DEFINING alpha-HELIX GEOMETRY BY C-alpha ATOM TRACE vs (phi-psi) TORSION ANGLES: A COMPARATIVE ANALYSIS

A regular secondary structure is described by a well defined set of values for the backbone dihedral angles (phi,psi and omega) in a polypeptide chain. However in real protein structures small local variations give rise to distortions from the ideal structures, which can lead to considerable variation in higher order organization. Protein structure analysis and accurate assignment of various structural elements, especially their terminii, are important first step in protein structure prediction and design. Various algorithms are available for assigning secondary structure elements in proteins but some lacunae still exist. In this study, results of a recently developed in-house program ASSP have been compared with those from STRIDE, in identification of alpha-helical regions in both globular and membrane proteins. It is found that, while a combination of hydrogen bond patterns and backbone torsional angles (phi-psi) are generally used to define secondary structure elements, the geometry of the C-alpha atom trace by itself is sufficient to define the parameters of helical structures in proteins. It is also possible to differentiate the various helical structures by their C-alpha trace and identify the deviations occurring both at mid-positions as well as at the terminii of alpha-helices, which often lead to occurrence of 3(10) and pi-helical fragments in both globular and membrane proteins.

Chemical Shifts to Metabolic Pathways: Identifying Metabolic Pathways Directly from a Single 2D NMR Spectrum

Identifying cellular processes in terms of metabolic pathways is one of the avowed goals of metabolomics studies. Currently, this is done after relevant metabolites are identified to allow their mapping onto specific pathways. This task is daunting due to the complex nature of cellular processes and the difficulty in establishing the identity of individual metabolites. We propose here a new method: ChemSMP (Chemical Shifts to Metabolic Pathways), which facilitates rapid analysis by identifying the active metabolic pathways directly from chemical shifts obtained from a single two-dimensional (2D) C-13-H-1] correlation NMR spectrum without the need for identification and assignment of individual metabolites. ChemSMP uses a novel indexing and scoring system comprised of a ``uniqueness score'' and a ``coverage score''. Our method is demonstrated on metabolic pathways data from the Small Molecule Pathway Database (SMPDB) and chemical shifts from the Human Metabolome Database (HMDB). Benchmarks show that ChemSMP has a positive prediction rate of >90% in the presence of deduttered data and can sustain the same at 60-70% even in the presence of noise, such as deletions of peaks and chemical shift deviations. The method tested on NMR data acquired for a mixture of 20 amino acids shows a success rate of 93% in correct recovery of pathways. When used on data obtained from the cell lysate of an unexplored oncogenic cell line, it revealed active metabolic pathways responsible for regulating energy homeostasis of cancer cells. Our unique tool is thus expected to significantly enhance analysis of NMIR-based metabolomics data by reducing existing impediments.

Saber y poder, prodigios ambiguos e interpretación medieval en el Libro de Alexandre y el Poema de Fernán Gonçález

Resumen: Tanto en el Libro de Alexandre como en el Poema de Fernán Gonçález se presentan prodigios de signifi cación ambigua: el eclipse en el LA, el caballero tragado por la tierra y la serpiente voladora en el PFG. Los episodios en que aparecen insertos estos elementos extraordinarios o sobrenaturales ofrecen una serie de similitudes: el temor de los ejércitos y la habilidad retórica que se despliega para reinterpretar el signo, volverlo a favor del héroe y enardecer así a sus hombres. El objetivo de este trabajo es examinar estos episodios y su signifi cación en el marco de cada uno de los poemas, centrándonos en los problemas de la interpretación y la asignación de sentido, y la relación entre saber y poder que se postula.

Gestión del riesgo operativo en las entidades de crédito: un camino sin retorno

[ES] Este trabajo presenta la problemática de la gestión del riesgo operativo en las entidades de crédito en el ámbito europeo. Aprobado el texto definitivo del denominado Comité de Supervisión Bancaria (Basilea II), con especial y novedosa regulación del riesgo operativo, amanece como inminente su integración e la regulación bancaria de la UE, y, por tanto, su pronta implantación y supervisión por las autoridades monetarias y financieras. Esta nueva normativa, de carácter flexible y profesional, introduce en el seno del gobierno corporativo de las entidades de crédito nuevos elementos que afectarán a su cultura interna (cultura de gestión de los riesgos), afectando a las decisiones estratégicas y a la organización de las entidades, incentivando a la mejora de la calidad de sus procesos, servicios y operaciones. Todo lo cual supone una acicate para perseguir la eficiencia continua a nivel individual y a nivel del sistema financiero, con visos de adquirir dimensión estratégica. De esta manera, se abre un espacio para la investigación y creatividad en la aplicación y desarrollo de los postulados científicos de la Economía de la Empresa, con posibilidades de incorporarlos a otros sectores empresariales de similar afectación por los riesgos operativos.

Frentes parlamentares : o caso da frente parlamentar de apoio às santas casas de misericórdia, hospitais e entidades filantrópicas na área de saúde

Objetiva analisar o trabalho da Frente Parlamentar de apoio às Santas Casas de Misericórdia, Hospitais e Entidades Filantrópicas na área de saúde, durante a 1ª Sessão Ordinária da 54ª Legislatura. A Instituição Legislativa, por força regimental, pauta seus trabalhos no poder decisório dos dirigentes da Mesa e das Lideranças Partidárias restringindo estratégias individuais. Dessa forma como se dão a criação de espaços para constituição e atuação das Frentes? A saúde como um dos principais fundamentos para o exercício de uma cidadania plena justificou a busca e aferição das informações. A construção da pesquisa se deu através do levantamento de dados documentais, eventos públicos e entrevistas com parlamentares. Pesquisou-se a gradual abrangência da assistência médica, o papel das instituições filantrópicas e da legislação que as ampara. Para contextualizar o modo de atuação da Frente, elaborou-se revisão de literaturas clássicas e contemporâneas abordando democracia e representação política, com enfoque em estudos atuais que demonstram que os parlamentares são orientados pela obediência partidária, previsibilidade nas votações, em oposição a teorias que classificam de prevalência da indisciplina partidária, patronagem e fisiologismo os fatores norteadores dos legisladores. Em detrimento da escassez de literatura, pode-se levantar dados históricos da formação no parlamento de colegiados nos moldes das Frentes - principalmente no período democrático de 1945/1964, e nos dias atuais retroagiu-se à 52ª Legislatura o acesso a dados eletrônicos.

Fischereiökonomie im Institut für Seefischerei - Überlegungen für zukünftige Forschungsaktivitäten

With the assignment of the head of the fisheries economics working group at the Institute of Sea Fisheries three from four envisioned positions are now filled. Responsibilities will range from data collection and processing to bio-economic modeling, value adding of the fishing sector, and the assessment of economic consequences of climate change. This also includes general advisory responsibilities on the national and international level.

Differenzierung von Kammmuscheln durch DNA-Analyse

Abstract In the last years scallops have reached a considerable popularity and the import of scallops into the EU has increased about 20 % over the last fi ve years from some 50.000 t to nearly 63.000 t in the year 2010. Scallops are fi shed or farmed, and traded as fresh or deep frozen product. Recently investigation of scallop products of various origins by determining the species using molecular biological techniques showed that the species had been mislabelled in a considerable proportion of samples. Determination of the species was performed by PCR-based DNA-analysis of mitochondrial DNA followed by (i) sequencing the PCR product and (ii) comparison of the DNA sequence with entries in GenBank using BLAST. The deduced sequences of the analysed samples were considerably different from each other allowing the unambiguous assignment of samples to a certain species. Kurzfassung Die Nachfrage von Kammmuscheln in der EU hat in den letzten fünf Jahren erheblich zugenommen. Der Import stieg von knapp 53.000 t im Jahr 2005 um 20% auf annähernd 63.000 t im Jahr 2010. Gehandelt werden Kammmuscheln sowohl als frische als auch als Tiefkühlware aus Wildfängen und Aquakultur. Untersuchungen von Kammmuschel-Proben aus verschiedenen Ursprungsländern und Bestimmung der Spezies auf molekularbiologischer Basis zeigten, dass ein erheblicher Anteil der Proben falsch deklariert war. Die Bestimmung der Spezies erfolgte durch Vervielfältigung eines Abschnitts des 16S rRNA Gens durch Polymerase- Kettenreaktion (PCR), anschließender Sequenzanalyse der PCR-Produkte und Vergleich der DNA Sequenzen untereinander und mit Dateneintragungen in GenBank. Die DNA-Sequenzen der ermittelten Abschnitte der 16S rRNA der Proben unterschieden sich erheblich voneinander und erlaubten eine eindeutige Zuordnung zu jeweils einer Spezies.

Uma Análise da Desigualdade de Crédito entre os Municípios do Rio de Janeiro 2000 a 2009

O objetivo desta dissertação é analisar a distribuição regional do crédito no estado do Rio de Janeiro, em particular o comportamento de agências e a distribuição do movimento financeiro bancário, e suas relações com a dinâmica de desenvolvimento econômico no estado do Rio de Janeiro. Para cumprir com este objetivo foram construídos indicadores a partir de dados relativos à atividade econômica e do balanço consolidado das agências bancárias dos 92 municípios fluminenses para o período de 2000 a 2009. Através da análise destes indicadores conclui-se que a despeito da forte concentração econômica e de crédito na região metropolitana do estado do Rio de Janeiro, as cidades do interior vem apresentando um dinamismo diferenciado evidenciando certa tendência à desconcentração do crédito, acompanhando a tendência de desconcentração econômica, reforçando a relação entre desenvolvimento econômico e financeiro e a concepção de que o movimento financeiro se concentra no entorno de cidades de forte dinamismo econômico.

Sistema inteligente para determinação de limite de crédito

A presente dissertação trata da estipulação de limite de crédito para empresas clientes, de modo automático, com o uso de técnicas de Inteligência Computacional, especificamente redes neurais artificiais (RNA). Na análise de crédito as duas situações mais críticas são a liberação do crédito, de acordo com o perfil do cliente, e a manutenção deste limite ao longo do tempo de acordo com o histórico do cliente. O objeto desta dissertação visa a automação da estipulação do limite de crédito, implementando uma RNA que possa aprender com situações já ocorridas com outros clientes de perfil parecido e que seja capaz de tomar decisões baseando-se na política de crédito apreendida com um Analista de Crédito. O objetivo é tornar o sistema de crédito mais seguro para o credor, pois uma análise correta de crédito de um cliente reduz consideravelmente os índices de inadimplência e mantém as vendas num patamar ótimo. Para essa análise, utilizouse a linguagem de programação VB.Net para o sistema de cadastro e se utilizou do MatLab para treinamento das RNAs. A dissertação apresenta um estudo de caso, onde mostra a forma de aplicação deste software para a análise de crédito. Os resultados obtidos aplicando-se as técnicas de RNAs foram satisfatórias indicando um caminho eficiente para a determinação do limite de crédito.

Dividing population genetic distance data with the software Partitioning Optimization with Restricted Growth Strings (PORGS): an application for Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha), Vancouver Island, British Columbia

A new method of finding the optimal group membership and number of groupings to partition population genetic distance data is presented. The software program Partitioning Optimization with Restricted Growth Strings (PORGS), visits all possible set partitions and deems acceptable partitions to be those that reduce mean intracluster distance. The optimal number of groups is determined with the gap statistic which compares PORGS results with a reference distribution. The PORGS method was validated by a simulated data set with a known distribution. For efficiency, where values of n were larger, restricted growth strings (RGS) were used to bipartition populations during a nested search (bi-PORGS). Bi-PORGS was applied to a set of genetic data from 18 Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) populations from the west coast of Vancouver Island. The optimal grouping of these populations corresponded to four geographic locations: 1) Quatsino Sound, 2) Nootka Sound, 3) Clayoquot +Barkley sounds, and 4) southwest Vancouver Island. However, assignment of populations to groups did not strictly reflect the geographical divisions; fish of Barkley Sound origin that had strayed into the Gold River and close genetic similarity between transferred and donor populations meant groupings crossed geographic boundaries. Overall, stock structure determined by this partitioning method was similar to that determined by the unweighted pair-group method with arithmetic averages (UPGMA), an agglomerative clustering algorithm.

Aquaculture in Jamaica

Jamaica, with its overfish marine resources, has become a major tilapia producer in Latin America led by a small number of large farms practicing tilapia culture with considerable commercial success. Across the country, however, aquaculture is typically practiced by a large number of small-scale fish farmers who own less than 1.0 ha of land. Production is constrained by lack of credit, finite land space and suitable soil type, but larger existing aquaculturists are expanding further for overseas markets. Inspired by pioneering tilapia fish culture demonstration projects funded by the USAID and the goverment of Jamaica, fish culture production rose from a few hundred kg of Oreochromis niloticus in 1977, to about 5000 t of processed fish mainly red hybrid tilapia, in 2000. Most of this quantity was exported to Europe and North America.

Caracterização óptica e estrutural de materiais isolantes dopados com metais de transição do grupo do ferro

O objetivo deste trabalho foi a investigação das propriedades ópticas e estruturais de materiais isolantes contendo metais de transição do grupo do ferro como impurezas substitucionais. As técnicas usadas para o estudo de amostras MgGa2O4, MgGa2O4 + B- Ga2O3 e ZnGa2O4 dopadas com Cr3+e Fe3+ foram: fotoluminescência, excitação, difração de raios-X, espalhamento de nêutrons, método de Rietveld para o refinamento da estrutura e espectroscopia fotoacústica. Estas técnicas permitem a determinação da coordenação do sítio impureza, a atribuição das transições de energia, o cálculo dos parâmetros de energia e a determinação de propriedades cristalográficas. As amostras apresentam largas bandas de energia nas regiões do visível e do infravermelho. Estas transições indicam a relevância deste estudo pelo interesse tecnológico na obtenção de novos materais com bandas sintonizáveis. No primeiro capítulo apresentamos uma introdução à teoria de campo cristalino. No segundo capítulo apresentamos medidas de fotoluminescência e excitação do MgGa2O4 dopado com 0,1, 0,5, 1,0 e 5,0 % de Cr3+ a 77 K e temperatura ambiente. No terceiro capítulo usamos fotoluminescência, excitação, espalhamento de nêutrons, difração de raios X, fotoacústica e método de refino de Rietveld para analisar o sistema MgGa2O4 + B-Ga2O3 contendo 0,1, 0,5, 1,0 e 5,0 % de Cr3+. No quarto capítulo mostramos resultados de fotoacústica para o ZnGa2O4 dopado com 5% e 10% de Fe3+.

The Great Albatross Philippine Expedition and Its Fishes

The Philippine Expedition of 1907-10 was the longest and most extensive assignment of the Albatross's 39-year career. It came about because the United States had acquired the Philippines following the Spanish-American War of 1898 and the bloody Philippine Insurection of 1899-1902. The purpose of the expedition was to surbey and assess the aquatic resources of the Philippine Islands. Dr. Hugh M. Smith, the Deputy Commissioner of the U.S. Bureau of Fisheries, was the Director of the Expedition. Other scientific participants were Frederick M. Chamberlain, Lewis Radcliffe, Paul Bartsch, Harry C. Fasset, Clarence Wells, Albert Burrows, Alvin Seale, and Roy Chapman Andrews. The expedition consisted of a series of cruises, each beginning and ending in Manila and exploring a different part of the island group. In addition to the Philippines proper, the ship also explored parts of the Dutch East Indies and areas around Hong Kong and Taiwan. The expedition returned great quantities of fish and invertebrate speciments as well as hydrographic and fisheries data; most of the material was eventually deposited in the Smithsonian Institution's National Museum of Natural History. The fisehs were formally accessioned into the museum in 1922 and fell under the car of Barton A. Bean, Assistant Curator of Fishes, who then recruited Henry W. Fowler to work up the material. Fowler completed his studies of the entire collection, but only part of it was ever published, due in part to the economic constraints caused by the Depression. The material from the Philippine Expedition constituted the largest single accession of fishes ever received by the museum. These speciments are in good condition today and are still being used in scientific research.

A Cooperative Management Solution to a Fishery Commons

A common property resource with open access, such as a fishery, will be used to excess when faced with sufficient demand. This will lead to an excessive amount of effort on the part of the fishery, resulting in a depletion of the stock. This paper discusses the development of a property rights regime for the Atlantic calico scallop, Argopecten gibbus, fishery of Florida. The management solution of the Calico Scallop Conservation Association (CSCA) provides an example of the assignment of property rights to a common property resource without resorting to governmental intervention. In this particular fishery, self-regulation limited early harvesting which would be uneconomic; there may be other fisheries in which self-regulation could be economically efficient and biologically appropriate. While this solution may not be applicable to all common property resources, for those cases which may be similar; the example of the CSCA provides valuable information that may be helpful in establishing a more efficient use of the resource. Some types of government facilitation may also be useful.

A responsabilidade civil do terceiro cúmplice pela lesão ao crédito alheio

Cuida-se de dissertação elaborada com o escopo de precisar os fundamentos e os critérios para a responsabilização civil do terceiro cúmplice nas lesões ao crédito alheio. O amplo desenvolvimento das relações obrigacionais no comércio jurídico exigiu do jurista o reconhecimento de situações nas quais o inadimplemento fosse ocasionado por uma conduta proveniente de um terceiro estranho à relação obrigacional. A imperiosa infiltração dos princípios constitucionais nas situações jurídicas subjetivas e a consagração normativa dos princípios da função social do contrato e da boa-fé objetiva contribuíram sobremaneira para uma revigorada análise acerca do momento patológico das obrigações, permitindo-se a admissão de atribuição de responsabilidade civil pela violação ao crédito perpetrada por um estranho alheio à relação contratual que deu origem ao referido crédito. A configuração da tutela externa do crédito perpassa pela necessidade de instituição de um dever de respeito ao crédito importo ao terceiro, cuja violação enseje sua responsabilização pelos danos ocasionados. O desiderato essencial do presente trabalho reside na identificação dos fundamentos capazes de subsidiar a existência de tal dever, bem como averiguar critérios seguros para a determinação das hipóteses nas quais se exija a observância de tal dever, cabendo ao ordenamento promover adequadamente os interesses do credor, que serão reputados merecedores de tutela em observância às circunstâncias e vicissitudes do caso concerto que apontarão para sua prevalência sobre os interesses do terceiro. Tratando-se de estudo sobre responsabilidade civil, obedece-se a um itinerário metodológico que pretende identificar os fundamentos do dever cuja violação possibilite a responsabilização do terceiro; analisar os pressupostos genéricos da responsabilidade civil em obediências às especificidades que a hipótese de tutela externa do crédito acarreta, bem como examinar critérios alusivos às circunstâncias excepcionais que regem a matéria; e revelar as consequências e os efeitos que a extensão subjetiva do dever reparatório decorrente do inadimplemento poderá repercutir na relação obrigacional.