Embedded Monitoring Server

This study investigates, designs, and implements an inexpensive application that allows local and remote monitoring of a home. The application consists of an array of sensors for monitoring different conditions in a home environment and also for accessing the devices that might be connected to the system. Only a few sensors are initially involved in this study and information about the temperature level, forced entry detection, smoke and water leakage detection can be obtained at any time from any location with an Internet connection. The application software (coded in C language) runs on an embedded system which is basically a wireless Linksys router running on a GNU/Linux based firmware for embedded systems. Interaction between the sensors and the application software is achieved through an implemented sensor interfacing circuit. The communication with the sensor interfacing unit is done through the serial port, and accessibility of the connected sensors is achieved through a telnet client. The sensors can be accessed from local and remote locations with the sensors giving reliable information. The resulting application shows that it is possible to use the router for other applications other than what it is intended for.

Yhteisön langaton palvelualusta

Yhteisön langaton palvelualusta on konsepti langattomien yhteisöllisten verkkopalveluiden tarjoamiseen.Konsepti perustuu langattomaan WLAN-reititinlaitteeseen sekä Linux-käyttöjärjestelmäpohjaiseen laiteohjelmistoon, joiden avulla voidaan tarjota paikallisia, erilaisten pienten yhteisöjen käyttöön tarkoitettuja langattomia verkkopalveluita.Soveltuvia käyttökohteita voivat olla esimerkiksi asuntoyhteisöjen välinen tiedotuskanava tai perheen sisäinen viihdekeskus, jonka kautta voidaan tarjota yhteisön toimintaa helpottavia ja tavoitteita edistäviä palveluita. Yhteisön langattomat palvelut perustuvat vapaisiin ohjelmistoihin, jotka mahdollistavat monipuolisen palveluvalikoiman luomisen. Langattoman palvelualustan avulla pienten yhteisöjen tarvitsemat langattomat palvelut voidaan luoda helposti, edullisesti ja joustavasti, ilman kaupallisten palveluoperaattoreiden asettamia rajoituksia.

Ennakoivan Bluetooth -verkon hyödyntäminen paikkatietoon pohjautuvan opastusjärjestelmän toteutuksessa

Tekniikan kehitys ja elämänrytmin kiihtyminen ajaa eteenpäin sekä tarvetta että mahdollisuuksia toteuttaahenkilökohtaisia opastusjärjestelmiä. Lyhyen kantaman langattomat kommunikaatioteknologiat mahdollistavat erilaisten paikkasidonnaisten palveluiden, kuten opastusjärjestelmien toteuttamisen kohtuullisilla kustannuksilla. Markkinoilla olevista järjestelmistä sisätiloihin sijoittuvaan reaaliaikaiseen opastukseen soveltuvaa järjestelmää on vaikea löytää ja useimmat niistä hyödyntävät WLAN -tekniikkaa, joka ei ole kovin laajasti tuettuna matkapuhelimen kaltaisissa kannettavissa päätelaitteissa. Tässä työssä tuodaan esille Bluetooth -tekniikalla toteutettavien reaaliaikaisten järjestelmien ongelmia ja esitellään yksi ratkaisumalli. Toimintaa vaikeuttaa lähinnä pitkä yhteyden muodostumisaika, joka koostuu verkon laitteiden hakemiseen kuluvasta pitkästä vaikeasti kestoltaan arvioitavasta ajasta ja valittuun kohteeseen yhteyden muodostamiseen kuluneesta ajasta. Toteutetussa Bluetooth -opastusjärjestelmässä opastettavien laitteiden hakeminen liityntäpistettä vaihdettaessa on voitu jättää pois, koska yhteyden muodostamiseen vaaditut tiedot välitetään liityntäpisteille kiinteän Ethernet -verkon välityksellä. Työntuloksena syntyneen opastusjärjestelmän käyttökokemukset osoittavat opastusverkon suunnittelun olevan haastava tehtävä, mutta verkon toimintakuntoon saattamisen jälkeen järjestelmän suorituskykyyn saadaan huomattava parannus. Demonstraatiototeutus rajoittaa käytettävän laitteiston Linux-pohjaisiin järjestelmiin, vaikka laajemman käyttöönoton varmistamiseksi järjestelmä tulisi tehdä siirrettäväksiesimerkiksi Symbian -alustalle.

3G SGSN Toiminnallisuustestauksen Automatisointi

3G SGSN (3rd Generation Serving GPRS Support Node) onUMTS (Universal Mobile Telecommunications System) pakettiverkon verkkoelementti, joka toimii linkkinä ulkoisen verkon(kuten Internet) ja radioverkon välillä. 3G SGSN ylläpitää tilaajan tietoja ja paikannustietoja päätelaitteen liikkuessa verkon sisällä ja välittää myös dataa ulkoisen verkon ja mobiilipäätelaitteen välillä. Tämän diplomityön aiheena on 3G SGSN toiminnallisuus-testauksen automatisointi. Työssä kehitetään 3G SGSN toiminnallisuustestaukseen soveltuva testauksen automatisointijärjestelmä Linux-ympäristössä AuTS (Automated Test Sequences)-automatisointityökalulla. Kehitystyöhön kuuluu järjestelmän suunnittelu ja toteutus. Toteutettu automatisointijärjestelmä suorittaa 3G SGSN toiminnallisuustestauksen istunnon- ja liikkuvuudenhallinnan testitapauksia.Suoritettujen testitapausten tuloksista luodaan HTML (Hypertext Markup Language)-raportti, joka sisältää tiedot ja analyysit suoritetuista testitapauksista sekä linkit testitapausten lokitietoihin. Hyvä automatisointi vaatii suunnittelua, jossa huomioidaan käytettävyys ja ylläpidettävyys. Näihin ominaisuuksiin on toteutuksessa kiinnitetty erityistä huomiota. Lopputuloksena saatiin toimiva automatisointijärjestelmä, joka osoittaa automatisoinnin tuovan huomattavia etuja toiminnallisuustestauksen tehokkuuteen. Työssä käsitelläänmyös ohjelmistotestausta sekä testauksen automatisointia ja niiden periaatteita.

Yhteisö-tv palvelukonseptina, case: Finnish Satellite Television Oy

Menestyäkseen nykymaailmassa ihmiset ovat turvautuneet toisiinsa muodostaen samallaerilaisia yhteisöjä ja verkostoja. Näille yhteisöille on tunnusomaista, että niissä vaikuttavien jäsenien ajatustavat yhtyvät keskenään. Yhteisöissä syntyy uusia ideoita ja keksintöjä. Niiden välittäminen maailmalle on usein kuitenkin ongelmallista. Digitaalisuus, Internet ja monet muut uudet teknologiat tuovat yhden ratkaisun ongelmaan. Eräs uuden teknologian mahdollistama kanava on yhteisötelevisio, jonka kautta yhteisön viestintää voidaan tehokkaasti välittää. Yhteisöilläei kuitenkaan ole teknistä taitoa toteuttaa tällaista palvelua. Yhteisöille, kuten pk-yrityksille, kouluille, seuroille, yhdistyksille ja jopa yksittäisille ihmisille, tuleekin pystyä tarjoamaan valmis konsepti, joka on helposti heidän käytettävissään. Tämä diplomityö toimii teknisenä pohjana Finnish Satellite Television Oy:n yhteisö-tv -palvelukonseptille, joka tullaan ottamaan laajamittaiseen käyttöön vuoden 2007 aikana. Työssä käydään läpi yhteisön ja yhteisöllisyyden tunnusmerkit ja peruspiirteet, luodaan katsaus yhteisötelevision alkutaipaleisiin, nykytilaan ja sen eri ratkaisuihin. Lisäksi tutustutaan yhteisö-tv:n kansainvälisiin ja kotimaisiin kokeiluihin ja pilottiprojekteihin. Työn teknisessä osassa tutkitaan yhteisötelevision mahdollistaviin teknologioihin, siirtoteihin sekä digitaalisiin tuotantojärjestelmiin. Lopuksi työssä kootaan yhteen käytettävyydeltään, liikutettavuudeltaan ja kustannustehokkuudeltaan sopivimmat tekniset toteutusvaihtoehdot konseptin käyttöönottoa varten.

Design of an Embedded Computer Board for Networking Applications

Tämä diplomityö tehtiin Convergens Oy:lle. Convergens on elektroniikan suunnittelutoimisto, joka on erikoistunut sulautettuihin järjestelmiin sekä tietoliikennetekniikkaan. Diplomityön tavoitteena oli suunnitella tietokonekortti tietoliikennesovelluksia varten asiakkaalle, jolta vaatimusmäärittelyt tulivat. Työ on rajattu koskemaan laitteen prototyypin suunnittelua. Työssä suunnitellaan pääasiassa WLAN-tukiaseman tietokone. Tukiasema onasennettavissa toimistoihin, varastoihin, kauppoihin sekä myös liikkuvaan ajoneuvoon. Suunnittelussa on otettu nämä asiat huomioon, ja laitteen akun pystyy lataamaan muun muassa auton akulla. Langattomat tekniikat ovat voimakkaasti yleistymässä, ja tämän työn tukiasema tarjoaakin varteenotettavan vaihtoehdon lukuisilla ominaisuuksillaan. Mukana on mm. GPS, Bluetooth sekä Ethernet-valmius. Langattomien tekniikoiden lisäksi myös sulautetut järjestelmät ovat voimakkaasti yleistymässä, ja nykyään mikroprosessoreita löytääkin lähesmistä vain. Tässä projektissa käytetty prosessori on nopeutensa puolesta kilpailukykyinen, ja siitä löytyy useita eri rajapintoja. Jatkossa tietokonekortille on myös tulossa WiMAX-tuki, joka lisää tukiaseman tulevaisuuden arvoa asiakkaalle. Projektiin valittu Freescalen MPC8321E-prosessori on PowerPC-arkkitehtuuriin perustuva ja juuri markkinoille ilmestynyt. Tämä toi mukanaan lisähaasteen, sillä kyseisestä prosessorista ei ollut vielä kaikkea tietoa saatavilla. Mekaniikka toi omat haasteensa mukanaan, sillä se rajoitti piirilevyn koonniin, että ylimääräistä piirilevytilaa ei juurikaan jäänyt. Tämän takia esimerkiksi DDR-muistit olivat haastavia reitittää, sillä muistivetojen on oltava melko samanpituisia keskenään. Käyttöjärjestelmänä projektissa käytetään Linuxia. Suunnittelu alkoi keväällä 2007 ja toimiva prototyyppi oli valmis alkusyksystä. Prototyypin testaus osoitti, että tietokonekortti kykenee täyttämään kaikki asiakkaan vaatimukset. Prototyypin testauksessa löytyneet viat ja optimoinnit on tarkoitus korjata tuotantomalliin, joten se antaa hyvän pohjan jatkosuunnittelua varten.

Networking of differentially expressed genes in human cancer cells resistant to methotrexate

BACKGROUND: The need for an integrated view of data obtained from high-throughput technologies gave rise to network analyses. These are especially useful to rationalize how external perturbations propagate through the expression of genes. To address this issue in the case of drug resistance, we constructed biological association networks of genes differentially expressed in cell lines resistant to methotrexate (MTX). METHODS: Seven cell lines representative of different types of cancer, including colon cancer (HT29 and Caco2), breast cancer (MCF-7 and MDA-MB-468), pancreatic cancer (MIA PaCa-2), erythroblastic leukemia (K562) and osteosarcoma (Saos-2), were used. The differential expression pattern between sensitive and MTX-resistant cells was determined by whole human genome microarrays and analyzed with the GeneSpring GX software package. Genes deregulated in common between the different cancer cell lines served to generate biological association networks using the Pathway Architect software. RESULTS: Dikkopf homolog-1 (DKK1) is a highly interconnected node in the network generated with genes in common between the two colon cancer cell lines, and functional validations of this target using small interfering RNAs (siRNAs) showed a chemosensitization toward MTX. Members of the UDP-glucuronosyltransferase 1A (UGT1A) family formed a network of genes differentially expressed in the two breast cancer cell lines. siRNA treatment against UGT1A also showed an increase in MTX sensitivity. Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1 (EEF1A1) was overexpressed among the pancreatic cancer, leukemia and osteosarcoma cell lines, and siRNA treatment against EEF1A1 produced a chemosensitization toward MTX. CONCLUSIONS: Biological association networks identified DKK1, UGT1As and EEF1A1 as important gene nodes in MTX-resistance. Treatments using siRNA technology against these three genes showed chemosensitization toward MTX.

Seguiment de les extremitats dels ratolins i les vibrisses del musell

El present TFM té per objectiu aplicar tècniques d'intel·ligència artificial per realitzar el seguiment de les extremitats dels ratolins i les vibrisses del seu musell. Aquest objectiu es deriva de la necessitat per part dels realitzadors d'experiments optogenètics de registrar els moviments dels ratolins.

WiBed, A Platform for Commodity Wireless Testbeds

Testbeds are a stage between the simulation and the production stages. To this end they must be as close as possible to production environments (i.e. real hardware, on the field deployments) while also keeping the traits of experimentation facilities (i.e. fault tolerance, ease of deployment, testing and data collection). This paper presents WiBed, a FOSS platform for WiFi testbeds based on OpenWRT Linux made to run oncommodity IEEE802.11 WiFi routers part of the Community-lab.net project, a global testbed for Community networks. WiBedhas been designed to support realistic low layer network exper-iments (according to the OSI model). This work recolects thedetails of the architecture, design and implementation of WiBed consolidated during its operation as a testbed. In addition to a set of routing experimentation results obtained during the Wireless Battlemesh v7 where WiBed was used as testbed platform.

Effect of physico-chemical conditions and operating parameters on flux and retention of different components in ultrafiltration and nanofiltration fractionation of sweet whey

Tässä väitöstutkimuksessa tutkittiin fysikaaliskemiallisten olosuhteiden ja toimintaparametrien vaikutusta juustoheran fraktiointiin. Kirjallisuusosassa on käsitelty heran ympäristövaikutusta, heran hyödyntämistä ja heran käsittelyä kalvotekniikalla. Kokeellinen osa on jaettu kahteen osaan, joista ensimmäinen käsittelee ultrasuodatusta ja toinen nanosuodatusta juustoheran fraktioinnissa. Ultrasuodatuskalvon valinta tehtiin perustuen kalvon cut-off lukuun, joka oli määritetty polyetyleeniglykoliliuoksilla olosuhteissa, joissa konsentraatiopolariosaatioei häiritse mittausta. Kriittisen vuon konseptia käytettiin sopivan proteiinikonsentraation löytämiseksi ultrasuodatuskokeisiin, koska heraproteiinit ovat tunnetusti kalvoa likaavia aineita. Ultrasuodatuskokeissa tutkittiin heran eri komponenttien suodattumista kalvon läpi ja siihen vaikuttavia ominaisuuksia. Herapermeaattien peptidifraktiot analysoitiin kokoekskluusiokromatografialla ja MALDI-TOF massaspektrometrillä. Kokeissa käytettävien nanosuodatuskalvojen keskimääräinen huokoskoko analysoitiin neutraaleilla liukoisilla aineilla ja zeta-potentiaalit virtauspotentiaalimittauksilla. Aminohappoja käytettiin malliaineina tutkittaessa huokoskoon ja varauksen merkitystä erotuksessa. Aminohappojen retentioon vaikuttivat pH ja liuoksen ionivahvuus sekä molekyylien väliset vuorovaikutukset. Heran ultrasuodatuksessa tuotettu permeaatti, joka sisälsi pieniä peptidejä, laktoosia ja suoloja, nanosuodatettiin happamassa ja emäksisessä pH:ssa. Emäksisissä oloissa tehdyssä nanosuodatuksessa foulaantumista tapahtui vähemmän ja permeaattivuo oli parempi. Emäksisissä oloissa myös selektiivisyys laktoosin erotuksessa peptideistä oli parempi verrattuna selektiivisyyteen happamissa oloissa.

A Study on Fractionation and Ultrafiltration of Proteins with Characterized Modified and Unmodified Membranes

Membrane filtration has become increasingly attractive in the processing of both foodand biotechnological products. However, the poor selectivity of the membranes and fouling are the critical factors limiting the development of UF systems for the specific fractionation of protein mixtures. This thesis gives an overview on fractionation of proteins from model protein solutions or from biological solutions. An attempt was made to improve the selectivity of the available membranes by modifying the membranes and by exploiting the different electrostatic interactions between the proteins and the membrane pore surfaces. Fractionation and UF behavior of proteins in the model solutions and in the corresponding biological solutions were compared. Characterization of the membranes and protein adsorptionto the membrane were investigated with combined flux and streaming potential studies. It has been shown that fouling of the membranes can be reduced using "self-rejecting" membranes at pH values where electrostatic repulsion is achieved between the membrane and the proteins in solution. This effect is best shown in UF of dilute single protein solutions at low ionic strengths and low pressures. Fractionation of model proteins in single, binary, and ternary solutionshas been carried out. The results have been compared to the results obtained from fractination of biological solutions. It was generally observed that fractination of proteins from biological solutions are more difficult to carry out owingto the presence of non studied protein components with different properties. Itcan be generally concluded that it is easier to enrich the smaller protein in the permeate but it is also possible to enrich the larger protein in the permeateat pH values close to the isoelectric point of the protein. It should be possible to find an optimal flux and modification to effectively improve the fractination of proteins even with very similar molar masses.

Critical flux and fouling in ultrafiltration of proteins

In this thesis different parameters influencing critical flux in protein ultrafiltration and membrane foul-ing were studied. Short reviews of proteins, cross-flow ultrafiltration, flux decline and criticalflux and the basic theory of Partial Least Square analysis (PLS) are given at the beginning. The experiments were mainly performed using dilute solutions of globular proteins, commercial polymeric membranes and laboratory scale apparatuses. Fouling was studied by flux, streaming potential and FTIR-ATR measurements. Critical flux was evaluated by different kinds of stepwise procedures and by both con-stant pressure and constant flux methods. The critical flux was affected by transmembrane pressure, flow velocity, protein concentration, mem-brane hydrophobicity and protein and membrane charges. Generally, the lowest critical fluxes were obtained at the isoelectric points of the protein and the highest in the presence of electrostatic repulsion between the membrane surface and the protein molecules. In the laminar flow regime the critical flux increased with flow velocity, but not any more above this region. An increase in concentration de-creased the critical flux. Hydrophobic membranes showed fouling in all charge conditionsand, furthermore, especially at the beginning of the experiment even at very low transmembrane pressures. Fouling of these membranes was thought to be due to protein adsorption by hydrophobic interactions. The hydrophilic membranes used suffered more from reversible fouling and concentration polarisation than from irreversible foul-ing. They became fouled at higher transmembrane pressures becauseof pore blocking. In this thesis some new aspects on critical flux are presented that are important for ultrafiltration and fractionation of proteins.

Coscheduling techniques and monitoring tools for non-dedicated cluster computing

Our efforts are directed towards the understanding of the coscheduling mechanism in a NOW system when a parallel job is executed jointly with local workloads, balancing parallel performance against the local interactive response. Explicit and implicit coscheduling techniques in a PVM-Linux NOW (or cluster) have been implemented. Furthermore, dynamic coscheduling remains an open question when parallel jobs are executed in a non-dedicated Cluster. A basis model for dynamic coscheduling in Cluster systems is presented in this paper. Also, one dynamic coscheduling algorithm for this model is proposed. The applicability of this algorithm has been proved and its performance analyzed by simulation. Finally, a new tool (named Monito) for monitoring the different queues of messages in such an environments is presented. The main aim of implementing this facility is to provide a mean of capturing the bottlenecks and overheads of the communication system in a PVM-Linux cluster.

What to consider for applying backfilling on non-dedicated environments

The resource utilization level in open laboratories of several universities has been shown to be very low. Our aim is to take advantage of those idle resources for parallel computation without disturbing the local load. In order to provide a system that lets us execute parallel applications in such a non-dedicated cluster, we use an integral scheduling system that considers both Space and Time sharing concerns. For dealing with the Time Sharing (TS) aspect, we use a technique based on the communication-driven coscheduling principle. This kind of TS system has some implications on the Space Sharing (SS) system, that force us to modify the way job scheduling is traditionally done. In this paper, we analyze the relation between the TS and the SS systems in a non-dedicated cluster. As a consequence of this analysis, we propose a new technique, termed 3DBackfilling. This proposal implements the well known SS technique of backfilling, but applied to an environment with a MultiProgramming Level (MPL) of the parallel applications that is greater than one. Besides, 3DBackfilling considers the requirements of the local workload running on each node. Our proposal was evaluated in a PVM/MPI Linux cluster, and it was compared with several more traditional SS policies applied to non-dedicated environments.

CISNE-P: a global scheduling oriented to NOW environments

In this work, we present an integral scheduling system for non-dedicated clusters, termed CISNE-P, which ensures the performance required by the local applications, while simultaneously allocating cluster resources to parallel jobs. Our approach solves the problem efficiently by using a social contract technique. This kind of technique is based on reserving computational resources, preserving a predetermined response time to local users. CISNE-P is a middleware which includes both a previously developed space-sharing job scheduler and a dynamic coscheduling system, a time sharing scheduling component. The experimentation performed in a Linux cluster shows that these two scheduler components are complementary and a good coordination improves global performance significantly. We also compare two different CISNE-P implementations: one developed inside the kernel, and the other entirely implemented in the user space.