Evaluation of follicular lymphoid depletion in the Bursa of Fabricius: an alternative methodology using digital image analysis and artificial neural networks

Fifty Bursa of Fabricius (BF) were examined by conventional optical microscopy and digital images were acquired and processed using Matlab® 6.5 software. The Artificial Neuronal Network (ANN) was generated using Neuroshell® Classifier software and the optical and digital data were compared. The ANN was able to make a comparable classification of digital and optical scores. The use of ANN was able to classify correctly the majority of the follicles, reaching sensibility and specificity of 89% and 96%, respectively. When the follicles were scored and grouped in a binary fashion the sensibility increased to 90% and obtained the maximum value for the specificity of 92%. These results demonstrate that the use of digital image analysis and ANN is a useful tool for the pathological classification of the BF lymphoid depletion. In addition it provides objective results that allow measuring the dimension of the error in the diagnosis and classification therefore making comparison between databases feasible.

Communicative Purposes of Press Releases Announcing Reduction in Workforce

Tämä tutkielma käsittelee kaupallisten yhtiöiden julkaisemia lehdistötiedotteita, joissa ilmoitetaan henkilöstövähennyksistä. Erityisenä tutkimuskohteena ovat lehdistötiedotteiden informatiiviset ja promotionaaliset päämäärät ja tarkoitukset sekä näiden päämäärien ja tarkoitusten ilmentyminen tekstin retorisen rakenteen, valittujen retoristen strategioiden sekä leksikaalisten ja kieliopillisten valintojen kautta. Tutkimuksen aineisto koostuu 50 englanninkielisestä lehdistötiedotteesta, jotka sisältävät ilmoituksen henkilöstövähennyksistä. Lehdistötiedotteet kerättiin yritysten verkkosivuilta. Tutkimuksen teoreettisena viitekehityksenä toimivat soveltavan kielentutkimuksen alalla erityisesti ammattikielentutkimuksessa (ESP, English for Specific Purposes) laajalti käytetty Swalesin (1990) tekstilajia (genre) koskeva määritelmää ja Bhatian (1993) kehittämä geneerisen analyysin malli. Ennen aineiston kielitieteellistä analysointia tutkimuksessa perehdyttiin Bhatian (1993) mallin mukaisesti lehdistötiedotteiden historiaan, kohdeyleisöihin, diskurssiyhteisöön ja sen tuottamiin muihin tekstilajeihin, aikaisempiin lehdistotiedotteita käsitteleviin kielitieteellisiin tutkimuksiin sekä erityisesti yritysten henkilövähennyksiin liittyvään tilannekontekstiin. Kielitieteellisessä analyysissä tutkittavista teksteistä tunnistettiin kahdeksan retorista vaihetta (move), jotka olivat tyypillisiä tutkituille teksteille. Kunkin retorisen vaiheen yksittäiset ilmentymät koottiin yhteen erillisiksi aineistoiksi, joista pyrittiin tunnistamaan kullekin vaiheelle tyypilliset retoriset strategiat sekä toistuvat leksikaaliset ja kieliopilliset valinnat. Tutkimuksessa todettiin, että vaikka tutkittujen lehdistötiedotteiden pääasiallinen tarkoitus oli yhtiön toiminnasta tiedottaminen, niillä oli myös promotionaalinen päämäärä, joka ilmeni mm. pyrkimyksenä välittää yhtiöstä mahdollisimman positiivinen kuva eri kohdeyleisöille, erityisesti sijoittajille. Tämän positiivisen kuvan välittämiseen käytettyjä keinoja olivat mm. odotettavissa olevien saavutusten korostaminen, ulkoisten tekijöiden nimeäminen nykyisen tilanteen aiheuttajaksi, passiivin käyttö sekä erilaiset yrityksen julkisen kuvan säilyttämiseen pyrkivät (face-saving) strategiat.

An alternative finite element formulation for determination of streamlines in two-dimensional problems

It is well known that the numerical solutions of incompressible viscous flows are of great importance in Fluid Dynamics. The graphics output capabilities of their computational codes have revolutionized the communication of ideas to the non-specialist public. In general those codes include, in their hydrodynamic features, the visualization of flow streamlines - essentially a form of contour plot showing the line patterns of the flow - and the magnitudes and orientations of their velocity vectors. However, the standard finite element formulation to compute streamlines suffers from the disadvantage of requiring the determination of boundary integrals, leading to cumbersome implementations at the construction of the finite element code. In this article, we introduce an efficient way - via an alternative variational formulation - to determine the streamlines for fluid flows, which does not need the computation of contour integrals. In order to illustrate the good performance of the alternative formulation proposed, we capture the streamlines of three viscous models: Stokes, Navier-Stokes and Viscoelastic flows.

Rapid diagnosis of resistance to imidazolinone herbicides in barnyardgrass (Echinochloa crus-galli) and control of resistant biotypes with alternative herbicides

The resistance of barnyardgrass (Echinochloa crus-galli) to imidazolinone herbicides is a worldwide problem in paddy fields. A rapid diagnosis is required for the selection of adequate prevention and control practices. The objectives of this study were to develop expedite bioassays to identify the resistance to imidazolinone herbicides in barnyardgrass and to evaluate the efficacy of alternative herbicides for the post-emergence control of resistant biotypes. Three experiments were conducted to develop methods for diagnosis of resistance to imazethapyr and imazapyr + imazapic in barnyardgrass at the seed, seedling and tiller stages, and to carry out a pot experiment to determine the efficacy of six herbicides applied at post-emergence in 13 biotypes of barnyardgrass resistant to imidazolinones. The seed soaking bioassay was not able to differentiate the resistant and susceptible biotypes. The resistance of barnyardgrass to imidazolinones was effectively discriminated in the seedlings and tiller bioassays seven days after incubation at the concentrations of 0.001 and 0.0001 mM, respectively, for both imazethapyr and imazapyr + imazapic. The biotypes identified as resistant to imidazolinones showed different patterns of susceptibility to penoxsulam, bispyribac-sodium and pyrazosulfuron-ethyl, and were all controlled with profoxydim and cyhalofop-butyl. The seedling and tiller bioassays are effective in the diagnosis of barnyardgrass resistance to imidazolinone herbicides, providing an on-season opportunity to identify the need to use alternative herbicides to be applied at post-emergence for the control of the resistant biotypes.

An Alternative American Approach to Repositories

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Resistence of Radish Biotypes to Iodosulfuron and Alternative Control

The repetitive use of iodosulfuron for the control of weeds in winter cereals in the south of Brazil has favored the emergence of resistant Raphanus sativus biotypes. The objective of this study was to evaluate: the response of Raphanus sativus biotypes susceptible and resistant to different dosages of iodosulfuron; the control of biotypes with alternative registered herbicides for the control of the species in crops of wheat, corn and soybean; and the existence of cross-resistance of the biotypes. Thus, four experiments were done in a greenhouse, with a completely randomized design and four replicates. The experimental units were composed of vases with a volumetric capacity of 0.75 L filled with substrate, containing a plant each. For the dose-response curve, three biotypes (factor A) and nine doses of the iodosulfuron herbicide (factor B) were used. For the alternative control, the recommendation was herbicides in pre or postemergence of the crops, and the crossed-resistance was evaluated by using herbicides that inhibit the ALS enzyme of different chemical groups. The analyzed variables were control and shoot dry matter. GR50 of the susceptible biotype (B1) was 0.11 g a.i. ha-1, whereas GR50 of resistant biotypes (B4 and B13) was 102.9 and 86.8 g a.i. ha-1 of the iodosulfuron herbicide, respectively. The resistant biotypes presented crossed resistance to herbicides that inhibit the ALS enzyme, where the control can be efficient with the use of herbicides with different action mechanisms.

Elasticsearch as a new search engine for Invenio and more

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Kaksi tietä huipulle. Media ja puoluejohtajuus Suomessa naisten noususta populismin aaltoon

Tässä väitöskirjassa tarkastellaan suomalaisen puoluejohtajuuden ja suuren puolueen johtajaksi nousun murroskautta 1980-luvun lopulta 2010-luvulle median ja politiikan vuorovaikutuksen näkökulmasta. Puolueiden johtaminen on myös Suomessa ollut miesten työtä, ja perinteisesti tehtävään on ollut yksi väylä: asettuminen ehdolle puheenjohtajavaalissa ja valituksi tulo puoluekokouksessa. Tarkastelujakson alkupuolella naisia oli Suomessa ensimmäistä kertaa ehdolla suurten puolueiden puheenjohtajavaaleissa. Kauden loppupuolella heitä myös valittiin tuohon tehtävään ja ensimmäiset naiset nousivat pääministeriksi. Tämä historiallinen murros päätti liki satavuotisen perinteen, jossa miehet ovat olleet Suomessa sekä suurten puolueiden että hallitustyön johtajia. Julkisessa keskustelussa kysymys tasa-arvosta jäi toissijaiseksi: naisia alettiin valita puoluejohtajiksi tilanteissa, joissa heidän valintansa nähtiin puolueille edulliseksi. Naisen valinta tulkittiin miehen valintaa merkittävämmäksi symboliseksi viestiksi, johon liitettiin ajatuksia uudistumisesta ja puolueen julkisuuskuvan parantamisesta. Merkille pantavaa on, että naisten ensimmäiset valinnat suurten puolueiden johtajiksi tapahtuivat vaiheessa, jossa puoluejohtajien valta-asema on vahvin kautta suomalaisen poliittisen historian. Tässä valossa näyttää siltä, että valta ei aina pakenekaan naisilta. Vaikka suomalainen yhteiskunta ja suomalaiset naiset ovat monessa mielessä olleet edelläkävijöitä tasa-arvon suhteen, politiikan johtopaikkoja tavoitelleet naiset ovat meilläkin kohdanneet kansainvälisessä tutkimuksessa naisten haasteeksi osoitettuja lasikattoja, pyöröovia ja liukkaita jyrkänteitä. Tutkittavan ajanjakson aikana konkretisoitui myös toinen mahdollinen, joskin poikkeuksellinen reitti suuren puolueen johtajaksi: pienen puolueen nouseminen suurten joukkoon eduskuntavaaleissa. Tämä vaihtoehto toteutui vuonna 2011 perussuomalaisten eduskuntavaalivoiton myötä. Perussuomalaisten nousu eduskunnan pienimmästä puolueesta kolmanneksi suurimmaksi mursi perinteisen kolmen suuren puolueen asetelman. Puolueen menestyksen seuraukset ovat olleet kauaskantoisemmat kuin ehkä ensin ajateltiin: perussuomalaisten vaalivoiton sosiaalidemokraateille, keskustalle, ja kokoomukselle aiheuttama järkytys heijastui myöhemmin myös niiden johtajavaihdoksiin ja -valintoihin. Sekä naisten läpimurrossa että populismin voittokulussa median rooli oli monisyisempi kuin siihen perinteisesti liitetty tiedon välittäjän ja valtaa pitävien toimia kriittisesti seuraavan neljännen valtiomahdin tehtävänkuva. Tutkittavalla jaksolla tiedotusvälineet tekivät onnistuneen intervention politiikan osapuoleksi. Toimittajat ottivat kantaa valintoihin ja ohjeistivat puolueita, ja puolueet taas mukauttivat näkyvyyden maksimoidakseen käytäntöjään median tarpeisiin. 1980-luvun lopulta 2010-luvulle ulottuvalla jaksolla suuren puolueen puoluejohtajaksi valikoitumisen kriteerit muuttuivat, samalla kun median merkitys johtajavalinnoissa ja myös puoluejohtajan käytännön työssä kasvoi. Mediasta tuli aiempaa konkreettisemmin johtajavalintojen ja valtakamppailun areena, ja siihen liittyvät näkökohdat nousivat myös keskeisiksi johtajan taitoja arvioitaessa. Kuka ehdokkaista toisi näkyvyyttä, ”pärjäisi” median paineissa ja vakuuttaisi äänestäjät? Vielä 1980- ja 1990-lukujen taitteessa johtajavalinnat olivat pitkälti puolueorganisaatioiden hallinnoimia prosesseja, joista lehdistö raportoi askeleen jäljessä kulkien. Viimeistään 2000-luvun ensimmäisellä vuosikymmenellä puolueet omaksuivat ajatuksen median hyödyllisyydestä. Tämän strategisen muutoksen myötä puolueet tulivat samalla luovuttaneeksi määriteltyvaltaa oman organisaationsa ulkopuolelle. Kokoomuksen vuoden 2014 johtajavaalissa silmiinpistävää oli pyrkimys sekä hyötyä julkisuudesta että palauttaa valtaa takaisin puolueelle. Politiikan mediajulkisuuden alttius tarttua myyviin poliitikkopersooniin, ilmiöihin, ristiriitoihin ja draamaan sekä vastaavasti populistijohtaja Timo Soinin ja perussuomalaisten kyky tarjota kaikkia näitä auttoivat puolueen suurvoittoon vuoden 2011 eduskuntavaaleissa. Organisaatioltaan pieni ja johtajaansa henkilöityvä puolue sai selvästi poliittista painoarvoaan suuremman julkisuuden, koska kiinnostavuus määritti näkyvyyden ja puolueen nousevasta kannatuksesta tuli yksi vaalien pääaiheista. Median ja politiikan suhteessa tapahtuneet muutokset olivat vauhdittamassa niin naisten nousua suurten puolueiden johtajiksi kuin populistisen johtajuuden läpimurtoa ja perussuomalaisten menestystä. Koska suurten puolueiden johtajista valikoituvat myös pääministerit, näiden muutosten vaikutus ulottuu Suomen poliittisesti vaikutusvaltaisimpaan tehtävään asti.

Alternative procedures for parent choice in a breeding program for the common bean (Phaseolus vulgaris L.)

Six common bean cultivars were crossed in diallel and the segregant populations were assessed in the F2 and F3 generations to compare methodologies for parental selection in a breeding program based on hybridization. The cultivars involved in the diallel were A 114, A 77, ESAL 686, Milionário, Carioca, and Flor de Mayo. The segregant F2 and F3 generations were assessed on the experimental campus of the Universidade Federal de Larvas, in July 1994. It was found that the cultivars differed in their general combining ability (GCA). Flor de Mayo, which belongs to the Durango race, had the largest positive GCA estimate for grain field, and the cultivars from the Mesoamerican race, Milionário and A 114, the smallest GCA estimates. For flowering, the cultivar that most contributed to reduced plant cycle was ESAL 686. There was agreement among the results obtained from the diallel and the estimates of the parameter m + a of the populations. However, it was evident that the estimate of genetic variance of the populations should be considered as a condition to identify the hybrid population that will produce a line with high performance.

Alternative oxidase in the branched mitochondrial respiratory network: an overview on structure, function, regulation, and role

Plants and some other organisms including protists possess a complex branched respiratory network in their mitochondria. Some pathways of this network are not energy-conserving and allow sites of energy conservation to be bypassed, leading to a decrease of the energy yield in the cells. It is a challenge to understand the regulation of the partitioning of electrons between the various energy-dissipating and -conserving pathways. This review is focused on the oxidase side of the respiratory chain that presents a cyanide-resistant energy-dissipating alternative oxidase (AOX) besides the cytochrome pathway. The known structural properties of AOX are described including transmembrane topology, dimerization, and active sites. Regulation of the alternative oxidase activity is presented in detail because of its complexity. The alternative oxidase activity is dependent on substrate availability: total ubiquinone concentration and its redox state in the membrane and O2 concentration in the cell. The alternative oxidase activity can be long-term regulated (gene expression) or short-term (post-translational modification, allosteric activation) regulated. Electron distribution (partitioning) between the alternative and cytochrome pathways during steady-state respiration is a crucial measurement to quantitatively analyze the effects of the various levels of regulation of the alternative oxidase. Three approaches are described with their specific domain of application and limitations: kinetic approach, oxygen isotope differential discrimination, and ADP/O method (thermokinetic approach). Lastly, the role of the alternative oxidase in non-thermogenic tissues is discussed in relation to the energy metabolism balance of the cell (supply in reducing equivalents/demand in energy and carbon) and with harmful reactive oxygen species formation.

Feasibility study of submerged membrane bioreactor (MBR) as an alternative to conventional activated sludge process (CASP) for municipal wastewater treatment: A pilot scale study

The conventional activated sludge processes (CAS) for the treatment of municipal wastewater are going to be outdated gradually due to more stringent environmental protection laws and regulations. The Membrane bioreactors (MBRs) are the most promising modern technology widely accepted in the world of wastewater treatment due to their highly pronounced features such as high quality effluent, less foot print and working under high MLSS concentration. This research project was carried out to investigate the feasibility and effectiveness of MBR technology compare to the CAS process based on the scientific facts and results. The pilot scale MBR pilot plant was run for more than 150 days and the analysis results were evaluated. The prime focus of the project was to evaluate the correlation of permeate flux under different operating MLSS concentrations. The permeate flux was found almost constant regardless of variations in MLSS concentrations. The removal of micropollutant such as heavy metals, PCPPs, PFCs, steroidal hormones was also studied. The micropollutant removal performance of MBR process was found relatively effective than CAS process. Furthermore, the compatibility of submerged membranes within the bioreactor had truly reduced the process footprint.

Galectin-1, an alternative signal for T cell death, is increased in activated macrophages

Galectin-1 belongs to an evolutionarily conserved family of animal ß-galactoside-binding proteins, which exert their functions by crosslinking the oligosaccharides of specific glycoconjugate ligands. During the past decade, attempts to identify the functional role of galectin-1 suggested participation in the regulation of the immune response. Only in the last few years has the molecular mechanism involved in these properties been clearly elucidated, revealing a critical role for galectin-1 as an alternative signal in the generation of T cell death. In the present study we will discuss the latest advances in galectin research in the context of the regulation of the immune response, not only at the central level but also at the periphery. Moreover, we will review the purification, biochemical properties and functional significance of a novel galectin-1-like protein from activated rat macrophages, whose expression is differentially regulated according to the activation state of the cells. The novel role of a carbohydrate-binding protein in the regulation of apoptosis is providing a breakthrough in galectin research and extending the interface between immunology, glycobiology and clinical medicine.

Alternative mitochondrial functions in cell physiopathology: beyond ATP production

It is well known that mitochondria are the main site for ATP generation within most tissues. However, mitochondria also participate in a surprising number of alternative activities, including intracellular Ca2+ regulation, thermogenesis and the control of apoptosis. In addition, mitochondria are the main cellular generators of reactive oxygen species, and may trigger necrotic cell death under conditions of oxidative stress. This review concentrates on these alternative mitochondrial functions, and their role in cell physiopathology.