Array-based gene expression, CGH and tissue data defines a 12q24 gain in neuroblastic tumors with prognostic implication

Neuroblastoma has successfully served as a model system for the identification of neuroectoderm-derived oncogenes. However, in spite of various efforts, only a few clinically useful prognostic markers have been found. Here, we present a framework, which integrates DNA, RNA and tissue data to identify and prioritize genetic events that represent clinically relevant new therapeutic targets and prognostic biomarkers for neuroblastoma.

Integrative functional genomics analysis of sustained polyploidy phenotypes in breast cancer cells identifies an oncogenic profile for GINS2

Aneuploidy is among the most obvious differences between normal and cancer cells. However, mechanisms contributing to development and maintenance of aneuploid cell growth are diverse and incompletely understood. Functional genomics analyses have shown that aneuploidy in cancer cells is correlated with diffuse gene expression signatures and that aneuploidy can arise by a variety of mechanisms, including cytokinesis failures, DNA endoreplication and possibly through polyploid intermediate states. Here, we used a novel cell spot microarray technique to identify genes with a loss-of-function effect inducing polyploidy and/or allowing maintenance of polyploid cell growth of breast cancer cells. Integrative genomics profiling of candidate genes highlighted GINS2 as a potential oncogene frequently overexpressed in clinical breast cancers as well as in several other cancer types. Multivariate analysis indicated GINS2 to be an independent prognostic factor for breast cancer outcome (p = 0.001). Suppression of GINS2 expression effectively inhibited breast cancer cell growth and induced polyploidy. In addition, protein level detection of nuclear GINS2 accurately distinguished actively proliferating cancer cells suggesting potential use as an operational biomarker.

Nuorten mäntyjen ulkoisen laadun kehitykseen vaikuttavat tekijät

Männyn laatuun vaikuttavista tekijöistä tässä tutkimuksessa selvitettiin, mitkä tekijät aiheuttavat nuorissa männyissä oksikkuutta, mutkaisuutta käsittäen myös lenkouden ja haaraisuutta. Jokaiselle laatuvialle laadittiin kolme eritasoista mallia. Eniten keskityttiin tutkimaan oksikkuutta aiheuttavia tekijöitä, koska oksikkuus vaikuttaa männyn sisäiseen oksaisuuteen, joka on yleisin sahatavarakappaleen laatuluokan määräävä ominaisuus. Lisäksi mutkaisuus ja erityisesti haaraisuus osoittautuivat melko sattumanvaraisesti esiintyviksi laatuvioiksi, minkä takia niiden kehittymiseen vaikuttavia tekijöitä on vaikea määritellä. Tutkimuksessa käytettiin Metsäntutkimuslaitoksen taimikoiden inventointikokeiden (TINKA-kokeet) aineiston ensimmäisen ja kolmannen mittauskerran tuloksia. Näiden mittauskertojen väli oli 15 vuotta. Tutkimuksen perustuminen useampaan kuin yhteen mittauskertaan erottaa tämän tutkimuksen monista muista mäntyjen laatua käsittelevistä tutkimuksista, jotka ovat perustuneet yhden mittauskerran poikkileikkausaineistoon. Laadittujen kolmen eritasoisen mallin perusteella voidaan todeta, että oksikkuuden ja mutkaisuuden kehittymistä mäntyihin pystytään arvioimaan kohtalaisesti jo metsikön perustietojen (syntytapa, kasvupaikka, lämpösumma) avulla, jotka metsänomistajalla on tiedossaan jo taimikkoa perustaessaan. Puutason mittauksilla pystytään selvästi tarkentamaan arviota siitä, tuleeko männystä oksikas vai ei. Sitä vastoin puutason mittaukset parantavat vain vähän arviota mutkaisuuden kehittymisestä. Haaraisuuden esiintymistä luotettavasti ennustavaa mallia ei pystytty tekemään. Oksikkuutta lisääviä tekijöitä mallien mukaan olivat mm. männyn suuri läpimitan kasvu, suuri suhteellinen pituus saman metsikön muihin puihin verrattuna, alhainen kasvatustiheys männyntaimikon alkukehitysvaiheessa ja taimikonhoidon tekemättä jättäminen. Mutkaisuutta lisääviä tekijöitä olivat mm. suuri lämpösumma eli männikön sijainti Etelä-Suomessa, männyn suuri läpimitan kasvu, pieni suhteellinen pituus, alhainen kasvatustiheys männyntaimikon alkukehitysvaiheessa ja taimikonhoidon tekemättä jättäminen. Eri uudistamistavoista kylvö osoittautui parhaimmaksi laadun kannalta sekä oksikkuutta että mutkaisuutta tarkasteltaessa. Haaraisuutta lisääviä tekijöitä olivat mm. pieni lämpösumma eli männikön sijainti Pohjois-Suomessa, männyn suuri läpimitan kasvu ja alhainen kasvatustiheys männyntaimikon alkukehitysvaiheessa.

Alignment of the ALICE Inner Tracking System with cosmic-ray tracks

ALICE (A Large Ion Collider Experiment) is the LHC (Large Hadron Collider) experiment devoted to investigating the strongly interacting matter created in nucleus-nucleus collisions at the LHC energies. The ALICE ITS, Inner Tracking System, consists of six cylindrical layers of silicon detectors with three different technologies; in the outward direction: two layers of pixel detectors, two layers each of drift, and strip detectors. The number of parameters to be determined in the spatial alignment of the 2198 sensor modules of the ITS is about 13,000. The target alignment precision is well below 10 micron in some cases (pixels). The sources of alignment information include survey measurements, and the reconstructed tracks from cosmic rays and from proton-proton collisions. The main track-based alignment method uses the Millepede global approach. An iterative local method was developed and used as well. We present the results obtained for the ITS alignment using about 10^5 charged tracks from cosmic rays that have been collected during summer 2008, with the ALICE solenoidal magnet switched off.

Transverse momentum and pseudorapidity distributions of charged hadrons in pp collisions at sqrt(s) = 0.9 and 2.36 TeV

Measurements of inclusive charged-hadron transverse-momentum and pseudorapidity distributions are presented for proton-proton collisions at sqrt(s) = 0.9 and 2.36 TeV. The data were collected with the CMS detector during the LHC commissioning in December 2009. For non-single-diffractive interactions, the average charged-hadron transverse momentum is measured to be 0.46 +/- 0.01 (stat.) +/- 0.01 (syst.) GeV/c at 0.9 TeV and 0.50 +/- 0.01 (stat.) +/- 0.01 (syst.) GeV/c at 2.36 TeV, for pseudorapidities between -2.4 and +2.4. At these energies, the measured pseudorapidity densities in the central region, dN(charged)/d(eta) for |eta|

Kosteikon perustamisen haasteet

Suomessa on kuivattu kosteikkoja viimeisten vuosisatojen aikana maa- ja metsätalouden tehostamisen nimissä. Viljelysten vuoksi toteutettujen ojitusten johdosta on Suomesta hävinnyt merkittävästi kosteikkoja puroista järviin, eikä uusia kosteikoita enää synny luontaisesti, koska alueita on varattu muuhun maankäyttöön. Kosteikot kuuluvat tänä päivänä maailmanlaajuisesti uhanalaisimpien elinympäristöjen joukkoon ja ne sisältävät hyvin monimuotoisia ekosysteemejä. Maanomistajien kiinnostus kosteikkojen perustamiseen ympäristötukia hyödyntämällä on kuitenkin vaisua potentiaalisten kohteiden määrään nähden. Vuonna 2007 aloitti Maa- ja metsätalousministeriö Kansallisen riistatalouden kosteikkostrategian laatimisen tavoitteenaan edistää suomalaisen kosteikkoluonnon kokonaisvaltaista hoitoa. Erityisen tärkeäksi seikaksi strategiassa nostettiin maanomistajien, metsästäjien ja riistanhoitajien välisen yhteistyön kehittäminen. Kosteikkoluonnon monimuotoisuuden lisäämisen lisäksi tällaiset toimenpiteet edistävät vesiensuojelua ja tässä yhteydessä voidaankin käyttää termiä monivaikutteinen kosteikko. Monivaikutteisilla kosteikoilla voidaan vesiensuojelun lisäksi parantaa merkittävästi myös maatalousympäristöjen luonnon monimuotoisuutta ja riista-, kala- ja raputaloutta. Ne ovat myös tärkeitä elinympäristöjä vesilinnuille ja sammakkoeläimille. Maa- ja metsätalouden vesiensuojelulle asetettavat vaatimukset lisääntyvät jatkuvasti ja kosteikot toimivat erityisesti maa- ja metsätalouden valumavesien suodattumisaltaina, jotka vähentävät vesistöihin kohdistuvaa kiintoaine- ja ravinnekuormitusta. Kansallisen riistataloudellisen kosteikkostrategian käytännön toimeenpanoon tähtäävät toimenpiteet on käynnistetty MMM:n rahoittamalla valtakunnallisella hankkeella ”Kansallisen riistataloudellisen kosteikkostrategian toteuttaminen 2008–2009”, jonka tavoitteena on käynnistää valtakunnallinen kosteikkojen kunnostamiseen liittyvä hankekokonaisuus. Hanketta koordinoi Pohjanmaan riistanhoitopiiri ja sen eri osioita toteuttivat muun muassa Metsästäjäin Keskusjärjestö, Metsästäjäliitto sekä Helsingin yliopiston Ruralia-instituutti. Metsästäjäin Keskusjärjestö koordinoi valtakunnallisen hankekokonaisuuden valmistelua. Tässä tutkimuksessa selvitetään maanomistajien ja suunnittelijoiden näkemyksiä kosteikkotukien hakuprosessin haasteista. Tavoitteena on selvittää sekä motiivit kosteikon perustamiselle että syyt tuenhakuprosessiin lähtemiselle. Lisäksi tutkimuksessa selvitetään kosteikkojen suunnittelijoiden ja kosteikkotukihakemusten parissa työskentelevien henkilöiden näkemyksiä nykyisestä järjestelmästä sekä kootaan parannusehdotuksia sen kehittämiseksi. Tieto kosteikkojen perustamisen käytännön ideoinnista ja toteutuksesta auttaa kehittämään järjestelmää siihen suuntaan, että se edesauttaisi nykyistä paremmin kosteikkojen perustamista sekä lisäisi kosteikkojen perustamisen määrää. Tutkimuksen tulokset voivat myös auttaa muovaamaan vuoden 2013 jälkeen käyttöön tulevaa, uutta ympäristöohjelmaa entistä kannustavammaksi kosteikkojen suhteen. Tutkimushankkeen aineisto muodostuu maanomistajille ja suunnittelijoille suunnatuista haastatteluista sekä kosteikon perustamiseen liittyvästä tiedonhausta. Tämän raportin tarkoituksena on selvittää maanviljelijöiden motiivit kosteikon perustamiselle sekä kosteikkoprosessin haasteet sekä kehitystarpeet. Prosessin myötä fokusta tarkennettiin tilaajan kanssa koskettamaan myös maanviljelijöiden ja suunnittelijoiden näkemyksiä siitä, miten kosteikkoja saataisiin lisää. Koska raportti keskittyy järjestelmän kehittämiseen, korostuvat siinä nykyjärjestelmän kritiikki ja kehitysehdotukset.

Key Factors Influencing Economic Relationships and Communication in Finnish Food Chains

The aim of this report is to discuss the role of the relationship type and communication in two Finnish food chains, namely the pig meat-to-sausage (pig meat chain) and the cereal-to-rye bread (rye chain) chains. Furthermore, the objective is to examine those factors influencing the choice of a relationship type and the sustainability of a business relationship. Altogether 1808 questionnaires were sent to producers, processors and retailers operating in these two chains of which 224 usable questionnaires were returned (the response rate being 12.4%). The great majority of the respondents (98.7%) were small businesses employing less than 50 people. Almost 70 per cent of the respondents were farmers. In both chains, formal contracts were stated to be the most important relationship type used with business partners. Although for many businesses written contracts are a common business practice, the essential role of the contracts was the security they provide regarding the demand/supply and quality issues. Relative to the choice of the relationship types, the main difference between the two chains emerged especially with the prevalence of spot markets and financial participation arrangements. The usage of spot markets was significantly more common in the rye chain when compared to the pig meat chain, while, on the other hand, financial participation arrangements were much more common among the businesses in the pig meat chain than in the rye chain. Furthermore, the analysis showed that most of the businesses in the pig meat chain claimed not to be free to choose the relationship type they use. Especially membership in a co-operative and practices of a business partner were mentioned as the reasons limiting this freedom of choice. The main business relations in both chains were described as having a long-term orientation and being based on formal written contracts. Typical for the main business relationships was also that they are not based on the existence of the key persons only; the relationship would remain even if the key people left the business. The quality of these relationships was satisfactory in both chains and across all the stakeholder groups, though the downstream processors and the retailers had a slightly more positive view on their main business partners than the farmers and the upstream processors. The businesses operating in the pig meat chain seemed also to be more dependent on their main business relations when compared to the businesses in the rye chain. Although the communication means were rather similar in both chains (the phone being the most important), there was some variation between the chains concerning the communication frequency necessary to maintain the relationship with the main business partner. In short, the businesses in the pig meat chain seemed to appreciate more frequent communication with their main business partners when compared to the businesses in the rye chain. Personal meetings with the main business partners were quite rare in both chains. All the respondent groups were, however, fairly satisfied with the communication frequency and information quality between them and the main business partner. The business cultures could be argued to be rather hegemonic among the businesses both in the pig meat and rye chains. Avoidance of uncertainty, appreciation of long-term orientation and independence were considered important factors in the business cultures. Furthermore, trust, commitment and satisfaction in business partners were thought to be essential elements of business operations in all the respondent groups. In order to investigate which factors have an effect on the choice of a relationship type, several hypotheses were tested by using binary and multinomial logit analyses. According to these analyses it could be argued that avoidance of uncertainty and risk has a certain effect on the relationship type chosen, i.e. the willingness to avoid uncertainty increases the probability to choose stable relationships, like repeated market transactions and formal written contracts, but not necessary those, which require high financial commitment (like financial participation arrangements). The probability of engaging in financial participation arrangements seemed to increase with long-term orientation. The hypotheses concerning the sustainability of the economic relations were tested by using structural equation model (SEM). In the model, five variables were found to have a positive and statistically significant impact on the sustainable economic relationship construct. Ordered relative to their importance, those factors are: (i) communication quality, (ii) personal bonds, (iii) equal power distribution, (iv) local embeddedness and (v) competition.

Maaseudun maahanmuuttajat. Kokemuksia työperäisestä maahanmuutosta Etelä-Pohjanmaan ja Varsinais-Suomen maaseudulla.

Suomen maahanmuuttajaväestö on keskittynyt kaupunkeihin, ja erityisesti pääkaupunkiseudulle ja muihin suurimpiin kaupunkikeskuksiin. Samaten kansallinen maahanmuuttopolitiikka kohdistuu ensisijaisesti suurimmille kaupunkiseuduille. Väestön ikääntymisen ja työvoimatarpeen tyydyttämisen kysymykset koskettavat kuitenkin mitä suurimmassa määrin myös maaseutua. Uusimmissa maaseutupoliittisissa ohjelmissa maahanmuutto ja maaseudun kansainvälistymisen tematiikka on jo jossakin määrin näkyvissä. Politiikka ei kuitenkaan ole voinut tukeutua maahanmuuttoa koskevaan tutkimukseen, koska aikaisemmassa tutkimuksessa ei juuri ole käsitelty maaseutuympäristöstä aiheutuvia erityiskysymyksiä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli tarkastella työperäisen maahanmuuton nykytilaa ja kehitysnäkymiä maaseudulla. Käytännöllisenä tarkoituksena oli tarjota tietoa ja toimenpidesuosituksia siitä, miten maahanmuuttopolitiikkaa voitaisiin maaseutumaisilla alueilla parhaiten toteuttaa. Tutkimuksen kohdealueiksi valittiin kaksi maahanmuuton ääripään maakuntaa: Varsinais-Suomi ja Etelä-Pohjanmaa. Tutkimus koostui neljästä osasta: tilastotarkastelusta, kyläyhdistyksille ja -toimikunnille kohdistetusta kyselystä, kuntatyönantajille kohdistetusta kyselystä sekä maahanmuuttajien haastatteluista. Tulosten perusteella tutkimusalueet eroavat maakuntina toisistaan sekä maahanmuuttajien määrässä että rakenteessa. Varsinais-Suomessa maahanmuuttajia on suhteessa väestöön Manner-Suomen maakunnista toiseksi eniten. Etelä-Pohjanmaalla sen sijaan ulkomaalaisten osuus väestöstä on maan alhaisin. Kummankin alueen kaksi suurinta vieraskielisen väestön kieliryhmää (poislukien ruotsi) ovat venäjä ja viro. Varsinais-Suomen vieraskielisten ryhmässä korostuu kuitenkin pakolaisten osuus. Etelä-Pohjanmaan vieraskieliset sen sijaan ovat pääosin naapurivaltioista kotoisin olevia työperäisiä maahanmuuttajia. Varsinais-Suomessa maahanmuuttajat ovat asettuneet asumaan kaupunkeihin, Turkuun ja sen lähikuntiin sekä Saloon. Maaseutumaisissa kunnissa maahanmuuttajista asui vain kuusi prosenttia. Etelä-Pohjanmaalla vieraskieliset jakaantuivat tasaisemmin. Noin kolmasosa heistä asui kaupungissa (Seinäjoki), reilu kolmasosa taajaan asutuissa kunnissa ja niukka kolmasosa maaseutumaisissa kunnissa. Vieraskielisten suhteellinen osuus kuntien väestöstä on kuitenkin suurempi Etelä-Pohjanmaan maaseutumaisissa kunnissa kuin Varsinais-Suomen vastaavilla alueilla. Tästä voitaneen vetää se johtopäätös, että vieraskielisten asema – esimerkiksi palveluiden, näkyvyyden, tarpeiden ja niiden tyydyttämisen suhteen – on Etelä-Pohjanmaan maaseudulla vahvempi kuin Varsinais-Suomen vastaavalla alueella. Johtopäätöksenä voidaan todeta, että maahanmuuttajien alueellinen keskittyminen kaupunkeihin tukee huonosti maaseudun työvoiman tarjonnan kehitystä. Työperäisen maahanmuuton lisääminen maaseudulle siten, että näköpiirissä oleva työvoiman tarve tulisi katettua, tarvitsee erityisiä toimia. Maahanmuuttajien työllistymisen osalta tutkimuksessa käytettiin Tilastokeskuksen kokoamia tilastoaineistoja, joihin on koottu maassa vähintään vuoden oleskelleiden ulkomaan kansalaisten tietoja. Tulosten mukaan kolme neljästä ulkomaalaisesta sijoittui palveluammatteihin. Painopiste oli kaupan alalla, joka oli palveluammateissa työskentelevien naisten että miesten pääasiallinen toimiala. Maahanmuuttajien ryhmässä työvoiman osuus on kasvanut tasaisesti 1990-luvun puolivälistä lähtien niin, että vuonna 2005 se oli jo miltei sama kuin kantaväestön keskuudessa. Samaan aikaan maahanmuuttajien työttömyysaste on laskenut, pysytellen kuitenkin yli kaksinkertaisena kantaväestöön verrattuna. Tosin eri kansallisuusryhmien väliset erot ovat suuret: Työministeriön vuotta 2006 koskevan arvion mukaan työttömyysaste vaihteli irakilaisten 66 prosentista kiinalaisten 8 prosenttiin. Maahanmuuttajaväestön asemaan työmarkkinoilla vaikuttaa voimakkaasti Suomeen saapumisen syy. Pakolaistaustaisten työllistyminen on vaikeampaa johtuen heidän yleisestä heikommasta koulutustaustastaan, kielitaidostaan sekä kulttuurisesta ja maantieteellisestä etäisyydestään. Työperäisesti maahan tulleet ovat puolestaan usein jo tullessaan koulutettuja ja työhönsä nähden kielitaitoisia. Kantaväestön ja ulkomaalaisten suurimmat erot työllistymisessä olivat siinä, että ulkomaalaisista reilu neljännes oli hakiessaan toimenpidetyöllistettyjä (kantaväestössä vain noin 14 prosenttia) ja toisaalta ulkomaalaisissa ei juuri ollut työttömyyseläkeläisiä, joita kantaväestön työnhakijoissa oli keskimäärin lähes viidennes. Maahanmuuttajat työllistyivät Etelä-Pohjanmaan maaseudulla paremmin ja keskenään tasaisemmin kuin Varsinais-Suomen maaseudulla. Etelä-Pohjanmaalla oli tutkimusajankohtana tarjolla pääasiassa venäläistä ja virolaista työvoimaa: miltei puolet (46,6 %) työttömistä työnhakijoista kuului näihin kahteen kansallisuuteen. Varsinais-Suomessa työvoiman tarjonta jakaantui tasaisemmin eri kansallisuuksien kesken. Varsinais-Suomen maahanmuuttajien pakolaistausta näkyy heikosti koulutetun väestön suhteellisessa suuruudessa. Samaan viittaisi sekin, että ammattitaidottomaksi luokitellun työvoiman osuus oli Varsinais-Suomessa korkeampi kuin Etelä-Pohjanmaalla. Johtopäätöksenä voidaan todeta, että maahanmuuttajat eivät tällä hetkellä muodosta maaseudulla mitään erityistä työvoimareserviä. Tarvittaessa työvoimaa on hankittava joko kaupungeista tai suoraan maahanmuuton lähtöalueilta, mikä lisää paineita järjestää maaseutukuntiin toimivat maahanmuuttajien kotouttamispalvelut. Kansallisuuksista olisi luontevaa keskittyä venäläisiin ja virolaisiin, koska ne muodostavat jo tällä hetkellä vähäisen maahanmuuttajajoukon pääryhmät. Tällöin kotoutumispalvelujen järjestäminen olisi kaikkein helpointa. Lisäksi maahanmuuttajien työllistymisessä tulee erityisesti huomioida se, ovatko he pakolaisia vai muusta syystä maahan tulleita. Myös Etelä-Pohjanmaalla tulee varautua pakolaistaustaisten maahanmuuttajien määrän lisääntymiseen. Maaseutukuntien tilanne maahanmuuttajien työnantajina ja kotouttajina osoittautui tutkimuksessa varsin haasteelliseksi. Ensinnäkin tutkimuksen aikana tapahtui lukuisia kuntaliitoksia, jotka aiheuttivat sekaannusta kuntakentässä. Toiseksi kuntien työvoimatarve ei ilmeisesti ollut tutkimuksen tekohetkellä vielä niin akuutti kysymys kuin monilla muilla aloilla. Kunnat olivat kuitenkin työllistäneet ulkomaalaisia monipuolisesti eri tehtäviin ja monet vastaajat näkivät työvoimatarvetta erityisesti hoito- ja hoiva-aloilla. Kotouttamispalvelujen osalta yhteiseksi piirteeksi nousi palvelujen järjestäminen tarpeen ja tilanteen mukaan, koska maahanmuuttajamäärät ovat olleet varsin pieniä. Kokonaisuutena kuva maaseutukunnista työllistäjinä ja kotouttajina jäi suhteellisen epäselväksi. Taustalla saattaa olla edelleen maahanmuuton kytkeminen pakolaispolitiikkaan, jossa maaseutukunnat eivät juurikaan ole olleet aktiivisia. Johtopäätöksenä voidaan todeta, että maaseutukuntien tulee laatia tai päivittää toimivat ja riittävän konkreettiset maahanmuuttopoliittiset ohjelmat, ja tiedottaa niistä tehokkaasti sekä omissa organisaatioissaan että sidosryhmien suuntaan. Ohjelmissa tulee selkeästi ottaa kantaa sekä pakolaisten vastaanoton että työperäisen maahanmuuton kysymyksiin. Ohjelmissa tulisi kotouttamispalvelujen järjestämisen lisäksi linjata myös kunnan rooli maahanmuuttajien työnantajina. Kolmanneksi ohjelmissa tulisi huomioida kolmannen sektorin toimijoiden merkitys maaseudun maahanmuuttajien lähimpänä kontaktipintana suomalaiseen kansalaisyhteiskuntaan. Virolaistaustaisten maahanmuuttajien erityistä kielitaitoa – viro, venäjä, suomi – voitaisiin nykyistä paremmin hyödyntää erityisesti venäläisten kotouttamisessa. Julkisen sektorin ohuus nostaa maaseutukunnissa esiin myös kolmannen sektorin merkityksen maahanmuuttajien kotoutumisen edistäjänä. Yhdistykset ovat melko hyvin tietoisia alueellaan asuvista ulkomaalaisista, mitä voidaan pitää hyvänä lähtökohtana. Yhdistykset ovat kuitenkin voimakkaasti jakautuneet kahteen eri ryhmään sen suhteen koskeeko maahanmuuttajakysymys niiden toimintaa. Maahanmuuttajia ei myöskään ole erityisesti tavoiteltu kyliin asumaan eivätkä yhdistykset ole järjestäneet erityistä kotoutumista edistävää toimintaa. Yhdistysten mielestä maahanmuuttajia voidaan sen sijaan kutsua mukaan normaaliin toimintaan aivan kuten muitakin kyläläisiä, mikä onkin maahanmuuttajien vähäisen määrän vuoksi varsin luonteva tapa toimia. Maaseudulle asettuneet maahanmuuttajat ovat haastattelujen mukaan suhteellisen tyytyväisiä elämäänsä. Elämä rakentuu työn, ystävien ja perheen varaan, kuten kantaväestölläkin. Maaseudulla asumisessa on koettu myös haasteita, kuten nurkkakuntaisuus ja sosiaalisen elämän vähäisyys. Moni tunsi kuitenkin olleensa onnekas löydettyään hiljaisen, rauhallisen ja turvallisen asuinpaikan maasta, jossa on korkea elintaso ja toimivat hyvinvointipalvelut. Suomalainen maaseutu näyttäytyy silti tietynlaisena rajaseutuna, jonne ovat ehtineet ensimmäiset rohkeat tienraivaajat. Haastateltuja leimasi tietynlainen rohkeus ja pilottihenkisyys. Maahanmuuttajiin oli myös suhtauduttu yksilöinä ja heistä on oltu kiinnostuneita toisin kuin kaupungeissa. Keskeinen kysymys on, onko maaseutuyhteisöissä olemassa maahanmuuttajien suhteen jokin raja-arvo, minkä ylittäminen aiheuttaa vastareaktioiden käynnistymisen. Tällä hetkellä näyttäisi siltä, että joko tätä raja-arvoa ei ole tai sitten siitä ollaan vielä hyvin kaukana. Johtopäätöksenä voidaan todeta, että maahanmuuttajat ovat halukkaita ja valmiita toimimaan yhteisöjen hyväksi, ehkä jopa aktiivisemmin kuin kantaväestö. Kyläyhteisöjen kannattaisikin pyrkiä ottamaan maahanmuuttajat aktiivisesti mukaan osaksi kylän normaalia toimintaa. Maahanmuuttajat tarvitsevat kuitenkin kantaväestöä enemmän yhdistystoiminnan periaatteista tiedottamista. Lisäksi kyläyhteisöt voisivat olla aktiivisempia ulkomaalaistaustaisten asukkaiden hankinnassa. Yhdistysten tulisi myös olla tietoisia oman kunnan tai alueen maahanmuuttajille tarkoitetuista erityispalveluista, jotta he voivat ohjata maaseudulla usein yksittäin asuvat maahanmuuttajat niiden piiriin.

Studies of the Human Transcriptome

Gene expression is one of the most critical factors influencing the phenotype of a cell. As a result of several technological advances, measuring gene expression levels has become one of the most common molecular biological measurements to study the behaviour of cells. The scientific community has produced enormous and constantly increasing collection of gene expression data from various human cells both from healthy and pathological conditions. However, while each of these studies is informative and enlighting in its own context and research setup, diverging methods and terminologies make it very challenging to integrate existing gene expression data to a more comprehensive view of human transcriptome function. On the other hand, bioinformatic science advances only through data integration and synthesis. The aim of this study was to develop biological and mathematical methods to overcome these challenges and to construct an integrated database of human transcriptome as well as to demonstrate its usage. Methods developed in this study can be divided in two distinct parts. First, the biological and medical annotation of the existing gene expression measurements needed to be encoded by systematic vocabularies. There was no single existing biomedical ontology or vocabulary suitable for this purpose. Thus, new annotation terminology was developed as a part of this work. Second part was to develop mathematical methods correcting the noise and systematic differences/errors in the data caused by various array generations. Additionally, there was a need to develop suitable computational methods for sample collection and archiving, unique sample identification, database structures, data retrieval and visualization. Bioinformatic methods were developed to analyze gene expression levels and putative functional associations of human genes by using the integrated gene expression data. Also a method to interpret individual gene expression profiles across all the healthy and pathological tissues of the reference database was developed. As a result of this work 9783 human gene expression samples measured by Affymetrix microarrays were integrated to form a unique human transcriptome resource GeneSapiens. This makes it possible to analyse expression levels of 17330 genes across 175 types of healthy and pathological human tissues. Application of this resource to interpret individual gene expression measurements allowed identification of tissue of origin with 92.0% accuracy among 44 healthy tissue types. Systematic analysis of transcriptional activity levels of 459 kinase genes was performed across 44 healthy and 55 pathological tissue types and a genome wide analysis of kinase gene co-expression networks was done. This analysis revealed biologically and medically interesting data on putative kinase gene functions in health and disease. Finally, we developed a method for alignment of gene expression profiles (AGEP) to perform analysis for individual patient samples to pinpoint gene- and pathway-specific changes in the test sample in relation to the reference transcriptome database. We also showed how large-scale gene expression data resources can be used to quantitatively characterize changes in the transcriptomic program of differentiating stem cells. Taken together, these studies indicate the power of systematic bioinformatic analyses to infer biological and medical insights from existing published datasets as well as to facilitate the interpretation of new molecular profiling data from individual patients.

Suomalainen sotilasidentiteetti yhteiskunnan muutoksessa toisen maailmansodan jälkeen

Toisen maailmansodan päättyminen vuonna 1945 ja sitä seurannut Suomen poliittinen uudelleenasemointi asettivat myös suomalaisen identiteettipolitiikan uudelleenarvioitavaksi. Erityisesti puolustusvoimissa ja ylipäätään suomalaisen sotilaan identiteetin kohdalla muutos oli suuri, sillä toista maailmansotaa edeltänyt kansalaissotilaan luominen oli perustunut pitkälti Neuvostoliiton ja Venäjän uhkaan. Sotaa muita kuin itäistä naapuria vastaan ei pidetty uskottavana. Tilanteen muututtua pohjaa maanpuolustustahdolle, isänmaalle ja ylipäätään sotilaalliselle varautumiselle oli haettava muista lähteistä. Tutkielma käsittelee suomalaisen sotilasidentiteetin tilaa 1960-luvun alussa (1960-1965). Asiaa tarkastellaan puolustusvoimien ja sen piirissä toimineiden henkilöiden näkövinkkelistä. Tarkoituksena on selvittää, miten he näkivät tilanteen, sen kehityksen ja mitä toimenpiteitä kenties tarvittiin identiteetin ohjaamiseksi oikeaan suuntaan. Alkuperäislähteinä työssä on käytetty pääasiassa puolustusvoimain vaikutuspiirissä julkaistuja sanoma- ja aikakauslehtiä tutkimusjaksolta. Aikaisempaa historiantutkimusta aiheesta ko. tutkimusjaksolta on julkaistu vähän. Tutkimus peilaa vahvasti Juha Mälkin väitöstutkimukseen (2008), jossa tutkittiin suomalaisen kansalaissotilaan luomistyötä 1920- ja 1930-luvuilla. Mälkin tutkimus toimii työssä monin paikoin vertailukohtana sotaa edeltäneeseen tilanteeseen. Toisena tärkeänä metodologisena lähtökohtana tutkielmalle on Vilho Harlen ja Sami Moision (2000) käsitys suomalaisesta identiteettiprojektista ja suomalaisen identiteetin rakentamisesta “toiseutta” vastaan. Tutkielma selvittää suomalaisen sotilasidentiteetin rakentumista kolmella tasolla. Ensimmäisellä tasolla selvitetään, millaisena suomalainen sotilas nähtiin luonteensa valossa ja millaisia piirteitä yhdistettiin hänen persoonaansa yleisellä tasolla. Samalla selvitetään, miten nämä piirteet vaikuttivat sotilaalliseen kurinpitoon ja johtamiseen. Toinen taso kartoittaa, miten poliittisen johdon valitsema puolueettomuuspolitiikka vaikutti identiteetin perustaan, siihen miten isänmaallisuus haluttiin määritellä sekä niihin käytännön toimiin, joita valittu linja vaati. Kolmas taso keskittyy asevelvollisiässä olleeseen nuorisoon ja siihen, miten heidät nähtiin muun muassa 1960-luvun nuorisoradikalismin ja rauhanaatteiden valossa. Tutkielman loppupäätelmä on, että suomalainen oli kansallisten ominaispiirteidensä puolesta pitkälti hyväksytty “aikuinen” kansalainen. Myös sotilaille kielteiset piirteet, kuten vaikkapa “purnaaminen” oli otettu osaksi suomalaisen sotilaan kuvaa. Samalla puolustusvoimain piirissä oltiin kuitenkin huolestuneita kansalaisten sitoutumisesta isänmaahan ja maanpuolustukseen henkisellä tasolla. Esimerkiksi nuorison radikaalit aatteet nähtiin uhkana oikeanlaiselle identiteetille. Edellytyksenä hyväksyttävälle sotilasidentiteetille nähtiin poliittisen johdon valitseman puolueettomuusasenteen laaja ja ehdoton hyväksyminen. Tältä osin kaikkien suomalaisten olisi ajateltava samalla tavoin.