Web, firewall y Linux en el ICJCE

Con este proyecto se quiere dotar al Instituto de Censores Jurados de Cuentas de España (ICJCE) de las actuales mejoras existentes en el entorno del software libre.

Desenvolupament des de zero d'un sistema Linux per ser instal·lat als ordinadors de les aules ordinàries d'un institut de secundària

Exposició dels passos que cal seguir per construir un sistema GNU/Linux adreçat a les aules dels instituts de secundària prenent com a base Linux From Scratch versió 7.5.

Migració a programari lliure de la infraestructura de servidors de CETRAMSA

Aquest projecte s'emmarca dins el màster en Programari lliure de la UOC, en l'especialitat de xarxes i sistemes operatius. En ell he col·laborat amb CETRAMSA, empresa dedicada a la informació i difusió al ciutadà de l'oferta de transport públic en l'àmbit metropolità de Barcelona, per dur a terme la migració de la seva infraestructura de servidors a programari lliure.

Implementació de programari de pràctiques d'introducció a la química quàntica i d'introducció a la programació en live CDs utilitzables pels alumnes fora de les aules

L'objectiu d'aquest projecte és desenvolupar live CDs per tal de facilitar als alumnes de les assignatures obligatòries del Departament de Química Física que inclouen pràctiques amb ordinadors el treball fora de les aules, com a complement del realitzar durant les sessions de pràctiques.

Avoin lähdekoodi ohjelmistotalojen näkökulmasta

Tässä diplomityössä tarkastellaan avoimen lähdekoodin hyödyntämistä ohjelmistotalojen kolmen asiantuntijaryhmän näkökulmasta: teknologian edustajien, liiketoiminnan johdon ja lakimiesten. Työssä käydään läpi avoimen lähdekoodin historiaa ja OSI:n avoimen lähdekoodin määritelmä. Työssä esitellään myös neljä yleistä avoimen lähdekoodin lisenssiä: GPL, LGPL, BSD ja MPL. Tekninen näkökulma näkyy, kun työssä käydään läpi avoimen lähdekoodin vahvuudet ja heikkoudet. Suurin osa avoimen lähdekoodin tuotteista ei ole vielä tarpeeksi kehittyneitä kaupalliseen käyttöön, mutta joukosta löytyy myös muutama todellinen vaihtoehto. Työssä esitellään viisi tunnettua lähdekoodin tuotetta: Linux, Apache, MySQL, Perl ja PHP. Avoimen lähdekoodin mahdollistamat ansaintamallit tuovat esiin liiketoiminnan johdon kiinnostuksen kohteen. Työssä esitellään viisi yritystä, jotka ovat onnistuneet hyödyntämään näitä liiketoiminnan malleja: Red Hat, VA Software, JBoss, IBM ja Sun Microsystems. Juridisesta näkökulmasta suurin riski avoimen lähdekoodin tuotteiden käytössä on kolmansien osapuolien immateriaalioikeuksien loukkaaminen. Lähes kaikki avoimen lähdekoodin ohjelmistot on lisensoitu siten, etteivät ne anna minkäänlaista takuuta tai ota vastuuta. Työssä käsitellään myös sitä, kuinka avoimen lähdekoodin aiheuttamia riskejä vastaan voidaan suojautua. Työn tuloksena syntyy päätösprosessi, jota voidaan käyttää apuna tehdessä lopullista päätöstä avoimen lähdekoodin ohjelmiston käytöstä.

COMPASS identifies T-cell subsets correlated with clinical outcomes.

Advances in flow cytometry and other single-cell technologies have enabled high-dimensional, high-throughput measurements of individual cells as well as the interrogation of cell population heterogeneity. However, in many instances, computational tools to analyze the wealth of data generated by these technologies are lacking. Here, we present a computational framework for unbiased combinatorial polyfunctionality analysis of antigen-specific T-cell subsets (COMPASS). COMPASS uses a Bayesian hierarchical framework to model all observed cell subsets and select those most likely to have antigen-specific responses. Cell-subset responses are quantified by posterior probabilities, and human subject-level responses are quantified by two summary statistics that describe the quality of an individual's polyfunctional response and can be correlated directly with clinical outcome. Using three clinical data sets of cytokine production, we demonstrate how COMPASS improves characterization of antigen-specific T cells and reveals cellular 'correlates of protection/immunity' in the RV144 HIV vaccine efficacy trial that are missed by other methods. COMPASS is available as open-source software.

Sisällönhallintajärjestelmän käyttö verkkopalvelun pohjana, case: Plone-sisällönhallintajärjestelmän rakenne, toiminta ja räätälöinti

Asiakaspalvelun tarjoamisesta Internet-verkon kautta tulee jatkuvasti tärkeämpää. Aitoa asiakashyötyä tuottavien palvelujen pystyttäminen ja tuottaminen on pienyritysten resursseilla vähintäänkin vaikeaa ja riskialtista. Mahdollisuus käyttää vapaaseen käyttöön lisensoituja avoimen lähdekoodin ohjelmistoja asiakkaille tarjottavien palvelujen perustana madaltaa näinollen pienyritysten kynnystä tarjota palvelua Internet-verkossa. Yrityksen tarjoamien palvelujen perustaksi on nykyään saatavilla jo kokonaisia valmiita avoimeen lähdekoodiin perustuvia ohjelmistosovelluksia. Suurin osa niistä on kuitenkin tehty jotakin rajattua tarkoitusta varten. Pyrittäessä laajentamaan asiakkaille tarjottua palvelua huomataankin tällöin, että ohjelmistosovelluksen laajentaminen muodostaa alkuperäistäkin korkeamman kynnyksen. Toisen ohjelmiston integrointi alkuperäisen kanssa ei sekään ole mahdollinen vaihtoehto – vaikka sellainen uuden palvelun perustaksi löytyisikin. WWW-sisällönhallintajärjestelmät sopivat yleiskäyttöisyytensä ansiosta hyvinkin vaihtelevien palveluiden perustaksi. Yrityksen verkkopalvelu voidaan toteuttaa esimerkiksi vapaasti saatavaan Plone-sisällönhallintajärjestelmään perustuen. Tällöin palvelujen laajentamisen ja uusien tarjoamisen kynnys oletettavasti madaltuu ratkaisevasti, järjestelmän valmiiksi sisältämien monipuolisten toimintojen ansiosta. Paikallisen pienyrityksen verkkopalvelua toteuttaessa todettiin Plonen olevan hyvin tarkoitukseen sopiva. Vähänkin merkittävämmät järjestelmään tehtävät muutokset edellyttävät kuitenkin varsin syvällistä perehtymistä sen osiin ja toimintaan. Koska tarjottavan palvelun tuli olla mahdollisimman helppo lähestyä ja käyttää, järjestelmää oli muun tarvittavan räätälöinnin lisäksi vielä muutettava yksinkertaisemmaksi: Esimerkiksi järjestelmän tarjoamasta valmiista käyttöliittymästä oli räätälöitävä yksinkertaistettu palvelunkäyttöliittymä. Myös palvelun ylläpitäjien koulutukseen oli panostettava. Järjestelmän ylläpidosta tehtiin palvelusopimus, koska asiakkaalla ei ole tarvittavaa teknistä osaamista.

Real-time Linux in electric drive systems

Reaaliaikaisten käyttöjärjestelmien käyttö sulautetuissa järjestelmissä on kasvamassa koko ajan. Sulautettuja tietokoneita käytetään yhä useammassa kohteessa kuten sähkökäyttöjen ohjauksessa. Sähkökäyttöjen ohjaus hoidetaan nykyisin yleensä nopealla digitaalisella signaaliprosessorilla (DSP), jolloin ohjelmointi ja päivittäminen on hidasta ja vaikeaa johtuen käytettävästä matalan tason Assembler-kielestä. Ratkaisuna yleiskäyttöisten prosessorien ja reaaliaikakäyttöjärjestelmien käyttö. Kaupalliset reaaliaikakäyttöjärjestelmät ovat kalliita ja lähdekoodin saaminen omaan käyttöön jopa mahdotonta. Linux on ei-kaupallinen avoimen lähdekoodin käyttöjärjestelmä, joten sen käyttö on ilmaista ja sitä voi muokata vapaasti. Linux:iin on saatavana useita laajennuksia, jotka tekevät siitä reaaliaikaisen käyttöjärjestelmän. Vaihtoehtoina joko kova (hard) tai pehmeä (soft) reaaliaikaisuus. Linux:iin on olemassa valmiita kehitysympäristöjä mutta ne kaipaavat parannusta ennen kuin niitä voidaan käyttää suuressa mittakaavassa teollisuudessa. Reaaliaika Linux ei sovellus nopeisiin ohjauslooppeihin (<100 ms) koska nopeus ei riitä vielä mutta nopeus kasvaa samalla kun prosessorit kehittyvät. Linux soveltuu hyvin rajapinnaksi nopean ohjauksen ja käyttäjän välille ja hitaampaan ohjaukseen.

Meeting report of the European mouse complex genetics network SYSGENET.

The second scientific meeting of the European systems genetics network for the study of complex genetic human disease using genetic reference populations (SYSGENET) took place at the Center for Cooperative Research in Biosciences in Bilbao, Spain, December 10-12, 2012. SYSGENET is funded by the European Cooperation in the Field of Scientific and Technological Research (COST) and represents a network of scientists in Europe that use mouse genetic reference populations (GRPs) to identify complex genetic factors influencing disease phenotypes (Schughart, Mamm Genome 21:331-336, 2010). About 50 researchers working in the field of systems genetics attended the meeting, which consisted of 27 oral presentations, a poster session, and a management committee meeting. Participants exchanged results, set up future collaborations, and shared phenotyping and data analysis methodologies. This meeting was particularly instrumental for conveying the current status of the US, Israeli, and Australian Collaborative Cross (CC) mouse GRP. The CC is an open source project initiated nearly a decade ago by members of the Complex Trait Consortium to aid the mapping of multigenetic traits (Threadgill, Mamm Genome 13:175-178, 2002). In addition, representatives of the International Mouse Phenotyping Consortium were invited to exchange ongoing activities between the knockout and complex genetics communities and to discuss and explore potential fields for future interactions.

Implantació d'un sistema integrat : ERP, web i CRM a un distribuïdor d'informàtica

Aquest treball de final de grau tracta de donar una solució basada en sistemes d'informació a un distribuïdor d'informàtica anomenat DistriTiC, que ha perdut competitivitat i clients en els darrers anys. A través d'un anàlisi inicial de la situació de l'empresa i dels requeriments organitzatius de la direcció, hem realitzat un pla estratègic de renovació de sistemes d'informació estudiant les quatre etapes del cicle de vida i els seus processos transversals.

Työnkulkukoneen soveltuvuus sähköisen huutokauppajärjestelmän toteutuksessa

Sähköiset huutokaupat ovat virtuaalisia markkinapaikkoja, jotka sijaitsevat jossain päin internetiä. Sähköistä huutokauppaa käydään yritysten välillä (B2B), yritysten ja kuluttajien välillä (B2C) sekä kuluttajien kesken (C2C). Tässä työssä sähköisellä huutokaupalla tarkoitetaan ensin mainittua, yritysten keskinäistä kaupankäyntiä. Työn tarkoituksena on tutkia työnkulkukoneen soveltuvuutta sähköisen huutokauppajärjestelmän moottorina. Työssä perehdytään avoimen lähdekoodin ActiveBPEL-koneeseen, ja tutkimus tapahtuu suunnittelemalla, mallintamalla ja testaamalla liiketoimintaprosessi, joka rekisteröi ostajan ja myyjän tiedot järjestelmään. Toteutettava prosessi on yksi osa sähköistä huutokauppaa, mutta saman periaatteen mukaisesti olisi mahdollista toteuttaa myös kokonainen huutokauppa. Tässä työssä tarkastellaan sähköistä huutokauppaa, joka perustuu web-palveluihin, ja jolla on selvä koordinaattori. Koordinaattori ohjaa toisia mukana olevia web-palveluja ja niiden ajettavia operaatioita. Korkean tason mallit kuvataan BPMN-notaation avulla, itse prosessi toteutetaan BPEL-kielellä. Prosessin mallinnuksessa ja simuloinnissa käytetään apuna ActiveBPEL Designer -ohjelmaa. Työn tavoitteena on paitsi toteuttaa osa huutokaupasta, myös antaa lukijalle käsitys siitä liiketoimintaympäristöstä, johon huutokauppa kuuluu, sekä valottaa huutokaupan taustalla olevia teknologioita. Erityisesti web-palvelut ja niihin liittyvät käsitteet tulevat lukijalle tutuiksi.

A statistical shape model of the human second cervical vertebra.

PURPOSE: Statistical shape and appearance models play an important role in reducing the segmentation processing time of a vertebra and in improving results for 3D model development. Here, we describe the different steps in generating a statistical shape model (SSM) of the second cervical vertebra (C2) and provide the shape model for general use by the scientific community. The main difficulties in its construction are the morphological complexity of the C2 and its variability in the population. METHODS: The input dataset is composed of manually segmented anonymized patient computerized tomography (CT) scans. The alignment of the different datasets is done with the procrustes alignment on surface models, and then, the registration is cast as a model-fitting problem using a Gaussian process. A principal component analysis (PCA)-based model is generated which includes the variability of the C2. RESULTS: The SSM was generated using 92 CT scans. The resulting SSM was evaluated for specificity, compactness and generalization ability. The SSM of the C2 is freely available to the scientific community in Slicer (an open source software for image analysis and scientific visualization) with a module created to visualize the SSM using Statismo, a framework for statistical shape modeling. CONCLUSION: The SSM of the vertebra allows the shape variability of the C2 to be represented. Moreover, the SSM will enable semi-automatic segmentation and 3D model generation of the vertebra, which would greatly benefit surgery planning.

Migració d'un diari a software lliure

Estudi per canviar en tants aspectes com sigui possible la plataforma actual de treball d'un diari, en aquest cas El Periódico de Catalunya, i migrar a software lliure. Alguns dels punts més importants seran no perdre productivitat i que l'adaptació dels usuaris als nous sistemes proposats sigui poc traumàtica i el més senzilla possible.

Prototype of a web-based participative decision support platform in natural hazards and risk management

This paper presents the current state and development of a prototype web-GIS (Geographic Information System) decision support platform intended for application in natural hazards and risk management, mainly for floods and landslides. This web platform uses open-source geospatial software and technologies, particularly the Boundless (formerly OpenGeo) framework and its client side software development kit (SDK). The main purpose of the platform is to assist the experts and stakeholders in the decision-making process for evaluation and selection of different risk management strategies through an interactive participation approach, integrating web-GIS interface with decision support tool based on a compromise programming approach. The access rights and functionality of the platform are varied depending on the roles and responsibilities of stakeholders in managing the risk. The application of the prototype platform is demonstrated based on an example case study site: Malborghetto Valbruna municipality of North-Eastern Italy where flash floods and landslides are frequent with major events having occurred in 2003. The preliminary feedback collected from the stakeholders in the region is discussed to understand the perspectives of stakeholders on the proposed prototype platform.

An interactive web-GIS tool for risk analysis: a case study in the Fella River basin, Italy

This paper presents a prototype of an interactive web-GIS tool for risk analysis of natural hazards, in particular for floods and landslides, based on open-source geospatial software and technologies. The aim of the presented tool is to assist the experts (risk managers) in analysing the impacts and consequences of a certain hazard event in a considered region, providing an essential input to the decision-making process in the selection of risk management strategies by responsible authorities and decision makers. This tool is based on the Boundless (OpenGeo Suite) framework and its client-side environment for prototype development, and it is one of the main modules of a web-based collaborative decision support platform in risk management. Within this platform, the users can import necessary maps and information to analyse areas at risk. Based on provided information and parameters, loss scenarios (amount of damages and number of fatalities) of a hazard event are generated on the fly and visualized interactively within the web-GIS interface of the platform. The annualized risk is calculated based on the combination of resultant loss scenarios with different return periods of the hazard event. The application of this developed prototype is demonstrated using a regional data set from one of the case study sites, Fella River of northeastern Italy, of the Marie Curie ITN CHANGES project.