Characterization of a major V3 duplication in the NS5A region of genotype 1b HCV by quasispecies analysis in a French multicenter study

Background and Aims: The NS5A protein of the HCV is known tobe involved in viral replication and assembly and probably in theresistance to Interferon based-therapy. Previous studies identifiedinsertions or deletions from 1 to 12 nucleotides in several genomicregions. In a multicenter study (17 French and 1 Swiss laboratoriesof virology), we identified for the first time a 31 amino acidsinsertion leading to a duplication of the V3 domain in the NS5Aregion with a high prevalence. Quasispecies of each strain withduplication were characterized and the inserted V3 domain wasidentified.Methods: Between 2006 and 2008, 1067 patients chronicallyinfected with a 1b HCV were consecutively included in the study.We first amplified the V3 region by RT-PCR to detect duplication(919 samples successfully amplified). The entire NS5A region wasthen amplified, cloned and sequenced in strains bearing theduplication. V3 sequences (called R1 and R2) from each clonewere analyzed with BioEdit and compared to a V3 consensussequence (C) built from the Database Los Alamos Hepatitis C.Entropy was determined at each position.Results: V3 duplications were identified in 25 patients representinga prevalence of 2.72%. We sequenced 2043 clones from which776 had a complete coding NS5A sequence (corresponding toa mean of 30 clones per patient). At the intra-individual level,6 to 17 variants were identified per V3 region, with a maximum of3 different amino acids. At the inter-individual level, a differenceof 7 and 2 amino acids was observed between C and R1 and R2sequences, respectively. Moreover few positions presented entropyhigher than 1 (4 for the R1, 2 for the R2 and 2 for the C). Among allthe sequenced clones, more than 60% were defective virus (partialfragment of NS5A or stop codon).Conclusions: We identified a duplication of the V3 domain ingenotype 1b HCV with a high prevalence. The R2 domain, which wasthe most similar to the C region, might probably be the "original"domain, whereas R1 should be the inserted domain. Phylogeneticanalyses are under process to confirm this hypothesis.

Los Mapas de riesgo de inundaciones: representación de la vulnerabilidad y aportación de las innovaciones tecnológicas

Los mapas de riesgo de inundaciones deberían mostrar las inundaciones en relación con los impactos potenciales que éstas pueden llegar a producir en personas, bienes y actividades. Por ello, es preciso añadir el concepto de vulnerabilidad al mero estudio del fenómeno físico. Así pues, los mapas de riesgo de daños por inundación son los verdaderos mapas de riesgo, ya que se elaboran, por una parte, a partir de cartografía que localiza y caracteriza el fenómeno físico de las inundaciones, y, por la otra, a partir de cartografía que localiza y caracteriza los elementos expuestos. El uso de las llamadas «nuevas tecnologías», como los SIG, la percepción remota, los sensores hidrológicos o Internet, representa un potencial de gran valor para el desarrollo de los mapas de riesgo de inundaciones, que es, hoy por hoy, un campo abierto a la investigación

Identificación y delimitación de bancos naturales de invertebrados marinos, zonas de pesca artesanal y areas propuestas para maricultura en el Litoral de la Región Áncash

Se presentan los resultados de la prospección biooceanográfica, realizada en el litoral de la Región Áncash, orientada a identificar y delimitar tres aspectos: (1) los bancos naturales de invertebrados marinos, (2) las zonas de pesca artesanal y (3) las áreas propuestas para maricultura.

Biología y pesquería de cuatro especies de invertebrados marinos de importancia comercial. Región Tumbes, II Etapa – 2007

La Sede Regional de IMARPE Tumbes en el 2007 realizó la segunda etapa del estudio biológico pesquero de langosta (Panulirus gracilis), ostra (Ostrea iridescens), cangrejo de los manglares (Ucides occidentalis) y concha negra (Anadara tuberculosa). El desembarque de esas especies fue 432,9 t, constituyendo el 75% de los invertebrados marinos extraídos en esta Región. Se registró 11 especies (8 moluscos, 2 artrópodos y 1 equinodermo) relacionados con sus capturas. El cangrejo de los manglares alcanzó las mayores capturas con 220,5 t. El centro de acopio El Tumpis registró el mayor desembarque con 191,7 t (44,28%) y predominio de la ostra, Villar registró 119,3 t (27,56%). La mayor CPUE anual fue para ostra (48,5 kg/viaje) seguido por concha rayada (16,7 kg/faena) y el cangrejo de los manglares (9,1 kg/faena). Se reportó 70% de ejemplares de concha negra por debajo de la talla mínima legal de extracción (TME) (45 mm de longitud valvar), y 18% en cangrejo de los manglares (65 mm AC).

Operatividad y selectividad del chinchorro de playa en la pesca artesanal de la Región Lambayeque

artesanal de la Región Lambayeque, se estudió en tres salidas de campo, en 12 zonas de pesca. En 19 lances de pesca, se capturó en total 12.606 kg de peces e invertebrados. El bagre (Galeichthys peruvianus) fue la especie dominante con una captura total de 10.546 kg (83,6%). La captura fue mayor en el copo (89,63%) que en las alas (9,82%) y sobrecopo (0,53%). El descarte de la captura total fue 250 kg de ejemplares juveniles. El uso de malla cuadrada en el copo evidenció alta selectividad sobre especies fusiformes y, baja selectividad sobre los de cuerpo lateralmente comprimido y alto, por lo que no se recomienda su uso en este arte de pesca.

Pesca exploratoria y experimental con red de cerco artesanal en la Región Tumbes.2005

Se evaluó la utilización de la malla de 50 mm (2”) en redes de cerco artesanal de la Región Tumbes en una pesquería multiespecífica. Se trabajó con una red control de tamaño de malla de 38 mm (1,5”) y la red experimental de 50 mm (2,0”), con un porcentaje de embande de 0,65 y 0,77, respectivamente. Se determinó diferencia entre las curvas de profundidad de calado del cuerpo central de las redes (tc= 46,670, t*= 1,98, p= 0) la red experimental tuvo mayor profundidad de velado; entre las curvas de velocidad de caída del cuerpo central de las redes, hubo diferencia significativa (tc= 7,790, t*= 1,98, p = 0,000), debido al mayor lastre y filtrado de las mallas de la red experimental. El coeficiente abertura horizontal (μ1) de las mallas en la franja superior durante el máximo velado de la red y el gareteo fue en las mallas del cabecero o copo, parte central y ultimo cuerpo de la red, en promedio 0,71; 0,74 y 0,73 respectivamente; (valores cercanos al coeficiente de armado ideal para el escape de ciertos peces fusiformes). El promedio de μ1 obtenidos en la región de las mallas centrales en el cabecero, centro y ultimo cuerpo de la red fue 0,85; 0,85 y 0,84 respectivamente; lo que indicó una mayor abertura horizontal de las mallas por encima del valor del coeficiente de armado que no permitiría el escape de los peces. Se concluyó que por la condición de las mallas de la red de cerco experimental (tamaño de malla 50 mm) no es óptima para gran parte de la estructura de la red, esto no permitiría la selectividad por tamaños.

Calidad del ambiente marino y costero en la Región Áncash, 2012

Entre abril y octubre 2012, se evaluó la línea costera y las bahías Coishco, El Ferrol, Samanco, Tortuga, Casma, Huarmey y Caleta Culebras y los ríos Santa, Lacramarca, Casma, Culebras, Huarmey y Samanco. Se localizaron valores termohalinos propios de Aguas Costeras Frías (ACF) con influencias de vertidos antropogénicos y variaciones locales del proceso de evaporación. En abril el oxígeno disuelto presentó valores >5,00 mg/L en toda el área a excepción de la bahía Coishco (3,72 mg/L); en octubre la concentración más alta estuvo en Samanco (7,51 mg/L) y la más baja en Huarmey (2,53 mg/L), el pH estuvo en relación directa con el oxígeno. En abril y octubre los agentes contaminantes de sólidos suspendidos totales presentaron valores >30,00 mg/L en las bahías Coishco, El Ferrol y Tortuga, superando lo permitido por los Estándares Nacionales de Calidad Ambiental para Agua, categoría 4. En abril y octubre la calidad de agua en la cuenca baja de los ríos Santa, Lacramarca, Casma, Culebras y Huarmey respecto a la concentración de la demanda bioquímica de oxígeno estuvo dentro de los Estándares Nacionales de Calidad Ambiental para Agua, categoría 4.

Sedimentos superficiales y morfología de la plataforma y talud continental superior entre 3°30’S y 15°30’S, Perú

Basados en la compilación de resultados de análisis sedimentológicos (granulometría, contenido orgánico) de 1191 estaciones realizadas por IMARPE, de 1975 a 2001, la compilación de información sobre el tema entre los 3°30’S y los 15°30’S y con el conocimiento de la morfología del fondo marino de esta región, se definen tres grandes áreas: al norte de los 6°15’S, de 6°15’S a 9°30’S y entre 9°30’ y 15°30’S. Entre los 3°30’ y los 6°15’S los contenidos de materia orgánica son mayores a 5% y menores a 10%, el carbono orgánico predomina con valores <1% a 2%. Los sedimentos corresponden a facies de fango y arenas, de origen terrígeno. El ancho de la plataforma es variable aproximadamente de 3 a 30 mn (14 mn promedio), la pendiente del talud superior es bastante pronunciada, presenta caídas bruscas. El relieve es disparejo, con fuertes desmembramientos en el borde exterior de la plataforma y el talud superior debido a que se encuentra surcado por cañones submarinos. En el extremo noroccidental de esta zona, se halla el Banco de Máncora cuyo fondo es rocoso e irregular. Entre los 6°30’S y los 9°30’S los contenidos de materia orgánica se incrementan de 5% a 15%, los contenidos de carbono orgánico son >2% y llegan a 5%, en algunos casos localmente superan este valor casi en tres puntos más. En los sedimentos del sector norte de esta zona predominan facies texturales de arenas y fango de origen terrígeno y también biógenos (foraminíferos), hacia el sur de esta zona predominan sedimentos de origen biogénico y autigénico (principalmente fosforita). El ancho de la plataforma se incrementa hasta alcanzar su máxima magnitud, esta es variable, aproximadamente de 22 a 70 mn. El talud superior tiene un declive moderado. El relieve del fondo marino en el borde exterior de la plataforma y talud superior se hallan surcados por cañones submarinos (7° - 9°S). Frente a Punta Chao aproximadamente a 65 mn se encuentra el Banco de Chimbote cuyo fondo es rocoso e irregular. La granulometría de los sedimentos y sus estadígrafos muestran un cambio definido desde los 10°30’S. Desde los 9°30’ a los 15°45’S los valores de materia orgánica por lo general sobrepasan el 15% y pueden alcanzar hasta 32,12%, los contenidos de carbono orgánico varían de 5% a 11,14%. En esta zona se encuentra presente, principalmente fango limoso y fango arcilloso terrígeno y biógeno (diatoméico). El ancho de la plataforma varía de modo general entre 10 y 50 mn (24 mn promedio aproximadamente). La pendiente del talud superior es suave en casi toda su extensión, el relieve del fondo marino es bastante uniforme, surcado por algunos pequeños cañones submarinos que no afectan la regularidad del relieve. De la interpretación de la data, análisis de parámetros estadísticos generados y condiciones de los sedimentos, se encontró coincidencia en la zona de la plataforma y talud superior de más de uno de los factores medio ambiente deposicional que permiten la preservación del contenido de materia orgánica tales como: Tipo y condiciones geoquímicas del sedimento y fondo marino, morfología del fondo marino, hidrodinámica, fuente de suministro, tasa de sedimentación, bioturbación.

Fuerza prensil de la mano asociada al grado de autonomía y riesgo de caída en ancianos

Objetivo: Determinación de la fuerza de prensión de la mano como indicador de la capacidad funcional y grado de autonomía para actividades cotidianas en personas de la tercera edad. Diseño: Se realizó un estudio observacional de diseño transversal. Emplazamiento: Medio comunitario. Centros cívicos, centros culturales y residencias de la tercera edad de la comarca del Bages (Barcelona). 2 Participantes: Se estudió a 61 personas, 40 mujeres y 21 hombres, con un rango de edad comprendido entre los 65 y 90 años, quienes no presentaban afecciones invalidantes graves. Se solicitó su colaboración y aceptación voluntaria tras informar del objetivo del estudio. Mediciones principales: El grado de autonomía funcional se valoró mediante el test de Barthel y el test de Lawton-Brody, y el riesgo de caída mediante el test de Tinetti. La fuerza muscular máxima voluntaria (FMMV) se determinó mediante el test de prensión de la mano (handgrip). Resultados: Los hombres mostraron una correlación positiva y estadísticamente significativa (p=0.001) entre la fuerza prensil de la mano y el grado de autonomía funcional y el menor riesgo de caída (p=0.037). Dicha correlación no fue observada en las mujeres respecto al grado de autonomía (p=0.232) y fue escasa para el riesgo de caída (p=0.048). Conclusiones: El test de handgrip es una herramienta potencialmente útil para estimar la autonomía funcional e instrumental y el riesgo de caídas, especialmente en varones que sobrepasan los 65 años.

La Multi-metodología Autobiográfica Extendida (MAE). Una estrategia cualitativa para estudiar la identidad, los fondos de conocimiento y las formas de vida

La multi-metodología autobiográfica es una aproximación cualitativa que combina distintas técnicas para estudiar la construcción narrativa de la identidad. El objetivo de este artículo es ofrecer una revisión de dicho enfoque a partir de una expansión de los distintos instrumentos cualitativos utilizados. Más concretamente, la multi-metodología autobiográfica extendida (MAE) consta de cuatro grupos de técnicas: entrevistas en profundidad (historia de vida, entrevista de fondos de conocimiento y la entrevista de Durand), el retrato o dibujo identitario revisado (dibujo identitario, auto-definición, tarea identitaria de las diez definiciones), el análisis de los artefactos-rutinas-formas de vida (diario de una semana, detección de artefactos, rutinas a través de fotografías, rutinas educativas a través de fotografías ) y la utilización de distintos “mapas psicológicos o psicogeográficos” (cronograma, genograma, ecomapa, geomapa y mapa relacional). Después de definir la identidad, los fondos de conocimiento y las formas de vida como posibles objetos de estudio en ciencias sociales, el artículo describe e ilustra las distintas técnicas que componen la metodología propuesta. Se concluye recomendando la triangulación de técnicas cualitativas narrativas basadas en el lenguaje, el caso de las tradicionales entrevistas en profundidad, con determinados procedimientos visuales, a partir de la utilización de fotografías o representaciones gráficas

En el corazón de las tinieblas... del Putumayo, 1890-1932. Fronteras, caucho, mano de obra indígena y misiones católicas en la nacionalización de la Amazonía

Objetivo del artículo es reflexionar sobre el llamado «escándalo del Putumayo» estallado en la primera década del siglo XX, en la región objeto de litigio fronterizo entre Perú y Colombia. La denuncia en la prensa internacional de la explotación de los indígenas amazónicos hecha por la empresa «Peruvian Amazon Company», de la que el principal accionista fue el cauchero Julio C. Arana, presentó la región como un nuevo «Congo peruano» y provocó la intervención de Gran Bretaña, Perú, el Vaticano, Colombia y el propio Arana. A partir de repositorios documentales de la cancillería peruana, de los archivos de la Santa Sede, de la folletística y bibliografía publicada por las partes involucradas se plantea una reflexión sobre el escándalo, incidiendo en los argumentos sostenidos por las partes, en particular la peruanización de la región, defendida por Arana y el gobierno peruano.

Interaction between neuropeptide Y (NPY) and brain-derived neurotrophic factor in NPY-mediated neuroprotection against excitotoxicity : a role for microglia

The neuroprotective effect of neuropeptide Y (NPY) receptor activation was investigated in organotypic mouse hippocampal slice cultures exposed to the glutamate receptor agonist alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA). Exposure of 2-week-old slice cultures, derived from 7-day-old C57BL/6 mice, to 8 microm AMPA, for 24 h, induced degeneration of CA1 and CA3 pyramidal cells, as measured by cellular uptake of propidium iodide (PI). A significant neuroprotection, with a reduction of PI uptake in CA1 and CA3 pyramidal cell layers, was observed after incubation with a Y(2) receptor agonist [NPY(13-36), 300 nm]. This effect was sensitive to the presence of the selective Y(2) receptor antagonist (BIIE0246, 1 microm), but was not affected by addition of TrkB-Fc or by a neutralizing antibody against brain-derived neurotrophic factor (BDNF). Moreover, addition of a Y(1) receptor antagonist (BIBP3226, 1 microm) or a NPY-neutralizing antibody helped to disclose a neuroprotective role of endogenous NPY in CA1 region. Cultures exposed to 8 microm AMPA for 24 h, displayed, as measured by an enzyme-linked immunosorbent assay, a significant increase in BDNF. In such cultures there was an up-regulation of neuronal TrkB immunoreactivity, as well as the presence of BDNF-immunoreactive microglial cells at sites of injury. Thus, an increase of AMPA-receptor mediated neurodegeneration, in the mouse hippocampus, was prevented by neuroprotective pathways activated by NPY receptors (Y(1) and Y(2)), which can be affected by BDNF released by microglia and neurons.

Los Ciprínidos (Pisces) del sistema lacustre Oligocénico-Miocénico de los Monegros (sector SE de la cuenca del Ebro, provincias de Lleida, Tarragona, Huesca y Zaragoza)

El material de dientes faringeos de Ciprinidos procedentes de las sucesiones lacustres del Oligoceno superior y Aquitaniense inferior del sector SE de la cuenca del Ebro es atribuido a Rutilus antiquus n.p. Esta nueva especie es morfologicamente proxima a R. pachecoi (ROYO) y ccLeuciscusa antunesi GAUDANT, reconocidas en el Mioceno de la Pennsula Ibrica, asi como a la especie actual R. alburnoides (STEINDACHNER). R. antiquus n.p. habito durante el Oligoceno superior y probablemente durante el Aquitaniense 1os lagos someros endorreicos de salinidad variable (Sistema lacustre de Los Monegros) del sector SE de la cuenca del Ebro.

Los sistemas lacustres del Eoceno superior y Oligoceno del sector oriental de la Cuenca del Ebro

El relleno sedimentari de edad Priaboniense superior-Chattiense dcl sector oriental de la cuencade antepaís del Ebro puede subdividirse en cinco secuencias deposicionales, definidas en base a 1os principales cambios paleogeográficos que afectaron alos sistemas aluviales y lacustres en la región. Tanto el desarrollo de estructuras tectónicas superficiales como 1os procesos de ajuste isostático regional son considerados como 1os principales factores de control de esta evolución sedimentaria. Los cinco sistemas lacustres reconocidos (La Noguera, L'Anoia, Segarra, L'Urgell y Los Monegros) muestran unas caracteristicas de extensión areal y desarrollo de facies fuertemente controladas por su situación respecto a las zonas de máxima subsidencia. Las tendencias megasecuenciales de cambio o de alternancia de deposición evaporítica y carbonatada, son atribuidas aquí tanto a posibles cambios climáticos como a cambios en la composición del área fuente. Estos fueron inducidos por la evolución tectónica de los margenes de la cuenca.

Contexto estructural y paleogeográfico de los sistemas lacustres cenozoicos de España.

La evolución de los sistemas lacustres cenozoicos en España estuvo claramente influida por: l) la edificación de los orógenos pirenaico y bético y la intensa deformación interna que afectó la microplaca de Iberia. 2) l0s cambios de las condiciones paleogeogrlficas y paleoclimáticas generales que afectaron la región mediterránea occidental-atlántica oriental en la que se localizaba Iberia. Potentes sucesiones de carbonatos y evaporitas lacustres han sido reconocidas en la mayor parte de las cuencas cenozoicas españolas. Junto a estos depósitos se registra la presencia de otros menos frecuentes (carbón, devósitos bituminosos, diatomitas, arcillas especiales) también significativos desde un punto de vista geolimnolÓgico e interesantes desde una perspectiva económica. Los mayores y mis persistentes sistemas lacustres se ubicaron en las cuencas de antepaís, arealmente muy extensas. Los de menor entidad y mis corta evolución se formaron en cuencas limitadas por fallas de distintos tipos. En ambos casos los sistemas lacustres evolucionaron en estrecharelacióncon sistemas aiuviales y sus características hidroquírnicas estuvieron muy influidas por el reciclaje de depósitos de carbonatos, sulfatos y cloruros, fundamentalmente de edad mesozoica. Este reciclaje influyó tanto en la litologia de las sucesiones lacustres resultantes como sobre las caracteristicas de las asociaciones de organismos limnicos que se desarrollaron en los sistemas lacustres.