Complete genome sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes

The 1,852,442-bp sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes, a Gram-positive pathogen, has been determined and contains 1,752 predicted protein-encoding genes. Approximately one-third of these genes have no identifiable function, with the remainder falling into previously characterized categories of known microbial function. Consistent with the observation that S. pyogenes is responsible for a wider variety of human disease than any other bacterial species, more than 40 putative virulence-associated genes have been identified. Additional genes have been identified that encode proteins likely associated with microbial “molecular mimicry” of host characteristics and involved in rheumatic fever or acute glomerulonephritis. The complete or partial sequence of four different bacteriophage genomes is also present, with each containing genes for one or more previously undiscovered superantigen-like proteins. These prophage-associated genes encode at least six potential virulence factors, emphasizing the importance of bacteriophages in horizontal gene transfer and a possible mechanism for generating new strains with increased pathogenic potential.

Template-nucleated alanine-lysine helices are stabilized by position-dependent interactions between the lysine side chain and the helix barrel.

The helicity in water has been determined for several series of alanine-rich peptides that contain single lysine residues and that are N-terminally linked to a helix-inducing and reporting template termed Ac-Hel1. The helix-propagating constant for alanine (sAla value) that best fits the properties of these peptides lies in the range of 1.01-1.02, close to the value reported by Scheraga and coworkers [Wojcik, J., Altmann, K.-H. & Scheraga, H.A. (1990) Biopolymers 30, 121-134], but significantly lower than the value assigned by Baldwin and coworkers [Chakrabartty, A., Kortemme, T. & Baldwin, R.L. (1994) Protein Sci. 3,843-852]. From a study of conjugates Ac-Hel1-Ala(n)-Lys-Ala(m)-NH2 and analogs in which the methylene portion of the lysine side chain is truncated, we find that the unusual helical stability of Ala(n)Lys peptides is controlled primarily by interactions of the lysine side chain with the helix barrel, and only passively by the alanine matrix. Using 1H NMR spectroscopy, we observe nuclear Overhauser effect crosspeaks consistent with proton-proton contacts expected for these interactions.

QSAR e dinâmica molecular no estudo de sistemas biomoleculares: predição da atividade biológica de antagonistas do receptor sigma-1 e simulações de bicamadas lipídicas

Diferentes abordagens teóricas têm sido utilizadas em estudos de sistemas biomoleculares com o objetivo de contribuir com o tratamento de diversas doenças. Para a dor neuropática, por exemplo, o estudo de compostos que interagem com o receptor sigma-1 (Sig-1R) pode elucidar os principais fatores associados à atividade biológica dos mesmos. Nesse propósito, estudos de Relações Quantitativas Estrutura-Atividade (QSAR) utilizando os métodos de regressão por Mínimos Quadrados Parciais (PLS) e Rede Neural Artificial (ANN) foram aplicados a 64 antagonistas do Sig-1R pertencentes à classe de 1-arilpirazóis. Modelos PLS e ANN foram utilizados com o objetivo de descrever comportamentos lineares e não lineares, respectivamente, entre um conjunto de descritores e a atividade biológica dos compostos selecionados. O modelo PLS foi obtido com 51 compostos no conjunto treinamento e 13 compostos no conjunto teste (r² = 0,768, q² = 0,684 e r²teste = 0,785). Testes de leave-N-out, randomização da atividade biológica e detecção de outliers confirmaram a robustez e estabilidade dos modelos e mostraram que os mesmos não foram obtidos por correlações ao acaso. Modelos também foram gerados a partir da Rede Neural Artificial Perceptron de Multicamadas (MLP-ANN), sendo que a arquitetura 6-12-1, treinada com as funções de transferência tansig-tansig, apresentou a melhor resposta para a predição da atividade biológica dos compostos (r²treinamento = 0,891, r²validação = 0,852 e r²teste = 0,793). Outra abordagem foi utilizada para simular o ambiente de membranas sinápticas utilizando bicamadas lipídicas compostas por POPC, DOPE, POPS e colesterol. Os estudos de dinâmica molecular desenvolvidos mostraram que altas concentrações de colesterol induzem redução da área por lipídeo e difusão lateral e aumento na espessura da membrana e nos valores de parâmetro de ordem causados pelo ordenamento das cadeias acil dos fosfolipídeos. As bicamadas lipídicas obtidas podem ser usadas para simular interações entre lipídeos e pequenas moléculas ou proteínas contribuindo para as pesquisas associadas a doenças como Alzheimer e Parkinson. As abordagens usadas nessa tese são essenciais para o desenvolvimento de novas pesquisas em Química Medicinal Computacional.

Efeito da cirurgia bariátrica sobre parâmetros clínicos, laboratoriais e fatores de risco cardiovascular

Introdução - Na prevenção primária das doenças cardiovasculares, a adoção de estilo de vida saudável representa uma das estratégias mais importantes. Entretanto, baixos índices de adesão e o abandono da dieta constituem obstáculo importante ao tratamento. Neste sentido, as intervenções cirúrgicas surgiram como um mecanismo promotor da restrição alimentar e têm ganhado importância não só pelo tratamento da obesidade como também no controle dos fatores de risco cardiovascular e na possível redução da mortalidade. Através de estudos clínicos foi possível observar que estas estratégias cirúrgicas promovem profundas modificações estruturais no trato gastrointestinal gerando aumento da saciedade e da sensibilidade à insulina. Em especial para os pacientes diabéticos, por si só associados a maior risco cardiovascular, as cirurgias bariátricas seriam capazes de promover um efeito muito intenso e agudo sobre os marcadores relacionados ao desenvolvimento da aterosclerose. Um evento muito definido no tempo como uma intervenção cirúrgica pode ser muito útil para o estudo e identificação de mecanismos que ainda não estão completamente estabelecidos no processo aterosclerótico. Objetivos - Analisar o comportamento das variáveis laboratoriais, clínicas e estruturais relacionadas ao desenvolvimento e progressão da aterosclerose em indivíduos diabéticos submetidos à cirurgia bariátrica. Métodos - Foram incluídos vinte voluntários diabéticos refratários ao tratamento clínico e que apresentavam obesidade abdominal. Deste grupo, metade foi aleatoriamente selecionada para realização da cirurgia bariátrica e metade foi mantida em tratamento clínico otimizado. Todos os participantes foram submetidos a exames clínicos e bioquímicos nas mesmas ocasiões, até trinta dias antes da cirurgia, três e vinte e quatro meses após a cirurgia. Nestas ocasiões além do perfil lipídico e da glicemia, determinamos os hormônios incretínicos, adipocinas. A avaliação da quantidade de gordura epicárdica e a presença de esteatose hepática será realizada somente após dois anos de seguimento em conjunto com as demais variáveis,. Foram incluídos também 10 indivíduos saudáveis e com IMC dentro da normalidade, como parte do grupo controle. Estes indivíduos foram submetidos à coleta de sangue em dois momentos para avaliação dos mesmos metabólitos. Resultados - No momento pré-intervenção os indivíduos do grupo cirúrgico e clinico eram diferentes em relação ao IMC, Glicemia e Triglicérides, sendo assim, os resultados obtidos foram ajustados minimizando o impacto destas diferenças. Após o seguimento de 3 meses, o grupo cirúrgico apresentou redução significativa nos valores de peso, IMC (33,4 ± 2,6 vs. 27,4±2,8 kg/m2, p < 0,001), HbA1c (9,26 ± 2,12 vs. 6,18±0,63%, p < 0,001), CT (182,9 ± 45,4 vs. 139,8 ± 13 mg/dl, p < 0,001), HDL (33,1 ± 7,7 vs. 38,4 ± 10,6 mg/dL, p < 0,001), TG (369,5 ± 324,6 vs. 130,8 ± 43,1 mg/dL, p < 0,001), Pro-insulina (12.72±9,11 vs. 1,76±1,14 pM, p < 0,001), RBP-4 (9,85±2,53 vs. 7,3±1,35 ng/ml, p < 0,001) e CCK (84,8±33,2 vs. 79,9 ± 31,1, ng/ml, p < 0,001), houve também aumento significativo nos níveis de HDL-colesterol (33,1 ± 7,7 vs. 38,4 ± 10,6 mg/dL, p < 0,001), Glucagon (7,4 ± 7,9 vs. 10,2±9,7 pg/ml, p < 0,001) e FGF- 19 (74,1 ± 45,8 vs. 237,3 ± 234 pg/ml, p=0,001). Um dado interessante foi que os valores de Pro-insulina, RBP-4, HbA1c e HDL- colesterol no grupo cirúrgico atingiram valores similares àqueles do grupo controle três meses após a intervenção, sendo que o FGF-19 apresentava valor duas vezes maior do que o encontrado no grupo de indivíduos saudáveis (237 ± 234 vs. 98 ± 102,1 pg/ml). O grupo clínico não apresentou variação nas variáveis clinicas, apenas nos valores de glucagon com redução significativa no período pós-intervenção (18,1 ± 20,7 vs. 16,8 ± 18,4 pg/ml, p < 0,001). Conclusão - Concluímos que indivíduos diabéticos descompensados e refratários ao tratamento clínico, quando submetidos à cirurgia bariátrica, apresentam uma alteração profunda do ponto de vista clínico, metabólico e hormonal, em relação ao indivíduos de mesmo perfil mantidos em tratamento clínico otimizado. Esta importante alteração, observada já com três meses após a intervenção, pode representar uma importante redução do risco cardiovascular nestes indivíduos. Individualmente, a notável modificação dos valores de FGF-19 associadas à intervenção devem ser estudadas com maior profundidade para compreensão de seu significado e sua potencial utilidade como marcador ou como um dos protagonistas no mecanismo de prevenção cardiovascular

Masāʼil al-mutashābihah min masāʾil al-farāʼiḍ : manuscript, [1439]

Reading note dated Ṣafar 852 [April 5-14, 1448].

Solar radiation over and under sea ice during the POLARSTERN cruise ARK-XXVI/3 (TransArc) in summer 2011

Arctic sea ice has declined and become thinner and younger (more seasonal) during the last decade. One consequence of this is that the surface energy budget of the Arctic Ocean is changing. While the role of surface albedo has been studied intensively, it is still widely unknown how much light penetrates through sea ice into the upper ocean, affecting sea-ice mass balance, ecosystems, and geochemical processes. Here we present the first large-scale under-ice light measurements, operating spectral radiometers on a remotely operated vehicle (ROV) under Arctic sea ice in summer. This data set is used to produce an Arctic-wide map of light distribution under summer sea ice. Our results show that transmittance through first-year ice (FYI, 0.11) was almost three times larger than through multi-year ice (MYI, 0.04), and that this is mostly caused by the larger melt-pond coverage of FYI (42 vs. 23%). Also energy absorption was 50% larger in FYI than in MYI. Thus, a continuation of the observed sea-ice changes will increase the amount of light penetrating into the Arctic Ocean, enhancing sea-ice melt and affecting sea-ice and upper-ocean ecosystems.