Étude du trafic cellulaire de la convertase de proprotéine PCSK9 responsable de la dégradation du récepteur des lipoprotéines de faible densité (LDLR)

Les maladies cardiovasculaires (MCV) sont la principale cause de mortalité dans les pays industrialisés. L'hypercholestérolémie constitue un facteur de risque majeur pour les MCV. Elle est caractérisée par des niveaux élevés de lipoprotéines de faible densité (LDL, aussi appelé “mauvais cholestérol”). La présence prolongée de haut niveaux de LDL dans la circulation augmente le risque de formation de plaques athérosclérotiques, ce qui peut conduire à l'obstruction des artères et l'infarctus du myocarde. Le LDL est normalement extrait du sang par sa liaison au récepteur du LDL (LDLR) qui est responsable de son endocytose dans les hépatocytes. Des études génétiques humaines ont identifié PCSK9 (proprotein convertase subtilisin/kexin type 9) comme le troisième locus responsable de l'hypercholestérolémie autosomique dominante après le LDLR et son ligand l’apolipoprotéine B-100. PCSK9 interagit avec le LDLR et induit sa dégradation, augmentant ainsi les niveaux plasmatiques de LDL. Les mutations gain de fonction (GF) de PCSK9 sont associées à des niveaux plasmatiques élevés de LDL et à l'apparition précoce des MCV, alors que les mutations perte de fonction (PF) de PCSK9 diminuent le risque de MCV jusqu’à ~ 88% grâce à une réduction du LDL circulant. De ce fait, PCSK9 constitue une cible pharmacologique importante pour réduire le risque de MCV. PCSK9 lie le LDLR à la surface cellulaire et/ou dans l'appareil de Golgi des hépatocytes et provoque sa dégradation dans les lysosomes par un mécanisme encore mal compris. Le but de cette étude est de déterminer pourquoi certaines mutations humaines de PCSK9 sont incapables de dégrader le LDLR tandis que d'autres augmentent sa dégradation dans les lysosomes. Plusieurs mutations GF et PF de PCSK9 ont été fusionnées à la protéine fluorecente mCherry dans le but d'étudier leur mobilité moléculaire dans les cellules hépatiques vivantes. Nos analyses quantitatives de recouvrement de fluorescence après photoblanchiment (FRAP) ont montré que les mutations GF (S127R et D129G) avaient une mobilité protéique plus élevée (> 35% par rapport au WT) dans le réseau trans- Golgien. En outre, nos analyses quantitatives de recouvrement de fluorescence inverse après photoblanchiment (iFRAP) ont montré que les mutations PF de PCSK9 (R46L) avaient une mobilité protéique plus lente (<22% par rapport au WT) et une fraction mobile beaucoup plus petite (<40% par rapport au WT). Par ailleurs, nos analyses de microscopie confocale et électronique démontrent pour la toute première fois que PCSK9 est localisée et concentrée dans le TGN des hépatocytes humains via son domaine Cterminal (CHRD) qui est essentiel à la dégradation du LDLR. De plus, nos analyses sur des cellules vivantes démontrent pour la première fois que le CHRD n'est pas nécessaire à l'internalisation de PCSK9. Ces résultats apportent de nouveaux éléments importants sur le mécanisme d'action de PCSK9 et pourront contribuer ultimement au développement d'inhibiteurs de la dégradation du LDLR induite par PCSK9.

Design de nouvelles fonctionnelles en théorie de la fonctionnelle de la densité et conception de polymères pour application à la photovoltaïque organique

La présente thèse porte sur les calculs utilisant la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) pour simuler des systèmes dans lesquels les effets à longue portée sont importants. Une emphase particulière est mise sur les calculs des énergies d’excitations, tout particulièrement dans le cadre des applications photovoltaïques. Cette thèse aborde ces calculs sous deux angles. Tout d’abord, des outils DFT déjà bien établis seront utilisés pour simuler des systèmes d’intérêt expérimental. Par la suite, la théorie sous-jacente à la DFT sera explorée, ses limites seront identifiées et de nouveaux développements théoriques remédiant à ceux-ci seront proposés. Ainsi, dans la première partie de cette thèse, des calculs numériques utilisant la DFT et la théorie de la fonctionnelle de la densité dépendante du temps (TDDFT) telles qu’implémentées dans le logiciel Gaussian [1] sont faits avec des fonctionnelles courantes sur des molécules et des polymères d’intérêt expérimental. En particulier, le projet présenté dans le chapitre 2 explore l’utilisation de chaînes latérales pour optimiser les propriétés électroniques de polymères déjà couramment utilisés en photovoltaïque organique. Les résultats obtenus montrent qu’un choix judicieux de chaînes latérales permet de contrôler les propriétés électroniques de ces polymères et d’augmenter l’efficacité des cellules photovoltaïques les utilisant. Par la suite, le projet présenté dans le chapitre 3 utilise la TDDFT pour explorer les propriétés optiques de deux polymères, le poly-3-hexyl-thiophène (P3HT) et le poly-3-hexyl- sélénophène (P3HS), ainsi que leur mélange, dans le but d’appuyer les observations expérimentales indiquant la formation d’exciplexe dans ces derniers. Les calculs numériques effectués dans la première partie de cette thèse permettent de tirer plusieurs conclusions intéressantes, mais mettent également en évidence certaines limites de la DFT et de la TDDFT pour le traitement des états excités, dues au traitement approximatif de l’interaction coulombienne à longue portée. Ainsi, la deuxième partie de cette thèse revient aux fondements théoriques de la DFT. Plus précisément, dans le chapitre 4, une série de fonctionnelles modélisant plus précisément l’interaction coulombienne à longue portée grâce à une approche non-locale est élaborée. Ces fonctionnelles sont basées sur la WDA (weighted density approximation), qui est modifiée afin d’imposer plusieurs conditions exactes qui devraient être satisfaites par le trou d’échange. Ces fonctionnelles sont ensuite implémentées dans le logiciel Gaussian [1] et leurs performances sont évaluées grâce à des tests effectués sur une série de molécules et d’atomes. Les résultats obtenus indiquent que plusieurs de ces fonctionnelles donnent de meilleurs résultats que la WDA. De plus, ils permettrent de discuter de l’importance relative de satisfaire chacune des conditions exactes.

La densité et la marche : perceptions et pratiques de parents de jeunes enfants dans deux quartiers montréalais

La densification de la ville est l’un des principaux objectifs de l’action publique pour bâtir des milieux de vie de qualité. Mais la densité est un concept polysémique et relatif : on constate un écart entre la densité telle qu’elle est préconisée en aménagement et celle vécue par les populations. Parallèlement, on observe l’exode des jeunes familles montréalaises vers les territoires périurbains de faible densité. Enfin, la littérature souligne une relation positive entre densité, mixité et pratique de la marche. Cette recherche explore les perceptions des parents de jeunes enfants à l’égard de leur environnement bâti, en particulier de sa densité, et en identifie les facteurs qui influencent positivement leur pratique de la marche. Après avoir caractérisé les formes urbaines de deux quartiers montréalais aux densités différentes, nous avons interrogé des parents de jeunes enfants sur leur expérience lors de 16 entrevues semi-dirigées et d’un groupe de discussion. Puis nous avons étudié la relation entre les variables personnelles des participants, leurs perceptions de la densité et leurs pratiques de la marche. Nos résultats mettent en évidence la quête d’un équilibre entre les avantages et inconvénients de la densité, dont les principales variables sont les formes urbaines, les services de proximité et la présence d’animation, la végétation étant un paramètre incontournable pour tous les parents. Caractéristiques clés d’une ville intense, ces paramètres corroborent la littérature existante à ce sujet, en mettant en évidence leur importance dans la création de milieux de vie plus denses pour les jeunes familles et leur influence positive sur la marche.

Les effets du dalcetrapib, un inhibiteur de la protéine de transfert des esters de cholestérol (CETP), sur la structure et la fonction des lipoprotéines de haute densité (HDL) dans l’étude dal-PLAQUE2

Introduction : Le dalcetrapib, inhibiteur de la glycoprotéine hydrophobe de transfert des esters de cholestérol (CETP), a été étudié dans le cadre de l’essai clinique de phase II dal-PLAQUE2 (DP2). L’objectif principal est d’étudier l’effet du dalcetrapib après 1 an de traitement sur la structure et la fonction des HDL dans une sous-population de la cohorte DP2. Méthode : Les sujets de la cohorte DP2 ayant une série de mesures de cIMT et des échantillons de plasma et sérum au baseline et à 1 an de traitement furent sélectionnés (379 sujets: 193 du groupe placebo (PCB) et 186 du groupe dalcetrapib (DAL)). Des données biochimiques prédéterminées, le profil des concentrations et tailles des sous-classes de HDL et LDL en résonance magnétique nucléaire (RMN) et 2 mesures de capacité d’efflux de cholestérol (CEC) du sérum ont été explorées. Les données statistiques furent obtenues en comparant les changements à un an à partir du « baseline » avec un ANOVA ou ANCOVA. La procédure normalisée de fonctionnement d’essai d’efflux de cholestérol permet de calculer l’efflux fractionnel (en %) de 3H-cholestérol des lignées cellulaires BHK-ABCA1 (fibroblastes) et J774 (macrophages, voie ABCA1) et HepG2 (hépatocytes, voie SR-BI), vers les échantillons sériques de la cohorte DP2. Résultats : Pour la biochimie plasmatique, un effet combiné des changements d’activité de CETP dans les 2 groupes a causé une réduction de 30% dans le groupe DAL. Après 1 an de traitement dans le groupe DAL, la valeur de HDL-C a augmenté de 35,5% (p < 0,001) et l’apoA-I a augmenté de 14,0% (p < 0,001). Au profil RMN, dans le groupe DAL après 1 an de traitement, il y a augmentation de la taille des HDL-P (5,2%; p < 0,001), des grosses particules HDL (68,7%; p < 0,001) et des grosses particules LDL (37,5%; p < 0,01). Les petites particules HDL sont diminuées (-9,1%; p < 0,001). Il n’y a aucune différence significative de mesure de cIMT entre les deux groupes après 1 an de traitement. Pour la CEC, il y a augmentation significative par la voie du SR-BI et une augmentation via la voie ABCA1 dans le groupe DAL après 1 an de traitement. Conclusion : Après un an de traitement au dalcetrapib, on note une hausse de HDL-C, des résultats plutôt neutres au niveau du profil lipidique par RMN et une CEC augmentée mais trop faible pour affecter la valeur de cIMT chez les échantillons testés.

Suivi longitudinal de la densité osseuse et du statut en vitamine D chez des enfants prépubères avec une allergie au lait de vache non résolue.

Problématique : L'allergie au lait de vache (ALV) est reconnue comme une condition transitoire qui disparaît chez la majorité des enfants avant l’âge de 3-5 ans, mais des données récentes révèlent une persistance de l’ALV. Les enfants souffrant d’une ALV sont à risque d’apports insuffisants en calcium et en vitamine D, deux nutriments impliqués dans la santé osseuse. Une première étude transversale portant sur la santé osseuse d’enfants prépubères ALV a observé que la densité osseuse (DMO) lombaire était significativement inférieure à celle d’enfants sans allergie au lait de vache (SALV). Objectifs : Sur la base de ces résultats, nous désirons documenter l’évolution longitudinale de la santé osseuse, du statut en vitamine D, des apports en calcium et en vitamine D et de l’adhérence à la supplémentation des enfants ALV (n=36) et de comparer ces données aux enfants SALV (n=19). Résultats : Le gain annualisé de la DMO lombaire est similaire entre les enfants ALV et SALV. Bien qu’il n’y ait pas de différence significative entre les deux groupes, la DMO lombaire des enfants ALV demeure cependant inférieure à celle des témoins. Qui plus est, le score-Z de la DMO du corps entier tend à être inférieur chez les enfants-cas comparé aux témoins. Au suivi, la concentration de 25OHD et le taux d’insuffisance en vitamine D sont similaires entre les deux groupes tout comme les apports en calcium et en vitamine D. Davantage d’enfants ALV prennent un supplément de calcium au suivi comparativement au temps initial (42% vs. 49%, p<0,05), mais le taux d’adhérence à la supplémentation a diminué à 4 jours/semaine. Conclusion : Une évaluation plus précoce ainsi qu’une prise en charge de la santé osseuse des enfants ALV pourraient être indiquées afin de modifier l’évolution naturelle de leur santé osseuse. Les résultats justifient aussi le suivi étroit des apports en calcium et vitamine D par une nutritionniste et la nécessité d'intégrer la supplémentation dans le plan de traitement de ces enfants et d’assurer une surveillance de l’adhérence à la supplémentation.

Análisis a priori de una situación de optimización en segundo de Educación Primaria.

Resumen tomado de la publicación

La noción de a priori en Herbert Spencer o un modelo de elaboración filosófica rechazable.

Según, la teoría de la evolución las experiencias las hemos recibido de nuestro antepasados hereditariamente. As, poseemos el conocimiento a priori de verdades matemáticas y lógica, metafísicas y morales. Estas verdades son para el individuo y para la especie. Por tal motivo no deben ser consideradas solo a priori, es decir, es intuitivo. Está demostrado que lo a priori de Spencer carece de reconocimiento científico y filosófico. ¿Entonces cuál fue el error de este autor? Lo primero es decir que no fue un científico, ni un filósofo, fue simplemente un articulista genial que gozó de estimación. Fue autodidacta. Sus ideas directrices son el resultado de las reuniones a las que asistió desde niño con amigos, familia, etcétera. Como fruto de este alimento espiritual surgieron de su mente algunos libros y muchos artículos. Finalmente concibió la gigantesca empresa de redactar su sistema, que se apoya en la teoría de la evolución que identifica con progreso. Es una fuerza primitiva integradora de materia e inmerso en ella esta el hombre y la evolución ha de explicar lo humano. A partir de la herencia introduce en el mecanismo del hombre una serie de verdades a priori que lo van mejorando progresivamente hasta que se alcance la evolución y el progreso últimos. El hombre actual no tiene prefijado el camino tiene que hacérselo. Así, nuestros conocimientos actuales dependen de contenciones, las cuales cuando caen arrastran consigo los sistemas analíticos construidos sobre ellas. Desde la perspectiva actual de la ciencia no hay posibilidad de dar crédito a la solución ofrecida sobre la formación del conocimiento a priori. Ahí, radica su error. Su concepción de lo a priori es extraña a la filosofía porque desde el principio esta, ha pretendido ser un conocimiento sobre lo originario o radical.

Validation of a priori CME arrival predictions made using real-time heliospheric imager observations

Between December 2010 and March 2013, volunteers for the Solar Stormwatch (SSW) Citizen Science project have identified and analyzed coronal mass ejections (CMEs) in the near real-time Solar Terrestrial Relations Observatory Heliospheric Imager observations, in order to make “Fearless Forecasts” of CME arrival times and speeds at Earth. Of the 60 predictions of Earth-directed CMEs, 20 resulted in an identifiable Interplanetary CME (ICME) at Earth within 1.5–6 days, with an average error in predicted transit time of 22 h, and average transit time of 82.3 h. The average error in predicting arrival speed is 151 km s−1, with an average arrival speed of 425km s−1. In the same time period, there were 44 CMEs for which there are no corresponding SSW predictions, and there were 600 days on which there was neither a CME predicted nor observed. A number of metrics show that the SSW predictions do have useful forecast skill; however, there is still much room for improvement. We investigate potential improvements by using SSW inputs in three models of ICME propagation: two of constant acceleration and one of aerodynamic drag. We find that taking account of interplanetary acceleration can improve the average errors of transit time to 19 h and arrival speed to 77 km s−1.

A priori error analysis of space–time Trefftz discontinuous Galerkin methods for wave problems

We present and analyse a space–time discontinuous Galerkin method for wave propagation problems. The special feature of the scheme is that it is a Trefftz method, namely that trial and test functions are solution of the partial differential equation to be discretised in each element of the (space–time) mesh. The method considered is a modification of the discontinuous Galerkin schemes of Kretzschmar et al. (2014) and of Monk & Richter (2005). For Maxwell’s equations in one space dimension, we prove stability of the method, quasi-optimality, best approximation estimates for polynomial Trefftz spaces and (fully explicit) error bounds with high order in the meshwidth and in the polynomial degree. The analysis framework also applies to scalar wave problems and Maxwell’s equations in higher space dimensions. Some numerical experiments demonstrate the theoretical results proved and the faster convergence compared to the non-Trefftz version of the scheme.

On the significance of the basic structure: a priori baseline views and luck egalitarianism

This paper uses the exploration of the grounds of a common criticism of luck egalitarianism to try to make an argument about both the proper subject of theorising about justice and how to approach that subject. It draws a distinction between what it calls basic structure views and a priori baseline views, where the former take the institutional aspects of political prescriptions seriously and the latter do not. It argues that objections to luck egalitarianism on the grounds of its harshness can in part be explained by this blindness to relevant features of institutions. Further, it may be that luck egalitarianism cannot regard its own enactment as just. A related objection to Dworkin’s equality of resources, which claims that it cannot pick a particular institutional background to set the costs of resources and so is radically indeterminate, is also presented. These results, I argue, give us good reason to reject all a priori baseline views.

Reduced relative entropy techniques for a priori analysis of multiphase problems in elastodynamics

We give an a priori analysis of a semi-discrete discontinuous Galerkin scheme approximating solutions to a model of multiphase elastodynamics which involves an energy density depending not only on the strain but also the strain gradient. A key component in the analysis is the reduced relative entropy stability framework developed in Giesselmann (SIAM J Math Anal 46(5):3518–3539, 2014). The estimate we derive is optimal in the L∞(0,T;dG) norm for the strain and the L2(0,T;dG) norm for the velocity, where dG is an appropriate mesh dependent H1-like space.