On the q=1/2 non-extensive maximum entropy distribution

A detailed mathematical analysis on the q = 1/2 non-extensive maximum entropydistribution of Tsallis' is undertaken. The analysis is based upon the splitting of such adistribution into two orthogonal components. One of the components corresponds to theminimum norm solution of the problem posed by the fulfillment of the a priori conditionson the given expectation values. The remaining component takes care of the normalizationconstraint and is the projection of a constant onto the Null space of the "expectation-values-transformation"

Personalized drug administrations using Support Vector Machine

The decision-making process regarding drug dose, regularly used in everyday medical practice, is critical to patients' health and recovery. It is a challenging process, especially for a drug with narrow therapeutic ranges, in which a medical doctor decides the quantity (dose amount) and frequency (dose interval) on the basis of a set of available patient features and doctor's clinical experience (a priori adaptation). Computer support in drug dose administration makes the prescription procedure faster, more accurate, objective, and less expensive, with a tendency to reduce the number of invasive procedures. This paper presents an advanced integrated Drug Administration Decision Support System (DADSS) to help clinicians/patients with the dose computing. Based on a support vector machine (SVM) algorithm, enhanced with the random sample consensus technique, this system is able to predict the drug concentration values and computes the ideal dose amount and dose interval for a new patient. With an extension to combine the SVM method and the explicit analytical model, the advanced integrated DADSS system is able to compute drug concentration-to-time curves for a patient under different conditions. A feedback loop is enabled to update the curve with a new measured concentration value to make it more personalized (a posteriori adaptation).

Valoració de l'equilibri motriu durant el cicle vital

Des dels anys 1970 ençà, s’ha desenvolupat un creixent interès dins del món de la psicologia per observar l’evolució de les diferents capacitats humanes durant tot el cicle vital. En l’actualitat, la psicologia evolutiva no només es refereix a l’estudi des de les primeres etapes de la vida fi ns a l’etapa adulta, sinó que també implica la recerca durant tot el transcurs de la vida. Encara que a priori pot ser molt interessant veure tota l’evolució de forma global, no hi ha molts psicòlegs evolutius que es dediquin en aquest tipus d’investigació, per motius de temps i diners que cal disposar per portar-les a terme. En general, els estudis analitzen per separat els diferents segments del cicle vital començant per la lactància, continuant per la infància, adolescència, edat adulta i acabant amb la gent gran. D’aquesta manera el que s’obté és una informació segmentada per edats sense poder veure una perspectiva evolutiva des del principi fi ns al fi nal de la vida. És per aquest motiu que ens ha costat aconseguir estudis de la conducta humana que facin referència a tot el cicle vital, i a més si el centre d’interès són les conductes motrius. Així doncs, descriure les investigacions més rellevants sobre l’equilibri al llarg de la vida i al mateix temps posar de manifest la necessitat de portar a terme recerques que valorin la motricitat humana durant tot el cicle vital, pretén ser l’objectiu d’aquest article.

El Papel de la Biblioteca universitaria frente a las nuevas titulaciones: el caso de la Biblioteca de la Universidad de Girona y la Diplomatura en Turismo

La formación y enseñanza en materia turística en España ha sufrido, en el último lustro, importantes cambios con el fin de adaptar estosestudios a las necesidades reales de uno de los sectores económicos más productivos de nuestro país. Esta evolución no ha sido ajena a las necesidades informativas y documentales tanto de alumnos como de docentes y profesionales que trabajan en dicha materia. En este artículo se analiza la evolución de la Biblioteca de Turismo de la EOTGC (Escola Oficial de Turisme de la Generalitat de Catalunya) desde su creación hasta su plena integración en la estructura universitaria de la Universidad de Girona, así como una reflexión sobre su rol actual y de futuro

A methodology to estimate the potential to move inpatient to one day surgery.

BACKGROUND: The proportion of surgery performed as a day case varies greatly between countries. Low rates suggest a large growth potential in many countries. Measuring the potential development of one day surgery should be grounded on a comprehensive list of eligible procedures, based on a priori criteria, independent of local practices. We propose an algorithmic method, using only routinely available hospital data to identify surgical hospitalizations that could have been performed as one day treatment. METHODS: Moving inpatient surgery to one day surgery was considered feasible if at least one surgical intervention was eligible for one day surgery and if none of the following criteria were present: intervention or affection requiring an inpatient stay, patient transferred or died, and length of stay greater than four days. The eligibility of a procedure to be treated as a day case was mainly established on three a priori criteria: surgical access (endoscopic or not), the invasiveness of the procedure and the size of the operated organ. Few overrides of these criteria occurred when procedures were associated with risk of immediate complications, slow physiological recovery or pain treatment requiring hospital infrastructure. The algorithm was applied to a random sample of one million inpatient US stays and more than 600 thousand Swiss inpatient stays, in the year 2002. RESULTS: The validity of our method was demonstrated by the few discrepancies between the a priori criteria based list of eligible procedures, and a state list used for reimbursement purposes, the low proportion of hospitalizations eligible for one day care found in the US sample (4.9 versus 19.4% in the Swiss sample), and the distribution of the elective procedures found eligible in Swiss hospitals, well supported by the literature. There were large variations of the proportion of candidates for one day surgery among elective surgical hospitalizations between Swiss hospitals (3 to 45.3%). CONCLUSION: The proposed approach allows the monitoring of the proportion of inpatient stay candidates for one day surgery. It could be used for infrastructure planning, resources negotiation and the surveillance of appropriate resource utilization.

Effect of antifoams on oxygen mass transfer in pulp and paper mill effluents

Vaahdonestoaineiden haitallinen vaikutus hapen liukenemisnopeuteen biologisen puhdistamon jätevesissä on yleisesti tunnettua. Aineiden eri vaikutusmekanismien takia on silti vaikea etukäteen arvioida, miten ja kuinka paljon aineensiirto muuttuu. Työn tavoitteena oli saada tietoa vaahdonestoaineiden ja muiden pinta-aktiivisten aineiden vaikutuksesta kuplakokoon, kaasun tilavuusosuuteen ja kaasu-neste aineensiirtoon. Työn teoriaosassa on kuvailtu vaahdon muodostumiseen vaikuttavia tekijöitä sekä eri vaahdonestoaineiden vaikutusmekanismeja sellu- ja paperitehtaan jätevedessä. Edelleen on esitetty useita hapen siirtoa estäviä ja parantavia aineita. Työn kokeellisessa osassa tutkittiin kahdenkymmenenviiden eri pinta-aktiivisen aineen vaikutusta hapen liukenemisnopeuteen yksivaiheisessa kuplakolonnissa. Kokeet tehtiin kahdella pitoisuudella, kahdella eri kaasunjakolaitteella ja kolmella eri kaasun tyhjäputkinopeudella. Aineensiirtokokeiden rinnalla tutkittiin jätevesien laatu- ja fysikaalisiaominaisuuksia, niiden vaikutusta hapen liukenemisnopeuteen sekä testattavien koeaineiden vaikutusta fysikaalisin ominaisuuksiin. Kokeet osoittavat että pinta-aktiivisten aineiden vaikutus hapen aineensiirtoon vaihtelee riippuen kaasunjakolaitteesta ja aineen pitoisuuksista. Testatuista vaahdonestonaineista pienin negatiivinen vaikutus oli aineella AT 35 ja positiivinen vaikutustodettiin olevan vaahdonestoaineiden komponenteilla: P2, S1, F4 ja T9.

DISTRIBUIÇÃO DO SISTEMA RADICULAR DA MANGUEIRA SOB IRRIGAÇÃO LOCALIZADA EM SOLO ARENOSO DE TABULEIROS COSTEIROS

O trabalho teve por objetivo avaliar a distribuição de raízes de mangueiras sob irrigação localizada (gotejamento e microaspersão) em solo arenoso de Tabuleiros Costeiros. Foram feitas trincheiras a partir do tronco nas direções longitudinal e ortogonal à fileira de plantas e, pelo método do monólito, as raízes puderam ser extraídas do solo e, uma vez separadas, foram digitalizadas com uso de computador e "scanner". Com uso do software Rootedge, foi possível a obtenção dos comprimentos e diâmetros dos segmentos de raízes de todas as amostras, permitindo um mapeamento desses parâmetros nos perfis amostrados. Os resultados mostraram distribuições de raízes assimétricas em relação ao tronco para os dois sistemas de irrigação localizada com possibilidade de maior atividade do sistema radicular para as plantas sob gotejamento (oito gotejadores de 4L.h-1 por planta) em relação às plantas sob microaspersão (um emissor por planta de vazão 70L.h-1). Os resultados enfatizaram o uso da fertirrigação como a maneira mais adequada de fertilização em irrigação localizada e permitiram definir regiões do sistema radicular para instalação adequada de sensores de água do solo.

Développement et validation d'une méthode de calcul indépendant des unités moniteur basée sur les simulations Monte Carlo pour la vérification des traitements IMRT

Résumé : La radiothérapie par modulation d'intensité (IMRT) est une technique de traitement qui utilise des faisceaux dont la fluence de rayonnement est modulée. L'IMRT, largement utilisée dans les pays industrialisés, permet d'atteindre une meilleure homogénéité de la dose à l'intérieur du volume cible et de réduire la dose aux organes à risque. Une méthode usuelle pour réaliser pratiquement la modulation des faisceaux est de sommer de petits faisceaux (segments) qui ont la même incidence. Cette technique est appelée IMRT step-and-shoot. Dans le contexte clinique, il est nécessaire de vérifier les plans de traitement des patients avant la première irradiation. Cette question n'est toujours pas résolue de manière satisfaisante. En effet, un calcul indépendant des unités moniteur (représentatif de la pondération des chaque segment) ne peut pas être réalisé pour les traitements IMRT step-and-shoot, car les poids des segments ne sont pas connus à priori, mais calculés au moment de la planification inverse. Par ailleurs, la vérification des plans de traitement par comparaison avec des mesures prend du temps et ne restitue pas la géométrie exacte du traitement. Dans ce travail, une méthode indépendante de calcul des plans de traitement IMRT step-and-shoot est décrite. Cette méthode est basée sur le code Monte Carlo EGSnrc/BEAMnrc, dont la modélisation de la tête de l'accélérateur linéaire a été validée dans une large gamme de situations. Les segments d'un plan de traitement IMRT sont simulés individuellement dans la géométrie exacte du traitement. Ensuite, les distributions de dose sont converties en dose absorbée dans l'eau par unité moniteur. La dose totale du traitement dans chaque élément de volume du patient (voxel) peut être exprimée comme une équation matricielle linéaire des unités moniteur et de la dose par unité moniteur de chacun des faisceaux. La résolution de cette équation est effectuée par l'inversion d'une matrice à l'aide de l'algorithme dit Non-Negative Least Square fit (NNLS). L'ensemble des voxels contenus dans le volume patient ne pouvant être utilisés dans le calcul pour des raisons de limitations informatiques, plusieurs possibilités de sélection ont été testées. Le meilleur choix consiste à utiliser les voxels contenus dans le Volume Cible de Planification (PTV). La méthode proposée dans ce travail a été testée avec huit cas cliniques représentatifs des traitements habituels de radiothérapie. Les unités moniteur obtenues conduisent à des distributions de dose globale cliniquement équivalentes à celles issues du logiciel de planification des traitements. Ainsi, cette méthode indépendante de calcul des unités moniteur pour l'IMRT step-andshootest validée pour une utilisation clinique. Par analogie, il serait possible d'envisager d'appliquer une méthode similaire pour d'autres modalités de traitement comme par exemple la tomothérapie. Abstract : Intensity Modulated RadioTherapy (IMRT) is a treatment technique that uses modulated beam fluence. IMRT is now widespread in more advanced countries, due to its improvement of dose conformation around target volume, and its ability to lower doses to organs at risk in complex clinical cases. One way to carry out beam modulation is to sum smaller beams (beamlets) with the same incidence. This technique is called step-and-shoot IMRT. In a clinical context, it is necessary to verify treatment plans before the first irradiation. IMRT Plan verification is still an issue for this technique. Independent monitor unit calculation (representative of the weight of each beamlet) can indeed not be performed for IMRT step-and-shoot, because beamlet weights are not known a priori, but calculated by inverse planning. Besides, treatment plan verification by comparison with measured data is time consuming and performed in a simple geometry, usually in a cubic water phantom with all machine angles set to zero. In this work, an independent method for monitor unit calculation for step-and-shoot IMRT is described. This method is based on the Monte Carlo code EGSnrc/BEAMnrc. The Monte Carlo model of the head of the linear accelerator is validated by comparison of simulated and measured dose distributions in a large range of situations. The beamlets of an IMRT treatment plan are calculated individually by Monte Carlo, in the exact geometry of the treatment. Then, the dose distributions of the beamlets are converted in absorbed dose to water per monitor unit. The dose of the whole treatment in each volume element (voxel) can be expressed through a linear matrix equation of the monitor units and dose per monitor unit of every beamlets. This equation is solved by a Non-Negative Least Sqvare fif algorithm (NNLS). However, not every voxels inside the patient volume can be used in order to solve this equation, because of computer limitations. Several ways of voxel selection have been tested and the best choice consists in using voxels inside the Planning Target Volume (PTV). The method presented in this work was tested with eight clinical cases, which were representative of usual radiotherapy treatments. The monitor units obtained lead to clinically equivalent global dose distributions. Thus, this independent monitor unit calculation method for step-and-shoot IMRT is validated and can therefore be used in a clinical routine. It would be possible to consider applying a similar method for other treatment modalities, such as for instance tomotherapy or volumetric modulated arc therapy.

A l'écoute des Muses en Grèce archaïque :

Si on raconte volontiers que les Muses sont des divinités féminines d'origine grecque, en lien avec l'art et à l'inspiration, on est toutefois bien démuni lorsqu'il s'agit d'en présenter une image claire. Liées qu'elles sont aux mystères de la création, elles ne s'inscrivent que difficilement dans notre vision pragmatique et utilitaire du monde, - et par suite dans les concepts, catégories et autres réflexes inhérents à notre raison moderne. N'étant pas des figures historiques factuelles et univoques, mais des déesses et personnages mythiques, par définition multiples et ambigus, elles sont impossibles à déterminer en bonne et due forme en leur complexe réalité. Comment faire alors pour ne pas se fourvoyer en se mettant à l'écoute des Muses telles qu'elles apparaissent à l'aube de notre tradition, dans les textes de la Grèce archaïque (8è-5è s. av. J.-C.) ? Il faut d'abord constituer un corpus cohérent : à l'exception des tragédies et comédies ainsi que des écrits aujourd'hui classés en philosophie, l'étude prend en considération tous les passages explicitement ou implicitement musicaux de cette époque - un ensemble de 250 extraits de 22 auteurs et 2 corpus de textes pour un total de 279 occurrences musicales. Il s'agit ensuite de faire un pari : gager que loin d'être de simples fictions ou enjolivures, les Muses ont une existence, importance et partant influence bien réelle pour les Grecs ; que chacune de leurs mentions ou évocations exprime une expérience sincère, dénuée de faux-semblant et forte d'une certaine cohérence logique. Il convient enfin d'employer - par-delà les diverses écoles et chapelles - tous les moyens d'investigation à disposition pour creuser et déployer en toute patience et toute rigueur chacun des passages qui concerne, directement ou indirectement, les divinités ; non sans à la fois tout mettre en oeuvre pour ne pas y plaquer nos vues et par suite éviter tout anachronisme. Au vu des divergences que présentent les textes - en fonction de l'époque, des genres poétiques, sans doute également de la sensibilité des auteurs et de la nature de leur auditoire -, on a tôt fait de remarquer que loin de former une vérité unique, les multiples indications musicales constituent bien plutôt une somme de vérités successives, tantôt individuelles, propres à tel ou tel chanteur ou chanteur-poète, tantôt communes à quelques-uns, parfois semblables chez tous. Dépendantes à la fois de la tradition et de l'expérience individuelle, elles présentent somme toute une instructive multiplicité de constantes et de variantes. L'enjeu de chacun des six mouvements du travail - qui concernent respectivement les chants d'Homère, d'Hésiode, des Hymnes homériques, les fragments lyriques, ainsi que les vers de Pindare et de Bacchylide - est de repérer, dévoiler et valoriser les continuités et divergences à l'oeuvre. Les résultats ont été synthétisés dans autant de reprises, à chaque fois centrées sur les questions rectrices de l'origine, de la nature, des rôles et de l'influence des Muses, dans le but de dégager l'image la plus nette possible des divinités et de gagner une vue d'ensemble inédite offrant un nouvel éclairage du phénomène musical à ses origines. S'il ne fallait retenir que trois gains, ce seraient ceux-ci: 1. Bien que mêlant quantité de ressemblances et de dissemblances a priori fantaisistes, la pléthore d'attributs et d'épithètes musicaux s'inscrit dans une étonnante logique - appelée musicale -, qui déborde par maints côtés notre vision rationnelle-morale du monde. 2. Si les rapports qu'entretiennent les chanteurs et chanteurs-poètes avec les Muses sont multiples et s'inscrivent dans un mouvement non linéaire, ils se situent cependant entre deux relations extrêmes, allant de la « fusion » (Homère) à la « confusion » (Bacchylide). 3. Se faisant jour pour célébrer et rappeler les hauts-faits divins ou/et humains du monde, la tâche des Muses s'avère finalement de l'ordre de l'éducation : par l'intermédiaire des chanteurs(-poètes), elles ouvrent les hommes à l'équilibre et à l'harmonie de toute chose au sein du monde.

Empirical Tests of Asset Pricing Models in Finnish Stock Market

Tämän tutkielman tavoitteena on selvittää mitkä riskitekijät vaikuttavat osakkeiden tuottoihin. Arvopapereina käytetään kuutta portfoliota, jotka ovat jaoteltu markkina-arvon mukaan. Aikaperiodi on vuoden 1987 alusta vuoden 2004 loppuun. Malleina käytetään pääomamarkkinoiden hinnoittelumallia, arbitraasihinnoitteluteoriaa sekä kulutuspohjaista pääomamarkkinoiden hinnoittelumallia. Riskifaktoreina kahteen ensimmäiseen malliin käytetään markkinariskiä sekä makrotaloudellisia riskitekijöitä. Kulutuspohjaiseen pääomamarkkinoiden hinnoinoittelumallissa keskitytään estimoimaan kuluttajien riskitottumuksia sekä diskonttaustekijää, jolla kuluttaja arvostavat tulevaisuuden kulutusta. Tämä työ esittelee momenttiteorian, jolla pystymme estimoimaan lineaarisia sekä epälineaarisia yhtälöitä. Käytämme tätä menetelmää testaamissamme malleissa. Yhteenvetona tuloksista voidaan sanoa, että markkinabeeta onedelleen tärkein riskitekijä, mutta löydämme myös tukea makrotaloudellisille riskitekijöille. Kulutuspohjainen mallimme toimii melko hyvin antaen teoreettisesti hyväksyttäviä arvoja.

Sähkön markkinahintaa selittävät tekijät. Case: Nord Pool 2000-2005

Sähkön markkinahinta on saanut osakseen suurta huomiota viimeaikoina. Sähkömarkkinoiden vapautuminen ja päästökaupan avaaminen Euroopassa onentisestään nostanut sähkömarkkinoita näkyville lehdissä. Tämä tutkielma tutkii erilaisten tekijöiden vaikutusta sähkön markkinahintaan regressioanalyysin avulla. Edellä mainitun päästösopimusten markkinahinnan lisäksi tutkittiin kivihiilen sekä maakaasun markkinahintojen, lämpötilojen, jokien virtaamien, vesivarantojen täyttöasteiden sekä Saksan sähkömarkkinoiden hinnan vaikutusta sähkön markkinahintaan Nord Pool -sähköpörssissä. Työssä luotiin myös sähkön markkinahintaa ennustava malli. Kaikkien selittävien tekijöiden korrelaatiot olivat oletusten mukaiset ja regressioanalyysi onnistui selittämään yli 80 % sähkön markkinahinnan vaih-teluista. Merkittävimpiä selittäviä tekijöitä olivat vesivarannot sekä jokien virtaamat. Ennustavan mallin keskimääräinen suhteellinen virhe oli noin 10 %, joten ennustetarkkuus oli melko hyvä.

Théorie bayesienne de la décision statistique et mesure de la radioactivité

L'objet de ce travail est l'évaluation de l'activité de radionucléides présents à l'état de traces, par exemple dans l'environnement. Lorsque les mesures sont de courte durée, ou si les sources sont peu actives, l'analyse statistique standard ne donne plus une estimation fiable de l'activité et de son incertitude. L'introduction du concept bayesien d'a priori permet de modéliser l'information à disposition de l'observateur avant qu'il effectue la mesure. Cette information conduit à une estimation plus cohérente des grandeurs physiques recherchées. Le cadre de la théorie est tout d'abord présenté, définissant les concepts d'état, d'observation et de décision. La mesure physique est traduite par un modèle statistique qui est une probabilité de transition des états vers les observations. L'information de Fisher et celle de Shannon-Kullback sont introduites dans le but d'obtenir les a priori nécessaires au théorème de Bayes. Les modèles propres à la mesure de la radioactivité sont ensuite traités. Si l'on peut considérer l'activité comme constante, le modèle est celui de Poisson et conduit à des a priori de type gamma. Pour les grandes activités, ces deux lois se rapprochent des gaussiennes et l'on retrouve l'analyse statistique classique. Lorsque la décroissance du nombre de noyaux n'est plus négligeable, ou lors de l'évaluation de certains temps d'attente, d'autres modèles sont développés. Quelques applications sont présentées ensuite, notamment une définition cohérente des intervalles de confiance et l'estimation de l'activité de radionucléides à schéma complexe par spectrométrie gamma, où l'obtention de tout un spectre permet une analyse multidimensionnelle. Le paradigme bayesien conduit à une répartition complète et globale pour l'état du système physique mesuré. L'observateur obtient ainsi la meilleure estimation possible de l'état basée sur son modèle d'expérience et l'information préalable en sa possession.

On solving fair exchange and related distributed problems in Byzantine environments

Abstract The solvability of the problem of fair exchange in a synchronous system subject to Byzantine failures is investigated in this work. The fair exchange problem arises when a group of processes are required to exchange digital items in a fair manner, which means that either each process obtains the item it was expecting or no process obtains any information on, the inputs of others. After introducing a novel specification of fair exchange that clearly separates safety and liveness, we give an overview of the difficulty of solving such a problem in the context of a fully-connected topology. On one hand, we show that no solution to fair exchange exists in the absence of an identified process that every process can trust a priori; on the other, a well-known solution to fair exchange relying on a trusted third party is recalled. These two results lead us to complete our system model with a flexible representation of the notion of trust. We then show that fair exchange is solvable if and only if a connectivity condition, named the reachable majority condition, is satisfied. The necessity of the condition is proven by an impossibility result and its sufficiency by presenting a general solution to fair exchange relying on a set of trusted processes. The focus is then turned towards a specific network topology in order to provide a fully decentralized, yet realistic, solution to fair exchange. The general solution mentioned above is optimized by reducing the computational load assumed by trusted processes as far as possible. Accordingly, our fair exchange protocol relies on trusted tamperproof modules that have limited communication abilities and are only required in key steps of the algorithm. This modular solution is then implemented in the context of a pedagogical application developed for illustrating and apprehending the complexity of fair exchange. This application, which also includes the implementation of a wide range of Byzantine behaviors, allows executions of the algorithm to be set up and monitored through a graphical display. Surprisingly, some of our results on fair exchange seem contradictory with those found in the literature of secure multiparty computation, a problem from the field of modern cryptography, although the two problems have much in common. Both problems are closely related to the notion of trusted third party, but their approaches and descriptions differ greatly. By introducing a common specification framework, a comparison is proposed in order to clarify their differences and the possible origins of the confusion between them. This leads us to introduce the problem of generalized fair computation, a generalization of fair exchange. Finally, a solution to this new problem is given by generalizing our modular solution to fair exchange

Information sharing in R&D collaboration - Context-dependency and means of governance

Tiedon jakaminen ja kommunikointi ovat tärkeitä toimintoja verkostoituneiden yritysten välillä ja ne käsitetäänkin yhteistyösuhteen yhtenä menestystekijänä ja kulmakivenä. Tiedon jakamiseen liittyviä haasteita ovat mm. yrityksen liiketoiminnalle kriittisen tiedon vuotaminen ja liiketoiminnan vaatima tiedon reaaliaikaisuus ja riittävä määrä. Tuotekehitysyhteistyössä haasteellista on tiedon jäsentymättömyys ja sitä kautta lisääntyvä tiedon jakamisen tarve, minkä lisäksi jaettava tieto on usein monimutkaista ja yksityiskohtaista. Lisäksi tuotteiden elinkaaret lyhenevät, ja ulkoistaminen ja yhteistyö ovat yhä kasvavia trendejä liiketoiminnassa. Yhdessä nämä tekijät johtavat siihen, että tiedon jakaminen on haastavaa eritoten verkostoituneiden yritysten välillä. Tässä tutkimuksessa tiedon jakamisen haasteisiin pyrittiin vastaamaan ottamalla lähtökohdaksi tiedon jakamisen tilanneriippuvuuden ymmärtäminen. Työssä vastattiin kahteen pääkysymykseen: Mikä on tiedon jakamisen tilanneriippuvuus ja miten sitä voidaan hallita? Tilanneriippuvuudella tarkoitetaan työssä niitä tekijöitä, jotka vaikuttavat siihen, miten yritys jakaa tietoa tuotekehityskumppaneidensa kanssa. Tiedon jakamisella puolestaan tarkoitetaan yrityksestä toiselle siirrettävää tietoa, jota tarvitaan tuotekehitysprojektin aikana. Työn empiirinen aineisto on kerätty laadullisella tutkimusotteella case- eli tapaustutkimuksena yhdessä telekommunikaatioalan yrityksessä jasen eri liiketoimintayksiköissä. Tutkimusjoukko käsitti 19 tuotekehitys- ja toimittajanhallintatehtävissä toimivaa johtajaa tai päällikköä. Työ nojaa pääasiassa hankintojen johtamisen tutkimuskenttään ja tilanneriippuvuuden selvittämiseksi paneuduttiin erityisesti verkostojen tutkimukseen. Työssä kuvattiin tiedon jakaminen yhtenä verkoston toimintona ja yhteistyöhön liittyvättiedon jakamisen hyödyt, haasteet ja riskit identifioitiin. Tämän lisäksi työssä kehitettiin verkoston tutkimismalleja ja yhdistettiin eri tasoilla tapahtuvaa verkoston tutkimusta. Työssä esitettiin malli verkoston toimintojen tutkimiseksija todettiin, että verkostotutkimusta pitäisi tehdä verkosto, ketju, yrityssuhde- ja yritystasolla. Malliin on myös hyvä yhdistää tuote- ja tehtäväkohtaiset ominaispiirteet. Kirjallisuuskatsauksen perusteella huomattiin, että tiedon jakamista on aiemmin tarkasteltu lähinnä tuote- ja yrityssuhteiden tasolla. Väitöskirjassa esitettiin lisää merkittäviä tekijöitä, jotka vaikuttavat tiedon jakamiseen. Näitä olivat mm. tuotekehitystehtävän luonne, teknologia-alueen kypsyys ja toimittajan kyvykkyys. Tiedon jakamisen luonnetta tarkasteltaessa erotettiin operatiivinen, projektin hallintaan ja tuotekehitykseen liittyvä tieto sekä yleinen, toimittajan hallintaan liittyvä strateginen tieto. Tulosten mukaan erityisesti tuotekehityksen määrittelyvaihe ja tapaamiset kasvotusten korostuivat yhteistyössä. Empirian avulla tutkittiin myös niitä tekijöitä, joilla tiedon jakamista voidaan hallita tilanneriippuvuuteen perustuen, koska aiemmin tiedon jakamisen hallintakeinoja tai menestystekijöitä ei ole liitetty suoranaisesti eri olosuhteisiin. Nämä hallintakeinot jaettiin yhteistyötason- ja tuotekehitysprojektitason tekijöihin. Yksi työn keskeisistä tuloksista on se, että huolimatta tiedon jakamisen haasteista, monet niistä voidaan eliminoida tunnistamalla vallitsevat olosuhteet ja panostamalla tiedon jakamisen hallintakeinoihin. Työn manageriaalinen hyöty koskee erityisesti yrityksiä, jotka suunnittelevat ja tekevät tuotekehitysyhteistyötä yrityskumppaniensa kanssa. Työssä esitellään keinoja tämän haasteellisen tehtäväkentän hallintaan ja todetaan, että yritysten pitäisikin kiinnittää entistä enemmän huomiota tiedon jakamisen ja kommunikaation hallintaan jo tuotekehitysyhteistyötä suunniteltaessa.

Development and application of computational methodologies in qualitative modeling

La présente thèse s'intitule "Développent et Application des Méthodologies Computationnelles pour la Modélisation Qualitative". Elle comprend tous les différents projets que j'ai entrepris en tant que doctorante. Plutôt qu'une mise en oeuvre systématique d'un cadre défini a priori, cette thèse devrait être considérée comme une exploration des méthodes qui peuvent nous aider à déduire le plan de processus regulatoires et de signalisation. Cette exploration a été mue par des questions biologiques concrètes, plutôt que par des investigations théoriques. Bien que tous les projets aient inclus des systèmes divergents (réseaux régulateurs de gènes du cycle cellulaire, réseaux de signalisation de cellules pulmonaires) ainsi que des organismes (levure à fission, levure bourgeonnante, rat, humain), nos objectifs étaient complémentaires et cohérents. Le projet principal de la thèse est la modélisation du réseau de l'initiation de septation (SIN) du S.pombe. La cytokinèse dans la levure à fission est contrôlée par le SIN, un réseau signalant de protéines kinases qui utilise le corps à pôle-fuseau comme échafaudage. Afin de décrire le comportement qualitatif du système et prédire des comportements mutants inconnus, nous avons décidé d'adopter l'approche de la modélisation booléenne. Dans cette thèse, nous présentons la construction d'un modèle booléen étendu du SIN, comprenant la plupart des composantes et des régulateurs du SIN en tant que noeuds individuels et testable expérimentalement. Ce modèle utilise des niveaux d'activité du CDK comme noeuds de contrôle pour la simulation d'évènements du SIN à différents stades du cycle cellulaire. Ce modèle a été optimisé en utilisant des expériences d'un seul "knock-out" avec des effets phénotypiques connus comme set d'entraînement. Il a permis de prédire correctement un set d'évaluation de "knock-out" doubles. De plus, le modèle a fait des prédictions in silico qui ont été validées in vivo, permettant d'obtenir de nouvelles idées de la régulation et l'organisation hiérarchique du SIN. Un autre projet concernant le cycle cellulaire qui fait partie de cette thèse a été la construction d'un modèle qualitatif et minimal de la réciprocité des cyclines dans la S.cerevisiae. Les protéines Clb dans la levure bourgeonnante présentent une activation et une dégradation caractéristique et séquentielle durant le cycle cellulaire, qu'on appelle communément les vagues des Clbs. Cet évènement est coordonné avec la courbe d'activation inverse du Sic1, qui a un rôle inhibitoire dans le système. Pour l'identification des modèles qualitatifs minimaux qui peuvent expliquer ce phénomène, nous avons sélectionné des expériences bien définies et construit tous les modèles minimaux possibles qui, une fois simulés, reproduisent les résultats attendus. Les modèles ont été filtrés en utilisant des simulations ODE qualitatives et standardisées; seules celles qui reproduisaient le phénotype des vagues ont été gardées. L'ensemble des modèles minimaux peut être utilisé pour suggérer des relations regulatoires entre les molécules participant qui peuvent ensuite être testées expérimentalement. Enfin, durant mon doctorat, j'ai participé au SBV Improver Challenge. Le but était de déduire des réseaux spécifiques à des espèces (humain et rat) en utilisant des données de phosphoprotéines, d'expressions des gènes et des cytokines, ainsi qu'un réseau de référence, qui était mis à disposition comme donnée préalable. Notre solution pour ce concours a pris la troisième place. L'approche utilisée est expliquée en détail dans le dernier chapitre de la thèse. -- The present dissertation is entitled "Development and Application of Computational Methodologies in Qualitative Modeling". It encompasses the diverse projects that were undertaken during my time as a PhD student. Instead of a systematic implementation of a framework defined a priori, this thesis should be considered as an exploration of the methods that can help us infer the blueprint of regulatory and signaling processes. This exploration was driven by concrete biological questions, rather than theoretical investigation. Even though the projects involved divergent systems (gene regulatory networks of cell cycle, signaling networks in lung cells), as well as organisms (fission yeast, budding yeast, rat, human), our goals were complementary and coherent. The main project of the thesis is the modeling of the Septation Initiation Network (SIN) in S.pombe. Cytokinesis in fission yeast is controlled by the SIN, a protein kinase signaling network that uses the spindle pole body as scaffold. In order to describe the qualitative behavior of the system and predict unknown mutant behaviors we decided to adopt a Boolean modeling approach. In this thesis, we report the construction of an extended, Boolean model of the SIN, comprising most SIN components and regulators as individual, experimentally testable nodes. The model uses CDK activity levels as control nodes for the simulation of SIN related events in different stages of the cell cycle. The model was optimized using single knock-out experiments of known phenotypic effect as a training set, and was able to correctly predict a double knock-out test set. Moreover, the model has made in silico predictions that have been validated in vivo, providing new insights into the regulation and hierarchical organization of the SIN. Another cell cycle related project that is part of this thesis was to create a qualitative, minimal model of cyclin interplay in S.cerevisiae. CLB proteins in budding yeast present a characteristic, sequential activation and decay during the cell cycle, commonly referred to as Clb waves. This event is coordinated with the inverse activation curve of Sic1, which has an inhibitory role in the system. To generate minimal qualitative models that can explain this phenomenon, we selected well-defined experiments and constructed all possible minimal models that, when simulated, reproduce the expected results. The models were filtered using standardized qualitative ODE simulations; only the ones reproducing the wave-like phenotype were kept. The set of minimal models can be used to suggest regulatory relations among the participating molecules, which will subsequently be tested experimentally. Finally, during my PhD I participated in the SBV Improver Challenge. The goal was to infer species-specific (human and rat) networks, using phosphoprotein, gene expression and cytokine data and a reference network provided as prior knowledge. Our solution to the challenge was selected as in the final chapter of the thesis.