Proposal for DICOM Multiframe Medical Image Integrity and Authenticity

This paper presents a novel algorithm to successfully achieve viable integrity and authenticity addition and verification of n-frame DICOM medical images using cryptographic mechanisms. The aim of this work is the enhancement of DICOM security measures, especially for multiframe images. Current approaches have limitations that should be properly addressed for improved security. The algorithm proposed in this work uses data encryption to provide integrity and authenticity, along with digital signature. Relevant header data and digital signature are used as inputs to cipher the image. Therefore, one can only retrieve the original data if and only if the images and the inputs are correct. The encryption process itself is a cascading scheme, where a frame is ciphered with data related to the previous frames, generating also additional data on image integrity and authenticity. Decryption is similar to encryption, featuring also the standard security verification of the image. The implementation was done in JAVA, and a performance evaluation was carried out comparing the speed of the algorithm with other existing approaches. The evaluation showed a good performance of the algorithm, which is an encouraging result to use it in a real environment.

Stone fruit injuries and damage at the wholesale market of Sao Paulo, Brazil

Mechanical injuries and diseases in stone fruit are important causes for market rejection. The objectives of this research were to quantify and characterize the mechanical injuries and diseases in peaches, nectarines and plums at Sao Paulo`s wholesale market, the largest in Brazil. Incidence of injuries was assessed weekly in 1 % of the marketed fruit (2973 fruit/week), from September to December in 2003 and 2004. Mechanical injuries were the most frequent injuries in both years, ranging from 8.73% (plum) to 44.5% (nectarine) of injured fruit. There was a significant positive correlation between the incidence of postharvest mechanical injuries and postharvest diseases. Incidence of postharvest diseases varied from 2.5% to 6.6%. Cladosporium rot (Cladosporium sp.) and brown rot (Monilinia fructicola) were the most frequent diseases, and were mostly detected in the apexes of nectarines and peaches. Aurora (peach), Sunraycer (nectarine) and Gulfblaze (plum) varieties were the most susceptible to injuries and diseases. (c) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

Clifford Geertz, 1926-2006: Meaning, method, and Indonesian economic history

Clifford Geertz was best known for his pioneering excursions into symbolic or interpretive anthropology, especially in relation to Indonesia. Less well recognised are his stimulating explorations of the modern economic history of Indonesia. His thinking on the interplay of economics and culture was most fully and vigorously expounded in Agricultural Involution. That book deployed a succinctly packaged past in order to solve a pressing contemporary puzzle, Java's enduring rural poverty and apparent social immobility. Initially greeted with acclaim, later and ironically the book stimulated the deep and multi-layered research that in fact led to the eventual rejection of Geertz's central contentions. But the veracity or otherwise of Geertz's inventive characterisation of Indonesian economic development now seems irrelevant; what is profoundly important is the extraordinary stimulus he gave to a generation of scholars to explore Indonesia's modern economic history with a depth and intensity previously unimaginable.

Some factors affecting white stem borer Scirpophaga innotata (Walker) (Lepidoptera : Pyralidae) injury to rice

The amount of injury to rice caused by white stem borer Sciryophaga innotata depends on cultivar, and stage of plant and insect development, as well as insect abundance. Of the cultivars tested, IR64, IR42, Cisadane and Ketan. IR64 were the most susceptible and Ketan the least susceptible to feeding damage. Third and fourth instars consumed more stem dry matter than other stages, although yield reduction depended on the number of tillers injured. On the wider stemmed Ketan, fewer tillers were injured than the narrower IR64. Larvae are more likely to move among tillers in the third instar stage, which tends to coincide with maximum tillering and may result in more tillers injured and in yield reduction. Later instar larvae burrow downwards to the internode where they pupate. Larvae appear to move less among tillers in 'resistant' cultivars. Management strategies should target this pest at third instar and when its abundance in the field warrants control. Fewer than 10% of the neonates establish successfully on stems, and this mortality needs to be taken into account when deciding on control, as does the ability of rice plants to compensate for injury. (C) 1998 Published by Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Season-specific directional movement in migratory Australian butterflies

Large numbers of adults of certain species of butterfly flying in an apparently 'purposeful' manner are often noted by entomologists and the general public. Occasionally, these are recorded in the literature. Using these records we summarise information regarding the direction of movement in Australian butterflies and test whether there are consistent patterns that could account for known seasonal shifts in geographical range. The data were analysed using contingency tables and directionality statistics. Vanessa itea, Vanessa kershawi, Danaus plexippus, Danaus chrysippus and Badamia exclamationis flew predominately south in the spring-summer and north in the autumn-winter. Tirumala hamata has a strong southern component to its flight in spring but, as in Euploea core, appears non-directional in the autumn. For many supposedly known migratory species, the number of literature records are few, particularly in one season (mainly autumn). Thus, for Appias paulina, four of seven records were south in the spring-summer, as were six of nine records for Catopsilia pomona, and three of five for Zizina labradus. For Belenois java, flight records were only available for the spring and these showed geographical differences; predominantly north-west in northern Australia (Queensland) and south-west in southern Australia (Victoria, New South Wales). There were too few records for Papilio demoleus in the literature (four only) to draw any conclusions. Major exceptions to the seasonal trend of south in the spring and north in the autumn were Junonia villida, which showed a predominant north-westward direction in both seasons, and Eurema smilax, with a predominant southern or western flight in both seasons. We discuss these species specific trends in migration direction in relation to seasonal shifts in suitable habitat conditions, possible cues used in orientation and in timing changes in direction.

The coincidence of thrips and dispersed pollen in PNRSV-infected stonefruit orchards - a precondition for thrips-mediated transmission via infected pollen

Recent laboratory studies have demonstrated that Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) (family Bromoviridae) can be readily transmitted when thrips and virus-bearing pollen are placed together on to test plants. For this transmission mechanism to result in stonefruit tree infection in the field, PNRSV-bearing pollen must be deposited onto surfaces of stonefruit trees on which thrips also occur. In a previous paper, we demonstrated that almost all pollen in a PNRSV-infected Japanese plum orchard in southeastern Queensland was deposited onto flowers, whereas few grains occurred on leaves and none on stems. Here, we present results of our investigation of thrips species composition, distribution and abundance on stonefruit trees in the same study area as our previous pollen deposition study. We collected a total of 2010 adult thrips from 13 orchards during the 1989, 1991 and 1992 flowering seasons of which all but 14 were in the suborder Terebrantia. Most (97.4%) terebrantian thrips were of three species, Thrips imaginis, Thrips australis and Thrips tabaci. Thrips tabaci as well as species mixtures that included T imaginis, T australis and T tabaci have been shown to transmit PNRSV via infected pollen in laboratory tests. Adult thrips were frequently collected from flowers but rarely from leaves and never from stems. Large and significant differences in numbers of T imaginis, T australis and T tabaci adults in flowers occurred among orchards and between seasons. No factor was conclusively related to thrips numbers but flowers of late-flowering stonefruit varieties tended to hold more thrips than those of early-flowering varieties. Our results indicate that the common thrips species present on stonefruit trees in the Granite Belt are also ones previously shown to transmit PNRSV via infected pollen in the laboratory and that these thrips are concentrated in stonefruit flowers where most stonefruit pollen is deposited. These results contribute to mounting circumstantial evidence that stonefruit flowers may be inoculated with PNRSV via an interaction of thrips with virus-bearing pollen and that this transmission mechanism may be an important cause of new tree infections in the field.

eMelanoBase: An online locus-specific variant database for familial melanoma

A proportion of melanoma,prone individuals in both familial and non,familial contexts has been shown to carry inactivating mutations in either CDKN2A or, rarely, CDK4. CDKN2A is a complex locus that encodes two unrelated proteins from alternately spliced transcripts that are read in different frames. The alpha transcript (exons 1a, 2, and 3) produces the p16INK4A cyclin-dependent kinase inhibitor, while the beta transcript (exons 1beta and 2) is translated as p14ARF, a stabilizing factor of p53 levels through binding to MDM2. Mutations in exon 2 can impair both polypeptides and insertions and deletions in exons 1alpha, 1beta, and 2, which can theoretically generate p16INK4A,p14ARF fusion proteins. No online database currently takes into account all the consequences of these genotypes, a situation compounded by some problematic previous annotations of CDKN2A related sequences and descriptions of their mutations. As an initiative of the international Melanoma Genetics Consortium, we have therefore established a database of germline variants observed in all loci implicated in familial melanoma susceptibility. Such a comprehensive, publicly accessible database is an essential foundation for research on melanoma susceptibility and its clinical application. Our database serves two types of data as defined by HUGO. The core dataset includes the nucleotide variants on the genomic and transcript levels, amino acid variants, and citation. The ancillary dataset includes keyword description of events at the transcription and translation levels and epidemiological data. The application that handles users' queries was designed in the model,view. controller architecture and was implemented in Java. The object-relational database schema was deduced using functional dependency analysis. We hereby present our first functional prototype of eMelanoBase. The service is accessible via the URL www.wmi.usyd.e, du.au:8080/melanoma.html.

GUI Behavior from Source Code Analysis

When developing interactive applications, considering the correctness of graphical user interfaces (GUIs) code is essential. GUIs are critical components of today's software, and contemporary software tools do not provide enough support for ensuring GUIs' code quality. GUIsurfer, a GUI reverse engineering tool, enables evaluation of behavioral properties of user interfaces. It performs static analysis of GUI code, generating state machines that can help in the evaluation of interactive applications. This paper describes the design, software architecture, and the use of GUIsurfer through an example. The tool is easily re-targetable, and support is available to Java/Swing, and WxHaskell. The paper sets the ground for a generalization effort to consider rich internet applications. It explores the GWT web applications' user interface programming toolkit.

A Generic Library for GUI Reasoning and Testing

Graphical user interfaces (GUIs) make software easy to use by providing the user with visual controls. Therefore, correctness of GUI's code is essential to the correct execution of the overall software. Models can help in the evaluation of interactive applications by allowing designers to concentrate on its more important aspects. This paper presents a generic model for language-independent reverse engineering of graphical user interface based applications, and we explore the integration of model-based testing techniques in our approach, thus allowing us to perform fault detection. A prototype tool has been constructed, which is already capable of deriving and testing a user interface behavioral model of applications written in Java/Swing.

Modelo de especificação e controlo de execuções paralelas e distribuídas

O desenvolvimento actual de aplicações paralelas com processamento intensivo (HPC - High Performance Computing) para alojamento em computadores organizados em Cluster baseia-se muito no modelo de passagem de mensagens, do qual é de realçar os esforços de definição de standards, por exemplo, MPI - Message - Passing Interface. Por outro lado, com a generalização do paradigma de programação orientado aos objectos para ambientes distribuídos (Java RMI, .NET Remoting), existe a possibilidade de considerar que a execução de uma aplicação, de processamento paralelo e intensivo, pode ser decomposta em vários fluxos de execução paralela, em que cada fluxo é constituído por uma ou mais tarefas executadas no contexto de objectos distribuídos. Normalmente, em ambientes baseados em objectos distribuídos, a especificação, controlo e sincronização dos vários fluxos de execução paralela, é realizada de forma explicita e codificada num programa principal (hard-coded), dificultando possíveis e necessárias modificações posteriores. No entanto, existem, neste contexto, trabalhos que propõem uma abordagem de decomposição, seguindo o paradigma de workflow com interacções entre as tarefas por, entre outras, data-flow, control-flow, finite - state - machine. Este trabalho consistiu em propor e explorar um modelo de execução, sincronização e controlo de múltiplas tarefas, que permita de forma flexível desenhar aplicações de processamento intensivo, tirando partido da execução paralela de tarefas em diferentes máquinas. O modelo proposto e consequente implementação, num protótipo experimental, permite: especificar aplicações usando fluxos de execução; submeter fluxos para execução e controlar e monitorizar a execução desses fluxos. As tarefas envolvidas nos fluxos de execução podem executar-se num conjunto de recursos distribuídos. As principais características a realçar no modelo proposto, são a expansibilidade e o desacoplamento entre as diferentes componentes envolvidas na execução dos fluxos de execução. São ainda descritos casos de teste que permitiram validar o modelo e o protótipo implementado. Tendo consciência da necessidade de continuar no futuro esta linha de investigação, este trabalho é um contributo para demonstrar que o paradigma de workflow é adequado para expressar e executar, de forma paralela e distribuída, aplicações complexas de processamento intensivo.

WPAC: wireless payment and access control: dispositivos móveis no pagamento de serviços e controlo de acessos

A rápida evolução dos dispositivos móveis e das tecnologias de comunicação sem fios transformou o telemóvel num poderoso dispositivo de computação móvel. A necessidade de estar sempre contactável, comum à civilização moderna, tem aumentado a dependência deste dispositivo, sendo transportado pela maioria das pessoas num ambiente urbano e assumindo um papel talvez mais importante que a própria carteira. A ubiquidade e capacidade de computação dos telemóveis aumentam o interesse no desenvolvimento de serviços móveis, além de tradicionais serviços de voz. Um telemóvel pode em breve tornar-se um elemento activo nas nossas tarefas diárias, servindo como um instrumento de pagamento e controlo de acessos, proporcionando assim novas interfaces para serviços existentes. A unificação de vários serviços num único dispositivo é um desafio que pode simplificar a nossa rotina diária e aumentar o conforto, no limite deixaremos de necessitar de dinheiro físico, cartões de crédito ou débito, chaves de residência e de veículos automóveis, ou inclusive documentos de identificação como bilhetes de identidade ou passaportes. O interesse demonstrado pelos intervenientes, desde os fabricantes de telemóveis e operadores de rede móvel até às instituições financeiras, levaram ao aparecimento de múltiplas soluções de serviços móveis. Porém estas soluções respondem geralmente a problemas específicos, apenas contemplando um fornecedor de serviços ou uma determinada operação de pagamento, como seja a compra de bilhetes ou pagamento de estacionamento. Estas soluções emergentes consistem também tipicamente em especificações fechadas e protocolos proprietários. A definição de uma arquitectura genérica, aberta interoperável e extensível é necessária para que os serviços móveis possam ser adoptados de uma forma generalizada por diferentes fornecedores de serviços e para diversos tipos de pagamento. A maior parte das soluções actuais de pagamento móvel depende de comunicações através da rede móvel, algumas utilizam o telemóvel apenas como uma interface de acesso à internet enquanto outras possibilitam o envio de um SMS (Short Message Service) para autorizar uma transacção, o que implica custos de comunicação em todas as operações de pagamento. Este custo de operação torna essas soluções inadequadas para a realização de micropagamentos e podem por isso ter uma aceitação limitada por parte dos clientes. As soluções existentes focam-se maioritariamente em pagamentos à distância, não tirando partido das características do pagamento presencial e não oferecendo por isso uma verdadeira alternativa ao modelo actual de pagamento com cartões de crédito/débito. As capacidades computacionais dos telemóveis e suporte de diversos protocolos de comunicação sem fio local não têm sido aproveitadas, vendo o telemóvel apenas como um terminal GSM (Global System for Mobile Communications) e não oferecendo serviços adicionais como seja a avaliação dinâmica de risco ou controlo de despesas. Esta dissertação propõe e valida, através de um demonstrador, uma aquitectua aberta para o pagamento e controlo de acesso baseado em dispositivos móveis, intitulada WPAC (Wireless Payment and Access Control). Para chegar à solução apresentada foram estudadas outras soluções de pagamento, desde o aparecimento dos cartões de débito até a era de pagamentos electrónicos móveis, passando pelas soluções de pagamento através da internet. As capacidades dos dispositivos móveis, designadamente os telemóveis, e tecnologias de comunicação sem fios foram também analisadas a fim de determinar o estado tecnológico actual. A arquitectura WPAC utiliza padrões de desenho utilizados pela indústria em soluções de sucesso, a utilização de padrões testados e a reutilização de soluções com provas dadas permite aumentar a confiança nesta solução, um destes exemplos é a utilização de uma infra-estrutura de chave pública para o estabelecimento de um canal de comunicação seguro. Esta especificação é uma arquitectura orientada aos serviços que utiliza os Web Services para a definição do contracto do serviço de pagamento. A viabilidade da solução na orquestração de um conjunto de tecnologias e a prova de conceito de novas abordagens é alcançada com a construção de um protótipo e a realização de testes. A arquitectura WPAC possibilita a realização de pagamentos móveis presenciais, isto é, junto do fornecedor de bens ou serviços, seguindo o modelo de pagamento com cartões de crédito/débito no que diz respeito aos intervenientes e relações entre eles. Esta especificação inclui como aspecto inovador a avaliação dinâmica de risco, que utiliza o valor do pagamento, a existência de pagamentos frequentes num período curto de tempo, e a data, hora e local do pagamento como factores de risco; solicitando ao cliente o conjunto de credenciais adequado ao risco avaliado, desde códigos pessoais a dados biométricos. É também apresentada uma alternativa ao processo normal de pagamento, que apesar de menos cómoda permite efectuar pagamentos quando não é possível estabelecer um canal de comunicação sem fios, aumentando assim a tolerância a falhas. Esta solução não implica custos de operação para o cliente na comunicação com o ponto de venda do comerciante, que é realizada através de tecnologias de comunicação local sem fios, pode ser necessária a comunicação através da rede móvel com o emissor do agente de pagamento para a actualização do agente de software ou de dados de segurança, mas essas transmissões são ocasionais. O modelo de segurança recorre a certificados para autenticação dos intervenientes e a uma infra-estrutura de chave pública para cifra e assinatura de mensagens. Os dados de segurança incluídos no agente de software móvel, para desabilitar a cópia ou corrupção da aplicação mas também para a comparação com as credenciais inseridas pelo cliente, devem igualmente ser encriptados e assinados de forma a garantir a sua confidencialidade e integridade. A arquitectura de pagamento utiliza o standard de Web Services, que é amplamente conhecido, aberto e interoperável, para definição do serviço de pagamento. Existem extensões à especificação de Web Services relativas à segurança que permitem trocar itens de segurança e definem o modo de cifra e assinatura de mensagens, possibilitando assim a sua utilização em aplicações que necessitem de segurança como é o caso de serviços de pagamento e controlo de acesso. O contracto de um Web Service define o modo de invocação dos serviços, transmissão de informação e representação de dados, sendo normalmente utilizado o protocolo SOAP que na prática não é mais que um protocolo de troca de mansagens XML (eXtensible Markup Language). O envio e recepção de mensagens XML; ou seja, a transmissão de simples sequências de caracteres, é suportado pela maioria dos protocolos de comunicação, sendo portanto uma solução abrangente que permite a adopção de diversas tecnologias de comunicação sem fios. O protótipo inclui um agente de software móvel, implementado sobre a forma de uma MIDlet, aplicação Java para dispositivos móveis, que implementa o protocolo de pagamento comunicando sobre uma ligação Bluetooth com o ponto de venda do comerciante, simulado por uma aplicação desenvolvida sobre a plataforma .NET e que por isso faz prova da heterogeneidade da solução. A comunicação entre o comerciante e o seu banco para autorização do pagamento e transferência monetária utiliza o protocolo existente para a autorização de pagamentos, com base em cartões de crédito/débito. A definição desta especificação aberta e genérica em conjunto com o forte interesse demonstrado pelos intervenientes, proporciona uma boa perspectiva em termos de adopção da solução, o que pode impulsionar a implementação de serviços móveis e dessa forma simplificar as rotinas diárias das pessoas. Soluções móveis de pagamento reduzem a necessidade de transportar vários cartões de crédito/débito na nossa carteira. A avaliação dinâmica de risco permite aumentar a segurança dos pagamentos, com a solicitação de mais credenciais ao cliente para pagamentos com um maior risco associado, sendo um ponto importante quer para os clientes quer para as instituições financeiras pois diminui o risco de fraude e aumenta a confiança no sistema. Esta solução de pagamento electrónico pode também facilitar a consulta de pagamentos efectuados e saldos, mantendo um histórico dos movimentos, o que não é possível nos cartões de crédito/débito sem uma visita a uma ATM (Automated Teller Machine) ou utilização de homebanking.

PHYLOViZ: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods

Background: With the decrease of DNA sequencing costs, sequence-based typing methods are rapidly becoming the gold standard for epidemiological surveillance. These methods provide reproducible and comparable results needed for a global scale bacterial population analysis, while retaining their usefulness for local epidemiological surveys. Online databases that collect the generated allelic profiles and associated epidemiological data are available but this wealth of data remains underused and are frequently poorly annotated since no user-friendly tool exists to analyze and explore it. Results: PHYLOViZ is platform independent Java software that allows the integrated analysis of sequence-based typing methods, including SNP data generated from whole genome sequence approaches, and associated epidemiological data. goeBURST and its Minimum Spanning Tree expansion are used for visualizing the possible evolutionary relationships between isolates. The results can be displayed as an annotated graph overlaying the query results of any other epidemiological data available. Conclusions: PHYLOViZ is a user-friendly software that allows the combined analysis of multiple data sources for microbial epidemiological and population studies. It is freely available at http://www.phyloviz.net.

Analisador de espectro de baixo custo com frequência de operação entre 2 e 3 GHz

Com o surgimento de novos sistemas de telecomunicações sem fios, que necessitam de maiores potências de emissão e largura de banda disponível, surgem os regulamentos que controlam as emissões rádio. Só assim estas tecnologias podem coexistir em bandas próximas, com o máximo desempenho e com a garantia que os níveis de poluição electromagnética não são ultrapassados. Cada vez mais, regulamentos que limitam a potência da transmissão têm em vista questões de saúde pública e por isso devem ser estritamente respeitados. Para se poder controlar as emissões rádio é necessário um dispositivo que consiga analisar o espectro rádio. Um dos instrumentos fundamentais na metrologia de radiofrequência é o analisador de espectros, que tem como principal função apresentar a potência de porções do espectro em função da frequência. Existem vários tipos de analisadores espectrais, que se baseiam em arquitecturas de recepção distintas. O tipo de analisador define a sua complexidade e o tipo de análises que consegue fazer. Com esta dissertação pretende-se mostrar a implementação de um analisador de espectro portátil, de baixo custo, baseado num receptor heteródino e com uma frequência de operação compreendida entre os 2 e os 3 GHz. Este projecto abrange diversas áreas, desde o hardware de recepção rádio, passando pelo microcontrolador que faz a aquisição de dados e comunicação com o computador, acabando na aplicação que foi desenvolvida em Java para permitir ao utilizador uma interface de utilização simples e funcional. Foi também desenvolvida com sucesso uma antena impressa adequada à banda de frequência referida. Embora tenham existidos problemas simples, um na localização do filtro passa-banda e o outro na resposta do filtro intermédio, os objectivos foram alcançados obtendo-se um analisador de espectro portátil, funcional e de baixo custo, conforme pretendido. O analisador tem um erro máximo na detecção de potência de 2,5 dB e o tempo de varrimento máximo é cerca de 16 segundos com 500 pontos de resolução. Foram realizadas várias medições e uma comparação com um analisador de espectros comercial, para demonstrar o funcionamento e desempenho do analisador desenvolvido, tendo os resultados sido bastante promissores. A funcionalidade deste analisador medir a potência do sinal ao longo do tempo é uma mais-valia face ao analisador comercial utilizado para a comparação.

Answer: plataforma em C++ para o desenvolvimento de serviços web

Analisando as tendências actuais de mercado, observa-se a necessidade da capacidade de integração de sistemas recorrendo à utilização de serviços web. Actualmente o C++ é ainda uma das mais populares linguagens de programação, facto justificado pelo abundante portefólio de aplicações, desde alto-nível a sistemas embebidos, com inúmeras bibliotecas que tiram partido dos diversos paradigmas de programação que a linguagem suporta. Porém, e ao contrário de outras linguagens, como C# ou Java que oferecem suporte à criação de serviços web integrado com a plataforma, existe uma lacuna no suporte ao desenvolvimento de serviços web em C++. Para dar resposta à lacuna existente é criada a plataforma ANSWER, focada em C++, com ênfase num modelo de programação simples, permitindo o rápido desenvolvimento de serviços web RPC/SOAP e REST.

Multi-agent based electricity market simulator with VPP: Conceptual and implementation issues

This paper presents a new architecture for the MASCEM, a multi-agent electricity market simulator. This is implemented in a Prolog which is integrated in the JAVA program by using the LPA Win-Prolog Intelligence Server (IS) provides a DLL interface between Win-Prolog and other applications. This paper mainly focus on the MASCEM ability to provide the means to model and simulate Virtual Power Producers (VPP). VPPs are represented as a coalition of agents, with specific characteristics and goals. VPPs can reinforce the importance of these generation technologies making them valuable in electricity markets.