Automatic target validation based on neuroscientific literature mining for tractography.

Target identification for tractography studies requires solid anatomical knowledge validated by an extensive literature review across species for each seed structure to be studied. Manual literature review to identify targets for a given seed region is tedious and potentially subjective. Therefore, complementary approaches would be useful. We propose to use text-mining models to automatically suggest potential targets from the neuroscientific literature, full-text articles and abstracts, so that they can be used for anatomical connection studies and more specifically for tractography. We applied text-mining models to three structures: two well-studied structures, since validated deep brain stimulation targets, the internal globus pallidus and the subthalamic nucleus and, the nucleus accumbens, an exploratory target for treating psychiatric disorders. We performed a systematic review of the literature to document the projections of the three selected structures and compared it with the targets proposed by text-mining models, both in rat and primate (including human). We ran probabilistic tractography on the nucleus accumbens and compared the output with the results of the text-mining models and literature review. Overall, text-mining the literature could find three times as many targets as two man-weeks of curation could. The overall efficiency of the text-mining against literature review in our study was 98% recall (at 36% precision), meaning that over all the targets for the three selected seeds, only one target has been missed by text-mining. We demonstrate that connectivity for a structure of interest can be extracted from a very large amount of publications and abstracts. We believe this tool will be useful in helping the neuroscience community to facilitate connectivity studies of particular brain regions. The text mining tools used for the study are part of the HBP Neuroinformatics Platform, publicly available at http://connectivity-brainer.rhcloud.com/.

ZnO nanorods for efficient third harmonic UV generation.

ZnO nanorods grown by both high temperature vapour phase transport and low temperature chemical bath deposition are very promising sources for UV third harmonic generation. Material grown by both methods show comparable efficiencies, in both cases an order of magnitude higher than surface third harmonic generation at the quartz-air interface of a bare quartz substrate. This result is in stark contrast to the linear optical properties of ZnO nanorods grown by these two methods, which show vastly different PL efficiencies. The third harmonic generated signal is analysed using intensity dependent measurements and interferometric frequency resolved optical gating, allowing extraction of the laser pulse parameters. The comparable levels of efficiency of ZnO grown by these very different methods as sources for third harmonic UV generation provides a broad suite of possible growth methods to suit various substrates, coverage and scalability requirements. Potential application areas range from interferometric frequency resolved optical gating characterization of few cycle fs pulses to single cell UV irradiation for biophysical studies.

Collecting Transaction Data in a Fourth Generation Mobile Network

Tässä diplomityössä on oletettu että neljännen sukupolven mobiiliverkko on saumaton yhdistelmä olemassa olevia toisen ja kolmannen sukupolven langattomia verkkoja sekä lyhyen kantaman WLAN- ja Bluetooth-radiotekniikoita. Näiden tekniikoiden on myös oletettu olevan niin yhteensopivia ettei käyttäjä havaitse saanti verkon muuttumista. Työ esittelee neljännen sukupolven mobiiliverkkoihin liittyvien tärkeimpien langattomien tekniikoiden arkkitehtuurin ja perustoiminta-periaatteet. Työ kuvaa eri tekniikoita ja käytäntöjä tiedon mittaamiseen ja keräämiseen. Saatuja transaktiomittauksia voidaan käyttää tarjottaessa erilaistettuja palvelutasoja sekä verkko- ja palvelukapasiteetin optimoimisessa. Lisäksi työssä esitellään Internet Business Information Manager joka on ohjelmistokehys hajautetun tiedon keräämiseen. Sen keräämää mittaustietoa voidaan käyttää palvelun tason seurannassa j a raportoinnissa sekä laskutuksessa. Työn käytännön osuudessa piti kehittää langattoman verkon liikennettä seuraava agentti joka tarkkailisi palvelun laatua. Agentti sijaitsisi matkapuhelimessa mitaten verkon liikennettä. Agenttia ei kuitenkaan voitu toteuttaa koska ohjelmistoympäristö todettiin vajaaksi. Joka tapauksessa työ osoitti että käyttäjän näkökulmasta tietoa kerääville agenteille on todellinen tarve.

Automatic Segmentation of the Eye in 3D Magnetic Resonance Imaging: A Novel Statistical Shape Model for Treatment Planning of Retinoblastoma.

PURPOSE: Proper delineation of ocular anatomy in 3-dimensional (3D) imaging is a big challenge, particularly when developing treatment plans for ocular diseases. Magnetic resonance imaging (MRI) is presently used in clinical practice for diagnosis confirmation and treatment planning for treatment of retinoblastoma in infants, where it serves as a source of information, complementary to the fundus or ultrasonographic imaging. Here we present a framework to fully automatically segment the eye anatomy for MRI based on 3D active shape models (ASM), and we validate the results and present a proof of concept to automatically segment pathological eyes. METHODS AND MATERIALS: Manual and automatic segmentation were performed in 24 images of healthy children's eyes (3.29 ± 2.15 years of age). Imaging was performed using a 3-T MRI scanner. The ASM consists of the lens, the vitreous humor, the sclera, and the cornea. The model was fitted by first automatically detecting the position of the eye center, the lens, and the optic nerve, and then aligning the model and fitting it to the patient. We validated our segmentation method by using a leave-one-out cross-validation. The segmentation results were evaluated by measuring the overlap, using the Dice similarity coefficient (DSC) and the mean distance error. RESULTS: We obtained a DSC of 94.90 ± 2.12% for the sclera and the cornea, 94.72 ± 1.89% for the vitreous humor, and 85.16 ± 4.91% for the lens. The mean distance error was 0.26 ± 0.09 mm. The entire process took 14 seconds on average per eye. CONCLUSION: We provide a reliable and accurate tool that enables clinicians to automatically segment the sclera, the cornea, the vitreous humor, and the lens, using MRI. We additionally present a proof of concept for fully automatically segmenting eye pathology. This tool reduces the time needed for eye shape delineation and thus can help clinicians when planning eye treatment and confirming the extent of the tumor.

Physical layer development in third generation protocol software architecture

Diplomityön tavoitteena oli kehittää kolmannen sukupolven fyysistä protokollakerrosta matkapuhelimen ohjelmistoarkkitehtuurille. Kolmannen sukupolven matkapuhelinjärjestelmät ovat aikaisempia järjestelmiä monimutkaisempia. Ohjelmiston koon ja monimutkaisuuden sekä aikataulujen kiireellisyyden vuoksi on tullut tarve ottaa käyttöön formaaleja menetelmiä ohjelmiston kehitystyöhön. Formaalit kuvauskielet mahdollistavat tarkan, yksiselitteisen ja simuloitavissa olevan järjestelmäkuvauksen muodostamisen. Fyysinen protokollakerros tarjoaa tiedon siirtoa ylemmille protokollakerroksille. Tämän tiedonsiirron hallinta vaatii protokollakerrosten välistä viestinvälitystä. Formaaleja kuvauskieliä käyttämällä voidaan viestinvälityksen toteutusta automatisoida ja siinä tarvittavaa logiikkaa havainnollistaa. Työssä suunniteltiin, toteutettiin ja testattiin ylempien protokollakerrosten kanssa kommunikoivaa osaa fyysisestä protokollakerroksesta. Tuloksena saatiin solunvalintatoiminnallisuuden vaatiman kommunikoinnin ja tilakoneen toteutus ohjelmistoarkkitehtuurissa. Ohjelmistonkehityksen alkuvaiheiden havaittiin olevan fyysisen kerroksen suorituskyvyn kannalta merkittävässä asemassa, koska tällöin viestinvälityksen optimointi on helpointa. Formaalit kuvauskielet eivät ole sellaisenaan täysin soveltuvia tarkoin määritellyn ohjelmistoarkkitehtuurin osien kehitykseen.

The Architecture of a Fourth Generation Mobile Network

Neljännen sukupolven mobiiliverkot yhdistävät saumattomasti televerkot, Internetin ja niiden palvelut. Alkuperin Internetiä käytettiin vain paikallaan pysyviltä tietokoneilta perinteisten televerkkojen tarjotessa puhelin- ja datapalveluita. Neljännen sukupolven mobiiliverkkojen käyttäjät voivat käyttää sekä Internetiin perustuvia että perinteisten televerkkojen palveluita liikkuessaankin. Tämä diplomityö esittelee neljännen sukupolven mobiiliverkon yleisen arkkitehtuurin. Arkkitehtuurin perusosat kuvaillaan ja arkkitehtuuria verrataan toisen ja kolmannen sukupolven mobiiliverkkoihin. Aiheeseen liittyvät Internet-standardit esitellään ja niiden soveltuvuutta mobiiliverkkoihin pohditaan. Langattomia, lyhyen kantaman nopeita liitäntäverkkotekniikoita esitellään. Neljännen sukupolven mobiiliverkoissa tarvittavia päätelaitteiden ja käyttäjien liikkuvuuden hallintamenetelmiä esitellään. Esitelty arkkitehtuuri perustuu langattomiin, lyhyen kantaman nopeisiin liitäntäverkkotekniikoihin ja Internet-standardeihin. Arkkitehtuuri mahdollistaa yhteydet toisiin käyttäjiin ilman tietoa heidän senhetkisestä päätelaitteesta tai sijainnista. Internetin palveluitavoidaan käyttää missä tahansa neljännen sukupolven mobiiliverkon alueella. Yleiskäytöistä liikkuvuuden hallintamenetelmää yhden verkon alueelle ehdotetaan. Menetelmää voidaan käyttää yhdessä esitellyn arkkitehtuurin kanssa.

Standardisation process of Universal Mobile Telecommunication System in Third Generation Partnership Project

Third Generation Partnership Project (3GPP) on organisaatio, joka määrittelee ja ylläpitää kolmannen sukupolven matkapuhelinverkon standardeja. Organisaatio luotiin monien eri standardointielinten toimesta havaittaessa, ettei maailmanlaajuista kolmannen sukupolven matkapuhelinteknologiaa voitaisi määritellä ilman laajaa yhteistyötä. 3GPP:ssä standardointityö on jakautunut usealle tekniselle määrittelyryhmälle. Jokaisen ryhmän tehtävänä on kehittää määrittelyjä ja raportteja omalla vastuualueellaan. 3GPP:ssä määrittelytyötä tehdään samanaikaisesti teknillisten määrittelyryhmien välillä. Tämä vaatii tiukkoja sääntöjä määrittelyjen luonti-, hyväksyntä- ja ylläpitotehtäviin. Vain siten on mahdollista hallita määrittelyihin tulevia muutoksia ja tarvittavaa kokonaistyömäärää. Tämä diplomityö kuvaa 3GPP:n määrittelemän UMTS-teknologian. Työssä keskitytään tarkemmin 3GPP-organisaation rakenteeseen, määritysten tekemiseen ja työskentelytapoihin. Tämä diplomityö osoittaa millainen organisaatio ja säännöt vaaditaan maailmanlaajuisen matkapuhelinjärjestelmän kehittämiseen.

Papaya seedlings growth using a low-cost, automatic watering controller

The study assessed growth and physiological parameters of 'Sunrise Golden' and 'Tainung 01' papaya seedlings grown in 280mL plastic tubes and watered using a low-cost automatic irrigation system adjusted to operate at substrate water tension for starting irrigation (STI) of 3.0, 6.0 or 9.0 kPa. The water depths applied by the dripping system and drainage were monitored during germination and seedling growth. Germination, emergence velocity index (EVI), leaf area, plant height, shoot and root dry weight, stomatal conductance, relative water content (RWC) and relative chlorophyll content (RCC) were evaluated. Soil nutrient levels were determined by electrical conductivity (EC). Water use efficiency (WUE) corresponded to the ratio of plant dry mass to depth of water applied. STI settings did not affect papaya germination or EVI. System configuration to 3.0 and 6.0 kPa STI exhibited the highest drainage and lowest EC and RCC, indicating soil nutrient loss and plant nutrient deficiency. Drainage was greater in tubes planted with the 'Tainung 01' variety, which developed smaller root systems and lower stomatal conductance than 'Sunrise Golden' seedlings. The highest values for shoot dry weight and WEU were obtained at 6.0 kPa STI for 'Sunrise Golden' (0.62 g and 0.69 g L-1) and at 9.0 kPa in 'Tainung 01' (0.35 g and 0.82 g L-1). RWC at 9.0 kPa STI was lower than at 3.0 kPa in both varieties. The results indicate that the low-cost technology developed for irrigation automation is promising. Even so, new studies are needed to evaluate low-flow irrigation systems as well as the nutrient and water needs of different papaya varieties.

Beyond the net generation debate: A comparison of digital learners in face-to-face and virtual universities

In the last decade, an important debate has arisen about the characteristics of today"s students due to their intensive experience as users of ICT. The main belief is that frequent use of technologies in everyday life implies that competent users are able to transfer their digital skills to learning activities. However, empirical studies developed in different countries reveal similar results suggesting that the"digital native" label does not provide evidence of a better use of technology to support learning. The debate has to go beyond the characteristics of the new generation and focus on the implications of being a learner in a digitalised world. This paper is based on the hypothesis that the use of technology to support learning is not related to whether a student belongs to the Net Generation, but that it is mainly influenced by the teaching model. The study compares behaviour and preferences towards ICT use in two groups of university students: face-to-face students and online students. A questionnaire was applied to a sample of students from five universities with different characteristics (one offers online education and four offer face-to-face education with LMS teaching support). Findings suggest that although access to and use of ICT is widespread, the influence of teaching methodology is very decisive. For academic purposes, students seem to respond to the requirements of their courses, programmes, and universities. There is a clear relationship between students" perception of usefulness regarding certain ICT resources and their teachers" suggested uses of technologies. The most highly rated technologies correspond with those proposed by teachers. The study shows that the educational model (face-to-face or online) has a stronger influence on students" perception of usefulness regarding ICT support for learning than the fact of being a digital native.

Product management in global sales operations

Työn tavoitteena oli määrittää myyntikonfiguraattorissa käytettävän tuotemallin yleinen rakenne. Ensin selvitettiin tuotemallin luomista ja konseptin suunnittelua kirjallisuuden ja asiantuntijoiden haastattelujen avulla. Asiantuntijoiden haastattelut toteutettiin vapaamuotoisesti kysymyslistaa apuna käyttäen. Tämän lisäksi työssä pohditaan sähköisen liiketoiminnan roolia sekä myyntikonfiguraattorin tulevaisuuden näkymiä. Diplomityössä käsitellään tuotemallia yleisellä tasolla. Toinen näkökulma käsittelee tuotemallia tietoteknisissä sovelluksissa käytettyjen menetelmien pohjalta. Tuotemallin muodostaminen aloitettiin asiakkaalle näkyvästä osasta eli myyntikonfiguraattorin ulkoasusta. Seuraava ongelma oli standardoida tuotetta ja tarjousta kuvaavat dokumentit globaalisti. Tähän ratkaisuun päädyttiin haastattelujen sekä asiantuntijoiden kokoontumisien pohjalta. Loppuosa diplomityöstä käsittelee myyntikonfiguraattorin asemaa kohdeyrityksen sähköisessä liiketoiminnassa sekä esittelee erään näkemyksen myyntikonfiguraattorin yhteenliittymästä asiakashallinta- ja tuotetiedonhallinta järjestelmiin. Diplomityössä saavutettiin asetetut tavoiteet: Myyntikonfigurattori yhtenäistää kohdeyrityksen hinnoittelua globaalisti, nopeuttaa tarjouksentekoprosessia, helpottaa uuden tuotteen lanseerausta ja standardoi tuotemallin globaalisti. Myyntikonfiguraattorin integrointi muihin tietojärjestelmiin tehostaa myynnin toimintoja. Haasteeksi jää loppukäyttäjien kannustaminen tehokkaaseen käyttöön sekä ylläpidon toteuttaminen. Ilman käyttäjiä ja heidän innostustaan voi projekti menettää johdon luottamuksen.

Local Services in a Fourth Generation Mobile Network

Neljännen sukupolven mobiiliverkot kokoaa kaikki tietoliikenneverkot ja palvelut Internetin ympärille. Tämä mullistus muuttaa vanhat vertikaaliset tietoliikenneverkot joissa yhden tietoliikenneverkon palvelut ovat saatavissa vain kyseisen verkon päätelaitteille horisontaaliseksi malliksi jossa päätelaitteet käyttävät omaa verkkoansa pääsynä Internetin palveluihin. Tämä diplomityö esittelee idean paikallisista palveluista neljännen sukupolven mobiiliverkossa. Neljännen sukupolven mobiiliverkko yhdistää perinteiset televerkkojen palvelut ja Internet palvelut sekä mahdollistaa uuden tyyppisten palveluiden luonnin. TCP/IP protokollien ja Internetin evoluutio on esitelty. Laajakaistaiset, lyhyen kantaman radiotekniikat joita käytetään langattomana yhteytenä Internetiin on käsitelty. Evoluutio kohti neljännen sukupolven mobiiliverkkoja on kuvattu esittelemällä vanhat, nykyiset ja tulevat mobiiliverkot sekä niiden palvelut. Ennustukset palveluiden ja markkinoiden tulevaisuuden kehityksestä on käsitelty. Neljännen sukupolven mobiiliverkon arkkitehtuuri mahdollistaa paikalliset palvelut jotka ovat saatavilla vain yhdessä paikallisessa 4G verkossa. Paikalliset palvelut voidaan muunnella jokaiselle käyttäjälle erikseen käyttäen profiili-informaatiota ja paikkatietoa. Työssä on pohdittu paikallisten palveluiden käyttökelpoisuutta ja mahdollisuuksia käyttäen Lappeenrannan teknillisen korkeakoulun 4G projektin palvelupilotin tuloksia.

Priming psychic and conjuring abilities of a magic demonstration influences event interpretation and random number generation biases

Magical ideation and belief in the paranormal is considered to represent a trait-like character; people either believe in it or not. Yet, anecdotes indicate that exposure to an anomalous event can turn skeptics into believers. This transformation is likely to be accompanied by altered cognitive functioning such as impaired judgments of event likelihood. Here, we investigated whether the exposure to an anomalous event changes individuals' explicit traditional (religious) and non-traditional (e.g., paranormal) beliefs as well as cognitive biases that have previously been associated with non-traditional beliefs, e.g., repetition avoidance when producing random numbers in a mental dice task. In a classroom, 91 students saw a magic demonstration after their psychology lecture. Before the demonstration, half of the students were told that the performance was done respectively by a conjuror (magician group) or a psychic (psychic group). The instruction influenced participants' explanations of the anomalous event. Participants in the magician, as compared to the psychic group, were more likely to explain the event through conjuring abilities while the reverse was true for psychic abilities. Moreover, these explanations correlated positively with their prior traditional and non-traditional beliefs. Finally, we observed that the psychic group showed more repetition avoidance than the magician group, and this effect remained the same regardless of whether assessed before or after the magic demonstration. We conclude that pre-existing beliefs and contextual suggestions both influence people's interpretations of anomalous events and associated cognitive biases. Beliefs and associated cognitive biases are likely flexible well into adulthood and change with actual life events.