Le maintien de la stabilité génomique du plastide : un petit génome d’une grande importance

Chez les plantes, le génome plastidique est continuellement exposé à divers stress mutagènes, tels l’oxydation des bases et le blocage des fourches de réplication. Étonnamment, malgré ces menaces, le génome du plastide est reconnu pour être très stable, sa stabilité dépassant même celle du génome nucléaire. Néanmoins, les mécanismes de réparation de l’ADN et du maintien de la stabilité du génome plastidique sont encore peu connus. Afin de mieux comprendre ces processus, nous avons développé une approche, basée sur l’emploi de la ciprofloxacine, qui nous permet d’induire des bris d’ADN double-brins (DSBs) spécifiquement dans le génome des organelles. En criblant, à l’aide de ce composé, une collection de mutants d’Arabidopsis thaliana déficients pour des protéines du nucléoïde du plastide, nous avons identifié 16 gènes vraisemblablement impliqués dans le maintien de la stabilité génomique de cette organelle. Parmi ces gènes, ceux de la famille Whirly jouent un rôle primordial dans la protection du génome plastidique face aux réarrangements dépendants de séquences de microhomologie. Deux autres familles de gènes codant pour des protéines plastidiques, soit celle des polymérases de types-I et celle des recombinases, semblent davantage impliquées dans les mécanismes conservateurs de réparation des DSBs. Les relations épistatiques entre ces gènes et ceux des Whirly ont permis de définir les bases moléculaires des mécanismes de la réparation dépendante de microhomologies (MHMR) dans le plastide. Nous proposons également que ce type de mécanismes servirait en quelque sorte de roue de secours pour les mécanismes conservateurs de réparation. Finalement, un criblage non-biaisé, utilisant une collection de plus de 50,000 lignées mutantes d’Arabidopsis, a été réalisé. Ce criblage a permis d’établir un lien entre la stabilité génomique et le métabolisme des espèces réactives oxygénées (ROS). En effet, la plupart des gènes identifiés lors de ce criblage sont impliqués dans la photosynthèse et la détoxification des ROS. Globalement, notre étude a permis d’élargir notre compréhension des mécanismes du maintien de la stabilité génomique dans le plastide et de mieux comprendre l’importance de ces processus.

Reconnaissance des actions humaines : méthode basée sur la réduction de dimensionnalité par MDS spatio-temporelle

L’action humaine dans une séquence vidéo peut être considérée comme un volume spatio- temporel induit par la concaténation de silhouettes dans le temps. Nous présentons une approche spatio-temporelle pour la reconnaissance d’actions humaines qui exploite des caractéristiques globales générées par la technique de réduction de dimensionnalité MDS et un découpage en sous-blocs afin de modéliser la dynamique des actions. L’objectif est de fournir une méthode à la fois simple, peu dispendieuse et robuste permettant la reconnaissance d’actions simples. Le procédé est rapide, ne nécessite aucun alignement de vidéo, et est applicable à de nombreux scénarios. En outre, nous démontrons la robustesse de notre méthode face aux occultations partielles, aux déformations de formes, aux changements d’échelle et d’angles de vue, aux irrégularités dans l’exécution d’une action, et à une faible résolution.

Analysis of intrinsic cardiac neuron activity in relation to neurogenic atrial fibrillation and vagal stimulation

La fibrillation auriculaire est le trouble du rythme le plus fréquent chez l'homme. Elle conduit souvent à de graves complications telles que l'insuffisance cardiaque et les accidents vasculaires cérébraux. Un mécanisme neurogène de la fibrillation auriculaire mis en évidence. L'induction de tachyarythmie par stimulation du nerf médiastinal a été proposée comme modèle pour étudier la fibrillation auriculaire neurogène. Dans cette thèse, nous avons étudié l'activité des neurones cardiaques intrinsèques et leurs interactions à l'intérieur des plexus ganglionnaires de l'oreillette droite dans un modèle canin de la fibrillation auriculaire neurogène. Ces activités ont été enregistrées par un réseau multicanal de microélectrodes empalé dans le plexus ganglionnaire de l'oreillette droite. L'enregistrement de l'activité neuronale a été effectué continument sur une période de près de 4 heures comprenant différentes interventions vasculaires (occlusion de l'aorte, de la veine cave inférieure, puis de l'artère coronaire descendante antérieure gauche), des stimuli mécaniques (toucher de l'oreillette ou du ventricule) et électriques (stimulation du nerf vague ou des ganglions stellaires) ainsi que des épisodes induits de fibrillation auriculaire. L'identification et la classification neuronale ont été effectuées en utilisant l'analyse en composantes principales et le partitionnement de données (cluster analysis) dans le logiciel Spike2. Une nouvelle méthode basée sur l'analyse en composante principale est proposée pour annuler l'activité auriculaire superposée sur le signal neuronal et ainsi augmenter la précision de l'identification de la réponse neuronale et de la classification. En se basant sur la réponse neuronale, nous avons défini des sous-types de neurones (afférent, efférent et les neurones des circuits locaux). Leur activité liée à différents facteurs de stress nous ont permis de fournir une description plus détaillée du système nerveux cardiaque intrinsèque. La majorité des neurones enregistrés ont réagi à des épisodes de fibrillation auriculaire en devenant plus actifs. Cette hyperactivité des neurones cardiaques intrinsèques suggère que le contrôle de cette activité pourrait aider à prévenir la fibrillation auriculaire neurogène. Puisque la stimulation à basse intensité du nerf vague affaiblit l'activité neuronale cardiaque intrinsèque (en particulier pour les neurones afférents et convergents des circuits locaux), nous avons examiné si cette intervention pouvait être appliquée comme thérapie pour la fibrillation auriculaire. Nos résultats montrent que la stimulation du nerf vague droit a été en mesure d'atténuer la fibrillation auriculaire dans 12 des 16 cas malgré un effet pro-arythmique défavorable dans 1 des 16 cas. L'action protective a diminué au fil du temps et est devenue inefficace après ~ 40 minutes après 3 minutes de stimulation du nerf vague.

A Mediated Presence : Uncovering Nietzsche in Art History from its Foundations to Contemporary Anglo-American Curricula

La pensée de Nietzsche a joué un rôle déterminant et récurrent dans les discours et les débats qui ont formé et continuent de façonner le domaine de l’histoire de l’art, mais aucune analyse systématique de cette question n’a encore vu le jour. L’influence de Nietzsche a été médiée par divers interlocuteurs, historiens de l’art et philosophes, qui ont encadré ces discussions, en utilisant les écrits du philosophe comme toile de fond de leurs propres idées. Ce mémoire souhaite démontrer que l’impact de Nietzsche dans le champ de l’histoire de l’art existe mais qu’il fut toujours immergé ou éclipsé, particulièrement dans le contexte anglo-américain, l’emphase étant placée sur les médiateurs de ses idées en n’avouant que très peu d’engagement direct avec son œuvre. En conséquence, son importance généalogique pour certains fondateurs de la discipline reste méconnue; sa présence réellement féconde se traduit plutôt comme une absence ou une présence masquée. En vue de démontrer ce propos, nous regardons donc le contexte nietzschéen qui travaille les écrits de certains historiens de l’art, comme Jacob Burckhardt et Aby Warburg, ou des philosophes et d’écrivains ayant marqué la discipline de l’histoire de l’art (plus particulièrement dans le cadre de l’influence de la « French Theory » sur l’histoire de l’art anglo-américaine depuis la fin des années 1970) : Martin Heidegger, Michel Foucault, Jacques Derrida, Gilles Deleuze et Georges Bataille. Nous examinons certaines voies par lesquelles ses idées ont acquis une pertinence pour l’histoire de l’art avant de proposer les raisons potentielles de leur occlusion ultérieure. Nous étudions donc l’évolution des discours multiples de l’histoire comme domaine d’étude afin de situer la contribution du philosophe et de cerner où et comment ses réflexions ont croisé celles des historiens de l’art qui ont soit élargi ou redéfini les méthodes et les structures d’analyse de leur discipline. Ensuite nous regardons « l’art » de Nietzsche en le comparant avec « l’art de l’histoire de l’art » (Preziosi 2009) afin d’évaluer si ces deux expressions peuvent se rejoindre ou s’il y a fondamentalement une incompatibilité entre les deux, laquelle pourrait justifier ou éclairer la distance entre la pensée nietzschéenne sur l’art et la discipline de l’histoire de l’art telle qu’elle s’institutionnalise au moment où le philosophe rédige son œuvre.

Quantitative proteomics methods for the analysis of histone post-translational modifications

Les histones sont des protéines nucléaires hautement conservées chez les cellules des eucaryotes. Elles permettent d’organiser et de compacter l’ADN sous la forme de nucléosomes, ceux-ci representant les sous unités de base de la chromatine. Les histones peuvent être modifiées par de nombreuses modifications post-traductionnelles (PTMs) telles que l’acétylation, la méthylation et la phosphorylation. Ces modifications jouent un rôle essentiel dans la réplication de l’ADN, la transcription et l’assemblage de la chromatine. L’abondance de ces modifications peut varier de facon significative lors du developpement des maladies incluant plusieurs types de cancer. Par exemple, la perte totale de la triméthylation sur H4K20 ainsi que l’acétylation sur H4K16 sont des marqueurs tumoraux spécifiques a certains types de cancer chez l’humain. Par conséquent, l’étude de ces modifications et des événements determinant la dynamique des leurs changements d’abondance sont des atouts importants pour mieux comprendre les fonctions cellulaires et moléculaires lors du développement de la maladie. De manière générale, les modifications des histones sont étudiées par des approches biochimiques telles que les immuno-buvardage de type Western ou les méthodes d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP). Cependant, ces approches présentent plusieurs inconvénients telles que le manque de spécificité ou la disponibilité des anticorps, leur coût ou encore la difficulté de les produire et de les valider. Au cours des dernières décennies, la spectrométrie de masse (MS) s’est avérée être une méthode performante pour la caractérisation et la quantification des modifications d’histones. La MS offre de nombreux avantages par rapport aux techniques traditionnelles. Entre autre, elle permet d’effectuer des analyses reproductibles, spécifiques et facilite l’etude d’un large spectre de PTMs en une seule analyse. Dans cette thèse, nous présenterons le développement et l’application de nouveaux outils analytiques pour l’identification et à la quantification des PTMs modifiant les histones. Dans un premier temps, une méthode a été développée pour mesurer les changements d’acétylation spécifiques à certains sites des histones. Cette méthode combine l’analyse des histones intactes et les méthodes de séquençage peptidique afin de déterminer les changements d’acétylation suite à la réaction in vitro par l’histone acétyltransférase (HAT) de levure Rtt109 en présence de ses chaperonnes (Asf1 ou Vps75). Dans un second temps, nous avons développé une méthode d’analyse des peptides isomériques des histones. Cette méthode combine la LC-MS/MS à haute résolution et un nouvel outil informatique appelé Iso-PeptidAce qui permet de déconvoluer les spectres mixtes de peptides isomériques. Nous avons évalué Iso-PeptidAce avec un mélange de peptides synthétiques isomériques. Nous avons également validé les performances de cette approche avec des histones isolées de cellules humaines érythroleucémiques (K562) traitées avec des inhibiteurs d’histones désacétylases (HDACi) utilisés en clinique, et des histones de Saccharomyces cerevisiae liées au facteur d’assemblage de la chromatine (CAF-1) purifiées par chromatographie d’affinité. Enfin, en utilisant la méthode présentée précédemment, nous avons fait une analyse approfondie de la spécificité de plusieurs HATs et HDACs chez Schizosaccharomyces pombe. Nous avons donc déterminé les niveaux d’acétylation d’histones purifiées à partir de cellules contrôles ou de souches mutantes auxquelles il manque une HAT ou HDAC. Notre analyse nous a permis de valider plusieurs cibles connues des HATs et HDACs et d’en identifier de nouvelles. Nos données ont également permis de définir le rôle des différentes HATs et HDACs dans le maintien de l’équilibre d’acétylation des histones. Dans l’ensemble, nous anticipons que les méthodes décrites dans cette thèse permettront de résoudre certains défis rencontrés dans l’étude de la chromatine. De plus, ces données apportent de nouvelles connaissances pour l’élaboration d’études génétiques et biochimiques utilisant S. pombe.

Effet des acides gras polyinsaturés EPA et DHA dans un modèle d’infarctus du myocarde

Plusieurs études montrent que les acides gras (AG) oméga-3 sont bénéfiques pour la santé cardiovasculaire. Une étude antérieure dans notre laboratoire a montré que l’administration des acides gras oméga-3 réduit la taille de l'infarctus du myocarde (IM). Cependant, la question demeure de savoir si les deux principaux acides gras oméga-3 à longue chaîne, l'acide eicosapentaénoïque (EPA) et l'acide docosahexaénoïque (DHA) possèdent la même efficacité à réduire la taille de l'infarctus. Le but de ce projet sera de déterminer l’efficacité relative de chacun de ces acides gras oméga-3 à protéger le cœur dans un modèle d’ischémie/reperfusion et d’étudier certaines voies de cardioprotection. Des rats mâles adultes Sprague-Dawley ont été nourris pendant 14 jours avec une diète comprenant l'un: 1- aucun AG oméga-3; 2- 5 g d'EPA / kg de nourriture; 3- 5 g de DHA / kg de nourriture; 4- 2,5 g de chaque oméga-3 AG / kg de nourriture; 5- 5 g chaque AG oméga-3 / kg de nourriture. Par la suite, les animaux ont été soumis à une ischémie pendant 40 minutes, causée par l'occlusion de l'artère coronaire gauche descendante. Au bout de 24 heures de reperfusion, la taille de l'infarctus est déterminée. Dans un sous-groupe d'animaux, l'activité d’Akt et des caspase-3 sont mesurées dans la région ischémique après 30 minutes de reperfusion. Finalement, à 15 minutes de reperfusion, l'ouverture du pore de transition de perméabilité mitochondriale mPTP est déterminée dans un autre sous-groupe. Les résultats indiquent que les diètes EPA ou DHA réduisent de manière significative la taille de l'infarctus par rapport à la diète sans AG oméga-3, tandis que la combinaison de deux acides gras oméga-3 n'a pas montré de diminution de la taille de l'infarctus. L'activité de la caspase-3 est réduite pour le groupe DHA puis, l'activité d'Akt est augmentée avec les diètes EPA et DHA seules. Finalement, en présence d’une diète enrichie uniquement de DHA, l'ouverture des mPTP est retardée comparativement aux autres diètes.

Hierarchical Object Recognition Using Libraries of Parameterized Model Sub-Parts

This thesis describes the development of a model-based vision system that exploits hierarchies of both object structure and object scale. The focus of the research is to use these hierarchies to achieve robust recognition based on effective organization and indexing schemes for model libraries. The goal of the system is to recognize parameterized instances of non-rigid model objects contained in a large knowledge base despite the presence of noise and occlusion. Robustness is achieved by developing a system that can recognize viewed objects that are scaled or mirror-image instances of the known models or that contain components sub-parts with different relative scaling, rotation, or translation than in models. The approach taken in this thesis is to develop an object shape representation that incorporates a component sub-part hierarchy- to allow for efficient and correct indexing into an automatically generated model library as well as for relative parameterization among sub-parts, and a scale hierarchy- to allow for a general to specific recognition procedure. After analysis of the issues and inherent tradeoffs in the recognition process, a system is implemented using a representation based on significant contour curvature changes and a recognition engine based on geometric constraints of feature properties. Examples of the system's performance are given, followed by an analysis of the results. In conclusion, the system's benefits and limitations are presented.

Finding Texture Boundaries in Images

Texture provides one cue for identifying the physical cause of an intensity edge, such as occlusion, shadow, surface orientation or reflectance change. Marr, Julesz, and others have proposed that texture is represented by small lines or blobs, called 'textons' by Julesz [1981a], together with their attributes, such as orientation, elongation, and intensity. Psychophysical studies suggest that texture boundaries are perceived where distributions of attributes over neighborhoods of textons differ significantly. However, these studies, which deal with synthetic images, neglect to consider two important questions: How can these textons be extracted from images of natural scenes? And how, exactly, are texture boundaries then found? This thesis proposes answers to these questions by presenting an algorithm for computing blobs from natural images and a statistic for measuring the difference between two sample distributions of blob attributes. As part of the blob detection algorithm, methods for estimating image noise are presented, which are applicable to edge detection as well.

Region-Based Feature Interpretation for Recognizing 3D Models in 2D Images

In model-based vision, there are a huge number of possible ways to match model features to image features. In addition to model shape constraints, there are important match-independent constraints that can efficiently reduce the search without the combinatorics of matching. I demonstrate two specific modules in the context of a complete recognition system, Reggie. The first is a region-based grouping mechanism to find groups of image features that are likely to come from a single object. The second is an interpretive matching scheme to make explicit hypotheses about occlusion and instabilities in the image features.

An Analysis of the Effect of Gaussian Error in Object Recognition

Object recognition is complicated by clutter, occlusion, and sensor error. Since pose hypotheses are based on image feature locations, these effects can lead to false negatives and positives. In a typical recognition algorithm, pose hypotheses are tested against the image, and a score is assigned to each hypothesis. We use a statistical model to determine the score distribution associated with correct and incorrect pose hypotheses, and use binary hypothesis testing techniques to distinguish between them. Using this approach we can compare algorithms and noise models, and automatically choose values for internal system thresholds to minimize the probability of making a mistake.

Alignment by Maximization of Mutual Information

A new information-theoretic approach is presented for finding the pose of an object in an image. The technique does not require information about the surface properties of the object, besides its shape, and is robust with respect to variations of illumination. In our derivation, few assumptions are made about the nature of the imaging process. As a result the algorithms are quite general and can foreseeably be used in a wide variety of imaging situations. Experiments are presented that demonstrate the approach registering magnetic resonance (MR) images with computed tomography (CT) images, aligning a complex 3D object model to real scenes including clutter and occlusion, tracking a human head in a video sequence and aligning a view-based 2D object model to real images. The method is based on a formulation of the mutual information between the model and the image called EMMA. As applied here the technique is intensity-based, rather than feature-based. It works well in domains where edge or gradient-magnitude based methods have difficulty, yet it is more robust than traditional correlation. Additionally, it has an efficient implementation that is based on stochastic approximation. Finally, we will describe a number of additional real-world applications that can be solved efficiently and reliably using EMMA. EMMA can be used in machine learning to find maximally informative projections of high-dimensional data. EMMA can also be used to detect and correct corruption in magnetic resonance images (MRI).

An Application of Augmented Reality (AR) in the Teaching of an Arc Welding Robot

Augmented Reality (AR) is an emerging technology that utilizes computer vision methods to overlay virtual objects onto the real world scene so as to make them appear to co-exist with the real objects. Its main objective is to enhance the user’s interaction with the real world by providing the right information needed to perform a certain task. Applications of this technology in manufacturing include maintenance, assembly and telerobotics. In this paper, we explore the potential of teaching a robot to perform an arc welding task in an AR environment. We present the motivation, features of a system using the popular ARToolkit package, and a discussion on the issues and implications of our research.

Tratamiento de la ulcera venosa con escleroespuma versus manejo conservador

La úlcera venosa es una revelación clínica severa de la insuficiencia venosa crónica. Es la causa del 54-76% de las úlceras venosas de miembros inferiores. La ciencia médica ha generado diversos procedimientos en el manejo de esta patología, es así como a partir de conocimientos en fisiopatología de la ulceración venosa, se han aplicado procedimientos como opción de tratamiento. Objetivos: Valorar si el uso de rutina de la oclusión endoluminal con espuma guiada por ecografía del sistema venoso superficial insuficiente, en adicción al manejo convencional de la ulcera venosa (vendaje no compresivo, gasa vaselinada y curaciones) podría mejorar la tasa de curación a las 24 semanas de tratamiento. Diseño: Estudio clínico aleatorizado prospectivo de pacientes de la consulta externa de cirugía vascular del Hospital Occidente de Kennedy-Bogotá, durante el 01 de junio del 2011 hasta el 30 junio del 2012. Métodos: Un total de 44 pacientes con ulcera activa que cumplieron criterios de selección ingresaron al estudio, correspondientes a 48 extremidades con clasificación CEAP (C6), los pacientes fueron a aleatorizados a manejo convencional (control) o con manejo adicional de oclusión endoluminal con espuma eco-guiada. El objetivo principal fue el cierre de la ulcera a las 24 semanas. Resultados: La Curación de la ulcera a las 24 semanas de la aleatorización fue de 20 (83.3%) extremidades del grupo de oclusión endoluminal con espuma eco-guiada Vs 3(12.5%) para el grupo de control P: 0.0005 Discusión: Las tasas de curación de la ulcera luego de la oclusión endoluminal con espuma eco-guiada es muy superior al manejo convencional con curaciones y vendaje no compresivo, las tasa de curación son tan altas como las reportadas con sistemas de alta compresión y cirugía a las 24 semanas. La oclusión endoluminal eco-guiada es segura, mínimamente invasiva y clínicamente efectiva.

Factores pronósticos en la agudeza visual final de pacientes con oclusión venosa retiniana tratados con terapia antiangiogénica

Objetivo: determinar los diferentes factores clínicos y de imagen pronósticos para la agudeza visual final a los 3, 6 y 12 meses en los pacientes con oclusiones venosas retinianas tratados con terapia antiangiogénica. Material y métodos: estudio longitudinal de una cohorte de 60 pacientes con oclusión venosa retiniana tratados con terapia antiangiogénica intravitrea con ranibizumab y bevacizumab tomados retrospectivamente entre 2010 y 2012. Posteriormente se realizó un estudio analítico de cohorte retrospectiva, para establecer la asociación y predicción de los cambios de la agudeza visual. Resultados: se encontró una diferencia estadísticamente significativa entre la línea base, 3, 6 y 12 meses post tratamiento. (p < 0.001, prueba de Friedman). En el modelo explicativo de los cambios de la agudeza visual a los 3, 6 y 12 meses con la línea base, se encontró asociación significativa la presencia de IS/OS a los 3 meses con los cambios de la agudeza visual a los 6 meses (r2=.232, p< 0.001) y a los 12 meses (r2=.506, p< 0.001), en este último también se encontró asociado el género masculino (r2=.277 p< 0.001). Tomando los valores de la agudeza visual a los 3,6 y 12 meses y como covariable la agudeza visual inicial se encontró asociación significativa en los tres momentos, 3 meses (r2=0.697, p< 0.001), 6 meses (r2=745, p< 0.001) y 12 meses y (r2=786, p< 0.001), se encontró asociación significativa el presentar oclusión venosa de rama comparada con oclusión central con los cambios de la agudeza visual a los 6 meses (r2=.662, p=0.04) Conclusión: la presencia de IS/OS a los 3 meses y la agudeza visual inicial tienen una alta capacidad predictora de la agudeza visual a los 6 y 12 meses, el género masculino tiene relación con mejoría de la agudeza visual final y la oclusión de rama tiene relación con la mejoría de la agudeza visual a 6 meses.

Grados altos en la Escala de Fisher predicen el desarrollo de hidrocefalia en pacientes con hemorragia subaracnoidea espontanea

Objetive. To determine if high grades of Fisher scale are useful to predict the development of hydrocephalus in consecutive Colombian patients with spontaneous subarachnoid hemorrhage (SAH) assessed from January 2005 to April 2012 with 12 month follow-up. Methods. 251 patients were included in a restrospective manner. The association between Fisher scale and hydrocephalus was analyzed bivariate and multivariate analysis. In addition, a systematic literature review (SLR) was done. Results. In our cohort of patients, the etiology of SAH was due to aneurysms; 78,5%. The prevalence of hydrocephalus was found to be of 27,1%. Overall survival with a 12 month follow-up was of 65,7%. Average age of included patients was 55,5 ± 15 years, and most of them were women; 65,7%. Having Fisher 4 and Hunt-Hess III are significantly associated with hydrocephalus: adjusted OR: 2.93 95% CI: 1.51-5.65, P <0.001, adjusted OR: 2.83 95% CI: 1.31-6.17 P=0.008 respectively. The SRL showed an overall prevalence of hydrocephalus between 17 and 68% and mortality varied between 3.0% and 33%. 50% of the included studies significantly associated intraventricular hemorrhage ( Fisher 4) with hydrocephalus. Conclusion. Our results confirm current concepts on post-SAH hydrocephalus and the fact that is obstructive and secondary to Fisher 4 and having neurological impairment on admission (Hunt and Hess III).