AT-RISK ALCOHOL USE IN YOUNG ADULTS - EFFECTIVENESS AND MECHANISMS OF BRIEF MOTIVATIONAL INTERVENTION AS A PRIMARY AND SECONDARY PREVENTION MEASURE

SummaryThe alcohol use of adolescents and young adults is one of the world's most important and costliest health problems. Particularly, binge drinking (i.e. drinking an important amount of alcohol in one occasion) among young people increase the risk of detrimental consequences such as blackouts, injuries, at-risk sexual behaviors, involvement in violent acts, academic failure, and suicide attempts. In countries with mandatory conscription mechanisms, such as Switzerland, the army provides a unique opportunity to reach a large portion of this high risk population. We used this sample to evaluate the prevalence of binge drinking among young men, to test the efficacy of brief motivational interventions (BMI) as a primary and secondary preventive measure, and to examine the mechanisms underlying BMI in this age group.We showed that binge drinking among young French-speaking Swiss men is less of an exception than it is the norm. Of those using alcohol, 75.5% had a binge drinking episode at least monthly, and 69.3% of all consumption reported in a one-week diary was due to binge drinking days.We used two different inclusion modes to evaluate the success of alcohol BMI. In the first randomized controlled trial, inclusion relied on a random selection of conscripts. BMI efficacy was evaluated in a sample of conscripts who visited the army recruitment centre that is potentially generalizable to the entire population. In the second randomized controlled trial, we included subjects voluntarily participating in BMI. This venue might be more realistic for young adults; it is more akin to the MI spirit, in which it is crucial for individuals to control their own decisions.Regarding BMI efficacy as a secondary prevention measure (i.e. to help decrease alcohol use among at-risk drinkers, defined here as those having a binge drinking episode at least monthly), it was effective among randomly selected at-risk drinkers, whereas it was not effective among at-risk drinkers who voluntarily showed up. Individuals who showed interest in BMI had more severe patterns of alcohol use, which may have made change more difficult and calls for treatment that is more intensive. BMI demonstrated a 20% reduction in weekly alcohol use among randomly selected participants, indicating potential interest in BMI implementation within similar community settings.Regarding BMI efficacy as a primary prevention measure (i.e. to help maintain low levels of use among low-risk drinkers), it had significant protective effects among low-risk drinkers voluntarily showing up whereas it was not effective among low-risk drinkers randomly selected. This suggests that BMI might help young individuals keep their drinking at low levels, especially when they are interested in discussing their alcohol use. Therefore, BMI has potentially promising uses in primary prevention efforts. The content of these interventions for low-risk drinkers who do not seek BMI on their own should be further evaluated.BMI mechanisms were addressed since little is known about exactly which elements of it work, or which of the counselor and subject communication behaviors are most effective in triggering behavior changes. The causal chain hypothesis developed in the motivational interviewing (MI) theory was followed, and it was found that counselor behaviors consistent with the MI approach (MICO) were significantly more likely to be followed by participant language in favor of change (change talk, CT), while behaviors inconsistent with MI (MIIN) were significantly less likely to do so. Several CT dimensions measured during BMI (particularly Ability, Desire, and Need to change) were predictive of change in alcohol use. Our findings lend strong support for the use of MICO behaviors and the avoidance of MIIN behaviors in eliciting CT, and point out that particular attention should be paid to the utterances in several sub-dimensions of CT and to the strength of expression, since these are good indicators of potential actual behavior change in future.RésuméLa consommation d'alcool chez les adolescents et les jeunes adultes est un des problèmes de santé les plus importants et les plus coûteux dans le monde. En particulier, les consommations importantes d'alcool en une occasion (binge drinking) parmi les jeunes adultes ont été liées à des conséquences telles que pertes de connaissance, accidents et blessures, comportements sexuels à risque, violences, difficultés scolaires et tentatives de suicide. Les pays qui, comme la Suisse, connaissent un processus de recrutement obligatoire pour l'armée offrent une opportunité unique d'atteindre une large portion de cette population à hauts risques. Nous avons utilisé cet échantillon pour évaluer la prévalence du binge drinking parmi les jeunes hommes, pour tester l'efficacité de l'intervention brève motivationnelle (IBM) comme mesure de prévention primaire et secondaire, et pour examiner les mécanismes sous-tendant ce type d'interventions.La première partie de cette étude montre que le binge drinking est moins une exception que la norme parmi les jeunes hommes suisses francophones. 75.5% des personnes consommant de l'alcool avaient au moins un épisode de binge drinking par mois et 69.3% du total des boissons alcoolisées reportées comme consommation de la semaine précédant le questionnaire avaient été consommées lors d'épisodes de binge drinking.Pour évaluer l'efficacité de l'IBM dans ce cadre, nous avons utilisé deux modes d'inclusion. Dans une première étude randomisée contrôlée, nous avons inclus des personnes sélectionnées au hasard parmi toutes celles se présentant au centre de recrutement, créant ainsi un groupe potentiellement représentatif de l'ensemble du collectif. Dans la deuxième étude randomisée contrôlée, nous avons inclus des sujets se présentant volontairement pour recevoir une IBM, prendre des volontaires pouvant être plus proche de la réalité et plus proche de l'esprit motivationnel dans lequel il est crucial que l'individu contrôle ses décisions.En regardant l'IBM comme mesure de prévention secondaire (c'est-à-dire aider à diminuer la consommation d'alcool chez les consommateurs à risque, définis ici comme au moins un épisode de binge drinking par mois), l'IBM était efficace lorsque les participants étaient inclus au hasard et inefficace lorsqu'ils étaient volontaires. Les jeunes hommes volontaires pour un IBM avaient un mode de consommation particulièrement sévère qui pourrait être plus difficile à changer et nécessiter un traitement plus intensif. Parmi les personnes sélectionnées au hasard, l'IBM permettait une diminution de 20% de la consommation hebdomadaire d'alcool, montrant l'intérêt potentiel d'une implémentation de ce type de mesures dans des contextes communautaires similaires.En ce qui concerne l'IBM comme mesure de prévention primaire (c'est-à-dire aider à maintenir une consommation à bas risque chez les consommateurs à bas risque), l'IBM avaient un effet protectif significatif parmi les jeunes hommes volontaires pour une IBM, mais pas d'effet chez ceux sélectionnés au hasard. Ces résultats suggèrent que l'IBM pourrait aider de jeunes personnes à maintenir un niveau de consommation à bas risque si celles-ci s'intéressent à discuter cette consommation et aurait ainsi un potentiel intéressant comme mesure de prévention primaire. Le contenu de l'IBM pour des consommateurs à bas risque non-volontaires pour une IBM devra encore être évalué.Nous avons ensuite examiné les mécanismes de l'IBM car son fonctionnement est encore peu expliqué et les comportements de l'intervenant et du sujet les plus à même de provoquer le changement ne sont pas bien définis. En suivant l'hypothèse d'une chaine causale développée dans la littérature de l'entretien motivationnel (EM), nous avons pu montrer qu'un discours en faveur du changement chez le sujet était plus probable après des comportements de l'intervenant recommandés dans l'EM et moins probable après des comportements à éviter dans l'EM ; et que plusieurs dimensions de ce discours en faveur du changement (notamment la capacité, le désir et le besoin de changer) prédisaient un changement effectif dans la consommation d'alcool. Ces résultats encouragent donc à utiliser des comportements recommandés dans l'EM pour favoriser un discours en faveur du changement. Ils montrent aussi qu'une attention particulière doit être portée à la fréquence et à la force avec laquelle sont exprimées certaines dimensions de ce discours car ceux-ci indiquent un potentiel changement effectif de comportement.Résumé vulgariséLa consommation d'alcool chez les adolescents et les jeunes adultes est un des problèmes de santé les plus importants et les plus coûteux dans le monde. En particulier, les consommations importantes d'alcool en une occasion (binge drinking) parmi les jeunes adultes augmentent fortement les risques de conséquences telles que pertes de connaissance, accidents et blessures, comportements sexuels à risque, violences, difficultés scolaires et tentatives de suicide. Les pays qui, comme la Suisse, connaissent un processus de recrutement obligatoire pour l'armée offrent une opportunité unique d'atteindre une large portion de cette population à hauts risques. Nous avons utilisé cet échantillon pour évaluer l'importance du phénomène de binge drinking, pour tester l'efficacité de l'intervention brève motivationnelle (IBM) comme mesure de prévention de la consommation à risque d'alcool, et pour examiner comment fonctionne ce type d'interventions.La première partie de cette étude montre que le binge drinking est moins une exception que la norme parmi les jeunes hommes suisses francophones. Trois quart des personnes consommant de l'alcool avaient au moins un épisode de binge drinking par mois. Presque 70% du total des boissons alcoolisées consommées durant la semaine précédant le questionnaire avaient été consommées lors d'épisodes de binge drinking.Nous avons ensuite mené deux études pour évaluer l'efficacité de l'IBM dans ce cadre. Dans une première étude, nous avons sélectionné des personnes au hasard parmi toutes celles se présentant au centre de recrutement, créant ainsi un groupe potentiellement représentatif de l'ensemble du collectif. Dans la deuxième étude, nous avons inclus toutes les personnes se présentant volontairement pour recevoir une IBM, prendre des volontaires pouvant être plus proche de la réalité et plus proche de l'approche motivationnelle dans laquelle il est crucial que l'individu contrôle ses décisions. Dans les deux études, nous testions l'efficacité de l'IBM comme mesure de prévention primaire et secondaire (voir ci-dessous).En regardant l'IBM comme mesure de prévention secondaire (c'est-à-dire aider à diminuer la consommation d'alcool chez les consommateurs à risque, définis ici comme au moins un épisode de binge drinking par mois), l'IBM était efficace lorsque les participants étaient inclus au hasard et inefficace lorsqu'ils étaient volontaires. Les jeunes hommes volontaires pour un IBM avaient un mode de consommation particulièrement sévère qui pourrait être plus difficile à changer et nécessiter un traitement plus intensif. Parmi les personnes sélectionnées au hasard, l'IBM permettait une diminution de 20% de la consommation hebdomadaire d'alcool, montrant l'intérêt potentiel de la mise en place de ce type de mesures dans des contextes communautaires similaires.En ce qui concerne l'IBM comme mesure de prévention primaire (c'est-à-dire aider à maintenir une consommation à bas risque chez les consommateurs à bas risque), l'IBM avaient un effet protectif parmi les jeunes hommes volontaires pour une IBM, mais pas d'effet chez ceux sélectionnés au hasard. Ces résultats suggèrent que l'IBM pourrait aider de jeunes personnes à maintenir un niveau de consommation à bas risque si celles-ci s'intéressent à discuter de cette consommation. Le contenu de l'IBM pour des consommateurs à bas risque non-volontaires pour une IBM devra encore être évalué.Nous avons ensuite examiné le fonctionnement de l'IBM et cherché quels comportements de l'intervenant et du jeune homme pouvaient être les plus à même d'amener à un changement dans la consommation. Nous avons pu montrer que 1) un discours en faveur du changement chez le jeune homme était plus probable après des comportements de l'intervenant recommandés dans l'approche motivationnelle et moins probable après des comportements non-recommandés ; et 2) plusieurs dimensions de ce discours en faveur du changement (notamment la capacité, le désir et le besoin de changer) prédisaient un changement effectif dans la consommation d'alcool. Ces résultats encouragent donc à utiliser des comportements recommandés dans l'EM pour favoriser un discours en faveur du changement. Ils montrent aussi qu'une attention particulière doit être portée à certaines dimensions de ce discours car celles-ci indiquent un potentiel changement effectif de comportement.

Qu'en est-il des aspects addictifs dans la réalité clinique des troubles alimentaires atypiques?

Cette étude se penche sur le parcours de 24jeunes filles présentant des troubles alimentairesatypiques, suivies dans le cadre d'ungroupe thérapeutique.Les troubles des conduites alimentairesatypiques (TCAA) représentent une catégoriediagnostique émergente, relativement peudécrite. Ils regroupent des tableauxcliniques ne satisfaisant pas entièrementaux critères des troubles alimentairestypiques anorexie et boulimie. Les TCAAreprésentent la majorité des demandes deconsultations pour troubles alimentaires,concernent une grande proportion de lapopulation non-consultante et constituentun enjeu de santé publique prioritaire.Les résultats cliniques de cette étude décriventdes troubles importants, induisant une souffranceintense, et non des troubles résiduels.Le passage d'une catégorie de trouble à uneautre se voit confirmé, ainsi que l'existencede formes stables, les troubles atypiquespouvant représenter des moments dans leparcours de la maladie tout comme destroubles durables.En terme de classification, il est proposé deparler d'anorexie atypique, de type restrictifou avec crises, de boulimie atypique, purgativeou non, et d'hyperphagie boulimique.L'utilité du groupe thérapeutique ressortclairement.Cette prise en charge thérapeutique convientdavantage à des patientes présentant untrouble alimentaire sur le versant boulimiqueque sur le versant restrictif sans pertede contrôle.Repérer et prendre en charge ces troublesalimentaires atypiques qui demeurentsouvent banalisés s'avère une priorité.Les aspects ayant trait à l'addiction serontplus particulièrement abordés dans le cadrede cette communication

Role of hepatitis C virus genotype 3 in liver fibrosis progression : a systematic review and meta-analysis ; et, Impact of nurse vaccination program on hepatitis B immunity in a Swiss HIV clinic

Rôle du génotype 3 du virus de l'hépatite C dans la progression de la fibrose hépatique, une revue systématique avec méta-analyse. On estime à 170 millions le nombre de personnes atteintes d'hépatite C chronique dans le monde. La principale conséquence de cette maladie est la fibrose du foie, qui évolue plus ou moins rapidement, pour aboutir au développement d'une cirrhose et/ou d'un hépatocarcinome. Certains des facteurs accélérateurs de la fibrose, comme l'âge avancé au moment de l'infection, le sexe masculin, la consommation d'alcool, sont bien connus. On a longtemps considéré que les six différents génotypes viraux n'influençaient pas la progression de la fibrose. Des études récentes ont cependant suggéré que certains génotypes, en particulier ie génotype 3, pouvaient entraîner une fibrose plus rapide. Le but de ce travail de thèse était de déterminer à l'aide d'une méta-analyse le rôle du génotype viral dans la progression de la fibrose dans l'infection chronique au virus de l'hépatite C. Les études ont été sélectionnées dans la littérature médicale à partir d'une série de mots-clés. Le degré de fibrose a été estimé par biopsie, en utilisant le score Metavir. Deux types d'études ont décrits de manière différente la durée d'infection. Les premières ont calculé la progression de la fibrose depuis le moment estimée de l'infection (« études avec une biopsie »), les secondes ont exprimés cette durée comme étant l'intervalle entre deux biopsies (« études avec deux biopsies »). L'analyse a permis d'identifier 8 études avec une biopsie pour un collectif total de 3182 patients ainsi que 8 études avec deux biopsies pour un collectif de 896 patients. Dans une méta-analyse de type « random effect », le rapport de cote pour l'association du génotype 3 avec une fibrose accélérée est de 1.52 (95% IC 1.12-2.07, p=0.007) pour les études à une biopsie. Pour les études à deux biopsies, le rapport de cote pour cette association est de 1.37 (95% IC 0.87-2.17, P=0.17). Cette étude montre que les patients avec une hépatite C chronique due au génotype 3 ont une progression de fibrose plus rapide que ceux qui sont infectés par les autres génotypes. Alors que la méta-analyse des études avec une biopsie est clairement significative, celle des études avec deux biopsies est au-dessous du seuil de significativité. Les études à deux biopsies peuvent être limitées par plusieurs facteurs, comprenant un « biais d'indication » (seuls les patients évoluant rapidement vers la cirrhose ont plus de risque d'avoir une deuxième biopsie), une durée d'observation très courte (5 années comparée à 13 années pour les études à 2 biopsies), et un nombre de patient limité (896 pour le études à 2 biopsies comparé à 3182 pour les études à 1 biopsie). Impact d'un programme de vaccination sur l'immunité contre l'hépatite Β dans une clinique suisse du VIH Le virus de l'hépatite Β cause une infection aigûe dont la symptomatologie varie d'une présentation subclinique à une progression fulminante. Dans une minorité de cas, l'infection aigiie est suivie d'une infection chronique pouvant évoluer vers une cirrhose hépatique et/ou un hépatocarcinome. La prévalence de l'hépatite Β aiguë et chronique chez les personnes vivant avec le virus d'immunodéficience humaine (VIH) est supérieure à celle de la population générale. Par ailleurs la co-infection avec le virus du VIH entraine une progression plus rapide de l'hépatite B. Dès lors, l'immunité pour le virus de l'hépatite Β représente un facteur primordial de prévention dans la population infectée par le virus de l'HIV. Bien que l'administration d'un vaccin contre l'hépatite Β soit particulièrement recommandée chez tous les individus infectés par le VIH, la couverture vaccinale dans cette population est souvent insuffisante. Le but de cette étude était de déterminer l'état d'immunisation contre le virus de l'hépatite Β dans la population infectée par le VIH de la cohorte Suisse HIV et d'analyser l'efficacité d'un programme de vaccination administré par le personnel soignant. L'immunité avant et après intervention dans notre centre a été comparée aux autres centres de la cohorte HIV en Suisse. L'immunité pour le centre d'intervention a passé de 32% avant intervention à 76% après intervention alors que pour les autres centres, l'immunité n'a progressé que de 33% à 39% dans le même laps de temps (n=2712, P=0.001). Cette étude montre qu'un contrôle systématique de l'immunité par du personnel soignant augmente de manière significative l'immunité pour le vaccin de l'hépatite Β dans la population HIV.

Des syncinésies aux mécanismes d'inhibition motrice chez l'enfant

Certaines manifestations motrices involontaires représentent une caractéristique développementale ou pathologique connue sous le terme de syncinésie. Cet article traite de la question des syncinésies en trois temps. Une première partie fait un point sur la diversité de leurs manifestations selon les populations et dresse un bilan sur les multiples épreuves psychomotrices qui mesurent leurs intensités et leurs évolutions dans le temps. Une seconde partie s'intéresse à une catégorie de ces syncinésies, les syncinésies d'imitation, et fait la description dedeux modèles d'organisation neuro-motrices qui pourraient expliquer leur survenue. Enfin dans un troisième temps, nous montrons que les déterminants neurobiologiques du couplage neuro-moteur à l'origine des syncinésies d'imitation sont également une source d'intérêt pour les travaux de recherche qui s'intéressent à l'évolution avec l'âge des coordinations bimanuelles et plus particulièrement au développement des mécanismes d'inhibition motrice. Nous faisons l'hypothèse de mécanismes de contrôle en commun (et probablement de nature inhibitrice) qui, d'une part, participent à la diminution des syncinésies d'imitation et d'autre part favorisent la production des performances bimanuelles plus complexes chez l'enfant. Une approche interdisciplinaire intégrant des mesures classiques des manifestations syncinétiques et l'analyse de l'inhibition motrice inter-hémisphérique pourrait, dans une perspective développementale, permettre de mettre en évidence les liens entre ces deux phénomènes fondamentaux de la motricité humaine.

Novel action of a wake-promoting neuropeptide in hippocampus : inhibition of nmda receptor function at excitatory synapses through orexin-a

One of the most intriguing functions of the brain is the ability to learn and memorize. The mechanism through which memory and learning are expressed requires the activation of NMDA receptors (NMDARs). These molecular entities are placed at the postsynaptic density of excitatory synapses and their function is tightly controlled by the actions of several modulators at the extracellular, intracellular and pore sites. A large part of the intracellular modulation comes from the action of G-protein coupled receptors (GPCRs). Through intracellular cascades typically involving kinases and phosphatases, GPCRs potentiate or inhibit NMDARs, controlling the conductive state but also the trafficking within the synapse. The GPCRs are involved in the modulation of a variety of brain functions. Many of them control cognition, memory and learning performance, therefore, their effects on NMDARs are extensively studied. The orexinergic system signals through GPCRs and it is well known for the regulation of waking, feeding, reward and autonomic functions. Moreover, it is involved in potentiating hippocampus-related cognitive tasks. Orexin receptors and fibers are present within the hippocampus, but whether these directly modulate hippocampal cells and synapses has not yet been determined. During my thesis, I studied orexinergic actions on excitatory synaptic transmission via whole-cell patch-clamp recordings in rat acute hippocampal slices. I observed that exogenously applied orexin-A (ox-A) exerted a strong inhibitory action on NMDAR-mediated synaptic potentials at mossy fiber (MF)-CA3 synapses, by postsynaptically activating orexin-2 receptors, a minor inhibition at Schaffer collateral-CAl synapses and did not affect other synapses with the CA3 area. Moreover, I demonstrated that the susceptibility of NMDARs to ox- A depends on the tone of endogenous orexin known to fluctuate during the day-night cycle. In fact, in slices prepared during the active period of the rats, when endogenous orexin levels are high, NMDAR-currents were not affected by exogenously applied ox-A. The inhibitory effect of ox-A was, however, reverted when interfering with the orexinergic system through intraperitoneal injections of almorexant, a dual orexin receptor antagonist, during the active phase prior to slice preparation. This thesis work suggests that the orexinergic system regulates NMDAR-dependent information flow through select hippocampal pathways depending on the time-of-day. The specific orexinergic modulation of NMDARs at MFs dampens the excitability of the hippocampal circuit and could impede the mechanisms related to memory formation, possibly also following extended periods of waking. -- La capacité d'apprentissage et de mémorisation est une des fonctions les plus intrigantes de notre cerveau. Il a été montré qu'elles requièrent l'activation des récepteurs NMDA (NMDARs). Ces entités moléculaires sont présentes au niveau de la densité post-synaptique des synapses excitatrices et leur fonction est étroitement contrôlée par l'action de nombreux modulateurs au niveau extracellulaire, intracellulaire et membranaire de ces récepteurs. Une grande partie de la modulation intracellulaire s'effectue via l'action de récepteurs couplés aux protéines G (GPCRs). Grace à leurs cascades intracellulaires typiquement impliquant des kinases et des phosphatases, les GPCRs favorisent l'activation ou l'inhibition des NMDARs, contrôlant ainsi leur perméabilité mais aussi leur mouvement à la synapse. Les GPCRs sont impliquées dans de nombreuses fonctions cérébrales telles que la cognition, la mémoire ainsi que la capacité d'apprentissage c'est pour cela que leurs effets sur les NMDARs sont très étudiés. Le système orexinergique fait intervenir ces GPCRs et est connu par son rôle dans la régulation de fonctions physiologiques telles que l'éveil, la prise alimentaire, la récompense ainsi que d'autres fonctions du système nerveux autonome. De plus, ce système est impliqué dans la régulation de tâches cognitives liées à l'hippocampe. Bien que les fibres et les récepteurs à l'orexine soient présents dans l'hippocampe, leur mécanisme d'action sur les cellules et les synapses de l'hippocampe n'a pas encore été élucidé. Durant ma thèse, je me suis intéressée aux effets de l'orexine sur la transmission synaptique excitatrice en utilisant la méthode d'enregistrement en patch-clamp en configuration cellule entière sur des tranches aiguës d'hippocampes de rats. J'ai observé que l'application exogène d'orexine A d'une part inhibe fortement les courants synaptiques dépendants de l'activation des NMDARs au niveau de la synapse entre les fibres moussues et CA3 via l'activation post-synaptique des orexine récepteurs 2 mais d'autre part n'inhibe que de façon mineure la synapse entre les collatérales de Schaffer et CAI et n'affecte pas les autres synapses impliquant CA3. J'ai également démontré que la sensibilité des NMDARs à l'orexine A dépend de sa concentration endogène qui fluctue durant le cycle éveil-sommeil. En effet, lorsque les coupes d'hippocampes sont préparées durant la période active de l'animal correspondant à un niveau endogène d'orexine élevé, l'application exogène d'orexine A n'a aucun effet sur les courants dépendants de l'activation des NMDARs. Cependant, l'injection dans le péritoine, durant la phase active de l'animal, d'un antagoniste des orexine récepteurs, l'almorexant, va supprimer l'effet inhibiteur de l'orexine A. Les résultats de ma thèse suggèrent donc que le système orexinergique module les informations véhiculées par les NMDARs via des voies de signalisation sélectives de l'hippocampe en fonction du moment de la journée. La modulation orexinergique des NMDARs au niveau des fibres moussues diminue ainsi l'excitabilité du circuit hippocampal et pourrait entraver les mécanismes liés à la formation de la mémoire, potentiellement après de longues périodes d'éveil.

Développement d'une méthode microgravimétrique urbaine : intégration dans un SIG et application au projet du M2 lausannois

Résumé La réalisation d'une seconde ligne de métro (M2) dès 2004, passant dans le centre ville de Lausanne, a été l'opportunité de développer une méthodologie concernant des campagnes microgravimétriques dans un environnement urbain perturbé. Les corrections topographiques prennent une dimension particulière dans un tel milieu, car de nombreux objets non géologiques d'origine anthropogénique comme toutes sortes de sous-sols vides viennent perturber les mesures gravimétriques. Les études de génie civil d'avant projet de ce métro nous ont fournis une quantité importante d'informations cadastrales, notamment sur les contours des bâtiments, sur la position prévue du tube du M2, sur des profondeurs de sous-sol au voisinage du tube, mais aussi sur la géologie rencontré le long du corridor du M2 (issue des données lithologiques de forages géotechniques). La planimétrie des sous-sols a été traitée à l'aide des contours des bâtiments dans un SIG (Système d'Information Géographique), alors qu'une enquête de voisinage fut nécessaire pour mesurer la hauteur des sous-sols. Il a été alors possible, à partir d'un MNT (Modèle Numérique de Terrain) existant sur une grille au mètre, de mettre à jour celui ci avec les vides que représentent ces sous-sols. Les cycles de mesures gravimétriques ont été traités dans des bases de données Ac¬cess, pour permettre un plus grand contrôle des données, une plus grande rapidité de traitement, et une correction de relief rétroactive plus facile, notamment lorsque des mises à jour de la topographie ont lieu durant les travaux. Le quartier Caroline (entre le pont Bessières et la place de l'Ours) a été choisi comme zone d'étude. Le choix s'est porté sur ce quartier du fait que, durant ce travail de thèse, nous avions chronologiquement les phases pré et post creusement du tunnel du M2. Cela nous a permis d'effectuer deux campagnes gravimétriques (avant le creu¬sement durant l'été 2005 et après le creusement durant l'été 2007). Ces réitérations nous ont permis de tester notre modélisation du tunnel. En effet, en comparant les mesures des deux campagnes et la réponse gravifique du modèle du tube discrétisé en prismes rectangulaires, nous avons pu valider notre méthode de modélisation. La modélisation que nous avons développée nous permet de construire avec détail la forme de l'objet considéré avec la possibilité de recouper plusieurs fois des interfaces de terrains géologiques et la surface topographique. Ce type de modélisation peut s'appliquer à toutes constructions anthropogéniques de formes linéaires. Abstract The realization of a second underground (M2) in 2004, in downtown Lausanne, was the opportunity to develop a methodology of microgravity in urban environment. Terrain corrections take on special meaning in such environment. Many non-geologic anthropogenic objects like basements act as perturbation of gravity measurements. Civil engineering provided a large amount of cadastral informations, including out¬lines of buildings, M2 tube position, depths of some basements in the vicinity of the M2 corridor, and also on the geology encountered along the M2 corridor (from the lithological data from boreholes). Geometry of basements was deduced from building outlines in a GIS (Geographic Information System). Field investigation was carried out to measure or estimate heights of basements. A DEM (Digital Elevation Model) of the city of Lausanne is updated from voids of basements. Gravity cycles have been processed in Access database, to enable greater control of data, enhance speed processing, and retroactive terrain correction easier, when update of topographic surface are available. Caroline area (between the bridge Saint-Martin and Place de l'Ours) was chosen as the study area. This area was in particular interest because it was before and after digging in this thesis. This allowed us to conduct two gravity surveys (before excavation during summer 2005 and after excavation during summer 2007). These re-occupations enable us to test our modélisation of the tube. Actually, by comparing the difference of measurements between the both surveys and the gravity response of our model (by rectangular prisms), we were able to validate our modeling. The modeling method we developed allows us to construct detailed shape of an object with possibility to cross land geological interfaces and surface topography. This type of modélisation can be applied to all anthropogenic structures.

The pleiotropic role of lipoxin A4 and its possible therapeutic use in endometriosis

L'endométriose est l'une des principales causes d'infertilité, caractérisée par une croissance ectopique de tissu endométrial. Sa Physiopathologie est encore mal comprise. En utilisant un modèle expérimental murin, nous avons étudié les mécanismes de développement et de progression de l'endométriose ainsi que l'effet d'un traitement systémique avec la lipoxine A4 (LXA4), un médiateur lipidique aux propriétés anti-inflammatoires. Le traitement à la LXA4 réduit de façon significative la taille des lésions endométriotiques et abaisse le taux de cytokines pro-inflammatoires telles que les interleukines (IL)-lß et d'IL-6. Une production aberrante de stéroïdes par les lésions ainsi qu'un contrôle immunitaire défaillant joue un rôle central dans la pathogenèse. LXA4 diminue l'expression du facteur induit par l'hypoxie (HIF)-la et ses gènes cibles, comme le facteur de croissance de Pendothélium vasculaire (VEGF) et la cyclo-oxygénase (COX)-2, qui diminue la production locale de Prostaglandines E2 ce qui résulterait en un environnement hypo-oestrogénique peritonéal. Outre ses effets anti¬inflammatoires, LXA4 régule l'expression des enzymes de remodelage de la matrice tels les métalloprotéinases matricielles (MMP)-2 et -9 ainsi que le facteur de croissance de transformation (TGF)-ß dans les lésions et les cellules du liquide péritonéal. De plus, le traitement à la LXA4 diminue l'expression de l'aromatase (CYP19A1) ainsi que celle du récepteur des oestrogènes (ER)-a qui module la signalisation des oestrogènes et des gènes impliqués dans la prolifération cellulaire (GREB1, cMyc et CCND1). Finalement, lorsque la LXA4 est donnée après l'apparition de la maladie, le traitement est encore efficace sur le contrôle de la croissance des lésions. En conclusion, ces nouvelles découvertes mettent en valeur un répertoire potentiel de cibles pour le traitement de l'endométriose et confirment un effet pléiotrope du traitement à la LXA4 sur la progression de la maladie : en diminuant les médiateurs pro-inflammatoires et angiogéniques, les enzymes de remodelage de la matrice, ainsi que le métabolisme et la signalisation de l'oestrogène, et en intervenant en aval de la cascade de gènes impliqués dans la prolifération. Ainsi, nos résultats désignent LXA4 comme agent thérapeutique potentiel pour le traitement de l'endométriose péritonéale.

SEPT4, a p53 target gene product, implicates p 53 in the regulation of exocytosis

Résumé : Le cancer, qui est responsable d'un quart des décès en Suisse, exhibe un état cellulaire désordonné, qui lui-même, est la conséquence d'un dérèglement des gènes. Le gène le plus fréquemment altéré, dans les cas de cancers humains, est p53. Ce gène encode un facteur de transcription, impliqué dans la régulation de nombreux gènes impliqués dans le cycle cellulaire, l'apoptose ou la différenciation. Notre laboratoire a récemment identifié seize nouveaux gènes, dont l'expression est régulée par p53, parmi lesquels sept4, su jet de cette thèse. La protéine 5EPT4 appartient à la famille des septines, qui est impliquée dans la cytokinèse. Dans ce travail, nous avons confirmé la régulation de l'expression de sept4 par p53 dans des tissus de souris, et étonnamment, seul un des deux promoteurs du gène sept4 est contrôlé par p53. En outre, l'approche immunohistologique nous a permis de supposer une implication de la protéine SEPT4 dans le mécanisme de l'exocytose. Cette hypothèse a été confirmée par l'interaction de SEPT4 avec la protéine syntaxine 1A, et par son activité inhibitrice sur la sécrétion stimulée. En élargissant l'étude de la protéine SEPT4, nous avons découvert que celle-ci avait comme partenaire fonctionnel, la protéine Pinl, une enzyme qui catalyse l'isomérisation cis-trans du lien peptidique précédant une proline. bans ce contexte, nous avons démontré que l'interaction entre ces deux protéines reposait sur le domaine WW de Pinl, un type de domaine reconnaissant les motifs phosphoséryl-prolyl et phosphothréonyl-prolyl. Ce dernier résultat nous a conduit à examiner la phosphorylation de 5EPT4. Nous avons démontré que la partie N-terminale de SEPT4 était phosphorylée par la kinase Cdk5. La co¬expression de Cdk5 et de SEPT4 stimule la dégradation de SEPT4, indépendamment de la voie du protéasome. Ainsi, l'ensemble de nos observations fournissent l'évidence de l'engagement de la protéine SEPT4 dans la régulation de l'exocytose, et soutiennent le rôle de p53 dans le contrôle de l'exocytose, via SEPT4, ce qui constituerait un nouveau rôle fonctionnel pour ce gardien du génome. Summary: Cancer, which is responsible for a quarter of the deaths in Switzerland, exhibits a disordered cellular state, which itself, is the consequence of an altered state of genes. The most frequently altered gene in human cancer is p53. This gene encodes a transcription factor, implicated in the regulation of numerous genes involved in cell cycle, apoptosis or differentiation. Our laboratory has recently identified sixteen new genes whose expression is regulated by p53, amongst them septin 4, which is the subject of this thesis. The SEPT4 protein belongs to the septin family which is implicated in cytokinesis. In the present work, we have confirmed the regulation of sept4 expression by p53 in mouse tissues, and surprisingly, only one of the two sept4 promoters is regulated by p53. In addition, the immunohistologic approach enabled us to suppose a role of SEPT4 in exocytosis. This assumption was confirmed by the interaction of SEPT4 with syntaxin 1A, and by its inhibiting activity on stimulated secretion. By widening the analysis of SEPT4, we identified Pin1 as an interacting protein. Pin1 is an enzyme which catalyzes the cis-trans isomerization of the peptide bond preceding a proline residue. In this context, we showed that the interaction between these two proteins depends on the WW domain of Pin 1. This domain has been shown to function as a phosphoserine- or phosphothreonine¬binding module. This last result prompted us to examine phosphorylation of SEPT4. We demonstrated that the N-terminal portion of SEPT4 was phosphorylated by the Cdk5 kinase. The co-expression of Cdk5 with 5EPT4 stimulates SEPT4 degradation, independently of the proteasome pathway. Thus, these observations provide evidence for the engagement of SEPT4 in the regulation of exocytosis, and supports the role of p53 in the control of exocytosis, via SEPT4, which constitutes a new functional role for this guardian of the genome.

Roles of transient guidepost neurons in corpus callosum formation and guidance

RESUMENeurones transitoires jouant un rôle de cibles intermédiaires dans le guidage des axones du corps calleuxLe guidage axonal est une étape clé permettant aux neurones d'établir des connexions synaptiques et de s'intégrer dans un réseau neural fonctionnel de manière spécifique. Des cellules-cibles intermédiaires appelées « guidepost » aident les axones à parcourir de longues distances dans le cerveau en leur fournissant des informations directionnelles tout au long de leur trajet. Il a été démontré que des sous-populations de cellules gliales au niveau de la ligne médiane guident les axones du corps calleux (CC) d'un hémisphère vers l'autre. Bien qu'il fût observé que le CC en développement contenait aussi des neurones, leur rôle était resté jusqu'alors inconnu.La publication de nos résultats a montré que pendant le développement embryonnaire, le CC contient des glies mais aussi un nombre considérable de neurones glutamatergiques et GABAergiques, nécessaires à la formation du corps calleux (Niquille et al., PLoS Biology, 2009). Dans ce travail, j'ai utilisé des techniques de morphologie et d'imagerie confocale 3D pour définir le cadre neuro-anatomique de notre modèle. De plus, à l'aide de transplantations sur tranches in vitro, de co-explants, d'expression de siRNA dans des cultures de neurones primaires et d'analyse in vivo sur des souris knock-out, nous avons démontré que les neurones du CC guident les axones callosaux en partie grâce à l'action attractive du facteur de guidage Sema3C sur son récepteur Npn- 1.Récemment, nous avons étudié l'origine, les aspects dynamiques de ces processus, ainsi que les mécanismes moléculaires impliqués dans la mise en place de ce faisceau axonal (Niquille et al., soumis). Tout d'abord, nous avons précisé l'origine et l'identité des neurones guidepost GABAergiques du CC par une étude approfondie de traçage génétique in vivo. J'ai identifié, dans le CC, deux populations distinctes de neurones GABAergiques venant des éminences ganglionnaires médiane (MGE) et caudale (CGE). J'ai ensuite étudié plus en détail les interactions dynamiques entre neurones et axones du corps calleux par microscopie confocale en temps réel. Puis nous avons défini le rôle de chaque sous-population neuronale dans le guidage des axones callosaux et de manière intéressante les neurones GABAergic dérivés de la MGE comme ceux de la CGE se sont révélés avoir une action attractive pour les axones callosaux dans des expériences de transplantation. Enfin, nous avons clarifié la base moléculaire de ces mécanismes de guidage par FACS sorting associé à un large criblage génétique de molécules d'intérêt par une technique très sensible de RT-PCR et ensuite ces résultats ont été validés par hybridation in situ.Nous avons également étudié si les neurones guidepost du CC étaient impliqués dans son agénésie (absence de CC), présente dans nombreux syndromes congénitaux chez 1 humain. Le gène homéotique Aristaless (Arx) contrôle la migration des neurones GABAergiques et sa mutation conduit à de nombreuses pathologies humaines, notamment la lissencéphalie liée à IX avec organes génitaux anormaux (XLAG) et agénésie du CC. Fait intéressant, nous avons constaté qu'ARX est exprimé dans toutes les populations GABAergiques guidepost du CC et que les embryons mutant pour Arx présentent une perte drastique de ces neurones accompagnée de défauts de navigation des axones (Niquille et al., en préparation). En outre, nous avons découvert que les souris déficientes pour le facteur de transcription ciliogenic RFX3 souffrent d'une agénésie du CC associé avec des défauts de mise en place de la ligne médiane et une désorganisation secondaire des neurones glutamatergiques guidepost (Benadiba et al., submitted). Ceci suggère fortement l'implication potentielle des deux types de neurones guidepost dans l'agénésie du CC chez l'humain.Ainsi, mon travail de thèse révèle de nouvelles fonctions pour ces neurones transitoires dans le guidage axonal et apporte de nouvelles perspectives sur les rôles respectifs des cellules neuronales et gliales dans ce processus.ABSTRACTRole of transient guidepost neurons in corpus callosum development and guidanceAxonal guidance is a key step that allows neurons to build specific synaptic connections and to specifically integrate in a functional neural network. Intermediate targets or guidepost cells act as critical elements that help to guide axons through long distance in the brain and provide information all along their travel. Subpopulations of midline glial cells have been shown to guide corpus callosum (CC) axons to the contralateral cerebral hemisphere. While neuronal cells are also present in the developing corpus callosum, their role still remains elusive.Our published results unravelled that, during embryonic development, the CC is populated in addition to astroglia by numerous glutamatergic and GABAergic guidepost neurons that are essential for the correct midline crossing of callosal axons (Niquille et al., PLoS Biology, 2009). In this work, I have combined morphological and 3D confocal imaging techniques to define the neuro- anatomical frame of our system. Moreover, with the use of in vitro transplantations in slices, co- explant experiments, siRNA manipulations on primary neuronal culture and in vivo analysis of knock-out mice we have been able to demonstrate that CC neurons direct callosal axon outgrowth, in part through the attractive action of Sema3C on its Npn-1 receptor.Recently, we have studied the origin, the dynamic aspects of these processes as well as the molecular mechanisms involved in the establishment of this axonal tract (Niquille et al., submitted). First, we have clarified the origin and the identity of the CC GABAergic guidepost neurons using extensive in vivo cell fate-mapping experiments. We identified two distinct GABAergic neuronal subpopulations, originating from the medial (MGE) and caudal (CGE) ganglionic eminences. I then studied in more details the dynamic interactions between CC neurons and callosal axons by confocal time-lapse video microscopy and I have also further characterized the role of each guidepost neuronal subpopulation in callosal guidance. Interestingly, MGE- and CGE-derived GABAergic neurons are both attractive for callosal axons in transplantation experiments. Finally, we have dissected the molecular basis of these guidance mechanisms by using FACS sorting combined with an extensive genetic screen for molecules of interest by a sensitive RT-PCR technique, as well as, in situ hybridization.I have also investigated whether CC guidepost neurons are involved in agenesis of the CC which occurs in numerous human congenital syndromes. Aristaless-related homeobox gene (Arx) regulates GABAergic neuron migration and its mutation leads to numerous human pathologies including X-linked lissencephaly with abnormal genitalia (XLAG) and severe CC agenesis. Interestingly, I found that ARX is expressed in all the guidepost GABAergic neuronal populations of the CC and that Arx-/- embryos exhibit a drastic loss of CC GABAergic interneurons accompanied by callosal axon navigation defects (Niquille et al, in preparation). In addition, we discovered that mice deficient for the ciliogenic transcription factor RFX3 suffer from CC agenesis associated with early midline patterning defects and a secondary disorganisation of guidepost glutamatergic neurons (Benadiba et al., submitted). This strongly points out the potential implication of both types of guidepost neurons in human CC agenesis.Taken together, my thesis work reveals novel functions for transient neurons in axonal guidance and brings new perspectives on the respective roles of neuronal and glial cells in these processes.

La diminution de l'activité du répresseur ICER dans les adipocytes est responsable de la résistance à l'insuline dirigée par le facteur CREB dans l'obésité [The decreased activity of the repressor ICER in adipocytes is responsible for insulin resistance led by factor CREB in obesity.]

Introduction: Une élévation de l'activité des facteurs de transcription CREBs dans le tissu adipeux est en partie responsable de l'insulino-résistance systémique dans l'obésité. Le facteur «Inducible cAMP early repressor» (ICER) est un répresseur transcriptionnel passif dont le niveau d'expression antagonise l'activité des CREBs. L'objectif de ce travail adipocytaire des CREBs dans l'obésité chez l'Homme et la souris. Matériels et méthodes: Du tissu adipeux blanc (TAB) a été prélevé chez des souris obèses nourries sous une diète normale et des souris obèses nourries sous un régime riche en graisses pendant 12 semaines. Des biopsies de tissu adipeux viscéral (TAV) ont été prélevées chez les sujets humains minces (BMI = 24 ± 0,5 kg/m2) et obèses (BMI > 35 kg/m2). L'expression des gènes est quantifiée par RT-PCR quantitative. L'activité des CREBs et d'ICER est mesurée par des expériences de retard sur gel. L'activité des histones déacétylases est quantifiée par dosage colorimétrique. Résultats: L'expression et l'activité d'ICER sont diminuées dans le TAB des souris obèses, hyper-glycémiques et insulino-résistantes. De même, l'activité d'ICER est réduite dans le TAV des sujets humains obèses. Cette réduction corrèle avec une augmentation de l'activité des CREBs, une réduction de l'expression de Glut4 et de l'adiponectine, à la fois chez l'Homme et la souris. La diminution de l'expression d'ICER n'est observée que dans la fraction adipocytaire du tissu adipeux. L'expression d'ICER est contrôlée par l'activité des HDACs. L'inhibition des HDACs inhibe l'expression d'ICER dans les adipocytes. L'activité totale des HDACs est réduite dans les tissus adipeux chez les souris et chez les sujets humains obèses. Conclusion: La diminution de l'activité d'ICER dans les adipocytes par une modification de l'activité des HDACs serait responsable de l'augmentation de l'activité des CREBs dans l'obésité.

The role of the δ-opioid receptor in skin homeostasis and wound healing

Au regard des agressions environnementales constantes que la peau doit endurer, l'équilibre fragile entre l'expression et la répression des gènes épidermiques, nécessaire à la différentiation et la prolifération des kératinocytes, pourrait facilement être perturbé en l'absence des mécanismes de stabilisation robustes. La présence d'un système neuroendocrinien local est donc importante afin de coordonner une réponse aux éventuelles irritations. En effet, l'expression de plusieurs neurohormones, des neurotransmetteurs et des neuropeptides, y compris des dérivés pro-opiomélanocortine comme la ß-endorphine et [Met5]-enképhaline, ainsi que l'expression du récepteur 8-opioïde (DOR) a été démontré dans la peau. Cependant, les mécanismes moléculaires par lesquels ils modulent la fonction des kératinocytes sont mal connus. Le présent travail démontre que la voie de signalisation DOR active spécifiquement la voie ERK 1/2 MAPK dans les lignées cellulaires de kératinocytes humains, inhibant la prolifération des cellules et entraîne une diminution de l'épaisseur épidermique dans un modèle organotypique de peau. De plus, l'expression de DOR retarde nettement l'induction de la kératine 10 (KRT 10) et la kératine 1 (KRT 1) dans une modèle 2D de différentiation in vitro, et supprime l'induction de KRT 10 dans un modèle organotypique de peau. Ceci est accompagné de la dérégulation de l'involucrine (IVL), la loricrine (LOR) et la fïlaggrin (FLG), résultant en une induction nettement réduite de leur expression lors de l'initiation de la différentiation in vitro. De plus, POU2F3 a été identifié comme un facteur de transcription régulant les gènes de différentiation des kératinocytes modulés par DOR. Il a été démontré que la régulation négative de POU2F3 via la voie DOR-ERK affecte les principaux aspects de la fonction des kératinocytes. Toutefois, il est évident que des facteurs supplémentaires influencent la fonctionnalité de la voie DOR elle-même. Le calcium et le contact cellule-cellule augmentent la quantité des récepteurs à la surface cellulaire des kératinocytes. Les kératinocytes dont les récepteurs sont internalisés ne répondent pas de la même manière que ceux possédant des récepteurs fonctionnels localisée à la membrane. Ce travail suggère que lors de signaux intrinsèques ou extrinsèques spécifiques, les kératinocytes sont capable de répondre via le système opioïdergique neuro-epidermique. Cette réponse doit être spatialement et temporairement contrôlée afin d'éviter un déséquilibre de l'homéostasie épidermique et un retard de cicatrisation. La compréhension de ce processus très complexe pourrait permettre à terme le développement de meilleurs traitements des affections cutanées pathologiques. En complément des études précédentes sur des souris DOR-défïcientes, ces données suggèrent que l'activation de DOR dans les kératinocytes humains influence la morphogenèse et l'homéostasie de l'épiderme, et pourrait jouer un rôle lors du processus de cicatrisation. - In view of the constant environmental assaults that the skin must endure, the delicate balance of an eloquent sequence of epidermal gene expression and repression, that is required for appropriate differentiation and proliferation of keratinocytes, might easily become derailed in the absence of robust stabilizing mechanisms. The presence of a local neuroendocrine system is thereby important to coordinate a response towards irritations. In fact, the expression of several neurohormones, neurotransmitters, and neuropeptides, including proopiomelanocortin derivatives, such as ß- endorphin and [Met5]-enkephalin has been shown in skin, as well as expression of the 6-opioid receptor (DOR). However, there is currently a lack of understanding of the molecular mechanisms by which their signalling modulates keratinocyte function. The present work demonstrates that DOR signalling specifically activates the ERK 1/2 MAPK pathway in human keratinocyte cell lines. This activation inhibits cell proliferation, resulting in decreased epidermal thickness in an organotypic skin model. Furthermore, DOR expression markedly delays induction of keratin intermediate filament Keratin 10 (KRT 10) and KRT 1 during in vitro differentiation, and abolishes the induction of KRT 10 in the organotypic skin model. This is accompanied by deregulation of involucrin (IVL), loricrin (LOR), and filaggrin (FLG), illustrated by a markedly reduced induction of their expression upon initiation of differentiation in vitro. Additionally, POU2F3 was identified as a transcription factor mediating the DOR induced regulation of keratinocyte differentiation related genes. It was revealed that DOR-mediated ERK-dependent downregulation of this factor affects key aspects of keratinocyte function. However, it is evident that additional triggers influence the functionality of the DOR itself. Calcium at concentrations above 0.1 mM and cell-cell contact both enhance the presence of receptor molecules on the keratinocytes cell surface. Keratinocytes with internalized receptor do not respond to DOR ligands in the same way as keratinocytes with a functional membrane localized receptor.

Non-lecteur ? Et pour les nombres ? Correspondances entre transcodage alphabétique et numérique chez de jeunes Français

Dans cette étude, on a comparé les productions de 17 enfants non-lecteurs, âgés de 9 à 11 ans, dans une tâche de lecture de mots et dans une tâche de lecture de nombres, de l'écrit vers l'oral. Les performances de deux groupes contrôle, appariés selon l'âge (n= 93) et le niveau de lecture de mots (n= 51), ont également été comparées avec celles des non-lecteurs. Contrairement aux groupes contrôle, les non-lecteurs ont montré d'aussi grandes difficultés quel que soit le code utilisé (mots versus nombres). En outre, le nombre d'erreurs commises pour un type de transcodage s'est avéré fortement lié avec celui de l'autre type, chez les lecteurs non confirmés (non-lecteurs et contrôle de même niveau). La discussion défend l'idée du développement d'une capacité générale de transcodage, allant vers une différenciation progressive des processus en fonction des divers codes.

Copy number variation modifies expression profiles over developmental time

Abstract : A preliminary understanding of the phenotypic effect of copy number variation (CNV) of DNA segments is emerging. These rearrangements were shown to influence, in a somewhat dose-dependent manner, the expression of genes mapping within them. They were also shown to modify the expression of genes located on their Hanks, sometimes at great distance. Here, we demonstrate by monitoring these effects at multiple life stages, that these controls over expression are effective throughout mouse development. Similarly, we observe that the more specific spatial expression patterns of CNV genes are maintained through life. However, 'we find that some brain- expressed genes mapping within CNVS appear to be under compensatory loops only at specific time-points, indicating that the effect of CNVS on these genes is modulated during development. Notably, we also observe that CNV genes are significantly enriched within transcripts that show variable time-course expression between strains. Thus, modifying the copy number of a gene may potentially alter not only its expression level, but its timing of expression as well. Résume : Nous commençons à comprendre les effets phénotypiques liés aux séquences d'ADN qui changent de nombre de copies d'un individu a l'autre. Des travaux précédents ont montré que ces variante de nombre de copies (CNVS) avaient une influence sur l'expression non seulement des gènes se trouvant dans le réarrangement, mais aussi sur ceux se trouvant à une certaine distance. Le présent travail étudie ces effets à différents stades du développement de la souris allant d'un embryon de deux semaines à la souris adulte. Nous avons observé que certains gènes exprimés dans le cerveau semblent soumis à un contrôle plus strict a certaines étapes du développement suggèrent que l'effet des CNVs est modulé différemment au cours de la vie. Notre travail sur trois souches différentes de souris a permis de montrer que les gènes ayant un profil d'expression différent dans le temps entre souches sont enrichis en gènes se trouvant dans des CNVs. Ceci nous amène à penser que les CNVs ont, non seulement une influence sur le niveau d'expression des gènes, mais aussi sur les moments durant lesquels ils seront exprimés. Résumé pour un large public : De nombreuses maladies sont dues soit a un gain (on parle alors de duplication) soit à une perte de matériel génétique (il s'agit dune délétion). Bien que les recherches visant à identifier les mécanismes moléculaires liés à ces réarrangements de notre génome progressent continuellement, la plupart des causes des maladies génétiques restent à élucider. Certaines parties de notre génome sont présentes en un nombre de copies qui diffère d'un individu à l'autre sans pour autant provoquer une ou des maladies. Ces segments d'ADN qui varient en nombre sont appelés Copy Number Variant (CNVs). Ils couvrent environ 12% de notre matériel génétique. Des études menées sur différents modèles animaux ont montré que les CNVs avaient une influence aussi bien sur les gènes qui sont a l'intérieur des CNVs que sur ceux qui sont dans leur voisinage. Ce travail étudie l'effet des CNVs à travers différents stades du développement de la souris. Nous avons démontré que les segments d'ADN qui varient en nombre de copies ont des effets variables selon le stade auxquels ils sont mesurés. Ainsi, les CNVs ont non seulement un impact sur l'expression des gènes présents dans ces régions et dans leur voisinage, mais influencent également leurs profils d'expression au cours du temps.

Analyse des modifications de la chromatine impliquées dans l'effet barrière de CTF1 aux télomères humains

Eukaryotic genomes are compartmentalized in different structural domains that can affect positively or negatively gene expression. These regions of euchromatin and heterochromatin are characterized by distinct histones marks which can facilitate or repress gene transcription. The chromatin environment represents thus one of the main problems to control gene expression in biotechnological applications or gene therapy, since its expression is affected by the chromatin neighboring its locus of insertion. Some chromatin regions like telomeres are composed of constitutive heterochromatin which leads to the telomeric position effect (TPE) that silences genes adjacent to the telomere. TPE is known to spread by the selfrecruitment of the SIR histone deacetylase complex from the telomere in S.cerevisiae, but the histone marks that are associated to telomeric chromatin in mammalian cells remain mostly unknown. The transcription factor CTF1 has shown antisilencing properties in mammalian cells and also a boundary activity against TPE in yeast cells when fused to the yeast Gal4 DNA binding domain. In the work presented here, we describe a dual-reporter system to assess the boundary activity of proteins such as CTF1 at human telomeres. When located between the two reporter genes, CTF1 shields the telomere distal gene from TPE, while the telomereproximal gene remains silenced by telomeric heterochromatin. The boundary activity of CTF1 is shown to act regardless its function of transcriptional activator, by opposition to the transcriptional activator VP16 which activates indifferently both transgenes. Moreover, this study shows that CTF1 boundary activity is linked to its H3 binding function, as expected from a chromatin remodeler. ChIP experiments showed that histone deacetylation is the main histone modification involved in gene silencing at mammalian cell telomeres. Distinctly to yeast cells, the histone deacetylation signal in human cells extented over a short range along the chromosome. CTF1 may help to block this propagation and therefore to restore histones acetylation level on telomere protected locus. Surprisingly, other histone marks such as trimethyl-H3K9 or trimethyl-H4K20 were found on telomere protected locus, while in another clone, unsilencing of telomere distal transgene was associated with recruitment of the histone variant H2A.Z. Thus, I conclude that CTF1 displays a chromatin boundary function which is independent of its transcriptional activity and therefore exhibit features required for use as chromatin insulator in biotechnological applications. RESUME Les génomes eucaryotes sont compartementalisés en domaines structurels qui peuvent affecter positivement ou négativement l'expression des gènes avoisinants. Ces régions dites d'euchromatine ou d'hétérochromatine sont caractérisées par des modifications posttraductionnelles des histones qui peuvent faciliter ou au contraire inhiber la transcription des gènes qui s'y trouvent. Ainsi, isoler un gène de son environnement chromatinien est problème fréquent lorsqu'il s'agit de contrôler son expression dans le cadre d'applications en biotechnologie ou encore en thérapie génique. Certaines régions de chromatine telles que les télomères sont composées d'hétérochromatine constitutive qui mène au silençage des gènes avoisinants. Cet effet de position télomérique (TPE) est connu dans la levure S.cerevisiae comme se propageant par auto-recrutement du complexe de déacétylation d'histone SIR, alors que peu de modifications de chromatine ont pu être associées à ce phénomène dans les cellules de mammifères. Le facteur de transcription CTF1 a montré des propriétés d'anti-silençage dans les cellules de mammifères, ainsi qu'une activité barrière contre le silençage télomérique dans les cellules de levures lorsqu'il est fusionné au domaine de liaison à l'ADN de la protéine de levure Gal4. Dans le travail présenté ci-après est décrit un système à deux gènes rapporteurs permettant de mesurer l'activité barrière de protéines telles que CTF1 aux télomères humains, et les modifications de chromatine qui y sont associées. Lorsque CTF1 est placé entre les deux gènes rapporteurs, le gène distant du télomère est protégé du silençage qui lui est associé, alors que le gène proche du télomère reste soumis à ce silençage induit par l'hétérochromatine télomérique. L'activité barrière de CTF1 est montrée ici comme agissant indépendamment de son activité transcriptionnelle, par opposition à l'activateur transcriptionnel VP16 qui active indifféremment les deux transgènes. En outre, cette étude appuie l'hypothèse stipulant que CTF1 agisse comme remodeleur chromatinien puisqu'elle démontre que son activité barrière est directement dépendante de son activité de liaison avec l'histone H3. De plus, des expériences d'immuno-précipitation de la chromatine démontrent que la déacétylation des histones est le majeur phénomène intervenant dans le silençage télomérique. Par opposition à la levure, ce signal de déacétylation ne se propage dans les cellules humaines que sur une courte distance le long du chromosome. CTF1 agit ainsi en bloquant cette propagation et en restaurant le niveau d'acétylation des histones sur le locus protégé du télomère. De manière surprenante et inattendue, d'autres modifications d'histones telles que 4 les H3K9 et H4K20 triméthylées sont aussi observées à ce locus, tandis le recrutement du variant H2A.Z peut aussi être suffisant à restaurer l'expression du gène distant du télomère. En terme de cette analyse, CTF1 exhibe ainsi une fonction de barrière chromatinienne qui exclue une activité transcriptionnelle non désirée - propriété qui est requise dans l'établissement des isolateurs visant à permettre le contrôle d'un transgène dans le cadre d'applications en biotechnologies.

Environmental changes in the aftermath of Neoproterozoic glaciations: a biogeochemical study of sediments from SW-Gondwana

Abstract The late Neoproterozoic or Ediacaran period, (635 to -543 Ma) is a primordial time in the Earth history corresponding to the beginning of animal life and the most extreme ice ages on Earth. In this dissertation, palaeoenvironmental conditions were reconstructed for Ediacaran, post-Gaskiers shelf deposits in SW- Gondwana and their changes were evaluated according to the diversity of organisms. The present study addresses the question of interactions between biodiversity and environmental change by using the elemental and isotopic geochemistry of sedimentary rocks and associated organic matter, as well as the distribution of hydrocarbon biomarkers. The studied sedimentary sequences are from a large basin extended from the Paraguay belt to the Rio de la Plata craton, including the Corumbâ Group in SW-Brazil (Paraguay belt), the Arroyo del Soldado Group in Uruguay and the Sierras Bayas Group in Argentina (both in the Rio de la Plata craton). Several geochemical signatures of the sediments from Corumbâ and Sierras Bayas groups provides evidence for an euxinic setting in the Ediacaran Ocean: 1) The occurrence of syngenetic pyrite in the Corumbâ Group together with hydrocarbon biomarkers of an anoxic microbial consortium including traces of gammacerane, a distribution of hopanes with maxima at C29 as well as a low pristane/phytane (Pr/Ph) ratio; 2) the occurrence of 34S enrichments within sulfides of the Sierras Bayas Group exceeding the sulfur isotopic composition of coeval carbonate-associated sulfate. In the Arroyo del Soldado Group, an event of reducing conditions was revealed by higher concentrations of redox-sensitive trace elements and negative 513Ccar shifts in all sections. This event is extended to the whole unit in the deepest section and is restricted to tempestites in the two other shallow sections. The persistent negative. ôl3Ccar values recorded at the basinal setting implies strong isotopic gradient between shallow and deep water environments and therefore, a locus of deposition below the redox chemocline. In all studied sections, the excursions, the strong enrichment of authigenic trace-elements, the occurrence of longer chain «-alkanes, gammacerane and low Pr/Ph and Ph/>;-C]a ratios, combined with the previous sedimentological and paleontological observations indicate that the chemistry of the ocean was strongly controlled by the oxygen availability; waters being moderately oxic at the surface and anoxic at depth for much of the Neoproterozoic. This water column stratification was favourable to the storage of large amounts of nutrients in the deep ocean. During upwelling periods, the export of these nutrient-rich waters may have triggered an important bioproductivity in surface waters. Drops in Al3Cc,,.](Cr and positive ôl3Ccllr excursions highlight the increase in primary productivity. Preservation of organic carbon was ensured by reducing conditions at the bottom. The Al3ccar.kcr excursions could also reflect changes in the composition of the primary biomass. New geochemical evidence from SW-Gondwana sections supports a stratified Ediacaran ocean, outside restricted or hypersaline environments, in the aftermath of glaciations. The association of ocean stratification and the appearance of metazoans support the model that the evolution of eukaryotic life was related to the increase of oxygen levels in surface environments due to an efficient recycling of nutrients in the anoxic deep ocean. Résumé Le Néoprotérozoïque terminal, ou Édiacarien (635 à -543 Ma), est un période de première importance dans l'histoire de la Terre, car elle correspond a l'apparition des métazoaires pendant un intervalle de glaciations extrêmes. Le présent mémoire se propose de reconstituer les conditions paléoenvironnementales des dépôts de plateforme mis en place durant l'Édiacarien, au sud-ouest du Gondwana. Les interactions entre changements environnementaux et biodiversité sont évaluées en s'appuyant d'une part sur la composition élémentaire et isotopique des roches sédimentaires et de leur matière organique, et d'autre part sur la distribution moléculaire de biomarqueurs hydrocarbonés. Les séquences sédimentaires étudiées proviennent d'un grand bassin qui s'étend de la chaîne du Paraguay jusqu'au craton du Rio de la Plata. La séquence du Groupe Corumbâ au Sud Ouest du Brésil se situe dans la chaîne du Paraguay, tandis que le Groupe Arroyo del Soldado en Uruguay et le Groupe Sierras Bayas en Argentine sont situés sur le craton du Rio de la Plata. L'étude géochimique des sédiments des groupes Corumbâ et Sierras Bayas révèle de façon claire des conditions euxiniques dans l'océan édiacarien. On trouve ainsi, dans le Groupe Corumbâ, les biomarqueurs d'un cortège microbien anoxique et sulfurique comprenant des bactéries sulfato-réductrices, et dans les sulfures du Groupe Sierras Bayas, des enrichissements en Î4S excédant les rapports isotopiques du soufre dans le sulfate cogénétique associé aux carbonates. Dans la séquence de l'Arroyo del Soldado, un événement réducteur est mis en évidence par des teneurs plus élevées en éléments traces sensibles aux conditions redox et par des excursions négatives du 613Ccardans toutes les coupes. Cet événement affecte la totalité de la section la plus profonde et n'apparaît que dans les tempestites dans les sections les moins profondes. La persistance de valeurs négatives du ô13Ccarau large implique un gradient isotopique prononcé entre les environnements superficiels et profonds, et donc, ta présence d'une chémocline redox. Les excursions du. ôBCcar, l'enrichissement authigène en éléments traces, la présence de gammacérane et de rt-alcanes à longue chaîne, ainsi que de faibles rapports Pr/Ph et Ph/«-Cl8, viennent s'ajouter aux observations préliminaires sur la sédimentologie et la paléontologie pour indiquer que la chimie de l'océan était fortement contrôlée par la disponibilité d'oxygène, les eaux étant modérément oxiques à la surface et anoxiques en profondeur pendant la plus grande partie du Néoprotérozoïque. La stratification de la colonne d'eau était favorable au stockage de grandes quantités de nutriments dans l'océan profond. Dans les zones d'upwelling, la migration d'eaux profondes riches en nutriment vers la surface a pu provoquer une bioproductivité prononcée dans les eaux de surface. La conservation du carbone organique était assurée par les conditions anoxiques prévalant au fond. Les excursions du A13Ccar.kt.r pourraient aussi refléter des changements dans la biomasse primaire. Le présent travail apporte donc de nouvelles preuves qu'un océan stratifié s'est maintenu à la suite des glaciations néoprotérozoïques dans le Sud Ouest du Gondwana. L'association d'un océan stratifié et de l'apparition de la vie animale est en accord avec le modèle stipulant que l'évolution de la vie est associée à une meilleure oxygénation des environnements de surface. Résumé pour le grand public La période Ediacarienne (635 à -543 Ma) à la fin du Précambrien est l'une de plus énigmatiques dans l'histoire de la Terre, car elle est caractérisée par la diversification de la vie multicellulaire (eucaryote) pendant un intervalle de glaciations extrêmes. Dans ce travail de thèse, nous cherchons à déceler l'existence éventuelle d'un lien entre ces changements environnementaux et l'évolution de la vie eucaryote à travers une étude biogéochimique. La biogéochimie est l'étude des activités biologiques dans la géosphère, telles que celles intervenant dans les cycles des éléments chimiques (y compris les isotopes stables) et celles de production de composés carbonés caractérisant certains groups d'organismes ou taxons. La recherche des signatures paléoenvironnementales dans les roches précambriennes a été fortement facilitée par l'utilisation des biomarqueurs ou fossiles moléculaires. Ces composés, provenant des lipides biologiques (molécules avec des fonctions spécifiques dans les organismes), peuvent être reliés à des taxons spécifiques ou à des voies métaboliques. La transformation d'un biolipide en fossile moléculaire intervient lorsque des restes organiques déposés dans un substrat subissent un enfouissement et une augmentation de la pression (diagenèse). Ce processus mène à la formation de kérogène, un grand agrégat chimique de matière organique insoluble dans des solvants organiques, et de bitume ou fraction soluble (extractible) de la matière organique. L'analyse intégrée du kérogène et du bitume fournit des indications précieuses pour les reconstitutions paléoenvironnementales. Des conditions paléoenvironnementales ont ainsi été déterminées pour une plateforme marine Ediacarienne située dans la partie sud-américaine du bloc occidental du paléocontinent Gondwana. Les séquences sédimentaires étudiées appartiennent au même bassin qui s'étend de la ceinture du Paraguay (Groupe Corumbâ, Brésil) au craton du Rio de la Plata (Groupes Arroyo del Soldado, Uruguay et Sierras Bayas, Argentina). Nous nous sommes intéressés aux isotopes stables de carbonates et de la matière organique associée (kérogène et bitume), aux éléments majeurs et traces, ainsi qu'aux biomarqueurs caractérisant ces roches. Les résultats de cette dissertation suggèrent qu'au cours de l'Édiacarien, suite aux glaciations néoprotérozoïques dans le bloc occidental du Gondwana, l'océan était stratifié en zones spécifiques d'eaux riches en sulfures et dépourvues d'oxygène (euxiniques). L'association d'un océan stratifié et de l'apparition de la vie animale est en accord avec le modèle stipulant que l'évolution de la vie est associée à une meilleure oxygénation des environnements de surface. Les excursions isotopiques (tendance à des valeurs positives ou négatives) en constante fluctuation pour le carbone et très positives pour le soufre des sulfures, l'enrichissement en éléments trace et la présence de certains composés (e.g. gammacerane; Pr/Ph et Ph/«-Ci8 en basse proportion) conjugués aux observations sédimentologiques et paléontologiques des différents profils étudiés indiquent que la chimie de l'océan était fortement contrôlée par la disponibilité d'oxygène, avec des eaux modérément oxygénées en surface et euxiniques en profondeur pour la plupart du Néoprotérozoïque.