The situation of open access institutional repositories in Spain: 2009 report

Introduction. The DRIVER I project drew up a detailed report of European repositories based on data gathered in a survey in which Spain's participation was very low. This created a highly distorted image of the implementation of repositories in Spain. This study aims to analyse the current state of Spanish open-access institutional repositories and to describe their characteristics. Method. The data were gathered through a Web survey. The questionnaire was based on that used by DRIVER I: coverage; technical infrastructure and technical issues; institutional policies; services created; and stimulators and inhibitors for establishing, filling and maintaining their digital institutional repositories. Analysis. Data were tabulated and analysed systematically according responses obtained from the questionnaire and grouped by coverage. Results. Responses were obtained from 38 of the 104 institutions contacted, which had 29 institutional repositories. This represents 78.3% of the Spanish repositories according to the BuscaRepositorios directory. Spanish repositories contained mainly full-text materials (journal articles and doctoral theses) together with metadata. The software most used was DSpace, followed by EPrints. The metadata standard most used was Dublin Core. Spanish repositories offered more usage statistics and fewer author-oriented services than the European average. The priorities for the future development of the repositories are the need for clear policies on access to scientific production based on public funding and the need for quality control indicators. Conclusions.This is the first detailed study of Spanish institutional repositories. The key stimulants for establishing, filling and maintaining were, in order of importance, the increase of visibility and citation, the interest of decision-makers, simplicity of use and search services. On the other hand the main inhibitors identified were the absence of policies, the lack of integration with other national and international systems and the lack of awareness efforts among academia.

Biblioteca digital: a experiência do Impa

Relato da experiência do Impa na informatização de sua biblioteca, utilizando o software Horizon, e na construção de um servidor de preprints (dissertações de mestrado, teses de doutorado e artigos ainda não publicados) através da participação no projeto internacional Math-Net.

Kansallinen metadataformaatti elektronisille opinnäytteille

Versio 1.0 / 14.6.2006

Ydinprosessikuvaus johtamisen tukena rakennusalan konsernissa

Tämän diplomityön tärkeimpänä tavoitteena on kuvata kohdekonsernin ydinprosessi asiakasrajapinnasta takuutarkastukseen sekä sitä tukevat prosessit riittävällä tarkkuudella. Lisäksi tavoitteena on laatia kuvaamisen pohjalta yksinkertainen työkalu yksittäisten hankkeiden johtamisen sekä sisäisen koulutuksen tarpeisiin. Tavoitteena on työn kautta edistää konsernin strategisten tavoitteiden saavuttamista. Työ jakautuu teoria- ja empiriaosaan. Teoriaosassa luodaan viitekehys työn empiriaosalle. Se pitää sisällään prosessiajattelun ja prosessijohtamisen käsittelyä sekä prosessien kuvaamisen ja niiden suorituskyvyn mittaamisen teoreettista taustaa. Työn empiria- eli käytännön osassa kuvataan konsernin strategian mukainen ydinprosessi ja määritetään siihen porttimallin mukaiset portit sekä niissä tarkastettavat minimivaatimukset. Lisäksi esitellään ydinprosessia tukevia prosesseja ja laaditaan suorituskykymittaristo sekä käsitellään jatkuvaa parantamista konsernissa käytännössä. Käytännön osan lopussa esitellään kuvauksen pohjalta laadittu työkalu sekä sen tuomat mahdollisuudet. Teoriaosa on luonteeltaan kirjallisuustutkimus, joka muodostuu kirjojen ja artikkelien pohjalta. Empiriaosassa on sekä tapaustutkimuksen että konstruktiivisen tutkimuksen piirteitä ja menetelminä siinä on käytetty haastatteluja, palavereita ja havainnointia. Empiriaosassa on hyödynnetty myös konsernin omaa aineistoa. Keskeisimpiä tuloksia ovat ydinprosessin kuvaus sekä sen pohjalta laadittu konsernin tarpeisiin vastaava konkreettinen työkalu. Lisäksi tuloksena voidaan pitää havaittua prosessiajattelun edistymistä konsernissa. Kohdekonsernin ydinprosessi koostuu kuudesta vaiheesta: 1) asiakastarpeiden selvitys/myynti, 2) tarjous- ja sopimusvaihe, 3) suunnittelu, 4) työmaavaihe, 5) ennakkotarkastus- ja luovutusvaihe ja 6) loppuselvitys- ja takuuvaihe. Ydinprosessin vaiheet muodostuvat määriteltyjen porttien kautta ja ne muodostavat konsernin prosessikartan rungon.

OpenAIRE compatibility for DSpace repositories

Workshop at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

From Local Practice to Linked Open Data: Rethinking Metadata in Hydra

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

DSpace Metadata Panel

Panel at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

When Metadata Collides: Lessons on Combining Records from Multiple Repository Systems.

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Julkaisuarkistot ja tutkimustietojärjestelmät

Johdantoesitys Kirjastoverkkopäivien Julkaisuarkistot ja tutkimustietojärjestelmät -työpajassa 23.10.2014

Integración de repositorios digitales en salud, desafíos y alternativas de interoperabilidad

Este artículo presenta una descripción de los repositorios digitales y su caracterización dentro del contexto de las ciencias de la salud. Se analiza la forma en como viene siendo almacenada, clasificada, accedida y compartida la información médica representada principalmente en ayudas diagnosticas (como imágenes médicas, resonancias, electrocardiogramas, etc.) así como casos, reportes, diagnósticos entre otros. Aprovechando modelos de interoperabilidad propuestos entre sistemas de información médica (basados en estándares como DICOM, HL7, CDA), se analiza como pueden coexistir e integrarse a mecanismos más tradicionales dentro de repositorios digitales científicos o de otros tipos tanto de colecciones como en el ámbito temático. Retos de interoperabilidad en protocolos, metadatos, formatos digitales de objetos, servicios son las principales demandas de estos repositorios y federaciones. La heterogeneidad es un factor común y un desafío de cara a la interoperabilidad de repositorios, aplicaciones clínicas, metadatos, servicios y hasta dispositivos. A menudo, los servicios expuestos por una entidad, son limitados a ciertas funcionalidades o a ser accedidos por una población determinada de usuarios finales, sea por que su caracterización así lo exige dentro del establecimiento de sus requerimientos o lógica de negocio; como también porque las condiciones (arquitecturas diferentes, sistemas operativos, lenguajes de programación, tecnologías de redes y protocolos de interconexión, elementos hardware, productos software) del o de los dominios organizacionales en los que se encuentran impiden la integración y/o agregación de los diferentes recursos que se desean compartir con objetivos de colaboración. El enfoque de derechos de autor, varia considerablemente respecto a los enfoques tradicionales de repositorios institucionales y la eventual promoción de contenidos en acceso abierto en repositorios de salud representan otro gran reto. Se hace necesario lograr una gran abstracción de todos esos recursos para poder hablar de interoperabilidad, en este caso de repositorios de objetos médicos en donde la abstracción esta asociada a diferentes tecnologías subyacentes de almacenamiento, diferentes condiciones de interconexión de red, diferentes protocolos de comunicación, múltiples idiomas y vocabularios controlados por diferentes comunidades en salud que conllevan a una definición de modelos sintácticos y semánticos de metadatos que representen adecuadamente estos objetos. La implementación de redes de repositorios de objetos médicos, pueden plantear dos acercamientos diferentes: (1) mediante un mecanismo de integración débilmente acoplada, representada por modelos de metadatos y protocolos de interoperabilidad agregados en un punto central, a través del cual se ofrecen los servicios a sus usuarios (tecnologías como OAI-PMH, Dublin Core, HTTP, XML entre algunas otras son los pilares de estos modelos de integración) y (2) mediante un mecanismo de integración fuertemente acoplada, para cuyo caso se plantea una arquitectura de integración basada en Computación en Malla. Como tecnología emergente de computación distribuida, aborda mecanismos que permitan verificar el grado de eficiencia de la interoperabilidad que puede ofrecer a través de un middleware que sirva de enlace entre los usuarios, las aplicaciones y los recursos, para lograr esa gran abstracción . Así mismo se resalta en el contexto colombiano la ausencia de estrategias basadas en estándares para el acceso compartido a dicha información médica, por lo que es de gran interés la exploración de diferentes mecanismos o alternativas propuestas de integración de repositorios médicos con objetivos de propender por un trabajo colaborativo entre instituciones del sector de la salud, y tener una herramienta más que contribuya a la toma de decisiones por parte del personal médico especializado así como el apoyo a la educación en áreas de la salud.

Utilización del Protocolo OAI-PMH para la Recuperación de Objetos de Aprendizaje.

Resumen basado en el de la publicación

Bio-fortification of potato tubers using foliar zinc-fertiliser

Worldwide, many people are zinc (Zn)-deficient. Dietary Zn intake can be increased by producing crops with higher concentrations of Zn in their edible portions. This can be achieved by applying Zn-fertilisers to varieties with an increased ability to acquire Zn and to accumulate Zn in their edible portions. Potato (Solanum tuberosum L.) is an important food crop and is, therefore, a target for bio-fortification with Zn. Field trials incorporating a core collection of 23 potato genotypes, performed over 4 years (2006 – 2009), indicated significant genotypic effects on tuber Zn concentration and suggested that tuber Zn concentration was influenced by environmental effects, but also found that genotype environment (G E) interactions were not significant. Tuber Zn concentrations averaged 10.8 mg kg–1 dry matter (DM), and the ratio between the lowest and the highest varietal tuber Zn-concentration averaged 1.76. Tuber Zn concentrations could be increased by foliar Zn-fertilisation. Tuber yields of ‘Maris Piper’ were unaffected by foliar applications of < 1.08 g Zn plant–1. The relationship between tuber Zn concentration and foliar Zn application followed a saturation curve, reaching a maximum at approx. 30 mg Zn kg–1 DM at a foliar Zn application rate of 1.08 g plant–1. Despite a 40-fold increase in shoot Zn concentration compared to the unfertilised controls following foliar Zn fertilisation with 2.16 g Zn plant–1, only a doubling in tuber Zn concentration was observed. This suggests that the biofortification of tubers with Zn was restricted by the limited mobility of Zn in the phloem. A significant positive linear relationship between tuber Zn concentration and tuber N concentration supported the hypothesis of co-transport of Zn and N-compounds in the phloem.

Analysis of the genetic diversity and structure across a wide range of germplasm reveals prominent gene flow in apple at the European level

Abstract Background: The amount and structure of genetic diversity in dessert apple germplasm conserved at a European level is mostly unknown, since all diversity studies conducted in Europe until now have been performed on regional or national collections. Here, we applied a common set of 16 SSR markers to genotype more than 2,400 accessions across 14 collections representing three broad European geographic regions (North+East, West and South) with the aim to analyze the extent, distribution and structure of variation in the apple genetic resources in Europe. Results: A Bayesian model-based clustering approach showed that diversity was organized in three groups, although these were only moderately differentiated (FST=0.031). A nested Bayesian clustering approach allowed identification of subgroups which revealed internal patterns of substructure within the groups, allowing a finer delineation of the variation into eight subgroups (FST=0.044). The first level of stratification revealed an asymmetric division of the germplasm among the three groups, and a clear association was found with the geographical regions of origin of the cultivars. The substructure revealed clear partitioning of genetic groups among countries, but also interesting associations between subgroups and breeding purposes of recent cultivars or particular usage such as cider production. Additional parentage analyses allowed us to identify both putative parents of more than 40 old and/or local cultivars giving interesting insights in the pedigree of some emblematic cultivars. Conclusions: The variation found at group and sub-group levels may reflect a combination of historical processes of migration/selection and adaptive factors to diverse agricultural environments that, together with genetic drift, have resulted in extensive genetic variation but limited population structure. The European dessert apple germplasm represents an important source of genetic diversity with a strong historical and patrimonial value. The present work thus constitutes a decisive step in the field of conservation genetics. Moreover, the obtained data can be used for defining a European apple core collection useful for further identification of genomic regions associated with commercially important horticultural traits in apple through genome-wide association studies.