Estudio de la infección "Clostridium difficile": incidencia, epidemiología, características clínicas, factores de riesgo de gravedad y recurrencia

Clostridium difficile causes a broad range of diseases in humans, from mild colitis to pseudomembranous colitis and disease refractory to treatment, fulminant and fatal. It is an infection whose frequency, seriousness and related morbidity and mortality have increased in recent years [1-4]. Nowadays it is regarded as an emerging public health problem, and prevention and monitoring are particularly recommended. In recent years, different authors have described a change in its epidemiology, which affects not only the populations traditionally involved, but also children and patients from the community [2, 5]. Moreover, the Spanish situation has proven to be different, in terms of the ribotypes present, to other countries in Europe, Canada and the USA. Thus, the performance of an in-depth study in this type of patients in Spain, as well as the source of the acquisition of Clostridium difficile infection (CDI), is of major relevance. The main predisposing factor to acquiring CDI is the use of antibiotics in the previous 8 weeks (90% cases in some series), even with a single prophylactic dose. Other risk factors are a previous stay in health-care centers, particularly hospitals, being old and immunodepression, including transplantations and HIV [6]. The severity of CDI has been associated both with host factors and microorganism-specific factors...

Agentes etiológicos de infecções urinárias em ambulatório

As infeções do trato urinário (ITU), depois das infeções respiratórias, são as mais comuns na comunidade, sendo a Escherichia coli o principal agente etiológico. Afeta predominantemente o sexo feminino e, anualmente, estima-se que ocorram em todo o Mundo cerca de 150 milhões de episódios de ITU, sendo responsável por 15% dos antibióticos prescritos em ambulatório. Os objetivos deste estudo foram caracterizar os agentes etiológicos das ITU e determinar o seu padrão de resistência aos antimicrobianos na região litoral norte de Portugal, de modo a contribuir para o uso racional na terapêutica empírica. Foi realizado um estudo observacional, descritivo e transversal, sendo obtidos 80 967 resultados de uroculturas de um Laboratório de Análises Clínicas de prestação de serviços à comunidade, relativos ao período entre Abril de 2007 e Março de 2015. Registaram-se 13 541 bacteriúrias positivas (16,72%). Escherichia coli foi o microrganismo mais isolado (71,62%), seguida de Klebsiella pneumoniae (12,41%), Proteus mirabilis (7,84%), Enterococcus. faecalis (3,97%) e Pseudomonas aeruginosa (1,42%), tendo-se observado diferenças estatisticamente significativas entre sexos e idades. Verificou-se uma diminuição da resistência aos antimicrobianos a partir do ano de 2012. E. coli apresentou em 2015 a menor taxa de resistência respetivamente de 4,46% e 12,37% para a fosfomicina e nitrofurantoína. A combinação de amoxicilina+ácido clavulânico registou uma taxa de resistência superior a 20% (22,03%). O baixo nível de resistência à fosfomicina permite que este antibiótico se apresente como a opção terapêutica de primeira linha no tratamento empírico de ITU não complicada na mulher em ambulatório, pelo que, estes resultados permitem corroborar as indicações de 2011 da Direção Geral de Saúde sobre a substituição de fluoroquinolonas por fosfomicina.

Guia de análises microbiológicas para cortes de aves in natura: elaboração e aplicação prática

An effective hygiene and sanitation inspection of meat and meat products is essential for its production and commercialization. For this reason, the national and international standards responsible for these products quality control employs microbiological analyses methods as quality control tools. In December of 2012, it was included in the Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento (MAPA) website, a Microbiological Scope of food and water, which presents the replacement of some methods proposed by the Normative Instruction 62. Some of these methodologies are considered rapid, practical and convenient. However, other methodologies were still replaced by conventional ones, which presents disadvantages as incorrect interpretations of the microorganism phenotypical and biochemical characteristics, leading to the misinterpretation of test results. Therefore, the objective of this study is to develop a comprehensive, practical and illustrative guidebook of microbiological analysis for in natura poultry cuts. The methods addressed in this guide are the official standards analysis required by the poultry cuts legislation, which are the Escherichia coli count, the thermotolerant coliforms count, the aerobic plate count and the detection of Salmonella spp. The approached methodologies for these analysis will be the AOAC 998.08, the Normative Instruction 62 and the ISO 4833-1:2013 and ISO 6579:2002, respectively. In these events, it is expected to obtain an enlightening and approved guidebook evaluated by laboratory technicians, which will help reduce the analytical subjectivity leading to a more reliable interpretation of the test results.

Valoração do efluente da indústria processadora de pescado por incorporação de nutrientes em aphanothece microscopica nägeli

Nesta tese procurou-se demonstrar a valoração do efluente do processamento de pescado por incorporação dos nutrientes em Aphanothece microscopica Nägeli a diferentes temperaturas. Para tanto o trabalho é composto de cinco artigos que objetivaram avaliar sob o ponto de vista do tratamento do efluente pela cianobactéria Aphanothece e a separação e avaliação da biomassa gerada. O primeiro artigo intitula-se “Influência da temperatura na remoção de nutrientes do efluente da indústria de pescado por Aphanothece microscopica Nägeli”, e teve por objetivo avaliar a influência da temperatura (10, 20 e 30ºC) em um sistema de tratamento pela cianobactéria Aphanothece na remoção de matéria orgânica, nitrogênio e fósforo do efluente oriundo do processamento de pescado. A análise dos resultados mostrou que a temperatura influenciou significativamente na remoção de DQO, NTK, N-NH4 + e P-PO4 -3 . Para os experimentos a 20 e 30ºC todos os limites estabelecidos para os parâmetros avaliados foram atingidos. O segundo artigo intitulado “Efeito de coagulantes no efluente da indústria da pesca visando à separação de biomassa quando tratado por cianobactéria” avaliou o efeito da concentração e pH de dois tipos de coagulantes, cloreto férrico (FeCl3) e sulfato de alumínio (Al2(SO4)3), na separação da biomassa da cianobactéria Aphanothece microscopica Nägeli cultivada em efluente da indústria da pesca, assim como a remoção de matéria orgânica e nutrientes do efluente. Os resultados indicaram que o coagulante FeCl3 foi mais eficaz na remoção de todos os parâmetros testados. No que concerne à separação da biomassa, com um número de seis lavagens foi removido cerca de 97,6% da concentração de FeCl3 adicionado inicialmente. O terceiro artigo com o título “Caracterização da biomassa de Aphanothece microscopica Nägeli gerada no efluente da indústria da pesca em diferentes temperaturas de cultivo” avaliou a composição química da biomassa da cianobactéria Aphanothece microscopica Nägeli quando desenvolvida em meio de cultivo padrão BG11 e no efluente do processamento de pescado. O quarto artigo teve como título “Influência do meio de cultivo e temperatura em compostos nitrogenados na cianobactéria Aphanothece microscopica Nägeli” objetivou avaliar o teor de compostos nitrogenados presentes na biomassa da cianobactéria Aphanothece microscopica Nägeli quando cultivada em meio padrão e no efluente da indústria da pesca nas diferentes fases de crescimento. Para o estudo da composição química e nitrogenados no efluente foram realizados experimentos nas temperaturas de 10, 20 e 30ºC. As concentrações de proteína, cinzas e pigmentos aumentaram com o aumento da temperatura. Por outro lado, foi observada uma redução do teor de lipídios e carboidratos com o aumento da temperatura. O íon amônio juntamente com os ácidos nucléicos representa uma importante fração do nitrogênio não protéico presente na biomassa da cianobactéria Aphanothece. Ficou demonstrada a influência do meio de cultivo na concentração de nitrogênio, bem como a determinação de proteína pelo método de Kjeldahl superestima a concentração protéica em cianobactérias. O quinto artigo intitulado “Produção de proteína unicelular a partir do efluente do processamento do pescado: modelagem preditiva e simulação” avaliou a produção de proteína unicelular através do cultivo da cianobactéria Aphanothece microscopica Nägeli no efluente da indústria da pesca. Os dados cinéticos de crescimento celular foram ajustados a quatro modelos matemáticos (Logístico, Gompertz, Gompertz Modificado e Baranyi). Os resultados demonstraram que o modelo Logístico foi considerado o mais adequado para descrever a formação de biomassa. A análise preditiva mostrou a possibilidade da obtenção de 1,66, 18,96 e 57,36 kg.m-3.d-1 de biomassa por volume do reator em 1000 h de processo contínuo, para as temperaturas de 10, 20 e 30ºC, respectivamente.

Ability of Gordonia alkanivorans strain 1B for high added value carotenoids production

Currently, carotenoids are valuable bioactive molecules for several industries, such as chemical, pharmaceutical, food and cosmetics, due to their multiple benefits as natural colorants, antioxidants and vitamin precursors. Hence, the increasing interest on these high added-value products has led to the search of alternatives, more cost-effective and with better yields, towards their industrial production. Indeed, microbial metabolism offers a promising option for carotenoids production. Herein it is shown the potential of the dibenzothiophene desulfurizing bacterium Gordonia alkanivorans strain 1B as a high carotenoid-producer microorganism. The novel carotenoids, produced under different culture conditions, were extracted with DMSO and then further analyzed both through spectrophotometry and HPLC. When grown in glucose-sulfate-light, strain 1B was able of achieving 2015 g carotenoids per g DCW in shake-flask assays, with about 60% corresponding to lutein, canthaxanthin and astaxanthin. Further optimization studies open a new focus of research aiming to get a hyper pigment-producer strain that may be applied towards different industrial sectors.

Dinâmica de nitrogênio em cultivo heterotrófico a partir de cianobactéria sob o escopo de biorrefinarias agroindustriais

O trabalho teve por objetivo avaliar a dinâmica de nitrogênio, em cultivo heterotrófico, a partir da cianobactéria Aphanothece microscopica Nägeli, sob o escopo de uma biorrefinaria. Neste sentido, foi avaliada a contribuição dos compostos nitrogenados não proteicos, na dinâmica de distribuição do nitrogênio, na biomassa gerada pelo micro-organismo em estudo, quando cultivado em sistema autotrófico e heterotrófico. Para o cultivo em condições autotróficas, foi utilizado o meio padrão BG-11, enquanto que, para o cultivo em condições heterotróficas, foi empregado o efluente da indústria de laticínios. Inicialmente, foi avaliada a contribuição dos pigmentos na fração nitrogenada não proteica tendo como base dois experimentos. No primeiro experimento foi selecionada a melhor condição para a produção de pigmentos, expressos pela clorofila-a em sistema heterotrófico, tendo como base os parâmetros C/N (20, 40 e 60), N/P (5, 10 e 15) e concentração de inóculo (100, 200 e 300 mg.L-1), mediante um planejamento fatorial 23 . Os experimentos foram conduzidos em biorreator heterotrófico a 20°C, pH 7,6 e aeração contínua de 1VVM. A melhor condição de produção de pigmento foi indicada como sendo a 200 mg.L-1 de concentração celular, razões C/N 20 e N/P 10. Com base nestes resultados, um segundo experimento foi delineado, visando avaliar a contribuição de pigmentos na fração de nitrogênio não proteico, bem como avaliar a produção de clorofila-a e ficobiliproteínas (ficocianina, aloficocianina e ficoeritrina), sob influência da luz e do meio de cultivo. Foi possível destacar teores superiores de ficobiliproteínas na biomassa gerada no cultivo heterotrófico. No entanto, com notada diferença (p≤0,05) nos teores de clorofila-a, quando são comparadas as concentrações na biomassa de meios autotróficos (10,7 mg.g-1) e heterotróficos (1,0 mg.g-1). Fato este compensado pelo menor tempo de cultivo registrado para atingir o final do experimento, quando o micro-organismo é cultivado em condições heterotróficas. Fica demonstrado assim, ainda, a importante contribuição dos pigmentos na fração de nitrogênio não proteico. Na sequência, um terceiro e quarto experimentos foram delineados, visando avaliar a influência do nitrogênio inorgânico intracelular na fração não proteica e na produção de proteína, assim como a caracterização da fração proteica quanto ao seu perfil aminoacídico. O estudo da dinâmica do nitrogênio intracelular demonstrou que o N-NH4 + foi a forma nitrogenada predominante, perfazendo importante fração de N-NP, sendo, portanto, os teores de N-NP significativamente dependente dos teores de pigmentos e nitrogênio intracelular. Os aminogramas das biomassas geradas pelos cultivos autotróficos e heterotróficos indicaram como aminoácidos majoritários o ácido glutâmico e aspártico, seguidos por valina, leucina e isoleucina, e como minoritários, lisina, glicina e metionina. O perfil aminoacídico caracterizou-se por apresentar aminoácidos essenciais como isoleucina, metionina + cisteína, fenilalanina + tirosina, valina e treonina em concentrações superiores ao preconizado pela FAO/WHO. A caracterização da fração proteica quanto ao perfil aminoacídico qualificou esta biomassa como fonte potencial de proteína. Os resultados obtidos neste trabalho demonstram a influência e dinâmica de distribuição dos compostos nitrogenados em Aphanothece microscopica Nägeli. Fica demonstrado, ainda, que a implementação do conceito de biorrefino, no tipo de agroindústria estudado, poderá representar importantes possibilidades de aproveitamento sustentável do efluente gerado.

Otimização dos sistemas biológicos e melhorias nos tratamentos da ETARI da Refinaria de Matosinhos

A Refinaria de Matosinhos é um dos complexos industriais da Galp Energia. A sua estação de tratamento de águas residuais industriais (ETARI) – designada internamente por Unidade 7000 – é composta por quatro tratamentos: o pré-tratamento, o tratamento físico-químico, o tratamento biológico e o pós-tratamento. Dada a interligação existente, é fundamental a otimização de cada um dos tratamentos. Este trabalho teve como objetivos a identificação dos problemas e/ou possibilidades de melhoria do pré-tratamento, tratamento físico-químico e pós-tratamento e principalmente a otimização do tratamento biológico da ETARI. No pré-tratamento verificou-se que a separação de óleos e lamas não era eficaz uma vez que se formam emulsões destas duas fases. Como solução, sugeriu-se a adição de agentes desemulsionantes, que se revelou economicamente inviável. Assim, sugeriu-se como alternativa o recurso a técnicas de tratamento da emulsão gerada, tais como a extração com solvente, centrifugação, ultrassons e micro-ondas. No tratamento físico-químico constatou-se que o controlo da unidade de saturação de ar na água era feito com base na análise visual dos operadores, o que pode conduzir a condições de operação afastadas das ótimas para este tratamento. Assim, sugeriu-se a realização de um estudo de otimização desta unidade com vista à determinação da razão ar/sólidos ótima para este efluente. Para além disto, constatou-se, ainda, que os consumos de coagulante aumentaram cerca de -- % no último ano, pelo que foi sugerido o estudo da viabilidade do processo de eletrocoagulação como substituto do sistema de coagulação existente. No pós-tratamento identificou-se o processo de lavagem dos filtros como sendo a etapa com possibilidade de ser otimizada. Através de um estudo preliminar concluiu-se que a lavagem contínua de um filtro por cada turno melhorava o desempenho dos mesmos. Constatou-se, ainda, que a introdução de ar comprimido na água de lavagem promove uma maior remoção de detritos do leito de areia, no entanto esta prática parece influenciar negativamente o desempenho dos filtros. No caso do tratamento biológico, identificaram-se problemas ao nível do tempo de retenção hidráulico do tratamento biológico II, que apresentou elevada variabilidade. Apesar de identificado concluiu-se que este problema era de difícil solução. Verificou-se, também, que o oxigénio dissolvido não era monitorizado, pelo que se sugeriu a instalação de uma sonda de oxigénio dissolvido numa zona de baixa turbulência do tanque de arejamento. Concluiu-se que o oxigénio era distribuído de forma homogénea por todo o tanque de arejamento e tentou-se identificar quais os fatores que influenciariam este parâmetro, no entanto, dada a elevada variabilidade do efluente e das condições de tratamento, tal não foi possível. Constatou-se, também, que o doseamento de fosfato para o tratamento biológico II era pouco eficiente já Otimização dos sistemas biológicos e melhorias nos tratamentos da ETARI da Refinaria de Matosinhos que em -- % dos dias se verificaram níveis baixos de fosfato no licor misto (< - mg/L). Foi, por isso, proposta a alteração do atual sistema de doseamento por gravidade para um sistema de bomba doseadora. Para além disso verificou-se que os consumos deste nutriente aumentaram significativamente no último ano (cerca de --%), situação que se constatou estar relacionada com um aumento da população microbiana para este período. Foi possível relacionar-se o aparecimento frequente de lamas à superfície dos decantadores secundários com incrementos repentinos de condutividade, pelo que se sugeriu o armazenamento do efluente nas bacias de tempestade, nestas situações. Verificou-se que a remoção de azoto era praticamente ineficaz uma vez que a conversão de azoto amoniacal em nitratos foi muito baixa. Assim, sugeriu-se o recurso à técnica de bio-augmentação ou a transformação do sistema de lamas ativadas num sistema bietápico. Por fim, constatou-se que a temperatura do efluente à entrada da ETARI apresenta valores bastante elevados para o tratamento biológico (aproximadamente de --º C) pelo que se sugeriu a instalação de uma sonda de temperatura no tanque de arejamento de modo a controlar de forma mais eficaz a temperatura do licor misto. Ainda no que diz respeito ao tratamento biológico, foi possível desenvolver-se um conjunto de ferramentas que visaram o funcionamento otimizado deste tratamento. Nesse sentido, foram apresentadas várias sugestões de melhoria: a utilização do índice volumétrico de lamas como indicador da qualidade das lamas em alternativa à percentagem de lamas; foi desenvolvido um conjunto de fluxogramas para a orientação dos operadores de exterior na resolução de problemas; foi criada uma “janela de operação” que pretende ser um guia de apoio à operação; foi ainda proposta a monitorização frequente da idade das lamas e da razão alimento/microrganismo.

Avaliação do potencial probiótico de leveduras isoladas de azeitonas de mesa da cultivar Negrinha de Freixo

Probióticos são definidos como microrganismos vivos, que quando administrados em quantidades adequadas, conferem benefícios à saúde do hospedeiro. Atualmente a pesquisa de microrganismos probióticos a partir da fermentação da azeitona tem-se centrado nas bactérias ácido-lácticas, sendo escassos os estudos envolvendo leveduras. No presente trabalho avaliou-se o potencial probiótico de estirpes de leveduras previamente isoladas durante o processo de fermentação natural de azeitona de mesada cultivar Negrinha de Freixo. Foram avaliadas 16 estirpes em relação à atividade enzimática (catalase, amilase, xilanase, protease e β-glucosidase); ao crescimento a 37ºC; ação inibitória frente a microrganismos patogénicos; capacidade de autoagregação; atividade antioxidante (utilizando o método de DPPH); e resistência ao aparelho digestivo humano, a partir de uma simulação in vitro da digestão gástrica e pancreática. Os resultados apresentados para a atividade enzimática indicaram que em alguns isolados foi detetado fraca atividade das enzimas protease, xilanase e amilase. Já uma atividade forte de lipase foi observada nas estirpes Pichia manshurica e Saccharomyces cerevisiae (15A e 15B). Para a enzima β-glucosidase, identificou-se atividade forte em Rhodotorula graminis, Rhodotorula glutinis, Candida norvegica, Pichia guilliermondii e Galactomyces reessii. Relativamente à capacidade de crescimento à temperatura corporal (37ºC), três estirpes (Saccharomyces cerevisiae 15B; Candida tropicalis 1A; e Pichia membranifaciens 29A) destacaram-se por apresentar maior taxa específica de crescimento. A capacidade bloqueadora dos radicais livres DPPH foi verificada em 10 estirpes, sendo as estirpes de S. cerevisiae as que mais se destacaram dentre as outras. As estirpes C. norvegica e G. reessii (34A) apresentaram capacidade antifúngica frente ao microrganismo patogénico Cryptococcus neoformans. Em relação à capacidade de autoagregação avaliada, as estirpes S. cerevisiae (15A), Candida tropicalis (1A) e C. norvegica (7A) apresentaram ao fim de 24 horas percentagens superiores a 80%. Relativamenteà resistência frente às condições presentes no trato gastrointestinal in vitro, a estirpe P. guilliermondii (25A), destacou-se dentre as demais, por apresentar maior capacidade de sobrevivência em todo o processo digestivo simulado. As estirpes Candida boidinii (37A) e S. cerevisiae (15A) apresentaram menor capacidade de sobrevivência nestas condições. Contudo, serão necessários testes adicionais para complementar estes resultados.

Dinâmica do fósforo em cultivo heterotrófico e produção de compostos celulares por cianobactéria integrado a biorrefinarias agroindustriais

O objetivo desta tese foi avaliar a dinâmica do fósforo em cultivo heterotrófico e produção de compostos celulares por Aphanothece microscopica Nägeli visando avaliar a perspectiva de implementação de uma biorrefinaria microalgal. Desta forma, foi avaliado o comportamento do micro-organismo em estudo no cultivo heterotrófico, utilizando como meio de cultivo o efluente de laticínios. O trabalho foi desenvolvido em 3 etapas. Em um primeiro momento foi avaliada a influência da temperatura (20 e 30°C) e os valores máximos e mínimos de nutrientes, em especial do fósforo dissolvido reativo (PDR), disponíveis no efluente de laticínio, na remoção de nutrientes. Os resultados demonstraram que a concentração inicial de fósforo dissolvido e a temperatura exerceram influência no crescimento celular e na eficiência de remoção de nutrientes. Em termos de otimização de processo os cultivos conduzidos a 20°C e maiores concentrações de PDR (5,5 mg.L-1 ) no efluente de laticínio, foram os mais eficientes na conversão de poluentes em biomassa e remoção de nutrientes. A segunda etapa foi desenvolvida com o objetivo de avaliar a dinâmica de distribuição de fósforo na fase líquida e sólida do reator heterotrófico, quando o efluente de laticínio foi tratado pela Aphanothece microscopica Nägeli, a 20°C e nas máximas concentrações de fósforo dissolvido encontradas no efluente. Foi demonstrado que as formas fosforadas na fase líquida do reator se caracterizam pela predominância da fração dissolvida em comparação à particulada e por apresentar como fração predominante a de fósforo orgânico. No que se refere à fase sólida, ficou demonstrado que a Aphanothece microscopica Nägeli, quando cultivada heterotroficamente apresenta 3,8 vezes mais fósforo que o requerido para o crescimento celular. Ficando demonstrado ainda que a remoção biológica de fósforo por Aphanothece microscopica Nägeli pode resultar em substanciais aportes financeiros para as estações de tratamento de efluentes. Uma terceira etapa foi desenvolvida, a qual teve como objetivo avaliar a estimativa de produção de compostos celulares por Aphanothece microscopica Nägeli, a partir do efluente de laticínio, bem como o efeito da redução de temperatura de cultivo no teor de lipídios , no momento em que é obtida a máxima concentração deste componente celular, nas condições otimizadas.Foi obtido na fase logarítmica de crescimento, concentrações de 41,8 % de proteinas, carboidratos 28,5 %, lipídios 10,4 % e minerais 10,8 %. O maior teor de lipídio registrado a 20°C correspondeu a biomassa analisada na fase logarítmica.Com a redução da temperatura para 5°C por um período de 30 h é possível obter concentrações de lipídios 2,4 vezes superior ao registrado na fase logarítmica a 20 °C. No entanto, não foram indicadas diferenças significativas (p≤0,05) em função da temperatura entre as concentrações de lipídios obtidas para a biomassa a 10°C em 40 h. O perfil de ácidos graxos da biomassa gerada a 20°C, apresentou como ácidos graxos majoritários, os ácidos graxos: palmítico, oléico, γ-linolênico, palmitoleico e esteárico, resultando um aumento na concentração de ácidos graxos saturados as espensa dos insaturados, quando a temperatura é reduzida. Em paralelo,um reator heterotrófico descontinuo foi definido, ficando demonstrado que a extrapolação da operação em batelada para contínua requer um biorreator heterotrófico com volume útil de trabalho de 240,51 m 3 , permitindo tratar 950 m3 diários de efluente, gerando 11,8 kg.d-1 de biomassa útil para produção de compostos celulares por Aphanothece microscopica Nägeli, visando à simultânea remoção de matéria orgânica, nitrogênio total e fósforo total, gerando insumos que podem suportar a implementação de uma biorrefinaria microalgal.

High hydrostatic pressure adaptive strategies in an obligate piezophile Pyrococcus yayanosii

Pyrococcus yayanosii CH1, as the first and only obligate piezophilic hyperthermophilic microorganism discovered to date, extends the physical and chemical limits of life on Earth. It was isolated from the Ashadze hydrothermal vent at 4,100 m depth. Multi-omics analyses were performed to study the mechanisms used by the cell to cope with high hydrostatic pressure variations. In silico analyses showed that the P. yayanosii genome is highly adapted to its harsh environment, with a loss of aromatic amino acid biosynthesis pathways and the high constitutive expression of the energy metabolism compared with other non-obligate piezophilic Pyrococcus species. Differential proteomics and transcriptomics analyses identified key hydrostatic pressure-responsive genes involved in translation, chemotaxis, energy metabolism (hydrogenases and formate metabolism) and Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats sequences associated with Cellular apoptosis susceptibility proteins.

Hibridación in situ fluorescente (FISH)

Background: At the end of 80s, cloning technologies with the increase of the antibodies’ sensibility made easier the development of technologies based on Fluorescence in situ Hibridation (FISH). Nowadays, It’s widely used in the field of basic investigation as much as clinic diagnostic. Method: FISH is a technique that combines molecular biology with histochemistry way to detect specific nucleotide sequences so that chromosome’s section or even whole chromosome can be marked on metaphases cells (cell in division) and on attached cellular nucleus. This detection is realized using DNA fluorescence probes (marked with fluorophores), that can be different according to the structures manage to detect: large single-locus probes, small unique-sequence probes, chromosome- or region-specific “paints” or repetitive sequence probes and genomic DNA probes. Some of the applications of this technique is that can be so useful in the detection of numerical and structural chromosomal alterations such as polyploidies or genomic rearrangement, to mapping metaphases cells and even to detect bacteria or another type of microorganism. In addition, FISH allows us to monitoring diseases (antitumor therapies, quantification of genomic altered cells…) and the precise location of chromosomic broken spots on tumor searching for new genes involved in cancer and detect and map interested known genes. Conclusion: FISH has many advantages ahead of conventional cytogenetic techniques (bands G karyotype) overall at the time of establish a clinic diagnostic to detect tumors and chromosomic aberration, presenting a higher sensibility and specificity as well as being a relative quick technique (24 hours).

Surgical site infection in colorectal surgery

Surgical Site Infection is one of the most common infection associated with health care, but can also be the most preventable situation. Surgical site infection in patients undergoing colorectal surgery varies according to the literature, from 3.5 to 21.3%, being identiied as the highest rate of infection among elective procedures and emergency. Objectives: To identify and characterize the occurrence of surgical site infection in patients undergoing colorectal surgery at a hospital in northern Portugal. Methods: A prospective study in a hospital in the north of Portugal in 2015, patients admitted to the surgical service who underwent colorectal surgery. Patients were selected more than 24 hours of admission, obtaining a sample of 102 participants. The characterization of the patient and the surgery was done using a search in the irst 24 hours after surgery and the registration of the infection at the time of occurrence and 30 days after the intervention. Results: 102 participants, 67 (65.7%) were male with a mean age of 71.92 years (37-93 years) and 40.2% underwent emergency surgery. There was a prevalence of surgical site infection in 21 patients (20.6%). Among these 15 were male (71.4%) with mean age of 72.24 years. They were hospitalized on average 22 days, with an average of 19 days of hospitalization after surgery. Escherichia-coli was the microorganism most frequently isolated in culture studies with 13 (60.0%) cases of surgical site infection and organ/space was the main site identiied with infection - 38.1%. Conclusions: The prevalence of surgical site infection was 5.1% and Escherichia coli most common etiologic agent. It is suggested that other studies can analyze the associated factors with this type of infection.

Identificacción de infecciones de vías urinarias, agente etiológico, sensibilidad a los antimicrobianos y factores asociados en los habitantes de la Comunidad de San Francisco de Cuchocorral. El Tambo-Cañar 2015

ANTECEDENTES.- Las infecciones urinarias representan un grave problema de salud que afecta a la población en general. En El Tambo representan una de las principales causas de consulta externa y hospitalización. OBJETIVO.- Identificar la prevalencia de infecciones de vías urinarias, agente etiológico, sensibilidad a los antimicrobianos y factores asociados en los habitantes de la comunidad de San Francisco de Cuchocorral, El Tambo 2015. METODOLOGÍA.- El estudio fue descriptivo de corte transversal. El universo fue de 208 habitantes y la muestra de 160 personas de la comunidad. Se realizó el examen elemental y microscópico de orina, el urocultivo y el antibiograma. Previo a la recolección de las muestras, los participantes firmaron el consentimiento o asentimiento informado y llenaron una encuesta. Se analizaron las muestras en el laboratorio de Microbiología de la Facultad de Ciencias Médicas. Para relacionar los resultados obtenidos y las variables de estudio se utilizó el programa SPSS V22 y Excel para la estadística descriptiva. RESULTADOS.- La prevalencia de infección urinaria fue del 10%, siendo el 100% de personas con infección del sexo femenino y de ellas el 44% mujeres de 19 – 45 años. Escherichia coli fue el microorganismo más frecuente con el 87,5% y mostró resistencia para Trimetoprim sulfametoxazol y Gentamicina en un 28,6%. Proteus y Klebsiella presentaron resistencia para Ampicilina sulbactam y Fosfomicina en un 100%. CONCLUSIÓN.- Contribuimos con datos epidemiológicos sobre prevalencia de infecciones de vías urinarias, agente etiológico y sensibilidad a los antimicrobianos en los habitantes de la comunidad de San Francisco de Cuchocorral

Degradación bacteriana de cianuro y compuestos nitrogenados tóxicos

La ruta de asimilación de cianuro en P. pseudoalcaligenes CECT5344 transcurre a través de un nitrilo formado por la reacción química del cianuro con el oxalacetato, siendo este último acumulado como consecuencia de la acción conjunta de una malato:quinona oxidoreductasa (MQO) y la oxidasa terminal resistente a cianuro (CioAB) (Luque-Almagro et al., 2011b). Los nitrilos pueden ser convertidos en amonio por la acción de una nitrilasa o un sistema nitrilo hidratasa/amidasa. Con el objetivo de elucidar la ruta de asimilación de cianuro en P. pseudoalcalígenes CECT5344, se ha analizado el proteoma de este microorganismo en condiciones cianotróficas frente a nitrato como fuente de nitrógeno como control. En este estudio se identificaron proteínas relacionadas con la ruta de asimilación de cianuro en la estirpe CECT5344, que aparecían inducidas por cianuro, como NitB y NitG, cuyos genes se encuentran localizados en la agrupación génica nit1C. Además de NitB y NitG, de función desconocida, la agrupación génica nit1C codifica un regulador transcripcional del tipo Fis dependiente de σ54 (NitA), una nitrilasa (NitC), una proteína que pertenece a la superfamilia S-adenosilmetionina (NitD), un miembro de la superfamilia N-aciltransferasa (NitE), un polipéptido de la familia AIRS/GARS (NitF) y una oxidorreductasa dependiente de NADH (NitH). Un análisis transcripcional mediante RT-PCR determinó que los genes nitBCDEFGH se cotranscriben, mientras que el gen regulador nitA se transcribe de forma divergente. Además, resultados obtenidos por RT-PCR confirman que la expresión de los genes nitBCDEFGH está inducida por cianuro y reprimida por amonio. La relación entre el cianuro y el grupo de genes nit1C queda patente por el fenotipo de los mutantes deficientes nitA, nitB y nitC, incapaces de usar complejos cianuro-metálicos o 2-hidroxinitrilos como única fuente de nitrógeno. Todos estos datos indican que la nitrilasa NitC, junto con la proteína NitB, utilizan de forma específica determinados nitrilos alifáticos como sustrato, entre los que se encuentran el formado durante la asimilación de cianuro (Estepa et al., 2012). Además, entre las proteínas inducidas por cianuro se identificaron una dihidropicolinato sintasa (DapA), una fosfoserina transaminasa (SerC) y una proteína de función desconocida (Orf1), las tres codificadas por genes del operón cio, una cianasa (CynS), la proteína S6 de la subunidad ribosomal 30S (RpsF), una superóxido dismutasa (SodB), la ferritina (Dps), una oxidorreductasa (Fpr) y un factor de elongación P (EF-P). Una vez identificadas, estas proteínas se han analizado funcionalmente y se han localizado en el genoma de P. pseudoalcaligenes CECT5344 los genes correspondientes, así como los genes adyacentes. La inducción de estas proteínas en condiciones cianotróficas sugiere que el metabolismo del cianuro incluye, además de la resistencia y asimilación de este tóxico, otros procesos biológicos relacionados con el metabolismo del cianato y de algunos aminoácidos, el estrés oxidativo y la homeostasis de hierro, entre otros. Por otra parte, el conocimiento en profundidad y la interpretación de la secuencia génica de P. pseudoalcaligenes CECT5344, así como el análisis comparativo frente a organismos no cianotrofos ha permitido entender algunos de los mecanismos implicados en la resistencia y asimilación de cianuro, lo que permitiría conducir a la posterior mejora del proceso de biodegradación de cianuro. Además, el estudio del genoma de la estirpe CECT5344 permitirá explorar la capacidad de este organismo para ser utilizado en procesos de biorremediación de residuos cianurados en los que se encuentran metales y otros tóxicos (Luque-Almagro et al., 2013; Wibberg et al., 2014). En este trabajo se muestran y discuten los resultados de la secuenciación del genoma de P. pseudoalcaligenes, así como el estudio del análisis filogenético y evolutivo de la cepa, estableciéndose de esta manera relaciones con otras especies en base a los genomas secuenciados de las mismas, entre las que destaca P. mendocina ymp relacionada con P. pseudoalcaligenes CECT5344. El estudio de las características del genoma de P. pseudoalcaligenes CECT5344 ha sido completado con un análisis comparativo frente a los genomas de otras especies de Pseudomonas, encontrándose así semejanzas y diferencias en cuanto a la distribución génica funcional. Por último, se muestra un análisis del genoma de P. pseudoalcaligenes CECT5344 en relación con los genes implicados probablemente en los procesos de asimilación de cianuro y residuos cianurados, tales como los codificantes de nitrilasas y aquellos implicados en la resistencia a cianuro como los constituyentes del operón cio que codifican la oxidasa terminal insensible a cianuro. Finalmente, se discute la presencia de genes implicados posiblemente en otros procesos con una alto potencial biotecnológico, tales como la producción de bioplásticos y la biodegradación de diversos contaminantes.

Effects of the encapsulation of usnic acid into liposomes and interactions with antituberculous agents against multidrug-resistant tuberculosis clinical isolates

Mycobacterium tuberculosis (Mtb) has acquired resistance and consequently the antibiotic therapeutic options available against this microorganism are limited. In this scenario, the use of usnic acid (UA), a natural compound, encapsulated into liposomes is proposed as a new approach in multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) therapy. Thus the aim of this study was to evaluate the effect of the encapsulation of UA into liposomes, as well as its combination with antituberculous agents such as rifampicin (RIF) and isoniazid (INH) against MDR-TB clinical isolates. The in vitro antimycobacterial activity of UA-loaded liposomes (UA-Lipo) against MDR-TB was assessed by the microdilution method. The in vitro interaction of UA with antituberculous agents was carried out using checkerboard method. Minimal inhibitory concentration values were 31.25 and 0.98 μg/mL for UA and UA-Lipo, respectively. The results exhibited a synergistic interaction between RIF and UA [fractional inhibitory concentration index (FICI) = 0.31] or UA-Lipo (FICI = 0.28). Regarding INH, the combination of UA or UA-Lipo revealed no marked effect (FICI = 1.30-2.50). The UA-Lipo may be used as a dosage form to improve the antimycobacterial activity of RIF, a first-line drug for the treatment of infections caused by Mtb.