Studies on the structure of the chromosomes - I. Allium cepa-Stain fixatives and their utility

The structure of the mitotic chromosomes of Allium cepa has been elucidated by controlling the temperature and time of exposure of fresh roots to stain fixatives. The details seen in material stained in N HCl-orcein for 8 min. at 60° C. and squashed after varying intervals of storage at room temperature were essentially similar to pictures obtained with 1% aceto-orcein and 1% aceto-orcein-N HCl (10:1) under identical conditions of handling. The chromosomes appear quadri-partite at metaphase and bi-partite at anaphase. A rare instance of the precocious assumption of a quadri-partite condition by two anaphase chromosomes is illustrated. Caduceus coiling of chromonemata was seen in chromosome bridges also. Chromosomes have material easily dissociable from the chromonemata and their removal does not affect the structural integrity of the chromosome.

Suite of tools for statistical N-gram language modeling for pattern mining in whole genome sequences

Genome sequences contain a number of patterns that have biomedical significance. Repetitive sequences of various kinds are a primary component of most of the genomic sequence patterns. We extended the suffix-array based Biological Language Modeling Toolkit to compute n-gram frequencies as well as n-gram language-model based perplexity in windows over the whole genome sequence to find biologically relevant patterns. We present the suite of tools and their application for analysis on whole human genome sequence.

Cytotoxicity of Ultrasmall Gold Nanoparticles on Planktonic and Biofilm Encapsulated Gram-Positive Staphylococci

The emergence of multidrug resistant bacteria, especially biofilm-associated Staphylococci, urgently requires novel antimicrobial agents. The antibacterial activity of ultrasmall gold nanoparticles (AuNPs) is tested against two gram positive: S. aureus and S. epidermidis and two gram negative: Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa strains. Ultrasmall AuNPs with core diameters of 0.8 and 1.4 nm and a triphenylphosphine-monosulfonate shell (Au0.8MS and Au1.4MS) both have minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration of 25 x 10(-6)m Au]. Disc agar diffusion test demonstrates greater bactericidal activity of the Au0.8MS nanoparticles over Au1.4MS. In contrast, thiol-stabilized AuNPs with a diameter of 1.9 nm (AuroVist) cause no significant toxicity in any of the bacterial strains. Ultrasmall AuNPs cause a near 5 log bacterial growth reduction in the first 5 h of exposure, and incomplete recovery after 21 h. Bacteria show marked membrane blebbing and lysis in biofilm-associated bacteria treated with ultrasmall AuNP. Importantly, a twofold MIC dosage of Au0.8MS and Au1.4MS each cause around 80%-90% reduction in the viability of Staphylococci enveloped in biofilms. Altogether, this study demonstrates potential therapeutic activity of ultrasmall AuNPs as an effective treatment option against staphylococcal infections.

Tratado de pazes, entre os serenissimos e poderosissimos Principes D. Carlos II, Rey Catholico, e D. Afonso VI, Rey de Portugal, feito, e concluso no Convento de Sancto Eloy da Cidade de Lisboa, aos 13 de fevereiro de 1668 : sendo mediator o serenissimo, e poderosissimo Principe Carlos II, Rey da Gram Bretanha

Analisa esse tratado que põe fim às guerras da Restauração de Portugal, mandando devolver a cada uma das partes as conquistas que à outra tiverem feito. Nas colônias, a paz passaria a vigorar um ano após a sua publicação, dado o tempo necessário para que a notícia chegasse à América e à Ásia.

Tratado definitivo de paz, e união entre os serenissimos, e potentissimos Principes D. Joseph I. Rey Fidelissimo de Portugal, e dos Algarves, Jorge III, Rey da Gram Bretanha, de huma parte, Luiz XV, Rey Christianissimo de França, e D. Carlos III, Rey Catholico de Hespanha, da outra parte assignado em Pariz a dez de fevereiro de mil setecentos sessenta e tres :como plenos poderes, e ratificaçoens dos quatro monarcas contratantes, ajustando-se os actos que se passarão no dia 9 de março do mesmo anno, em que as ditas ratificações forão trocadas na mesma Corte de Pariz

Na Europa Central, onde ocorreram as principais batalhas terrestres, chamou-se Guerra dos Sete Anos; na Inglaterra, que foi a principal vencedora, chamou-se A Grande Guerra do Império; Nos Estados Unidos e no Canadá, que passou a ser inglês ao final dos combates, chamou-se de Guerra Franco-Índia.

Documentos officiaes relativos à negociação do tractado entre Portugal e a Gram Bretanha para a supressão do trafico da escravatura : mandados imprimir por ordem da Camara dos Senadores

O Parlamento Britânico adotou, em 1840, uma lei proposta por Lord Palmerston, autorizando os navios de guerra britânica a "capturar, em todos os mares as embarcações que, com bandeira portuguesa, se empreguem ou sejam suspeitas de empregar-se no tráfico da escravatura". O Visconde de Sá Bandeira, que havia negociado com o governo inglês vários acordos e projetos de tratados, escreveu um livro sobre o assunto, onde há informações históricas importantes não só a respeito da escravidão nas colônias portuguesas como nas inglesas, nas dinamarquesas, francesas, espanholas e nos Estados Unidos. O presente exemplar é autografado pelo autor.

Caracterização molecular de bastonetes Gram positivos irregulares e actinomicetos aeróbios obtidos de espécimes clínicos, de ensaios de esterilidade e de áreas limpas

Os bastonetes Gram positivos irregulares (BGPIs) compõem um grupo de espécies bacterianas com ampla diversidade fenotípica e que podem estar presente no meio ambiente, na microbiota humana e de animais. A identificação acurada de BGPIs em nível de gênero e espécie empregando métodos bioquímicos convencionais é bastante limitada, sendo recomendado, portanto, o uso de técnicas moleculares. No presente estudo, foram identificadas amostras de BGPIs oriundas de espécimes clínicos de humanos, de produtos farmacêuticos e de áreas limpas através da análise de sequencias do gene 16S rRNA e de outros genes conservados (housekeeping genes). Os resultados obtidos pelo sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB demonstraram C. striatum multi-resistente (MDR) como responsável por surto epidêmico em ambiente hospitalar da cidade do Rio de Janeiro. Quinze cepas de C. striatum foram isoladas em cultura pura a partir de secreção traqueal de pacientes adultos submetidos a procedimentos de entubação endotraqueal. A análise por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) indicou a presença de quatro perfis moleculares, incluindo dois clones relacionados com cepas MDR (PFGE I e II). Os dados demonstram a predominância de PFGE I entre cepas MDR isoladas de unidades de terapia intensiva e enfermarias cirúrgicas. Uma potencial ligação causal entre a morte e a infecção por C. striatum MDR (PFGE tipos I e II) foi observada em cinco casos. Adicionalmente, acreditamos que este seja o primeiro estudo de identificação de espécies de Nocardia relacionadas com infecções humanas pela análise da sequencia multilocus (MLSA) no Brasil. Diferente dos dados observados na literatura (1970 a 2013) e obtidos pelos testes fenotípicos convencionais, a caracterização molecular de quatro lócus (gyrB-16S-secA1-hsp65) permitiu a identificação das espécies N. nova, N. cyriacigeorgica, N. asiatica e N. exalbida/gamkensis relacionadas com quadros de nocardiose em humanos. Cepas de N. nova isoladas de diferentes materiais clínicos de um único paciente apresentaram padrões de susceptibilidade antimicrobianos idênticos e dois perfis PFGE, indicando a possibilidade de quadros de co-infecção por N. nova em humanos. Em outra etapa da investigação, amostras de BGPIs obtidos de ambientes de salas limpas que não puderam ser identificadas por critérios convencionais foram submetidas a análise da sequência do gene 16S rRNA e caracterizadas 95,83% em nível de gênero e 35,42% em espécies. Para gêneros mais encontrados no estudo, foram analisados os genes rpoB e recA de dezessete cepas de Microbacterium e utilizado o MLSA para a identificação de sete cepas identificadas como Streptomyces. Os ensaios permitiram a identificação de três cepas de Microbacterium e de uma única amostra de Streptomyces ao nível de espécie. A análise da sequencia do gene rpoB também se mostrou eficaz na identificação de espécies de cepas de Corynebacterium. Finalmente, para as cepas ambientais pertencentes à classe Actinobacteria os dados morfológicos, bioquímicos e genotípicos permitiram documentar a cepa 3117BRRJ como representante de uma nova espécie do gênero Nocardioides, para o qual o nome Nocardioides brasiliensis sp. nov. e as cepas 3712BRRJ e 3371BRRJ como representante de um novo gênero e espécie para o qual o nome Guaraldella brasiliensis nov. foi proposto.

Caracterização de Bacilos Gram-Negativos Não Fermentadores não usuais em bacteremias pelas técnicas de Matrix-Assisted Laser Desorption IonizationTime of Flight Mass Spectrometry, sequenciamento de DNA e método fenotípico convencional

Alguns Bastonetes Gram-negativos não fermentadores (BGNNF) costumam ser considerados clinicamente pouco significantes e a sua implicação em infecções é subestimada. Devido à similaridade fenotípica, mudanças taxonômicas, baixa reatividade bioquímica e limitações nos bancos de dados em sistemas comerciais, a identificação de BGNNF é frequentemente equivocada, culminando com a denominação de diferentes micro-organismos apenas como BGNNF, por falta de melhor diferenciação. O objetivo desse estudo foi avaliar, por métodos fenotípico convencional, proteômico e molecular, a identificação de BGNNF incomuns isolados em hemoculturas de pacientes atendidos em um hospital universitário no Rio de Janeiro. Foram selecionadas 78 amostras isoladas de hemoculturas caracterizadas no laboratório clinico como BGNNF para a identificação por sequenciamento dos genes 16S RNA e recA, por um conjunto amplo de testes fenotípicos manuais e por MALDI-TOF MS. Os micro-organismos predominantes na amostragem foram genotipados pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, a maioria das amostras (n=31; 40%) foi incluída no gênero Burkholderia, seguido de Pseudomonas stutzeri (10%) e Delftia acidovorans (4%). Os demais isolados foram agrupados em 27 diferentes espécies. O sequencimento do gene recA identificou a maioria das espécies de Burkholderia como Burkholderia contaminans (n=19; 24%). Os testes fenotípicos incluíram as 31 amostras apenas no CBc e para as outras 47 amostras, a concordância com o sequenciamento do gene 16S rRNA em nível de espécie foi de 64% (n=30) e apenas em gênero a concordância foi de 17% (n=8). A análise comparativa geral da identificação por MALDI-TOF MS com o sequenciamento do gene16S rRNA mostrou que 42% (n=33) das 78 amostras foram concordantes em nível de espécie e 45% (n=35) apenas em gênero. Excluindo as amostras do CBc, houve um aumento da concordância em nível de espécie para 60%. As discordâncias parecem ser devido às diferenças nos perfis proteicos das amostras em relação às amostras-referência do banco de dados do equipamento e podem ser aprimorados com a atualização de perfis no sistema. A análise do polimorfismo genético de B. contaminans mostrou a ausência de um clone disseminado causando surto, além da provável origem ambiental das infecções. Os setores de nefrologia e hemodiálise contribuíram com maior número de pacientes com amostras positivas (5 pacientes e 9 amostras). Os grupos clonais BcoD e BcoE foram encontrados em pacientes assistidos no mesmo setor com diferença de quatro meses (BcoD, nefrologia) e 1,5 ano (BcoE, hemodilálise), entre as culturas, respectivamente. As discordâncias entre as técnicas ocorreram principalmente devido a dificuldade de identificação das espécies do CBc. Os BGNNF incomuns são de difícil caracterização independente da metodologia usada e nenhum método por si só foi capaz de identificar todas as amostras.

Distribution of rDNA in the nucleus of Giardia lamblia - Detection by Ag-I silver stain

OBJECTIVE: To determine whether rDNA of Giardia lamblia forms a nucleolus organizer region (NOR)-like structure and is in a very primitive state. STUDY DESIGN: G lamblia was used as the experimental animal, with Euglena gracilis as the control. The distribution was demonstrated indirectly by the modified Ag-I silver technique, which can specifically indicate the NOR under both light and electron microscopes. RESULTS: In the ultrathin sections of silver-stained Euglena cells, all the silver grains were concentrated in the fibrosa of the nucleolus, while no grains found in the cytoplasm, nucleoplasm, condensed chromosomes or pars granulosa of the nucleus. In the silver-stained Giardia cells, no nucleolus was found; a few silver grains were scattered in the nucleus but were not concentrated in any specific region. CONCLUSION: The distribution of silver grains in G lamblia showed that the transcription of rDNA occurs inside the nucleus, though no nucleolus is present. It is possible that chromosomes are in a very primitive state in diplomonad cells; as each chromosome has few prRNA genes, the transcription is independent of a nucleolus. These results imply that the rDNA of Giardia does not form a NOR-like structure and seems to represent a very primitive state in the evolution of the nucleolus.

N-gram posterior probability confidence measures for statistical machine translation: An empirical study

We report an empirical study of n-gram posterior probability confidence measures for statistical machine translation (SMT). We first describe an efficient and practical algorithm for rapidly computing n-gram posterior probabilities from large translation word lattices. These probabilities are shown to be a good predictor of whether or not the n-gram is found in human reference translations, motivating their use as a confidence measure for SMT. Comprehensive n-gram precision and word coverage measurements are presented for a variety of different language pairs, domains and conditions. We analyze the effect on reference precision of using single or multiple references, and compare the precision of posteriors computed from k-best lists to those computed over the full evidence space of the lattice. We also demonstrate improved confidence by combining multiple lattices in a multi-source translation framework. © 2012 The Author(s).