Biología programable: 18 FAQs sobre biología sintética de un informático

La biología como tecnología que se utiliza para fabricar dispositivos y sistemas biológicos sintéticos.

On correctness in RDF stream processor benchmarking

Two complementary benchmarks have been proposed so far for the evaluation and continuous improvement of RDF stream processors: SRBench and LSBench. They put a special focus on different features of the evaluated systems, including coverage of the streaming extensions of SPARQL supported by each processor, query processing throughput, and an early analysis of query evaluation correctness, based on comparing the results obtained by different processors for a set of queries. However, none of them has analysed the operational semantics of these processors in order to assess the correctness of query evaluation results. In this paper, we propose a characterization of the operational semantics of RDF stream processors, adapting well-known models used in the stream processing engine community: CQL and SECRET. Through this formalization, we address correctness in RDF stream processor benchmarks, allowing to determine the multiple answers that systems should provide. Finally, we present CSRBench, an extension of SRBench to address query result correctness verification using an automatic method.

Sistemas con un grado de libertad

El modelo matemático más sencillo para representar el sistema con un grado de libertad está formado por el acoplamiento de dos elementos: una masa que se mueve con respecto al sistema de referencia y unido a ella un muelle de comportamiento lineal. Hay otro modelo ligeramente más complicado en el que se halla presente, además de la masa y el muelle, un elemento que reacciona linealmente con una fuerza proporcional a la velocidad del desplazamiento, denominado émbolo. En el análisis de ambos modelos matemáticos, se consideran una serie de cuestiones complementarias: los movimientos inducidos por el soporte, la carga proporcional a la frecuencia de impulsión, la energía del sistema vibrante y el amortiguamiento.

Higher-order regularization and morphological techniques for image segmentation

La segmentación de imágenes es un campo importante de la visión computacional y una de las áreas de investigación más activas, con aplicaciones en comprensión de imágenes, detección de objetos, reconocimiento facial, vigilancia de vídeo o procesamiento de imagen médica. La segmentación de imágenes es un problema difícil en general, pero especialmente en entornos científicos y biomédicos, donde las técnicas de adquisición imagen proporcionan imágenes ruidosas. Además, en muchos de estos casos se necesita una precisión casi perfecta. En esta tesis, revisamos y comparamos primero algunas de las técnicas ampliamente usadas para la segmentación de imágenes médicas. Estas técnicas usan clasificadores a nivel de pixel e introducen regularización sobre pares de píxeles que es normalmente insuficiente. Estudiamos las dificultades que presentan para capturar la información de alto nivel sobre los objetos a segmentar. Esta deficiencia da lugar a detecciones erróneas, bordes irregulares, configuraciones con topología errónea y formas inválidas. Para solucionar estos problemas, proponemos un nuevo método de regularización de alto nivel que aprende información topológica y de forma a partir de los datos de entrenamiento de una forma no paramétrica usando potenciales de orden superior. Los potenciales de orden superior se están popularizando en visión por computador, pero la representación exacta de un potencial de orden superior definido sobre muchas variables es computacionalmente inviable. Usamos una representación compacta de los potenciales basada en un conjunto finito de patrones aprendidos de los datos de entrenamiento que, a su vez, depende de las observaciones. Gracias a esta representación, los potenciales de orden superior pueden ser convertidos a potenciales de orden 2 con algunas variables auxiliares añadidas. Experimentos con imágenes reales y sintéticas confirman que nuestro modelo soluciona los errores de aproximaciones más débiles. Incluso con una regularización de alto nivel, una precisión exacta es inalcanzable, y se requeire de edición manual de los resultados de la segmentación automática. La edición manual es tediosa y pesada, y cualquier herramienta de ayuda es muy apreciada. Estas herramientas necesitan ser precisas, pero también lo suficientemente rápidas para ser usadas de forma interactiva. Los contornos activos son una buena solución: son buenos para detecciones precisas de fronteras y, en lugar de buscar una solución global, proporcionan un ajuste fino a resultados que ya existían previamente. Sin embargo, requieren una representación implícita que les permita trabajar con cambios topológicos del contorno, y esto da lugar a ecuaciones en derivadas parciales (EDP) que son costosas de resolver computacionalmente y pueden presentar problemas de estabilidad numérica. Presentamos una aproximación morfológica a la evolución de contornos basada en un nuevo operador morfológico de curvatura que es válido para superficies de cualquier dimensión. Aproximamos la solución numérica de la EDP de la evolución de contorno mediante la aplicación sucesiva de un conjunto de operadores morfológicos aplicados sobre una función de conjuntos de nivel. Estos operadores son muy rápidos, no sufren de problemas de estabilidad numérica y no degradan la función de los conjuntos de nivel, de modo que no hay necesidad de reinicializarlo. Además, su implementación es mucho más sencilla que la de las EDP, ya que no requieren usar sofisticados algoritmos numéricos. Desde un punto de vista teórico, profundizamos en las conexiones entre operadores morfológicos y diferenciales, e introducimos nuevos resultados en este área. Validamos nuestra aproximación proporcionando una implementación morfológica de los contornos geodésicos activos, los contornos activos sin bordes, y los turbopíxeles. En los experimentos realizados, las implementaciones morfológicas convergen a soluciones equivalentes a aquéllas logradas mediante soluciones numéricas tradicionales, pero con ganancias significativas en simplicidad, velocidad y estabilidad. ABSTRACT Image segmentation is an important field in computer vision and one of its most active research areas, with applications in image understanding, object detection, face recognition, video surveillance or medical image processing. Image segmentation is a challenging problem in general, but especially in the biological and medical image fields, where the imaging techniques usually produce cluttered and noisy images and near-perfect accuracy is required in many cases. In this thesis we first review and compare some standard techniques widely used for medical image segmentation. These techniques use pixel-wise classifiers and introduce weak pairwise regularization which is insufficient in many cases. We study their difficulties to capture high-level structural information about the objects to segment. This deficiency leads to many erroneous detections, ragged boundaries, incorrect topological configurations and wrong shapes. To deal with these problems, we propose a new regularization method that learns shape and topological information from training data in a nonparametric way using high-order potentials. High-order potentials are becoming increasingly popular in computer vision. However, the exact representation of a general higher order potential defined over many variables is computationally infeasible. We use a compact representation of the potentials based on a finite set of patterns learned fromtraining data that, in turn, depends on the observations. Thanks to this representation, high-order potentials can be converted into pairwise potentials with some added auxiliary variables and minimized with tree-reweighted message passing (TRW) and belief propagation (BP) techniques. Both synthetic and real experiments confirm that our model fixes the errors of weaker approaches. Even with high-level regularization, perfect accuracy is still unattainable, and human editing of the segmentation results is necessary. The manual edition is tedious and cumbersome, and tools that assist the user are greatly appreciated. These tools need to be precise, but also fast enough to be used in real-time. Active contours are a good solution: they are good for precise boundary detection and, instead of finding a global solution, they provide a fine tuning to previously existing results. However, they require an implicit representation to deal with topological changes of the contour, and this leads to PDEs that are computationally costly to solve and may present numerical stability issues. We present a morphological approach to contour evolution based on a new curvature morphological operator valid for surfaces of any dimension. We approximate the numerical solution of the contour evolution PDE by the successive application of a set of morphological operators defined on a binary level-set. These operators are very fast, do not suffer numerical stability issues, and do not degrade the level set function, so there is no need to reinitialize it. Moreover, their implementation is much easier than their PDE counterpart, since they do not require the use of sophisticated numerical algorithms. From a theoretical point of view, we delve into the connections between differential andmorphological operators, and introduce novel results in this area. We validate the approach providing amorphological implementation of the geodesic active contours, the active contours without borders, and turbopixels. In the experiments conducted, the morphological implementations converge to solutions equivalent to those achieved by traditional numerical solutions, but with significant gains in simplicity, speed, and stability.

La transformación de Fourier

En este capítulo se desarrolla la transformación de Fourier como apéndice al Curso de Cálculo Dinámico en la Ingeniería Civil con el que el Centro de Perfeccionamiento Profesional y Empresarial del Colegio Oficial de Ingenieros de Caminos, Canales y Puertos pretende difundir temas de interés profesional a nivel general y especialmente a sus colegiados.

Requisitos europeos de accesibilidad en aplicaciones móviles

Una manera de impulsar la accesibilidad es obligar a las administraciones públicas a adquirir productos y servicios accesibles. En Europa se acaba de publicar la norma EN 301 549 de requisitos de accesibilidad para productos y servicios TIC, con el objetivo de que sea aplicada en las compras públicas de las administraciones públicas europeas. Es una norma compleja ya que tiene que ser válida para cualquier producto y servicio TIC. Por ello explicaré cómo se puede utilizar para un ejemplo: las aplicaciones móviles.

Prototype of EN 301 549 Decision tree

The new European Standard EN 301 549 “Accessibility requirements suitable for public procurement of ICT products and services in Europe” is the response by CEN, CENELEC and ETSI to the European Commission’s Mandate 376. Today, ICT products and services are converging, and the boundaries between product categories are being constantly blurred. For that reason EN 301 549 has been drafted using a feature-based approach, instead of being based on product categories. The result is a standard that can be applied to any ICT product and service, by identifying applicable requirements depending on the features of the ICT. This demonstration presents ongoing work at the research group CETTICO of the Technical University of Madrid. CETTICO is developing a workgroup-based support tool where teams of people can annotate the result of performing a conformity assessment of a given ICT product or service according to the requirements of the EN. One of the functions of the tool is creating evaluation projects. During that task the user defines the features of the corresponding ICT product or service by answering questions presented by the tool. As a result of this process, the tool will create a list of applicable requirements and recommendations.

A new dominance intensity method to deal with ordinal information about a DM's preferences within MAVT

Dominance measuring methods are a new approach to deal with complex decision-making problems with imprecise information. These methods are based on the computation of pairwise dominance values and exploit the information in the dominance matrix in dirent ways to derive measures of dominance intensity and rank the alternatives under consideration. In this paper we propose a new dominance measuring method to deal with ordinal information about decision-maker preferences in both weights and component utilities. It takes advantage of the centroid of the polytope delimited by ordinal information and builds triangular fuzzy numbers whose distances to the crisp value 0 constitute the basis for the de?nition of a dominance intensity measure. Monte Carlo simulation techniques have been used to compare the performance of this method with other existing approaches.

Supporting pruning in tabled LP

This paper analyzes issues which appear when supporting pruning operators in tabled LP. A version of the once/1 control predicate tailored for tabled predicates is presented, and an implementation analyzed and evaluated. Using once/1 with answer-on-demand strategies makes it possible to avoid computing unneeded solutions for problems which can benefit from tabled LP but in which only a single solution is needed, such as model checking and planning. The proposed version of once/1 is also directly applicable to the efficient implementation of other optimizations, such as early completion, cut-fail loops (to, e.g., prune at the top level), if-then-else, and constraint-based branch-and-bound optimization. Although once/1 still presents open issues such as dependencies of tabled solutions on program history, our experimental evaluation confirms that it provides an arbitrarily large efficiency improvement in several application areas.

Sized Type Analysis for Logic Programs (Technical Communication)

We present a novel analysis for relating the sizes of terms and subterms occurring at diferent argument positions in logic predicates. We extend and enrich the concept of sized type as a representation that incorporates structural (shape) information and allows expressing both lower and upper bounds on the size of a set of terms and their subterms at any position and depth. For example, expressing bounds on the length of lists of numbers, together with bounds on the values of all of their elements. The analysis is developed using abstract interpretation and the novel abstract operations are based on setting up and solving recurrence relations between sized types. It has been integrated, together with novel resource usage and cardinality analyses, in the abstract interpretation framework in the Ciao preprocessor, CiaoPP, in order to assess both the accuracy of the new size analysis and its usefulness in the resource usage estimation application. We show that the proposed sized types are a substantial improvement over the previous size analyses present in CiaoPP, and also benefit the resource analysis considerably, allowing the inference of equal or better bounds than comparable state of the art systems.

Evaluación continuada automática de Fundamentos de Programación en C

En este trabajo se describe el uso de un sistema de evaluación automática como herramienta de apoyo para el aprendizaje y seguimiento continuado de los alumnos de la asignatura de Fundamentos de Programación del primer curso de las titulaciones de los grados de Ingeniería en Tecnologías Industriales y de Ingeniería Química impartidos en la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Industriales de la Universidad Politécnica de Madrid (ETSII-UPM) desde el curso 2010-11. El sistema de evaluación se implementa mediante uno de los módulos de la plataforma AulaWeb desarrollada en la UPM. Se analizan además los resultados obtenidos considerando que las calificaciones obtenidas en los ejercicios programados pueden tenerse en cuenta en la calificación final de la asignatura como parte de la evaluación continuada durante el periodo académico de acuerdo con la metodología propuesta en el Proceso de Bolonia para los estudios universitarios.

La conservación del patrimonio agroindustrial. Propuestas para la reutilización de los antiguos mataderos municipales y análisis de costes

La creciente demanda de alimentos en las áreas urbanas, junto con los avances en los transportes y la aparición de nuevas fuentes de energía propiciaron a finales del siglo XIX la construcción de diversas industrias agroalimentarias en el medio rural español. Un ejemplo de este patrimonio agroindustrial son los antiguos mataderos municipales, edificados en un gran número de localidades de la geografía española con el objetivo de evitar sacrificios clandestinos de ganado y de mejorar las condiciones higiénicas de la carne. Las cada vez mayores exigencias técnicas y sanitarias para este tipo de construcciones a partir de la década de los 70 y la progresiva sustitución de las instalaciones municipales por mataderos privados más modernos y de mayor capacidad provocaron el cierre y posterior abandono de muchos de estos edificios en las décadas siguientes. En el presen te trabajo se muestran cuatro propuestas concretas para la reutilización de este tipo de construcciones. A partir de la información recopilada de varios proyectos fin de carrera desarrollados por alumnos de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónom os de Madrid, se describen las actuaciones y trabajos de rehabilitación necesarios en cada caso y se ofrece un estudio comparativo de costes entre proyectos de reutilización y obra nueva

Desarrollo de metodologías de apoyo basadas en el uso de plataformas virtuales de enseñanza para asignaturas de planes de estudio en extinción

En este trabajo se presenta una experiencia sobre la aplicación de diversas metodologías de apoyo cuyo objetivo principal es ofrecer a los alumnos de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Navales (ETSIN) de la Universidad Politécnica de Madrid (UPM) pertenecientes a un Plan de Estudios en extinción (Plan 2002) y del que ya han dejado e recibir clases presenciales en los primeros cursos, las herramientas adecuadas por medio de la plataforma virtual Moodle, para que puedan prepararse con garantías de éxito los exámenes finales de estas asignaturas, evitando cambiar obligatoriamente de plan de estudios. Se pretende dar a conocer a los profesores de las asignaturas sin docencia, la posibilidad de diseñar una metodología con tres niveles distintos de aprendizaje, solicitar el alta en el espacio virtual de enseñanza de aquellas asignaturas que no figuren en la plataforma virtual y poner a disposición del alumno el material necesario para lograr superar la asignatura. Los objetivos principales para el alumno son posibilitar el aprendizaje autónomo mediante recursos docentes y actividades alojados en la plataforma virtual, de forma que pueda estudiar la asignatura según el nivel de seguimiento que exija la misma.

Aliviaderos tipo laberinto y en tecla de piano

Las conferencias presentadas durante la Jornada Técnica sobre Avances en investigación aplicada en seguridad hidráulica de presas organizada por el Centro de Estudios Hidrográficos del CEDEX y la Universidad Politécnica de Madrid el mes de junio de 2013 versan sobre la mejora de la seguridad hidráulica de las presas, una materia de especial importancia en nuestro país (habida cuenta del elevado número de infraestructuras de regulación en servicio y de su antigüedad media) y constituye una tarea en la que tanto el CEDEX como la Universidad Politécnica de Madrid han trabajado activamente en los últimos años. El Departamento de presas de la ETSICCP, el Centro de Estudios Hidrográficos del CEDEX el Centro Internacional de Modelación Numérica (CIMNE), la empresa VEMSA y la compañía de ingeniería JESÚS GRANELL Ingenieros Consultores viene acometiendo un proyecto de investigación en materia de vertederos tipo laberinto. El objetivo principal de la investigación es la obtención de conocimientos y herramientas que permitan un diseño razonado de este tipo de estructuras hidráulicas. Además, se estudian otros efectos en su comportamiento, como son las condiciones hidráulicas de aproximación a la embocadura. La investigación se basa en el ensayo hidráulico en modelos físicos complementado por modelos numéricos mediante aplicaciones de última generación. Descripción del proceso de diseño y construcción del modelo.