Designing a modular, open and expandable Bluetooth-platform

Lähitulevaisuudessa langattomien järjestelmien kaupalliset mahdollisuudet tulevat olemaan valtavia. Tutkiaksemme tulevia tarpeita, tässä diplomityössä esitellään kuinka voidaan suunnitella ja toteuttaa avoin langaton asiakas-palvelin järjestelmä. Järjestelmänä päätettiin käyttää Bluetooth:ia. Tutkituista langattomista standardeista Bluetooth sopii parhaiten akkukäyttöiselle laitteelle, jonka tulee olla monipuolinen. Lisäksi Bluetooth:iin on liitetty suuria kaupallisia odotuksia ja yksi työn tavoitteista olikin tutkia, ovatko nämä odotukset realistisia. Bluetooth:iin havaittiin liittyvän paljon ylimainontaa ja, sen todettiin olevan monimutkainen. Sillä on kuitenkin paljon ominaisuuksia ja erilaisten käyttöprofiilien avulla sitä voidaan käyttää monenlaisiin tehtäviin. Suunniteltu järjestelmä ajaa socket-palvelinta Bluetooth-yhteyden päällä. Tietyntyyppiseen liikenteeseen erikoistuneet socket:t tarjoavat vaaditun laajennattavuuden. Palvelin toteutetiin Linux-säikeenä ja se hallitsee Bluetooth protokollapinoa sekä sovelluksia, joita suoritetaan palvelimella. Näiden sovelluksien palvelut ovat muiden käytössä Bluetooth:n kautta.

Genetic consequences of population expansions and contractions in the common hippopotamus (Hippopotamus amphibius) since the Late Pleistocene.

Over the past two decades, an increasing amount of phylogeographic work has substantially improved our understanding of African biogeography, in particular the role played by Pleistocene pluvial-drought cycles on terrestrial vertebrates. However, still little is known on the evolutionary history of semi-aquatic animals, which faced tremendous challenges imposed by unpredictable availability of water resources. In this study, we investigate the Late Pleistocene history of the common hippopotamus (Hippopotamus amphibius), using mitochondrial and nuclear DNA sequence variation and range-wide sampling. We documented a global demographic and spatial expansion approximately 0.1-0.3 Myr ago, most likely associated with an episode of massive drainage overflow. These events presumably enabled a historical continent-wide gene flow among hippopotamus populations, and hence, no clear continental-scale genetic structuring remains. Nevertheless, present-day hippopotamus populations are genetically disconnected, probably as a result of the mid-Holocene aridification and contemporary anthropogenic pressures. This unique pattern contrasts with the biogeographic paradigms established for savannah-adapted ungulate mammals and should be further investigated in other water-associated taxa. Our study has important consequences for the conservation of the hippo, an emblematic but threatened species that requires specific protection to curtail its long-term decline.

MorphoGraphX: A platform for quantifying morphogenesis in 4D.

Morphogenesis emerges from complex multiscale interactions between genetic and mechanical processes. To understand these processes, the evolution of cell shape, proliferation and gene expression must be quantified. This quantification is usually performed either in full 3D, which is computationally expensive and technically challenging, or on 2D planar projections, which introduces geometrical artifacts on highly curved organs. Here we present MorphoGraphX ( www.MorphoGraphX.org), a software that bridges this gap by working directly with curved surface images extracted from 3D data. In addition to traditional 3D image analysis, we have developed algorithms to operate on curved surfaces, such as cell segmentation, lineage tracking and fluorescence signal quantification. The software's modular design makes it easy to include existing libraries, or to implement new algorithms. Cell geometries extracted with MorphoGraphX can be exported and used as templates for simulation models, providing a powerful platform to investigate the interactions between shape, genes and growth.

A common BACE1 polymorphism is a risk factor for sporadic Creutzfeldt-Jakob disease

The β site APP cleaving enzyme 1 (BACE1) is the rate-limiting β-secretase enzyme in the amyloidogenic processing of APP and Aβ formation, and therefore it has a prominent role in Alzheimer"s disease (AD) pathology. Recent evidence suggests that the prion protein (PrP) interacts directly with BACE1 regulating its β-secretase activity. Moreover, PrP has been proposed as the cellular receptor involved in the impairment of synaptic plasticity and toxicity caused by Aβ oligomers. Provided that common pathophysiologic mechanisms are shared by Alzheimer"s and Creutzfeldt-Jakob (CJD) diseases, we investigated for the first time to the best of our knowledge a possible association of a common synonymous BACE1 polymorphism (rs638405) with sporadic CJD (sCJD). Our results indicate that BACE1 C-allele is associated with an increased risk for developing sCJD, mainly in PRNP M129M homozygous subjects with early onset. These results extend the very short list of genes (other than PRNP) involved in the development of human prion diseases; and support the notion that similar to AD, in sCJD several loci may contribute with modest overall effects to disease risk. These findings underscore the interplay in both pathologies of APP, Aβ oligomers, ApoE, PrP and BACE1, and suggest that aging and perhaps vascular risk factors may modulate disease pathologies in part through these key players

Asiantuntijapalvelun suunnittelu ohjelmistotuotteelle

Diplomityössä selvitettiin asiantuntijapalvelujen suunnittelu- ja tuotteistusprosessia ohjelmistotuotteille. Tavoitteena oli muodostaa malli, jonka pohjalta palvelusuunnittelua pystytään vakioimaan ja tehostamaan. Työn teoriaosuudessa käsitellään palveluja ja niiden ominaispiirteitä. Lisäksi tutkitaan näiden ominaispiirteiden aiheuttamia haasteita palvelujen suunnittelulle, tuotannolle ja markkinoinnille. Suunnitteluun ja tuotteistukseen liittyvät tekijät käydään myöskin läpi.Käytännön osuudessa käydään läpi suunnittelun ja tuotteistuksen vaiheet yleisesti ottamatta kantaa mihinkään erityiseen palveluun. Näitä hyväksikäyttäen suunnitellaan tuki- ja ongelmanratkaisupalvelu keskisuuren yrityksen edustamalle palvelinohjelmistotuotteelle. Työn tuloksena on yksityiskohtainen kuvaus asiantuntijapalveluiden suunnitteluun ja tuotteistukseen liittyvistä vaiheista. Yhtenä työn keskeisimmistä johtopäätöksistä voidaan todeta, että tehokkaalla palvelusuunnittelulla ja tuotteistuksella voidaan parantaa palveluiden laatua, edesauttaa resurssien tehokkaampaa käyttöä ja helpottaa palveluiden myyntiä ja markkinointia. Ei myöskään riitä, että itse palvelut on hyvin suunniteltu, vaan palveluiden suunnittelu- ja tuotteistusprosessien on oltava hyvin suunniteltu ja dokumentoitu. Näin mahdollistetaan asiantuntijayrityksen tehokas toiminta.

Remote File Access with Wireless Symbian Devices

Erilaisten langattomien päätelaitteiden kuten älypuhelimien ja kommunikaattoreiden määrän lisääntyessä myös kiinnostus liikkuville käyttäjille lisäarvoa tuottavia verkkopalveluita ja -sovelluksia kohtaan kasvaa. Työn tarkoituksena oli tutkia kuinka langattomat Symbianin käyttöjärjestelmää käyttävät laitteet voivat hyödyntää verkkotiedostoja. Työssä arvioitiin eri tiedostojenjakoprotokollien käytettävyyttä langattomissa verkoissa, määriteltiin etätiedostoyhteyden Symbian-alustalle tarjoavan ohjelmiston vaatimukset ja tehtiin alustava suunnitelma ohjelmiston toteuttamiseksi. Läpinäkyvä tiedostojen etäkäyttö vaatii tiedostojenjakoprotokollan toteuttamista sovelluksille yhteisen tiedostosaantimekanismin alle. Tiedostojen etäkäyttö voi perustua eri tiedostojenjakoprotokolliin kuten IP:n päällä toimiviin NFS:ään tai CIFS:ään. Langattomuuden aiheuttamat rajoitukset laitteissa ja tiedonsiirrossa saattavat vähentää sovellutuksen käytettävyyttä ja on huomioitava ohjelmistoa toteutettaessa. Symbian-alusta perustuu asiakas-palvelin arkkitehtuuriin, jossa asiakassovellukset käyttävät tiedostopalveluita yhteisen tiedostopalvelimen kautta. Etätiedostoyhteys on mahdollista toteuttaa liittämällä uusi kirjastomoduuli tiedostopalvelimeen. Protokollan toteuttavan moduulin on muunnettava protokollan viestit tiedostopalvelimelle sopiviksi huolehtien samalla muista samanaikaisista tiedostotapahtumista. Suunniteltu moduulin arkkitehtuuri mahdollistaa eri protokollavaihtoehtojen käyttämisen etätiedostoyhteyden toteuttamiseen.

Oliopohjaisen sähköisen kaupankäynnin järjestelmän suunnittelu ja mallinnus

Sähköinen kaupankäynti (electronic commerce, EC) on jatkuvasti ja nopeasti kasvava liiketoiminnan muoto. Suurten yritysten välistä sähköistä kaupankäyntiä, EDI:ä, on harjoitettu jo noin kaksikymmentä vuotta, mutta aivan viime vuosina sähköisen kaupankäynnin suosio on kokenut räjähdysmäisen kasvun sen siirryttyä yhä kevyemmille markkinoille, pienyritysten ja jopa yksityisten kuluttajien käytettäväksi. Perinteisen EDI:n järjestelmät ovat kuitenkin suuria, raskaita ja ne kykenevät huonosti tarjoamaan nykyaikaisen sähköisen kaupankäynnin vaatimia toimintoja. Tässä on tarkoituksena esittää malli uudelle, tehokkaammalle järjestelmälle. Tavoitteena on luotettava, helposti ylläpidettävä ja suorituskyvyltään sekä ominaisuuksiltaan skaalautuva järjestelmä. Koko järjestelmä toteutetaan käyttäen oliokeskeisiä menetelmiä. Järjestelmän perustana käytetään yleistä hajautettua komponentti-arkkitehtuuria. Työn tuloksena esitetään periaatteeltaan toteuttamiskelpoinen malli nykyaikaisesta sähköisen kaupankäynnin järjestelmästä. Malli mahdollistaa tehokkaan toiminnallisuuden hajauttamisen ja tehokkaan, hyvin määritellyn liitynnän eri sovellusjärjestelmien kanssa. Tämä toteutetaan rakentamalla koko järjestelmä CORBA-arkkitehtuurin ympärille.

Integrating Socket Server to the Workstation Environment of Series 40 Platform

Shortening development times of mobile phones are also accelerating the development times of mobile phone software. New features and software components should be partially implemented and tested before the actual hardware is ready. This brings challenges to software development and testing environments, especially on the user interface side. New features should be able to be tested in an environment, which has a look and feel like a real phone. Simulation environments are used to model real mobile phones. This makes possible to execute software in a mobile phone that does not yet exist. The purpose of this thesis is to integrate Socket Server software component to Series 40 simulation environments on Linux and Windows platforms. Socket Server provides TCP/IP connectivity for applications. All other software and hardware components below Socket Server do not exist in simulation environments. The scope of this work is to clarify how that can be done without connectivity problems, including design, implementation and testing phases.

Randomization tests for ABAB designs: Comparing-data-division-specific and common distributions

Monte Carlo simulations were used to generate data for ABAB designs of different lengths. The points of change in phase are randomly determined before gathering behaviour measurements, which allows the use of a randomization test as an analytic technique. Data simulation and analysis can be based either on data-division-specific or on common distributions. Following one method or another affects the results obtained after the randomization test has been applied. Therefore, the goal of the study was to examine these effects in more detail. The discrepancies in these approaches are obvious when data with zero treatment effect are considered and such approaches have implications for statistical power studies. Data-division-specific distributions provide more detailed information about the performance of the statistical technique.

Platform Architectures for Policy-Based Network Access Control

Tämä diplomityö käsittelee sääntöpohjaisen verkkoon pääsyn hallinnan (NAC) ratkaisuja arkkitehtonisesta näkökulmasta. Työssä käydään läpi Trusted Computing Groupin, Microsoft Corporationin, Juniper Networksin sekä Cisco Systemsin NAC-ratkaisuja. NAC koostuu joukosta uusia sekä jo olemassa olevia teknologioita, jotka auttavat ennalta määriteltyyn sääntökantaan perustuen hallitsemaan suojattuun verkkoon pyrkivien laitteiden tietoliikenneyhteyksiä. Käyttäjän tunnistamisen lisäksi NAC pystyy rajoittamaan verkkoon pääsyä laitekohtaisten ominaisuuksien perusteella, esimerkiksi virustunnisteisiin ja käyttöjärjestelmäpäivityksiin liittyen ja paikkaamaan tietyin rajoituksin näissä esiintyviä puutteita verkkoon pääsyn sallimiseksi. NAC on verraten uusi käsite, jolta puuttuu tarkka määritelmä. Tästä johtuen nykymarkkinoilla myydään ominaisuuksiltaan puutteellisia tuotteita NAC-nimikkeellä. Standardointi eri valmistajien NAC-komponenttien yhteentoimivuuden takaamiseksi on meneillään, minkä perusteella ratkaisut voidaan jakaa joko avoimia standardeja tai valmistajakohtaisia standardeja noudattaviksi. Esitellyt NAC-ratkaisut noudattavat standardeja joko rajoitetusti tai eivät lainkaan. Mikään läpikäydyistä ratkaisuista ei ole täydellinen NAC, mutta Juniper Networksin ratkaisu nousee niistä potentiaalisimmaksi jatkokehityksen ja -tutkimuksen kohteeksi TietoEnator Processing & Networks Oy:lle. Eräs keskeinen ongelma NAC-konseptissa on työaseman tietoverkolle toimittama mahdollisesti valheellinen tietoturvatarkistuksen tulos, minkä perusteella pääsyä osittain hallitaan. Muun muassa tähän ongelmaan ratkaisuna voisi olla jo nykytietokoneista löytyvä TPM-siru, mikä takaa tiedon oikeellisuuden ja koskemattomuuden.

Impact of common risk factors of fibrosis progression in chronic hepatitis C.

OBJECTIVE: The natural course of chronic hepatitis C varies widely. To improve the profiling of patients at risk of developing advanced liver disease, we assessed the relative contribution of factors for liver fibrosis progression in hepatitis C. DESIGN: We analysed 1461 patients with chronic hepatitis C with an estimated date of infection and at least one liver biopsy. Risk factors for accelerated fibrosis progression rate (FPR), defined as ≥0.13 Metavir fibrosis units per year, were identified by logistic regression. Examined factors included age at infection, sex, route of infection, HCV genotype, body mass index (BMI), significant alcohol drinking (≥20 g/day for ≥5 years), HIV coinfection and diabetes. In a subgroup of 575 patients, we assessed the impact of single nucleotide polymorphisms previously associated with fibrosis progression in genome-wide association studies. Results were expressed as attributable fraction (AF) of risk for accelerated FPR. RESULTS: Age at infection (AF 28.7%), sex (AF 8.2%), route of infection (AF 16.5%) and HCV genotype (AF 7.9%) contributed to accelerated FPR in the Swiss Hepatitis C Cohort Study, whereas significant alcohol drinking, anti-HIV, diabetes and BMI did not. In genotyped patients, variants at rs9380516 (TULP1), rs738409 (PNPLA3), rs4374383 (MERTK) (AF 19.2%) and rs910049 (major histocompatibility complex region) significantly added to the risk of accelerated FPR. Results were replicated in three additional independent cohorts, and a meta-analysis confirmed the role of age at infection, sex, route of infection, HCV genotype, rs738409, rs4374383 and rs910049 in accelerating FPR. CONCLUSIONS: Most factors accelerating liver fibrosis progression in chronic hepatitis C are unmodifiable.