Evolution of Genetic Techniques: Past, Present, and Beyond.

Genetics is the study of heredity, which means the study of genes and factors related to all aspects of genes. The scientific history of genetics began with the works of Gregor Mendel in the mid-19th century. Prior to Mendel, genetics was primarily theoretical whilst, after Mendel, the science of genetics was broadened to include experimental genetics. Developments in all fields of genetics and genetic technology in the first half of the 20th century provided a basis for the later developments. In the second half of the 20th century, the molecular background of genetics has become more understandable. Rapid technological advancements, followed by the completion of Human Genome Project, have contributed a great deal to the knowledge of genetic factors and their impact on human life and diseases. Currently, more than 1800 disease genes have been identified, more than 2000 genetic tests have become available, and in conjunction with this at least 350 biotechnology-based products have been released onto the market. Novel technologies, particularly next generation sequencing, have dramatically accelerated the pace of biological research, while at the same time increasing expectations. In this paper, a brief summary of genetic history with short explanations of most popular genetic techniques is given.

The striatal long noncoding RNA Abhd11os is neuroprotective against an N-terminal fragment of mutant huntingtin in vivo.

A large number of gene products that are enriched in the striatum have ill-defined functions, although they may have key roles in age-dependent neurodegenerative diseases affecting the striatum, especially Huntington disease (HD). In the present study, we focused on Abhd11os, (called ABHD11-AS1 in human) which is a putative long noncoding RNA (lncRNA) whose expression is enriched in the mouse striatum. We confirm that despite the presence of 2 small open reading frames (ORFs) in its sequence, Abhd11os is not translated into a detectable peptide in living cells. We demonstrate that Abhd11os levels are markedly reduced in different mouse models of HD. We performed in vivo experiments in mice using lentiviral vectors encoding either Abhd11os or a small hairpin RNA targeting Abhd11os. Results show that Abhd11os overexpression produces neuroprotection against an N-terminal fragment of mutant huntingtin, whereas Abhd11os knockdown is protoxic. These novel results indicate that the loss lncRNA Abhd11os likely contribute to striatal vulnerability in HD. Our study emphasizes that lncRNA may play crucial roles in neurodegenerative diseases.

Mediterranean diet and risk of endometrial cancer: a pooled analysis of three italian case-control studies.

BACKGROUND: Some components of the Mediterranean diet have favourable effects on endometrial cancer, and the Mediterranean diet as a whole has been shown to have a beneficial role on various neoplasms. METHODS: We analysed this issue pooling data from three case-control studies carried out between 1983 and 2006 in various Italian areas and in the Swiss Canton of Vaud. Cases were 1411 women with incident, histologically confirmed endometrial cancer, and controls were 3668 patients in hospital for acute diseases. We measured the adherence to the Mediterranean diet using a Mediterranean Diet Score (MDS), based on the nine dietary components characteristics of this diet, that is, high intake of vegetables, fruits/nuts, cereals, legumes, fish; low intake of dairy products and meat; high monounsaturated to saturated fatty acid ratio; and moderate alcohol intake. We estimated the odds ratios (OR) and the corresponding 95% confidence intervals (CI) for increasing levels of the MDS (varying from 0, no adherence, to 9, maximum adherence) using multiple logistic regression models, adjusted for major confounding factors. RESULTS: The adjusted OR for a 6-9 components of the MDS (high adherence) compared with 0-3 (low adherence) was 0.43 (95% CI 0.34-0.56). The OR for an increment of one component of MDS diet was 0.84 (95% CI 0.80-0.88). The association was consistent in strata of various covariates, although somewhat stronger in older women, in never oral contraceptive users and in hormone-replacement therapy users. CONCLUSIONS: Our study provides evidence for a beneficial role of the Mediterranean diet on endometrial cancer risk, suggesting a favourable effect of a combination of foods rich in antioxidants, fibres, phytochemicals, and unsaturated fatty acids.

Effects of Dietary Fat Oxidation Products and Flavonols on Lipoprotein Oxidation

Various studies suggest that oxidative modifications of low density lipoprotein (LDL), and also other lipoproteins, have an important role in the development of atherosclerosis. In addition to the oxidation products formed endogenously, oxidised triacylglycerols (TAG) and oxysterols in the diet contribute to the oxidised lipoproteins found in circulation. However, studies on both the effect of oxidised dietary lipids on lipoprotein lipid oxidation and the reactions that modify oxidised fat after ingestion have been scarce. Studies on the effects of dietary antioxidants on the lipid oxidation in vivo and the risk of atherosclerosis have been inconclusive. More clinical trials are needed to test the importance of lipoprotein oxidation as a cardiovascular risk factor in humans. In the recent years, various methods have been optimised and applied to the analysis of lipid oxidation products in vivo, and information on the molecular structures of oxidised lipids in plasma, lipoproteins and atherosclerotic plaques has started to accumulate. However, specific structures of oxidised TAG molecules present in these tissues and lipoprotein fractions have not been investigated earlier. In the orginal research in this thesis, an approach based on highperformance liquid chromatographyelectrospray ionisationmass spectrometry (HPLCESIMS) and baseline diene conjugation (BDC) methods was used in order to investigate lipid oxidation level and oxidised TAG molecular structures in pig and human lipoproteins after dietary interventions. The approach was optimised with human LDL samples, which contained various oxidation products of TAG. LDL particles of hyperlipidaemic subjects contained an elevated amount of conjugated dienes. In the pig studies, several oxidised TAG structures with hydroxy, keto, epoxy or aldehydic groups were found in chylomicrons and VLDL after diets rich in sunflower seed oil. Also, the results showed that oxidised sunflower seed oil increased the oxidation of lipoprotein lipids and their TAG molecules. TAG hydroperoxides could be detected neither in the small intestinal mucosa of the pigs fed on the oxidised oil nor in their chylomicrons or VLDL.6 In the clinical studies, dietary flavonol aglycones extracted from sea buckthorn berries did not have an effect on lipoprotein lipid oxidation and other potential risk factors of atherosclerosis, but their absorption was demonstrated. Oil supplementation seemed to increase the bioavailability of the flavonols. Oxidised TAG molecules were detected in LDL particles of the subjects after both flavonol and control diets.

Viscosity of beta-glucan in oat products

Selostus: Kauran beetaglukaanin viskositeetti kauratuotteissa

Role of lipid reactions in quality of oat products

Selostus: Rasvojen reaktiot prosessoiduissa kauratuotteissa

Investigation of defect formation and electronic transport in microcrystalline silicon deposited by hot-wire CVD

We have investigated doped and undoped layers of microcrystalline silicon prepared by hot-wire chemical vapour deposition optically, electrically and by means of transmission electron microscopy. Besides needle-like crystals grown perpendicular to the substrate's surface, all of the layers contained a noncrystalline phase with a volume fraction between 4% and 25%. A high oxygen content of several per cent in the porous phase was detected by electron energy loss spectrometry. Deep-level transient spectroscopy of the crystals suggests that the concentration of electrically active defects is less than 1% of the undoped background concentration of typically 10^17 cm -3. Frequency-dependent measurements of the conductance and capacitance perpendicular to the substrate surface showed that a hopping process takes place within the noncrystalline phase parallel to the conduction in the crystals. The parasitic contribution to the electrical circuit arising from the porous phase is believed to be an important loss mechanism in the output of a pin-structured photovoltaic solar cell deposited by hot-wire CVD.

Assessment of critical competences required in managing end-user driven businesses in a global forest products compa

Työn pääasiallisena tavoitteena on selvittää ydinosaamista, jota tarvitaan kansainvälisen metsäteollisuusyrityksen loppukäyttäjävetoisessa liiketoiminnassa. Lisäksi tavoitteena on laatia kompetenssimalli, jota voidaan käyttää mm. rekrytoinnissa, koulutuksen ja työnkierron suunnittelussa. Tarkoituksena on tarkastella sekä tällä hetkellä että tulevaisuudessa tarvittavia ydinosaamisia. Työ keskittyy myyntihenkilöiden kompetenssien kuvaamiseen. Kirjallisuuden ja asiantuntijoiden haastattelujen avulla on selvitetty. kompetensseihin liittyviä asioita ja käsitteitä, kuten organisaation oppiminen, innovaatiot sekä asiakaslähtöisyys. Tämän jälkeen on kartoitettu case-yrityksen kartonkiyksikön myyntihenkilökunnan kompetensseja. Kompetenssikartoitus on tehty teemahaastattelujen avulla sekä lisäksi on käytetty työn aikana laadittua kompetenssimatriisia. Saatuja tuloksia on verrattu yhden asiakkaan näkemyksiin. Tulosten mukaan kolme tärkeintä tämän hetken kompetenssia ovat: holistinen näkemys asioista, suhteiden rakentaminen ja kielitaito. Tulevaisuuden tärkeimpiä kompetensseja puolestaan ovat: asiakaslähtöisyys, sähköinen kaupankäynti ja suhteiden rakentaminen. Lopuksi on käsitelty yleisiä metsäteollisuuden tulevaisuuden haasteita sekä annettu joitain kehitysideoita kompetenssien kehittämistä varten.

Sähköisen kaupan hankkeen arviointi rakennustuoteyrityksessä

Tämän diplomityön tavoitteena on arvioida rakennustuoteyrityksessä toteutetun yksityisen sähköisen kauppapaikan hyötyjä ja kustannuksia. Toisena tavoitteena on vertailla yksityisen kauppapaikan ja rakennusalan yhteisen BuildForum-kauppapaikan soveltuvuutta yrityksen e-kaupparatkaisuksi. Liiketoiminnan keskeisin tavoite on kannattavuus, mihin vaikuttavia tekijöitä ovat toimialarakenne ja kilpailuetu, johon strategialla pyritään. Sähköinen kauppa on sähköisen liiketoiminnan osa-alue yrityksen ja asiakkaan rajapinnassa ja se voidaan jakaa markkinointi-, rahoitus-, tilaus- ja toimituskanavaan. Sähköinen kauppa vaikuttaa kumpaankin kannattavuuden osatekijään. Strategian keskeisiä elementtejä ovat asiakkaalle tuotettu arvo ja sen tuottamisen aiheuttamat kustannukset. Molemmat ovat seurausta yrityksen arvoketjussa suoritetuista toiminnoista. E-kauppahanke vaikuttaa tarkasteltavan yrityksen arvoketjussa eniten myynti- ja markkinointitoimintoihin, erityisesti tilaus-toimitusprosessiin. Johtopäätöksenä sähköinen kaupankäynti nopeuttaa tilauksenkäsittelyä, vähentää siinä syntyviä virheitä, sekä kyselyjä tarjoten tietoa itsepalveluna verkossa. Tällöin e-kauppa sekä kasvattaa asiakkaalle tuotettua arvoa että alentaa kustannuksia. Toimialarakenteen säilyessä ennallaan hankkeen kokonaisvaikutus yrityksen kannattavuuteen on positiivinen. Myös investointilaskelma osoittaa hankkeen olevan kannattava. Tarkasteltavan yrityksen tuotteiden räätälöintiaste on korkea, minkä vuoksi vain harvat tuotteet soveltuvat standardimaiseen kaupankäyntiin BuildForum-kauppapaikan kautta. Yrityksellä voidaankin ajatella olevan erityisasema yksityisen kauppapaikan ylläpitämiseen. Kaiken kaikkiaan e-kaupan osuus yrityksessä jää kuitenkin rajalliseksi ja asian-tuntevien myyjien asema on jatkossakin merkittävä.

Sähköisen liiketoiminnan kehittäminen konsernitasolla

This thesis studies the transformation to utilizing e-business in corporate business activities. This transformation is called e-transformation. The transformation requires changes in both the IT infrastructure, as in the way things are done within the company. In this thesis the most focal needs for change are evaluated and solutions are suggested for the utilization of e-business at the corporate level. E-business sets demands to the corporate level management of customers, users and products. Also new kinds of demands are set to the IT systems used. A major practical problem in e-transformation is the growing need for the integration of corporate databases and information systems. In this thesis methods are sought to perform this integration. As an example, the challenges relating to the development of a CRM-system were examined. In this thesis the aim was to develop a model for an electronic portal with the help of which centralized electronic services can be offered to customers. In addition to the developed model, possible development phases were studied in the transformation to a portal as well as presenting a model of a multilevel portal.

Supplier Evaluation on the Standard Material and Component Markets in the Electronic Manufacturing Equipment Industry

Työn tavoitteena oli arvioida ja selvittää toimittajasuhteeseen vaikuttavia tekijöitä JOT Automation Group Oyj.n ja sen alihankkijoiden välisessä yhteistyössä ja muodostaa yrityksen kilpailukykyä parantava toimittaja-arviointiprosessi. Työssä keskityttiin tarkastelemaan yleisillä materiaali- ja komponenttimarkkinoilla toimivia toimittajia elektroniikkateollisuuden tuotantojärjestelmien valmistuksessa. Ensin tutustuttiin toimittajasuhdetta ja sen arviointia käsitelleeseen kirjallisuuteen. Teorian tueksi tehtiin haastatteluja ja kartoitettiin ensisijaisia tarpeita ja tavoitteita arviointiprosessille. Valmis prosessi testattiin käytännössä kahden eri case-esimerkin avulla. Prosessista muodostui kahteen eri työkaluun jakautunut kokonaisuus, joista auditointi arvioi toimittajan kyvykkyyttä vastatta sille asetettuihin vaatimuksiin. Toimittajan suorituskyvyn mittaaminen puolestaan testaa ja vertaa jatkuvasti toiminnan todellista tasoa auditoinnissa saatuihin tuloksiin. Työ sisältää selvityksen ja ohjeistuksen toimittaja-arviointiprosessin käytöstä. Prosessin käyttö alentaa toimittajaan kohdistuvaa materiaalien saatavuuteen ja hankintaan liittyviä riskejä. Esimerkeistä saadut kokemukset osoittivat, että prosessin avulla päästään pureutumaan tärkeisiin ydinalueisiin ja kehittämään niitä sekä toimittajalle, että ostajayritykselle edullisella tavalla. Toimittaja-arviointiprosessista kehittyy toimintatapa yrityksen ja sen toimittajan välisen suhteen ylläpitämiseksi.

RF Field Immunity of a Network Terminating Unit at Over One Gigaherz Frequencies

Työssä tutkitaan telepäätelaitteen yli gigahertsin taajuisen säteilevän RF kentän sietoisuutta. Mittauksissa testattava laite on Tellabs Oy:n valmistaman CTU modeemin tuotekehitysversio. Teoriaosassa käydään läpi sähkömagneettisten aaltojen teoriaa, sekä säteilevän RF kentän aiheuttamien sähkömagneettiset häiriöiden syntymekanismeja. Myös säteilevien häiriöiden EMC mittauksiin tarvittavien mittalaitteiden tärkeimmät ominaisuudet esitellään, sekä pohditaan yli gigahertsin taajuuksille sopivien EMC mittalaitteiden vaatimuksia. EMC standardit eivät tällä hetkellä aseta vaatimuksia telelaitteiden RF kentän sietoisuudelle yli gigahertsin taajuudella. Tämän vuoksi työssä käsitellään myös todennäköisimpiä häiriölähteitä tällä taajuusalueella. Mittauksissa tutkittiin CTU:n RF kentän sietoisuutta taajuusalueella l - 4.2 GHz. Mittaukset suoritettiin sekä radiokaiuttomassa kammiossa että GTEM solussa. Myös metallisten lisäsuojien vaikutusta CTU:n kentänsietoisuuteen tutkittiin GTEM solussa.

Enterprise Portal as a Knowledge Management Tool in a Global Forest Products Company

Tietojohtaminen on osoittautunut nykypäivänä organisaatioiden yhdeksi suurimmaksi haasteeksi. Haasteena ei vain ole se tiedon määrä mitä tulisi hallita, vaan pikemminkin tiedonhallinta toimii yritykselle kilpailuetuna globaalissa yritysmaailmassa. Tämän työn tavoitteena on tutkia yritysportaalin soveltuvuutta tiedonhallintaan globaalissa metsäteollisuusyrityksessä. Lisäksi tavoitteena on selvittää portaalin sovittamista kullekin käyttäjäryhmälle case yrityksessä. Työn teoriaosassa on käsitelty tiedonhallinnan monimuotoisuutta ja vaikeutta kuvata sitä yksiselitteisesti. Lisäksi käyttäjäryhmien ja käyttäjäprofiilien määrittämiseen vaikuttavia seikkoja on selvitetty tässä osassa. Empiirinen osa käsittelee case-yritystä ja sen suhdetta tiedonhallintaan sekä tämän kaltaisen tiedonhallinnan työvälineen käyttöön. Työstä saatujen tulosten perusteella voidaan todeta yritysportaalin soveltuvan hyvin tiedonhallintaan monimutkaisessakin yrityksessä. Portaali muuttaa yrityksen liiketoimintaprosesseja läpinäkyvämmiksi, kun bisneskriittistä tietoa tarjotaan yhdessä paikassa.

Natural Products from Antarctic Colonial Ascidians of the Genera Aplidium and Synoicum: Variability and Defensive Role

Ascidians have developed multiple defensive strategies mostly related to physical, nutritional or chemical properties of the tunic. One of such is chemical defense based on secondary metabolites. We analyzed a series of colonial Antarctic ascidians from deep-water collections belonging to the genera Aplidium and Synoicum to evaluate the incidence of organic deterrents and their variability. The ether fractions from 15 samples including specimens of the species A. falklandicum, A. fuegiense, A. meridianum, A. millari and S. adareanum were subjected to feeding assays towards two relevant sympatric predators: the starfish Odontaster validus, and the amphipod Cheirimedon femoratus. All samples revealed repellency. Nonetheless, some colonies concentrated defensive chemicals in internal body-regions rather than in the tunic. Four ascidian-derived meroterpenoids, rossinones B and the three derivatives 2,3-epoxy-rossinone B, 3-epi-rossinone B, 5,6-epoxy-rossinone B, and the indole alkaloids meridianins A-G, along with other minoritary meridianin compounds were isolated from several samples. Some purified metabolites were tested in feeding assays exhibiting potent unpalatabilities, thus revealing their role in predation avoidance. Ascidian extracts and purified compound-fractions were further assessed in antibacterial tests against a marine Antarctic bacterium. Only the meridianins showed inhibition activity, demonstrating a multifunctional defensive role. According to their occurrence in nature and within our colonial specimens, the possible origin of both types of metabolites is discussed.