Gammaretroviral and lentiviral vectors for gene therapy: stability and inactivation mechanisms

Dissertation presented to obtain a Ph.D degree in Engineering and Technology Sciences, Gene Therapy at the Instituto de Tecnologia Quimica e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Galanteria : peça em 1 acto, de Aleixo Ribeiro. Edição face a face

Trabalho de Projecto apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Edição de Texto.

Post-transcriptional regulation of HFE gene expression

Thesis presented to obtain the Ph.D. degree in Biology (Molecular Genetics), by the Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia.

Rapid Evolution of the Sequences and Gene Repertoires

Proteins secreted to the extracellular environment or to the periphery of the cell envelope, the secretome, play essential roles in foraging, antagonistic and mutualistic interactions. We hypothesize that arms races, genetic conflicts and varying selective pressures should lead to the rapid change of sequences and gene repertoires of the secretome. The analysis of 42 bacterial pan-genomes shows that secreted, and especially extracellular proteins, are predominantly encoded in the accessory genome, i.e. among genes not ubiquitous within the clade. Genes encoding outer membrane proteins might engage more frequently in intra-chromosomal gene conversion because they are more often in multi-genic families. The gene sequences encoding the secretome evolve faster than the rest of the genome and in particular at non-synonymous positions. Cell wall proteins in Firmicutes evolve particularly fast when compared with outer membrane proteins of Proteobacteria. Virulence factors are over-represented in the secretome, notably in outer membrane proteins, but cell localization explains more of the variance in substitution rates and gene repertoires than sequence homology to known virulence factors. Accordingly, the repertoires and sequences of the genes encoding the secretome change fast in the clades of obligatory and facultative pathogens and also in the clades of mutualists and free-living bacteria. Our study shows that cell localization shapes genome evolution. In agreement with our hypothesis, the repertoires and the sequences of genes encoding secreted proteins evolve fast. The particularly rapid change of extracellular proteins suggests that these public goods are key players in bacterial adaptation.

Linking the embryonic clock with temporal collinearity of Hox gene activation

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Novel Secretion Apparatus Maintains Spore Integrity and Developmental Gene Expression in Bacillus subtilis

Plos Genetics, 5(7): ARTe1000566

Projecto de molde para peça para a indústria automóvel

A realização deste trabalho teve por base uma solicitação por parte de uma empresa dedicada ao projecto e fabrico de moldes, assim como à injecção de plásticos, no sentido de projectar um molde para a injecção de uma peça em plástico (PP-Polipropileno +20% ) para a indústria automóvel, segundo os requisitos de qualidade exigidos pelo cliente Assim, atendendo a esses requisitos, foi planeado e elaborado o projecto do respectivo molde para a injecção, tendo em consideração todos os factores que contribuem de forma activa para a obtenção das peças desejadas, com a qualidade exigida e com o tempo de vida desejado para o molde. Tendo início na definição das cavidades e movimentos do molde, passando pela selecção dos materiais mais adequados a cada um dos componentes do molde, selecção de componentes normalizados para o molde, simulação do enchimento e necessidades de arrefecimento, até à execução do molde e análise de possíveis não conformidades nas peças nele injectadas, o trabalho acompanhou todo o processo de criação do molde, desde a recepção das especificações emanadas pelo cliente, até ao teste e realização das correcções finais. Constatou-se que o molde, após ligeiras afinações finais, cumpriu com os objectivos inicialmente traçados, permitindo a obtenção de peças com o formato e qualidade exigidas pelo cliente final.

Establishing a high titer transient gene expression process in conditioned media for CHO-DG44 cells

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia

Gold nanoparticle-DNA conjugates for oligonucleotide vectorization towards gene silencing

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Mapping of a Leishmania major gene/locus that confers pentamidine resistance by deletion and insertion of transposable element

Pentamidine (PEN) is an alternative compound to treat antimony-resistant leishmaniasis patients, which cellular target remains unclear. One approach to the identification of prospective targets is to identify genes able to mediate PEN resistance following overexpression. Starting from a genomic library of transfected parasites bearing a multicopy episomal cosmid vector containing wild-type Leishmania major DNA, we isolated one locus capable to render PEN resistance to wild type cells after DNA transfection. In order to map this Leishmania locus, cosmid insert was deleted by two successive sets of partial digestion with restriction enzymes, followed by transfection into wild type cells, overexpression, induction and functional tests in the presence of PEN. To determine the Leishmania gene related to PEN resistance, nucleotide sequencing experiments were done through insertion of the transposon Mariner element of Drosophila melanogaster (mosK) into the deleted insert to work as primer island. Using general molecular techniques, we described here this method that permits a quickly identification of a functional gene facilitating nucleotide sequence experiments from large DNA fragments. Followed experiments revealed the presence of a P-Glycoprotein gene in this locus which role in Leishmania metabolism has now been analyzed.

Rapid turnover of Plasmodium falciparum var gene transcripts and genotypes during natural non-symptomatic infections

The var genes of Plasmodium falciparum code for the antigenically variant erythrocyte membrane proteins 1 (PfEMP1), a major factor for cytoadherence and immune escape of the parasite. Herein, we analyzed the var gene transcript turnover in two ongoing, non-symptomatic infections at sequential time points during two weeks. The number of different circulating genomes was estimated by microsatellite analyses. In both infections, we observed a rapid turnover of plasmodial genotypes and var transcripts. The rapidly changing repertoire of var transcripts could have been caused either by swift elimination of circulating var-transcribing parasites stemming from different or identical genetic backgrounds, or by accelerated switching of var gene transcription itself.

Role of the DHH1 Gene in the Regulation of Monocarboxylic Acids Transporters Expression in Saccharomyces cerevisiae

Previous experiments revealed that DHH1, a RNA helicase involved in the regulation of mRNA stability and translation, complemented the phenotype of a Saccharomyces cerevisiae mutant affected in the expression of genes coding for monocarboxylic-acids transporters, JEN1 and ADY2 (Paiva S, Althoff S, Casal M, Leao C. FEMS Microbiol Lett, 1999, 170∶301–306). In wild type cells, JEN1 expression had been shown to be undetectable in the presence of glucose or formic acid, and induced in the presence of lactate. In this work, we show that JEN1 mRNA accumulates in a dhh1 mutant, when formic acid was used as sole carbon source. Dhh1 interacts with the decapping activator Dcp1 and with the deadenylase complex. This led to the hypothesis that JEN1 expression is post-transcriptionally regulated by Dhh1 in formic acid. Analyses of JEN1 mRNAs decay in wild-type and dhh1 mutant strains confirmed this hypothesis. In these conditions, the stabilized JEN1 mRNA was associated to polysomes but no Jen1 protein could be detected, either by measurable lactate carrier activity, Jen1-GFP fluorescence detection or western blots. These results revealed the complexity of the expression regulation of JEN1 in S. cerevisiae and evidenced the importance of DHH1 in this process. Additionally, microarray analyses of dhh1 mutant indicated that Dhh1 plays a large role in metabolic adaptation, suggesting that carbon source changes triggers a complex interplay between transcriptional and post-transcriptional effects.

Desenvolvimento do processo de produção de peça plástica revestida a PVC para a indústria automóvel

O desenvolvimento do processo de produção de um produto para a indústria automóvel é sempre um desafio de nível de dificuldade exigente. Este trabalho teve por base o estudo do desenvolvimento do processo de produção de um produto para a área automóvel, constituído por diversos componentes e exigindo diversas etapas de produção. O desafio partiu de um cliente da SIMOLDES - PLÁSTICOS, S.A. que necessitava de uma peça em plástico para um novo modelo de automóvel. Foram estabelecidas as condições iniciais impostas pelo cliente e foram estudados os condicionalismos impostos pelas mesmas. Foram estudadas diferentes alternativas com vista à optimização do processo, garantindo a qualidade e tentando minimizar o custo final do produto. Foi realizada uma optimização dos moldes, por forma a poderem ser utilizadas máquinas com Força de Fecho mais baixa. Foram desenvolvidos alguns equipamentos que permitiram à empresa optar por novas formas de produção, utilizando materiais mais amigos do ambiente. Foram estudadas as condições de distribuição e optimização das tarefas, com vista à garantia do cumprimento dos prazos de entrega exigidos pelo cliente. Foi estudado o ‘layout’ que optimizou as operações de transporte das diferentes peças que constituem o produto final. Este trabalho foi elaborado com base num trabalho desenvolvido e implementado na SIMOLDES – PLÁSTICOS, S.A.