Influencias del estres a baja temperatura y ph acido en clostridium perfringens tipo A

Tesis (Doctorado en Ciencias con Especialidad en Microbiología) UANL

Identification in silico d’éléments de réponse de récepteurs nucléaires impliqués dans le cancer du sein

La croissance de deux tiers des tumeurs mammaires dépend des œstrogènes. Le réseau de gènes responsable de propager les signaux prolifératifs des œstrogènes est encore mal connu. Des micropuces d’ADN de cellules de carcinome mammaire MCF7 traitées à l’œstradiol (E2) avec ou sans l’inhibiteur de synthèse protéique cycloheximide (CHX) ont permis d’identifier de nombreux gènes cibles primaires et secondaires. La séquence des promoteurs des gènes cibles a été criblée à l’aide d’une banque de 300 matrices modélisant les sites reconnus par divers facteurs de transcription. Les éléments de réponse aux œstrogènes (ERE) sont enrichis dans les promoteurs des gènes primaires. Les sites E2F sont enrichis dans les promoteurs des gènes cible secondaires. Un enrichissement similaire a été observé avec les régions liées par ERα et E2F1 en ChIP-on-chip pour chacune des catégories de gènes. La croissance des cellules de carcinome mammaire est inhibée par des traitements à l’acide rétinoïque (RA). L’analyse de micropuces d’ADN de MCF7 traitées avec RA a permis d’identifier de nombreux gènes cibles potentiels. Un enrichissement d’éléments de réponse à l’acide rétinoïque (RARE) est observable dans les promoteurs de ces gènes après avoir exclus les RARE se trouvant à l’intérieur d’éléments transposables. Des RARE présents dans des éléments transposables spécifiques aux primates sont aussi fixés in vivo dans les promoteurs de cibles connues de RA : BTG2, CASP9 et GPRC5A. Certains gènes cibles de RA dans les MCF7 sont aussi des cibles de E2, suggérant que le contrôle que ces molécules exercent sur la prolifération est en partie attribuable à des effets opposés sur un ensemble commun de gènes.

Identificación y caracterización de la esterasa del acido ferúlico de Bacillus Flexus NJY2 aislado del nejayote de maíz.

Tesis (Doctor en Ciencias con Orientación en Microbiología Industrial) UANL, 2012.

In silico analysis of mitochondrial proteins

Le rôle important joué par la mitochondrie dans la cellule eucaryote est admis depuis longtemps. Cependant, la composition exacte des mitochondries, ainsi que les processus biologiques qui sy déroulent restent encore largement inconnus. Deux facteurs principaux permettent dexpliquer pourquoi létude des mitochondries progresse si lentement : le manque defficacité des méthodes didentification des protéines mitochondriales et le manque de précision dans lannotation de ces protéines. En conséquence, nous avons développé un nouvel outil informatique, YimLoc, qui permet de prédire avec succès les protéines mitochondriales à partir des séquences génomiques. Cet outil intègre plusieurs indicateurs existants, et sa performance est supérieure à celle des indicateurs considérés individuellement. Nous avons analysé environ 60 génomes fongiques avec YimLoc afin de lever la controverse concernant la localisation de la bêta-oxydation dans ces organismes. Contrairement à ce qui était généralement admis, nos résultats montrent que la plupart des groupes de Fungi possèdent une bêta-oxydation mitochondriale. Ce travail met également en évidence la diversité des processus de bêta-oxydation chez les champignons, en corrélation avec leur utilisation des acides gras comme source dénergie et de carbone. De plus, nous avons étudié le composant clef de la voie de bêta-oxydation mitochondriale, lacyl-CoA déshydrogénase (ACAD), dans 250 espèces, couvrant les 3 domaines de la vie, en combinant la prédiction de la localisation subcellulaire avec la classification en sous-familles et linférence phylogénétique. Notre étude suggère que les gènes ACAD font partie dune ancienne famille qui a adopté des stratégies évolutionnaires innovatrices afin de générer un large ensemble denzymes susceptibles dutiliser la plupart des acides gras et des acides aminés. Finalement, afin de permettre la prédiction de protéines mitochondriales à partir de données autres que les séquences génomiques, nous avons développé le logiciel TESTLoc qui utilise comme données des Expressed Sequence Tags (ESTs). La performance de TESTLoc est significativement supérieure à celle de tout autre outil de prédiction connu. En plus de fournir deux nouveaux outils de prédiction de la localisation subcellulaire utilisant différents types de données, nos travaux démontrent comment lassociation de la prédiction de la localisation subcellulaire à dautres méthodes danalyse in silico permet daméliorer la connaissance des protéines mitochondriales. De plus, ces travaux proposent des hypothèses claires et faciles à vérifier par des expériences, ce qui présente un grand potentiel pour faire progresser nos connaissances des métabolismes mitochondriaux.

Évaluation in silico des pompes d’assistance ventriculaire de type écoulement mixte

L'insuffisance cardiaque est une maladie à grande incidence dont le traitement définitif est difficile. Les pompes d'assistance ventriculaire ont été proposées comme thérapie alternative à long terme, mais la technologie est relativement jeune et selon son design, axial ou centrifuge, le dispositif favorise soit l'hémolyse, soit la stagnation de l'écoulement sanguin. Les pompes à écoulement mixte, combinant certaines propriétés des deux types, ont été proposées comme solution intermédiaire. Pour évaluer leurs performances, nous avons effectué des comparaisons numériques entre huit pompes, deux axiales, deux centrifuges, et quatre mixtes, en employant un modèle Windkessel du système cardiovasculaire avec paramètres optimisés pour l'insuffisance cardiaque résolu avec une méthode Radau IIA3, une méthode de résolution de système d'équations différentielles ordinaires L-stable appartenant à la famille des méthodes Runge-Kutta implicites. Nos résultats semblent suggérer que les pompes d'assistance mixtes ne démontrent qu'un léger avantage comparativement aux autres types en terme de performance optimale dans le cas de l'insuffisance cardiaque, mais il faudrait effectuer plus d'essais numériques avec un modèle plus complet, entre autres avec contrôles nerveux implémentés.

Acido tranexamico y convulsiones luego de cirugia cardiaca

En cirugía cardiaca el sangrado perioperatorio y por consiguiente la necesidad de transfundir productos sanguíneos son el mayor contribuyente al incremento de la morbimortalidad en este grupo de pacientes. Existen estrategias para disminuir el sangrado y el requerimiento de transfusiones, como el uso de de ácido tranexamico (AT) el cual parece estar implicado en el desarrollo de convulsiones luego de cirugía cardiaca. En este estudio retrospectivo desarrollado en la Fundación Cardio Infantil (FCI) examinamos la relación entre el uso de AT y la aparición de convulsiones luego de cirugía cardiaca. Nuestra revisión fue hecha en 679 pacientes de los cuales 20 presentaron episodios convulsivos luego de cirugía cardiaca, sin demostrarse lesiones isquémicas en la valoración imagenológica (TAC) en un periodo que comprendía desde abril 1del 2008 hasta mayo 31 del 2009. Nosotros encontramos que la incidencia de convulsiones después de cirugía cardiaca en nuestra institución en este periodo fue de 2.9 % y encontramos una asociación estadísticamente significativa entre el uso de AT y la presencia de falla renal (p=0.006) con un incremento lineal en la probabilidad de convulsionar con los valores de creatinina (p=0.036). Nosotros concluimos que la incidencia de convulsiones es baja y multifactorial siendo el principal factor de riesgo la presencia de falla renal, posiblemente por ser esta la principal vía de eliminación del medicamento, generando así un incremento de las concentraciones séricas del mismo y produciendo antagonismo del receptor GABA asociado a vasoespasmo que desencadenaría clínicamente un evento convulsivo.

Factores de riesgo para convulsiones tras cirugía cardiaca con acido tranexamico: estudio de casos y controles, FCI

La cirugía cardiaca con circulación extracorpórea tiene riesgo de lesión del sistema nervioso central que impacta negativamente el desenlace postoperatorio. Su espectro es variable siendo lo más frecuente la lesión isquémica. Sin embargo esta no es la única complicación neurológica, las convulsiones también tienen un impacto significativo sobre la morbimortalidad y se asocian a un incremento de la estancia hospitalaria. Mientras que los eventos isquémicos tras cirugía cardiaca están bien caracterizados, existen pocos datos acerca de las convulsiones postoperatorias de origen no isquémico. Dentro de las teorías postuladas para explicar estos fenómenos llama la atención el potencial epileptogénico de los medicamentos antifibrinolíticos, ampliamente utilizados con el objetivo de minimizar el sangrado y reducir la exposición a hemoderivados. Numerosos reportes sugieren que el ácido tranexámico puede inducir actividad convulsiva en el postoperatorio. El objetivo de este estudio retrospectivo de casos y controles fue examinar los factores asociados con convulsiones postoperatorias en pacientes sometidos a cirugía cardiaca con circulación extracorpórea que recibieron ácido tranexámico. Todos los pacientes sometidos a cirugía cardiaca con circulación extracorpórea entre Enero de 2008 y Diciembre de 2009 fueron identificados. Los casos se definieron como aquellos pacientes que convulsionaron y requirieron inicio de anticonvulsivantes dentro de las 48 horas post-quirúrgicas. Los criterios de exclusión incluyeron epilepsia preexistente y pacientes con alguna lesión isquémica nueva en neuroimágen. Los controles fueron seleccionados aleatoriamente a partir de la cohorte inicial. Se analizaron un total de 28 casos y 112 controles. Se evidenció una asociación entre disfunción renal, valores elevados de creatinina preoperatoria y convulsiones postoperatorias.

Perfil acido-base de pacientes con cirrosis descompensada por hemorragia digestiva alta en el departamento de emergencias: serie de casos

Introducción: La hemorragia digestiva (HVDA) es la principal causa de descompensación en pacientes con cirrosis. Caracterizar el estado ácido-base de estos pacientes sería útil para reflejar la severidad del sangrado e identificar pacientes con alto riesgo de complicación. Objetivo: Describir el estado ácido-base de los pacientes que consultaron a urgencias con cirrosis descompensada por HVDA y posteriormente fueron manejados en la unidad de cuidado intensivo (UCI) o fallecieron. Métodos: Se realizó el análisis del estado ácido-base a 10 pacientes con estas características, utilizando tres métodos distintos. Resultados: El perfil ácido-base encontrado fue: acidosis metabólica por iones no medidos, acidosis láctica, alcalosis por hipoalbuminemia y anión gap elevado en la mayoría de pacientes. Conclusiones: La teoría de Henderson-Hasselbach no fue suficiente para identificar pacientes con alto riesgo, debería implementarse concomitantemente el análisis anión gap, base déficit y el método físico–químico, para entender los fenómenos acido base de estos pacientes.

The Autoimmune Tautology: An In Silico Approach

There is genetic evidence of similarities and differences among autoimmune diseases (AIDs) that warrants looking at a general panorama of what has been published. Thus, our aim was to determine the main shared genes and to what extent they contribute to building clusters of AIDs. We combined a text-mining approach to build clusters of genetic concept profiles (GCPs) from the literature in MedLine with knowledge of protein-protein interactions to confirm if genes in GCP encode proteins that truly interact. We found three clusters in which the genes with the highest contribution encoded proteins that showed strong and specific interactions. After projecting the AIDs on a plane, two clusters could be discerned: Sjögren’s syndrome—systemic lupus erythematosus, and autoimmune thyroid disease—type1 diabetes—rheumatoid arthritis. Our results support the common origin of AIDs and the role of genes involved in apoptosis such as CTLA4, FASLG, and IL10.

Descripción del estado acido base en pacientes con quemaduras térmicas agudas: serie de casos

Introducción: Los pacientes con lesiones térmicas presentan alteraciones fisiológicas complejas que hacen difícil la caracterización del estado ácido-base y así mismo alteraciones electrolíticas e hipoalbuminemia que pudieran estar relacionados con un peor pronóstico. Se ha estudiado la base déficit (BD) y el lactato, encontrando una gran divergencia en los resultados. Por lo anterior, el análisis físico-químico del estado ácido-base podría tener un rendimiento superior a los métodos tradicionales. Metodología: Se realizó el análisis de una serie de casos de 15 pacientes mayores de 15 años, con superficie corporal quemada mayor al 20% que ingresaron a una unidad de cuidado intensivo (UCI) de quemados, dentro de las siguientes 48 horas del trauma. Para el análisis se utilizaron tres métodos distintos: 1) método convencional basado en la teoría de Henderson-Hasselbalch, 2) anión-gap (AG) y anión-gap corregido por albúmina, 3) análisis físico-químico del estado ácido-base según la teoría de Stewart modificado por Fencl y Figge. Resultados: Por el método de Henderson-Hasselbalch, 8 pacientes cursaron con acidosis metabólica, 4 pacientes con una BD leve, 5 pacientes con una BD moderada y 5 pacientes con una BD severa. El AG resultó menor a 16 mmol/dl en 10 pacientes, pero al corregirlo por albumina sólo 2 pacientes cursaron con AG normal. La diferencia de iones fuertes (DIF) se encontraba anormalmente elevada en la totalidad de los pacientes. Conclusión:El análisis del AG corregido por albumina y el análisis físico-químico del estado ácido-base, podrían tener mayor rendimiento al identificar las alteraciones metabólicas de estos pacientes.

Proteogenomics and in silico structural and functional annotation of the barley powdery mildew Blumeria graminis f. sp. hordei

Blumeria graminis is an economically important obligate plant-pathogenic fungus, whose entire genome was recently sequenced and manually annotated using ab initio in silico predictions [7]. Employing large scale proteogenomic analysis we are now able to verify independently the existence of proteins predicted by 24% of open reading frame models. We compared the haustoria and sporulating hyphae proteomes and identified 71 proteins exclusively in haustoria, the feeding and effector-delivery organs of the pathogen. These proteins are ‘significantly smaller than the rest of the protein pool and predicted to be secreted. Most do not share any similarities with Swiss–Prot or Trembl entries nor possess any identifiable Pfam domains. We used a novel automated prediction pipeline to model the 3D structures of the proteins, identify putative ligand binding sites and predict regions of intrinsic disorder. This revealed that the protein set found exclusively in haustoria is significantly less disordered than the rest of the identified Blumeria proteins or random (and representative) protein sets generated from the yeast proteome. For most of the haustorial proteins with unknown functions no good templates could be found, from which to generate high quality models. Thus, these unknown proteins present potentially new protein folds that can be specific to the interaction of the pathogen with its host.

In silico identification and three-dimensional modelling of the missense mutation in ADAMTS2 in a sheep flock with dermatosparaxis

Background Dermatosparaxis (Ehlers–Danlos syndrome in humans) is characterized by extreme fragility of the skin. It is due to the lack of mature collagen caused by a failure in the enzymatic processing of procollagen I. We investigated the condition in a commercial sheep flock. Hypothesis/Objectives Mutations in the ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 2 (ADAMTS2) locus, are involved in the development of dermatosparaxis in humans, cattle and the dorper sheep breed; consequently, this locus was investigated in the flock. Animals A single affected lamb, its dam, the dam of a second affected lamb and the rams in the flock were studied. Methods DNA was purified from blood, PCR primers were used to detect parts of the ADAMS2 gene and nucleotide sequencing was performed using Sanger's procedure. Skin samples were examined using standard histology procedures. Results A missense mutation was identified in the catalytic domain of ADAMTS2. The mutation is predicted to cause the substitution in the mature ADAMTS2 of a valine molecule by a methionine molecule (V15M) affecting the catalytic domain of the enzyme. Both the ‘sorting intolerant from tolerant’ (SIFT) and the PolyPhen-2 methodologies predicted a damaging effect for the mutation. Three-dimensional modelling suggested that this mutation may alter the stability of the protein folding or distort the structure, causing the protein to malfunction. Conclusions and clinical importance Detection of the mutation responsible for the pathology allowed us to remove the heterozygote ram, thus preventing additional cases in the flock.

In silico identification and characterization of protein-ligand binding sites

Protein–ligand binding site prediction methods aim to predict, from amino acid sequence, protein–ligand interactions, putative ligands, and ligand binding site residues using either sequence information, structural information, or a combination of both. In silico characterization of protein–ligand interactions has become extremely important to help determine a protein’s functionality, as in vivo-based functional elucidation is unable to keep pace with the current growth of sequence databases. Additionally, in vitro biochemical functional elucidation is time-consuming, costly, and may not be feasible for large-scale analysis, such as drug discovery. Thus, in silico prediction of protein–ligand interactions must be utilized to aid in functional elucidation. Here, we briefly discuss protein function prediction, prediction of protein–ligand interactions, the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP) and the Continuous Automated EvaluatiOn (CAMEO) competitions, along with their role in shaping the field. We also discuss, in detail, our cutting-edge web-server method, FunFOLD for the structurally informed prediction of protein–ligand interactions. Furthermore, we provide a step-by-step guide on using the FunFOLD web server and FunFOLD3 downloadable application, along with some real world examples, where the FunFOLD methods have been used to aid functional elucidation.