T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension.

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10,000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Development of a cross-European virtual sample repository and HIV resistance database

BACKGROUND: Several European HIV observational data bases have, over the last decade, accumulated a substantial number of resistance test results and developed large sample repositories, There is a need to link these efforts together, We here describe the development of such a novel tool that allows to bind these data bases together in a distributed fashion for which the control and data remains with the cohorts rather than classic data mergers.METHODS: As proof-of-concept we entered two basic queries into the tool: available resistance tests and available samples. We asked for patients still alive after 1998-01-01, and between 180 and 195 cm of height, and how many samples or resistance tests there would be available for these patients, The queries were uploaded with the tool to a central web server from which each participating cohort downloaded the queries with the tool and ran them against their database, The numbers gathered were then submitted back to the server and we could accumulate the number of available samples and resistance tests.RESULTS: We obtained the following results from the cohorts on available samples/resistance test: EuResist: not availableI11,194; EuroSIDA: 20,71611,992; ICONA: 3,751/500; Rega: 302/302; SHCS: 53,78311,485, In total, 78,552 samples and 15,473 resistance tests were available amongst these five cohorts. Once these data items have been identified, it is trivial to generate lists of relevant samples that would be usefuI for ultra deep sequencing in addition to the already available resistance tests, Saon the tool will include small analysis packages that allow each cohort to pull a report on their cohort profile and also survey emerging resistance trends in their own cohort,CONCLUSIONS: We plan on providing this tool to all cohorts within the Collaborative HIV and Anti-HIV Drug Resistance Network (CHAIN) and will provide the tool free of charge to others for any non-commercial use, The potential of this tool is to ease collaborations, that is, in projects requiring data to speed up identification of novel resistance mutations by increasing the number of observations across multiple cohorts instead of awaiting single cohorts or studies to reach the critical number needed to address such issues.

Fully Distributed Cooperative Spectrum Sensing for Cognitive Radio Networks

Cognitive radio networks (CRN) sense spectrum occupancy and manage themselves to operate in unused bands without disturbing licensed users. The detection capability of a radio system can be enhanced if the sensing process is performed jointly by a group of nodes so that the effects of wireless fading and shadowing can be minimized. However, taking a collaborative approach poses new security threats to the system as nodes can report false sensing data to force a wrong decision. Providing security to the sensing process is also complex, as it usually involves introducing limitations to the CRN applications. The most common limitation is the need for a static trusted node that is able to authenticate and merge the reports of all CRN nodes. This paper overcomes this limitation by presenting a protocol that is suitable for fully distributed scenarios, where there is no static trusted node.

Contamination of genomic databases by HIV-1 and its possible consequences. A study in Bioinformatics.

Peer-reviewed

Hybrid turbo FEC/ARQ systems and distributed space-time coding for cooperative transmission

Cooperative transmission can be seen as a "virtual" MIMO system, where themultiple transmit antennas are in fact implemented distributed by the antennas both at the source and the relay terminal. Depending on the system design, diversity/multiplexing gainsare achievable. This design involves the definition of the type of retransmission (incrementalredundancy, repetition coding), the design of the distributed space-time codes, the errorcorrecting scheme, the operation of the relay (decode&forward or amplify&forward) and thenumber of antennas at each terminal. Proposed schemes are evaluated in different conditionsin combination with forward error correcting codes (FEC), both for linear and near-optimum(sphere decoder) receivers, for its possible implementation in downlink high speed packetservices of cellular networks. Results show the benefits of coded cooperation over directtransmission in terms of increased throughput. It is shown that multiplexing gains areobserved even if the mobile station features a single antenna, provided that cell wide reuse of the relay radio resource is possible.

Lähiverkkojen yhdistäminen ja etäkäyttö

Yrityksillä on toimipisteissään käytössä lähiverkkoja, joiden toivotaan olevan yhtey-dessä toisiinsa, jostoimipisteitä on useita. Työntekijöiden etätyömahdollisuudet tai ainakin järjestelmien ylläpito edellyttävät toimivia etäkäyttöyhteyksiä näihin järjes-telmiin.Työn teoriaosassa tutustutaan lähiverkkojen yhdistämis- ja etäkäyttötapoihin. Käytännön osassa toteutetaan toimipisteiden lähiverkkojen yhdistäminen Internetinkautta VPN-yhteyksillä sekä työntekijöiden etäkäyttöyhteydet Microsoft Windows 2003 Serverin RRAS-palvelulla ja Windows XP:n asiakasohjelmalla. Erityispiirteenä toteutuksessa oli pienen noin kymmenen hengen yrityksen useat toi-mipisteet, joiden lukumäärä ja sijainti vaihtelevat jonkin verran vuosittain. Lisäksi osassatoimipisteistä oli jo valmiiksi lähiverkkojen yhdistämispalvelu pitkällä sopi-muksella. Toteutettu järjestelmä on kuitenkin sellaisenaan sovelias niin pienemmän kuin isommankin kokonaisuuden toteuttamiseen myös ilman näitä erityispiirteitä.

Distributed Energy Production in the North-West Region of Russia

The energy system of Russia is the world's fourth largest measured by installed power. The largest are that of the the United States of America, China and Japan. After 1990, the electricity consumption decreased as a result of the Russian industry crisis. The vivid economic growth during the latest few years explains the new increase in the demand for energy resources within the State. In 2005 the consumption of electricity achieved the maximum level of 1990 and continues to growth. In the 1980's, the renewal of power facilities was already very slow and practically stopped in the 1990's. At present, the energy system can be very much characterized as outdated, inefficient and uneconomic because of the old equipment, non-effective structure and large losses in the transmission lines. The aim of Russia's energy reform, which was started in 2001, is to achieve a market based energy policy by 2011. This would thus remove the significantly state-controlled monopoly in Russia's energy policy. The reform will stimulateto decrease losses, improve the energy system and employ energy-saving technologies. The Russian energy system today is still based on the use of fossil fuels, and it almost totally ignores the efficient use of renewable sources such as wind, solar, small hydro and biomass, despite of their significant resources in Russia. The main target of this project is to consider opportunities to apply renewable energy production in the North-West Federal Region of Russia to partly solve the above mentioned problems in the energy system.

Global Distributed Delivery Model for Internet Service Provider

Globaalin talouden rakenteet muuttuvat jatkuvasti. Yritykset toimivat kansainvälisillä markkinoilla aiempaa enemmän. Tuotannon lisäämiseksi monet yritykset ovat ulkoistaneet tuotteidensa tuki- ja ylläpitotoiminnot halvan työvoiman maihin. Yritykset voivat tällöin keskittää toimintansa ydinosamiseensa. Vapautuneita resursseja voidaan käyttää yrityksen sisäisessä tuotekehityksessä ja panostaa seuraavan sukupolven tuotteiden ja teknologioiden kehittämiseen. Diplomityö esittelee Globaalisti hajautetun toimitusmallin Internet-palveluntarjoajalle jossa tuotteiden tuki- ja ylläpito on ulkoistettu Intiaan. Teoriaosassa esitellään erilaisia toimitusmalleja ja keskitytään erityisesti hajautettuun toimitusmalliin. Tämän lisäksi luetellaan valintakriteerejä joilla voidaan arvioida projektin soveltuvuutta ulkoistettavaksi sekä esitellään mahdollisuuksia ja uhkia jotka sisältyvät globaaliin ulkoistusprosessiin. Käytäntöosassa esitellään globaali palvelun toimittamisprosessi joka on kehitetty Internet-palveluntarjoajan tarpeisiin.

Transparent and secure remote network storage system using an untrusted server

Työssä kehitettin läpinäkyvä Internet Small Computer Systems Interface-verkkolevyä (iSCSI) käyttävä varmistusjärjestelmä. Verkkolevyn sisältö suojattiin asiakaspään salauskerroksella (dm-crypt). Järjestely mahdollisti sen, että verkkolevylle tallennetut varmuuskopiot pysyivät luottamuksellisina, vaikka levypalvelinta tarjoava taho oli joko epäluotettava tai suorastaan vihamielinen. Järjestelmän hyötykäyttöä varten kehitettiin helppokäyttöinen prototyyppisovellus. Järjestelmän riskit ja haavoittuvuudet käytiin läpi ja analysoitiin. Järjestelmälle tehtiin myös karkea kryptoanalyysi sen teknistenominaisuuksien pohjalta. Suorituskykymittaukset tehtiin sekä salatulle että salaamattomalle iSCSI-liikenteelle. Näistä todettiin, että salauksen vaikutus suorituskykyyn oli häviävän pieni jopa 100 megabittiä sekunnissa siirtävillä verkkonopeuksilla. Lisäksi pohdittiin teknologian muita sovelluskohteita ja tulevia tutkimusalueita.

PEAP 802.1x-tunnistuksen toteutus RADIUS-palvelimeen

Valimo iDServer -tunnistuspalvelin on ohjelmisto, joka tukee eri käyttäjientunnistusmenetelmiä, kuten tekstiviestillä lähetettävää kertakäyttösalasanaa tai normaaliakäyttäjätunnusta ja salasanaa. Tässä diplomityössä kuvataan, kuinka palvelimeenon lisätty tuki käyttäjien kirjautumiselle langattoman verkon tukiasemien ja virtuaalilähiverkkoa tukevien kytkinten kautta käyttäen normaaleja Windows-käyttöjärjestelmän mukana tulevia asiakasohjelmistoja. Työn ensimmäisessä vaiheessa kuvataan lähtökohdat ja vaatimukset tulevalle järjestelmälle. Työn osana käytännössä tehty kokonaisuus muodostuu useista eri määrityksistä koostuvista osista. Työn toisessa vaiheessa käydään läpi korkealla tasolla sovelluksen vaatimat protokollat. Osana näihin protokolliin kuului erilaisten avainten jatarkisteiden laskenta sekä salausmenetelmien käyttö, jotka myös kuvataan tässä työssä. Viimeisessä kappaleessa analysoidaan työn tuloksia jakäydään läpi toteutukseen ja itse sovelluksen toimintaan liittyvät ongelmat. Suurin osa havaituista ongelmista liittyi tilanteisiin, joihin itse palvelinsovelluksen toteutuksella ei voitu vaikuttaa. Eniten ongelmia aiheuttivat asiakasohjelmiston sekä verkkokorttien ja niiden ajureiden toiminta ongelmatilanteissa. Asiakasohjelmistoa ei selkeästi ole suunniteltu käytettäväksi kuin muuttumattomien salasanojen kanssa, koska käyttäjän näkökulmasta käyttökokemus ei ollut optimaalinen. Ongelmista huolimatta työn tuloksena saatiin asiakkaan vaatimukset täyttävä järjestelmä. Myös tuotekehitysnäkökulmasta projektia voitaneen pitää onnistuneena, koska nyt tehty sovellus luo pohjan uusien tunnistustapojen ja menetelmien toteuttamiselle tuotteen jatkokehitystä ajatellen.

Improving globally distributed software development and support processes - A workflow view

We propose a new approach and related indicators for globally distributed software support and development based on a 3-year process improvement project in a globally distributed engineering company. The company develops, delivers and supports a complex software system with tailored hardware components and unique end-customer installations. By applying the domain knowledge from operations management on lead time reduction and its multiple benefits to process performance, the workflows of globally distributed software development and multitier support processes were measured and monitored throughout the company. The results show that the global end-to-end process visibility and centrally managed reporting at all levels of the organization catalyzed a change process toward significantly better performance. Due to the new performance indicators based on lead times and their variation with fixed control procedures, the case company was able to report faster bug-fixing cycle times, improved response times and generally better customer satisfaction in its global operations. In all, lead times to implement new features and to respond to customer issues and requests were reduced by 50%.