From genotype to phenotype : diversity and population structure of Flavobacterium psychrophilum

Flavobacterium psychrophilum is the etiological agent of bacterial cold-water disease (BCWD) causing high fish mortalities and significant economic losses to the freshwater salmonid aquaculture industry around the world. Today BCWD outbreaks are mainly treated with environmentally hazardous antimicrobial agents and alternative preventative measures are urgently needed in order to ensure the well-being of animals and the sustainability of aquaculture. The diversity of pathogenic bacteria challenges the development of universal control strategies and in many cases the pathogen population structure, i.e. the total genetic diversity of the species must be taken into account. This work integrates the tools of modern molecular biology and conventional phenotypic microbiology to gain knowledge about the diversity and population structure of F. psychrophilum. The present work includes genetic characterization of a large collection of isolates collected from diverse origins and years, from aquaculture in a whole region including different countries, and provides the first international validation of a universal multilocus sequence typing (MLST) approach for unambiguous genetic typing of F. psychrophilum. Population structure analyses showed that the global F. psychrophilum population is subdivided into pathogenic species-specific clones, of which one particular genetic lineage, clonal complex CC-ST2, has been responsible for the majority of BCWD outbreaks in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) in European aquaculture facilities over several decades. Genotypic and phenotypic population heterogeneity affecting antimicrobial resistance in F. psychrophilum within BCWD outbreaks was discovered. Specific genotypes were associated with severe infections in farmed rainbow trout and Atlantic salmon (Salmo salar), and in addition to high adherence, antimicrobial resistance was strongly associated with outbreak strains. The study brought additional support for the hypothesis of an epidemic F. psychrophilum population structure, where recombination is an important force for the generation and maintenance of genetic diversity, and a significant contribution towards mapping the genetic diversity of this important fish pathogen. Evidence indicating dissemination of virulent strains with commercial movement of fish and fish products was strengthened.

Spatial and temporal variation in fish populations and assemblages in coastal waters of the northern Baltic Proper

The distribution and traits of fish are of interest both ecologically and socio-economically. In this thesis, phenotypic and structural variation in fish populations and assemblages was studied on multiple spatial and temporal scales in shallow coastal areas in the archipelago of the northern Baltic Proper. In Lumparn basin in Åland Islands, the fish assemblage displayed significant seasonal variation in depth zone distribution. The results indicate that investigating both spatial and temporal variation in small scale is crucial for understanding patterns in fish distribution and community structure in large scale. The local population of Eurasian perch Perca fluviatilis L displayed habitat-specific morphological and dietary variation. Perch in the pelagic zone were on average deeper in their body shape than the littoral ones and fed on fish and benthic invertebrates. The results differ from previous studies conducted in freshwater habitats, where the pelagic perch typically are streamlined in body shape and zooplanktivorous. Stable isotopes of carbon and nitrogen differed between perch with different stomach contents, suggesting differentiation of individual diet preferences. In the study areas Lumparn and Ivarskärsfjärden in Åland Islands and Galtfjärden in Swedish east coast, the development in fish assemblages during the 2000’s indicated a general shift towards higher abundances of small-bodied lower-order consumers, especially cyprinids. For European pikeperch Sander lucioperca L., recent declines in adult fish abundances and high mortalities (Z = 1.06–1.16) were observed, which suggests unsustainably high fishing pressure on pikeperch. Based on the results it can be hypothesized that fishing has reduced the abundances of large predatory fish, which together with bottom-up forcing by eutrophication has allowed the lower-order consumer species to increase in abundances. This thesis contributes to the scientific understanding of aquatic ecosystems with new descriptions on morphological and dietary adaptations in perch in brackish water, and on the seasonal variation in small-scale spatial fish distribution. The results also demonstrate anthropogenic effects on coastal fish communities and underline the urgency of further reducing nutrient inputs and regulating fisheries in the Baltic Sea region.

Toisen jäte on toisen raaka-aine – Kierrätys ja uudelleenvalmistus taloudellisesti ja ekologisesti kestävänä liiketoimintamahdollisuutena

Toisen jäte on toisen raaka-aine – Kierrätys ja uudelleenvalmistus taloudellisesti ja ekologisesti kestävänä liiketoimintamahdollisuutena Väitöskirjatutkimus tarkastelee kierrätystä ja uudelleenvalmistusta sekä siihen perustuvaa kierrätysliiketoimintaa taloudellisesti ja ekologisesti kestävänä liiketoimintamahdollisuutena. Tässä kestävyys tarkoittaa jätekysymysten ratkaisemista tavalla, joka mahdollistaa kestävän kehityksen periaatteiden mukaisen yhteiskunnan kehittymisen. Jätteisiin liittyvät taloudelliset ja ekolo- giset kysymykset ovat merkittävä yhteiskunnallinen haaste. Tämä luo tarpeen tutkimukselle, jonka lähtökohtana on jätekysymysten moniulotteinen tarkas- telu ja yksittäisen yrityksen toiminnan suhteuttaminen osaksi laajempaa kokonaisuutta. Tässä tutkimuksessa jätteen hyödyntämistä materiaalina lähestytään sekä empiirisesti yrityksen näkökulmasta että teoreettisesti systeemiajattelun tarjoamasta laajemmasta perspektiivistä. Tutkimuksen tavoitteena on ymmär- tää kierrätystä ja uudelleenvalmistusta liiketoimintamahdollisuutena, niiden merkitystä yrityksessä, alueella ja kierrätystaloudessa sekä näiden vuorovai- kutteista suhdetta taloudelliseen ja ekologiseen kestävyyteen nähden. Tutki- muskysymys on tärkeä, koska siihen vastaamalla syvennetään ymmärrystä yrityksissä tapahtuvan kierrätyksen ja uudelleenvalmistuksen merkityksestä kestävämmän yhteiskunnan rakentumisessa. Tutkimuksen teoriaperusta pohjautuu teollisen ekologian kirjallisuuteen ja ekoteollisen kehityksen tutkimukseen. Kierrätysliiketoiminnan kestävyyden tarkastelu rakentuu tutkimuksessa teollisen ekologian ja ekoteollisen kehityk- sen lähtökohtana olevaan win-win-ajatteluun, jonka mukaan hyvä ympäristö- suorituskyky ja hyvä taloudellinen suorituskyky voivat vahvistaa toisiaan. Kierrätysliiketoiminnan teoreettisessa tarkastelussa keskeisiä elementtejä ovat kierrätystalouden malli, teollisen ekologian alueelliset systeemit, ekoteolliset verkostot ja yrityksen rooli teollista ekologiaa soveltavana toimijana. Tutki- muksen keskeisenä kontribuutiona on yritysnäkökulman integroiminen aiem- paa vahvemmin osaksi teollisen ekologian diskursseja. Kierrätysliiketoiminnan taloudelliseen ja ekologiseen kannattavuuteen ja sen myötä kestävyyteen liittyviä kysymyksiä on lähestytty tekemällä yritys- haastatteluja ja hyödyntämällä valmista haastatteluaineistoa. Tutkimusta varten haastattelin 10 kierrätysliiketoimintaa harjoittavaa yritystä vuosina 2007 ja 2008. Tämän lisäksi tutkimuksessa on hyödynnetty Turun ammatti- korkeakoulun ja Turku Science Parkin toteuttamassa RESU-hankkeessa (Kierrätysliiketoiminta ja resurssitehokkuus Varsinais-Suomen vahvuudeksi – RESU) vuosina 2013 ja 2014 kerättyä aineistoa. Hankkeessa haastateltiin yhteensä 25 jätemateriaalia hyödyntävää ja/tai tuottavaa yritystä. Aineistojen analysointimenetelmänä on sisällönanalyysi. Analyysin tulok- sena muodostettiin yhteensä viisi pääteemaa ja 12 alateemaa. Teemat kuvaavat kierrätysliiketoimintaa aiempaa moniulotteisemmin ja näin syventävät ymmär- rystä ilmiön merkityksestä kestävämmän yhteiskunnan rakentumisessa. Teolli- sen ekologian alaan kuuluvat kvalitatiiviset tutkimukset ovat melko harvinai- sia, joten tämän väitöstutkimuksen ilmeisenä vahvuutena on laadullisen tutkimusmenetelmän hyödyntäminen. Tutkimuksen tuloksena voidaan todeta, että kierrätystalouden kehittymistä edistävä kierrätysliiketoiminta on monimuotoista ja sisältää erilaisia liiketoi- mintamahdollisuuksia sekä arvoketjuja. Paikallistuntemus ja keskeinen sijainti jätemateriaalien tuottajien suhteen on tärkeä kriteeri kierrätysliiketoiminnassa, mutta jätemateriaaleja myös kuljetetaan pitkiä matkoja. Paikallisia tai alueelli- sia jätevirtoja hyödyntävä kierrätysliiketoiminta voi tukea alueellista kestä- vyyttä, mutta toisinaan myös keskitetty hyödyntäminen voi olla kestävä vaih- toehto. Yhteistyöverkostot ovat tärkeitä jätemateriaalin laadun ja saatavuuden näkökulmasta. Tutkimus osoittaa, että kierrätysliiketoimintaa harjoittavat yritykset ovat samalla sekä kierrätystalouden käytännön toimeenpanijoita että uuden toimintakulttuurin luojia. Tutkimuksen tulosten perusteella voidaan esittää johtopäätös, että kierrä- tysliiketoiminta on taloudellisesti ja ekologisesti kannattava liiketoimintamah- dollisuus. Win-win-ratkaisut eivät kuitenkaan takaa kierrätysliiketoiminnan kestävyyttä. Kierrätysliiketoiminnan kestävyyden arvioiminen edellyttää laajaa perspektiiviä ja toiminnan vaikutusten suhteuttamista mittakaavaan, ajalliseen ulottuvuuteen, interventioon ja sosiaalisiin kysymyksiin. Teolliseen ekologiaan perustuva kierrätysliiketoiminta luo mahdollisuuksia edistää kestävyyttä, joten tällä perusteella kierrätystä ja uudelleenvalmistusta voidaan pitää kestävänä liiketoimintamahdollisuutena. Avainsanat: kierrätysliiketoiminta, kierrätys, uudelleenvalmistus, systeemiajattelu, teollinen ekologia, ekoteollinen kehitys, kierrätystalous, win-win-ajattelu, kestävyys One company's waste is another's raw material –Recycling and remanufacturing as an economically and environmentally sustainable business opportunity The thesis investigates whether product recycling and remanufacturing can serve as a business opportunity that is economically and ecologically sustaina- ble. In this effort, my idea is to contribute to solving the waste issue in a manner that makes it possible to strive toward sustainable societal develop- ment. The economic and ecological questions associated with waste flows are a significant challenge. The complexity of the issue requires a multidimen- sional approach in which the operation of an individual company is viewed in the context of the larger societal system. In this thesis waste utilization as a resource with value is considered both from an empirical perspective on the firm as well as from a more general viewpoint offered by systems analysis. The objective of the thesis is to under- stand recycling and remanufacturing as a business opportunity. The thesis considers the meaning of recycling and remanufacturing for a single company, for the region the company is located and for the recycling economy. The objective of this study is important for it enhances the understanding of the product recycling and remanufacturing processes that take place within busi- ness organizations and how these processes affect societal sustainable development. The theoretical basis arises from industrial ecology and from the literature on eco-industrial development. The business-economic win-win situation and this vision serve as the basic position from which recycling business is inves- tigated in the thesis. In the theoretical discussion, key elements are recycling economy model, regional and local industrial ecosystems, eco-industrial networks and the role of a company as an actor that applies industrial ecology in practice. The main contribution of this study lies in integrating the company perspective more strongly into the industrial ecology discourses. The recycling business has been studied by conducting interviews in companies and by secondary analysis of an existing interview material. During 2007 and 2008 I made 10 interviews in companies that are active in recycling business. In addition, I used interview material gathered for the project “Recycling business and resource efficiency as the strength of Southwest Finland” (RESU) by Turku University of Applied Sciences and Turku Science Park during the period 2013–2014. This data covers altogether 25 businesses that either utilize and/or produce waste materials. The data has been analyzed using the content analysis method. This process led to the development of 5 main themes and 12 sub-themes. These themes describe the recycling business multi-dimensionally and thus understanding of the phenomenon and its role in building a sustainable society are substantially deepened in this research. In the field of industrial ecology qualitative studies are relatively rare and therefore the qualitative research approach is an evident strength of the thesis. The results show that the recycling business activity supporting recycling economy has diverse dimensions including various business opportunities and diverse value chains. The results show that for waste producers it is important to know the local situational factors and to have a central geographical location. Waste materials are, however, transported over long distances as well. The study indicates that local waste flow utilization can support regional sustainability, while occasionally a more centralized utilization can be sustain- able. Collaboration networks are important to secure the quality and availabil- ity of utilizable waste materials. The thesis demonstrates that the companies practicing recycling business serve simultaneously as actors that implement recycling economy and enhance a new operation culture within the business community. The overall conclusion of the thesis argues that recycling business is a business opportunity that can support both an economically and environmen- tally viable business operation. However, win-win solutions do not secure the sustainability of recycling business. The sustainability evaluation of recycling business requires a holistic systems perspective. The actions undertaken need to be considered with changing spatial and temporal system boundaries, societal intervention and placed in the context of relevant societal issues. Industrial ecology -based recycling business creates opportunities for sustain- ability and thus recycling and remanufacturing present an opportunity for sustainable business. Keywords: Recycling business; Recycling; Remanufacturing, Systems thinking; Industrial ecology; Eco-industrial development; Recycling Economy; Win-Win thinking; Sustainability

Economic growth, labor and productivity in Brazil and the United States: a comparative analysis

The aim of this paper is to analyze the relation between economic growth and labor market dynamics in Brazil between 1981 and 2009, making a comparison with the United States. Among the findings, one can mention that economic growth in Brazil has been related to a massive incorporation of labor force in labor intensive activities, whereas, in the United States, to a substantial improvement of labor productivity in high-technology activities. Despite the favorable economic context in the 2000s, huge inequalities between these countries have widened since the structure of the Brazilian labor market remained with few or no changes.

Institutional environment in North Korea: market structure and overcoming institutional voids

Tutkimus sai innoituksensa, kun tutkija huomasi tarpeen liiketaloudelliselle, ajantasaiselle ja realistiselle tutkimukselle Pohjois-Korean markkinoista, joka kuvailisi markkinoiden olemassaolevia ja puuttuvia rakenteita sekä tutkisi mahdollisuuksia ylittää puuttuvat rakenteet. Institutionaalinen teoria valittiin sopivaksi viitekehykseksi kuvailla ja tutkia markkinarakennetta. Tutkimuskysymys muotoiltiin seuraavasti: “Miten ulkomaiset yritykset voivat reagoida puuttuviin markkinarakenteisiin Pohjois-Koreassa?”. Tutkimuskysymys jaettiin kolmeen osakysymykseen: (1) Millainen on Pohjois-Korean markkinoiden institutionaalinen ympäristö? (2) Mitkä ovat merkittävimmät puuttuvat markkinarakenteet Pohjois-Koreassa? (3) Mitä mahdollisuuksia ulkomaisilla yrityksillä voisi olla reagoida puuttuviin markkinarakenteisiin? Tutkimus toteutettiin kvalitatiivisena, koska tutkimuskysymys on deskriptiivinen. Aineisto kerättiin asiantuntijahaastattelun ja kvalitatiivisen sisällönanalyysin keinoin. Primääriaineiston muodostavat 2 asiantuntijahaastattelua ja sekundääriaineiston muodostavat 95 artikkelia, jotka kerättiin 40 lähteestä. Aineisto analysoitiin kvalitatiivisen sisällönanalyysin keinoin. Aineisto koodattiin, luokiteltiin ja esitettiin kokonaisuuksina luokittelurungon avulla, joka laadittiin tutkimusta varten muodostetun teoreettisen viitekehyksen mukaan. Tulokset ja johtopäätökset voidaan tiivistää seuraavasti. (1) Pohjois-Korean markkinan instituutioihin vaikuttaa kaksoisrakenne, jossa muodollinen, sosialistinen rakenne ja epämuodollinen, markkinalähtöinen rakenne toimivat päällekkäin. (2) Puuttuvia rakenteita on sekä markkinan kontekstissa että markkinatasolla. Puutteet ovat osittain seurausta vanhojen rakenteiden korvaantumisesta uusilla, jotka eivät ole institutionalisoituneet. (3) Yritykset voivat käyttää samoja mahdollisuuuksia reagoida puuttuviin markkinarakenteisiin Pohjois-Koreassa, joita kehittyvien markkinoiden yhteydessä on esitetty. Sen tulkittiin vähentävän käsitystä, jonka mukaan Pohjois-Korean markkina on liian erikoinen yritystoiminnalle. (4) Kasvava keskiluokka sekä yrittäjyyden ja naisten yhä merkittävämpi rooli liike-elämässä aiheuttavat alhaalta ylöspäin suuntautuvaa kehitystä markkinoilla. Nämä ovat merkkejä viimeaikaisesta kehityksestä, jotka eivät ole saaneet laajaa huomiota länsimaisessa mediassa. Se korostaa tarvetta liiketaloudelliselle, ajantasaiselle jatkotutkimukselle Pohjois-Korean markkinoista.

Institutional environment in North Korea: market structure and overcoming institutional voids

The research was sparked by an exchange in South Korea, as the author identified a gap in research that provides economic, up to date and realistic information about the North Korean market in English language. A need for a research was identified that would describe the market’s existing and missing market structures and explore possibilities to overcome the missing market structures. Institutional theory was chosen as a suitable framework to describe and explore the market. The research question was formulated as follows: “How can foreign companies overcome institutional voids in the North Korean market?”. To answer the research question, it was divided into three sub-questions as follows: (1) What is the institutional environment in North Korea like? (2) What are the major institutional voids in the North Korean market? (3) What possibilities do foreign companies have to overcome institutional voids? The research is qualitative by nature due to the descriptive and exploratory nature of the research question. Data collection consisted of expert interview and content analysis, resulting in primary data of two interviews and secondary data of 95 articles from 40 different sources. The data was analyzed with the systematical technique of content analysis. The data was coded, classified and presented as concepts with the help of a classification system that was build following the theoretical framework adapted for this study. The findings can be summarized as follows. (1) The market institutions are characterized by an overlapping dual system of formal, socialist structures and informal, market-oriented structures. (2) Institutional voids prevail on both the market’s contextual and on the market level. They are partly result of old institutions being replaced by new institutions that lack institutionalization. (3) Identified possibilities to overcome institutional voids correspond with possibilities drawn from previous research. This decreases the image of North Korea as an impossibly unique market to operate in. (4) Emerging middle class, rapidly growing entrepreneurial activities and women’s increasing role in business drive a down-to-up change in the market. This signals the recent development of the market, yet has been overlooked in the Western media. Thus there is a need for further economic, up to date research concerning North Korea.

Bird depredation of grapes in Niagara vineyards : a novel approach to identifying spatial and temporal trends /

Although local grape growers view bird depredation as a significant economic issue, the most recent research on the problem in the Niagara Peninsula is three decades old. Peer-reviewed publications on the subject are rare, and researchers have struggled to develop bird-damage assessment techniques useful for facilitating management programmes. I used a variation of Stevenson and Virgo's (1971) visual estimation procedure to quantify spatial and temporal trends in bird damage to grapes within single vineyard plots at two locations near St. Catharines, Ontario. I present a novel approach to managing the rank-data from visual estimates, which is unprecedented in its sensitivity to spatial trends in bird damage. I also review its valid use in comparative statistical analysis. Spatial trends in 3 out of 4 study plots confirmed a priori predictions about localisation in bird damage based on optimal foraging from a central location (staging area). Damage to grape clusters was: (1) greater near the edges of vineyard plots and decreased with distance towards the center, (2) greater in areas adjacent to staging areas for birds, and (3) vertically stratified, with upper-tier clusters sustaining more damage than lower-tier clusters. From a management perspective, this predictive approach provides vineyard owners with the ability to identify the portions of plots likely to be most susceptible to bird damage, and thus the opportunity to focus deterrent measures in these areas. Other management considerations at Henry of Pelham were: (1) wind damage to ice-wine Riesling and Vidal was much higher than bird damage, (2) plastic netting with narrow mesh provided more effective protection agsiinst birds than nylon netting with wider mesh, and (3) no trends in relative susceptibility of varietals by colour (red vs green) were evident.

Economic security & reconstruction: utility, history and practice in post-conflict environments

Please consult the paper edition of this thesis to read. It is available on the 5th Floor of the Library at Call Number: Z 9999 P65 D53 2007

Vertical R&D Sprillovers, Cooperation, Market Structure, and Innovation.

This paper studies vertical R&D spillovers between upstream and downstream firms. The model incorporates two vertically related industries, with horizontal spillovers within each industry and vertical spillovers between the two industries. Four types of R&D cooperation are studied : no cooperation, horizontal cooperation, vertical cooperation, and simultaneous horizontal and vertical cooperation. Vertical spillovers always increase R&D and welfare, while horizontal spillovers may increase or decrease them. The comparison of cooperative settings in terms of R&D shows that no setting uniformly dominates the others. Which type of cooperation yields more R&D depends on horizontal and vertical spillovers, and market structure. The ranking of cooperative structures hinges on the signs and magnitudes of three competitive externalities (vertical, horizontal, and diagonal) which capture the effect of the R&D of a firm on the profits of other firms. One of the basic results of the strategic investment literature is that cooperation between competitors increases (decreases) R&D when horizontal spillovers are high (low); the model shows that this result does not necessarily hold when vertical spillovers and vertical cooperation are taken into account. The paper proposes a theory of innovation and market structure, showing that the relation between innovation and competition depends on horizontal spillovers, vertical spillovers, and cooperative settings. The private incentives for R&D cooperation are addressed. It is found that buyers and sellers have divergent interests regarding the choice of cooperative settings and that spillovers increase the likelihood of the emergence of cooperation in a decentralized equilibrium.

Standardized Latin and Medieval Economic Growth

Traditional explanations for Western Europe's demographic growth in the High Middle Ages are unable to explain the rise in per-capita income that accompanied observed population changes. Here, we examine the hypothesis that an innovation in information technology changed the optimal structure of contracts and raised the productivity of human capital. We present historical evidence for this thesis, offer a theoretical explanation based on transaction costs, and test the theory's predictions with data on urban demographic growth. We find that the information-technology hypothesis significantly increases the capacity of the neoclassical growth model to explain European economic expansion between 1000 and 1300.

Structure et dynamique des communautés multi-espèces : le rôle de l’espace

Cette thèse porte sur le rôle de l’espace dans l’organisation et dans la dynamique des communautés écologiques multi-espèces. Deux carences peuvent être identifiées dans les études théoriques actuelles portant sur la dimension spatiale des communautés écologiques : l’insuffisance de modèles multi-espèces représentant la dimension spatiale explicitement, et le manque d’attention portée aux interactions positives, tel le mutualisme, en dépit de la reconnaissance de leur ubiquité dans les systèmes écologiques. Cette thèse explore cette problématique propre à l’écologie des communautés, en utilisant une approche théorique s’inspirant de la théorie des systèmes complexes et de la mécanique statistique. Selon cette approche, les communautés d’espèces sont considérées comme des systèmes complexes dont les propriétés globales émergent des interactions locales entre les organismes qui les composent, et des interactions locales entre ces organismes et leur environnement. Le premier objectif de cette thèse est de développer un modèle de métacommunauté multi-espèces, explicitement spatial, orienté à l’échelle des individus et basé sur un réseau d’interactions interspécifiques générales comprenant à la fois des interactions d’exploitation, de compétition et de mutualisme. Dans ce modèle, les communautés locales sont formées par un processus d’assemblage des espèces à partir d’un réservoir régional. La croissance des populations est restreinte par une capacité limite et leur dynamique évolue suivant des mécanismes simples de reproduction et de dispersion des individus. Ces mécanismes sont dépendants des conditions biotiques et abiotiques des communautés locales et leur effet varie en fonction des espèces, du temps et de l’espace. Dans un deuxième temps, cette thèse a pour objectif de déterminer l’impact d’une connectivité spatiale croissante sur la dynamique spatiotemporelle et sur les propriétés structurelles et fonctionnelles de cette métacommunauté. Plus précisément, nous évaluons différentes propriétés des communautés en fonction du niveau de dispersion des espèces : i) la similarité dans la composition des communautés locales et ses patrons de corrélations spatiales; ii) la biodiversité locale et régionale, et la distribution locale de l’abondance des espèces; iii) la biomasse, la productivité et la stabilité dynamique aux échelles locale et régionale; et iv) la structure locale des interactions entre les espèces. Ces propriétés sont examinées selon deux schémas spatiaux. D’abord nous employons un environnement homogène et ensuite nous employons un environnement hétérogène où la capacité limite des communautés locales évoluent suivant un gradient. De façon générale, nos résultats révèlent que les communautés écologiques spatialement distribuées sont extrêmement sensibles aux modes et aux niveaux de dispersion des organismes. Leur dynamique spatiotemporelle et leurs propriétés structurelles et fonctionnelles peuvent subir des changements profonds sous forme de transitions significatives suivant une faible variation du niveau de dispersion. Ces changements apparaissent aussi par l’émergence de patrons spatiotemporels dans la distribution spatiale des populations qui sont typiques des transitions de phases observées généralement dans les systèmes physiques. La dynamique de la métacommunauté présente deux régimes. Dans le premier régime, correspondant aux niveaux faibles de dispersion des espèces, la dynamique d’assemblage favorise l’émergence de communautés stables, peu diverses et formées d’espèces abondantes et fortement mutualistes. La métacommunauté possède une forte diversité régionale puisque les communautés locales sont faiblement connectées et que leur composition demeure ainsi distincte. Par ailleurs dans le second régime, correspondant aux niveaux élevés de dispersion, la diversité régionale diminue au profit d’une augmentation de la diversité locale. Les communautés locales sont plus productives mais leur stabilité dynamique est réduite suite à la migration importante d’individus. Ce régime est aussi caractérisé par des assemblages incluant une plus grande diversité d’interactions interspécifiques. Ces résultats suggèrent qu’une augmentation du niveau de dispersion des organismes permet de coupler les communautés locales entre elles ce qui accroît la coexistence locale et favorise la formation de communautés écologiques plus riches et plus complexes. Finalement, notre étude suggère que le mutualisme est fondamentale à l’organisation et au maintient des communautés écologiques. Les espèces mutualistes dominent dans les habitats caractérisés par une capacité limite restreinte et servent d’ingénieurs écologiques en facilitant l’établissement de compétiteurs, prédateurs et opportunistes qui bénéficient de leur présence.

Ordered Model Processes, Reference Declaration And The Economic Organization: Implications For A Balanced Scorecard Contextual Framework

Les Tableaux de Bord de la Performance ont été acclamés avec raison depuis leur introduction en 1992, mais les intellectuels continuent encore à étudier leurs aspects pragmatiques. Ce papier contribue à la littérature sur les Tableaux de Bord de la Performance, tout d’abord, en offrant une explication logique quant à leur succès et ensuite, en présentant un cadre de travail contextuel de tableaux de bord de la performance pour une structure de gestion hiérarchisée. Le cadre de travail contextuel réforme la perspective d’apprentissage et de croissance du tableau de bord de la performance (i) en effectuant la transition de référence (subjective/objective), et (ii) en reconnaissant que la Perspective d’Apprentissage et de Croissance implique avant tout une incidence de formulation stratégique d’une extra-entité. Le transfert de l’incidence (intra-entité/extra-entité) réconcilie l’évolution de la position de politique de gestion non ordonnée [Contenu: (Contenu: Contexte): Contexte] qu’est la Perspective d’Apprentissage et de Croissance Concomitante. Le cadre de travail supplante également les Perspectives des Tableaux de Bord de la Performances développés par Kaplan et Norton en ajoutant la perspective de politique sociale qui manquait. La perspective manquante implique une transition de référence objective [(position endogène, perspective exogène): (position exogène, perspective exogène)]. De tels signaux de transition [Contenu: (Contenu: Contexte): Contexte] ordonnent l’évolution de la position de politique de gestion.

Étude structure-fonction des fructose-1,6-bisphosphate aldolases métallo-dépendantes : mécanisme catalytique et développement d’antimicrobiens

Les fructose-1,6-bisphosphate aldolases (FBPA) sont des enzymes glycolytiques (EC 4.1.2.13) qui catalysent la transformation réversible du fructose-1,6-bisphosphate (FBP) en deux trioses-phosphates, le glycéraldéhyde-3-phosphate (G3P) et le dihydroxyacétone phosphate (DHAP). Il existe deux classes de FBPA qui diffèrent au niveau de leur mécanisme catalytique. Les classes I passent par la formation d’un intermédiaire covalent de type iminium alors que les classes II, métallodépendantes, utilisent généralement un zinc catalytique. Contrairement au mécanisme des classes I qui a été très étudié, de nombreuses interrogations subsistent au sujet de celui des classes II. Nous avons donc entrepris une analyse détaillée de leur mécanisme réactionnel en nous basant principalement sur la résolution de structures cristallographiques. De nombreux complexes à haute résolution furent obtenus et ont permis de détailler le rôle de plusieurs résidus du site actif de l’enzyme. Nous avons ainsi corrigé l’identification du résidu responsable de l’abstraction du proton de l’O4 du FBP, une étape cruciale du mécanisme. Ce rôle, faussement attribué à l’Asp82 (chez Helicobacter pylori), est en fait rempli par l’His180, un des résidus coordonant le zinc. L’Asp82 n’en demeure pas moins essentiel car il oriente, active et stabilise les substrats. Enfin, notre étude met en évidence le caractère dynamique de notre enzyme dont la catalyse nécessite la relocalisation du zinc et de nombreux résidus. La dynamique de la protéine ne permet pas d’étudier tous les aspects du mécanisme uniquement par l’approche cristallographique. En particulier, le résidu effectuant le transfert stéréospécifique du proton pro(S) sur le carbone 3 (C3) du DHAP est situé sur une boucle qui n’est visible dans aucune de nos structures. Nous avons donc développé un protocole de dynamique moléculaire afin d’étudier sa dynamique. Validé par l’étude d’inhibiteurs de la classe I, l’application de notre protocole aux FBPA de classe II a confirmé l’identification du résidu responsable de cette abstraction chez Escherichia coli (Glu182) mais pointe vers un résidu diffèrent chez H. pylori (Glu149 au lieu de Glu142). Nos validations expérimentales confirment ces observations et seront consolidées dans le futur. Les FBPA de classe II sont absentes du protéome humain mais sont retrouvées chez de nombreux pathogènes, pouvant même s'y révéler essentielles. Elles apparaissent donc comme étant une cible idéale pour le développement de nouveaux agents anti-microbiens. L’obtention de nouveaux analogues des substrats pour ces enzymes a donc un double intérêt, obtenir de nouveaux outils d’étude du mécanisme mais aussi développer des molécules à visée pharmacologique. En collaboration avec un groupe de chimistes, nous avons optimisé le seul inhibiteur connu des FBPA de classe II. Les composés obtenus, à la fois plus spécifiques et plus puissants, permettent d’envisager une utilisation pharmacologique. En somme, c’est par l’utilisation de techniques complémentaires que de nouveaux détails moléculaires de la catalyse des FBPA de classe II ont pu être étudiés. Ces techniques permettront d’approfondir la compréhension fine du mécanisme catalytique de l’enzyme et offrent aussi de nouvelles perspectives thérapeutiques.