Computationally Guided Monomerization of Red Fluorescent Proteins of the Class Anthozoa

Red fluorescent proteins (RFPs) have attracted significant engineering focus because of the promise of near infrared fluorescent proteins, whose light penetrates biological tissue, and which would allow imaging inside of vertebrate animals. The RFP landscape, which numbers ~200 members, is mostly populated by engineered variants of four native RFPs, leaving the vast majority of native RFP biodiversity untouched. This is largely due to the fact that native RFPs are obligate tetramers, limiting their usefulness as fusion proteins. Monomerization has imposed critical costs on these evolved tetramers, however, as it has invariably led to loss of brightness, and often to many other adverse effects on the fluorescent properties of the derived monomeric variants. Here we have attempted to understand why monomerization has taken such a large toll on Anthozoa class RFPs, and to outline a clear strategy for their monomerization. We begin with a structural study of the far-red fluorescence of AQ143, one of the furthest red emitting RFPs. We then try to separate the problem of stable and bright fluorescence from the design of a soluble monomeric β-barrel surface by engineering a hybrid protein (DsRmCh) with an oligomeric parent that had been previously monomerized, DsRed, and a pre-stabilized monomeric core from mCherry. This allows us to use computational design to successfully design a stable, soluble, fluorescent monomer. Next we took HcRed, which is a previously unmonomerized RFP that has far-red fluorescence (λemission = 633 nm) and attempted to monomerize it making use of lessons learned from DsRmCh. We engineered two monomeric proteins by pre-stabilizing HcRed’s core, then monomerizing in stages, making use of computational design and directed evolution techniques such as error-prone mutagenesis and DNA shuffling. We call these proteins mGinger0.1 (λem = 637 nm / Φ = 0.02) and mGinger0.2 (λem = 631 nm Φ = 0.04). They are the furthest red first generation monomeric RFPs ever developed, are significantly thermostabilized, and add diversity to a small field of far-red monomeric FPs. We anticipate that the techniques we describe will be facilitate future RFP monomerization, and that further core optimization of the mGingers may allow significant improvements in brightness.

Smooth sets for borel equivalence relations and the covering property for σ-ideals of compact sets

This thesis is divided into three chapters. In the first chapter we study the smooth sets with respect to a Borel equivalence realtion E on a Polish space X. The collection of smooth sets forms σ-ideal. We think of smooth sets as analogs of countable sets and we show that an analog of the perfect set theorem for Σ¹₁ sets holds in the context of smooth sets. We also show that the collection of Σ¹₁ smooth sets is ∏¹₁ on the codes. The analogs of thin sets are called sparse sets. We prove that there is a largest ∏¹₁ sparse set and we give a characterization of it. We show that in L there is a ∏¹₁ sparse set which is not smooth. These results are analogs of the results known for the ideal of countable sets, but it remains open to determine if large cardinal axioms imply that ∏¹₁ sparse sets are smooth. Some more specific results are proved for the case of a countable Borel equivalence relation. We also study I(E), the σ-ideal of closed E-smooth sets. Among other things we prove that E is smooth iff I(E) is Borel.

In chapter 2 we study σ-ideals of compact sets. We are interested in the relationship between some descriptive set theoretic properties like thinness, strong calibration and the covering property. We also study products of σ-ideals from the same point of view. In chapter 3 we show that if a σ-ideal I has the covering property (which is an abstract version of the perfect set theorem for Σ¹₁ sets), then there is a largest ∏¹₁ set in I^int (i.e., every closed subset of it is in I). For σ-ideals on 2^ω we present a characterization of this set in a similar way as for C₁, the largest thin ∏¹₁ set. As a corollary we get that if there are only countable many reals in L, then the covering property holds for Σ¹₂ sets.

Processo coletivo: representação de pessoas ou de interesses?: uma ponderação e os reflexos sobre a legitimidade e a representatividade adequada

O presente trabalho de pesquisa tem por objetivo a análise do processo coletivo no modelo representativo de interesses. Busca-se, inicialmente, além de trazer algumas considerações históricas sobre o direito de conduzir o processo coletivo, estabelecer as distinções que podem e devem ser feitas entre a representação judicial de pessoas, típica das relações interindividuais, e a representação judicial de interesses, aplicável no campo do processo coletivo. A partir desta premissa, será demonstrado que as discussões nefrálgicas incidentes sobre os institutos da legitimidade e da representatividade adequada decorrem da imprópria adoção do modelo representativo de pessoas, no campo do processo coletivo. Ao final, conclui-se que o processo coletivo só terá a utilidade, a efetividade e o alcance estabelecidos pela Carta Constitucional, até mesmo para a denominada ação coletiva passiva, quando perdermos o fascínio pelo individualismo e enfrentarmos o processo coletivo como sendo verdadeiramente um processo de massa e de representação de interesses.

Razões, sentimentos e projetos profissionais: experiência dos vestibulandosas (Vitória, ES, 2009 - 2010)

Dar nitidez aos sentimentos e razões que emergem das experiências dos vestibulandos de Vitória-ES, entre 2009-2010, e que os movem em direção a seus projetos profissionais é objetivo deste trabalho. A noção de projeto aqui utilizada (VELHO, 1999) afasta-se da clássica compreensão liberal do ser humano, autônomo, livre e único, responsável por seus sucessos e fracassos, subjacente a estudos sobre escolha profissional. A ideia proposta é que campo de experiências dos sujeitos marca seus projetos profissionais, mas que suas condutas deliberadas, não necessariamente racionais, expõem certas expectativas de vida, quaisquer que sejam as posições sociais desses sujeitos. Para o exame dessas expectativas, esses sujeitos foram vistos em suas relações sociais - nas interseções de classes, gênero, de cor da pele, de gerações, etc. Reconheceu-se, ainda, que razões e sentimentos (WILLIAMS, 1969), também forjam projetos profissionais de sujeitos sob diversas condições sociais e apesar delas. Por considerar que esses projetos portam manifestações humanas, nem sempre perceptíveis e tantas vezes encobertas, a metáfora do rizoma (DELEUZE; GUATTARI, 2004), foi de utilidade metodológica. Alguns indícios (GINZBURG, 2007), sugeriram caminhos de pesquisa e alguns dos significados aos sujeitos para que esses projetos pudessem ser detectados. A perspectiva da longa duração histórica e dos tempos múltiplos presidiu o exame de trajetórias selecionadas de um conjunto de sujeitos pesquisados entre os anos 2009-2010, o que favoreceu a percepção de continuidades históricas, mas também a ocorrência de mudanças de certas tendências sociais. Dois cursos de pré-vestibular, um público e um privado, em Vitória, ES, nessa conjuntura, mostraram um pouco da pluralidade de expectativas de diferentes jovens - pobres, de classes média e alta, homens e mulheres, brancos, negros e pardos, mais novos e mais velhos em relação ao ensino superior presente em seus projetos profissionais. Razões e sentimentos que os movem e que se movem, nem sempre examinados em estudos sobre a matéria, foram expostos. Contribuições de Elias (1990), de R. Williams (1969), de Bourdieu (2003, 2009), de E. P. Thompson (2002), de Löwy (1990), entre outros, apoiaram evidências de que as relações indivíduo e sociedade, sempre plurais e complexas, expressam apenas partes de seus sentidos civilizadores. Para reduzir incertezas, recorreu-se a dados macrossociais e microssociais (REVEL, 1998). Entrevistas com tais jovens e coordenadores de seus cursos, observações advindas de dinâmica de grupo e, também, exame de publicações oficiais, de periódicos de divulgação de matéria sobre vestibular, entre 2009-2010, situaram um trato de escalas analíticas de difícil exercício. Para além das relações de classes, gênero, cor da pele, geração etc., pode-se concluir que esses sujeitos, por razões e sentimentos variados, com seus projetos profissionais, tanto se deslocam de suas posições sociais de origem como as mantêm, mas todos, em suas novas experiências e de diferentes modos, também se preparam para atuar sobre os sentidos civilizadores de seu tempo.

Feeding of Gammarus lacustris Sars under different conditions of habitation [Translation from: [Trophic relations of freshwater invertebrates.] (ed. G. G. Vinberg) pp.94-98. Leningrad, Zool.Inst.AN SSSR, 1980]

The amphipod Gammarus lacustris, a regular representative of lacustrine communities, often plays a significant role in the transformation of matter and energy. The object of the present work was to clarify the quantitative side of the feeding of the amphipod under different conditions of habitation. Experimental works on determination of the rate of consumption of food and its dependence on body-weight were carried out in the summer periods 1975-1978 on three water-bodies of the Krasnoyarsk region, of different conditions of habitation for the amphipods.

On the set of eigenvalues of a class of equimodular matrices

The structure of the set ϐ(A) of all eigenvalues of all complex matrices (elementwise) equimodular with a given n x n non-negative matrix A is studied. The problem was suggested by O. Taussky and some aspects have been studied by R. S. Varga and B.W. Levinger.

If every matrix equimodular with A is non-singular, then A is called regular. A new proof of the P. Camion-A.J. Hoffman characterization of regular matrices is given.

The set ϐ(A) consists of m ≤ n closed annuli centered at the origin. Each gap, ɤ, in this set can be associated with a class of regular matrices with a (unique) permutation, π(ɤ). The association depends on both the combinatorial structure of A and the size of the a_ii. Let A be associated with the set of r permutations, π₁, π₂,…, π_r, where each gap in ϐ(A) is associated with one of the π_k. Then r ≤ n, even when the complement of ϐ(A) has n+1 components. Further, if π(ɤ) is the identity, the real boundary points of ɤ are eigenvalues of real matrices equimodular with A. In particular, if A is essentially diagonally dominant, every real boundary point of ϐ(A) is an eigenvalues of a real matrix equimodular with A.

Several conjectures based on these results are made which if verified would constitute an extension of the Perron-Frobenius Theorem, and an algebraic method is introduced which unites the study of regular matrices with that of ϐ(A).

Class two p groups as fixed point free automorphism groups

Suppose that AG is a solvable group with normal subgroup G where (|A|, |G|) = 1. Assume that A is a class two odd p group all of whose irreducible representations are isomorphic to subgroups of extra special p groups. If p^c ≠ r^d + 1 for any c = 1, 2 and any prime r where r^2d+1 divides |G| and if C_G(A) = 1 then the Fitting length of G is bounded by the power of p dividing |A|.

The theorem is proved by applying a fixed point theorem to a reduction of the Fitting series of G. The fixed point theorem is proved by reducing a minimal counter example. IF R is an extra spec r subgroup of G fixed by A₁, a subgroup of A, where A₁ centralizes D(R), then all irreducible characters of A₁R which are nontrivial on Z(R) are computed. All nonlinear characters of a class two p group are computed.

Year class strengths of perch and pike in Windermere

The pike (Esox lucius) year classes are more stable than those of the perch (Perca fluviatilis), and have been shown to be closely correlated with temp conditions during the first few months of life. The perch year class strengths have been more variable; for success they require the presence of several positive conditions and the absence of many adverse conditions which could cause failure, a favourable combination of circumstances rarely occurs. The conclusions refer only to Windermere from 1941-1964.

A translação de sentidos entre língua e classe social

Ao se falar de língua, fala-se da classe social que se imagina associada a essa mesma língua. Fundamentada na Análise do Discurso Franco-Brasileira (iniciada na França pelo grupo de Michel Pêcheux e retrabalhada no Brasil a partir de formulações de Eni Orlandi) e analisando corpòra diversos, que se encontram em gramáticas, dicionários, manuais de redação jornalística e o jornal carioca Meia Hora de Notícias, esta dissertação busca entender como os sentidos sobre língua e classe social vão sendo constituídos ao mesmo tempo. A Análise do Discurso com que este estudo vai trabalhar se apresenta como um campo inserido no entremeio das ciências humanas e sociais. Entre as principais questões levantadas por este campo, estão as crenças ilusórias em que as palavras emanam sentidos próprios, apropriados, e em que o sujeito é o dono de seu dizer e de suas intenções. Entende-se, na Análise do Discurso, que os sentidos são irrecorrivelmente formados ideologicamente, e que o sujeito se constitui analogamente, por processos inconscientes que não deixam de fora também a historicidade das relações sociais. Dessa forma, para se compreender como se dão as relações entre as formações de sentido entre língua e classe social, importará a depreensão do funcionamento discursivo do tratamento que os instrumentos de gramatização dão à variedade linguística. No Meia Hora, também se procura analisar de que modo um jornal vai significando, inscrito numa prática jornalística determinada, língua e classe social concomitantemente, através do uso de uma língua imaginária