Detection of somaclonal variation during cocoa somatic embryogenesis characterised using cleaved amplified polymorphic sequence and the new freeware Artbio

The scarcity and stochastic nature of genetic mutations presents a significant challenge for scientists seeking to characterise de novo mutation frequency at specific loci. Such mutations can be particularly numerous during regeneration of plants from in vitro culture and can undermine the value of germplasm conservation efforts. We used cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) analysis to characterise new mutations amongst a clonal population of cocoa plants regenerated via a somatic embryogenesis protocol used previously for cocoa cryopreservation. Efficacy of the CAPS system for mutation detection was greatly improved after an ‘a priori’ in silico screen of reference target sequences for actual and potential restriction enzyme recognition sites using a new freely available software called Artbio. Artbio surveys known sequences for existing restriction enzyme recognition sites but also identifies all single nucleotide polymorphism (SNP) deviations from such motifs. Using this software, we performed an in silico screen of seven loci for restriction sites and their potential mutant SNP variants that were possible from 21 restriction enzymes. The four most informative locus-enzyme combinations were then used to survey the regenerant populations for de novo mutants. We characterised the pattern of point mutations and, using the outputs of Artbio, calculated the ratio of base substitution in 114 somatic embryo-derived cocoa regenerants originating from two explant genotypes. We found 49 polymorphisms, comprising 26.3% of the samples screened, with an inferred rate of 2.8 × 10−3 substitutions/screened base. This elevated rate is of a similar order of magnitude to previous reports of de novo microsatellite length mutations arising in the crop and suggests caution should be exercised when applying somatic embryogenesis for the conservation of plant germplasm.

Bolton freeware: aplicativo de avaliação de discrepância de massa dentária desenvolvido pelo programa de pós-graduação em odontologia/UFRN

The calculation of tooth mass discrepancy, essential for good planning and a proper orthodontic finishing, when performed manually, besides being laborious, requires considerable time consumption. The aim of this study was to develop and test Bolton Freeware, a software for analysis of the tooth mass discrepancy of Bolton, aiming to minimize the consumption of time in a less onerous way. The digital analysis of the software was done by means of two-dimensional scanning of plaster study models and compared to manual evaluation (gold standard), using 75 pairs of stone plaster study models divided into two groups according to the magnitude of the Curve of Spee (group I from 0 to 2 mm, group II greater than 2 to 3mm). All the models had permanent dentition and were in perfect condition. The manual evaluation was performed with a digital caliper and a calculator, and the time required to perform the analysis for both methods was recorded and compared. In addition, the software was evaluated by orthodontists regarding its use, by means of questionnaires developed specifically for this purpose. Calibration was performed prior to manual analysis, and excellent levels of inter-rater agreement were achieved, with ICC > 0.75 and r > 0.9 for total and anterior proportion. It was observed in the evaluation of error of the digital method that some teeth showed a significant systematic error, being the highest measured at 0.08 mm. The analysis of total tooth mass discrepancy performed by Bolton Freeware, for those cases in which the curve of Spee is mild and moderate, differ from manual analysis, on average, 0.09 mm and 0.07 mm respectively, for each tooth evaluated, with r> 0, 8 for total and anterior proportion. According to the specificity and sensitivity test, Bolton Freeware has an improved ability to detect true negatives, i.e. the presence of discrepancy. The Bolton analysis digitally performed was faster, with an average difference of time consumed to perform the analysis of Bolton between the two methods of approximately 6 minutes. Most experts interviewed (93%) approved the usability of the software

Augmented Mixed Models For Clustered Proportion Data.

Often in biomedical research, we deal with continuous (clustered) proportion responses ranging between zero and one quantifying the disease status of the cluster units. Interestingly, the study population might also consist of relatively disease-free as well as highly diseased subjects, contributing to proportion values in the interval [0, 1]. Regression on a variety of parametric densities with support lying in (0, 1), such as beta regression, can assess important covariate effects. However, they are deemed inappropriate due to the presence of zeros and/or ones. To evade this, we introduce a class of general proportion density, and further augment the probabilities of zero and one to this general proportion density, controlling for the clustering. Our approach is Bayesian and presents a computationally convenient framework amenable to available freeware. Bayesian case-deletion influence diagnostics based on q-divergence measures are automatic from the Markov chain Monte Carlo output. The methodology is illustrated using both simulation studies and application to a real dataset from a clinical periodontology study.

O ambiente virtual de aprendizagem e sua incorporação na Unicamp

The text describes a study about the adoption of virtual learning environments and its consequences to the learning process of undergraduate students at the State University of Campinas - Unicamp. These environments can be incorporated in various ways into the academic daily life of students and teachers. One efficient way to promote the adoption of these environments, as observed by the Distance Learning support team, is to train teachers and students in their use. Two training alternatives are described in this text to instruct the academic community in the use of TelEduc, a freeware developed and coordinated by the NIED - Núcleo de Informática Aplicada à Educação (Center for Information Technology Applied to Education), and officially adopted by Unicamp. Training courses are offered in two ways - presence or distance learning - to suit each teacher's preferences. This article compares the two modes of training, showing their strong and weak points. The adoption of TelEduc and its direct consequences to the learning process are described in a study carried out with some engineering undergraduates at Unicamp. The authors' questions and the general views of teachers and students regarding the effectiveness of the use of TelEduc as a supporting tool to presence teaching are presented. This investigation revealed the importance of training teachers in the effective use of these environments.

Projecto dum laboratório remoto para automação de processos industriais

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Localização de páginas web do conceito ao processo

Conceitos como Globalização, Internacionalização, Localização e Tradução surgem, na realidade da indústria da língua, com uma grande interligação, mas com perspectivas nem sempre concordantes. O nosso trabalho analisa, por isso, as diferentes definições propostas dedicando especial atenção ao conceito de localização, uma vez que o nosso projecto analisa o processo de localização de uma página Web desenvolvido num contexto empresarial real. O nosso enfoque recai mais específicamente sobre a localização de páginas Web, objecto do nosso projecto, identificando não só as suas particularidades, como também os intervenientes e o tipo de competências necessárias para o desenvolvimento de um trabalho nesta área da tradução e as ferramentas disponíveis para o profissional da tradução/ localização, de que se destacam as freeware. O processo de localização impõe metas de qualidade exigentes, pelo que, partindo da definição do conceito de qualidade, analisamos o tipo de requisitos necessários a uma correcta definição de tarefas e objectivos no contexto da localização. Esta definição de conceitos e a análise do processo de localização suportaram, em seguida, o desenvolvimento do objecto do nosso projecto - o processo de localização da página Web da empresa Pinto & Cruz, ao mesmo tempo que permitiram uma prévia identificação de todos os passos a desenvolver e do tipo de dificuldades e problemas a enfrentar. Assim, e em função das condicionantes impostas pelo modelo de gestão da página, definimos um fluxo de trabalho, em que identificamos as diferentes fases e intervenientes, mediante a utilização de uma plataforma de trabalho disponibilizada pelo webmaster do sítio em questão. O processo seguido para a localização da página é descrito, as suas especificidades documentadas e as dúvidas e dificuldades identificadas. Pretendeu-se, com o desenvolvimento deste projecto e com a descrição feita sistematizar uma abordagem ao processo e alertar para o tipo de dificuldades inerentes à sua prossecução, sobretudo para quem se dispõem a fazê-lo pela primeira vez.

Controlo fotogramétrico da condição de estruturas quebra-mar

Dissertação de natureza Científica para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil

ECO@GRO Digital: Uma ferramenta WebGIS de apoio na consultadoria e gestão agro-florestal

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Ciência e Sistemas de Informação Geográfica

Estudo do escoamento dos produtos da combustão no interior de uma conduta de evacuação de turbinas a gás utilizadas para propulsão naval

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Terminology as a sensemaking social tool

Since the middle of the first decade of this century, several authors have announced the dawn of a new Age, following the Information/ Knowledge Age (1970-2005?). We are certainly living in a Shift Age (Houle, 2007), but no standard designation has been broadly adopted so far, and others, such as Conceptual Age (Pink, 2005) or Social Age (Azua, 2009), are only some of the proposals to name current times. Due to the amount of information available nowadays, meaning making and understanding seem to be common features of this new age of change; change related to (i) how individuals and organizations engage with each other, to (ii) the way we deal with technology, to (iii) how we engage and communicate within communities to create meaning, i.e., also social networking-driven changes. The Web 2.0 and the social networks have strongly altered the way we learn, live, work and, of course, communicate. Within all the possible dimensions we could address this change, we chose to focus on language – a taken-for-granted communication tool, used, translated and recreated in personal and geographical variants, by the many users and authors of the social networks and other online communities and platforms. In this paper, we discuss how the Web 2.0, and specifically social networks, have contributed to changes in the communication process and, in bi- or multilingual environments, to the evolution and freeware use of the so called “international language”: English. Next, we discuss some of the impacts and challenges of this language diversity in international communication in the shift age of understanding and social networking, focusing on specialized networks. Then we point out some skills and strategies to avoid babelization and to build meaningful and effective content in mono or multilingual networks, through the use of common and shared concepts and designations in social network environments. For this purpose, we propose a social and collaborative approach to terminology management, as a shared, strategic and sense making tool for specialized communication in Web 2.0 environments.

Simulação de Escoamentos Atmosféricos para Estudo de Parques Eólicos: Estudo comparativo dos softwares OpenFOAM e Windie

A presente tese tem como principal objetivo a comparação entre dois software de CFD (Computer Fluid Dynamics) na simulação de escoamentos atmosféricos com vista à sua aplicação ao estudo e caracterização de parques eólicos. O software em causa são o OpenFOAM (Open Field Operation and Manipulation) - freeware open source genérico - e o Windie, ferramenta especializada no estudo de parques eólicos. Para este estudo foi usada a topografia circundante a um parque eólico situado na Grécia, do qual dispúnhamos de resultados de uma campanha de medições efetuada previamente. Para este _m foram usados procedimentos e ferramentas complementares ao Open-FOAM, desenvolvidas por da Silva Azevedo (2013) adequados para a realização do pré-processamento, extração de dados e pós-processamento, aplicados na simulação do caso pratico. As condições de cálculo usadas neste trabalho limitaram-se às usadas na simulação de escoamentos previamente simulados pelo software Windie: condições de escoamento turbulento, estacionário, incompressível e em regime não estratificado, com o recurso ao modelo de turbulência RaNS (Reynolds-averaged Navier-Stokes ) k - E atmosférico. Os resultados de ambas as simulações - OpenFOAM e Windie - foram comparados com resultados de uma campanha de medições, através dos valores de speed-up e intensidade turbulenta nas posições dos anemómetros.

Reconfiguração e desenvolvimento do sistema de controlo de um AGV

O veículo guiado automaticamente (AGV) adquirido pelo Departamento de Engenharia Mecânica (DEM) tem vindo a ficar obsoleto devido ao hardware, que nos dias de hoje começa a dar sinais de falhas bem como falta de peças de substituição, e ao software, sendo o PLC (Programmable Logic Controller) usado muito limitado quanto às suas funções de controlo, ficando as principais tarefas de controlo do AGV a cargo de placas eletrónicas de controlo. Para promover o controlo autónomo do AGV, foi decidido retirar toda a parte de hardware que detinha o controlo do mesmo e passou a ser um novo PLC, com maior capacidade de processamento, a executar todo o tipo de controlo necessário ao funcionamento do mesmo. O hardware considerado apenas incluí, de forma resumida, os motores responsáveis pelo movimento e direção, placa de controlo de potência dos motores, placa de interface entre as saídas digitais do PLC e as entradas da placa de controlo de potência dos motores e os demais sensores necessários à deteção de obstáculos, fins de curso da direção, sensores dos postos de trabalho e avisadores de emergência. Todo o controlo de movimento e direção bem como a seleção das ações a executar passou a ficar a cargo do software programado no PLC assim como a interação entre o sistema de supervisão instalado num posto de controlo e o PLC através de comunicação via rádio. O uso do PLC permitiu a flexibilidade de mudar facilmente a forma como as saídas digitais são usadas, ao contrário de um circuito eletrónico que necessita de uma completa remodelação, tempo de testes e implementação para efetuar a mesma função. O uso de um microcontrolador seria igualmente viável para a aplicação em causa, no entanto o uso do PLC tem a vantagem de ser robusto, mais rápido na velocidade de processamento, existência de software de interface de programação bastante intuitivo e de livre acesso, facilidade de alterar a programação localmente ou remotamente, via rádio, acesso a vários protocolos de comunicação robustos como Modbus, Canbus, Profinet, Modnet, etc., e acesso integrado de uma consola gráfica totalmente programável. iv É ainda possível a sua expansão com adição de módulos de entradas e saídas digitais e/ou analógicas permitindo expandir largamente o uso do AGV para outros fins. A solução está a ser amplamente testada e validada no Laboratório de Automação (LabA) do Departamento de Engenharia Mecânica do ISEP (Instituto Superior de Engenharia do Porto), permitindo a otimização dos sistemas de controlo de direção bem como a interatividade entre o PLC e o programa de interface/supervisão do posto de trabalho.

Sistemas de informação geográfica orientados para o ordenamento do litoral. O caso da Boa Viagem - Recife - PE - Brasil

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Gestão do Território - área de especialização em Detecção Remota e Sistemas de Informação Geográfica

Airport pavements evaluation

The airport pavement deteriorates during service due to traffic and climate effects therefore systematic monitoring is required in order to assess their structural and functional condition. The aim of this work is to present the methodologies used nowadays for airport pavement evaluation and to contribute to their improvement in structural analysis area The main aspects that are addressed are the application of the Ground Penetrating Radar (GPR) and the use of the Falling Weight Deflectometer (FWD) tests, for structural evaluation, and the use of the GRIP tester and the measurement of texture depth of the wearing course layer, for the functional evaluation of the runway. Also, freeware computer softwares used to design new runways (FAARFIELD and COMFAA) are presented and examples are given. Case studies are described both for structural and functional evaluation.