DNA-mediated oxidation of transcription factor p53

Transcription factor p53 is the most commonly altered gene in human cancer. As a redox-active protein in direct contact with DNA, p53 can directly sense oxidative stress through DNA-mediated charge transport. Electron hole transport occurs with a shallow distance dependence over long distances through the π-stacked DNA bases, leading to the oxidation and dissociation of DNA-bound p53. The extent of p53 dissociation depends upon the redox potential of the response element DNA in direct contact with each p53 monomer. The DNA sequence dependence of p53 oxidative dissociation was examined by electrophoretic mobility shift assays using radiolabeled oligonucleotides containing both synthetic and human p53 response elements with an appended anthraquinone photooxidant. Greater p53 dissociation is observed from DNA sequences containing low redox potential purine regions, particularly guanine triplets, within the p53 response element. Using denaturing polyacrylamide gel electrophoresis of irradiated anthraquinone-modified DNA, the DNA damage sites, which correspond to locations of preferred electron hole localization, were determined. The resulting DNA damage preferentially localizes to guanine doublets and triplets within the response element. Oxidative DNA damage is inhibited in the presence of p53, however, only at DNA sites within the response element, and therefore in direct contact with p53. From these data, predictions about the sensitivity of human p53-binding sites to oxidative stress, as well as possible biological implications, have been made. On the basis of our data, the guanine pattern within the purine region of each p53-binding site determines the response of p53 to DNA-mediated oxidation, yielding for some sequences the oxidative dissociation of p53 from a distance and thereby providing another potential role for DNA charge transport chemistry within the cell.

To determine whether the change in p53 response element occupancy observed in vitro also correlates in cellulo, chromatin immunoprecipition (ChIP) and quantitative PCR (qPCR) were used to directly quantify p53 binding to certain response elements in HCT116N cells. The HCT116N cells containing a wild type p53 were treated with the photooxidant [Rh(phi)2bpy]³⁺, Nutlin-3 to upregulate p53, and subsequently irradiated to induce oxidative genomic stress. To covalently tether p53 interacting with DNA, the cells were fixed with disuccinimidyl glutarate and formaldehyde. The nuclei of the harvested cells were isolated, sonicated, and immunoprecipitated using magnetic beads conjugated with a monoclonal p53 antibody. The purified immounoprecipiated DNA was then quantified via qPCR and genomic sequencing. Overall, the ChIP results were significantly varied over ten experimental trials, but one trend is observed overall: greater variation of p53 occupancy is observed in response elements from which oxidative dissociation would be expected, while significantly less change in p53 occupancy occurs for response elements from which oxidative dissociation would not be anticipated.

The chemical oxidation of transcription factor p53 via DNA CT was also investigated with respect to the protein at the amino acid level. Transcription factor p53 plays a critical role in the cellular response to stress stimuli, which may be modulated through the redox modulation of conserved cysteine residues within the DNA-binding domain. Residues within p53 that enable oxidative dissociation are herein investigated. Of the 8 mutants studied by electrophoretic mobility shift assay (EMSA), only the C275S mutation significantly decreased the protein affinity (KD) for the Gadd45 response element. EMSA assays of p53 oxidative dissociation promoted by photoexcitation of anthraquinone-tethered Gadd45 oligonucleotides were used to determine the influence of p53 mutations on oxidative dissociation; mutation to C275S severely attenuates oxidative dissociation while C277S substantially attenuates dissociation. Differential thiol labeling was used to determine the oxidation states of cysteine residues within p53 after DNA-mediated oxidation. Reduced cysteines were iodoacetamide labeled, while oxidized cysteines participating in disulfide bonds were ¹³C₂D₂-iodoacetamide labeled. Intensities of respective iodoacetamide-modified peptide fragments were analyzed using a QTRAP 6500 LC-MS/MS system, quantified with Skyline, and directly compared. A distinct shift in peptide labeling toward ¹³C₂D₂-iodoacetamide labeled cysteines is observed in oxidized samples as compared to the respective controls. All of the observable cysteine residues trend toward the heavy label under conditions of DNA CT, indicating the formation of multiple disulfide bonds potentially among the C124, C135, C141, C182, C275, and C277. Based on these data it is proposed that disulfide formation involving C275 is critical for inducing oxidative dissociation of p53 from DNA.

A new method of measuring the waveguide dispersion factor and the thermo-optic coefficient of long-period fiber gratings

Based on the Mach-Zehnder effect between the core mode and the cladding modes, the interference fringes are formed by a pair of cascaded long-period fiber gratings (CLPFGs). Theoretical analyses show that the spectral spacing and the wavelength of these fringes are functions of the waveguide dispersion factor gamma, which is a characterizing parameter to LPFG and with theoretical and applicational significance. By measuring the characteristics of the transmission spectra of CLPFGs, the absolute value of gamma can be obtained. At the same time, the thermo-optic coefficient of effective refractive index difference between core and cladding modes, p, can also be obtained by measured the temperature sensitivity of these fringes. In the experiments, \gamma\ and mu were measured by this method to be 0.874 and 4.08 x 10(-5) degreesC(-1), respectively, for LPFGs with period of 450 mum and with a HE14 resonant peak at 1554 nm. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

Cartas enviadas por Nicolás Alzola Guerediaga (Hermano Berriochoa) a Justo Garate entre 1958 y 1961

7 cartas (mecanografiadas y manuscritas); entre 150x210mm y 215x310mm

Cartas enviadas por Nicolás Alzola Guerediaga (Hermano Berriochoa) a Justo Garate entre 1962 y 1963

11 cartas (mecanografiadas y manuscritas); entre 170x215mm y 215x315mm

Cartas enviadas por Nicolás Alzola Guerediaga (Hermano Berriochoa) a Justo Garate entre 1964 y 1975

12 cartas (mecanografiadas y manuscritas); entre 160x215mm y 215x310mm

A hora da estrela: uma narrativa que se desdobra sobre si mesma, tecendo e destecendo retratos do(s) outro(s) e retratos de si

Muito já se disse sobre Clarice Lispector, muito há, no entanto, a se dizer ainda. Com este nosso trabalho, ousamos trilhar um caminho que nos parece duplamente pouco explorado: por um lado, nos debruçamos sobre as pausas, as lacunas, as suspensões do dizer que se materializam em cortes no fio discursivo da literatura clariceana; mais especificamente nas interrupções que comparecem por meio de travessões, parênteses e aí estendemos para a interrogação em A Hora da Estrela. Por outro lado, trazemos, para este nosso objetivo, uma abordagem discursiva, isto é, temos como suporte teórico-metodológico a Análise de Discurso cujos autores basilares são Pêcheux e Orlandi. Esta autora, ao deslocar o estudo da pontuação do campo da gramática para o domínio do discurso, considera a pontuação como o lugar em que o sujeito trabalha seus pontos de subjetivação, o modo como interpreta (Orlandi, 2005). A pontuação, vista discursivamente, abre fendas do não-dizer no dizer, trabalhando sua (in)completude. Os travessões, os parênteses e a interrogação, em Clarice, rompem repetida e sucessivamente a linearidade da língua expondo seus vazios, seus meandros, seus impasses. Analisaremos o funcionamento discursivo desses três sinais de pontuação no dizer do narrador de A Hora da Estrela, assim como investigaremos as posições-sujeito do narrador que se delineiam em cada funcionamento desses sinais: posição-sujeito de narrador onipotente/onisciente, posição-sujeito de narrador impotente e posição-sujeito de narrador vacilante. Para nosso trabalho, apoiamo-nos também nas reflexões teóricas acerca da heterogeneidade da língua, propostas por Authier-Revuz e trazemos o conceito de enunciação vacilante formulado por Paulillo. Podemos dizer que, nas incisas desta novela clariceana, jogam posições-sujeito que se polemizam, que se equivocam. Essas posições refletem uma narrativa que ora descreve a possibilidade de narrar, de descrever o outro, ora confessa a impossibilidade de capturar esse outro pela palavra: narrador vacilante, narrativa vacilante

The E2F2 Transcription Factor Sustains Hepatic Glycerophospholipid Homeostasis in Mice

Increasing evidence links metabolic signals to cell proliferation, but the molecular wiring that connects the two core machineries remains largely unknown. E2Fs are master regulators of cellular proliferation. We have recently shown that E2F2 activity facilitates the completion of liver regeneration after partial hepatectomy (PH) by regulating the expression of genes required for S-phase entry. Our study also revealed that E2F2 determines the duration of hepatectomy-induced hepatic steatosis. A transcriptomic analysis of normal adult liver identified "lipid metabolism regulation" as a major E2F2 functional target, suggesting that E2F2 has a role in lipid homeostasis. Here we use wild-type (E2F2(+/+)) and E2F2 deficient (E2F2(-/-)) mice to investigate the in vivo role of E2F2 in the composition of liver lipids and fatty acids in two metabolically different contexts: quiescence and 48-h post-PH, when cellular proliferation and anabolic demands are maximal. We show that liver regeneration is accompanied by large triglyceride and protein increases without changes in total phospholipids both in E2F2(+/+) and E2F2(-/-) mice. Remarkably, we found that the phenotype of quiescent liver tissue from E2F2(-/-) mice resembles the phenotype of proliferating E2F2(+/+) liver tissue, characterized by a decreased phosphatidylcholine to phosphatidylethanolamine ratio and a reprogramming of genes involved in generation of choline and ethanolamine derivatives. The diversity of fatty acids in total lipid, triglycerides and phospholipids was essentially preserved on E2F2 loss both in proliferating and non-proliferating liver tissue, although notable exceptions in inflammation-related fatty acids of defined phospholipid classes were detected. Overall, our results indicate that E2F2 activity sustains the hepatic homeostasis of major membrane glycerolipid components while it is dispensable for storage glycerolipid balance.

Charge and spin transport in graphene devices

170 p.

Retratos das periferias urbanas nos raps dos Racionais MC's

Este trabalho tem por objetivo verificar, a partir do recorte de um dado discurso musical (rap), como os jovens das periferias urbanas brasileiras têm representado discursivamente o social. Sob esse aspecto, a representação dos atores sociais no discurso é o principal foco analítico, tendo como perspectivas teóricas de estudo a Análise Crítica do Discurso (doravante ACD), e a lingüística funcional sistêmica (doravante LFS) no que diz respeito a questões de linguagem. O trabalho apresenta uma introdução na qual são apontadas características de grupos musicais diretamente afetados por conflitos sociais, destacando-se como corpus de trabalho o discurso musical dos Racionais MCs e seguindo-se de uma contextualização histórica do grupo e do movimento hip- hop. Em seguida, apresentam-se, no capítulo teórico, as matérias ligadas diretamente ao objeto de estudo (discurso, ideologia e tipos de significado), ao mesmo tempo em que é feita uma apresentação da linha teórica utilizada e da orientação assumida pelos autores de referência para o trabalho (Fairclough e Halliday). Logo depois, no capítulo metodológico, são descritas as etapas de construção da pesquisa, observando-se os seguintes aspectos: 1) apresentação dos critérios de constituição do corpus, destacando o interesse pelo estilo rap, através de suas principais características, até delimitar as músicas do grupo Racionais MCs para análise; 2) descrição do corpus, a partir de uma característica particular (gangstar rap), com posterior explicação da metodologia criada aqui para sua análise; 3) explicação da categoria analítica utilizada (a representação dos atores sociais), através de exemplos dados pelo seu autor (van Leeuwen, 1996) e outros encontrados no próprio corpus. A análise volta-se, inicialmente, para a observação do significado representacional enfocando as estratégias de representação dos atores sociais utilizadas pelo discurso rap; e, num segundo momento, revela uma prática de polarização, a partir da qual se traça a identidade discursiva do grupo Racionais MCs e sua alteridade (significado identificacional). Com os resultados obtidos, foi possível refletir sobre uma forma de representar o mundo, realizada atualmente por alguns jovens oriundos de comunidades periféricas. Dessa forma, foi possível perceber como os sentidos produzidos por eles podem revelar aspectos significativos de uma nova ordem social brasileira