficacy of eugenol as an anesthetic for juvenile common snook, and to determine the minimum effective concentration for use in handling procedures. In the first trial, juvenile common snook were subjected to immersion baths at 25, 50, 75, 100, 125, and 150 mg L-1 eugenol concentrations, after which induction and recovery times were evaluated. In the second experiment, the lethal exposure time (LT50) at 75 mg L-1 was estimated. Minimum effective eugenol concentration was 50 mg L-1, andthe stage of deep anesthesia and recovery were, respectively, reached at 126.3 and 208.8 s. At 75 mg L-1, LT50 was 1,314 s, and induction time and recovery were also satisfactory; however, fish cannot tolerate over 229 s exposure.

Repeatability of adaptability and stability parameters of common bean in unpredictable environments

The objective of this work was to estimate the repeatability of adaptability and stability parameters of common bean between years, within each biennium from 2003 to 2012, in Minas Gerais state, Brazil. Grain yield data from trials of value for cultivation and use common bean were analyzed. Grain yield, ecovalence, regression coefficient, and coefficient of determination were estimated considering location and sowing season per year, within each biennium. Subsequently, a analysis of variance these estimates was carried out, and repeatability was estimated in the biennia. Repeatability estimate for grain yield in most of the biennia was relatively high, but for ecovalence and regression coefficient it was null or of small magnitude, which indicates that confidence on identification of common bean lines for recommendation is greater when using means of yield, instead of stability parameters.

Selection of common bean lines with high agronomic performance and high calcium and iron concentrations

The objective of this work was to evaluate the genetic variability of common bean lines for cycle, weight of 100 grains, grain yield, cooking time, and grain calcium and iron concentrations. Twenty-four common bean lines were evaluated in two crop cycles (2010 and 2011). The ¯Z index was used for the selection of superior lines for most of the traits. The DF 06-19, DF 06-03, DF 06-17, DF 06-20, DF 06-11, DF 06-14, DF 06-01, DF 06-08, DF 06-22, and DF 06-04 lines showed high grain yield. All lines were of semi-early cycle and of fast cooking. The DF 06-08 and DF 06-23 lines showed high calcium concentration in grains (>1.4 g kg-1 dry matter - DM), and the DF 06-09, DF 06-03, DF 06-04, and DF 06-06 lines presented high iron concentration in grains (>0.95 g kg-1 DM) in the two crop cycles. The DF 06-09 and DF 06-03 carioca lines present high agronomic performance and high iron concentration in grains. The DF 06-17 and DF 06-08 black lines present high agronomic performance and high calcium concentration in grains. The selection of the DF 06-09, DF 06-03, DF 06-17, and DF 06-08 lines is recommended.

Vitamin B12 Deficiency in the aged: Laboratory Diagnosis, Prevalence and Clinical Profile

B₁₂-vitamiinin puute iäkkäillä: laboratoriodiagnostiikka, yleisyys ja yhteys sairastavuuteen Tausta: B12-vitamiinin puute on yleistä iäkkäillä ja se tulisi todeta riittävän varhaisessa vaiheessa palautumattomien vaurioiden estämiseksi. On epäselvää pitäisikö diagnostiikka kohdistaa tiettyihin riskiryhmiin vai mahdollisesti seuloa valikoimatonta vanhusväestöä. Myöskään yksimielisyyttä laboratoriotutkimusten valinnasta ei ole. Tavoitteet: Tutkimuksen tarkoituksena oli evaluoida uutta HoloTC RIA menetelmää ja tuottaa viitearvot sille, selvittää B12-vitamiinin puutteen yleisyys, yhteys sairastavuuteen ja mahdolliset riskitekijät suomalaisessa vanhusväestössä, arvioida munuaisfunktion vaikusta B12-vitamiinin puutteen laboratoriotutkimuksiin ja näiden perusteella ehdottaa suomalaiseen terveydenhuoltoon sopivaa laboratoriotutkimusstrategiaa. Aineisto ja menetelmät: Liedon iäkkäät -tutkimuksen vanhusaineisto on edustava otos yhden kunnan yli 65-vuotiaasta väestöstä, yhteensä 1260 henkilöä. Tutkittavat kävivät lääkärintarkastuksessa, ja heistä on käytettävissä runsaasti laboratoriotutkimuksia sekä tiedot sairauksista, ruokavaliosta, lääkkeiden ja vitamiinivalmisteiden käytöstä, dementiaseula ja depressiokysely. Viitearvoaineistoa varten kerättiin näytteet 84 vapaaehtoisesta terveestä aikuisesta ja menetelmäevaluaatiota varten 107 sairaalapotilaasta. Tulokset: HoloTC RIA menetelmän toistettavuus oli hyvä manuaalimenetelmäksi. 95%:n viiteväli holotranskobalamiinille oli 37-171 pmol/l. Kaikilla tutkittavilla, joilla oli muilla laboratoriotutkimuksilla osoitettu todennäköinen B12-vitamiinin puute, myös holotranskobalamiini oli viitealueen alarajaa pienempi. Suurentuneella kystatiini C-pitoisuudella osoitettu munuaisten vajaatoiminta korreloi voimakkaasti homokysteiinin (rs=0.53, p<0.001) ja metyylimalonihapon (rs=0.27, p<0.001) pitoisuuksiin, mutta ei kokonais-B12-vitamiinin (rs=- 0.04, p=0.227) tai holotranskobamiinin (rs=-0.01, p=0.817) pitoisuuksiin. Suomalaisessa vanhusväestössä B12-vitamiinin puutteen prevalenssi oli 12%. Kokonais- B12-vitamiinin pitoisuus oli matala (<150 pmol/l) 6%:lla. Miessukupuoli (OR 1.9, 95% CI 1.2-2.9), ikä ≥75 (OR 2.2, 95% CI 1.4-3.4) ja maitotuotteiden välttäminen (OR 2.3, 95% CI 1.2-4.4) lisäsivät B12-vitamiinin puutteen riskiä, mutta anemia (OR 1.3, 95% CI 0.7-2.3) tai makrosytoosi (OR 1.2, 95% CI 0.6-2.7) eivät. Päätelmät: Diagnosoimaton B12-vitamiinin puute on yleistä iäkkäillä, mutta kliinisesti merkityksellistä spesifistä riskiryhmää ei löydy. Koska anemian ja makrosytoosin puuttuminen ei poissulje B12-vitamiinin puutetta ja munuaisten vajaatoiminta heikentää metabolisten merkkiaineiden käyttökelpoisuutta, kokonais-B12-vitamiinia suositellaan ensisijaiseksi laboratoriotutkimukseksi epäiltäessä B12-vitamiinin puutetta ja tarvittaessa varmentavina tutkimuksina käytetään homokysteiiniä ja holotranskobalamiinia.

Hiiliteräspalkin kuitulaserhitsaus

Hitsaavassa teollisuudessa kilpailukyvyn säilyttäminen ja mahdollinen parantaminen edellyttää hitsauksen tehokkuuden nostoa. Laserhitsauksen nopeus, tarkkuus, tasainen laatu ja aikaansaatava syvä tunkeuma ovatkin vakiinnuttaneet menetelmän vankan aseman tehokkaana valmistusmenetelmänä. Sähkön ja heliumin hinnan nousu ovat pakottaneet teollisuuden miettimään entistä tehokkaampien ja ympäristöystävällisempien laserlähteiden hankkimista. Kuitulaserin korkea hyötysuhde, hyvä säteenlaatu, suuri teho ja matalat käyttökustannukset ovat herättäneet kiinnostusta laserhitsaavassa teollisuudessa. Diplomityössä keskityttiin kuitulaserhitsauksen soveltamiseen. Työn tavoitteena oli parantaa kuitulaserhitsausmenetelmän ymmärrystä ja saada käsitys siitä, miten valitaan hitsausparametrien arvot, ja soveltuuko kuitulaser teolliseen tuotantoon. Tutkimuksessa pyrittiin löytämään peruskokeilla optimaaliset hitsausparametrit, joilla syntyy hyvin tunkeutunut, vähän huokosia sisältävä, ja ulkoisesti laadukas hitsi, sekä optimaalinen hitsin tunkeumaprofiili. Lopuksi hitsausparametreja testattiin tuotteen hitsauksessa. Kuitulaser soveltuu erinomaisesti hiiliteräksen hitsaukseen ja hyvin erikoislujien terästen hitsaukseen, kun teräksen hiili- ja rikkipitoisuudet ovat matalia. Sillä on laaja parametrialue. Yleisimmät hitsausvirheet ovat vajaa hitsautumissyvyys ja huokoset. Tässä diplomityössä keskityttiin etsimään yhdelle valmistettavalle tuotteelle optimaaliset kuitulaserhitsausparametrit. Kuitulaserin laser- ja prosessiparametrien vaikutusta hitsiin ei ole juurikaan tutkittu. Diplomityön kokeiden perusteella olisi hyvä tehdä eri materiaalien jatkotutkimusta railonvalmistuksen, kuten liitoksen oksidikerroksen ja ilmaraon sekä suojakaasun, vaikutuksesta hitsiin. Kuitulaserin hyvä säteenlaatu ja muut laser-parametrit ovat tuoneet mukanaan prosessiin uusia ilmiöitä, joita on syytä tutkia lisää.

Characterization of membrane vesicles circulating in the serum of patients with common acute lymphoblastic leukemia.

Common acute lymphoblastic leukemia antigen detected by radioimmunoassay in the serum of patients with common acute lymphoblastic leukemia was found to be exclusively associated with the pellet of the serum samples obtained by ultracentrifugation at 100,000 X g. The pellets were shown to contain membrane vesicles or fragments which were characterized by electron microscopy and determination of enzymatic activity. The pelleted fragments had an apparent diameter ranging between 60 and 260 nm and showed a trilaminar membrane structure. On freeze-fracture preparations, the fragments with concave profile, corresponding to the external fracture face of plasma membrane, displayed an intramembrane particle density (ranging from 0 to 750 particles per micron2) which is similar to that recorded on the corresponding fracture face of intact cells from the common lymphoblastic leukemia antigen positive leukemic cell line (Nalm-1) or of vesicles shed in the culture medium by Nalm-1 cells. Furthermore, analysis of the membrane enzyme marker 5'-nucleotidase in the pellet of patient's sera, showed that the presence of this enzyme correlated with that of common lymphoblastic leukemia antigen, but the quantitative relationship between the two surface constituents was not linear. The results suggest that the two markers are located on the same membrane fragments, but that their individual distribution on the shed fragments is heterogeneous.

Semantiikan hyödyntäminen dokumenttienhallinnassa

Työn tavoitteena on etsiä asiakasyritykselle sähköteknisen dokumentoinnin hallintaan sopiva järjestelmäratkaisu vertailemalla insinööritoimistojen käyttämien suunnittelujärjestelmien ja yleisten dokumenttien hallintajärjestelmien soveltuvuutta asiakasympäristöön. Työssä tutkitaan sopivien metatietojen kuvaustapojen käyttökelpoisuutta sähköteknisen dokumentoinnin hallintaan esimerkkiprojektien avulla. Työn sisältö koostuu neljästä pääkohdasta. Ensimmäisessä jaksossa tarkastellaan dokumentin ominaisuuksia ja elinkaarta luonnista aktiivikäyttöön, arkistointiin ja hävitykseen. Samassa yhteydessä kerrotaan dokumenttienhallinnan perustehtävistä. Toisessa jaksossa käsitellään dokumenttien kuvailun tavoitteita, kuvailusuosituksia ja -standardeja sekä luonnollisen kielen käyttöä sisällönkuvailussa. Tarkastelukohteina suosituksista ovat W3C:n julkaisemat suositukset, Dublin Core, JHS 143 ja SFS-EN 82045. Kolmannessa jaksossa tarkastellaan teollisuuden dokumentoinnin ominaispiirteitä ja käyttötarkoitusta. Teollisuudessa on monia erilaisia järjestelmäympäristöjä tehtaan sisällä ja työssä kuvataan dokumenttienhallinnan integrointitarpeita muihin järjestelmiin. Viimeisessä jaksossa kuvaillaan erilaisia dokumentoinnin hallintaympäristöjä alkaen järeimmästä päästä tuotetiedon hallintajärjestelmistä siirtyen pienempiinsuunnittelujärjestelmiin ja lopuksi yleisiin dokumenttien hallintajärjestelmiin. Tässä osassa on myös luettelo ohjelmistotoimittajista. Työn tuloksena on laadittu valituista dokumenttityypeistä metatietokuvaukset kahden eri kuvaustavan (JHS 143 ja SFS-EN 82045) avulla ja on todettu molemmat kuvaustavat käyttökelpoisiksi sähköteknisen dokumentoinnin käsittelyyn.Nämä kuvaukset palvelevat asiakasta dokumenttienhallintaprojektin määrittelytyössä. Asiakkaalle on tehty myös vertailu sopivista järjestelmävaihtoehdoista hankintaa varten.

Virtuaalitodellisuuslaboratorion laiteympäristön kehittäminen - ohjaimet ja ohjelmistot

Tämä diplomityö on tehty osana HumanICT-projektia, jonka tavoitteena on kehittää uusi, virtuaalitekniikoita hyödyntävä, työkoneiden käyttäjäliityntöjen suunnittelumenetelmä. Työn tarkoituksena oli kehittää VTT:n Tuotteet ja tuotanto tutkimusyksikköön kuluvan Ihminen-kone-turvallisuus ryhmän nykyistä virtuaalitodellisuuslaboratoriota siten, että sitä voidaan käyttää työkoneiden suunnittelussa sekä monipuolisissa ergonomiatarkasteluissa. Itse ympäristön kehittäminen pitää sisällään uuden ohjainjärjestelmän suunnittelun sekä sen implementoinnin nykyisin käytössä olevaan virtuaaliympäristöön. Perinteisesti ohjaamosimulaattorit ovat olleet sovelluskohteisiin räätälöityjä, joten ne ovat kalliita ja niiden konfiguroinnin muuttaminen on vaikeaa, joskus jopa mahdotonta. Tämän työntarkoituksena oli kehittää PC-tietokoneeseen ja yleiseen käyttöjärjestelmään perustuva ohjainjärjestelmä, joka on nopeasti kytkettävissä erilaisiin virtuaaliympäristön sovelluksiin, kuten ohjaamomalleihin. Työssä tarkasteltiin myös tapoja mallintaa fysikaalisia ilmiöitä reaaliaikasovelluksissa, eli on-line simuloinnissa. Tämän tarkastelun perusteella etsittiin ja valittiin jatkokäsittelyyn ohjelmistoja, joiden reaaliaikaisen dynamiikan simulointialgoritmitolivat kaikkein kehittyneimpiä ja monipuolisia.

Common snook fed in alternate and continuous regimens with diet supplemented with Bacillus subtilis probiotic

The objective of this work was to evaluate the addition of Bacillus subtilis probiotic to the feed of common snook (Centropomus undecimalis) fingerlings, in alternate and continuous regimens. Six hundred and sixty fish, with average length of 5.90±0.88 cm and weight of 1.92±0.28 g, were stocked in 12 cages of 1.0 m3, with 55 fish each. The experimental design was completely randomized, with three treatments and four replicates. The treatments consisted of diet with the addition of probiotic, provided in alternate regimen for 7 days and in continuous regimen; besides a control without probiotic in the feed. Zootechnical performance, body composition, immune response, and blood parameters were evaluated. No significant differences were observed in zootechnical performance indexes and in body composition of fish treated with probiotic, when compared to the control. Fish from the alternate regimen showed an increment in respiratory burst and a lower total erythrocyte count than fish from the continuous regimen and the control. Fish from the continuous regimen did not differ from those of the control. The addition of Bacillus subtilis does not increase growth rates of common snook fingerlings; however, it has an immunostimulant action when supplied in alternate regimen.

Incidence of Garlic common latent virus in Argentina, and phylogenetic and recombination analyses of isolates

The objective of this work was to estimate the incidence and prevalence of Garlic common latent virus (GarCLV) in the main production regions of garlic (Allium sativum) in Argentina, and to perform phylogenetic and recombination analyses in isolates from these regions. Leaf samples (3,050) were taken from four garlic commercial types, in 13 departments of the four main garlic-producing provinces of Argentina, in a 1,175-ha sampling area. Virus infection was evaluated with DAS-Elisa test using specific antiserum, and the phylogenetic and recombination analyses were done with capsid protein (CP) nucleotide sequence of seven GarCLV isolates from the provinces. The incidence of GarCLV in the evaluated provinces varied between 6.7 and 22% of the samples, whereas the prevalence varied between 52.6 and 70%. In the analysis of garlic commercial types, Morado showed the highest incidence of the virus, in the province of San Juan, whereas Rosado Paraguayo had the lowest incidence, in the province of Cordoba. Nucleotide identity in the CP sequences ranged between 80.3 and 97.6%. The phylogenetic analysis shows the presence of two main groups of GarCLV and of a possible third group that would include only a German isolate. The recombination analysis between isolates from different parts of the world evidences the presence of recombinant isolates from Poland and Australia.