Lewis’ Theory of Counterfactuals and Essentialism

La logique contemporaine a connu de nombreux développements au cours de la seconde moitié du siècle dernier. Le plus sensationnel est celui de la logique modale et de sa sémantique des mondes possibles (SMP) dû à Saul Kripke dans les années soixante. Ces dans ce cadre que David Lewis exposera sa sémantique des contrefactuels (SCF). Celle-ci constitue une véritable excroissance de l’architecture kripkéenne. Mais sur quoi finalement repose l’architecture kripkéenne elle-même ? Il semble bien que la réponse soit celle d’une ontologie raffinée ultimement basée sur la notion de mondes possible. Ce mémoire comporte quatre objectifs. Dans un premier temps, nous allons étudier ce qui distingue les contrefactuels des autres conditionnels et faire un survol historique de la littérature concernant les contrefactuels et leur application dans différent champs du savoir comme la philosophie des sciences et l’informatique. Dans un deuxième temps, nous ferons un exposé systématique de la théorie de Lewis telle qu’elle est exposée dans son ouvrage Counterfactuals. Finalement, nous allons explorer la fondation métaphysique des mondes possible de David Lewis dans son conception de Réalisme Modal.

Deleuze et l'éternel retour de la différence

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La lecture et la virtualité de l'oeuvre littéraire : une herméneutique de la figure de l'autoréférentialité dans Pale Fire

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Phénoménologie et réflexion dans la recherche en design : l'utilisation d'un journal réflexif dans la mise en place d'un programme d'ordinateur portable

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le projet organisant : vers une ontologie du projet d'aménagement

Codirection: Dr. Gonzalo Lizarralde

Modélisation des bi-grappes et sélection des variables pour des données de grande dimension : application aux données d’expression génétique

Les simulations ont été implémentées avec le programme Java.

L’interprétation mécaniste des communautés et des écosystèmes

Les concepts d’écosystèmes et de communautés sont centraux aux explications en écologie ainsi qu’à plusieurs débats environnementaux. Cependant, depuis l’introduction de ces concepts, leur statut ontologique est controversé (c'est-à-dire un écosystème a-t-il une existence à part entière au-delà de l’existence de ses parties constituantes?). Alors que certains favorisent une interprétation épistémique de ces concepts, d’autres défendent plutôt que ces unités écologiques fassent partie intégrante du monde naturel. Dans le cadre de ce mémoire, j’argumente que la meilleure manière d’appréhender cette question ontologique est de comprendre que les communautés ainsi que les écosystèmes sont des mécanismes. Plus précisément, je propose que les écosystèmes et les communautés soient des ensembles d’entités et d’activités organisés de manière à exhiber de manière régulière des phénomènes précis. Les entités sont les composantes de ces mécanismes (ex : espèce, niche écologique) alors que les activités sont les relations causales produisant des changements (ex : photosynthèse, prédation). Finalement, les phénomènes que ces mécanismes produisent sont les propriétés émergentes propres au niveau d’organisation des communautés et des écosystèmes (ex. : pH, Biomasse). En utilisant l’approche manipulationniste développée par James Woodward (2003, 2004, 2010), j’argumente qu’il est possible d’identifier les composantes causales des écosystèmes et des communautés ainsi que leurs relations. Puisqu’il est possible de manipuler empiriquement et de manière contrefactuelle de différentes manières les communautés et les écosystèmes (Penn 2003; Swenson et Wilson 2000), je conclus que nous pouvons affirmer de manière robuste (Wimsatt 2007) que ces entités existent réellement.

Le problème du mal dans la Summa de bono de Philippe le Chancelier

Ce mémoire entend mettre en lumière la solution au problème du mal développée par Philippe le Chancelier dans la Summa de bono (1225-1228). À cet effet, notre analyse se polarise sur la notion du mal qui occupe à la fois le système des transcendantaux et la division du bien créé découlant du principe du souverain bien. La somme est bâtie d’après la primauté de la notion du bien transcendantal, et fut rédigée par opposition avec la doctrine manichéenne des Cathares, en vogue au XIIIe siècle, qui s’appuyait sur la prééminence de deux principes métaphysiques causant le bien et le mal, d’où devaient procéder toutes les choses de la Création. Ceci explique que nous ayons privilégié de seulement examiner les notions du bien et du mal en un sens général, car c’est au stade universel de l’ontologie du bien que l’auteur défait la possibilité du mal de nature, en amont des ramifications du bien créé, déployées, à l’envi, dans les questions de la somme où les réponses sont assignées à des problèmes spécifiques. Nous offrons ici, pour la première fois, une traduction en français d’une série de questions ayant permis de mener à bien ce projet.

L’anthropologie théologique évangélique à la rencontre de la rationalité technoscientifique

Cette thèse analyse les incidences des avancées d’une rationalité technoscientifique sur les définitions classiques de l’humain. Elle discerne, dans sa présentation de ce phénomène, le lien entre la technoscience, la cybernétique et le posthumanisme qui en découle. Elle souligne les mutations et projets de remodèlement de l’humain qui traversent cette rationalité technoscientifique et son paradigme informationnel cybernéticien. Cette rationalité technoscientifique, polémique aux ontologies dites conservatrices, soutenant une vision amorale de la RDTS (Recherche & Développement technoscientifique), accouche d’un posthumanisme – en rapport difficile avec le corps – qui bouscule les définitions classiques de l’humain judéo-chrétien, dont l’anthropologie théologique évangélique. Traitant, dans une première grande section de trois chapitres, de la rationalité technoscientifique et de ses visions de l’humain, la thèse permet la mise en exergue des enjeux principaux se dégageant des nouveaux questionnements des anthropologies classiques soumises aux pressions de la RDTS. Dans la deuxième partie, encore de trois chapitres, qui porte sur l’anthropologie évangélique, la thèse situe les Évangéliques historiquement et doctrinalement, pour mieux relever les éléments identitaires du mouvement et les grandes déterminations théologiques à l’intérieur desquels se déploie cette anthropologie. La présentation de cette dernière se décline à partir des différentes compréhensions du motif anthropologique évangélique par excellence, l’imago Dei et le concept de l’unicité de l’humain dont les fondements semblent de plus en plus fragiles à la lumière des conclusions des recherches en paléontologie et en cognition animale. Si plusieurs défis importants sont posés à l’anthropologie évangélique, la thèse, se limitant à une critique évangélique de la rationalité technoscientifique et des réponses évangéliques à cette dernière, analyse une question essentielle pour la pensée évangélique, celle de l’humain homo ii faber et l’anthropotechnie, versus le remodèlement de l’humain autour des interrogations posthumanistes sur le corps et la question du salut. Cette thèse apporte une contribution 1) sur le plan de la synthèse qu’elle présente de l’anthropologie évangélique, 2) de la compréhension de l’identité évangélique, sa singularité et sa diversité, et 3) des manières dont une théologie évangélique peut entrer en dialogue avec la raison technoscientifique. Elle lève le voile sur l’utilisation tous azimuts du concept de l’imago Dei et de son insuffisance, à lui seul, pour apprécier les véritables enjeux du débat avec la rationalité technoscientique. Elle insinue que ce motif doit être analysé en conjonction avec la christologie dans l’approfondissement du Logos incarné, pour en mieux apprécier l'étendue. Ce n'est que dans ce lien qu’ont pu être trouvés des éléments capables d'articuler ce qui est en germe dans l'imago Dei et suggérer une définition de l’humain capable de prendre en considération les défis d’une rationalité technoscientifique et de son posthumanisme.

L'expérience de continuer dans les moments difficiles, une étude guidée par la perspective infirmière de l'Humaindevenant.

Le phénomène d’intérêt de la présente étude était l’expérience vivante (living) de santé continuer dans les moments difficiles. Tout en étant un phénomène courant au point d’être universellement vécue, cette expérience n’a pas fait l’objet d’une attention par les praticiens et par les chercheurs. Lorsque questionnés sur le sujet, les praticiens dans le domaine de la santé reconnaissent l’importance et la pertinence du phénomène tout en avouant ne pas avoir de connaissances et ne pas échanger sur le sujet avec leurs patients ou d’autres, dont les membres des familles. Spontanément, l’expérience de continuer dans les moments difficiles évoque la persévérance dans des moments difficiles qui sont souffrants, tout en espérant le meilleur possible qui soit. Les premières observations sur des expériences qui se rapprochent du phénomène à l’étude sont présentées dans des études portant sur les concepts apparentés de persévérance, souffrance et espérance. Le but de cette étude était de dégager la structure des significations de l’expérience vivante de continuer dans les moments difficiles à partir de l’expérience de personnes qui ont décrit le phénomène et ce, afin d’en améliorer la compréhension. La présente étude se veut une contribution au développement de connaissances utiles aux professionnels qui souhaitent satisfaire les attentes exprimées par les personnes en matière de présence attentive au vécu avec leur santé. Ils peuvent ainsi favoriser la promotion des soins centrés sur la personne alors que celle-ci cherche à clarifier sa situation et à mobiliser ses ressources pour prendre des décisions et réaliser des activités au sujet de sa santé. La méthode de recherche Parse, qui est phénoménologique-herméneutique, a été utilisée pour répondre à la question de recherche : Quelle est la structure de l’expérience vivante de continuer dans les moments difficiles? Douze adultes vivant dans deux régions du Québec au Canada ont participé à cette étude. Les données ont été recueillies par engagement dialogique et ont été analysées avec les processus d’extraction-synthèse. Les résultats sont décrits à partir des verbatim synthétisés jusqu’à une abstraction conceptuelle au niveau de l’ontologie choisie. Des concepts centraux ont été proposés et joints en une structure afin de répondre à la question de recherche. Le résultat central de cette étude est la structure suivante : continuer dans les moments difficiles, c’est la fortitude résolue au sein des vicissitudes avec la quête équivoque du contentement alors qu’émerge un horizon élargi avec des alliances bienveillantes. Cette structure a été jointe à l’ontologie de l’Humaindevenant et aux écrits empiriques et autres. L’interprétation heuristique comprend des émergeants métaphoriques et une expression artistique qui offrent un point de vue différent sur les résultats. À travers des formes d’art, les résultats sont partagés avec tous les publics. Cette étude contribue aux connaissances en sciences infirmières, étend la portée de l’ontologie choisie et améliore la compréhension au sujet de continuer dans les moments difficiles, en la reconnaissant comme une expérience vivante universelle de santé alors que les personnes souhaitent entrevoir une ouverture aux possibles avec leur santé et leur qualité de vie. Enfin, les implications pour la recherche, pour la formation et pour la pratique infirmière sont présentées.

De la faillibilité au serf-arbitre : le tournant herméneutique de Paul Ricoeur

Ce mémoire a pour but de montrer que le premier tournant herméneutique de Paul Ricœur en 1960 gravite essentiellement autour de la problématique de la volonté mauvaise. Nous soutenons autrement dit que Ricœur a initialement donné une tournure herméneutique à sa philosophie pour penser le serf-arbitre, c’est-à-dire pour penser la liberté captive d’elle-même. Afin de rendre compte adéquatement de ce tournant, notre attention sera principalement dirigée vers le deuxième tome de la Philosophie de la volonté de Ricœur, Finitude et culpabilité. Notre question se pose ainsi : comment et pourquoi, dans une problématique du mal, Ricœur entame-t-il son tournant herméneutique? Pour y répondre, nous expliciterons le parcours de Ricœur allant de L’homme faillible à La symbolique du mal. Nous verrons dans un premier temps que si le philosophe arrive à thématiser le concept de faillibilité à partir d’une ontologie de la disproportion, si la réflexion a accès à la possibilité du mal, il n’en ira pas de même pour le noème inintelligible que constitue le mal moral. Afin de penser la faute, nous verrons que Ricœur se tournera vers l’herméneutique en se mettant à l’écoute du langage de l’aveu. Ainsi, dans la deuxième partie de notre mémoire, nous expliciterons les trois moments de compréhension (phénoménologique, herméneutique et réflexif) propre à l’herméneutique philosophique de Ricœur de 1960.

Sur l'interprétation Heideggérienne du chapitre "Du schématisme des concepts purs de l'entendement" de la critique de la raison pure de Kant

Cette analyse porte sur le schématisme des concepts purs de l’entendement, tel que présenté par Emmanuel Kant dans la Critique de la raison pure et interprété par Martin Heidegger. La lecture proposée par Heidegger est critiquée par un bon nombre de commentateurs dans la mesure où ils considèrent que son interprétation ne lui sert qu’à faire valoir ses propres théories philosophiques au sujet du Dasein et de l’ontologie fondamentale. Notre approche se distingue de la leur dans la mesure où nous tentons de comprendre les raisons qui ont poussé Heidegger à défendre l’interprétation du schématisme qui est la sienne. Notre étude s’attarde au texte de Kant de manière à en souligner les éléments qui ont permis à Heidegger d’établir sa lecture, telle qu’il la présente dans son ouvrage de 1929, ayant pour titre Kant et le problème de la métaphysique. La méthode utilisée est comparative, car notre but est de démontrer la valeur de l’interprétation heideggérienne contre celle des commentateurs qui le critiquent pour des raisons insuffisantes. Bref, le thème du schématisme kantien est analysé de long en large et la conclusion à laquelle nous parvenons est que Heidegger a permis des avancées philosophiques considérables par son herméneutique de la Critique et qu’il est nécessaire de leur accorder l’attention qui leur est due.

Représentation OWL de la ressource lexicale LVF et son utilisation dans le traitement automatique de la langue

Le dictionnaire LVF (Les Verbes Français) de J. Dubois et F. Dubois-Charlier représente une des ressources lexicales les plus importantes dans la langue française qui est caractérisée par une description sémantique et syntaxique très pertinente. Le LVF a été mis disponible sous un format XML pour rendre l’accès aux informations plus commode pour les applications informatiques telles que les applications de traitement automatique de la langue française. Avec l’émergence du web sémantique et la diffusion rapide de ses technologies et standards tels que XML, RDF/RDFS et OWL, il serait intéressant de représenter LVF en un langage plus formalisé afin de mieux l’exploiter par les applications du traitement automatique de la langue ou du web sémantique. Nous en présentons dans ce mémoire une version ontologique OWL en détaillant le processus de transformation de la version XML à OWL et nous en démontrons son utilisation dans le domaine du traitement automatique de la langue avec une application d’annotation sémantique développée dans GATE.

Regulation of gene expression in the dinoflagellate Lingulodinium polyedrum

Les dinoflagellés sont des eucaryotes unicellulaires que l’on retrouve autant en eau douce qu’en milieu marin. Ils sont particulièrement connus pour causer des fleurs d’algues toxiques nommées ‘marée-rouge’, ainsi que pour leur symbiose avec les coraux et pour leur importante contribution à la fixation du carbone dans les océans. Au point de vue moléculaire, ils sont aussi connus pour leur caractéristiques nucléaires uniques, car on retrouve généralement une quantité immense d’ADN dans leurs chromosomes et ceux-ci sont empaquetés et condensés sous une forme cristalline liquide au lieu de nucléosomes. Les gènes encodés par le noyau sont souvent présents en multiples copies et arrangés en tandem et aucun élément de régulation transcriptionnelle, y compris la boite TATA, n’a encore été observé. L’organisation unique de la chromatine des dinoflagellés suggère que différentes stratégies sont nécessaires pour contrôler l’expression des gènes de ces organismes. Dans cette étude, j’ai abordé ce problème en utilisant le dinoflagellé photosynthétique Lingulodinium polyedrum comme modèle. L. polyedrum est d’un intérêt particulier, car il a plusieurs rythmes circadiens (journalier). À ce jour, toutes les études sur l’expression des gènes lors des changements circadiens ont démontrées une régulation à un niveau traductionnel. Pour mes recherches, j’ai utilisé les approches transcriptomique, protéomique et phosphoprotéomique ainsi que des études biochimiques pour donner un aperçu de la mécanique de la régulation des gènes des dinoflagellés, ceci en mettant l’accent sur l’importance de la phosphorylation du système circadien de L. polyedrum. L’absence des protéines histones et des nucléosomes est une particularité des dinoflagellés. En utilisant la technologie RNA-Seq, j’ai trouvé des séquences complètes encodant des histones et des enzymes modifiant les histones. L polyedrum exprime donc des séquences conservées codantes pour les histones, mais le niveau d’expression protéique est plus faible que les limites de détection par immunodétection de type Western. Les données de séquençage RNA-Seq ont également été utilisées pour générer un transcriptome, qui est une liste des gènes exprimés par L. polyedrum. Une recherche par homologie de séquences a d’abord été effectuée pour classifier les transcrits en diverses catégories (Gene Ontology; GO). Cette analyse a révélé une faible abondance des facteurs de transcription et une surprenante prédominance, parmi ceux-ci, des séquences à domaine Cold Shock. Chez L. polyedrum, plusieurs gènes sont répétés en tandem. Un alignement des séquences obtenues par RNA-Seq avec les copies génomiques de gènes organisés en tandem a été réalisé pour examiner la présence de transcrits polycistroniques, une hypothèse formulée pour expliquer le manque d’élément promoteur dans la région intergénique de la séquence de ces gènes. Cette analyse a également démontré une très haute conservation des séquences codantes des gènes organisés en tandem. Le transcriptome a également été utilisé pour aider à l’identification de protéines après leur séquençage par spectrométrie de masse, et une fraction enrichie en phosphoprotéines a été déterminée comme particulièrement bien adapté aux approches d’analyse à haut débit. La comparaison des phosphoprotéomes provenant de deux périodes différentes de la journée a révélée qu’une grande partie des protéines pour lesquelles l’état de phosphorylation varie avec le temps est reliées aux catégories de liaison à l’ARN et de la traduction. Le transcriptome a aussi été utilisé pour définir le spectre des kinases présentes chez L. polyedrum, qui a ensuite été utilisé pour classifier les différents peptides phosphorylés qui sont potentiellement les cibles de ces kinases. Plusieurs peptides identifiés comme étant phosphorylés par la Casein Kinase 2 (CK2), une kinase connue pour être impliquée dans l’horloge circadienne des eucaryotes, proviennent de diverses protéines de liaison à l’ARN. Pour évaluer la possibilité que quelques-unes des multiples protéines à domaine Cold Shock identifiées dans le transcriptome puissent moduler l’expression des gènes de L. polyedrum, tel qu’observé chez plusieurs autres systèmes procaryotiques et eucaryotiques, la réponse des cellules à des températures froides a été examinée. Les températures froides ont permis d’induire rapidement un enkystement, condition dans laquelle ces cellules deviennent métaboliquement inactives afin de résister aux conditions environnementales défavorables. Les changements dans le profil des phosphoprotéines seraient le facteur majeur causant la formation de kystes. Les phosphosites prédits pour être phosphorylés par la CK2 sont la classe la plus fortement réduite dans les kystes, une découverte intéressante, car le rythme de la bioluminescence confirme que l’horloge a été arrêtée dans le kyste.

De l’anthropos : se savoir humain, entre foi et savoir

Cotutelle de thèse réalisée en littérature comparée (option épistémologie) avec l'Université de Montréal sous la direction de Terry Cochran et en philosophie avec Paris X (Nanterre) sous la direction d'Alain Milon.