A primer for use of genetic tools in selecting and testing the suitability of set-aside sites protected from deep-sea seafloor massive sulfide mining activities

Seafloor massive sulfide (SMS) mining will likely occur at hydrothermal systems in the near future. Alongside their mineral wealth, SMS deposits also have considerable biological value. Active SMS deposits host endemic hydrothermal vent communities, whilst inactive deposits support communities of deep water corals and other suspension feeders. Mining activities are expected to remove all large organisms and suitable habitat in the immediate area, making vent endemic organisms particularly at risk from habitat loss and localised extinction. As part of environmental management strategies designed to mitigate the effects of mining, areas of seabed need to be protected to preserve biodiversity that is lost at the mine site and to preserve communities that support connectivity among populations of vent animals in the surrounding region. These "set-aside" areas need to be biologically similar to the mine site and be suitably connected, mostly by transport of larvae, to neighbouring sites to ensure exchange of genetic material among remaining populations. Establishing suitable set-asides can be a formidable task for environmental managers, however the application of genetic approaches can aid set-aside identification, suitability assessment and monitoring. There are many genetic tools available, including analysis of mitochondrial DNA (mtDNA) sequences (e.g. COI or other suitable mtDNA genes) and appropriate nuclear DNA markers (e.g. microsatellites, single nucleotide polymorphisms), environmental DNA (eDNA) techniques and microbial metagenomics. When used in concert with traditional biological survey techniques, these tools can help to identify species, assess the genetic connectivity among populations and assess the diversity of communities. How these techniques can be applied to set-aside decision making is discussed and recommendations are made for the genetic characteristics of set-aside sites. A checklist for environmental regulators forms a guide to aid decision making on the suitability of set-aside design and assessment using genetic tools. This non-technical primer document represents the views of participants in the VentBase 2014 workshop.

Gramsci, austerity common sense and the attacks on the welfare state: The need to understand and resist the imposition of the global neoliberal agenda and the role of the social work profession.

During the last 30 years governments almost everywhere in the world are furthering a global neoliberal agenda by withdrawing the state from the delivery of services, decreasing social spending and lowering corporate taxation etc. This restructuring has led to a massive transfer of wealth from the welfare state and working class people into capital. In order to legitimize this restructuring conservative governments engage in collective blaming towards their denizens. This presentation will examine some of the well circulated phrases that have been used by the dominant elite in some countries during the last year to legitimize the imposition of austerity measures. Phrases such as, ‘We all partied’ used by the Irish finance minister, Brian Lenihan, to explain the Irish crisis and collectively blame all Irish people, ‘We must all share the pain’, deployed by another Irish Minister Gilmore and the UK coalition administration’s sound bite ‘We are all in this together’, legitimize the imposition of austerity measures. Utilizing the Gramscian concept of common sense (Gramsci, 1971), I call these phrases ‘austerity common sense’. They are austerity common sense because they both reflect and legitimate the austerity agenda. By deploying these phrases, the ruling economic and political elite seek to influence the perception of the people and pre-empt any intention of resistance. The dominant theme of these phrases is that there is no alternative and that austerity measures are somehow self-inflicted and, as such, should not be challenged because we are all to blame. The purpose of this presentation is to explore the “austerity common sense” theme from a Gramscian approach, focus on its implications for the social work profession and discuss the ways to resist the imposition of the global neoliberal agenda.

A Reappraisal of the Safety and Cost-Effectiveness of Statin Therapy in Primary Prevention

Statins are among the most investigated drugs of all time. There is now a wealth of evidence supporting their use in the primary and secondary prevention arenas. The reduction in event recurrence has since been demonstrated across all levels of risk and in elderly patients. As a result, it is now accepted practice for statins to be prescribed universally in secondary prevention unless contraindicated. The extension of this policy into the primary prevention setting is more problematic, with moral and financial issues arising from the long-term treatment of many young apparently healthy individuals. For these reasons it is necessary to prove not only the financial sustainability of such a strategy but also the long-term safety of statins and the degree of benefit that might be expected.

Electron-impact excitation of open d-shell ions

Astrophysics is driven by observations, and in the present era there are a wealth of state-of-the-art ground-based and satellite facilities. The astrophysical spectra emerging from these are of exceptional quality and quantity and cover a broad wavelength range. To meaningfully interpret these spectra, astronomers employ highly complex modelling codes to simulate the astrophysical observations. Important input to these codes include atomic data such as excitation rates, photoionization cross sections, oscillator strengths, transition probabilities and energy levels/line wavelengths. Due to the relatively low temperatures associated with many astrophysical plasmas, the accurate determination of electron-impact excitation rates in the low energy region is essential in generating a reliable spectral synthesis. Hence it is these atomic data, and the main computational methods used to evaluate them, which we focus on in this publication. We consider in particular the complicated open d- shell structures of the Fe-peak ions in low ionization stages. While some of these data can be obtained experimentally, they are usually of insufficient accuracy or limited to a small number of transitions.

Dual Classification Revisited: Rodney Needham and Vertical Asymmetry aboard Scottish Trawlers

Drawing on ethnographic data collected while working as a deckhand on two Scottish trawlers, this article analyses the spatialisation of social, religious and economic inequalities that marked relations between crew members while they hunted for prawns in the North Sea. Moreover, it explores these inequalities as a wider feature of life in Gamrie, Aberdeenshire, a Brethren and Presbyterian fishing village riven by disparities in wealth and religion. Inequalities identified by fishermen at sea mirrored those identified by residents onshore, resulting in fishing boats being experienced as small 'floating villages'. Drawing on the work of Rodney Needham, this article suggests that these asymmetries can be traced along a vertical axis, with greater to lesser wealth and religiosity moving from top/above to bottom/below. The article seeks to understand the presence and persistence of these hierarchies at sea and on land, by revisiting dual classification within anthropological theory.

Left ventricle functional analysis from coronary CT angiography

Coronary CT angiography is widely used in clinical practice for the assessment of coronary artery disease. Several studies have shown that the same exam can also be used to assess left ventricle (LV) function. LV function is usually evaluated using just the data from end-systolic and end-diastolic phases even though coronary CT angiography (CTA) provides data concerning multiple cardiac phases, along the cardiac cycle. This unused wealth of data, mostly due to its complexity and the lack of proper tools, has still to be explored in order to assess if further insight is possible regarding regional LV functional analysis. Furthermore, different parameters can be computed to characterize LV function and while some are well known by clinicians others still need to be evaluated concerning their value in clinical scenarios. The work presented in this thesis covers two steps towards extended use of CTA data: LV segmentation and functional analysis. A new semi-automatic segmentation method is presented to obtain LV data for all cardiac phases available in a CTA exam and a 3D editing tool was designed to allow users to fine tune the segmentations. Regarding segmentation evaluation, a methodology is proposed in order to help choose the similarity metrics to be used to compare segmentations. This methodology allows the detection of redundant measures that can be discarded. The evaluation was performed with the help of three experienced radiographers yielding low intraand inter-observer variability. In order to allow exploring the segmented data, several parameters characterizing global and regional LV function are computed for the available cardiac phases. The data thus obtained is shown using a set of visualizations allowing synchronized visual exploration. The main purpose is to provide means for clinicians to explore the data and gather insight over their meaning, as well as their correlation with each other and with diagnosis outcomes. Finally, an interactive method is proposed to help clinicians assess myocardial perfusion by providing automatic assignment of lesions, detected by clinicians, to a myocardial segment. This new approach has obtained positive feedback from clinicians and is not only an improvement over their current assessment method but also an important first step towards systematic validation of automatic myocardial perfusion assessment measures.

The notion of space in urban housing markets

O mercado imobiliário tem um papel importante nas economias modernas, tanto a nível macro como a nível micro. Ao nível macro, a construção de habitação representa um sector importante e influente na economia, com efeitos multiplicadores significativos sobre a produção e o emprego. Ao nível micro, uma residência representa o activo mais valioso da maioria dos indivíduos e uma parcela muito relevante da riqueza das famílias. Para estas, o custo e a qualidade das suas habitações influencia directa e indirectamente a sua qualidade de vida. A habitação é por isso mesmo um tema, que avaliado nas suas múltiplas dimensões, se caracteriza por ser bastante complexo, mas também ao mesmo tempo desafiante. De modo a delimitar o objecto de análise do trabalho de investigação, esta tese realça os aspectos de localização e distribuição espacial das habitações urbanas. Será desenvolvido um quadro conceptual e respectiva metodologia para a compreender a estrutura espacial da habitação urbana realçando os três aspectos fundamentais da análise espacial: heterogenidade espacial, dependência espacial e escala espacial. A metodologia, aplicada à área urbana de Aveiro e Ílhavo é baseada numa análise hedónica factorial de preços e na noção não geométrica do espaço. Primeiro, é fixada uma escala territorial e são definidos submercados habitacional. Posteriormente, quer a heterogeneidade quer a dependência espaciais são estudados utilizando métodos econométricos, sem considerar qualquer padrão fixo e conhecido de interações espaciais. Em vez disso, são desenvolvidos novos métodos,tendo como base o modelo hedónico factorial, para inferir sobre os potenciais drivers de difusão espacial no valor de uma habitação. Este modelo, foi aplicado a duas diferentes escalas espaciais, para compreender as preferências dos indivíduos em Aveiro ao escolher os seus locais de residencia, e como estas afectam os preços da habitação. O trabalho empírico, utilizando duas bases de dados de habitação distintas, aplicadas ao mercado de habitação de Aveiro mostram: i) em linha com a literatura, a dificuldade de definir submercados e compreender as inter-relações entre esses mercados; ii) a utilidade de uma abordagem híbrida, combinando análise factorial com regressão; iii) a importância fundamental que o efeito escala espacial desempenha no estudo da heterogeneidade e dos spillovers e, finalmente, iv) uma metodologia inovadora para analisar spillovers sem assumir aprioristicamente uma estrutura espacial específica de difusão espacial. Esta metodologia considera a matriz de pesos espaciais (W) desconhecida e estimatima as interações espaciais dentro e entre submercados habitação.

Cegueira congénita na construção da realidade biofísica e psicossocial

O presente estudo teve como objetivo geral comparar a representação mental da realidade em crianças cegas congénitas, com a construção mental da realidade em crianças videntes, ao frequentarem o mesmo contexto de aprendizagem no Ensino Básico da Escola Regular (EBER). Esta comparação visou os seguintes objetivos específicos: (i) caracterizar as representações mentais construídas pelas crianças cegas congénitas a frequentar o EBER, (ii) comparar as representações mentais construídas pelas crianças cegas congénitas com as representações mentais construídas pelas crianças videntes, (iii) caracterizar as representações mentais que as crianças cegas congénitas constroem acerca da sua integração no EBER e (iv) caracterizar as representações mentais que os alunos videntes constroem acerca da integração das crianças cegas no EBER. O enquadramento teórico centrou-se nos conceitos de cegueira, desenvolvimento infantil e representações mentais. Metodologicamente, optámos por um design de estudos de caso múltiplos, com múltiplas unidades de análise. Para a recolha de dados recorremos a (i) entrevistas, (ii) conversas informais, (iii) questionário sociométrico e (iv) análise documental. Os resultados sugerem (i) ausência de diferenças significativas entre o grupo de sujeitos cegos congénitos e o grupo de videntes na identificação de estímulos de natureza percetual, (ii) ausência de diferenças significativas na riqueza, na complexidade e no total, entre as representações mentais evocadas por cegos congénitos e as representações mentais evocadas por videntes, (iii) ausência de diferenças significativas na natureza das informações entre as representações mentais evocadas por cegos congénitos e as representações mentais evocadas por videntes, (iv) ausência de diferenças significativas entre cegos congénitos e videntes, no número de preferências recebidas, no valor relativo tendo em consideração as ordens das preferências recebidas e no número de preferências recíprocas, (v) os videntes emitiram significativamente mais preferências que os respetivos pares cegos congénitos e (vi) o número de preferências emitidas pelos cegos congénitos está significativa e inversamente relacionado com as diferenças entre a riqueza, a complexidade e o total das representações mentais de cegos congénitos e videntes.

Service composition for biomedical applications

A exigente inovação na área das aplicações biomédicas tem guiado a evolução das tecnologias de informação nas últimas décadas. Os desafios associados a uma gestão, integração, análise e interpretação eficientes dos dados provenientes das mais modernas tecnologias de hardware e software requerem um esforço concertado. Desde hardware para sequenciação de genes a registos electrónicos de paciente, passando por pesquisa de fármacos, a possibilidade de explorar com precisão os dados destes ambientes é vital para a compreensão da saúde humana. Esta tese engloba a discussão e o desenvolvimento de melhores estratégias informáticas para ultrapassar estes desafios, principalmente no contexto da composição de serviços, incluindo técnicas flexíveis de integração de dados, como warehousing ou federação, e técnicas avançadas de interoperabilidade, como serviços web ou LinkedData. A composição de serviços é apresentada como um ideal genérico, direcionado para a integração de dados e para a interoperabilidade de software. Relativamente a esta última, esta investigação debruçou-se sobre o campo da farmacovigilância, no contexto do projeto Europeu EU-ADR. As contribuições para este projeto, um novo standard de interoperabilidade e um motor de execução de workflows, sustentam a sucesso da EU-ADR Web Platform, uma plataforma para realizar estudos avançados de farmacovigilância. No contexto do projeto Europeu GEN2PHEN, esta investigação visou ultrapassar os desafios associados à integração de dados distribuídos e heterogéneos no campo do varíoma humano. Foi criada uma nova solução, WAVe - Web Analyses of the Variome, que fornece uma coleção rica de dados de variação genética através de uma interface Web inovadora e de uma API avançada. O desenvolvimento destas estratégias evidenciou duas oportunidades claras na área de software biomédico: melhorar o processo de implementação de software através do recurso a técnicas de desenvolvimento rápidas e aperfeiçoar a qualidade e disponibilidade dos dados através da adopção do paradigma de web semântica. A plataforma COEUS atravessa as fronteiras de integração e interoperabilidade, fornecendo metodologias para a aquisição e tradução flexíveis de dados, bem como uma camada de serviços interoperáveis para explorar semanticamente os dados agregados. Combinando as técnicas de desenvolvimento rápidas com a riqueza da perspectiva "Semantic Web in a box", a plataforma COEUS é uma aproximação pioneira, permitindo o desenvolvimento da próxima geração de aplicações biomédicas.

Ressonância magnética em estudos de produção de fala

Estudar os mecanismos subjacentes à produção de fala é uma tarefa complexa e exigente, requerendo a obtenção de dados mediante a utilização de variadas técnicas, onde se incluem algumas modalidades imagiológicas. De entre estas, a Ressonância Magnética (RM) tem ganho algum destaque, nos últimos anos, posicionando-se como uma das mais promissoras no domínio da produção de fala. Um importante contributo deste trabalho prende-se com a otimização e implementação de protocolos (RM) e proposta de estratégias de processamento de imagem ajustados aos requisitos da produção de fala, em geral, e às especificidades dos diferentes sons. Para além disso, motivados pela escassez de dados para o Português Europeu (PE), constitui-se como objetivo a obtenção de dados articulatórios que permitam complementar informação já existente e clarificar algumas questões relativas à produção dos sons do PE (nomeadamente, consoantes laterais e vogais nasais). Assim, para as consoantes laterais foram obtidas imagens RM (2D e 3D), através de produções sustidas, com recurso a uma sequência Eco de Gradiente (EG) rápida (3D VIBE), no plano sagital, englobando todo o trato vocal. O corpus, adquirido por sete falantes, contemplou diferentes posições silábicas e contextos vocálicos. Para as vogais nasais, foram adquiridas, em três falantes, imagens em tempo real com uma sequência EG - Spoiled (TurboFLASH), nos planos sagital e coronal, obtendo-se uma resolução temporal de 72 ms (14 frames/s). Foi efetuada aquisição sincronizada das imagens com o sinal acústico mediante utilização de um microfone ótico. Para o processamento e análise de imagem foram utilizados vários algoritmos semiautomáticos. O tratamento e análise dos dados permitiu efetuar uma descrição articulatória das consoantes laterais, ancorada em dados qualitativos (e.g., visualizações 3D, comparação de contornos) e quantitativos que incluem áreas, funções de área do trato vocal, extensão e área das passagens laterais, avaliação de efeitos contextuais e posicionais, etc. No que respeita à velarização da lateral alveolar /l/, os resultados apontam para um /l/ velarizado independentemente da sua posição silábica. Relativamente ao /L/, em relação ao qual a informação disponível era escassa, foi possível verificar que a sua articulação é bastante mais anteriorizada do que tradicionalmente descrito e também mais extensa do que a da lateral alveolar. A resolução temporal de 72 ms conseguida com as aquisições de RM em tempo real, revelou-se adequada para o estudo das características dinâmicas das vogais nasais, nomeadamente, aspetos como a duração do gesto velar, gesto oral, coordenação entre gestos, etc. complementando e corroborando resultados, já existentes para o PE, obtidos com recurso a outras técnicas instrumentais. Para além disso, foram obtidos novos dados de produção relevantes para melhor compreensão da nasalidade (variação área nasal/oral no tempo, proporção nasal/oral). Neste estudo, fica patente a versatilidade e potencial da RM para o estudo da produção de fala, com contributos claros e importantes para um melhor conhecimento da articulação do Português, para a evolução de modelos de síntese de voz, de base articulatória, e para aplicação futura em áreas mais clínicas (e.g., perturbações da fala).

A value chain analysis of tuna industry in Ghana

Every can of tuna purchased by the consumer has taken a long journey before reaching the supermarket shelves. For each can bought there is a lengthy process from sea to shelf. A large proportion of the tuna cans purchased in the European Union come all the way from West Africa; a developing region with a high dependency on fisheries. Amidst an ever-increasing demand for tuna products the global tuna fisheries are set to continue expanding, apparently one of the last natural resource based industries fit to do so in West Africa. Tuna is the biggest fisheries export and dominates the fisheries sector in Ghana, a country situated in West Africa. This thesis aims to understand how this globally important industrial fisheries functions in terms of procedures, practices, Governance and finance. Socioeconomic influences, in the setting of a developing country, were also examined. For these purposes a Value Chain Analysis was employed. A Value Chain Analysis is a tool commonly used to understand how different companies and organizations participate in a domestic policy environment, which directs conclusion in the global economy. This analysis has the potential to allow researchers to fully understand a commodity chain and hence identify realistic opportunities for consequential improvements. Interviews and questionnaires were employed in-field Ghana along with secondary data collection techniques. It was found that the fisheries functions at the production level under influences from large multinational companies and tends to operate with a certain degree of lawlessness. Governance over the value chain is well defined, however implementation is poor or non-existent. The processors, whom are also dominated by multinationals, exert some control over the producers and their sales, however the high value links which are highlighted occur at the retail stage. Socioeconomic dynamics acting in the chain included the lack of communication between the public and private sector, power imbalances amongst players at production, the role of local businesswomen as actors in the chain and the general characteristics of the workers in the industry. Value addition and upgrading are needed the most in Governance over the chain, especially within Monitoring, Control and Surveillance. The results of the study provide a wealth of material about the components of a cost-heavy fishing industry in a developing country; an industry on which many eyes have recently turned due to illegal fishing activities. It highlights clearly where funding and future focus are needed. This value chain can be used as a guide for those that need to comprehend the financial complexities and real life dynamics of the Ghanaian tuna fishing industry today.

Aromatic plants, spices and volatiles in food and beverages

The use of spices, common nowadays, was once a sign of high position, luxury and wealth. The value of food ingredients is thus determined by the time in which one lives, that is, it is a product of fashion, since they are always used in a social context. Many plants used as spices enjoyed fame and undeniable importance in the past but their reign was more or less ephemeral, as they were rejected in favour of others for food seasoning, or simply upstaged and/or used for other purposes.

Evaluation of the economic impact of tourism expenditures in Portugal

Dissertação de Mestrado, Economia do Turismo e Desenvolvimento Regional, Faculdade de Economia, Universidade do Algarve, 2015

Does it pay?

This document gives statistics on education, wealth, and earnings for South Carolina and comparisons of other states as a persuasive argument for spending more on education.

On Investor Preferences and Mutual Fund Separation

We extend Cass and Stiglitz’s analysis of preference-based mutual fund separation. We show that high degrees of fund separation can be constructed by adding inverse marginal utility functions exhibiting lower degrees of separation. However, this method does not allow us to find all utility functions satisfying fund separation. In general, we do not know how to write the primal utility functions in these models in closed form, but we can do so in the special case of SAHARA utility defined by Chen et al. and for a new class of GOBI preferences introduced here. We show that there is money separation (in which the riskless asset can be one of the funds) if and only if there is a fund (which may not be the riskless asset) with a constant allocation as wealth changes.