Sindrome di Buschke-Ollendorff: clinica e genetica

Buschke Ollendorff syndrome (BOS) is a rare autosomal dominant genodermatosis, with high penetrance and variable expressivity, characterized by the association of connective tissue naevi and osteopoikilosis. Both cutaneous and osseous manifestations are usually asymptomatic. The disease is caused by a loss-of-function mutation in the gene LEMD3, that is located on chromosome 12q13. Differential diagnosis mainly includes pseudoxantoma elasticum, morphea, lipoid proteinosis, papular elastorrhexis, juvenile elastoma, papular mucinosis. The 2 cases of BOS here reported are an example of segmental type 2 autosomal dominant genodermatosis, that is due to the loss of heterozygosity occurring at an early developmental stage in a heterozygous patient, causing a segmental homozygosity. Such patients usually have pronounced segmental lesions in the first years of life and later develop disseminated symmetrical lesions.

Studio in vitro della suscettibilità genetica degli ovini alle EST: il PMCA come alternativa agli studi di trasmissione in vivo

Le encefalopatie spongiformi trasmissibili (EST), o malattie da prioni, sono malattie neurodegenerative che colpiscono l'uomo e gli animali. Le più note tra le EST animali sono la scrapie della pecora e della capra, l’encefalopatia spongiforme bovina (BSE), la Sindrome del dimagrimento cronico (CWD) dei cervidi. Negli uomini ricordiamo la malattia di Creutzfeldt-Jakob (CJD) nelle sue diverse forme (sporadica, genetica, iatrogenica e variante). La dimostrazione che la variante della CJD (vCJD) sia causata dallo stesso agente eziologico della BSE, ha evidenziato il potenziale zoonotico di queste malattie. Le EST sono caratterizzate da tempi di incubazione estremamente lunghi ed esito invariabilmente fatale. Il momento patogenetico centrale comune a tutte queste malattie è rappresentato dalla modificazione conformazionale di una proteina cellulare denominata PrPC (proteina prionica cellulare) in una isoforma patologica denominata PrPSc, insolubile e caratterizzata da una parziale resistenza alle proteasi, che tende a depositarsi sotto forma di fibrille amiloidee nel SNC dei soggetti colpiti. La suscettibilità degli ovini alla scrapie è largamente influenzata dal genotipo del gene dell’ospite che codifica per la PrP (PRNP), e più precisamente da tre polimorfismi presenti ai codoni 136, 154 e 171. Questi si combinano in cinque principali alleli, ARQ, VRQ, AHQ, ARH e ARR, correlati a differenti gradi di suscettibilità alla malattia. Risultati ottenuti da un precedente studio d’infezione sperimentale di ovini di razza Sarda con scrapie classica (Vaccari G et al 2007), hanno suggeriscono l’ordine di suscettibilità ARQ>AHQ>ARH. L’allele ARR, è risultato invece associato ai più alti livelli di protezione dalla malattia. Dallo stesso studio di trasmissione sperimentale e da uno studio epidemiologico di tipo caso-controllo, è inoltre emerso che nella razza Sarda, ovini con l’allele ARQ, con sostituzione amminoacidica al codone 137 Metionina (M)/Treonina (T) (AT137RQ) o al 176 Asparagina (N)/Lisina (K) (ARQK176) in eterozigosi sono protetti dalla scrapie. Inoltre studi di trasmissione sperimentale della BSE in ovini della stessa razza con tre differenti genotipi (ARQ/ARQ, ARQ/ARR e ARR/ARR), hanno dimostrato come la BSE abbia un targeting genetico molto simile a quello della scrapie, evidenziando il genotipo ARQ/ARQ come il più suscettibile. L’obbiettivo della seguente tesi è stato quello di verificare se fosse possibile riprodurre in vitro la differente suscettibilità genetica degli ovini alle EST evidenziata in vivo, utilizzando il PMCA (Protein Misfolding Cyclic Amplification), la metodica ad oggi più promettente e di cui è stata dimostrata la capacità di riprodurre in vitro diverse proprietà biologiche dei prioni. La tecnica, attraverso cicli ripetuti di sonicazione/incubazione, permette la conversione in vitro della PrPC presente in un omogenato cerebrale (substrato), da parte di una quantità minima di PrPSc (inoculo) che funge da “innesco” della reazione. Si è voluto inoltre utilizzare il PMCA per indagare il livello di protezione in omozigosi di alleli rari per i quali, in vivo, si avevano evidenze di protezione dalla scrapie solo in eterozigosi, e per studiare la suscettibilità degli ovini alla BSE adattata in questa specie. È stata quindi testata in PMCA la capacità diversi substrati ovini recanti differenti genotipi, di amplificare la PrPSc dello stesso isolato di scrapie classica impiegato nel precedente studio in vivo o di un inoculo di BSE bovina. Inoltre sono stati saggiati in vitro due inoculi di BSE costituiti da omogenato cerebrale di due ovini sperimentalmente infettati con BSE (BSE ovina) e recanti due differenti genotipi (ARQ/ARQ e ARR/ARR). Per poter descrivere quantitativamente il grado di correlazione osservato i risultati ottenuti in vitro e i quelli riscontrati dallo studio di sperimentazione con scrapie, espressi rispettivamente come fattori di amplificazione e tempi d’incubazione registrati in vivo, sono stati analizzati con un modello di regressione lineare. Per quanto riguarda la scrapie, i risultati ottenuti hanno evidenziato come i genotipi associati in vivo a suscettibilità (ARQ/ARQ, ARQ/AHQ and AHQ/ARH) siano anche quelli in grado di sostenere in PMCA l’amplificazione della PrPSc, e come quelli associati a resistenza (ARQ/ARR and ARR/ARR) non mostrino invece nessuna capacità di conversione. Dall’analisi di regressione lineare è inoltre emerso come l’efficienza di amplificazione in vitro dei differenti genotipi testati sia inversamente proporzionale ai tempi d’incubazione registrati in vivo. Inoltre nessuna amplificazione è stata riscontrata utilizzando il substrato con genotipo raro ARQK176/ARQK176 suggerendo come anche questo possa essere associato a resistenza, almeno nei confronti dell’isolato di scrapie classica utilizzato. Utilizzando come inoculo in PMCA l’isolato di BSE bovina, è stato possibile riscontrare, nei tre genotipi analizzati (ARQ/ARQ, ARQ/ARR e ARR/ARR) un evidente amplificazione per il solo genotipo ARQ/ARQ, sottolineando anche in questo caso l’esistenza di una correlazione tra suscettibilità riscontrata in vivo e capacità di conversione in PMCA. I tre i substrati analizzati mostrano inoltre una buona efficienza di amplificazione, per altro simile, se si utilizza la PrPSc dell’inoculo di BSE sperimentalemente trasmessa agli ovini. Questi genotipi sembrerebbero dunque ugualmente suscettibili se esposti a BSE adattata alla specie ovina. I risultati di questa tesi indicano dunque una correlazione diretta tra la capacità di conversione della PrPC con il PMCA e la suscettibilità osservata in vivo per i differenti genotipi analizzati. Mostrano inoltre come il PMCA possa essere una valida alternativa agli studi di trasmissione in vivo e un rapido strumento utile non soltanto per testare, ma anche per predire la suscettibilità genetica degli ovini a diversi ceppi di EST, rappresentando un valido aiuto per l’individuazione di ulteriori genotipi resistenti, così da incrementare la variabilità genetica dei piani di selezione attuati per gli ovini per il controllo di queste malattie.

Una base dati per il knowledge discovery in genetica medica

L'innovazione delle tecnologie di sequenziamento negli ultimi anni ha reso possibile la catalogazione delle varianti genetiche nei campioni umani, portando nuove scoperte e comprensioni nella ricerca medica, farmaceutica, dell'evoluzione e negli studi sulla popolazione. La quantità di sequenze prodotta è molto cospicua, e per giungere all'identificazione delle varianti sono necessari diversi stadi di elaborazione delle informazioni genetiche in cui, ad ogni passo, vengono generate ulteriori informazioni. Insieme a questa immensa accumulazione di dati, è nata la necessità da parte della comunità scientifica di organizzare i dati in repository, dapprima solo per condividere i risultati delle ricerche, poi per permettere studi statistici direttamente sui dati genetici. Gli studi su larga scala coinvolgono quantità di dati nell'ordine dei petabyte, il cui mantenimento continua a rappresentare una sfida per le infrastrutture. Per la varietà e la quantità di dati prodotti, i database giocano un ruolo di primaria importanza in questa sfida. Modelli e organizzazione dei dati in questo campo possono fare la differenza non soltanto per la scalabilità, ma anche e soprattutto per la predisposizione al data mining. Infatti, la memorizzazione di questi dati in file con formati quasi-standard, la dimensione di questi file, e i requisiti computazionali richiesti, rendono difficile la scrittura di software di analisi efficienti e scoraggiano studi su larga scala e su dati eterogenei. Prima di progettare il database si è perciò studiata l’evoluzione, negli ultimi vent’anni, dei formati quasi-standard per i flat file biologici, contenenti metadati eterogenei e sequenze nucleotidiche vere e proprie, con record privi di relazioni strutturali. Recentemente questa evoluzione è culminata nell’utilizzo dello standard XML, ma i flat file delimitati continuano a essere gli standard più supportati da tools e piattaforme online. È seguita poi un’analisi dell’organizzazione interna dei dati per i database biologici pubblici. Queste basi di dati contengono geni, varianti genetiche, strutture proteiche, ontologie fenotipiche, relazioni tra malattie e geni, relazioni tra farmaci e geni. Tra i database pubblici studiati rientrano OMIM, Entrez, KEGG, UniProt, GO. L'obiettivo principale nello studio e nella modellazione del database genetico è stato quello di strutturare i dati in modo da integrare insieme i dati eterogenei prodotti e rendere computazionalmente possibili i processi di data mining. La scelta di tecnologia Hadoop/MapReduce risulta in questo caso particolarmente incisiva, per la scalabilità garantita e per l’efficienza nelle analisi statistiche più complesse e parallele, come quelle riguardanti le varianti alleliche multi-locus.

Emotional design e genetica dello stile in campo automotive: studio qualitativo e quantitativo delle linee di carattere

La figura del designer detiene un ruolo chiave nella progettazione di un nuovo prodotto: a lui spetta l'importante compromesso fra scelte ingegneristiche, di mercato e di stile. Lo studio qui condotto analizza da un punto di vista qualitativo e quantitativo le linee di carattere che delineano il profilo base di un'autovettura, in riferimento al particolare segmento automobilistico ed al suo stile. In tal modo si vuole porre una base alla "genetica dello stile", ovvero la caratterizzazione matematica dello stile.

Profili di espressione genetica ed epigenetica ad impatto prognostico e predittivo nel carcinoma squamoso e nelle lesioni potenzialmente maligne del cavo orale

Il carcinoma squamoso orale (CSO) è spesso preceduto da lesioni definite potenzialmente maligne tra cui la leucoplachia e il lichen ma una diagnosi precoce avviene ancora oggi in meno della metà dei casi. Inoltre spesso un paziente trattato per CSO svilupperà secondi tumori. Scopo del lavoro di ricerca è stato: 1) Studiare, mediante metodica di next generation sequencing, lo stato di metilazione di un gruppo di geni a partire da prelievi brushing del cavo orale al fine di identificare CSO o lesioni ad alto rischio di trasformazione maligna. 2) Valurare la relazione esistente tra sovraespressione di p16INK4A e presenza di HPV in 35 pazienti affetti da lichen 3) Valutare la presenza di marker istopatologici predittivi di comparsa di seconde manifestazioni tumorali 4) valutare la relazione clonale tra tumore primitivo e metastasi linfonodale in 8 pazienti mediante 2 metodiche di clonalità differenti: l’analisi di mtDNA e delle mutazioni del gene TP53. I risultati hanno mostrato: 1) i geni ZAP70 e GP1BB hanno presentato un alterato stato di metilazione rispettivamente nel 100% e nel 90,9% di CSO e lesioni ad alto rischio, mentre non sono risultati metilati nei controlli sani; ipotizzando un ruolo come potenziali marcatori per la diagnosi precoce nel CSO. 2)Una sovraespressione di p16INK4A è risultata in 26/35 pazienti affetti da lichen ma HPV-DNA è stato identificato in soli 4 campioni. Nessuna relazione sembra essere tra sovraespressione di p16INK4A e virus HPV. 3)L’invasione perineurale è risultato un marker predittivo della comparsa di recidiva locale e metastasi linfonodale, mentre lo stato dei margini chirurgici si è rilevato un fattore predittivo per la comparsa di secondi tumori primitivi 4) Un totale accordo nei risultati c’è stato tra analisi di mtDNA e analisi di TP53 e le due metodiche hanno identificato la presenza di 4 metastasi linfonodali non clonalmente correlate al tumore primitivo.

Metodi matematici per lo sviluppo di una nuova distanza genetica per inferire eventi demografici da dati di sequenziamento di popolazioni umane

La tesi individua un metodo matematico per inferire alcuni eventi demografici relativi a popolazioni umane, attraverso l’analisi di dati, reali e simulati, e con strumenti di statistica e analisi numerica (Cluster Analysis, Analisi Discriminate, Analisi della varianza, Interpolazione).

La "genetica dello stile" nella definizione di un sistema di supporto al design di un'autovettura

Analisi quantitativo/qualitativa al fine di creare un sistema di supporto al designer in campo automotive.

Con dos minas de oro, Belén no tiene caminos: Una interpretación ideológica de las investigaciones financiadas por el Banco Mundial

Entre 1998 y 2001 realicé trabajo de campo en el Departamento de Belén, en el Oeste dela provincia de Catamarca (NOA), con el objetivo de caracterizar los cambios sociales y las consecuencias que el aprovechamiento del yacimiento minero Bajo de la Alumbrera produce en la localidad. Esta información fue sistematizada en mi tesis de maestría (Mastrangelo 2004) y me permitió precisar que, para completar la descripción de lo que pasaba localmente, era necesario incluir en el campo empírico además de a los pobladores locales y a la empresa, al Estado (provincial y nacional) y al Banco Mundial que estaban implementando la política de desregulación minera al mismo tiempo que establecían las condiciones para lo que denominan “una minería sustentable”. Así fue que tomando entrevistas a funcionarios del Banco Mundial y el Estado argentino comencé a participar de un proyecto de investigación ejecutado por el Banco Mundial y la República Argentina. El año de participación como “técnica” en el “proyecto del Banco” fue usado para realizar trabajo de campo etnográfico entre los funcionarios estatales y representantes del Banco Mundial. En la tesis presento la información allí recogida interpretada en base a conceptos teóricos sobre la política, la ideología y la hegemonía elaborados por CliffordGeertz (1997), MijailBajtin (1999), Ernesto Laclau (1996) y SlavojZizek (1992). El contenido se presenta en dos grandes secciones temáticas. En la primera de ellas Describo las características y los problemas que los pobladores de Belén atribuyen a la minera y las formas en que la empresa toma relación con ellos e interviene en la realidad local (contratando fuerza de trabajo, generando encadenamientos con la economía local y realizando donaciones). En la segunda me detengo en la descripción y el análisis de cómo esos problemas locales son interpretados por instituciones globalizantes (el Estado –- y el Banco Mundial), haciendo énfasis en las descripción de las prácticas y representacionesque acompañan la entrega de los créditos que el Banco Mundial otorgó al Estado argentino para la modernización de las instituciones públicas relacionadas con la minería (Proyectos PASMA I y II, préstamo de 69,5 millones de dólares desembolsados entre1995 y 2001).

Marcelo D. Boeri. Apariencia y realidad en el pensamiento griego: Investigaciones sobre aspectos epistemológicos, éticos y de teoría de la acción en algunas teorías de la Antigüedad . 1ª ed. Buenos Aires, Colihue, 2007, 384 pp.

El eje temático que orienta la dirección y sentido de este libro es el clásico 'problema' que advierte todo el pensamiento antiguo y que, desde diversas concepciones, ha intentado resolver lo que podríamos denominar el tema de la apariencia-realidad, o tal vez parecer-ser. El Dr. Boeri dirige su mirada hacia los pensadores clásicos griegos y helenísticos y penetra hondo en sus textos no con un interés meramente histórico, sino, como él mismo lo advierte, filosófico y sistemático.

Investigaciones en ciencias humanas y sociales : del ABC disciplinar a la reflexión metodológica

Diversidad de objetos, variedad de enfoques, prácticas disciplinares y multidisciplinares, y ejemplos de ejecución de proyectos de investigación y desarrollo son los rasgos distintivos de los siete capítulos que integran esta obra. En ellos se recoge el material desplegado en los Seminarios-Talleres de Metodología de la Investigación en Humanidades que se realizaron en el marco de las V Jornadas de Investigación de la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional de Cuyo en setiembre de 2004: estudios sobre procesos sociales, cuestiones educativas, geográficas, históricas, lingüísticas y literarias. Algunos capítulos han mantenido el estilo y formato característicos del contexto de los seminarios-talleres, a veces con ligeras modificaciones; otros han sido enteramente reescritos para la convocatoria de esta publicación. Este libro refleja entonces abordajes disciplinares y pluridisciplinares diversos a problemáticas igualmente variadas. Por tratarse de propuestas orientadas a y/o basadas en seminarios-talleres, está claro que los autores involucrados no pueden abarcar todos los aspectos de los objetos de estudio respectivos. Sin embargo, la idea es al menos brindar algún punto de vista sobre el estadio de desarrollo de algunas de las investigaciones actualmente en ejecución en nuestra Facultad.