Improvements in the Assessment of Bacterial Viability and Killing

It is axiomatic that our planet is extensively inhabited by diverse micro-organisms such as bacteria, yet the absolute diversity of different bacterial species is widely held to be unknown. Different bacteria can be found from the depths of the oceans to the top of the mountains; even the air is more or less colonized by bacteria. Most bacteria are either harmless or even advantageous to human beings but there are also bacteria, which can cause severe infectious diseases or spoil the supplies intended for human consumption. Therefore, it is vitally important not only to be able to detect and enumerate bacteria but also to assess their viability and possible harmfulness. Whilst the growth of bacteria is remarkably fast under optimum conditions and easy to detect by cultural methods, most bacteria are believed to lie in stationary phase of growth in which the actual growth is ceased and thus bacteria may simply be undetectable by cultural techniques. Additionally, several injurious factors such as low and high temperature or deficiency of nutrients can turn bacteria into a viable but non-culturable state (VBNC) that cannot be detected by cultural methods. Thereby, various noncultural techniques developed for the assessment of bacterial viability and killing have widely been exploited in modern microbiology. However, only a few methods are suitable for kinetic measurements, which enable the real-time detection of bacterial growth and viability. The present study describes alternative methods for measuring bacterial viability and killing as well as detecting the effects of various antimicrobial agents on bacteria on a real-time basis. The suitability of bacterial (lux) and beetle (luc) luciferases as well as green fluorescent protein (GFP) to act as a marker of bacterial viability and cell growth was tested. In particular, a multiparameter microplate assay based on GFP-luciferase combination as well as a flow cytometric measurement based on GFP-PI combination were developed to perform divergent viability analyses. The results obtained suggest that the antimicrobial activities of various drugs against bacteria could be successfully measured using both of these methods. Specifically, the data reliability of flow cytometric viability analysis was notably improved as GFP was utilized in the assay. A fluoro-luminometric microplate assay enabled kinetic measurements, which significantly improved and accelerated the assessment of bacterial viability compared to more conventional viability assays such as plate counting. Moreover, the multiparameter assay made simultaneous detection of GFP fluorescence and luciferase bioluminescence possible and provided extensive information about multiple cellular parameters in single assay, thereby increasing the accuracy of the assessment of the kinetics of antimicrobial activities on target bacteria.

Streptavidin - A Versatile Binding Protein for Solid-Phase Immunoassays

Streptavidin, a tetrameric protein secreted by Streptomyces avidinii, binds tightly to a small growth factor biotin. One of the numerous applications of this high-affinity system comprises the streptavidin-coated surfaces of bioanalytical assays which serve as universal binders for straightforward immobilization of any biotinylated molecule. Proteins can be immobilized with a lower risk of denaturation using streptavidin-biotin technology in contrast to direct passive adsorption. The purpose of this study was to characterize the properties and effects of streptavidin-coated binding surfaces on the performance of solid-phase immunoassays and to investigate the contributions of surface modifications. Various characterization tools and methods established in the study enabled the convenient monitoring and binding capacity determination of streptavidin-coated surfaces. The schematic modeling of the monolayer surface and the quantification of adsorbed streptavidin disclosed the possibilities and the limits of passive adsorption. The defined yield of 250 ng/cm² represented approximately 65 % coverage compared with a modelled complete monolayer, which is consistent with theoretical surface models. Modifications such as polymerization and chemical activation of streptavidin resulted in a close to 10-fold increase in the biotin-binding densities of the surface compared with the regular streptavidin coating. In addition, the stability of the surface against leaching was improved by chemical modification. The increased binding densities and capacities enabled wider high-end dynamic ranges in the solid-phase immunoassays, especially when using the fragments of the capture antibodies instead of intact antibodies for the binding of the antigen. The binding capacity of the streptavidin surface was not, by definition, predictive of the low-end performance of the immunoassays nor the assay sensitivity. Other features such as non-specific binding, variation and leaching turned out to be more relevant. The immunoassays that use a direct surface readout measurement of time-resolved fluorescence from a washed surface are dependent on the density of the labeled antibodies in a defined area on the surface. The binding surface was condensed into a spot by coating streptavidin in liquid droplets into special microtiter wells holding a small circular indentation at the bottom. The condensed binding area enabled a denser packing of the labeled antibodies on the surface. This resulted in a 5 - 6-fold increase in the signal-to-background ratios and an equivalent improvement in the detection limits of the solid-phase immunoassays. This work proved that the properties of the streptavidin-coated surfaces can be modified and that the defined properties of the streptavidin-based immunocapture surfaces contribute to the performance of heterogeneous immunoassays.

Gamma Knife Surgery versus Linac for Brain Metastasis: Which Technique for Which Patient? Analysis of an Historical Cohort of 63 Consecutive Patients Harboring 130 Lesions

Objectives: We present the retrospective analysis of a single-institution experience for radiosurgery (RS) in brain metastasis (BM) with Gamma Knife (GK) and Linac. Methods: From July 2010 to July 2012, 28 patients (with 83 lesions) had RS with GK and 35 patients (with 47 lesions) with Linac. The primary outcome was the local progression-free survival (LPFS). The secondary outcome was the overall survival (OS). Apart a standard statistical analysis, we included a Cox regression model with shared frailty, to modulate the within-patient correlation (preliminary evaluation showed a significant frailty effect, meaning that the correlation within patient could be ignored). Results: The mean follow-up period was 11.7 months (median 7.9, 1.7-22.7) for GK and 18.1 (median 17, 7.5-28.7) for Linac. The median number of lesions per patient was 2.5 (1-9) in GK compared with 1 (1-3) in Linac. There were more radioresistant lesions (melanoma) and more lesions located in functional areas for the GK group. The median dose was 24 Gy (GK) compared with 20 Gy (Linac). The LPFS actuarial rate was as follows: for GK at 3, 6, 9, 12, and 17 months: 96.96, 96.96, 96.96, 88.1, and 81.5%, and remained stable till 32 months; for Linac at 3, 6, 12, 17, 24, and 33 months, it was 91.5, 91.5, 91.5, 79.9, 55.5, and 17.1%, respectively (p = 0.03, chi-square test). After the Cox regression analysis with shared frailty, the p-value was not statistically significant between groups. The median overall survival was 9.7 months for GK and 23.6 months for Linac group. Uni- and multivariate analysis showed a lower GPA score and noncontrolled systemic status were associated with lower OS. Cox regression analysis adjusting for these two parameters showed comparable OS rate. Conclusions: In this comparative report between GK and Linac, preliminary analysis showed that more difficult cases are treated by GK, with patients harboring more lesions, radioresistant tumors, and highly functional located. The groups look, in this sense, very heterogeneous at baseline. After a Cox frailty model, the LPFS rates seemed very similar (p < 0.05). The OS was similar, after adjusting for systemic status and GPA score (p < 0.05). The technical reasons for choosing GK instead of Linac were the anatomical location related to highly functional areas, histology, technical limitations of Linac movements, especially lower posterior fossa locations, or closeness of multiple lesions to highly functional areas optimal dosimetry with Linac

The REporting of studies Conducted using Observational Routinely-collected health Data (RECORD) statement.

Routinely collected health data, obtained for administrative and clinical purposes without specific a priori research goals, are increasingly used for research. The rapid evolution and availability of these data have revealed issues not addressed by existing reporting guidelines, such as Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology (STROBE). The REporting of studies Conducted using Observational Routinely collected health Data (RECORD) statement was created to fill these gaps. RECORD was created as an extension to the STROBE statement to address reporting items specific to observational studies using routinely collected health data. RECORD consists of a checklist of 13 items related to the title, abstract, introduction, methods, results, and discussion section of articles, and other information required for inclusion in such research reports. This document contains the checklist and explanatory and elaboration information to enhance the use of the checklist. Examples of good reporting for each RECORD checklist item are also included herein. This document, as well as the accompanying website and message board (http://www.record-statement.org), will enhance the implementation and understanding of RECORD. Through implementation of RECORD, authors, journals editors, and peer reviewers can encourage transparency of research reporting.

RetroEm - Jälkiasennettava hiukkassuodatin

RetroEm-tutkimuksen tarkoituksena on saada tietoa jälkiasennettavista hiukkassuodattimista. Suomen autovero uudistui vuoden 2008 alussa, siten että uusien autojen autovero lasketaan niiden CO2-päästöistä. Dieselautoissa on pienempi kulutus kuin bensiiniautoissa. Tästä johtuen CO2-päästöt ovat pienemmät dieselautoissa. Tämä on laskenut diesel-autojen hintaa. Dieselautojen halvemmasta hinnasta johtuen uusien dieselautojen määrä on kasvussa eli dieselautojen päästöjen määrä lisääntyy. Dieselautojen pakokaasupäästöistä terveydelle haitallisten pienhiukkasten määrä kasvaa. Pienhiukkasia pystytään suodattamaan uusista ja vanhoista jälkiasennettavan hiukkassuodattimen avulla. Jälkiasennettavalla hiukkassuodattimella pitäisi saada valmistajan mukaan 30 - 70 %:n hyötysuhde. Jälkiasennettavat hiukkassuodattimet hankittiin Diagno Finland Oy:n kautta saksasta Twintec-yrityksestä. Testiautoina oli vuoden 2007 VW Passat 1.9 TDI ja vuoden 2001 BMW 530dA. Mittaukset suoritettiin joulukuussa 2007. Mittaukset onnistuivat hyvin. Lämpötilamittauksista selvisi, että hiukkassuodattimessa on tarpeeksi kuuma, että regenerointi toimii. Passatissa hiukkassuodattimen hyötysuhde jäi hieman heikommaksi kuin BMW:llä, mutta saavutettiin valmistajan lupailtu arvo 30 - 70 %:ia. Passatissa hiukkasia oli noin 28 % vähemmän kun ilman hiukkassuodatinta. BMW:llä hiukkassuodattimen kanssa hiukkaset vähenivät noin 58 %. Jälkiasennettavat hiukkassuodattimet toimivat oikein ja saivat puhdistettua hiukkaspäästöjä. RetroEm-tutkimusta on tarkoitus jatkaa BMW:llä ja Passatilla. Tarkoituksena on myös saada 5 - 8 uutta dieselautoa, joihin asennetaan eri valmistajan jälkiasennettava hiukkassuodatin.

Kääntöovikoneistojen tuotekehitystä ohjaavat tekijät DIN 18650 -standardissa

Ovikoneistot ovat tulleet ihmisten arkeen helpottamaan jokapäiväistä elämää. Etenkin julkisissa rakennuksissa koneistot ovat yleistyneet. Ovikoneistoja käytetään erityisesti siellä, missä ovista kulkevien ihmisten määrä on suurimmillaan. Tämän vuoksi ovikoneistojen henkilöturvallisuus on erittäin tärkeää. Henkilöturvallisuuden takaaminen aiheuttaa paljon vaatimuksia koneistojen suunnittelulle. Tämän työn tavoitteena on tutustua Saksassa voimassa oleviin kääntöovikoneistoja koskeviin määräyksiin sekä ennakoida tulevaisuudessa julkaistavan eurooppalaisen standardin vaikutuksia ovikoneistoille. Työ on rajattu koskemaan ainoastaan kääntöovikoneistoja. Muut oviympäristön laitteet on rajattu tarkemman tarkastelun ulkopuolelle. Työssä luodaan katsaus oviympäristöihin ja niissä käytettyihin laitteisiin ja standardeihin, jotka koskevat ovikoneistojen suunnittelua. Tämän lisäksi keskitytään tarkemmin Deutsches Institut für Normung:n (DIN) 18650 -standardiin. Lisäksi arvioidaan erään ovikoneiston standardinmukaisuutta, sekä esitetään ratkaisuvaihtoehtoja standardinmukaisuuden toteuttamiseksi.

Osakeyhtiölain muutosten vaikutus pienen osakeyhtiön tilinpäätökseen ja tilintarkastukseen

Tämän tutkielman tutkimusongelmana oli millaisia vaikutuksia Osakeyhtiölain uudistuksella on pienen osakeyhtiön tilinpäätökseen ja tilintarkastukseen. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää tilinpäätöksen eri osiin kohdistuvat muutokset sekä osakeyhtiöitä koskeva tilintarkastussääntely. Alatavoitteeksi muodostui selvittää muutokset tilinpäätöksen laatimisen, tuloslaskelman, taseen, toimintakertomuksen ja tilintarkastusvaatimusten osalta. Tutkimusmenetelmä oli kirjallisuuteen perustuva, kvalitatiivinen ja deskriptiivinen. Kirjallisuuden avulla selvitettiin pienen osakeyhtiön tilinpäätöksen rakennetta ja siihen kohdistuvia muutoksia sekä tilintarkastusvaatimusten sisältöä. Hallituksen ehdotus uudeksi osakeyhtiölainsäädännöksi sekä ammattilehtikirjoittelut toimivat pohjana muutosten selvittämiselle. Tutkimuksen johtopäätöksenä todetaan, että osakeyhtiölakiuudistus tulee selkeyttämään ja johdonmukaistamaan lakia, jolloin pienten yhtiöiden byrokratia ja tulkintavaikeudet helpottuvat. Suurimman muutos tilinpäätöksessä tulee olemaan nimellisarvoton pääomajärjestelmä. Tilintarkastukseen vaikuttavat tulevaisuudessa

Osakeyhtiölain muutosten vaikutus pienen osakeyhtiön hallintoon

Tämän tutkielman tutkimusongelmana oli millaisia vaikutuksia Osakeyhtiölain uudistuksella on pienen osakeyhtiön hallintoon. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää hallinnon eri osiin kohdistuvat muutokset sekä osakeyhtiölain keskeisten periaatteiden sisältö. Alatavoitteeksi muodostui selvittää muutokset yhtiökokouksen, hallituksen, toimitusjohtajan ja voitonjaon osalta. Tutkimusmenetelmä oli kirjallisuuteen perustuva, kvalitatiivinen ja deskriptiivinen. Kirjallisuuden avulla selvitettiin pienen osakeyhtiön hallintoa ja siihen kohdistuvia muutoksia sekä osakeyhtiölain keskeisten periaatteiden sisältöä. Hallituksen ehdotus uudeksi osakeyhtiölainsäädännöksi sekä ammattilehtikirjoittelut toimivat pohjana muutosten selvittämiselle. Tutkimuksen johtopäätöksenä todetaan, että osakeyhtiölakiuudistus tulee selkeyttämään ja johdonmukaistamaan lakia, jolloin pienten yhtiöiden byrokratia ja tulkintavaikeudet helpottuvat. Suurimman haasteen hallinnolle tulee luomaan maksukykyisyysvaatimus varoja jaettaessa. Osakeyhtiöoikeuden perusperiaatteiden tuominen lain säännöksiksi auttaa sekä osakkeenomistajia että hallitusta hahmottamaan lain rakennetta paremmin. Ne myös tarketavat osakeyhtiön toiminnan pohjaa ja saattaa tulevaisuudessa vaikuttaa myös perustamisvaiheen yritysmuodon valintaan.

An analysis of protocols and publications suggested that most discontinuations of clinical trials were not based on preplanned interim analyses or stopping rules.

OBJECTIVES: To investigate the frequency of interim analyses, stopping rules, and data safety and monitoring boards (DSMBs) in protocols of randomized controlled trials (RCTs); to examine these features across different reasons for trial discontinuation; and to identify discrepancies in reporting between protocols and publications. STUDY DESIGN AND SETTING: We used data from a cohort of RCT protocols approved between 2000 and 2003 by six research ethics committees in Switzerland, Germany, and Canada. RESULTS: Of 894 RCT protocols, 289 prespecified interim analyses (32.3%), 153 stopping rules (17.1%), and 257 DSMBs (28.7%). Overall, 249 of 894 RCTs (27.9%) were prematurely discontinued; mostly due to reasons such as poor recruitment, administrative reasons, or unexpected harm. Forty-six of 249 RCTs (18.4%) were discontinued due to early benefit or futility; of those, 37 (80.4%) were stopped outside a formal interim analysis or stopping rule. Of 515 published RCTs, there were discrepancies between protocols and publications for interim analyses (21.1%), stopping rules (14.4%), and DSMBs (19.6%). CONCLUSION: Two-thirds of RCT protocols did not consider interim analyses, stopping rules, or DSMBs. Most RCTs discontinued for early benefit or futility were stopped without a prespecified mechanism. When assessing trial manuscripts, journals should require access to the protocol.

Time-lapse -intervallikuvaaminen

Miltä sinusta tuntuisi nähdä vanhenevasi viisikymmentä vuotta minuutissa? Time-lapse -kuvaus on nykytekniikalla ainoa keino ihmisille matkustaa ajassa. Tällä kuvaustavalla on mahdollista hidastaa elämää tai vastaavasti nopeuttaa sitä. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena on käydä läpi ne keinot ja tekniikat kuinka time-lapse -kuvia voidaan tehdä. Työn tavoitteena on ollut ymmärtää time-lapse -kuvaamista ja tutustua eri efekteihin, joita voi tehdä intervallikuvauksen avulla. Työhön on tehty kuvamateriaalia kirjallisen osan tueksi, jotta lukijan olisi mahdollisimman helppo ymmärtää kuvaustapaa. Työhön on tehty kaavoja ja kuvia, jotka antavat lukijalle mahdollisuuden myös kokeilla kuvien ottamista. Työssä on kerrottu kuvien ottamisesta ja siinä helposti tehtävistä virheistä, jotta lukijan ei tarvitsisi omissa kokeiluissaan ajaa samoihin ansoihin, kuin opinnäytetyötä tehdessä on ajettu. Time-lapse -kuvaaminen on kiehtova tapa tuoda kaikki valokuvauksen keinot elokuvaan. Tämä työ on tehty sitä varten, että tekijä itse on syventänyt ymmärrystään kuvaustapaan ja siksi, että lukija voisi suunnitella kuvauksiaan monipuolisemmin. Tämä työ käy time-lapse -kuvaamisen pinnalla. Syvemmällä kuvaustavan sisällä on miljoonia keinoja, joita on mahdollista löytää, kokeilla ja käyttää. Tämän työn tarkoituksena on olla alku matkalle, joka vie mukanaan kokeilemaan uusia keinoja, joita ei ehkä kuvien digitaalisuuden tuomien mahdollisuuksien myötä ole vielä edes löydetty.

Premature Discontinuation of Randomized Trials in Critical and Emergency Care: A Retrospective Cohort Study.

OBJECTIVES: Randomized clinical trials that enroll patients in critical or emergency care (acute care) setting are challenging because of narrow time windows for recruitment and the inability of many patients to provide informed consent. To assess the extent that recruitment challenges lead to randomized clinical trial discontinuation, we compared the discontinuation of acute care and nonacute care randomized clinical trials. DESIGN: Retrospective cohort of 894 randomized clinical trials approved by six institutional review boards in Switzerland, Germany, and Canada between 2000 and 2003. SETTING: Randomized clinical trials involving patients in an acute or nonacute care setting. SUBJECTS AND INTERVENTIONS: We recorded trial characteristics, self-reported trial discontinuation, and self-reported reasons for discontinuation from protocols, corresponding publications, institutional review board files, and a survey of investigators. MEASUREMENTS AND MAIN RESULTS: Of 894 randomized clinical trials, 64 (7%) were acute care randomized clinical trials (29 critical care and 35 emergency care). Compared with the 830 nonacute care randomized clinical trials, acute care randomized clinical trials were more frequently discontinued (28 of 64, 44% vs 221 of 830, 27%; p = 0.004). Slow recruitment was the most frequent reason for discontinuation, both in acute care (13 of 64, 20%) and in nonacute care randomized clinical trials (7 of 64, 11%). Logistic regression analyses suggested the acute care setting as an independent risk factor for randomized clinical trial discontinuation specifically as a result of slow recruitment (odds ratio, 4.00; 95% CI, 1.72-9.31) after adjusting for other established risk factors, including nonindustry sponsorship and small sample size. CONCLUSIONS: Acute care randomized clinical trials are more vulnerable to premature discontinuation than nonacute care randomized clinical trials and have an approximately four-fold higher risk of discontinuation due to slow recruitment. These results highlight the need for strategies to reliably prevent and resolve slow patient recruitment in randomized clinical trials conducted in the critical and emergency care setting.

Dikter

Edith Södergran (1892-1923) on lyyrisen ilmaisun uudistaja ja suomenruotsalaisen modernismin kärkihahmo. Sairaus ja aineellinen puute varjostivat Södergranin elämää; hän sairastui 16-vuotiaana keuhkotautiin, johon hän myöhemmin menehtyi. Södergran oli käynyt koulua Pietarissa ja matkustellut parantolahoidoissa Sveitsissä, josta teki myös matkan Italiaan. Viimeiset vuotensa hän asui äitinsä kanssa Kannaksen Raivolassa.

Södergranin moderni, feminiininen ja eroottinen runous heijastelee ajan ekspressionistisia ja symbolistisia virtauksia. Runot eivät noudatelleet mitään perinteisiä kaavoja. Esikoisteos Dikter sai ymmärtämättömän vastaanoton, eikä Södergrania eläessään juurikaan arvostettu. Nykyään Södergran on kuitenkin kansainvälisesti arvostetuimpia ja tunnetuimpia suomalaisia runoilijoita.