LaGomiCs - Lagomorph Genomics Consortium: An International Collaborative Effort for Sequencing the Genomes of an Entire Mammalian Order

The order Lagomorpha comprises about 90 living species, divided in 2 families: the pikas (Family Ochotonidae), and the rabbits, hares, and jackrabbits (Family Leporidae). Lagomorphs are important economically and scientifically as major human food resources, valued game species, pests of agricultural significance, model laboratory animals, and key elements in food webs. A quarter of the lagomorph species are listed as threatened. They are native to all continents except Antarctica, and occur up to 5000 m above sea level, from the equator to the Arctic, spanning a wide range of environmental conditions. The order has notable taxonomic problems presenting significant difficulties for defining a species due to broad phenotypic variation, overlap of morphological characteristics, and relatively recent speciation events. At present, only the genomes of 2 species, the European rabbit (Oryctolagus cuniculus) and American pika (Ochotona princeps) have been sequenced and assembled. Starting from a paucity of genome information, the main scientific aim of the Lagomorph Genomics Consortium (LaGomiCs), born from a cooperative initiative of the European COST Action “A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology—RGB-Net” and the World Lagomorph Society (WLS), is to provide an international framework for the sequencing of the genome of all extant and selected extinct lagomorphs. Sequencing the genomes of an entire order will provide a large amount of information to address biological problems not only related to lagomorphs but also to all mammals. We present current and planned sequencing programs and outline the final objective of LaGomiCs possible through broad international collaboration.

Computerized key to the genus Bursaphelenchus Fuchs, analysis of species clusters based on morphology, using information of insect vectors and associated plants, with a revision of the genus.

The genus Bursaphelenchus includes B. xylophilus (Steiner et Buhrer, 1934) Nickle, 1981, which is of world economic and quarantine importance. Distinction among several species of the pinewood nematodes species complex (PWNSC) is often difficult. Besides standard morphology, morphometrics and molecular biology, new tools are welcome to better understand this group. The computerized (or e-) key of this genus, presented in this communication, includes 74 species (complete list of valid species of the world fauna) and 35 characters, that were used by the taxonomic experts of this group, in the original descriptions. Morphology of sex organs (male spicules and female vulval region) was digitized and classified to distinguish alternative types. Several qualitative characters with overlapping character states (expressions) were transformed into the morphometric indices with the discontinuous ranges (characters of ratios of the spicule dimensions). Characters and their states (expressions) were illustrated in detail and supplied by brief user-friendly comments. E-key was created in the BIKEY identification system (Dianov & Lobanov, 1996-2004). The system has built-algorithm ranging characters depending on their diagnostic values at each step of identification. Matrix of species and the character states (structural part of the e-key database) may be easily transformed using statistical packages into the dendrograms of general phenetic similarities (UPGMA, standard distance: mean character difference). It may be useful in the detailed analysis of taxonomy and evolution of the genus and in its splitting to the species groups based on morphology. The verification of the dendrogram using the information on the species links with insect vectors and their associated plants, provided an opportunity to recognize the five clusters (xylophilus, hunti, eremus sensu stricto, tusciae and piniperdae sensu stricto), which seem to be the natural species groups. The hypothesis about the origin and the first stages of the genus evolution is proposed. A general review of the genus Bursaphelenchus is presented.

A escrita colaborativa a distância em inglês língua estrangeira

O presente estudo investigou a temática da escrita colaborativa a distância, no Ensino Superior, em Inglês Língua Estrangeira. A escrita foi estudada de uma perspectiva processual, valorizando, portanto, o caminho que os alunos percorrem até ao produto final. O ambiente colaborativo reforçou este processo, na medida em que proporcionou, aos alunos, um espaço de discussão e melhoramento das diversas versões do texto. Por outro lado, a componente de ensino a distância de blended learning contribuiu, também, para um processo mais interactivo, mais colaborativo e, ao mesmo tempo, mais distanciado, o que beneficiaria o desenvolvimento da competência de escrita dos alunos e, simultaneamente, dos próprios alunos enquanto indivíduos. A investigação procurou averiguar diversos aspectos relacionados com o tipo de ensino já referido: aspectos evolutivos do processo de escrita na colaboração a distância – nomeadamente, as alterações efectuadas aos textos e seu impacto –; estratégias postas em prática pelos participantes em trabalho de escrita colaborativa a distância em Inglês Língua Estrangeira (ILE); formas de colaboração presentes no trabalho e a influência do ensino a distância no trabalho de escrita colaborativa. Para atingir as metas enumeradas, foi seleccionada uma turma de Língua e Cultura Inglesa II, 2º ano, da licenciatura em Ensino de Português/Inglês, da Universidade de Aveiro, que levou a cabo as diversas tarefas de escrita processual colaborativa, tarefas essas determinadas e realizadas através do webCT da Universidade de Aveiro (com uma página adaptada especialmente para a turma em questão). Todo o trabalho realizado pelos alunos foi ali registado para posterior análise. Tornou-se claro, ao longo da análise dos dados, que o ambiente a distância criou várias dificuldades aos alunos, implicando a criação de estratégias para as resolver. Por outro lado, a colaboração dentro dos grupos revelou-se um evidente benefício quer em termos de tarefas, quer em termos do desenvolvimento, motivação e envolvimento pessoais dos alunos. Também a abordagem processual à escrita trouxe resultados díspares: um dos grupos escrevia habitualmente segundo este modelo, não notando diferenças significativas, enquanto que o outro grupo valorizou o processo como um benefício para a escrita, sobretudo pelas fases de revisão que incluía. Pretendeu-se, com a análise referida e sumariada, conseguir não só investigar a escrita colaborativa a distância mas, também, identificar estratégias válidas para o ensino desta competência, estratégias essas que possam ajudar ao desenvolvimento de um ensino de escrita com mais sucesso e melhores resultados, sobretudo do ponto de vista dos alunos. É urgente um aprofundamento desta área ainda pouco desenvolvida, uma vez que as práticas de escrita se afastam cada vez mais da realidade actual, uma realidade construída em conjunto, por indivíduos que trabalham em ambientes virtuais e reais, sendo, portanto, relevante integrar os alunos nestes contextos, para melhor os preparar para o mundo de hoje. ABSTRACT: The study presented here has investigated collaborative writing at a distance in English as a Foreign Language (EFL), with University students. Students were encouraged to write according to a process model, which valued the stages of writing rather than the final product resulting from it. The collaborative environment strengthened the process, in the sense that it gave students room for discussion and improvement of the different versions of the text. On the other hand, distance learning contributed to a more collaborative and interactive process and, at the same time, more distanced, which benefited the development of the students’ writing skills and of the students as individuals. The investigation aimed to study several aspects of collaborative writing at a distance: the evolution of the writing process in distance collaboration, strategies used by the participants when writing collaboratively at a distance, initial writing competences of the participants and eventual advantages of distance learning for the collaborative revision phase of the writing process. In order to accomplish the proposed goals, we selected a class from those in the second year taking English Language and Culture II, of the English/ Portuguese Teaching “Licenciatura” degree at the University of Aveiro, and a web page was created for them. This page registered all the work done by the students along the project, establishing the data for future analysis. From this class, two groups were selected as case studies, in order to carry out a deeper and more comprehensive study of the process. We intended not only to investigate collaborative writing at a distance but also to identify valid strategies for the teaching of writing. Such strategies might aid the development of a more successful teaching of this competence, with better and more lasting results in students. Further research in this poorly developed area is urgent, as the practices of writing get further apart from the current reality. Nowadays, it is becoming growingly common to work both in real and virtual environments. It is thus relevant to integrate students in both, in order to prepare them for today’s world – our mission as teachers and educators.

A revision of the polychaete family Nephtyidae, based on morphological and molecular data

A família Nephtyidae é uma das mais frequentes em habitats costeiros e marinhos de todo o mundo. São organismos errantes típicos de sedimentos arenosos e lodosos, ocorrendo frequentemente no domínio costeiro até 100 m de profundidade, e mais raramente em profundidades batiais e abissais. As primeiras espécies descritas foram o Nephtys caeca (Fabricius, 1780) e o N. ciliata (O. F. Müller, 1789), ambas atribuídas inicialmente ao género Nereis e posteriormente transferidas para o género Nephtys por Savigny, em 1818. A família Nephtyidae foi criada em 1851 por Grube para o género Nephtys Cuvier, 1817. No âmbito desta tese é feito um estudo taxonómico e filogenético da família Nephtyidae. O estudo filogenético inclui dados morfológicos e moleculares de 24 taxa representantes dos cinco géneros da família, Nephtys Cuvier, 1817, Aglaophamus Kinberg, 1866, Micronephthys (Friedrich, 1939), Inermonephtys Fauchald, 1967 e Dentinephtys Imajima e Takeda, 1987. A análise evidenciou dois grandes grupos correspondentes aos dois principais géneros, Aglaophamus e Nephtys. Duas espécies do género Nephtys (N. pulchra e N. australiensis) são transferidas para o género Aglaophamus, e consequentemente são propostas novas diagnoses para os géneros. O género Dentinephtys é sinonimizado com Nephtys e um novo género, Bipalponephtys, é descrito para acomodar as espécies Nephtys cornuta, N. danida e Micronephthys neotena. As relações filogenéticas entre os géneros são discutidas. Do estudo taxonómico resultou a revisão da família Nephtyidae para o Sul da Europa (entre o Canal da Mancha e o Mediterrâneo), com a descrição de uma nova espécie, Inermonephtys foretmontardoi. A espécie Micronephthys maryae é sinonimizada com M. stammeri. Para cada espécie são incluídas notas sobre a sua ecologia bem como a distribuição geográfica e batimétrica. São propostas novas diagnoses para os géneros do Sul da Europa bem como uma chave de identificação taxonómica para as espécies desta região. Após uma exaustiva revisão bibliográfica da família, e da observação de material museológico relativo a 44 espécies, foi compilada uma lista completa para a família de 128 espécies, distribuídas por cinco géneros (57 Nephtys, 53 Aglaophamus, sete Micronephthys, oito Inermonephtys e três Bipalponephtys), na qual são incluídas sinonímias e considerações taxonómicas para cada espécie. A espécie Nephtys serrata é sinonimizada com N. serratifolia. São apresentados as distribuições geográficas e batimétricas das diferentes espécies e notas sobre o seu habitat. São também incluídas tabelas de identificação com as principais características taxonómicas das espécies. O valor diagnóstico dos caracteres morfológicos é discutido. Vários problemas taxonómicos são realçados, indicando a necessidade de revisões adicionais para 23 espécies. Este trabalho realça a existência de vários problemas taxonómicos e filogenéticos dentro da família Nephtyidae, podendo ser considerado como a base para estudos futuros. Análises filogenéticas adicionais incluindo dados morfológicos e moleculares de um maior número de espécies vão certamente conduzir a uma melhor avaliação do estatuto e relações entre os géneros dentro da família.

O desafio da homogeneização normativa em instituições de memória: proposta de um modelo uniformizador e colaborativo

A informação digitalizada e nado digital, fruto do avanço tecnológico proporcionado pelas Tecnologias da Informação e Comunicação (TIC), bem como da filosofia participativa da Web 2.0, conduziu à necessidade de reflexão sobre a capacidade de os modelos atuais, para a organização e representação da informação, de responder às necessidades info-comunicacionais assim como o acesso à informação eletrónica pelos utilizadores em Instituições de Memória. O presente trabalho de investigação tem como objetivo a conceção e avaliação de um modelo genérico normativo e harmonizador para a organização e representação da informação eletrónica, num sistema de informação para o uso de utilizadores e profissionais da informação, no contexto atual colaborativo e participativo. A definição dos objetivos propostos teve por base o estudo e análise qualitativa das normas adotadas pelas instituições de memória, para os registos de autoridade, bibliográfico e formatos de representação. Após a concetualização, foi desenvolvido e avaliado o protótipo, essencialmente, pela análise qualitativa dos dados obtidos a partir de testes à recuperação da informação. A experiência decorreu num ambiente laboratorial onde foram realizados testes, entrevistas e inquéritos por questionário. A análise cruzada dos resultados, obtida pela triangulação dos dados recolhidos através das várias fontes, permitiu concluir que tanto os utilizadores como os profissionais da informação consideraram muito interessante a integração da harmonização normativa refletida nos vários módulos, a integração de serviços/ferramentas comunicacionais e a utilização da componente participativa/colaborativa da plataforma privilegiando a Wiki, seguida dos Comentários, Tags, Forum de discussão e E-mail.

Electronic health records for mobile citizens: a secure and collaborative architecture

Durante as ultimas décadas, os registos de saúde eletrónicos (EHR) têm evoluído para se adaptar a novos requisitos. O cidadão tem-se envolvido cada vez mais na prestação dos cuidados médicos, sendo mais pró ativo e desejando potenciar a utilização do seu registo. A mobilidade do cidadão trouxe mais desafios, a existência de dados dispersos, heterogeneidade de sistemas e formatos e grande dificuldade de partilha e comunicação entre os prestadores de serviços. Para responder a estes requisitos, diversas soluções apareceram, maioritariamente baseadas em acordos entre instituições, regiões e países. Estas abordagens são usualmente assentes em cenários federativos muito complexos e fora do controlo do paciente. Abordagens mais recentes, como os registos pessoais de saúde (PHR), permitem o controlo do paciente, mas levantam duvidas da integridade clinica da informação aos profissionais clínicos. Neste cenário os dados saem de redes e sistemas controlados, aumentando o risco de segurança da informação. Assim sendo, são necessárias novas soluções que permitam uma colaboração confiável entre os diversos atores e sistemas. Esta tese apresenta uma solução que permite a colaboração aberta e segura entre todos os atores envolvidos nos cuidados de saúde. Baseia-se numa arquitetura orientada ao serviço, que lida com a informação clínica usando o conceito de envelope fechado. Foi modelada recorrendo aos princípios de funcionalidade e privilégios mínimos, com o propósito de fornecer proteção dos dados durante a transmissão, processamento e armazenamento. O controlo de acesso _e estabelecido por políticas definidas pelo paciente. Cartões de identificação eletrónicos, ou certificados similares são utilizados para a autenticação, permitindo uma inscrição automática. Todos os componentes requerem autenticação mútua e fazem uso de algoritmos de cifragem para garantir a privacidade dos dados. Apresenta-se também um modelo de ameaça para a arquitetura, por forma a analisar se as ameaças possíveis foram mitigadas ou se são necessários mais refinamentos. A solução proposta resolve o problema da mobilidade do paciente e a dispersão de dados, capacitando o cidadão a gerir e a colaborar na criação e manutenção da sua informação de saúde. A arquitetura permite uma colaboração aberta e segura, possibilitando que o paciente tenha registos mais ricos, atualizados e permitindo o surgimento de novas formas de criar e usar informação clínica ou complementar.

Modelo para a valorização partilhada da marca: a comunicação mediada por computador como suporte ao envolvimento dos recursos humanos na cocriação da marca organizacional

No atual contexto de disseminação e uso das tecnologias da comunicação para a geração de conteúdo não especializado, igualmente partilhado e utilizado, torna-se pertinente sublinhar a participação dos recursos humanos na cocriação da marca organizacional. Esta participação, todavia, encontra alguns constrangimentos e necessidades, tais como a falta de orientação no uso devido da marca gráfica, e a adequação das ferramentas comunicacionais e de gestão do conhecimento de que estes indivíduos são portadores. Neste enquadramento, pretende-se validar um modelo heurístico que explique, satisfatoriamente, de que forma as organizações podem envolver os seus recursos humanos em atividades de valorização da marca, em contextos de informação e comunicação tecnologicamente mediados, e que possa assumirse como um impulsionador da adoção destas práticas. A abordagem metodológica é de natureza exploratória, iterativa e qualitativa, assentando na Grounded Theory e, portanto, num processo indutivo de produção de conhecimento, reconhecendo a existência de momentos de descoberta e, aproximando-se do paradigma construtivista. O estudo que conduz à proposta final de um modelo de comunicação mediada por computador para a valorização da marca assenta, essencialmente, na revisão da literatura através da pesquisa bibliográfica, e num estudo de caso, que assume como procedimentos técnicos os inquéritos por entrevista, para uma primeira verificação dos pressupostos do modelo, a construção de um protótipo não-funcional de uma Central Participativa de Marca (CPM), capaz de expressar a componente tecnológica presente no modelo, e a realização de grupos focais, com o intuito de alcançar a sua validação não-experimental. O estudo de caso realizado debruça-se sobre a Universidade de Aveiro (UA) e sobre o uso e apropriação da sua marca, por parte dos membros da sua comunidade docente e não-docente. Os resultados das entrevistas exploratórias, para as quais se recorre a uma amostra por conveniência composta por entidades relevantes no que à promoção da marca da UA concerne, são combinados com os conteúdos extraídos do levantamento bibliográfico, de modo a serem contemplados tanto na aferição dos domínios de interação que informam o modelo, como na conceção do protótipo de uma plataforma de colaboração online, especificamente orientada à marca, apresentado a cinco grupos focais que neles integram a população-alvo estudada. Este estudo empírico permite uma primeira validação do modelo heurístico proposto, confirmando que a participação na cocriação de artefactos de marca tende a acontecer de forma não oficial, por falta de iniciativas organizacionais que valorizem o capital humano, e que a orientação para o uso e apropriação da marca é fundamental na concretização deste tipo de contributos, dados por indivíduos não especializados em branding, design, comunicação ou estratégia de marketing. Os resultados permitem validar ainda a configuração e a estrutura de interação propostas para o sistema subjacente ao protótipo da CPM, assim como a generalidade das suas funcionalidades, permitindo a proposta de uma heurística focada na experimentação da marca no seio organizacional. Finalmente, são identificadas linhas de investigação futura nesta área, decorrentes dos resultados alcançados e das limitações do estudo realizado.

Advancements and Challenges towards a Collaborative Framework for 3D Tele-Immersive Social Networking

Social experiences realized through teleconferencing systems are still quite different from face to face meetings. The awareness that we are online and in a, to some extent, lesser real world are preventing us from really engaging and enjoying the event. Several reasons account for these differences and have been identified. We think it is now time to bridge these gaps and propose inspiring and innovative solutions in order to provide realistic, believable and engaging online experiences. We present a distributed and scalable framework named REVERIE that faces these challenges and provides a mix of these solutions. Applications built on top of the framework will be able to provide interactive, truly immersive, photo-realistic experiences to a multitude of users that for them will feel much more similar to having face to face meetings than the experience offered by conventional teleconferencing systems.

Creativity, innovation and collaborative organizations

This article intends to make a contribution to the clarification of the concepts of creativity and innovation using a multilevel approach of individual, group and organization, in order to show that these may be better integrated within collaborative organizations. Trying to maintain the principle of the primacy of the individual (creativity) over the business (innovation), we stressed the cognitive and emotional processes (when speaking of creativity) and power and communi- cation (when it comes to innovation). Following on a description of group processes that try to combine creativity and innovation, we address the measurement of innovation, concluding with the need to avoid classifying an organization as innovative or non-innovative. The latter judgment should be left to the market itself. At the organizational level, we gave primacy to the concept of "organizational innovation", as it is within this framework that the best fusion between creativity and innovation may be achieved. Finally, we address collaboration in business as connecting people, ideas, and resources that would not normally interact with each The International Journal of Organizational Innovation Vol 5 Num 1 Summer 2012 2 other. These decentralized organizations operate in such a way that makes it possible to abolish or, at least mitigate, the role of power. We believe that this will ultimately define the future of successful organizations

The Role of Teacher Presence during Computer Supported Online Collaborative Sessions in an Adult Education Course.

The convenience sample for this study was taken from an A.E.C. (Attestation of Collegial Studies) Communication course of the Continuing Education Technical Support Program. A key component of this course competency is for students to develop the skill to write business letters for various purposes and to apply the three-step writing process during the crafting of the correspondence. This is achieved with a number of writing assignments which are carried out by students working in teams and completing the writing assignments out-of-class. the out-of-class work was convened using the PrimaryPad program to complete two of the writing assignments, which formed the basis of the research. This research uses a case study design that employed a repeated measures method with two conditions (teacher scaffolding vs. no teacher scaffolding). The possibility of an order effect was controlled for by using a counterbalancing of treatment design. A post-treatment questionnaire was used to gather descriptive statistics.

Sources of local knowledge spillover within the Algarve tourism region: evidence to identify a regional innovation system

Tourism sector in Algarve region is the main engine of regional economy. Although frequently, tourism is considered as a low – moderate innovative sector, tourism competitiveness is still highly dependent on specific features of a Regional Innovation Platform, highlighting the crucial importance of knowledge creation and diffusion, learning, cooperative and collaborative interaction that may evolve to a Regional Innovation System (RIS). Studies of Local Knowledge Spillovers have been frequently focused on empirical evidence provided by regions highly related with manufacturing sectors. Considering a case study in Tourism Algarve Region, emphasizing a theoretical character on the analysis of these areas and using a qualitative methodology, the goal of this study was to provide preliminary evidence of the main sources and vehicles of regional knowledge spillovers used by tourism enterprises. Main information has been obtained using primary information collected from 20 interviews over main stakeholders regarding regional private and public sector. Primary information was complemented with secondary information, a deeply and extensive bibliography revision and also statistical information. Results show that, on the one hand, main sources of knowledge used by micro and small tourism enterprises are human resources and formal and informal networks. On the other hand, large tourism companies are weakly related with regional sources using mainly internal company and economic group resources to generate innovation activities. Regional innovation platform shows clear weaknesses on linkages and coordinated initiatives to promote and support innovation performance of firms hampering to increase tourism competitiveness and regional development.

Memorial of the inhabitants of Fairfield District, S. Carolina, praying a revision of the tariff, &c., December 14, 1827

This document contains a memorial, which was written by the citizens of Fairfield district of South Carolina, with a purpose of securing their constitutional right of expressing formal sentiments in regard to excluding tariff on woolen manufactures. It was presented to the president and members of the Senate, and to the speaker and members of the House of Representatives in Congress.

Local strategic partnerships in England: the continuing search for collaborative advantage, leadership and strategy in urban governance

Local Strategic Partnerships are being established in England to provide an inclusive, collaborative and strategic focus to regeneration strategies at the local level. They are also required to rationalise the proliferation of local and micro-partnerships set up by a succession of funding initiatives over the last 25 years. This article explores their remit, resources and membership and discusses how this initiative relates to theoretical work on urban governance, community engagement and leadership. It concludes by debating whether urban policy in England is now entering a new and more advanced phase based on inter-organisational networks with a strategic purpose. But questions remain about whether the institutional capacity is sufficient to deliver strong local leadership, accountability and community engagement.

An algebra and conceptual model for semantic tagging of collaborative digital libraries

Cost-effective semantic description and annotation of shared knowledge resources has always been of great importance for digital libraries and large scale information systems in general. With the emergence of the Social Web and Web 2.0 technologies, a more effective semantic description and annotation, e.g., folksonomies, of digital library contents is envisioned to take place in collaborative and personalised environments. However, there is a lack of foundation and mathematical rigour for coping with contextualised management and retrieval of semantic annotations throughout their evolution as well as diversity in users and user communities. In this paper, we propose an ontological foundation for semantic annotations of digital libraries in terms of flexonomies. The proposed theoretical model relies on a high dimensional space with algebraic operators for contextualised access of semantic tags and annotations. The set of the proposed algebraic operators, however, is an adaptation of the set theoretic operators selection, projection, difference, intersection, union in database theory. To this extent, the proposed model is meant to lay the ontological foundation for a Digital Library 2.0 project in terms of geometric spaces rather than logic (description) based formalisms as a more efficient and scalable solution to the semantic annotation problem in large scale.

Elements of a methodology to assess the alignment of core-values in collaborative networks

Collaborative networks are typically formed by heterogeneous and autonomous entities, and thus it is natural that each member has its own set of core-values. Since these values somehow drive the behaviour of the involved entities, the ability to quickly identify partners with compatible or common core-values represents an important element for the success of collaborative networks. However, tools to assess or measure the level of alignment of core-values are lacking. Since the concept of 'alignment' in this context is still ill-defined and shows a multifaceted nature, three perspectives are discussed. The first one uses a causal maps approach in order to capture, structure, and represent the influence relationships among core-values. This representation provides the basis to measure the alignment in terms of the structural similarity and influence among value systems. The second perspective considers the compatibility and incompatibility among core-values in order to define the alignment level. Under this perspective we propose a fuzzy inference system to estimate the alignment level, since this approach allows dealing with variables that are vaguely defined, and whose inter-relationships are difficult to define. Another advantage provided by this method is the possibility to incorporate expert human judgment in the definition of the alignment level. The last perspective uses a belief Bayesian network method, and was selected in order to assess the alignment level based on members' past behaviour. An example of application is presented where the details of each method are discussed.