Mini-STRs em genética forense

A análise do ADN baseada nos STRs (Short Tandem Repeats) tem provado ser uma ferramenta extremamente útil em estudos forenses. A aplicação dos multiplex de STRs resulta em perfis genéticos completos, para a maior parte das amostras, desde que contenham uma quantidade apreciável de ADN. Contudo, em amostras com ADN degradado, a análise tornase mais complicada, uma vez que os STRs com maior peso molecular (acima dos 250 pb), podem não ser amplificados nestas condições. Como a metodologia de Mini-STRs não estava, ainda, implementada nos Laboratórios Forenses portugueses, o objectivo principal deste estudo consistiu na aplicação de um multiplex, designado por Mini-SGM, que contém os marcadores TH01, FGA, D18S51, D16S359, D2S1338 e a Amelogenina, para implementação na prática forense, tendo os resultados sido comparados com a metodologia de rotina. O trabalho experimental teve início com um estudo populacional, que compreendeu uma amostra de 110 indivíduos de origem portuguesa, não relacionados e uma amostra de 52 indivíduos, não relacionados, oriundos de Cabo Verde, encontrando-se, ambas as populações, em Equilíbrio de Hardy-Weinberg, excepto para o locus D18S51, na população portuguesa e o locus D2S1338 na população de origem africana. Em relação aos parâmetros estatísticos forenses, este estudo demonstrou que o poder de discriminação varia entre 0,903 e 0,959, para a população portuguesa, e entre 0,908 e 0,958, para a população de Cabo Verde. Após o estudo populacional, foram analisados 39 casos forenses, devidamente anonimizados, da casuística do Serviço de Genética e Biologia Forense da Delegação de Lisboa do INML, com diferentes tipos de vestígios biológicos, como sangue, ossos, pulmão, coração, tecidos embrionários, tecidos inclusos em parafina, fígado, rim e dentes, de modo a ilustrar a utilidade desta nova metodologia nos casos forenses. No estudo de amostras degradadas, o uso da metodologia de rotina pode,

Deciding analytically or trusting your intuition? The advantadges and disadvantadges of analytic and intuitive thought

Recent research has highlighted the notion that people can make judgmentsand choices by means of two systems that are labeled here tacit(or intuitive) and deliberate (or analytic). Whereas most decisionstypically involve both systems, this chapter examines the conditions underwhich each system is liable to be more effective. This aims to illuminatethe age-old issue of whether and when people should trust intuition or analysis. To do this, a framework is presented to understand how thetacit and deliberate systems work in tandem. Distinctions are also madebetween the types of information typically used by both systems as wellas the characteristics of environments that facilitate or hinder accuratelearning by the tacit system. Next, several experiments that havecontrasted intuitive and analytic modes on the same tasks are reviewed.Together, the theoretical framework and experimental evidence leads tospecifying the trade-off that characterizes their relative effectiveness.Tacit system responses can be subject to biases. In making deliberate systemresponses, however, people might not be aware of the correct rule to dealwith the task they are facing and/or make errors in executing it. Whethertacit or deliberate responses are more valid in particular circumstancesrequires assessing this trade-off. In this, the probability of making errorsin deliberate thought is postulated to be a function of the analytical complexityof the task as perceived by the person. Thus the trade-off is one of bias (inimplicit responses) versus analytical complexity (when tasks are handled indeliberate mode). Finally, it is noted that whereas much attention has beenpaid in the past to helping people make decisions in deliberate mode, effortsshould also be directed toward improving ability to make decisions intacit mode since the effectiveness of decisions clearly depends on both. Thistherefore represents an important frontier for research.

Signaling cross-talk between peroxisome proliferator-activated receptor/retinoid X receptor and estrogen receptor through estrogen response elements.

Peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs) and retinoid X receptors (RXRs) are nuclear hormone receptors that are activated by fatty acids and 9-cis-retinoic acid, respectively. PPARs and RXRs form heterodimers that activate transcription by binding to PPAR response elements (PPREs) in the promoter of target genes. The PPREs described thus far consist of a direct tandem repeat of the AGGTCA core element with one intervening nucleotide. We show here that the vitellogenin A2 estrogen response element (ERE) can also function as a PPRE and is bound by a PPAR/RXR heterodimer. Although this heterodimer can bind to several other ERE-related palindromic response elements containing AGGTCA half-sites, only the ERE is able to confer transactivation of test reporter plasmids, when the ERE is placed either close to or at a distance from the transcription initiation site. Examination of natural ERE-containing promoters, including the pS2, very-low-density apolipoprotein II and vitellogenin A2 genes, revealed considerable differences in the binding of PPAR/RXR heterodimers to these EREs. In their natural promoter context, these EREs did not allow transcriptional activation by PPARs/RXRs. Analysis of this lack of stimulation of the vitellogenin A2 promoter demonstrated that PPARs/RXRs bind to the ERE but cannot transactivate due to a nonpermissive promoter structure. As a consequence, PPARs/RXRs inhibit transactivation by the estrogen receptor through competition for ERE binding. This is the first example of signaling cross-talk between PPAR/RXR and estrogen receptor.

Electoral platforms, implemented policies and abstention

Recent studies of American politics evidence that political polarization of both the electorate and the political elite have moved 'almost in tandem for the past half century' (McCarty et al., 2003, p.2), and that party polarization has steadily increased since the 1970s. On the other hand, the empirical literature on party platforms and implemented policies has consistently found an imperfect but nonnegligible correlation between electoral platforms and governmental policies: while platforms tend to be polarized, policies are moderate or centrist. However, existing theoretical models of political competition are not manifestly compatible with these observations.In this paper, we distinguish between electoral platforms and implemented policies by incorporating a non-trivial policy-setting process. It follows that voters may care not only about the implemented policy but also about the platform they support with their vote. We find that while parties tend to polarize their positions, the risk of alienating their constituency prevents them from radicalizing. The analysis evidences that the distribution of the electorate, and not only the (expected) location of a pivotal voter, matters in determining policies. Our results are consistent with the observation of polarized platforms and moderate policies, and the alienation and indifference components of abstention.

Optimization of multiclass queueing networks with changeover times via the achievable region method: Part II, the multi-station case

We address the problem of scheduling a multi-station multiclassqueueing network (MQNET) with server changeover times to minimizesteady-state mean job holding costs. We present new lower boundson the best achievable cost that emerge as the values ofmathematical programming problems (linear, semidefinite, andconvex) over relaxed formulations of the system's achievableperformance region. The constraints on achievable performancedefining these formulations are obtained by formulatingsystem's equilibrium relations. Our contributions include: (1) aflow conservation interpretation and closed formulae for theconstraints previously derived by the potential function method;(2) new work decomposition laws for MQNETs; (3) new constraints(linear, convex, and semidefinite) on the performance region offirst and second moments of queue lengths for MQNETs; (4) a fastbound for a MQNET with N customer classes computed in N steps; (5)two heuristic scheduling policies: a priority-index policy, anda policy extracted from the solution of a linear programmingrelaxation.

Location models for airline hubs behaving as M/D/c queues

Models are presented for the optimal location of hubs in airline networks, that take into consideration the congestion effects. Hubs, which are the most congested airports, are modeled as M/D/c queuing systems, that is, Poisson arrivals, deterministic service time, and {\em c} servers. A formula is derived for the probability of a number of customers in the system, which is later used to propose a probabilistic constraint. This constraint limits the probability of {\em b} airplanes in queue, to be lesser than a value $\alpha$. Due to the computational complexity of the formulation. The model is solved using a meta-heuristic based on tabu search. Computational experience is presented.

In vivo characterization of sunitinib eluting beads

Purpose: To study the pharmacokinetics and potential toxicity of sunitinib eluting beads in an animal modelMaterials: Healthy New-Zealand white rabbits were used. 8 animals received 0.2ml of DC Beads loaded with 6mg of sunitinb intra arterially in the hepatic artery (group 1) and 4 animals received 6mg of sunitinib administered orally (group 2). In group 1, animals were sacrificed 6 hours (n=4) and 24 hours (n=4) after embolization. In group 2, animals were sacrificed 6 hours (n=2) and 24 hours (n=2) after oral administration of sunitinib. Liver enzymes were measured at 0, 6 and 24 hours in both groups. Plasmatic sunitinib concentration was measured by LC MS/MS tandem mass spectroscopy at 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6 and 24 hours. At sacrifice, the livers were harvested and sunitinib concentration in liver tissue was assessed by LC MS/MS tandem mass spectroscopy.Results: After embolization we observed an expected elevation of AST and ALT. Serial plasmatic measurments after embolization showed a very low sunitinib concentration (<50ng/ml). Measurment of sunitinib in the embolized liver tissue showed a very high concentration at 6 hours (3870ng/ml) and 24 hours (4741.7ng/ml).Conclusions: Sunitinib eluting beads are well tolerated by rabbits when administered intra-arterially in the hepatic artery. No unexpected toxicity was observed. Very high drug concentration canbe obtained at the site of embolization with minimal systemic passage.

Genetic Differentiation of the Cabo Verde Archipelago Population Analysed by STR Polymorphisms

Allele frequencies for 17 STR loci were analyzed in a sample of unrelated males from the Cabo Verde Archipelago. The samples were gathered in such a way that the origin of the subjects was perfectly identified, and they could be included in one of the leeward or windward groups of islands. This study reveals that there are significant differences between both groups of islands, and between Cabo Verdeans and other populations from sub-Sahara Africa including the Guineans, the most probable source population for Cabo Verdeans. This study confirms mtDNA data and, together with HLA and Y chromosome data already published, shows that the Cabo Verde population is substructured and atypical, diverging substantially from mainland sub-Saharan populations. Overall these differences are most probably due to admixture between sub-Saharan slaves brought into the islands and other settlers of European origin. In the absence of a clear indication of a different ethnic composition of the first sub-Saharan settlers of Cabo Verde, the differentiation exhibited in both groups of islands can be most probably be attributed to genetic drift.

Adéquation et choix de modele de marche aléatoire des trajectoires des navires de peches

L'étude du mouvement des organismes est essentiel pour la compréhension du fonctionnement des écosystèmes. Dans le cas des écosystèmes marins exploités, cela amène à s'intéresser aux stratégies spatiales des pêcheurs. L'une des approches les plus utilisées pour la modélisation du mouvement des prédateurs supé- rieurs est la marche aléatoire de Lévy. Une marche aléatoire est un modèle mathématique composé par des déplacements aléatoires. Dans le cas de Lévy, les longueurs des déplacements suivent une loi stable de Lévy. Dans ce cas également, les longueurs, lorsqu'elles tendent vers l'in ni (in praxy lorsqu'elles sont grandes, grandes par rapport à la médiane ou au troisième quartile par exemple), suivent une loi puissance caractéristique du type de marche aléatoire de Lévy (Cauchy, Brownien ou strictement Lévy). Dans la pratique, outre que cette propriété est utilisée de façon réciproque sans fondement théorique, les queues de distribution, notion par ailleurs imprécise, sont modélisée par des lois puissances sans que soient discutées la sensibilité des résultats à la dé nition de la queue de distribution, et la pertinence des tests d'ajustement et des critères de choix de modèle. Dans ce travail portant sur les déplacements observés de trois bateaux de pêche à l'anchois du Pérou, plusieurs modèles de queues de distribution (log-normal, exponentiel, exponentiel tronqué, puissance et puissance tronqué) ont été comparés ainsi que deux dé nitions possible de queues de distribution (de la médiane à l'in ni ou du troisième quartile à l'in ni). Au plan des critères et tests statistiques utilisés, les lois tronquées (exponentielle et puissance) sont apparues les meilleures. Elles intègrent en outre le fait que, dans la pratique, les bateaux ne dépassent pas une certaine limite de longueur de déplacement. Le choix de modèle est apparu sensible au choix du début de la queue de distribution : pour un même bateau, le choix d'un modèle tronqué ou l'autre dépend de l'intervalle des valeurs de la variable sur lequel le modèle est ajusté. Pour nir, nous discutons les implications en écologie des résultats de ce travail.

Four 13-lipoxygenases contribute to rapid jasmonate synthesis in wounded Arabidopsis thaliana leaves: a role for lipoxygenase 6 in responses to long-distance wound signals.

Damage-inducible defenses in plants are controlled in part by jasmonates, fatty acid-derived regulators that start to accumulate within 30 s of wounding a leaf. Using liquid chromatography-tandem mass spectrometry, we sought to identify the 13-lipoxygenases (13-LOXs) that initiate wound-induced jasmonate synthesis within a 190-s timeframe in Arabidopsis thaliana in 19 single, double, triple and quadruple mutant combinations derived from the four 13-LOX genes in this plant. All four 13-LOXs were found to contribute to jasmonate synthesis in wounded leaves: among them LOX6 showed a unique behavior. The relative contribution of LOX6 to jasmonate synthesis increased with distance from a leaf tip wound, and LOX6 was the only 13-LOX necessary for the initiation of early jasmonate synthesis in leaves distal to the wounded leaf. Herbivory assays that compared Spodoptera littoralis feeding on the lox2-1 lox3B lox4A lox6A quadruple mutant and the lox2-1 lox3B lox4A triple mutant revealed a role for LOX6 in defense of the shoot apical meristem. Consistent with this, we found that LOX6 promoter activity was strong in the apical region of rosettes. The LOX6 promoter was active in and near developing xylem cells and in expression domains we term subtrichomal mounds.

Bulles de papes. Titres des maisons de LA JUGIE (1313-1623). — MELANGES (1222-1623).

Contient : Titres de la Jugie ; N° 623 (1) Contrat de mariage de Jacques de la Jugie et de Guillemette de la Borgayrie (23 juillet 1313) ; copie du 18 mars 1314 a. st ; N° 624 (2) Contrat de mariage de Pierre de la Jugie et de Jeanne Pebeyre (août1316) ; restes de sceau sur simple queue ; N° 625 (3) Testament de Geraud de Rajaut, de Tulle, damoiseau (9 août 1329) ; N° 626 (4) Contrat de mariage de Gui Aimoin de Puydeval et d'Hélie de la Jugie (14 décembre 1339) ; N° 627 (5) Donation de biens faite par Guillemette de la Limosnie à Gui de Puydeval, son oncle (30 janvier 1351) ; copie du XVIIe siècle ; N° 628 (6) Accord entre Archambaud, vicomte de Comborn, et Gui de Puydeval (24 mai 1351) ; copie contemporaine ; N° 629 (7) Contrat de mariage de Raimond de Bossac et de Marie de Puydeval (2 août 1352) ; N° 630 (8) Testament de Gui de Puydeval (26 janvier 1371 a. st.) ; copie du XVIIe siècle ; N° 631 (9) Testament de Nicolas de la Jugie, seigneur de Levinerie (26 mars 1374 a. st.) ; vidimus du 18 mai 1402 ; N° 632 (10) Testament de Guillaume de la Jugie, alias de Puydeval (20 août 1397) ; N° 633 (11) Testament d'Aelis de la Jugie (19 juillet 1409) ; N° 634 (12) Décisions prises par divers seigneurs du Limousin, relativement à l'expédition contre les Anglais, pour la levée du siège d'Auberoche (4 septembre 1419) ; N° 635 (13) Contrat de mariage d'Aimar de Puydeval et de Marguerite de Gimel (12 juillet 1426) ; N° 636 (14) Testament d'Hélène de Puydeval, veuve de Jean « de Sadone » (2 juin 1436) ; N° 637 (15) Testament de Jean de la Jugie, alias de Puydeval (7 décembre 1461) ; N° 638 (16) Contrat de mariage de Jean de Sourries, seigneur de Vaur, et d'Anne de Puydeval (29 janvier 1492 a. st.) ; copie, papier ; N° 639 (17) Testament d'Antoine de Puydeval (9 octobre 1495) ; copie du 28 mars 1502, a. st ; N° 640 (18) Contrat de mariage de Pons de Gourdon, seigneur de La Roque, et de Françoise de Puydeval (20 janvier 1497 a. st.) ; copie du 23 août 1579 ; N° 641 (19) Quittance générale donnée par Blanche de Malesec, veuve d'Antoine de Puydeval, à Gilles de Malesec, son frère (23 juin 1512) ; N° 642 (20) Testament de Gabrielle de Puydeval, dame de Miremont (20 mars 1516-1517) ; copie du XVIe siècle ; N° 643 (21) Testament de Denis de Puydeval (18 août 1523) ; copie du XVIe siècle ; N° 644 (22) Quittance générale donnée à Géraud de Puydeval par Pierre de Rajaut et Anne de Puydeval sa femme, 2 août 1534 ; N° 645 (23) Contrat de mariage de Rigaut de Saint-Martial, baron de Conros, et de Françoise de Puydeval (18 juin 1559) ; copie du 22 juillet 1583 ; N° 646 (24) Testament de Géraud de Puydeval (20 mai 1563) ; N° 647 (25) Procès-verbal de visite de bois faite par les arbitres choisis par les seigneurs de Puydeval et de Vaur (5 janvier 1564) ; N° 648 (26) Accord entre Géraud de Puydeval et Bonaventure de Sourries, seigneur de Vaur, au sujet du lieu de La Reynie (21 novembre 1560) ; N° 649 (27) Accord entre Anne de Puydeval, veuve de Jean de Sourries, seigneur de Vaur, et Bonaventure de Sourries (27 septembre 1559) ; N° 650 (28) Testament d'Anne de Puydeval, veuve de Jean [de Sourries, seigneur de] Vaur (8 septembre 1555) ; N° 651 (29) Testament de Jean de Puydeval, doyen de l'église de Tulle ; N° 652 (30) Testament de Françoise de Puydeval, veuve de Rigaut de Saint-Marsal, baron de Conros (16 juin 1601) ; N° 653 (31) Autre testament de ladite dame (22 août 1604) ; N° 654 Copie du précédent testament ; N° 655 (32) Accord entre Josias de Cosnac, seigneur d'Assy, et sa soeur, Marie de Cosnac, femme de Henry de Puydeval, baron de Conros (31 mars 1623 ; N° 656 (33) Contrat de mariage de Pierre de Soudeilles et d'Anne de Puydeval (s. d.) ; N° 657 (33 bis) Copie de la pièce précédente ; Mélanges ; N° 658 (1) Accord entre Guillaume, évêque de Paris, et son chapitre, d'une part, et Philippe-Auguste, de l'autre, au sujet des droits de l'église de Paris (décembre 1222) ; N° 659 (2) Accord entre Philippe le Bel et l'église de Paris pour l'affectation de certaines redevances à la réparation des ponts de la Seine (mars 1296-1297) ; N° 660 (3) Décret de l'Université de Paris établissant des règlements pour le collège de Narbonne, à Paris (4 octobre 1377) ; N° 661 (4) Sentence rendue par Jean, abbé de Saint-Taurin d'Evreux, sur le procès entre Jacques Sacquespée, docteur en médecine, et Jean Daigny, chanoine de la Sainte-Chapelle de Paris (15 mai 1428) ; N° 662 (15) Articles de la Ligue (s. d. [1586 (?)]) ; N° 663 (6) Privilèges accordés par Louis, comte de Flandre, aux marchands castillans trafiquant en Flandre (15 avril 1366) ; copie du XVe siècle ; N° 664 (7) Serment prêté au duc d'Alençon par le chapitre de Cambrai (20 août 1580) ; N° 665 (8) Serment prêté au même personnage par les échevins de la ville de Cambrai (même date) ; N° 666 (9) Aveu rendu à Henri, comte de Rodez, par Pierre de Panat, pour divers fiefs, (juillet 1280) ; N° 667 (10) Aveu rendu par Bernard, comte d'Armagnac et de Rodez, à Guillaume, évêque de Mende, pour les fiefs tenus par ledit comte dans ce diocèse (2 mai 1309) ; N° 668 (11) Autorisation donnée par l'archevêque Michel et le chapitre d'Arles à Jean [de Matha], fondateur de l'Ordre de la Trinité, d'établir une église et un cimetière dans la ville d'Arles (novembre 1203) ; N° 669 (12) Charte de G[uillaume], comte de Forcalquier, abandonnant divers droits à l'église de Ganagobie (10 juin 1206) ; à la suite est transcrite une lettre de A., prieur du dit lieu, à G[uillaume], abbé de Cluny, relative à la donation précédente ; N° 670 (13) Lettres de Charles II, roi de Sicile, comte de Provence, chargeant Hugues de Voisines, senéchal de Provence, de faire sortir du royaume de France la somme de 50.000 livres autorisée par le Roi (24 mars 1297) ; N° 671 (14) Lettres de l'empereur Henri VII, autorisant Gaillard, archevêque d'Arles, à poursuivre la révocation des aliénations de biens ecclésiastiques consenties par ses prédécesseurs (9 juillet 1312) ; N° 672 (15) Lettres de Jean de Clermont, cardinal-évêque de Tusculum, légat du pape dans les provinces de Vienne, Aix, etc., chargeant Jean Ferrier, archevêque d'Arles, de l'assister dans ses fonctions (9 juillet 1533) ; N° 673 (16) Lettres de Raoul de Sendelay, trésorier d'Angleterre, portant donation de terres près de Rouen à Michel de Paris, son ancien serviteur (3 janvier 1445-1446) ; N° 674 (17) Lettre de l'empereur Ferdinand au pape Urbain VIII (28 avril 1635) ; N° 675 (18) Aveu rendu à Bernard, abbé de Charroux, par Jean de Rochefort, pour le château de Saint-Angel (18 mai 1393) ; copie du 17 juillet 1407 ; N° 676 (19) Lettres de l'Université d'Avignon conférant à Pierre Charpin le titre de docteur en droit canon (16 septembre 1405) ; N° 677 (20) Contrat de mariage de Charles d'Apchon, vicomte de Mirmont, et de Lucrèce de Gadaigne (3 août 1579) ; N° 678 (21) Procuration donnée par Philippe de Commynes à Baude Talboein, son secrétaire (9 mars 1474) ; signature autographe ; N° 679 (22) Ratification par Galéas-Marie Sforza du traité conclu en son nom à Amboise entre Tristan Sforza et Louis XI (21 avril 1468) ; N° 680 (23) Lettres d'Etat accordées par le roi Charles VI à Lermite, seigneur de La Faye, son chambellan, envoyé en Angleterre (28 octobre 1407) ; copie du 4 novembre 1407 ; papier ; N° 681 (24) « Plaintes sur le trépas du sage et vertueux chevalier... Jean de La Roche-Aymon ; » pièce de vers (s. d. [1522]) ; miniature en tête ; N° 682 (25) Lettres de Raimond « de Poioliis », archidiacre de Périgueux, recteur du duché de Spolète, pour le paiement de la compagnie de Guillaume de Primat ; N° 683 (26) Lettres de l'Université d'Orléans accordant à Hugues Berthelot le titre de bachelier en droit canon (28 juillet 1409) ; N° 684 (27) Lettres de l'Université d'Orléans au prieur de Marcigny, pour faire pourvoir d'un bénéfice Raoul « Druci », prêtre, licencié en décret (2 septembre 1460 ; N° 685 (28) Lettres de l'Université de Paris à l'abbé de Cluny, pour faire pourvoir d'un bénéfice Jean de Mont, maître ès arts et bachelier en théologie (3 mars 1478-1479) ; N° 686 (29) Lettres de l'Université de Paris à l'abbé de Cluny pour faire pourvoir d'un bénéfice Jean Paulain, maître ès arts (21 février 1538-1539) ; N° 687 (30) Testament de Jacques de Plaigne, seigneur dudit lieu (5 mars 1551-1552) ; copie contemporaine ; N° 688 (31) Contrat de mariage de Pierre de Guasquet et de Marguerite d'Henry (31 mars 1581) ; copie contemporaine ; N° 689 (32) Testament d'Antoine de Guasquet, seigneur de Paramelle (30 août 1585) ; copie contemporaine ; N° 690 (33) Testament de Jean Chantois, sieur de Laumosnerie (30 septembre 1617) ; copie contemporaine ; N° 691 (34) Testament de Claude des Rozières, seigneur de Cherouac (octobre 1623) ; copie contemporaine ; N° 692 (35) Délibération de l'assemblée du clergé de la ville de Reims au sujet de la répartition des deniers à lever sur ledit clergé (30 mars 1585) ; N° 693 (36) Lettre de J[ean de] C[andida] à [Denis Briçonnet], évêque de Saint-Malo (16 novembre, s. d.)

Molecular evolution of the Drosophila olfactory system

The olfactory system is an attractive model to study the genetic mechanisms underlying evolution of the nervous system. This sensory system mediates the detection and behavioural responses to an enormous diversity of volatile chemicals in the environment and displays rapid evolution, as species acquire, modify and discard olfactory receptors and circuits to adapt to new olfactory stimuli. Drosophilids provide an attractive model to study these processes. The availability of 12 sequenced genomes of Drosophila species occupying diverse ecological niches provides a rich resource for genomic analyses. Moreover, one of these species, Drosophila melanogaster, is amenable to a powerful combination of genetic and electrophysiological analyses. D. melanogaster has two distinct families of olfactory receptors to detect odours, the well-characterised Odorant Receptors (ORs) and the recently identified lonotropic Receptors (IRs). In my thesis, I have provided new insights into the genetic mechanisms underlying olfactory system evolution through three distinct, but interrelated projects. First, I performed a comparative genomic analysis of the IR repertoire in 12 sequenced Drosophila species, which has revealed that the olfactory IRs are highly conserved across species. By contrast, a large fraction of IRs that are not expressed in the olfactory system - and which may be gustatory receptors - are much more variable in sequence and gene copy number. Second, to identify ligands for IR expressing olfactory sensory neurons, I have performed an electrophysiological screen in D. melanogaster using a panel of over 160 odours. I found that the IRs respond to a number of amines, aldehydes and acids, contrasting with the chemical specificity of the OR repertoire, which is mainly tuned to esters, alcohols and ketones. Finally, the identification of ligands for IRs in this species allowed me to investigate in detail the molecular and functional evolution of a tandem array of IRs, IR75a/IR75b/IR75c, in D. sechellia. This species is endemic to the Seychelles archipelago and highly specialised to breed on the fruits of Morinda citrifolia, which is repulsive and toxic for other Drosophila species. These studies led me to discover that receptor loss, changes in receptor specificity and changes in receptor expression have likely played an important role during the evolution of these IRs in D. sechellia. These changes may explain, in part, the unique chemical ecology of this species. - Le système olfactif est un excellent modèle pour étudier les mécanismes génétiques impliqués dans l'étude de l'évolution du système nerveux. Ce système sensoriel permet la détection de nombreux composés volatils présents dans l'environnement et est à la base des réponses comportementales. Il est propre à chaque espèce et évolue rapidement en modifiant ou en éliminant des récepteurs et leurs circuits olfactifs correspondants pour s'adapter à de nouvelles odeurs. Pour étudier le système olfactif et son évolution, nous avons décidé d'utiliser la drosophile comme modèle. Le séquençage complet de 12 souches de drosophiles habitant différentes niches écologiques permet une analyse génomique conséquente. De plus, l'une de ces espèces Drosophila melanogaster permet la combinaison d'analyses génétiques et électrophysiologiques. En effet, D. melanogaster possède 2 familles distinctes de récepteurs olfactifs qui permettent la détection d'odeurs: les récepteurs olfactifs (ORs) étant les mieux caractérisés et les récepteurs ionotropiques (IRs), plus récemment identifiés. Au cours de ma thèse, j'ai apporté des nouvelles connaissances qui m'ont permis de mieux comprendre les mécanismes génétiques à la base de l'évolution du système olfactif au travers de trois projets différents, mais interdépendants. Premièrement, j'ai réalisé une analyse génomique comparative de l'ensemble des IRs dans les 12 souches de drosophiles séquencées jusqu'à présent. Ceci a montré que les récepteurs olfactifs IRs sont hautement conservés parmi l'ensemble de ces espèces. Au contraire, une grande partie des IRs qui ne sont pas exprimés dans le système olfactif, et qui semblent être des récepteurs gustatifs, sont beaucoup plus variables dans leur séquence et dans le nombre de copie de gènes. Deuxièmement, pour identifier les ligands des récepteurs IRs exprimés par les neurones sensoriels olfactifs, j'ai réalisé une étude électrophysiologique chez D. melanogaster e η testant l'effet de plus de 160 composés chimiques sur les IRs. J'ai trouvé que les IRs répondent à un nombre d'amines, d'aldéhydes et d'acides, contrairement aux récepteurs olfactifs ORs qui eux répondent principalement aux esthers, alcools et cétones. Finalement, l'identification de ligands pour les IRs dans ces espèces m'a permis d'étudier en détail l'évolution fonctionnelle et moléculaire des IR75a/IR75b/IR75c dans D. sechellia. Cette espèce est endémique de l'archipel des Seychelles et se nourrit spécifiquement du fruit Morinda citrifolia qui est répulsif et toxique pour d'autres souches de drosophiles. Ces études m'ont poussé à découvrir que, la perte de IR75a, le changement dans la spécificité de IR75b ainsi que le changement dans l'expression de IR75c ont probablement joué un rôle important dans l'évolution des IRs chez D. sechellia. Ces changements peuvent expliquer, en partie, l'écologie chimique propre à cette espèce. Résumé français large public Le système olfactif permet aux animaux de détecter des milliers de molécules odorantes, les aidant ainsi à trouver de la nourriture, à distinguer si elle est fraîche ou avariée, à trouver des partenaires sexuels, ainsi qu'à éviter les prédateurs. Selon l'environnement et le mode de vie des espèces, le système olfactif doit détecter des odeurs très diverses ; en effet, un moustique qui recherche du sang humain pour se nourrir doit détecter des odeurs bien différentes d'une abeille qui recherche des fleurs. Dans ma thèse, j'ai essayé de comprendre comment les systèmes olfactifs d'une espèce évoluent pour s'adapter aux exigences induites par son environnement. Un très bon modèle pour étudier cela est la drosophile dont les différentes espèces se nichent dans des habitats très divers. Pour ce faire, j'ai étudié les récepteurs olfactifs de différentes espèces de la drosophile. Ces récepteurs sont des protéines qui se lient à des odeurs spécifiques. Lorsqu'ils se lient, ils activent un neurone qui envoie un signal électrique au cerveau. Ce signal est ensuite traité par ce dernier qui indique à la mouche si l'odeur est attractive ou répulsive. J'ai identifié les récepteurs olfactifs de plusieurs espèces de drosophile et étudié s'il y avait des différences entre elles. La plupart des récepteurs sont similaires entre les espèces, cependant dans l'une d'entre elles, certains récepteurs sont différents. Ce fait est particulièrement intéressant car cette espèce de drosophile se nourrit de fruits que les autres espèces n'apprécient pas. Comme nous ne savons pas quels récepteurs se lient à quelles odeurs, j'ai testé un grand nombre de composants odorants. Ceci m'a permis de constater que, effectivement, certains changements produits dans ces récepteurs expliquent pourquoi cette espèce aime particulièrement ces fruits. En outre, mes résultats contribuent à mieux comprendre les changements génétiques qui sont impliqués dans l'évolution du système olfactif.

DNA fingerprinting of glioma cell lines and considerations on similarity measurements.

Glioma cell lines are an important tool for research in basic and translational neuro-oncology. Documentation of their genetic identity has become a requirement for scientific journals and grant applications to exclude cross-contamination and misidentification that lead to misinterpretation of results. Here, we report the standard 16 marker short tandem repeat (STR) DNA fingerprints for a panel of 39 widely used glioma cell lines as reference. Comparison of the fingerprints among themselves and with the large DSMZ database comprising 9 marker STRs for 2278 cell lines uncovered 3 misidentified cell lines and confirmed previously known cross-contaminations. Furthermore, 2 glioma cell lines exhibited identity scores of 0.8, which is proposed as the cutoff for detecting cross-contamination. Additional characteristics, comprising lack of a B-raf mutation in one line and a similarity score of 1 with the original tumor tissue in the other, excluded a cross-contamination. Subsequent simulation procedures suggested that, when using DNA fingerprints comprising only 9 STR markers, the commonly used similarity score of 0.8 is not sufficiently stringent to unambiguously differentiate the origin. DNA fingerprints are confounded by frequent genetic alterations in cancer cell lines, particularly loss of heterozygosity, that reduce the informativeness of STR markers and, thereby, the overall power for distinction. The similarity score depends on the number of markers measured; thus, more markers or additional cell line characteristics, such as information on specific mutations, may be necessary to clarify the origin.

Haemodialysis acutely reduces the plasma levels of ADMA without reversing impaired NO-dependent vasodilation

Rapport de synthèse : Introduction: la prévalence de l'insuffisance rénale chronique (IRC) augmente et malgré les traitements de remplacement rénal telle que la transplantation ou la dialyse, la mortalité chez des patients atteints d'une IRC reste très élevée. Les maladies cardiovasculaires sont la cause principale de mortalité chez ces patients, et le risque de décès dú à une complication cardiovasculaire est chez eux accru de 10 à 20 fois par rapport à la population générale. Méme si les facteurs de risque cardiovasculaires «traditionnels », principalement l'hypertension artérielle et le diabète sont très prévalents chez les patients avec IRC, ils sont insuffisants pour expliquer l'excès de mortalité cardiovasculaire. D'autres facteurs de risques « nontraditionnels » comme l'accumulation du diméthylarginine asymétrique (ADMA), un inhibiteur endogène de la synthase d'oxyde d'azote (NO), semblent aussi être importants. Chez les patients avec IRC, des taux élevés d'ADMA sont un puissant facteur prédictif indépendant de la mortalité cardiovasculaire. Il a également été démontré chez des souris que l'ADMA peut étre une cause directe de dysfonction endothéliale. Cette dernière joue un rôle primordial dans le développement de l'athérosclérose, cause principale des complications cardiovasculaires. Le but du présent travail est de tester l'hypothèse qu'une réduction du taux d'ADMA après une séance unique d'hémodialyse améliore la dysfonction endothéliale. Méthodes: la dysfonction endothéliale peut être évaluée dans les microvaisseaux de la péan de façon non invasive par fluxmétrie laser Doppler. La vasodilatation cutanée induite par un échauffement local de 34° à 41 °C (hyperémie thermique) est connue pour être dépendante de la production endothéliale de NO et a été utilisée dans plusieurs études cliniques pour évaluer la dysfonction endothéliale. Nous avons recruté 24 patients traités par hémodialyse chronique et également 24 sujets contrôles du même âge et sexe. Chez les patients dialysés, l'hyperémie thermique est mesuré une fois directement avant une séance d'hémodialyse, et une fois directement après une autre séance, toutes deux distantes de 2 à 7 jours. En même temps, les taux plasmatiques d'ADMA sont mesurés par la méthode de spectrométrie de masse en tandem. Chez les sujets contrôle, l'hyperémie thermique est également mesurée à deux reprises, à un intervalle de 2 à 7 jours comme chez les patients dialysés et les taux d'ADMA sont déterminés qu'une seule fois. Résultats: chez les patients dialysés, les réactions d'hyperémie thermique étaient superposables avant et après dialyse, mais moindre que chez les sujets contrôles. Par contre, les taux d'ADMA étaient plus élevés avant qu'après dialysé. Les taux d'ADMA après dialyse étaient similaires aux taux chez les sujets contrôles. Conclusion: cette étude montre que la vasodilatation dépendante de la production endothéliale de NO dans la microcirculation cutanée n'est pas influencée par les taux plasmatiques d'ADMA chez les patients dialysés. Ces résultats suggèrent que d'autres mécanismes sont responsables de la dysfonction endothéliale chez ces patients. Ceci met en question le concept que l'accumulation d'ADMA est un facteur causal du risque cardiovasculaire élevé et suggère que l'ADMA est juste un marqueur du milieu très athérogénique causé par l'IRC.