C4 Photosynthesis evolved in grasses via parallel adaptive genetic changes.

Phenotypic convergence is a widespread and well-recognized evolutionary phenomenon. However, the responsible molecular mechanisms remain often unknown mainly because the genes involved are not identified. A well-known example of physiological convergence is the C4 photosynthetic pathway, which evolved independently more than 45 times [1]. Here, we address the question of the molecular bases of the C4 convergent phenotypes in grasses (Poaceae) by reconstructing the evolutionary history of genes encoding a C4 key enzyme, the phosphoenolpyruvate carboxylase (PEPC). PEPC genes belong to a multigene family encoding distinct isoforms of which only one is involved in C4 photosynthesis [2]. By using phylogenetic analyses, we showed that grass C4 PEPCs appeared at least eight times independently from the same non-C4 PEPC. Twenty-one amino acids evolved under positive selection and converged to similar or identical amino acids in most of the grass C4 PEPC lineages. This is the first record of such a high level of molecular convergent evolution, illustrating the repeatability of evolution. These amino acids were responsible for a strong phylogenetic bias grouping all C4 PEPCs together. The C4-specific amino acids detected must be essential for C4 PEPC enzymatic characteristics, and their identification opens new avenues for the engineering of the C4 pathway in crops.

Implementation of an Integrated Activity-Based Costing in a Holistic Database Management System and its Implications for Operations Management

Diplomityössä on tutkittu reaaliaikaisen toimintolaskennan toteuttamista suomalaisen lasersiruja valmistavan PK-yrityksen tietojärjestelmään. Lisäksi on tarkasteltu toimintolaskennan vaikutuksia operatiiviseen toimintaan sekä toimintojen johtamiseen. Työn kirjallisuusosassa on käsitelty kirjallisuuslähteiden perusteella toimintolaskennan teorioita, laskentamenetelmiä sekä teknisessä toteutuksessa käytettyjä teknologioita. Työn toteutusosassa suunniteltiin ja toteutettiin WWW-pohjainen toimintolaskentajärjestelmä case-yrityksen kustannuslaskennan sekä taloushallinnon avuksi. Työkalu integroitiin osaksi yrityksen toiminnanohjaus- sekä valmistuksenohjausjärjestelmää. Perinteisiin toimintolaskentamallien tiedonkeruujärjestelmiin verrattuna case-yrityksessä syötteet toimintolaskentajärjestelmälle tulevat reaaliaikaisesti osana suurempaa tietojärjestelmäintegraatiota.Diplomityö pyrkii luomaan suhteen toimintolaskennan vaatimusten ja tietokantajärjestelmien välille. Toimintolaskentajärjestelmää yritys voi hyödyntää esimerkiksi tuotteiden hinnoittelussa ja kustannuslaskennassa näkemällä tuotteisiin liittyviä kustannuksia eri näkökulmista. Päätelmiä voidaan tehdä tarkkaan kustannusinformaatioon perustuen sekä määrittää järjestelmän tuottaman datan perusteella, onko tietyn projektin, asiakkuuden tai tuotteen kehittäminen taloudellisesti kannattavaa.

Exploring the implementation of a medication adherence programme by community pharmacists: a qualitative study

BACKGROUND: Medication adherence has been identified as an important factor for clinical success. Twenty-four Swiss community pharmacists participated in the implementation of an adherence support programme for patients with hypertension, diabetes mellitus and/or dyslipidemia. The programme combined tailored consultations with patients about medication taking (expected at an average of one intervention per month) and the delivery of each drug in an electronic monitoring system (MEMS6?). OBJECTIVE: To explore pharmacists' perceptions and experiences with implementation of the medication adherence programme and to clarify why only seven patients were enrolled in total. SETTING: Community pharmacies in French-speaking Switzerland. METHOD: Individual in-depth interviews were audio-recorded, with 20 of the pharmacists who participated in the adherence programme. These were transcribed verbatim, coded and thematically analysed. Process quality was ensured by using an audit trail detailing the development of codes and themes; furthermore, each step in the coding and analysis was verified by a second, experienced qualitative researcher. MAIN OUTCOME MEASURE: Community pharmacists' experiences and perceptions of the determining factors influencing the implementation of the adherence programme. RESULTS: Four major barriers were identified: (1) poor communication with patients resulting in insufficient promotion of the programme; (2) insufficient collaboration with physicians; (3) difficulty in integrating the programme into pharmacy organisation; and (4) insufficient pharmacist motivation. This was related to the remuneration perceived as insufficient and to the absence of clear strategic thinking about the pharmacist position in the health care system. One major facilitator of the programme's implementation was pre-existing collaboration with physicians. CONCLUSION: A wide range of barriers was identified. The implementation of medication adherence programmes in Swiss community pharmacies would benefit from an extended training aimed at developing communication and change management skills. Individualised onsite support addressing relevant barriers would also be necessary throughout the implementation process.

Synchronous Digital Hierarchy implementation to a Radio Transmission Node

Kiristyville markkinoille on aina tuotava jotain uutta tarjottavaa ja SDH-kortti on yksi sellainen tuote jonka Nokia Networks julkistaa osaksi uutta Nokia Flexihub Nodea. Tavoitteena on suunnitella VC-12kanavoitu STM-1 kortti yhdistämään ylemmän tason tietoliikenneverkko suuren kapasiteetin radioon. Ennen kuin markkinoilla on valmis tuote, on sen takana valtaisa määrä työtä. Erilaisia dokumentteja on pitänyt tuottaa ja sopimuksia tehdä. Esimerkiksi vaatimusmäärittelyt on oltava selvät, jotta tiedetään mitä tuotteelta halutaan. Tätä ennen on kuitenkin pitänyt ymmärtää miten SDHtoimii ja miten otsikkotavuja käsitellään. Myös erilaiset piirivalinnat aiheuttavat miettimistä, sillä markkinoilla on runsaasti valmiita piirejä SDH signaalinkäsittelyyn. Varma tiedonsiirto on tärkeää puhelinoperaattorille ja siksi joudutaan miettimään varmennuksia ja niiden toteuttamista. Myös synkronointi on tärkeä osa SDH järjestelmää ja sen toteuttaminen hyvin on tärkeää. Hälytykset on otettava huomioon ja mietittävä, miten niiden käsittely saadaan hoidettua järkevästi, ilman että mikään järjestelmän osa ruuhkautuu kohtuuttomasti. Tässä Diplomityössä on tutustuttu SDH-järjestelmään, otsikkotavujen käsittelyyn ja vaatimusmäärittelyihin.

La dépression majeure en hôpital général: adaptation et mise en oeuvre de recommandations pour la pratique clinique [Major depression in the general hospital: adaptation and implementation of guidelines]

Major depression IMD) is highly prevalent in the general hospital and adds a considerable burden to affected patients, but remains under detected and under treated. In an attempt to improve this situation, existing guidelines on MD were retrieved, systematically evaluated with the instrument AGREE (Appraisal of guidelines for research and evaluation), and adapted to the needs of the general hospital. These guidelines were made available on intranet, and actively implemented in two wards, where their impact on clinical practice was evaluated.

Using the balanced scorecard as a tool for procurement strategy implementation

Tavoitteena diplomityössä oli tutkia, miten hankintastrategiaa saataisiin paremmin toteutettua jokapäiväisessä työssä. Strategian implementointiin käytettiin strategiakarttaa sekä balanced scorecard -mittareita. Tutkimus toteutettiin hankintaosastolla Vaasan & Vaasan Oy:ssä, joka toimii leipomotoimialalla viidessä maassa Itämeren alueella. Hankinnan strategiakartta ja balanced scorecard -mittarit laadittiin olemassa olevan hankintastrategian pohjalta. Perinteisiä balanced scorecard -näkökulmia muokattiin paremmin hankintatoimeen sopiviksi. Malliin lisättiin toimittajanäkökulma ja hankinnan rooli pääprosessien tukifunktiona otettiin huomioon muuttamalla balanced scorecardin asiakasnäkökulma sisäisen asiakkaan näkökulmaksi. Strategiakartta myös laadittiin niin, että hankinnan sisäisten asiakkaiden odotukset ovat kartassa tasavertaisina taloudellistentavoitteiden kanssa. Balanced scorecard -mittareiden määrä pidettiin pienenä, jotta niiden toimintaa ohjaava vaikutus olisi mahdollisimman suuri. Mittareita voidaan vaihtaa strategian muuttuessa. Työssä todettiin, että strategiakartta ja balanced scorecard ovat hyviä välineitä strategian muuttamiseen konkreettisiksi toimenpiteiksi myös tukifunktiossa, kun esimerkiksi mallin näkökulmia muokataan tapauskohtaisesti. Strategiakartat ja balanced scorecard tulisi kytkeä osaksi koko yrityksen strategista suunnittelua. Strategiakartan ja balanced scorecardin käytöstä on hankinnalle monia hyötyjä. Työntekijät hahmottavat paremmin oman panoksensa yrityksen tavoitteiden saavuttamisessa. Käytetyt työkalut voivat tukea myös konsernin yksiköiden hankintojen keskittämiskehitystä.

Implementation of population balances in simulation of gas-liquid reactors using a CFD-PBM coupled approach

In bubbly flow simulations, bubble size distribution is an important factor in determination of hydrodynamics. Beside hydrodynamics, it is crucial in the prediction of interfacial area available for mass transfer and in the prediction of reaction rate in gas-liquid reactors such as bubble columns. Solution of population balance equations is a method which can help to model the size distribution by considering continuous bubble coalescence and breakage. Therefore, in Computational Fluid Dynamic simulations it is necessary to couple CFD and Population Balance Model (CFD-PBM) to get reliable distribution. In the current work a CFD-PBM coupled model is implemented as FORTRAN subroutines in ANSYS CFX 10 and it has been tested for bubbly flow. This model uses the idea of Multi Phase Multi Size Group approach which was previously presented by Sha et al. (2006) [18]. The current CFD-PBM coupled method considers inhomogeneous flow field for different bubble size groups in the Eulerian multi-dispersed phase systems. Considering different velocity field for bubbles can give the advantageof more accurate solution of hydrodynamics. It is also an improved method for prediction of bubble size distribution in multiphase flow compared to available commercial packages.

Automating The User Interface Implementation Process by Code Generation

3G-radioverkon asetusten hallinnointi suoritetaan säätämällä radioverkkotietokantaan talletettavia parametreja. Hallinnointiohjelmistossa tuhannetradioverkon parametrit näkyvät käyttöliittymäkomponentteina, joita ohjelmiston kehityskaaressa jatkuvasti lisätään, muutetaan ja poistetaan asiakkaan tarpeidenmukaan. Parametrien lisäämisen toteutusprosessi on ohjelmistokehittäjälle työlästä ja mekaanista. Diplomityön tavoitteeksi asetettiin kehittää koodigeneraattori, joka luo kaiken toteutusprosessissa tuotetun koodin automaattisesti niistä määrittelyistä, jotka ovat nykyäänkin saatavilla. Työssä kehitetty generaattori nopeuttaa ohjelmoijan työtä eliminoimalla yhden aikaa vievän ja mekaanisen työvaiheen. Seurauksena saadaan yhtenäisempää ohjelmistokoodia ja säästetään yrityksen ohjelmistotuotannon kuluissa, kun ohjelmoijan taito voidaan keskittää vaativimpiin tehtäviin.

Reporting Framework: Implementation and Performance Analysis

Fenix on suuri metsäteollisuuden tuotannonohjausjärjestelmä. Fenix-järjestelmän raportointi- ja tulostuspalvelut elävätvaihdekautta. Aikaisemmin käytetyt raportointityökalut ovat vanhentumassa ja neon korvattava uusilla. Uusi raportointialusta, Global Printing System (GPS), onrakennettu StreamServe Business Communication Platformin ympärille. Uuden alustan on tarkoitus hoitaa Fenixin tulostus sekä raportointitehtävät. Työ kuvaa raportointialustan toteutuksen sekä sen tärkeimmät ominaisuudet. Uuden alustan suorituskyvyssä on ollut toivomisen varaa. Etenkin suurien raporttien generoiminen on kestänyt joskus toivottoman pitkään. Työssä analysoidaan raportointialustan suorituskykyä ja etsitään mahdolliset pullonkaulat. Suorituskyvyn heikkouksiin pyritään löytämään ratkaisut ja annetaan ehdotuksia suorituskyvyn parantamiseksi. XML pohjaisena järjestelmänä GPS:n suorituskyvyssä suurta osaaesittää XML:n tehokkuus. GPS sisääntuleva data tulee XML-muodossa ja sisääntulon parsimisen tehokkuus on avaintekijöitä koko GPS:n tehokkuuden kannalta. Suorituskyvyn parantamisessa keskitytäänki vahvasti XML:n tehokkaampaan käyttöön ja esitetään ehdotuksia sen parantamiseksi.

Supplier Collaboration Development by Extranet Implementation

Tämän diplomityön tavoitteena on laatiaselvitys materiaaliyhteistyöhön tarvittavan extranetsovelluksen implementoimiseksi telekommunikaatiosektorilla globaalisti toimivaan yritykseen. Teoriatasolla käydään läpi toimittajakentän hallintaa, ostotoimintaa, extranet-sovellusta ja sen roolia toimittajayhteistyössä. Tutkimuksen teoriaosuudessa esitellään lisäksi telekommunikaatioklusterin toimitusketjun hallinnassa yleisesti käyttämä standardisoitu toimintamalli. Empiirinen osio sisältää kuvauksen case- yrityksen nykyisistä ostoprosesseista ja toimittajayhteistyöstä sekä kartoituksen kanden ulkopuolisen yrityksen toimittajayhteistyöratkaisusta. Lopputuloksena tutkimus sisältää ehdotelman toimittajayhteistyöextranetin vaiheittaiseksi implementoimiseksi case- yrityksen ja sen toimittajien välille. Lisäksi työssä esitetään potentiaalisia jatkokehitysmandollisuuksia extranetsovellusta ajatellen.

End User Perspective to ERP Implementation

Toiminnanohjausjärjestelmät ovat oleellinen osa yrityksien liiketoimintaa. Järjestelmän päivittäminen uudempaan versioon tai kokonaan uuden järjestelmän käyttöönotto saattavat yrityksen ydintoiminnot ja prosessit hyvin haavoittuvaiseen asemaan. Järjestelmien kokonaisvaltaisuus yhdessä reaaliaikaisen käyttöönoton kanssa tekevät näistä projekteista erityisen haasteellisia. Tämä pro gradu -tutkielman tapaustutkimuskohteena toimi Andritz Oy. Tapaustutkimuksen tavoitteena oli arvioida kesäkuussa 2005 suoritettua toiminnanohjausjärjestelmän käyttöönottoa ja sitä kuinka hyvin tässä onnistuttiin. Tutkimus toteutettiin loppukäyttäjännäkökulmasta. Loppukäyttäjä omalla työllään voi vaikuttaa miten hyvin järjestelmästä tavoitellut hyödyt pystytään lunastamaan. Tutkimus on laadullinen tapaustutkimus. Tutkimuksessa kiinnitetään huomiota erityisestiprojektitiimin, johdon ja käyttäjien eroaviin näkemyksiin käyttöönoton onnistumisesta.

"Soap-Bubble" visualization and quantitative analysis of 3D coronary magnetic resonance angiograms.

In order to compare coronary magnetic resonance angiography (MRA) data obtained with different scanning methodologies, adequate visualization and presentation of the coronary MRA data need to be ensured. Furthermore, an objective quantitative comparison between images acquired with different scanning methods is desirable. To address this need, a software tool ("Soap-Bubble") that facilitates visualization and quantitative comparison of 3D volume targeted coronary MRA data was developed. In the present implementation, the user interactively specifies a curved subvolume (enclosed in the 3D coronary MRA data set) that closely encompasses the coronary arterial segments. With a 3D Delaunay triangulation and a parallel projection, this enables the simultaneous display of multiple coronary segments in one 2D representation. For objective quantitative analysis, frequently explored quantitative parameters such as signal-to-noise ratio (SNR); contrast-to-noise ratio (CNR); and vessel length, sharpness, and diameter can be assessed. The present tool supports visualization and objective, quantitative comparisons of coronary MRA data obtained with different scanning methods. The first results obtained in healthy adults and in patients with coronary artery disease are presented.

Implementation of the Rijndael-AES algorithm on a Sage-Math worksheet

La principal motivació d'aquest treball ha estat implementar l'algoritme Rijndael-AES en un full Sage-math, paquet de software matemàtic de lliure distribució i en actual desenvolupament, aprofitant les seves eines i funcionalitats integrades.

Data-parallel computation in parallel and distributed environments

The past few decades have seen a considerable increase in the number of parallel and distributed systems. With the development of more complex applications, the need for more powerful systems has emerged and various parallel and distributed environments have been designed and implemented. Each of the environments, including hardware and software, has unique strengths and weaknesses. There is no single parallel environment that can be identified as the best environment for all applications with respect to hardware and software properties. The main goal of this thesis is to provide a novel way of performing data-parallel computation in parallel and distributed environments by utilizing the best characteristics of difference aspects of parallel computing. For the purpose of this thesis, three aspects of parallel computing were identified and studied. First, three parallel environments (shared memory, distributed memory, and a network of workstations) are evaluated to quantify theirsuitability for different parallel applications. Due to the parallel and distributed nature of the environments, networks connecting the processors in these environments were investigated with respect to their performance characteristics. Second, scheduling algorithms are studied in order to make them more efficient and effective. A concept of application-specific information scheduling is introduced. The application- specific information is data about the workload extractedfrom an application, which is provided to a scheduling algorithm. Three scheduling algorithms are enhanced to utilize the application-specific information to further refine their scheduling properties. A more accurate description of the workload is especially important in cases where the workunits are heterogeneous and the parallel environment is heterogeneous and/or non-dedicated. The results obtained show that the additional information regarding the workload has a positive impact on the performance of applications. Third, a programming paradigm for networks of symmetric multiprocessor (SMP) workstations is introduced. The MPIT programming paradigm incorporates the Message Passing Interface (MPI) with threads to provide a methodology to write parallel applications that efficiently utilize the available resources and minimize the overhead. The MPIT allows for communication and computation to overlap by deploying a dedicated thread for communication. Furthermore, the programming paradigm implements an application-specific scheduling algorithm. The scheduling algorithm is executed by the communication thread. Thus, the scheduling does not affect the execution of the parallel application. Performance results achieved from the MPIT show that considerable improvements over conventional MPI applications are achieved.