Shifts in phylogenetic diversity of archaeal communities in mangrove sediments at different sites and depths in southeastern Brazil

This study focused on the structure and composition of archaeal communities in sediments of tropical mangroves in order to obtain sufficient insight into two Brazilian sites from different locations (one pristine and another located in an urban area) and at different depth levels from the surface. Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) of PCR-amplified 16S rRNA gene fragments was used to scan the archaeal community structure, and 16S rRNA gene clone libraries were used to determine the community composition. Redundancy analysis of T-RFLP patterns revealed differences in archaeal community structure according to location, depth and soil attributes. Parameters such as pH, organic matter, potassium and magnesium presented significant correlation with general community structure. Furthermore, phylogenetic analysis revealed a community composition distributed differently according to depth where, in shallow samples, 74.3% of sequences were affiliated with Euryarchaeota and 25.7% were shared between Crenarchaeota and Thaumarchaeota, while for the deeper samples, 24.3% of the sequences were affiliated with Euryarchaeota and 75.7% with Crenarchaeota and Thaumarchaeota. Archaeal diversity measurements based on 16S rRNA gene clone libraries decreased with increasing depth and there was a greater difference between depths (<18% of sequences shared) than sites (>25% of sequences shared). Taken together, our findings indicate that mangrove ecosystems support a diverse archaeal community; it might possibly be involved in nutrient cycles and are affected by sediment properties, depth and distinct locations. (C) 2012 Institut Pasteur. Published by Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

Isolation and characterisation of aerobic endospore forming Bacilli from sugarcane rhizosphere for the selection of strains with agriculture potentialities

Eighteen aerobic endospore forming strains were isolated from sugarcane rhizosphere in N-free medium. A phenotypic description and analysis of the 5' end hypervariable region sequences of 16S rRNA revealed a high diversity of Bacillus and related genera. Isolates were identified, and four genera were obtained: seven strains belonged to Bacillus (Bacillaceae family), four belonged to Paenibacillus, six belonged to Brevibacillus and one strain was identified as Cohnella (Paenibacillaceae family). Four Brevibacillus strains showed in vitro inhibitory activity against plant pathogens fungi Curvularia and Fusarium. Seventy-four percent of the isolated bacteria grew on pectin as the only carbon source, showing polygalacturonase activity. Pectate lyase activity was detected for the first time in a Brevibacillus genus strain. All isolates showed endoglucanase activity. Calcium phosphate solubilisation was positive in 83.3% of the isolates, with higher values than those reported for Bacillus inorganic phosphate solubilising strains. High ethylene plant hormone secretion in the culture medium was detected in 22% of the bacteria. This is the first report of ethylene secretion in Paenibacillaceae isolates. Indole-3-acetic acid production was found in a Brevibacillus genus isolate. It was reported for the first time the presence of Cohnella genus strain on sugarcane rhizosphere bearing plant growth promoting traits. The sugarcane isolate Brevibacillus B65 was identified as a plant growth inoculant because it showed wider spectra of plant stimulation capabilities, including an antifungal effect, extracellular hydrolases secretion, inorganic phosphate solubilisation and plant hormone liberation. In this work, sugarcane was shown to be a suitable niche for finding aerobic endospore forming 'Bacilli' with agriculture biotechnological purposes.

Different patterns of evolution for duplicated DNA repair genes in bacteria of the Xanthomonadales group

Abstract Background DNA repair genes encode proteins that protect organisms against genetic damage generated by environmental agents and by-products of cell metabolism. The importance of these genes in life maintenance is supported by their high conservation, and the presence of duplications of such genes may be easily traced, especially in prokaryotic genomes. Results The genome sequences of two Xanthomonas species were used as the basis for phylogenetic analyses of genes related to DNA repair that were found duplicated. Although 16S rRNA phylogenetic analyses confirm their classification at the basis of the gamma proteobacteria subdivision, differences were found in the origin of the various genes investigated. Except for lexA, detected as a recent duplication, most of the genes in more than one copy are represented by two highly divergent orthologs. Basically, one of such duplications is frequently positioned close to other gamma proteobacteria, but the second is often positioned close to unrelated bacteria. These orthologs may have occurred from old duplication events, followed by extensive gene loss, or were originated from lateral gene transfer (LGT), as is the case of the uvrD homolog. Conclusions Duplications of DNA repair related genes may result in redundancy and also improve the organisms' responses to environmental challenges. Most of such duplications, in Xanthomonas, seem to have arisen from old events and possibly enlarge both functional and evolutionary genome potentiality.

The gastric caeca of pentatomids as a house for actinomycetes

Abstract Background Microbes are extensively associated with insects, playing key roles in insect defense, nutrition and reproduction. Most of the associations reported involve Proteobacteria. Despite the fact that Actinobacteria associated with insects were shown to produce antibiotic barriers against pathogens to the hosts or to their food and nutrients, there are few studies focusing on their association with insects. Thus, we surveyed the Actinobacteria diversity on a specific region of the midgut of seven species of stinkbugs (Hemiptera: Pentatomidae) known to carry a diversity of symbiotically-associated Proteobacteria. Results A total of 34 phylotypes were placed in 11 different Actinobacteria families. Dichelops melacanthus held the highest diversity with six actinobacteria families represented by nine phylotypes. Thyanta perditor (n = 7), Edessa meditabunda (n = 5), Loxa deducta (n = 4) and Pellaea stictica (n = 3) were all associated with three families. Piezodorus guildini (n = 3) and Nezara viridula (n = 3) had the lowest diversity, being associated with two (Propionibacteriaceae and Mycobacteriaceae) and one (Streptomyceataceae) families, respectively. Corynebacteriaceae and Mycobacteriaceae were the most common families with phylotypes from three different insect species each one. Conclusions Many phylotypes shared a low 16S rRNA gene similarity with their closest type strains and formed new phyletic lines on the periphery of several genera. This is a strong indicative that stinkbug caeca can harbor new species of actinobacteria, which might be derived from specific associations with the species of stinkbugs studied. Although the well-known role of actinobacteria as a source of biomolecules, the ecological features of these symbionts on the stinkbugs biology remain unknown.

Phylogenetic identification of marine bacteria isolated from deep-sea sediments of the eastern South Atlantic Ocean

The deep-sea environments of the South Atlantic Ocean are less studied in comparison to the North Atlantic and Pacific Oceans. With the aim of identifying the deep-sea bacteria in this less known ocean, 70 strains were isolated from eight sediment samples (depth range between 1905 to 5560 m) collected in the eastern part of the South Atlantic, from the equatorial region to the Cape Abyssal Plain, using three different culture media. The strains were classified into three phylogenetic groups, Gammaproteobacteria, Firmicutes and Actinobacteria, by the analysis of 16s rRNA gene sequences. Gammaproteobacteria and Firmicutes were the most frequently identified groups, with Halomonas the most frequent genus among the strains. Microorganisms belonging to Firmicutes were the only ones observed in all samples. Sixteen of the 41 identified operational taxonomic units probably represent new species. The presence of potentially new species reinforces the need for new studies in the deep-sea environments of the South Atlantic.

A quantitative TaqMan PCR assay for the detection of Ureaplasma diversum

Ureaplasma diversum in veterinary studies is an undesirable microbe, which may cause infection in bulls and may result in seminal vesiculitis, balanopostitis, and alterations in spermatozoids, whereas in cows, it may cause placentitis, fetal alveolitis, abortion, and birth of weak calves. U. diversum is released through organic secretions, especially semen, preputial and vaginal mucus, conjunctival secretion, and milk. The aim of the present study was to develop a TaqMan probe, highly sensitive and specific quantitative PCR (qPCR) assay for the detection and quantification of U. diversum from genital swabs of bovines. Primers and probes specific to U. diversum 16S rRNA gene were designed. The specificity, detection limit, intra- and inter-assay variability of qPCR to detect this ureaplasma was compared with the results of the conventional PCR assay (cPCR). Swabs of vaginal mucus from 169 cows were tested. The qPCR assay detected as few as 10 copies of U. diversum and was 100-fold more sensitive than the cPCR. No cross-reactivity with other Mollicutes or eubacteria was observed. U. diversum was detected in 79 swabs (46.42%) by qPCR, while using cPCR it was detected in 42 (25%) samples. The difference in cPCR and qPCR ureaplasma detection between healthy and sick animals was not statistically significant. But the U. diversum load in samples from animals with genital disorders was higher than in healthy animals. The qPCR assay developed herein is highly sensitive and specific for the detection and quantification of U. diversum in vaginal bovine samples.

Phylogeography of a marine insular endemic in the Atlantic Macaronesia : the Azorean barnacle, Megabalanus azoricus (Pilsbry,1916)

[EN]The Azorean barnacle, Megabalanus azoricus (Pilsbry, 1916), is a Macaronesian endemic whose obscure taxonomy and the unknown relationships among forms inhabiting isolated Northern Atlantic oceanic islands is investigated by means of molecular analysis herein. Mitochondrial data from the 16S rRNA and COX1 genes support its current species status, tropical ancestry, and the taxonomic homogeneity throughout its distribution range. In contrast, at the intraspecific level and based on control region sequences, we detected an overall low level of genetic diversity and three divergent lineages. The haplogroups α and γ were sampled in the Azores, Madeira, Canary, and Cabo Verde archipelagos; whereas haplogroup β was absent from Cabo Verde

Indagine sulla presenza di Helicobacter pullorum in allevamenti avicoli italiani

From September 2005 to December 2006, in order to define the prevalence of Helicobacter pullorum in broiler chickens, laying hens and turkey, a total of 365 caecum contents of animals reared in 76 different farms were collected at the slaughterhouse. A caecum content of a ostrich was also sampled. In addition, with the aim of investigating the occurrence of H. pullorum in humans, 151 faeces were collected at the Sant’Orsola-Malpighi University Hospital of Bologna from patients suffering of gastroenteritis. A modified Steele–McDermott membrane filter method was used. Gram-negative curved rod bacteria were preliminary identified as H. pullorum by a PCR assay based on 16S rRNA, then subjected to a RFLP-PCR assay to distinguish between H. pullorum and H. canadensis. One isolate from each farm was randomly selected for phenotypic characterization by biochemical methods and 1D SDSPAGE analysis of whole cell proteins profiles. Minimum Inhibitory Concentration (MIC) for seven different antibiotics were also determined by agar dilution method. Moreover, to examine the intraspecific genomic variability, two strains isolated from 17 different farms were submitted to genotyping by Pulse-Field Gel Electrophoresis (PFGE). In order to assess the molecular basis of fluorquinolone resistance in H. pullorum, gyrA of H. pullorum CIP 104787T was sequenced and nucleotide sequences of the Quinolone Resistance Determining Region (QRDR) of a total of 18 poultry isolates, with different MIC values for ciprofloxacin and nalidixic acid, were compared. According to the PCR and PCR-RFLP results, 306 out of 366 animals examined were positive for H. pullorum (83,6%) and 96,1% of farms resulted infected. All positive samples showed a high number of colonies (>50) phenotipically consistent with H. pullorum on the first isolation media, which suggests that this microrganism, when present, colonizes the poultry caecum at an elevate load. No human sample resulted positive for H. pullorum. The 1D SDS-PAGE whole protein profile analysis showed high similarity among the 74 isolates tested and with the type strain H. pullorum CIP 104787T. Regarding the MIC values, a monomodal distribution was found for ampicillin, chloramphenicol, gentamicin and nalidixic acid, whereas a bimodal trend was noticed for erythromycin, ciprofloxacin and tetracycline (indicating an acquired resistance for these antibiotics). Applying the breakpoints indicated by the CSLI, we may assume that all the H. pullorum tested are sensitive only to gentamicin. The intraspecific genomic variability observed in this study confirm that this species don’t have a clonal population structure, as motioned by other autors. The 2490 bp gyrA gene of H. pullorum CIP104787T with an Open Reading Frame (ORF) encoding a polypeptide of 829 amino acids was for the first time sequenced and characterized. All ciprofloxacin resistant poultry isolates showed ACA®ATA (Thr®Ile) substitution at codon 84 of gyrA corresponding to codons of gyrA 86, 87 and 83 of the Campylobacter jejuni, H. pylori and Escherichia coli, respectively. This substitution was functionally confirmed to be associated with the ciprofloxacin resistant phenotype of poultry isolates. This is the first report of isolation of H. pullorum in turkey and in ostrich, indicating that poultry species are the reservoir of this potential zoonotic microorganisms. In order to understand the potential role as food-borne human pathogen of H. pullorum, further studies must be carried on.

Isolierung und Charakterisierung von Spirochaeten aus dem Termitendarm

Termiten beherbergen in ihrem Darm eine einzigartige Flora aus Bakterien, Archaeen, Flagellaten und Hefen. Diese symbiontische mikrobielle Gemeinschaft ist am Abbau von komplexen organischen Verbindungen beteiligt und ermöglicht es den Termiten schwer abbaubares Material wie Holz als Nahrungsquelle zu nutzen. Spirochaeten, eine Gruppe beweglicher Bakterien die sich durch ihre besondere Morphologie und Art der Fortbewegung von allen anderen Mikroorganismen abgrenzen lassen, gehören zu den häufigsten Bakterien im Termitendarm. Ziel der Arbeit war die Isolierung und Charakterisierung bislang unbekannter Spirochaeten aus Termitendärmen. Aus drei niederen Termitenarten konnten sechs spirochaetale Stämme gewonnen und identifiziert werden. Die Isolate ließen sich anhand der 16S rRNA Gensequenzen den Gattungen Treponema und Spirochaeta zuordnen. Im Gegensatz zu allen bislang charakterisierten Spirochaeten zeigte der Stamm SPN1 aus der Termite Neotermes castaneus eine kokkoide Zellform und war unbeweglich. Der Organismus wurde daher als neue Art, Spirochaeta coccoides sp. nov., beschrieben. Bei allen gewonnenen Isolaten handelt es sich um strikt anaerobe Organismen die verschiedene Mono-, Di- und Oligosaccharide fermentieren. Als wesentliche Stoffwechselprodukte konnten Acetat und Ethanol (sowie Formiat bei einem Stamm) identifiziert werden. Weiterhin konnten bei den untersuchten Stämmen eine Reihe von enzymatischen Aktivitäten nachgewiesen werden, die für den Abbau von Lignocellulose im Termitendarm von Bedeutung sind. Die Untersuchungen deuten darauf hin, dass die Spirochaeten eine wichtige Rolle bei der Fermentation von Abbauprodukten der Lignocellulose im Termitendarm spielen.

Phylogeny of Western Palaearctic long-eared bats (Mammalia, Chiroptera, Plecotus) - a molecular perspective

Die Phylogenie der Westpaläarktischen Langohren (Mammalia, Chiroptera, Plecotus) – eine molekulare Analyse Die Langohren stellen eine Fledermausgattung dar, die fast alle westpaläarktischen Habitate bist zum Polarkreis hin besiedeln und in vielerlei Hinsicht rätselhaft sind. In der Vergangenheit wurden zahlreiche Formen und Varietäten beschrieben. Trotzdem galt für lange Zeit, dass nur zwei Arten in Europa anerkannt wurden. Weitere Arten waren aus Nordafrika, den Kanaren und Asien bekannt, aber auch deren Artstatus wurde vielfach in Frage gestellt. In der vorliegenden Dissertation habe ich mittels molekularer Daten,der partiellen Sequenzierung mitochondrialer Gene (16S rRNA und ND1), sowie der mitochondrialen Kontrollregion, eine molekular Analyse der phylogenetischen Verwandtschaftsverhältnisse innerhalb und zwischen den Linien der westpaläarktischen Langohren durchgeführt. Die besten Substitutionsmodelle wurden berechnet und phylogenetische Bäume mit Hilfe vier verschiedener Methoden konstruiert: dem neighbor joining Verfahren (NJ), dem maximum likelihood Verfahren (ML), dem maximum parsimony Verfahren (MP) und dem Bayesian Verfahren. Sechs Linien der Langohren sind genetisch auf einem Artniveau differenziert: Plecotus auritus, P. austriacus, P. balensis, P. christii, P. sardus, und P. macrobullaris. Im Falle der Arten P. teneriffae, P. kolombatovici und P. begognae ist die alleinige Interpretation der genetischen Daten einzelner mitochondrialer Gene für eine Festlegung des taxonomischen Ranges nicht ausreichend. Ich beschreibe in dieser Dissertation drei neue Taxa: Plecotus sardus, P. kolombatovici gaisleri (=Plecotus teneriffae gaisleri, Benda et al. 2004) and P. macrobullaris alpinus [=Plecotus alpinus, Kiefer & Veith 2002). Morphologische Kennzeichen, insbesondere für die Erkennung im Feld, werden hier dargestellt. Drei der sieben Arten sind polytypisch: P. auritus (eine west- und ein osteuropäische Linie, eine sardische Linie und eine aktuell entdeckte kaukasische Linie, Plecotus kolombatovici (P. k. kolombatovici, P. k. gaisleri und P. k. ssp.) und P. macrobullaris (P. m. macrobullaris und P. m. alpinus). Die Verbreitungsgebiete der meisten Arten werden in dieser Arbeit erstmals ausschließlich anhand genetisch zugeordneter Tiere dargestellt.Die Untersuchung der ökologischen Einnischung der nun anerkannten Formen, insbesondere in Gebieten sympatrischer Verbreitung, bietet ein spannendes und lohnendes Feld für zukünftige Forschungen. Nicht zuletzt muss sich die Entdeckung eines beachtlichen Anteils kryptischer Diversität innerhalb der westpaläarktischen Langohren auch bei der Entwicklung spezieller Artenschutzkonzepte widerspiegeln.

Identification and genetic diversity in phytoplasmas associated with diseases of cassava and other agronomic relevant crops in south-east Asia and Latin America

Identification and genetic diversity of phytoplasmas infecting tropical plant species, selected among those most agronomically relevant in South-east Asia and Latin America were studied. Correlation between evolutionary divergence of relevant phytoplasma strains and their geographic distribution by comparison on homologous genes of phytoplasma strains detected in the same or related plant species in other geographical areas worldwide was achieved. Molecular diversity was studied on genes coding ribosomal proteins, groEL, tuf and amp besides phytoplasma 16S rRNA. Selected samples infected by phytoplasmas belonging to diverse ribosomal groups were also studied by in silico RFLP followed by phylogenetic analyses. Moreover a partial genome annotation of a ‘Ca. P. brasiliense’ strain was done towards future application for epidemiological studies. Phytoplasma presence in cassava showing frog skin (CFSD) and witches’ broom (CWB) diseases in Costa Rica - Paraguay and in Vietnam – Thailand, respectively, was evaluated. In both cases, the diseases were associated with phytoplasmas related to aster yellows, apple proliferation and “stolbur” groups, while only phytoplasma related to X-disease group in CFSD, and to hibiscus witches’ broom, elm yellows and clover proliferation groups in CWB. Variability was found among strains belonging to the same ribosomal group but having different geographic origin and associated with different disease. Additionally, a dodder transmission assay to elucidate the role of phytoplasmas in CWB disease was carried out, and resulted in typical phytoplasma symptoms in periwinkle plants associated with the presence of aster yellows-related strains. Lethal wilt disease, a severe disease of oil palm in Colombia that is spreading throughout South America was also studied. Phytoplasmas were detected in symptomatic oil palm and identified as ‘Ca. P. asteris’, ribosomal subgroup 16SrI-B, and were distinguished from other aster yellows phytoplasmas used as reference strains; in particular, from an aster yellows strain infecting corn in the same country.

Identifizierung biogene Amine bildender Bakterien und Einsatz von Enzymen zur Hemmung ihres Wachstums während der Weinbereitung

Mikroorganismen spielen eine wichtige Rolle in der Weinherstellung. Neben ihren positiven Stoffwechselaktivitäten wie die Bildung von Ethanol während der alkoholischen Gärung sind vor allem Bakterien in der Lage, Weinfehler zu verursachen. Einer dieser Weinfehler ist die Produktion von biogenen Aminen. Diese niedermolekularen Stickstoffverbindungen können zu verschiedenen Gesundheitsproblemen wie Bluthochdruck und Migräne führen. Aufgrund von hohen Ethanolgehalten und dem Vorkommen verschiedener biogener Amine kommt es im Wein zu einer Verstärkung dieser physiologischen Effekte. Um die Bildung dieser Verbindungen zu verhindern, ist es von speziellem Interesse, die verantwortlichen Mikroorganismen zu identifizieren und sie in ihrem Wachstum zu hemmen.In einem Teil der Dissertation stand die Isolierung und Identifizierung biogener Amine produzierender Bakterien aus deutschen Jungweinen und Mosten im Vordergrund. Es konnte gezeigt werden, dass hauptsächlich Milchsäurebakterien als potenzielle Produzenten in Frage kommen. Diese Bakteriengruppe war in hohen Titern in nahezu allen Proben vorhanden und stellt somit eine potentielle Gefahr für die Weinbereitung dar. Zur Identifizierung der Isolate wurden verschiedene molekularbiologische Methoden wie specifically amplified DNA polymorphic-PCR (Fingerprintmethode), Multiplex-PCR oder 16S rDNA-Sequenzierung angewandt. Das Screening bezüglich der Bildung von biogenen Aminen erfolgte mit Hilfe einer im Rahmen dieser Arbeit entwickelten hochauflösenden Dünnschichtchromatographie gefolgt von der Quantifizierung mittels HPLC.Zur Wachstumshemmung dieser Schadbakterien wurden zwei Exoenzyme aus Streptomyces albidoflavus B578 isolieren. Diese Enzyme wurden gereinigt und als eine Muramidase und eine Protease identifiziert. Aktivitätstests konnten zeigen, dass diese Enzyme eine hohe lytische Wirkung gegen weinrelevante Mikroorganismen aufweisen. Ebenso war die Aktivität der Enzyme unter Weinbedingungen sehr stabil. Aufgrund dieser Ergebnisse könnten diese Enzyme eine mögliche Alternative zur Zugabe von Lysozym oder Schwefeldioxid sein, welche konventionell in der Weinbereitung ihren Einsatz finden.

Isolierung, Charakterisierung und Nachweis methanogener Archaea aus laufenden Praxis-NawaRo-Biogasanlagen unter besonderer Beruecksichtigung der Gattung Methanobacterium

Im Verlauf der Forschungsarbeit wurden Proben aus fünf, mit nachwachsenden Rohstoffen (NawaRo) beschickten, landwirtschaftlichen Biogasanlagen (BGA) auf die Biozönose methanogener Archaea hin molekularbiologisch untersucht. Über „amplified rDNA restriction analysis“-Screening (ARDRA) von Bibliotheken auf Basis von 16S rRNA-Genfragmenten konnte anhand zweier beispielhafter BGA das Vorkommen von Vertretern der Gattungen Methanoculleus (Mcu.), Methanobacterium (Mb.), Methanosarcina (Msc.) und Methanosaeta (Mst.) nachgewiesen werden. Mittels denaturierender Gradienten-Gelelektrophorese (DGGE) wurde das Vorkommen dieser Mikroorganismen auch in den übrigen Anlagen gezeigt. Ergänzend dazu wurde in drei Anlagen Methanospirillum hungatei nachgewiesen. Nach Ausarbeitung gattungsspezifischer Isolierungsstrategien konnten insgesamt zehn Vertreter der Gattung Methanobacterium (Isolate Mb1 bis Mb10) und jeweils ein Vertreter der Gattungen Methanoculleus (Isolat Mcu(1)), Methanosarcina (Isolat NieKK) und Methanosaeta (Isolat Mst1.3) aus den BGA-Proben isoliert werden. Durch in silico-Abgleich der partiellen 16S rRNA-Gensequenzen wurden diese als Verwandte von Mb. formicicum MFT, Mcu. bourgensis MS2T, Msc. mazei S-6T und Mst. concilii FE mit einer Sequenzidentität > 97% identifiziert. Im Laufe weiterer molekularbiologischer Untersuchungen mittels DGGE und ARDRA-Analyse konnten die Isolate den Referenzstämmen zugeordnet werden. In Bezug auf die Gattung Methanobacterium ergaben sich jedoch leichte Abweichungen. Diese bestätigten sich in vergleichenden Analysen des genomischen Fingerabdrucks in der „specifically amplified polymorphic DNA“-PCR (SAPD-PCR), welche im Rahmen dieser Arbeit erstmalig erfolgreich auf archaeelle Organismen angewandt wurde. Hier zeigten die Isolate zwei von den Fingerabdrücken der untersuchten Referenzstämme verschiedene Hauptamplifikationsmuster. Aufgrund der Vielzahl der Isolate sowie dem signifikanten Vorkommen in qPCR-Analysen und Klonbibliotheken fokussierten sich die weiteren Arbeiten zur genauen Untersuchung dieser Abweichungen auf phylogenetische Analysen der Gattung Methanobacterium und die Entwicklung von Nachweissystemen. Die Aufklärung eines Großteils der 23S rRNA-Gensequenzen der Isolate und von ausgewählten Typstämmen ermöglichte ergänzende phylogenetische Untersuchungen zu durchgeführten 16S rRNA-Analysen. Dabei wurden die Isolate jeweils in einem eigenen Cluster abseits der meisten Referenzstämme aus der Gattung Methanobacterium positioniert. Analog zur Musterbildung im Rahmen der SAPD-Analyse zeigte sich eine Differenzierung in zwei Äste und ergab in Übereinstimmung mit den in silico-Sequenzabgleichen den höchsten Verwandtschaftsgrad mit Mb. formicicum MFT. Die Eignung der SAPD-PCR zur Ableitung spezifischer Primerpaare konnte erstmals auch für methanogene Archaea gezeigt werden. Die Ableitung zweier Primerpaare mit Spezifität für die Methanobacterium-Isolate Mb1 bis Mb10 sowie für den Typstamm Mb. formicicum MFT gelang und konnte im Rahmen eines Direkt-PCR-Nachweises erfolgreich auf Reinkulturen und Fermenterproben angewandt werden. Unter Einbezug der sequenzierten 23S rRNA-Genfragmente gelang die Erstellung von Oligonukleotid-Sonden für den Einsatz in Fluoreszenz in situ-Hybridisierungsexperimenten. Im Praxistest ergab sich für diese Sonden eine Spezifität für alle getesteten Vertreter der Gattung Methanobacterium sowie für Methanosphaera stadtmanae MCB-3T und Methanobrevibacter smithii PST.rnSomit konnten im Laufe der Arbeit die dominanten methanogenen Archaea in NawaRo-BGA in mehrphasigen Experimenten nachgewiesen, quantifiziert und auf nur wenige Gattungen eingegrenzt werden. Vertreter der vier dominanten Gattungen wurden isoliert und Nachweissysteme für Arten der Gattung Methanobacterium erstellt.rn

Entwicklung eines biologischen Verfahrens zur Reduktion des Methanschlupfes von Gasaufbereitungsanlagen mittels Einsatz methanotropher Mikroorganismen

Im Rahmen dieser Arbeit wurde ein biologisches Verfahren zur Reduzierung des Methanschlupfes in Gasaufbereitungsanlagen entwickelt. Der Methanschlupf entsteht, wenn das in Biogasanlagen produzierte Biogas auf normierte Erdgasqualität aufgereinigt wird, welches notwendig ist, um es in das bestehende Erdgasnetz einleiten zu können. Bei dieser Aufreinigung wird aus dem Biogas auch ein Teil des Methans mit ausgewaschen und gelangt mit dem Abgas der Gasaufbereitungsanlage in die Umwelt. Bisher wird dieses methanhaltige Abgas verbrannt, da eine Freisetzung des starken Treibhausgases Methan durch das Erneuerbare-Energien-Gesetz untersagt ist. Dies reduziert die ökologische Bilanz und setzt die Wirtschaftlichkeit der gesamten Biogasanlage herab. rnUm das Methan mit Hilfe eines biologischen Verfahrens zu entfernen, wurden zunächst methanoxidierende Bakterien (MOB) aus verschiedenen Habitaten isoliert, darunter auch erstmalig aus Termiten. Der Nachweis erfolgte durch (quantitative) Polymerase-Kettenreaktion und Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung anhand spezifischer Primer bzw. Sonden für das Gen der partikulären Methanmonoxygenase, ein MOB kennzeichnendes Enzym. Ihr Titer wurde durch qPCR auf 10^2 - 10^3 MOB pro Termitendarm durch qPCR bestimmt. Mit Hilfe einer 16S rDNA Sequenzierung, der (n)SAPD-PCR, der Bestimmung der zellulären Fettsäurezusammensetzung sowie MALDI-TOF-MS-Analysen konnten die Termitenisolate der Gattung Methylocystis zugeordnet werden. Die fehlende Artzuweisung spricht jedoch für die Isolierung einer neuen Art. rnFür den Einsatz der Isolate in Gasaufbereitungsanlagen wurde in Zusammenarbeit mit dem Prüf- und Forschungsinstitut in Pirmasens ein Reaktor im Technikumsmaßstab entwickelt und konstruiert. Der Reaktor wurde mit synthetischen Aufwuchskörper befüllt, diese mit einem neu gewonnenen potenten Termitenisolat besiedelt und der methanhaltige Abgasstrom der Gasaufbereitungsanlage darüber geleitet. Es wurde eine Reduktion des Methans um 68 % innerhalb von 30 Stunden erzielt. Medienoptimierungen wiesen das Potential auf, diesen Verbrauch um das bis zu 4-fache weiter zu steigern. Da durch die Oxidation des Methans im Abgasstrom der Gasaufbereitungsanlage Zellmasse und Polyhydroxybuttersäure (PHB) aufgebaut wurde, können diese als Substrat zurück in die Biogasanlagen geleitet werden und die Wirtschaftlichkeit weiter verbessern. Die Wirksamkeit des in diesem Projekt entwickelten Verfahrens wurde somit eindeutig demonstriert.

Propionsäureabbau in NawaRo-Biogasanlagen

Die Energiewende ist begleitet von dem Ausbau erneuerbarer Energien. Dabei spielt die Energiegewinnung aus Biomasse eine wichtige Rolle. Der optimale Betrieb einer Biogasanlage erfordert eine stabile Methanproduktion, welche jedoch durch die Akkumulation von Propionsäure nachhaltig gestört werden kann. Aus diesem Grund ist der mikrobielle Abbau dieser Substanz von besonderem Interesse. Die Thermodynamik des anaeroben bakteriellen Abbaus von Propionsäure erfordert die syntrophe Verwertung des entstehenden Wasserstoffs durch Wasserstoff-verbrauchende Mikroorganismen, beispielsweise methanogene Archaea.rnMit dem Ziel, die Erkenntnislage der Propionat-Verwertung in NawaRo-Biogasanlagen zu erweitern, sollten Propionat-verwertende Anreicherungskulturen aus NawaRo-Biogasanlagen etabliert, charakterisiert und molekularbiologisch analysiert werden.rnAus landwirtschaftlichen Biogasanlagen wurden reproduzierbar Propionat-verwertende Anreicherungskulturen mittels anaerober Kultivierungstechniken etabliert. Die anaerob Propionat-verwertende Aktivität der Kulturen blieb über Jahre erhalten und konnte unter verschiedenen Bedingungen charakterisiert werden. Die Analyse der sukzessiven Diversität von vier Anreicherungskulturen ermöglichte einen Einblick in die sich während der Propionat-Verwertung sukzessiv verändernde mikrobielle Diversität. Dabei wurden die aus der 16S rDNA-Analyse resultierenden Sequenzcluster MP-1 (Cryptanaerobacter sp./ Pelotomaculum sp.), MP-6 und MP-15 (beide ''Candidatus Cloacamonas sp. ''), sowie MP-9 (Syntrophobacter sulfatireducens) als potentiell Propionat-verwertende Schlüsselspezies identifiziert. Mit S. sulfatireducens wurde eine bekannte syntroph Propionat-verwertende Spezies gefunden. Die Sequenzen von MP-1 waren nahe verwandt mit Pelotomaculum schinkii, ebenfalls eine beschriebene syntroph Propionat-verwertende Spezies. Bei dem nächsten Verwandten der Cluster MP-6 und MP-15 handelte es sich um ''Candidatus Cloacamonas acidaminovorans'', eine bisher unkultivierbare Spezies, dessen Genom für den gesamten Abbauweg der syntrophen Propionat-Oxidation codiert. Syntrophobacter sulfatireducens kam zusammen mit Vertretern der methanogenen Gattungen Methanoculleus, Methanosaeta und Methanomethylovorans vor. Als methanogener Partner von Cryptanaerobacter sp./ Pelotomaculum sp. dominierte die Gattung Methanosarcina. Aufgrund der starken Präsenz der syntroph Acetat oxidierenden Spezies Tepidanaerobacter acetatoxydans (Sequenz-Cluster MP-3), sowie potentiell homoacetogener Arten, wurde zudem ein theoretischer Zusammenhang der Propionat-Verwertung mit der syntrophen Acetat-Oxidation und der autotrophen Homoacetogenese vorgeschlagen.rn