MALDI imaging mass spectrometry reveals COX7A2, TAGLN2 and S100-A10 as novel prognostic markers in Barrett's adenocarcinoma

To characterize proteomic changes found in Barrett's adenocarcinoma and its premalignant stages, the proteomic profiles of histologically defined precursor and invasive carcinoma lesions were analyzed by MALDI imaging MS. For a primary proteomic screening, a discovery cohort of 38 fresh frozen Barrett's adenocarcinoma patient tissue samples was used. The goal was to find proteins that might be used as markers for monitoring cancer development as well as for predicting regional lymph node metastasis and disease outcome. Using mass spectrometry for protein identification and validating the results by immunohistochemistry on an independent validation set, we could identify two of 60 differentially expressed m/z species between Barrett's adenocarcinoma and the precursor lesion: COX7A2 and S100-A10. Furthermore, among 22 m/z species that are differentially expressed in Barrett's adenocarcinoma cases with and without regional lymph node metastasis, one was identified as TAGLN2. In the validation set, we found a correlation of the expression levels of COX7A2 and TAGLN2 with a poor prognosis while S100-A10 was confirmed by multivariate analysis as a novel independent prognostic factor in Barrett's adenocarcinoma. Our results underscore the high potential of MALDI imaging for revealing new biologically significant molecular details from cancer tissues which might have potential for clinical application. This article is part of a Special Issue entitled: Translational Proteomics.

10001 manuscripts in practice: Perl, XML, medieval chronicles, and why Unicode rocks‎

I work in the field of Armenian historiography. This means I get to play with medieval manuscripts. The things I'm doing with the manuscripts are theoretically interesting, but pretty boring in practice, so I'm using Perl to program away the most boring bits. I will talk about the problems of text criticism in general, what sorts of things can and can't be done by the computer, my initial aversion to XML, how I was shown (some of) the error of my ways, and how I'm combining a bunch of isolated pieces of technology that were mostly already in use to achieve fame and fortune in the world of Armenian studies.

NETWORK TOPOLOGY IN HUMAN PROTEIN INTERACTION DATA PREDICTS FUNCTIONAL ASSOCIATION

High-throughput assays, such as yeast two-hybrid system, have generated a huge amount of protein-protein interaction (PPI) data in the past decade. This tremendously increases the need for developing reliable methods to systematically and automatically suggest protein functions and relationships between them. With the available PPI data, it is now possible to study the functions and relationships in the context of a large-scale network. To data, several network-based schemes have been provided to effectively annotate protein functions on a large scale. However, due to those inherent noises in high-throughput data generation, new methods and algorithms should be developed to increase the reliability of functional annotations. Previous work in a yeast PPI network (Samanta and Liang, 2003) has shown that the local connection topology, particularly for two proteins sharing an unusually large number of neighbors, can predict functional associations between proteins, and hence suggest their functions. One advantage of the work is that their algorithm is not sensitive to noises (false positives) in high-throughput PPI data. In this study, we improved their prediction scheme by developing a new algorithm and new methods which we applied on a human PPI network to make a genome-wide functional inference. We used the new algorithm to measure and reduce the influence of hub proteins on detecting functionally associated proteins. We used the annotations of the Gene Ontology (GO) and the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) as independent and unbiased benchmarks to evaluate our algorithms and methods within the human PPI network. We showed that, compared with the previous work from Samanta and Liang, our algorithm and methods developed in this study improved the overall quality of functional inferences for human proteins. By applying the algorithms to the human PPI network, we obtained 4,233 significant functional associations among 1,754 proteins. Further comparisons of their KEGG and GO annotations allowed us to assign 466 KEGG pathway annotations to 274 proteins and 123 GO annotations to 114 proteins with estimated false discovery rates of <21% for KEGG and <30% for GO. We clustered 1,729 proteins by their functional associations and made pathway analysis to identify several subclusters that are highly enriched in certain signaling pathways. Particularly, we performed a detailed analysis on a subcluster enriched in the transforming growth factor β signaling pathway (P<10-50) which is important in cell proliferation and tumorigenesis. Analysis of another four subclusters also suggested potential new players in six signaling pathways worthy of further experimental investigations. Our study gives clear insight into the common neighbor-based prediction scheme and provides a reliable method for large-scale functional annotations in this post-genomic era.

Vocational Interests and Career Goals: Development and Relations to Personality and Middle Adolescence

Cross-sectional research implies a close relation of vocation interests, goals, and traits, yet little is known about their reciprocal development over time. This longitudinal study examined development of Things/People (T/P) and Data/Ideas (D/I) vocational interests and career goals in relation to Big Five personality traits among 292 Swiss adolescents with a cross-lagged panel design with two measurement points over 1 year from seventh to eighth grade. Interests and goals were significantly related within time and showed significant interactions across time. Traits related significantly and equally to interests and goals within time and predicted their development across time except for T/P goals. Goals and interests possessed incremental validity above traits in affecting each other. Implications include the need to account for dynamic processes in the development of goals and interests and their systematic relation to traits in theory and practice.

La persona como sujeto de la metafísica

En el horizonte del pensamiento contemporáneo, Martín Heidegger subrayó la necesidad de una reflexión fundamental acerca del hombre, fundamentación que, sin embargo, él mismo no llegó a desplegar completamente. No obstante ha puesto de relieve la necesidad de una interpretación del hombre que llegue hasta sus estructuras ontológicas fundamentales, relacionadas al problema del ser, que, en su caso, reviste una modalidad distinta al ser de las demás cosas, aún, de los demás vivientes, motivo por el cual la pregunta acerca del hombre es también metafísica. No pretenderemos dar una respuesta acabada a estos puntos de vista, ni los abordaremos desde su propia comprensión de la ontología, del hombre y del ser. En su lugar nos propondremos recoger algunas perspectivas ya presentes en el pensamiento medieval que puedan aportar, al menos en principio, una orientación hacia su desarrollo. La comunicación quedará configurada por dos características: abordará la problemática de la relación entre naturaleza y persona desde una perspectiva preferentemente metafísica a partir del Comentario a las Sentencias de Pedro Lombardo de Tomás de Aquino; y sugerirá algunas tendencias en este campo que ponen de relieve la preeminencia de la persona en el conjunto de su pensamiento filosófico.

El conocimiento intuitivo de lo no existente en Guillermo de Ockham : contexto y limitaciones de la ejemplificación ockhamista

La concepción de la notitia intuitiva, tal como la entienden los filósofos del siglo XIV, constituye un modo de acceso a la realidad de cuño agustiniano que subsiste a pesar del progresivo avance de la teoría aristotélica de la abstracción. Tomando como punto de partida la notitia intuitiva, Ockham propone una construcción del conocimiento y de la ciencia que procura una interpretación más delimitada y precisa del pensamiento de Duns Escoto. Esta doctrina ockhamista va a ser puesta a prueba por un desarrollo paradojal vinculado al conocimiento de lo no-existente. La importancia del ejemplo ha sido clave a la hora de la valoración de su gnoseología. En particular, el tema es expuesto, con algunos matices de diferenciación, en tres obras: en la quaestio primera del Prólogo del Commentarium in Sententiis; en las quaestiones 12-13 de la Reportatio II y en las Quaestiones Quodlibetales V y VI, a las que también se suman precisiones puntualizadas en el marco de sus composiciones físicas, en particular, en las Quaestiones Physicorum. Constituye nuestro propósito el análisis de estas fuentes en orden a discernir la importancia que el controvertido paso asume en el marco de la gnoseología ockhamista. El ejemplo ha sido interpretado de modo contrastante: para algunos introduce claramente una concepción escéptica de la doctrina del conocimiento, en el sentido que, una vez admitida la posibilidad de una intuición de cosas que no existen, no tenemos ningún criterio para establecer cuándo nuestro conocimiento es objetivo o subjetivo. Para otros, en cambio, debe ser entendido como una hipótesis que no interfiere sobre el plano natural del conocimiento. El recurso a las fuentes nos permitirá comparar los planos de explicitación del ejemplo aludido y determinar su contexto y alcance en orden a un examen del problema en el doble ámbito de lo natural y de lo sobrenatural, aportando nuestras propias conclusiones al caso.

El principio de contradicción o el estado de cosas en cuanto estado de cosas

El principio de contradicción tiene su lugar propio en la filosofía griega, concretamente en la Filosofía Primera o Teología de Aristóteles. No es ni un precepto ni una prohibición sobre el ente, abstraído de diversos estados de cosas, sino él mismo un estado de cosas, mejor dicho: el estado de cosas primero para todo el que quiera conocer algo. Su universalidad consiste en que presenta el estado de cosas en cuanto estado de cosas y se expresa en la decisividad de lo que constata: es imposible – que lo es el caso no sea el caso.

El mapa, los mapas : Propuestas metodológicas para abordar la pluralidad y la inestabilidad de la imagen cartográfica

En tanto "mapa" es toda "representación gráfica que facilita el conocimiento espacial de cosas, conceptos, condiciones, procesos o eventos que conciernen al mundo humano", el término "mapa" refiere a muchas imágenes muy diferentes, que usan diversas técnicas y soportes, apelan a lenguajes visuales muy heterogéneos, convenciones gráficas que han variado a lo largo del tiempo, etcétera. Este trabajo propone dos categorías metodológicas para abordar la pluralidad de la imagen cartográfica sin renunciar a esa definición amplia e inclusiva. La primera es la noción de género cartográfico, que permite agrupar y clasificar mapas que comparten claves temáticas, estilísticas, técnicas y/o composicionales. La segunda es la noción de serie, porque el armado de una serie crea claves de lectura y de interpretación y, consecuentemente, un mismo mapa no comunica lo mismo en dos series diferentes. Con ejemplos se discutirán las potencialidades y las limitaciones de estas propuestas metodológicas.

Secret and power in social life

Secret and power constitute two fundamental instances of the social world. Secret takes care of the concealment of things and of social processes. Secret is also a power device. Power is the social capacity to do, create, not doing and stop from doing. Secret and power get mutual feedback. Power uses the secret to protect his potential, be it what may, to increment its operative strength. Secret uses the power to achieve its aims and proposals. Social sciences seem to ignore the huge explanatory capacity of these two interrelated concepts, and even more, their powerful intervention in societies.

El mapa, los mapas : Propuestas metodológicas para abordar la pluralidad y la inestabilidad de la imagen cartográfica

En tanto "mapa" es toda "representación gráfica que facilita el conocimiento espacial de cosas, conceptos, condiciones, procesos o eventos que conciernen al mundo humano", el término "mapa" refiere a muchas imágenes muy diferentes, que usan diversas técnicas y soportes, apelan a lenguajes visuales muy heterogéneos, convenciones gráficas que han variado a lo largo del tiempo, etcétera. Este trabajo propone dos categorías metodológicas para abordar la pluralidad de la imagen cartográfica sin renunciar a esa definición amplia e inclusiva. La primera es la noción de género cartográfico, que permite agrupar y clasificar mapas que comparten claves temáticas, estilísticas, técnicas y/o composicionales. La segunda es la noción de serie, porque el armado de una serie crea claves de lectura y de interpretación y, consecuentemente, un mismo mapa no comunica lo mismo en dos series diferentes. Con ejemplos se discutirán las potencialidades y las limitaciones de estas propuestas metodológicas.

El mapa, los mapas : Propuestas metodológicas para abordar la pluralidad y la inestabilidad de la imagen cartográfica

En tanto "mapa" es toda "representación gráfica que facilita el conocimiento espacial de cosas, conceptos, condiciones, procesos o eventos que conciernen al mundo humano", el término "mapa" refiere a muchas imágenes muy diferentes, que usan diversas técnicas y soportes, apelan a lenguajes visuales muy heterogéneos, convenciones gráficas que han variado a lo largo del tiempo, etcétera. Este trabajo propone dos categorías metodológicas para abordar la pluralidad de la imagen cartográfica sin renunciar a esa definición amplia e inclusiva. La primera es la noción de género cartográfico, que permite agrupar y clasificar mapas que comparten claves temáticas, estilísticas, técnicas y/o composicionales. La segunda es la noción de serie, porque el armado de una serie crea claves de lectura y de interpretación y, consecuentemente, un mismo mapa no comunica lo mismo en dos series diferentes. Con ejemplos se discutirán las potencialidades y las limitaciones de estas propuestas metodológicas.

Secret and power in social life

Secret and power constitute two fundamental instances of the social world. Secret takes care of the concealment of things and of social processes. Secret is also a power device. Power is the social capacity to do, create, not doing and stop from doing. Secret and power get mutual feedback. Power uses the secret to protect his potential, be it what may, to increment its operative strength. Secret uses the power to achieve its aims and proposals. Social sciences seem to ignore the huge explanatory capacity of these two interrelated concepts, and even more, their powerful intervention in societies.

Secret and power in social life

Secret and power constitute two fundamental instances of the social world. Secret takes care of the concealment of things and of social processes. Secret is also a power device. Power is the social capacity to do, create, not doing and stop from doing. Secret and power get mutual feedback. Power uses the secret to protect his potential, be it what may, to increment its operative strength. Secret uses the power to achieve its aims and proposals. Social sciences seem to ignore the huge explanatory capacity of these two interrelated concepts, and even more, their powerful intervention in societies.

El mapa, los mapas : Propuestas metodológicas para abordar la pluralidad y la inestabilidad de la imagen cartográfica

En tanto "mapa" es toda "representación gráfica que facilita el conocimiento espacial de cosas, conceptos, condiciones, procesos o eventos que conciernen al mundo humano", el término "mapa" refiere a muchas imágenes muy diferentes, que usan diversas técnicas y soportes, apelan a lenguajes visuales muy heterogéneos, convenciones gráficas que han variado a lo largo del tiempo, etcétera. Este trabajo propone dos categorías metodológicas para abordar la pluralidad de la imagen cartográfica sin renunciar a esa definición amplia e inclusiva. La primera es la noción de género cartográfico, que permite agrupar y clasificar mapas que comparten claves temáticas, estilísticas, técnicas y/o composicionales. La segunda es la noción de serie, porque el armado de una serie crea claves de lectura y de interpretación y, consecuentemente, un mismo mapa no comunica lo mismo en dos series diferentes. Con ejemplos se discutirán las potencialidades y las limitaciones de estas propuestas metodológicas.

Complejidad Esencial: Un argumento por la complementariedad entre ciencia y sensibilidad = Essential Complexity: An argument for complementarity between science and sensibility

Esta investigación recoge un cúmulo de intereses en torno a un modo de generar arquitectura muy específico: La producción de objetos con una forma subyacente no apriorística. Los conocimientos expuestos se apoyan en condiciones del pensamiento reciente que impulsan la ilusión por alimentar la fuente creativa de la arquitectura con otros campos del saber. Los tiempos del conocimiento animista sensible y el conocimiento objetivo de carácter científico son correlativos en la historia pero casi nunca han sido sincrónicos. Representa asimismo un intento por aunar los dos tipos de conocimiento retomando la inercia que ya se presentía a comienzos del siglo XX. Se trata por tanto, de un ensayo sobre la posible anulación de la contraposición entre estos dos mundos para pasar a una complementariedad entre ambos en una sola visión conjunta compartida. Como meta final de esta investigación se presenta el desarrollo de un sistema crítico de análisis para los objetos arquitectónicos que permita una diferenciación entre aquellos que responden a los problemas de manera completa y sincera y aquellos otros que esconden, bajo una superficie consensuada, la falta de un método resolutivo de la complejidad en el presente creativo. La Investigación observa tres grupos de conocimiento diferenciados agrupados en sus capítulos correspondientes: El primer capítulo versa sobre el Impulso Creador. En él se define la necesidad de crear un marco para el individuo creador, aquel que independientemente de las fuerzas sociales del momento presiente que existe algo más allá que está sin resolver. Denominamos aquí “creador rebelde” a un tipo de personaje reconocible a lo largo de la Historia como aquel capaz de reconocer los cambios que ese operan en su presente y que utiliza para descubrir lo nuevo y acercarse algo al origen creativo. En el momento actual ese tipo de personaje es el que intuye o ya ha intuido hace tiempo la existencia de una complejidad creciente no obviable en el pensamiento de este tiempo. El segundo capítulo desarrolla algunas Propiedades de Sistemas de actuación creativa. En él se muestra una investigación que desarrolla un marco de conocimientos científicos muy específicos de nuestro tiempo que la arquitectura, de momento, no ha absorbido ni refleja de manera directa en su manera de crear. Son temas de presencia casi ya mundana en la sociedad pero que se resisten a ser incluidos en los procesos creativos como parte de la conciencia. La mayoría de ellos hablan de precisión, órdenes invisibles, propiedades de la materia o la energía tratados de manera objetiva y apolítica. La meta final supone el acercamiento e incorporación de estos conceptos y propiedades a nuestro mundo sensible unificándolos indisociablemente bajo un solo punto de vista. El último capítulo versa sobre la Complejidad y su capacidad de reducción a lo esencial. Aquí se muestran, a modo de conclusiones, la introducción de varios conceptos para el desarrollo de un sistema crítico hacia la arquitectura de nuestro tiempo. Entre ellos, el de Complejidad Esencial, definido como aquella de carácter inevitable a la hora de responder la arquitectura a los problemas y solicitaciones crecientes a los que se enfrenta en el presente. La Tesis mantiene la importancia de informar sobre la imposibilidad en el estado actual de las cosas de responder de manera sincera con soluciones de carácter simplista y la necesidad, por tanto, de soluciones necesarias de carácter complejo. En este sentido se define asimismo el concepto de Forma Subyacente como herramienta crítica para poder evaluar la respuesta de cada arquitectura y poder tener un sistema y visión crítica sobre lo que es un objeto consistente frente a la situación a la que se enfrenta. Dicha forma subyacente se define como aquella manera de entender conjuntamente y de manera sincrónica aquello que percibimos de manera sensible inseparable de las fuerzas ocultas, creativas, tecnológicas, materiales y energéticas que sustentan la definición y entendimiento de cualquier objeto construido. ABSTRACT This research includes a cluster of interests around a specific way to generate architecture: The production of objects without an a priori underlying form. The knowledge presented is based on current conditions of thought promoting the illusion to feed the creative source of architecture with other fields of knowledge. The sensible animist knowledge and objective scientific knowledge are correlative in history but have rarely been synchronous. This research is also an attempt to combine both types of knowledge to regain the inertia already sensed in the early twentieth century. It is therefore an essay on the annulment of the opposition between these two worlds to move towards complementarities of both in a single shared vision. The ultimate goal of this research is to present the development of a critical analysis system for architectural objects that allows differentiation between those who respond to the problems sincerely and those who hide under an agreed appearance, the lack of a method for solving the complexity of the creative present. The research observes three distinct groups of knowledge contained in their respective chapters: The first chapter deals with the Creative Impulse. In it is defined the need to create a framework for the creative individual who, regardless of the current social forces, forebodes that there is something hidden beyond which is still unresolved. We define the "rebel creator" as a kind of person existing throughout history who is able to recognize the changes operating in its present and use them to discover something new and get closer to the origin of creation. At present, this type of character is the one who intuits the existence of a non obviable increasing complexity in society and thought. The second chapter presents some systems, and their properties, for creative performance. It describes the development of a framework composed of current scientific knowledge that architecture has not yet absorbed or reflected directly in her procedures. These are issues of common presence in society but are still reluctant to be included in the creative processes even if they already belong to the collective consciousness. Most of them talk about accuracy, invisible orders, properties of matter and energy, always treated from an objective and apolitical perspective. The ultimate goal pursues the approach and incorporation of these concepts and properties to the sensible world, inextricably unifying all under a single point of view. The last chapter deals with complexity and the ability to reduce it to the essentials. Here we show, as a conclusion, the introduction of several concepts to develop a critical approach to analyzing the architecture of our time. Among them, the concept of Essential Complexity, defined as one that inevitably arises when architecture responds to the increasing stresses that faces today. The thesis maintains the importance of reporting, in the present state of things, the impossibility to respond openly with simplistic solutions and, therefore, the need for solutions to complex character. In this sense, the concept of Underlying Form is defined as a critical tool to evaluate the response of each architecture and possess a critical system to clarify what is an consistent object facing a certain situation. The underlying form is then defined as a way to synchronously understand what we perceive sensitively inseparable from the hidden forces of creative, technological, material and energetic character that support the definition and understanding of any constructed object.